Rambler's Top100
Лёгкая версия форума* Виртуальная клавиатура  English  
Molbiol.ru | О проекте | Справочник | Методы | Растворы | Расчёты | Литература | Орг.вопросы
Web | Фирмы | Coffee break | Картинки | Работы и услуги | Биржа труда | Междисциплинарный биологический онлайн-журналZbio-wiki

NG SEQUENCING · ЖИЗНЬ РАСТЕНИЙ · БИОХИМИЯ · ГОРОДСКИЕ КОМАРЫ · А.А.ЛЮБИЩЕВ · ЗООМУЗЕЙ


Темы за 24 часа  [ Вход* | Регистрация* ]  
   



Форум: 
 

Щёлкните, чтобы внести в Избранные Темы* Next-gen секвенирование в России -- Оно уже есть, или как? --
ИнтерЛабСервис - передовые технологии молекулярной диагностики
Кураторы темы:* genseq
Чёрный список: RJ Dio, Bern55
     NB! в теме нельзя обсуждать тех, кто внесён в чёрный список
Операции: Хочу стать куратором* · Подписаться на тему* · Отправить страницу по e-mail · Версия для печати*
Внешний вид:* Схема · [ Стандартный ] · +Перв.сообщ.


Добавить сообщение в темуСоздать новую темуСоздать голосование
Участник оффлайн! Guest1
Постоянный участник



 прочитанное сообщение 05.08.2008 19:02     Сообщение для модератора  Сообщение для куратора темы       Личное письмо
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #51 множественное цитирование

(genseq @ 05.08.2008 18:55)
Ссылка на исходное сообщение  Иранец. Был рабочей лошадкой (аспирантом) в шведской лаборатории, занимавшейся люминометрическим определением пирофосфата. Под чутким руководством неспешных шведов быстро довёл до работоспособного состояния технологию пиросеквенирования и защитил на этом диссертацию.

Шведы продолжили ковыряться с планшетным пиросеквенированием, а американцы (454) тем временем занялись технологией параллельного пиросеквенирования, которая привела к появлению первого коммерческого геномного секвенатора ГС20.

Ну, а Мостафа тем временем переметнулся в Стэнфорд и сконцентрировал усилия на совершенствовании параллельной технологии секвенирования. В прошлом году грозился всех переплюнуть, но вместо того, чтобы "плеваться", продал свою фирмочку Иллюмине за 60 млн.$.


Ну и где "амналитические выводы" ? confused.gif
Что Иллумина в пиросеки решила тоже податся ? smile.gif
Участник оффлайн! genseq
Постоянный участник



 прочитанное сообщение 05.08.2008 22:28     Сообщение для модератора  Сообщение для куратора темы       Личное письмо  Отправить e-mail  Web-адрес
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #52 множественное цитирование

Кто-то доказывал, что SBS нужно использовать в сочетании с пиросеквенированием. Они неплохо дополняют друг друга.
Guest
IP-штамп: frP9xo7vsDH2c
гость



 прочитанное сообщение 06.08.2008 04:12     Сообщение для модератора  Сообщение для куратора темы     
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #53 множественное цитирование

По-моему, логичнее и перспективнее внедрить reversible terminators в пиросеквенирование.

http://www.pnas.org/content/104/42/16462.full

Всем приветsmile.gif
Участник оффлайн! genseq
Постоянный участник



 прочитанное сообщение 06.08.2008 08:50     Сообщение для модератора  Сообщение для куратора темы       Личное письмо  Отправить e-mail  Web-адрес
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #54 множественное цитирование

Терминаторы устраняют проблемы с гомогенными повторами, но замена нативных субстратов модифицированными создаёт другие проблемы shuffle.gif :
1. Необходимость использования "хитрых" полимераз типа "9°N polymerase (exo-)A485L/Y409V" wall.gif .
2. Низкая эффективность включения модифицированных субстратов даже с такими полимеразами wall.gif .
3. Значительное удорожание реагентов wall.gif .

Кстати, о реагентах. В технологии Illumina терминирование обязательно, но обеспечивает его не модификация 3'-OH, а флуорофоры, соединёные с основаниями классическим способом - через 7-углерод у пуринов или 5 у пиримидинов. Правда, не все флуорофоры способны терминировать полимеразную реакцию, и не все полимеразы способны "переварить" такую модификацию, но это уже секреты фирмы frown.gif .

По-видимому, именно этим и объясняется интерес Illumina к пиросеквенированию и то, что они не пожалели на приобретение разработчика этой технологии 60 млн.$ rolleyes.gif .
Guest
IP-штамп: fr45uHVgO7WZ2
гость



 прочитанное сообщение 06.08.2008 09:03     Сообщение для модератора  Сообщение для куратора темы     
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #55 множественное цитирование

(genseq @ 06.08.2008 07:50)
Ссылка на исходное сообщение  Терминаторы устраняют проблемы с гомогенными повторами, но замена нативных субстратов модифицированными создаёт другие проблемы shuffle.gif :
1. Необходимость использования "хитрых" полимераз типа "9°Н полымерасе (ехо-)А485Л/Ы409В" wall.gif .
2. Низкая эффективность включения модифицированных субстратов даже с такими полимеразами wall.gif .
3. Значительное удорожание реагентов wall.gif .

Кстати, о реагентах. В технологии Иллумина терминирование обязательно, но обеспечивает его не модификация 3ь-ОХ, а флуорофоры, соединёные с основаниями классическим способом - через 7-углерод у пуринов или 5 у пиримидинов. Правда, не все флуорофоры способны терминировать полимеразную реакцию, и не все полимеразы способны "переварить" такую модификацию, но это уже секреты фирмы frown.gif .

