Molbiol.ru | О проекте | Справочник | Методы | Растворы | Расчёты | Литература | Орг.вопросы Web | Фирмы | Coffee break | Картинки | Работы и услуги | Биржа труда | Zbio-wiki NG SEQUENCING · ЖИЗНЬ РАСТЕНИЙ · БИОХИМИЯ · ГОРОДСКИЕ КОМАРЫ · А.А.ЛЮБИЩЕВ · ЗООМУЗЕЙ Темы за 24 часа [ Вход* | Регистрация* ] Форум: | |
O.Prisya Участник Минск |
Моя проблема: нужно экспрессировать прокариотический ген в эукариотической клетке. Как одну из начальных стадий "проверки" внедряемой последовательности рекомендованно проводить анализ частоты использования переносимых кодонов в реципиентном организме. Для этих целей существует целый ряд "онлайн" проектов, осуществляющих этот анализ. У подавляющего большинства этих программ единицей измерения частоты кодонов являестя "встречаемость кодона на 1000 кодонов". Вопросы: 1. при какой частоте встречаемости кодон можно называть "редким"? 2. есть ли где-нибудь "места", где об этом можно было бы почитать? (именно об этой "пороговой" цифре) 3. эта "пороговая частота" одинакова для всех или специфична для каждого организма? 4. кодон нужно модифицировать, когда его вообще нет, или когда частота его использования меньше определенной цифры? Заранее спасибо за ответы! |
Nameless Постоянный участник CA |
|
O.Prisya Участник Минск |
|
guest: Андрей IP-штамп: fr5rCDKjN1xa6 гость |
(O.Prisya @ 17.07.2008 13:14) Я хочу посмотреть эффекты/взаимодействия в трансгенных растениях. Я понимаю, что все это зависит от многих показателей... но интересует меня на данный момент чисто статистические цифры про частоту кодонов... или она для разных целей разная? А твой белок вообще в растениях синтезируется? |
O.Prisya Участник Минск |
(guest: Андрей @ 17.07.2008 14:10) пока еще не знаю, это бактериальный белок... перед тем, как его ген засовывать в растение, хотелось бы проверить его "биоинформатически"... |
isotope Постоянный участник |
|
O.Prisya Участник Минск |
(isotope @ 17.07.2008 15:45) спасибо за информацию, но этот портал я знаю. Там, опять же, погоговая частота высталяется вручную... вот, так для того, чтобы что выставить, нужно знать КАКУЮ выставить... поэтому и хочется где-нибудь что-нибудь почитать... |
Nameless Постоянный участник CA |
Пул доступных тРНК, как и количество, тип и ГЦ-состав доступных для трансляции матриц (что именно отображает т.н. частота использования) может запросто меняться у того же организма в зависимости от условий внешней среды, не говоря уже о том, что для многоклеточных организмов она по идее будет немного плавать в клетках разных тканей. Потом не забывайте, что гены по экспрессии делят на три группы, для каждой частота своя. Так что все эти цифры - не более, чем средня температура по больнице/отделении. Вы же понимаете, это всё исскуственные категории, созданные чтобы хоть как-то характеризовать процесс. Теория критиковалась неоднократно (http://www.biomedcentral.com/1471-2148/7/119). Помимо самой частоты ещё важно положение, образование кластеров. Например, для котрансляционного фолдинга лучше, чтобы редкие кодоны, более того - кластеры, были на границах белковых доменов, чтобы рибосома тормозилась и давала немного больше времени доменам чтобы свернуться, так что получается что в некоторых случаях нельзя просто отсечь все редкие кодоны. Ещё на мой взгляд критично, чтобы для каждого кодона в каждой системе всё было чётко показано экспериментально, а таких данных немного. В общем это всё важно в основном для оверэкспрессированых генов, когда клетка фактически приводится в состояние стресса. В эукариотах вы всё равно не достигнете такого уровня экспрессии как в еколи. Так что не заморачивайтесь сильно, если вам нужно только оверэкспрессировать белок, используйте один из онлайн проектов. Всё равно экспериментально сами вы эффекты кодонов посмотреть не сможете, да и не будете, а так хоть будет на кого сослаться. Просто исключите откровенно редкие кодоны. Если нужны какие-то цифры, постройте график частоты кодонов для ваших клеток, расположив кодоны по уменьшению. В точке, где линия графика в самом конце резко пойдёт вниз (последние 6-7 кодонов), и будет трешхолд, т.е. как в реал-тайме с C(t) только наоборот . Сообщение было отредактировано Nameless - 17.07.2008 19:11
|
O.Prisya Участник Минск |
я, впринципе, так об этом всем и думала... буду "как-то" пользоваться имеющимися программами... |
petr Постоянный участник |
Забить, или вручную поправить на более встречаемые? Сообщение было отредактировано petr - 25.02.2018 00:18 |
R-J-Dio Постоянный участник |
|
petr Постоянный участник |
|
Tuco Ramires Постоянный участник Rio Grande |
По идее в бактериях было бы и проще, и дешевле. Но тут какие-то еще есть обстоятельства, наверное?
|
R-J-Dio Постоянный участник |
|
petr Постоянный участник |
(Tuco Ramires @ 25.02.2018 20:03) Петр, если не секрет: а почему возникла такая задача? С обратными ситуациями - когда надо сделать человеческий белок в бактериях - сталкивался часто, а вот так... По идее в бактериях было бы и проще, и дешевле. Но тут какие-то еще есть обстоятельства, наверное? Бактерии не подходят к сожалению. |
petr Постоянный участник |
(R-J-Dio @ 25.02.2018 20:52) Да, скорее всего так. Во всяком случае с праймерами и пробами так и поступаю. Сижу сейчас, дизайню, и что-то странно. То, что выдает тут |
Tom1 Постоянный участник |
тем более небольшое .... полню как говорит т. из Еиьврогена исчо в прошлом века екпрессировал бета лактамазу в клетка.... с аргинином надо да по аккуратнее, а в остальном ... правда есть вероятность что он " свернется " не совсем качественно, тогда караул.... Надеюсь тебе попрет...
|
petr Постоянный участник |
Сообщение было отредактировано petr - 26.02.2018 22:54 |
R-J-Dio Постоянный участник |
|
petr Постоянный участник |
(R-J-Dio @ 26.02.2018 22:11) прога от IDT действительно странная, она хорошо выдает всякие стремные места, а вот с кодонами непонятно Ну я вот что-то среднее замутил со второой прогой, и поменял в IDT на то, что выдала другая прога с большей частотой встречаемости. Вобщем посмотрим что получится. |
petr Постоянный участник |
Сначала опубликуйте, и только тогда будет можно что-то обсуждать. А пока не лезьте уж откровенно не в свое дело.
|
R-J-Dio Постоянный участник |
|
petr Постоянный участник |
Все получилось. Все экспрессируется. Уровень экспрессии сопоставим с другим белком, который я экспрессировал раньше. Для моих целей вполне подходит. Теперь буду проверять насколько белок фенкционален и возможную аггрегацию и прочие подлянки, которые могут теперь возникнуть. Еще раз спасибо всем за ответы. |
R-J-Dio Постоянный участник |
|
watchesonline89 Постоянный участник |
|
« Предыдущая тема · Молекулярная и клеточная биология · Следующая тема » |