По-видимому, именно этим и объясняется интерес Иллумина к пиросеквенированию и то, что они не пожалели на приобретение разработчика этой технологии 60 млн.$  rolleyes.gif .


Мне кается , что 60 лимонов налом сильно смахивает на покупку футболистов smile.gif
Так сказать - новые технологии в приобретении "научных кадров" -
можно попробовать внедрить в России smile.gif
Guest
IP-штамп: fr45uHVgO7WZ2
гость



 прочитанное сообщение 06.08.2008 09:06     Сообщение для модератора  Сообщение для куратора темы     
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #56 множественное цитирование

(genseq @ 06.08.2008 07:50)
Ссылка на исходное сообщение  Терминаторы устраняют проблемы с гомогенными повторами, но замена нативных субстратов модифицированными создаёт другие проблемы shuffle.gif :
1. Необходимость использования "хитрых" полимераз типа "9°Н полымерасе (ехо-)А485Л/Ы409В" wall.gif .
2. Низкая эффективность включения модифицированных субстратов даже с такими полимеразами wall.gif .
3. Значительное удорожание реагентов wall.gif .

Кстати, о реагентах. В технологии Иллумина терминирование обязательно, но обеспечивает его не модификация 3ь-ОХ, а флуорофоры, соединёные с основаниями классическим способом - через 7-углерод у пуринов или 5 у пиримидинов. Правда, не все флуорофоры способны терминировать полимеразную реакцию, и не все полимеразы способны "переварить" такую модификацию, но это уже секреты фирмы frown.gif .

По-видимому, именно этим и объясняется интерес Иллумина к пиросеквенированию и то, что они не пожалели на приобретение разработчика этой технологии 60 млн.$  rolleyes.gif .


Эта "фирма рога-и-копыта" ну ясен пень оформлялась под покупку Мустафы. smile.gif
Guest
IP-штамп: frNwv0U1khjS.
гость



 прочитанное сообщение 06.08.2008 09:45     Сообщение для модератора  Сообщение для куратора темы     
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #57 множественное цитирование

(Guest @ 06.08.2008 08:03)
Ссылка на исходное сообщение  Мне кается , что 60 лимонов налом сильно смахивает на покупку футболистов  smile.gif
Так сказать - новые технологии в приобретении "научных кадров" -
можно попробовать внедрить в России  smile.gif

Блин, кто-бы меня купил, ну хотя бы за ... 10 лимонов. weep.gif
Guest
IP-штамп: fr45uHVgO7WZ2
гость



 прочитанное сообщение 06.08.2008 10:30     Сообщение для модератора  Сообщение для куратора темы     
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #58 множественное цитирование

(Guest @ 06.08.2008 08:45)
Ссылка на исходное сообщение  Блин, кто-бы меня купил, ну хотя бы за ... 10 лимонов. weep.gif


smile.gif у меня тут такие "прогрессивные налоги" с научной зряплаты, что если их
применить к московским миллиардерам - Москва опустеет на следующий день smile.gif
Guest
IP-штамп: frTlWdNmzlEpc
гость



 прочитанное сообщение 06.08.2008 13:42     Сообщение для модератора  Сообщение для куратора темы     
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #59 множественное цитирование

проблема в том, что Иллюмина хочет дополнить свои секвенаторы, которые дают короткие риды, пиросеквенатором типа 454, который дает относительно длинные риды. По расчетам группы Леви и Вентора для сборки генома необходимы риды не менее 170 нуклеотидов. Комбинирование дешевого "короткого чтения" с дорогим, но "длинным" пиросеквенированием- это то, что стоит сегодня на повестке дня для любой геномной лаборатории. Конечно же можно купить и 454 и Иллюмину, но последняя хочет предложить комплексное решение на своей базе. Для поиска новых популяционных или ассоциативных снипов вполне подойдет и GAII особенно в сочетании с Exon trapping, а для аккуратной сборки диплоидного генома со всеми инверсиями, делециями и амплификациями нужно более аккуратное длинное чтение...

Всего благодарностей: 1Поблагодарили (1): genseq
Участник оффлайн! Guest1
Постоянный участник



 прочитанное сообщение 06.08.2008 13:54     Сообщение для модератора  Сообщение для куратора темы       Личное письмо
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #60 множественное цитирование

(Guest @ 06.08.2008 13:42)
Ссылка на исходное сообщение  проблема в том, что Иллюмина хочет дополнить свои секвенаторы, которые дают короткие риды, пиросеквенатором типа 454, который дает относительно длинные риды. По расчетам группы Леви и Вентора для сборки генома необходимы риды не менее 170 нуклеотидов. Комбинирование дешевого "короткого чтения" с дорогим, но "длинным" пиросеквенированием- это то, что стоит сегодня на повестке дня для любой геномной лаборатории. Конечно же можно купить и 454 и Иллюмину, но последняя хочет предложить комплексное решение на своей базе. Для поиска новых популяционных или ассоциативных снипов вполне подойдет и ГАИИ особенно в сочетании с Ехон траппинг, а для аккуратной сборки диплоидного генома со всеми инверсиями, делециями и амплификациями нужно более аккуратное длинное чтение...


smile.gif Что она это хочет - вроде уже выяснили smile.gif
хотелосъ бы шпионскую инфу об иллуминском "Пиросеке" smile.gif
Участник оффлайн! genseq
Постоянный участник



 прочитанное сообщение 06.08.2008 15:37     Сообщение для модератора  Сообщение для куратора темы       Личное письмо  Отправить e-mail  Web-адрес
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #61 множественное цитирование

Для инфы, даже для шпионской, пока рановато. Если, конечно, шпион не сидит в правлении Иллумины.

Что касается длины ридов, то у SOLiD 2.0 эта проблема решается парным чтением концов фрагментов длиной от 600 до 10000 п.о., причём длину чтения они обещают довести до 50х2. Это гораздо информативнее одиночных ридов, даже длинных.
Guest
IP-штамп: frTlWdNmzlEpc
гость



 прочитанное сообщение 06.08.2008 15:57     Сообщение для модератора  Сообщение для куратора темы     
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #62 множественное цитирование

Иллюмина уже давно не делает одиночных ридов. Они делают двойные риды сейчас по 35 нуклеотидов, а к зиме доведут до 50. Проблема касается именно биоинформатики и сборки. Скоро производить данные можно будет хоть в зимбабве, а вот собирать геном и уж тем более анализировать сутевую часть будет уделом очень немногих. Относительно информации по пиросеквенированию- это будет аналог 454, вернее по принципу пиросеквенирования, а пор воплощению это будет нечто иное, использующее технологию иллюминовских шариков с адресами...
Guest
IP-штамп: frTlWdNmzlEpc
гость



 прочитанное сообщение 06.08.2008 15:59     Сообщение для модератора  Сообщение для куратора темы     
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #63 множественное цитирование

И еще. У них у всех, и у нас тоже ( я имею в виду пользователей GAII, SOLID& 454) есть около полутора лет, пока на рынок не выйдет принципиально иная технология мономолекулярного чтения и тогда всем нам придется опять искать возможность смены парка машин на Хеликосы, ПасификБио и прочие нанопоры...
Участник оффлайн! Guest1
Постоянный участник



 прочитанное сообщение 06.08.2008 16:31     Сообщение для модератора  Сообщение для куратора темы       Личное письмо
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #64 множественное цитирование

(Guest @ 06.08.2008 15:59)
Ссылка на исходное сообщение  И еще. У них у всех, и у нас тоже ( я имею в виду пользователей ГАИИ, СОЛИД& 454) есть около полутора лет, пока на рынок не выйдет принципиально иная технология мономолекулярного чтения и тогда всем нам придется опять искать возможность смены парка машин на Хеликосы, ПасификБио и прочие нанопоры...


От задач зависит - меня де ново сиквинячиние не волнует smile.gif
Guest
IP-штамп: frTlWdNmzlEpc
гость



 прочитанное сообщение 06.08.2008 16:47     Сообщение для модератора  Сообщение для куратора темы     
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #65 множественное цитирование

Леви в приватной беседе утверждал, что просто ресеквенирования не достаточно для персональной медицины. Что мол направление участков, их копийность- важнейший фактор в развитии полигенных заболеваний... Заметьте, что у Вентера стоит 10 машин для пиросеквенирования и всего по одной Иллюмине и СОЛИДу...
Guest
IP-штамп: fr45uHVgO7WZ2
гость



 прочитанное сообщение 06.08.2008 17:28     Сообщение для модератора  Сообщение для куратора темы     
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #66 множественное цитирование

(Guest @ 06.08.2008 15:47)
Ссылка на исходное сообщение  Леви в приватной беседе утверждал, что просто ресеквенирования не достаточно для персональной медицины. Что мол направление участков, их копийность- важнейший фактор в развитии полигенных заболеваний... Заметьте, что у Вентера стоит 10 машин для пиросеквенирования и всего по одной Иллюмине и СОЛИДу...


smile.gif меня и "персональная медицина" не волнует , "полигенные заболевания" и
без буковок могут вылезти , например метилирование буковок smile.gif
Guest
IP-штамп: fr45uHVgO7WZ2
гость



 прочитанное сообщение 06.08.2008 18:03     Сообщение для модератора  Сообщение для куратора темы     
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #67 множественное цитирование

(Guest @ 06.08.2008 15:47)
Ссылка на исходное сообщение  Леви в приватной беседе утверждал, что просто ресеквенирования не достаточно для персональной медицины. Что мол направление участков, их копийность- важнейший фактор в развитии полигенных заболеваний... Заметьте, что у Вентера стоит 10 машин для пиросеквенирования и всего по одной Иллюмине и СОЛИДу...


Потому, что Вентер решил пересиквинячить всех бактерюх на своей жопе-
никакого отношения к полигенным наследственным болячкам он не имеет .
Guest
IP-штамп: fr45uHVgO7WZ2
гость



 прочитанное сообщение 06.08.2008 18:53     Сообщение для модератора  Сообщение для куратора темы     
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #68 множественное цитирование

(genseq @ 06.08.2008 14:37)
Ссылка на исходное сообщение  Для инфы, даже для шпионской, пока рановато. Если, конечно, шпион не сидит в правлении Иллумины.

Что касается длины ридов, то у СОЛиД 2.0 эта проблема решается парным чтением концов фрагментов длиной от 600 до 10000 п.о., причём длину чтения они обещают довести до 50х2. Это гораздо информативнее одиночных ридов, даже длинных.


А вы знаете , что такое Лос Аламос и Ливермор ? smile.gif Спросите у жителей Хиросимы
и Нагасаки smile.gif А потом подумайте почему сиквинячиние де ново микробов у них smile.gif
http://www.microbeproject.gov/index.cfm?CF...572&agency_id=1
Guest
IP-штамп: fr45uHVgO7WZ2
гость



 прочитанное сообщение 06.08.2008 19:02     Сообщение для модератора  Сообщение для куратора темы     
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #69 множественное цитирование

(genseq @ 06.08.2008 14:37)
Ссылка на исходное сообщение  Для инфы, даже для шпионской, пока рановато. Если, конечно, шпион не сидит в правлении Иллумины.

Что касается длины ридов, то у SOLiD 2.0 эта проблема решается парным чтением концов фрагментов длиной от 600 до 10000 п.о., причём длину чтения они обещают довести до 50х2. Это гораздо информативнее одиночных ридов, даже длинных.

http://www.jgi.doe.gov/
Guest
IP-штамп: fr45uHVgO7WZ2
гость



 прочитанное сообщение 06.08.2008 19:08     Сообщение для модератора  Сообщение для куратора темы     
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #70 множественное цитирование

(Guest @ 06.08.2008 15:47)
Ссылка на исходное сообщение  Леви в приватной беседе утверждал, что просто ресеквенирования не достаточно для персональной медицины. Что мол направление участков, их копийность- важнейший фактор в развитии полигенных заболеваний... Заметьте, что у Вентера стоит 10 машин для пиросеквенирования и всего по одной Иллюмине и СОЛИДу...


Ну и где Апплера-Селера -АБИ ? smile.gif
АБИ купли Инвитроген из жалости smile.gif
Участник оффлайн! genseq
Постоянный участник



 прочитанное сообщение 06.08.2008 20:47     Сообщение для модератора  Сообщение для куратора темы       Личное письмо  Отправить e-mail  Web-адрес
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #71 множественное цитирование

(Guest @ 06.08.2008 13:47)
Ссылка на исходное сообщение  Леви в приватной беседе утверждал, что просто ресеквенирования не достаточно для персональной медицины. Что мол направление участков, их копийность- важнейший фактор в развитии полигенных заболеваний... Заметьте, что у Вентера стоит 10 машин для пиросеквенирования и всего по одной Иллюмине и СОЛИДу...


Какого именно Леви Вы имели в виду? Фамилия довольно распространённая. Известны, например, джинсы Леви-Страус confused.gif .

Есть ещё Amnon Levi
Charleston, South Carolina
Research Geneticist
Amnon.Levi@ars.usda.gov
Phone: (843) 402-5300 ext. 5326
Fax: (843) 573-4715
2700 SAVANNAH HIGHWAY
CHARLESTON, SC, 29414-0000

Projects

GENETICS AND GENETIC IMPROVEMENT OF DISEASE RESISTANCE AND QUALITY TRAITS IN WATERMELON, BROCCOLI, AND LEAFY GREEN BRASSICAS Appropriated (D)
Accession Number: 413305


IDENTIFYING DNA MARKERS LINKED TO THE FUSARIUM WILT (RACE 1) RESISTANCE GENE IN WATERMELON Nonfunded Cooperative Agreement (N)
Accession Number: 412587


COMPARATIVE GENOMICS, WIDENING NARROW GENETIC BACKGROUND AND MINING FRUIT QUALITY GENES IN CUCURBITS Reimbursable ®
Accession Number: 412813

Сообщение было отредактировано genseq - 06.08.2008 20:48
Участник оффлайн! genseq
Постоянный участник



 прочитанное сообщение 06.08.2008 20:56     Сообщение для модератора  Сообщение для куратора темы       Личное письмо  Отправить e-mail  Web-адрес
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #72 множественное цитирование

Кажется, нашёл:

Dr. Samuel Levy, Director in Human Genomics at the J. Craig Venter Institute, has an ongoing interest in characterizing and refining the structure and function of the genome and epigenome in human populations. Dr. Levy was the leading scientist on the first published diploid genome sequence of a human, J. Craig Venter (PLoS Biology 5, e254), and he leads ongoing studies of functional characterization of DNA variants in protein coding and cis-regulatory regions. Dr. Levy also provides contract-based gene resequencing services for the National Heart, Lung and Blood Institute (NHLBI) and has worked with over ten different research groups over the last three years providing high throughput discovery of DNA variants on clinical samples for disease association studies.

Картинки:
 картинки уже нет на сайте: levys_01.jpg levys_01.jpg — (6.96к) 06.08.2008 — 20.08.2008  
Guest
IP-штамп: frP9xo7vsDH2c
гость



 прочитанное сообщение 07.08.2008 00:27     Сообщение для модератора  Сообщение для куратора темы     
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #73 множественное цитирование

Проблемы, связанные с reversible terminators, безусловно существуют, но неразрешимыми они не кажутся - думаю, год работы с 9N в определенных комнатах ИБХ приведет к значительному увеличению эффективности включения терминаторов без многократного удорожания (хотя киты для 454 и так запредельно дорогие, это факт).

Проблема определения "направления участков" в большинстве случаев однозначно решается с помощью paired-end, проблема копийности по идее решается адаптацией digital PCR к полногеномному секвенатору (с предварительным отловом нужных последовательностей - как у NimbleGen или ) - paired end есть у всех next-gen технологий, для digital PCR рошевский 454 подходит лучше, чем иллюминовский GA (другое дело - "шарики с адресами").

Статус метилирования буковок надежнее всего определяется опять-таки секвенированием (после бисульфитной модификации).

Вот будет забавно, если окажется, что у Вентера стоит 10 штук аппаратов от Biotage:))

Касательно мономолекулярщиков - Хеликос вроде как начал коммерциализацию, в ZS Genetics утверждают, что открыты для переговоров о бета-тестировании, а во всяческие nanopore пока ИМХО рановато верить.
Guest
IP-штамп: frP9xo7vsDH2c
гость



 прочитанное сообщение 07.08.2008 00:29     Сообщение для модератора  Сообщение для куратора темы     
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #74 множественное цитирование

У NimbleGen или Olink (про последний см. www.pnas.org/cgi/content/full/0702165104 )

Всего благодарностей: 1Поблагодарили (1): genseq
Участник оффлайн! genseq
Постоянный участник



 прочитанное сообщение 07.08.2008 08:48     Сообщение для модератора  Сообщение для куратора темы       Личное письмо  Отправить e-mail  Web-адрес
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #75 множественное цитирование

(Guest @ 06.08.2008 21:27)
Ссылка на исходное сообщение  Проблемы, связанные с reversible terminators, безусловно существуют, но неразрешимыми они не кажутся - думаю, год работы с 9N в определенных комнатах ИБХ приведет к значительному увеличению эффективности включения терминаторов без многократного удорожания (хотя киты для 454 и так запредельно дорогие, это факт).

Касательно мономолекулярщиков - Хеликос вроде как начал коммерциализацию, в ZS Genetics утверждают, что открыты для переговоров о бета-тестировании, а во всяческие nanopore пока ИМХО рановато верить.


Касательно мономолекулярщиков:
1. Хеликос третий год заявляет о том, что "вроде как начал коммерциализацию", но "воз и ныне там". Недавно, правда, им удалось просеквенировани геном бактериафага фX174 (~5 тыс. п.о.). Т.е. "гора родила мышь") rolleyes.gif .
2. ZS Genetics "открыта для переговоров о бета-тестировании своей технологии", т.е. открыта для инвесторов beer.gif . Количество подобных "открытых для переговоров" фирм измеряется десятками.

Полимераза из "определённых комнат ИБХ" не решит проблему, поскольку речь идёт об "увеличении эффективности включения терминаторов без многократного удорожания", а требуется многократное удешевление.
Тем не менее очень рад, что в России есть люди, пытающиеся заниматься решением подобных проблем. Жалко только, что работать им приходится в глубоком подполье weep.gif .

Сообщение было отредактировано genseq - 07.08.2008 08:51
Guest
IP-штамп: fr45uHVgO7WZ2
гость



 прочитанное сообщение 07.08.2008 09:26     Сообщение для модератора  Сообщение для куратора темы     
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #76 множественное цитирование

(genseq @ 06.08.2008 14:37)
Ссылка на исходное сообщение  Для инфы, даже для шпионской, пока рановато. Если, конечно, шпион не сидит в правлении Иллумины.

Что касается длины ридов, то у СОЛиД 2.0 эта проблема решается парным чтением концов фрагментов длиной от 600 до 10000 п.о., причём длину чтения они обещают довести до 50х2. Это гораздо информативнее одиночных ридов, даже длинных.


smile.gif ну уболтал - уже год , как пробуем 454-ПЕРЕСИКВИНЯЧИТь классический штамм
субтильной бациллы smile.gif так-что - попутного ветра в "персональную медицину" beer.gif
Guest
IP-штамп: fr45uHVgO7WZ2
гость



 прочитанное сообщение 07.08.2008 09:37     Сообщение для модератора  Сообщение для куратора темы     
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #77 множественное цитирование

(genseq @ 06.08.2008 14:37)
Ссылка на исходное сообщение  Для инфы, даже для шпионской, пока рановато. Если, конечно, шпион не сидит в правлении Иллумины.

Что касается длины ридов, то у СОЛиД 2.0 эта проблема решается парным чтением концов фрагментов длиной от 600 до 10000 п.о., причём длину чтения они обещают довести до 50х2. Это гораздо информативнее одиночных ридов, даже длинных.


почему рановато - Вентер рванул в акванавты и забил на человеков , потому
как доктора Ватсона отсиквинячили smile.gif типа не интересно стало человеков smile.gif
оставил за себя Леву щеки раздувать smile.gif

Environ Microbiol. 2008 Jul 14. [Epub ahead of print]Click here to read Links
It's all relative: ranking the diversity of aquatic bacterial communities.
Shaw AK, Halpern AL, Beeson K, Tran B, Venter JC, Martiny JB.

Department of Ecology and Evolutionary Biology, Brown University, Providence, RI 02912, USA.

The study of microbial diversity patterns is hampered by the enormous diversity of microbial communities and the lack of resources to sample them exhaustively. For many questions about richness and evenness, however, one only needs to know the relative order of diversity among samples rather than total diversity. We used 16S libraries from the Global Ocean Survey to investigate the ability of 10 diversity statistics (including rarefaction, non-parametric, parametric, curve extrapolation and diversity indices) to assess the relative diversity of six aquatic bacterial communities. Overall, we found that the statistics yielded remarkably similar rankings of the samples for a given sequence similarity cut-off. This correspondence, despite the different underlying assumptions of the statistics, suggests that diversity statistics are a useful tool for ranking samples of microbial diversity. In addition, sequence similarity cut-off influenced the diversity ranking of the samples, demonstrating that diversity statistics can also be used to detect differences in phylogenetic structure among microbial communities. Finally, a subsampling analysis suggests that further sequencing from these particular clone libraries would not have substantially changed the richness rankings of the samples.
Guest
IP-штамп: fr45uHVgO7WZ2
гость



 прочитанное сообщение 07.08.2008 09:49     Сообщение для модератора  Сообщение для куратора темы     
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #78 множественное цитирование

(genseq @ 06.08.2008 14:37)
Ссылка на исходное сообщение  Для инфы, даже для шпионской, пока рановато. Если, конечно, шпион не сидит в правлении Иллумины.

Что касается длины ридов, то у СОЛиД 2.0 эта проблема решается парным чтением концов фрагментов длиной от 600 до 10000 п.о., причём длину чтения они обещают довести до 50х2. Это гораздо информативнее одиночных ридов, даже длинных.


Вентер по океановирусам специализируется smile.gif
http://www.plosone.org/article/info:doi/10...al.pone.0001456
Участник оффлайн! genseq
Постоянный участник



 прочитанное сообщение 07.08.2008 10:43     Сообщение для модератора  Сообщение для куратора темы       Личное письмо  Отправить e-mail  Web-адрес
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #79 множественное цитирование

(Guest @ 07.08.2008 07:07)
Ссылка на исходное сообщение  Офтоп, но не спрсить не могу у Генсека (он знает все smile.gif ):
Не ведутся ся ли работы в "определённых комнат ИБХ" по получению KOD полимеразы?
http://www.merckbiosciences.co.uk/html/nvg/kodindex.htm


Весьма польщён redface.gif . К сожалению, знаю далеко не всё rolleyes.gif . Точнее - совсем немного frown.gif . Ещё точнее - почти ничего weep.gif .

Но кое-что знаю. Например, если кого-то интересуют полимеразы, причём из ИБХ, то обращаться нужно к Матвеичу. Уж он-то точно знает всё umnik.gif .
Guest
IP-штамп: frNwv0U1khjS.
гость



 прочитанное сообщение 07.08.2008 10:57     Сообщение для модератора  Сообщение для куратора темы     
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #80 множественное цитирование

(Guest @ 07.08.2008 09:49)
Ссылка на исходное сообщение  если не выбросил КОД - могу послать малой скоростью  smile.gif

Для твоей "обработанной" ДНК КОД-полимераза не подошла, значит? confused.gif Как это малой скоростью и куда? confused.gif
Guest
IP-штамп: fr45uHVgO7WZ2
гость



 прочитанное сообщение 07.08.2008 11:08     Сообщение для модератора  Сообщение для куратора темы     
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #81 множественное цитирование

(Guest @ 07.08.2008 09:57)
Ссылка на исходное сообщение  Для твоей "обработанной" ДНК КОД-полимераза не подошла, значит?  confused.gif  Как это малой скоростью и куда? confused.gif


она ни для какой ДНК не подошла нафик smile.gif куда послать ее - могу тебе если
не стухла или не выбросил smile.gif
Guest
IP-штамп: fr45uHVgO7WZ2
гость



 прочитанное сообщение 07.08.2008 11:20     Сообщение для модератора  Сообщение для куратора темы     
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #82 множественное цитирование

(Guest @ 07.08.2008 09:57)
Ссылка на исходное сообщение  Для твоей "обработанной" ДНК КОД-полимераза не подошла, значит?  confused.gif  Как это малой скоростью и куда? confused.gif


недавно был в ступоре - евабраун уверенно ингибировала японские полимеразы smile.gif
Guest
IP-штамп: fr45uHVgO7WZ2
гость



 прочитанное сообщение 07.08.2008 11:33     Сообщение для модератора  Сообщение для куратора темы     
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #83 множественное цитирование

(Guest @ 07.08.2008 09:57)
Ссылка на исходное сообщение  Для твоей "обработанной" ДНК КОД-полимераза не подошла, значит?  confused.gif  Как это малой скоростью и куда? confused.gif


для обработанной днк я спидстархс такары южу - на все другие - забил smile.gif
но она не любит евубраун smile.gif
http://catalog.takara-bio.co.jp/en/product...itid=U100005919
Guest
IP-штамп: frNwv0U1khjS.
гость



 прочитанное сообщение 07.08.2008 12:34     Сообщение для модератора  Сообщение для куратора темы     
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #84 множественное цитирование

(Guest @ 07.08.2008 10:33)
Ссылка на исходное сообщение  для обработанной днк я спидстархс такары южу - на все другие - забил  smile.gif
но она не любит евубраун  smile.gif
http://catalog.takara-bio.co.jp/en/product...itid=U100005919

А какая полимераза входит в Такару Микс.? confused.gif По КОДу патент у япошки. confused.gif Представил тебя в состоянии ступора... lol.gif lol.gif

Да простит меня Генсек за сплошной офтоп, redface.gif но после "волнового беспредела " на этом форуме я с собой ничего не могу поделать. mad.gif хочется постоянно нарушать. smile.gif
Guest
IP-штамп: frTlWdNmzlEpc
гость



 прочитанное сообщение 07.08.2008 13:43     Сообщение для модератора  Сообщение для куратора темы     
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #85 множественное цитирование

метилирование тоже можно смотреть с мононуклеотидным разрешением... вот для арабидопсиса уже сделали... и для людей вот вот Ениш сделает... Таким образом после проекта 1000геномов может стать на повестку дня проект 1000эпигеномов. Только собирать их существенно сложнее из за вырожденности ЦТ
KB
IP-штамп: frGqyYT8IU7LU
гость



 прочитанное сообщение 07.08.2008 18:47     Сообщение для модератора  Сообщение для куратора темы     
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #86 множественное цитирование

(Guest @ 06.08.2008 23:27)
Ссылка на исходное сообщение   9N в определенных комнатах ИБХ приведет к значительному увеличению эффективности включения терминаторов без многократного удорожания.


9N это вотчина NEBа. Матвеич и компания этой полимеразой не занимаются. Может кто-то еще в ИБХ занимается ДНК полимеразами?
Участник оффлайн! Guest1
Постоянный участник



 прочитанное сообщение 07.08.2008 18:56     Сообщение для модератора  Сообщение для куратора темы       Личное письмо
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #87 множественное цитирование

(Guest @ 07.08.2008 12:34)
Ссылка на исходное сообщение  А какая полимераза входит в Такару Микс.? confused.gif  По КОДу патент у япошки. confused.gif  Представил тебя в состоянии ступора... lol.gif  lol.gif

Да простит меня Генсек за сплошной офтоп, redface.gif  но после "волнового беспредела " на этом форуме я с собой ничего не могу поделать. mad.gif хочется постоянно нарушать. smile.gif


smile.gif издеваешси - поставил на верити градиент подстраховатся -
взял японофаст и абифаст и бухнул евубраун - на аби - все идет , что с евой , что
без . на японофаст - только без евы и пофиг градиент confused.gif
Участник оффлайн! Guest1
Постоянный участник



 прочитанное сообщение 07.08.2008 19:03     Сообщение для модератора  Сообщение для куратора темы       Личное письмо
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #88 множественное цитирование

(Guest @ 07.08.2008 12:34)
Ссылка на исходное сообщение  А какая полимераза входит в Такару Микс.? confused.gif  По КОДу патент у япошки. confused.gif  Представил тебя в состоянии ступора... lol.gif  lol.gif

Да простит меня Генсек за сплошной офтоп, redface.gif  но после "волнового беспредела " на этом форуме я с собой ничего не могу поделать. mad.gif хочется постоянно нарушать. smile.gif


фиг его знает - нулевая гипотеза - клентака + вент + антитела -
но только не надейся - я в отпуске smile.gif
Участник оффлайн! Guest1
Постоянный участник



 прочитанное сообщение 07.08.2008 19:17     Сообщение для модератора  Сообщение для куратора темы       Личное письмо
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #89 множественное цитирование

(KB @ 07.08.2008 19:11)
Ссылка на исходное сообщение  КОДом в "определённых комнатах" не интересуются - уж больно плохо ПЦРит зараза (как и все другие полимеразы из археобактерий). А Вам для чего? Если для ПЦР без ошибок то лучше пользовать Пхусион полимеразу хттп://щщщ.неб.цом/небецомм/продуцтс/продуцтФ-530.асп или  Терсус хттп:/евроген.ру/п4-2.штмл.
В обоих случаях точность работы ферментов сопоставима с Пфу и Вент, а эффективность ПЦР на порядки выше


Вроде Иллумина-Солекса для амплификации библиотек Пхусион торгует в киты . Мне не подошла -
больно ДНК у меня ультрафиолетом покоцана smile.gif
Участник оффлайн! Guest1
Постоянный участник



 прочитанное сообщение 07.08.2008 19:25     Сообщение для модератора  Сообщение для куратора темы       Личное письмо
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #90 множественное цитирование

(Guest @ 07.08.2008 12:34)
Ссылка на исходное сообщение  А какая полимераза входит в Такару Микс.? confused.gif  По КОДу патент у япошки. confused.gif  Представил тебя в состоянии ступора... lol.gif  lol.gif

Да простит меня Генсек за сплошной офтоп, redface.gif  но после "волнового беспредела " на этом форуме я с собой ничего не могу поделать. mad.gif хочется постоянно нарушать. smile.gif


confused.gif а может действительно они клентаку смешали с КОДой confused.gif
КОДа точно СИБРой ингибируется .
Guest
IP-штамп: fr45uHVgO7WZ2
гость



 прочитанное сообщение 07.08.2008 19:40     Сообщение для модератора  Сообщение для куратора темы     
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #91 множественное цитирование

(Guest @ 07.08.2008 11:34)
Ссылка на исходное сообщение  А какая полимераза входит в Такару Микс.? confused.gif  По КОДу патент у япошки. confused.gif  Представил тебя в состоянии ступора... lol.gif  lol.gif

Да простит меня Генсек за сплошной офтоп, redface.gif  но после "волнового беспредела " на этом форуме я с собой ничего не могу поделать. mad.gif хочется постоянно нарушать. smile.gif


confused.gif
http://www.jstage.jst.go.jp/article/analsci/21/1/53/_pdf
Guest
IP-штамп: frNwv0U1khjS.
гость



 прочитанное сообщение 07.08.2008 19:40     Сообщение для модератора  Сообщение для куратора темы     
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #92 множественное цитирование

(KB @ 07.08.2008 18:11)
Ссылка на исходное сообщение  KODом в "определённых комнатах" не интересуются - уж больно плохо ПЦРит зараза (как и все другие полимеразы из археобактерий). А Вам для чего? Если для ПЦР без ошибок то лучше пользовать Phusion полимеразу http://www.neb.com/nebecomm/products/productF-530.asp или  Tersus http://evrogen.ru/p4-2.shtml.
В обоих случаях точность работы ферментов сопоставима с Pfu и Vent, а эффективность ПЦР на порядки выше

Для полного счастья. smile.gif Для мультиплекса (18-20 плекс) STR-ов c 5-мечеными праймерами. Идет накопление очень коротких меченных осколков, frown.gif от праймеров ? confused.gif от ПЦР продуктов? confused.gif Вообщем, картинка не очень красивая. weep.gif
Участник оффлайн! genseq
Постоянный участник



 прочитанное сообщение 07.08.2008 21:10     Сообщение для модератора  Сообщение для куратора темы       Личное письмо  Отправить e-mail  Web-адрес
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #93 множественное цитирование

Насколько я понимаю, при таком крутом мультиплексировании нужна полная взаимосовместимость праймеров, т.е. отсутствие межпраймерных залипаний. Иначе должны вылезть если не димеры, то всяческие вилочные структуры. Наверное, это и есть Ваши "короткие меченые осколки".

Это Вы личности идентифицируете, или просто гаплотипы определяете?
Guest
IP-штамп: fr45uHVgO7WZ2
гость



 прочитанное сообщение 08.08.2008 10:47     Сообщение для модератора  Сообщение для куратора темы     
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #94 множественное цитирование

(Guest @ 07.08.2008 18:40)
Ссылка на исходное сообщение  Для полного счастья. smile.gif Для мультиплекса (18-20 плекс) СТР-ов  ц 5-мечеными праймерами. Идет накопление очень коротких меченных осколков, frown.gif  от праймеров ? confused.gif от ПЦР продуктов? confused.gif Вообщем, картинка не очень красивая. weep.gif


Рекламацию Промеге или АБИ smile.gif
Участник оффлайн! Guest1
Постоянный участник



 прочитанное сообщение 08.08.2008 13:06     Сообщение для модератора  Сообщение для куратора темы       Личное письмо
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #95 множественное цитирование

(genseq @ 06.08.2008 15:37)
Ссылка на исходное сообщение  Для инфы, даже для шпионской, пока рановато. Если, конечно, шпион не сидит в правлении Иллумины.

Что касается длины ридов, то у СОЛиД 2.0 эта проблема решается парным чтением концов фрагментов длиной от 600 до 10000 п.о., причём длину чтения они обещают довести до 50х2. Это гораздо информативнее одиночных ридов, даже длинных.


"Шпионская инфа" smile.gif Однажды немцы, англичайне и японцы решили отсиквинячить
бактерию на брудершафт. Разрезали ее на три куска , потом собрали в кучу
и выставили в базу данных всем на радость smile.gif

Мораль басни - не связуйтесь с японцами smile.gif
Участник оффлайн! Guest1
Постоянный участник



 прочитанное сообщение Сообщение на английском  08.08.2008 13:17     Сообщение для модератора  Сообщение для куратора темы       Личное письмо
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #96 множественное цитирование

http://www.plosgenetics.org/article/info:d...al.pgen.1000139
Участник оффлайн! genseq
Постоянный участник



 прочитанное сообщение 09.08.2008 10:30     Сообщение для модератора  Сообщение для куратора темы       Личное письмо  Отправить e-mail  Web-адрес
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #97 множественное цитирование

Illumina scientists have demonstrated that the same runs can yield 10GB of high quality data with 50-base paired end reads.

http://findarticles.com/p/articles/mi_m0EI..._6/ai_n25383115

Кстати, об Иллумине. Уже божатся, что довели длину чтения до 75 п.о. tongue.gif Не планирует ли кто-нибудь покупку GAII rolleyes.gif ?
Участник оффлайн! Guest1
Постоянный участник



 прочитанное сообщение 09.08.2008 10:55     Сообщение для модератора  Сообщение для куратора темы       Личное письмо
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #98 множественное цитирование

(genseq @ 09.08.2008 10:30)
Ссылка на исходное сообщение  Иллумина сциентистс хаве демонстратед тхат тхе саме рунс цан ыиелд 10ГБ оф хигх яуалиты дата щитх 50-басе паиред енд реадс.

хттп://финдартицлес.цом/п/артицлес/ми_м0ЕИ..._6/аи_н25383115

Кстати, об Иллумине. Уже божатся, что довели длину чтения до 75 п.о.  tongue.gif Не планирует ли кто-нибудь покупку ГАИИ  rolleyes.gif ?


Это что за намеки smile.gif Я тут уже напокупался благодаря некоторым товарищам smile.gif
Участник оффлайн! Guest1
Постоянный участник



 прочитанное сообщение 09.08.2008 11:01     Сообщение для модератора  Сообщение для куратора темы       Личное письмо
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #99 множественное цитирование

(genseq @ 09.08.2008 10:30)
Ссылка на исходное сообщение  Иллумина сциентистс хаве демонстратед тхат тхе саме рунс цан ыиелд 10ГБ оф хигх яуалиты дата щитх 50-басе паиред енд реадс.

хттп://финдартицлес.цом/п/артицлес/ми_м0ЕИ..._6/аи_н25383115

Кстати, об Иллумине. Уже божатся, что довели длину чтения до 75 п.о.  tongue.gif Не планирует ли кто-нибудь покупку ГАИИ  rolleyes.gif ?


Кстати , в Констанце прибамбаса для пеард-ендс есть - толъко не понял , что
за новая химия и математика у Иллумины confused.gif
Guest
IP-штамп: frNwv0U1khjS.
гость



 прочитанное сообщение 11.08.2008 10:03     Сообщение для модератора  Сообщение для куратора темы     

(Guest1 @ 09.08.2008 09:55)
Ссылка на исходное сообщение  Это что за намеки smile.gif Я тут уже напокупался благодаря некоторым товарищам smile.gif

Ты чего такое говоришь? confused.gif Это же не специально. Я что сам не покупаю - вместо столов стеллажи завел. no.gif smile.gif
А секвенаторы мне бесплатно не нужны.

*




Кнопка "Транслит" перекодирует
текст из транслита в кирилицу.
Правила перекодировки здесь;
текст в квадратных скобках'[]'
не преобразуется.
Имя:

 преобразовывать смайлики · показать смайлики
Назначение кнопок:

   Поблагодарить автора сообщения — поблагодарить автора
   Удалить сообщение — удалить
   Редактировать сообщение — редактировать
   Поместить сообщение в колонку новостей — поместить в колонку новостей
   Цитировать — цитировать сообщение
   не входит в цитирование/входит в цитирование — цитировать несколько
   Отметить СПАМ-сообщение — обозначить спам
   Сообщение для модератора — связь с модератором
   Участник онлайн!/Участник оффлайн! — автор онлайн/оффлайн
   Фотография — фотография автора

   - остальные обозначения -
 
   *
« Предыдущая тема · Молекулярная и клеточная биология · Следующая тема »
Быстрый ответДобавить сообщение в темуСоздать новую тему

Rambler   molbiol.ru - методы, информация и программы для молекулярных биологов              

 ·  Викимарт - все интернет-магазины в одном месте  ·  Доска объявлений Board.com.ua  · 
--- сервер арендован в компании Hetzner Online, Германия ---
--- администрирование сервера: Intervipnet ---

Хеликон · Диаэм · ИнтерЛабСервис · Beckman Coulter · SkyGen · ОПТЭК · BIOCAD · Евроген · Синтол · БиоЛайн · Sartorius · Химэксперт · СибЭнзим · Tecan · Даниес · НПП "ТРИС" · Биалекса · ФизЛабПрибор · Genotek · АТГ Сервис Ген · Биоген-Аналитика
Ваш форум  ·  redactor@molbiol.ru  ·  реклама  ·  Дата и время: 19.10.21 00:10
Bridged By IpbWiki: Integration Of Invision Power Board and MediaWiki © GlobalSoft