Rambler's Top100
Лёгкая версия форума* Виртуальная клавиатура  English  
Molbiol.ru | О проекте | Справочник | Методы | Растворы | Расчёты | Литература | Орг.вопросы
Web | Фирмы | Coffee break | Картинки | Работы и услуги | Биржа труда | Междисциплинарный биологический онлайн-журналZbio-wiki

NG SEQUENCING · ЖИЗНЬ РАСТЕНИЙ · БИОХИМИЯ · ГОРОДСКИЕ КОМАРЫ · А.А.ЛЮБИЩЕВ · ЗООМУЗЕЙ


Темы за 24 часа  [ Вход* | Регистрация* ]  
   



Форум: 
 

Щёлкните, чтобы внести в Избранные Темы* Технологии секвенирования следующего поколения. -- Куда двигаться дальше? --
ИнтерЛабСервис - передовые технологии молекулярной диагностики
Кураторы темы:* genseq
Чёрный список: GMO, Gariaev
     NB! в теме нельзя обсуждать тех, кто внесён в чёрный список
Операции: Хочу стать куратором* · Подписаться на тему* · Отправить страницу по e-mail · Версия для печати*
Внешний вид:* Схема · [ Стандартный ] · +Перв.сообщ.


Добавить сообщение в темуСоздать новую темуСоздать голосование
Участник оффлайн! -Ъ-
Постоянный участник
Москва



 прочитанное сообщение 25.09.2017 11:53     Сообщение для модератора  Сообщение для куратора темы       Личное письмо

(sceptique @ 25.09.2017 12:33)
Ссылка на исходное сообщение  
Пилить госбюджет и выводить его себе на Кипр и в ЛюксембургЪ - всяко проще. Сейчас, кстати, разворачивается нешуточная борьба за пост конкурсного банкротного управляющего РАН, который следующие 5 лет будет иметь верховное право распродавать ее активы. Вы за кого болеете в этом ВысокомЪ Соревновании?

Я вне РАН давно и голосовать мне не придется. Ну если только позовут. wink.gif
А ведь я тоже люблю на Кипре отдыхать, регулярно. shuffle.gif
Участник онлайн! genseq
Постоянный участник



 прочитанное сообщение 25.09.2017 13:32     Сообщение для модератора  Сообщение для куратора темы       Личное письмо  Отправить e-mail  Web-адрес

(-Ъ- @ 25.09.2017 09:13)
Ссылка на исходное сообщение  
Генсек, охота тебе ликбезом заниматься. no.gif Способствуешь процветанию мракобесия чинуш в области "секвенаторостроения", вводишь в заблуждение неокрепшие умы, пардон.
А теперь что будем делать с порами, сужать или расширять? wink.gif 
Слава богу не поддался твоему вредному влиянию лет 10 или 15 назад.


Ликбезом заниматься неохота. Но иногда нужно. Не столько для чинуш и неокрепших умов, сколько для того, чтобы самому не отстать от жизни.

Поры будет местами расширять, а местами сужать. Еще было бы неплохо делать их с хеликазным доменом во входном вестибюле ионного канала. Сейчас прорабатываю TrwB из R388. Думаю, что существуют и другие варианты, которые после соответствующих модификаций могут оказаться лучше нынешней R9.5 (модифицированной CsgG).

А насчёт вредного влияния ты прав. Я и сам стараюсь ему не поддаваться. И не зацикливаться на устаревших технологиях NGS. wink.gif

**********************************************************

Почему-то незамеченным мировой общественностью осталось сообщение китайцев (BGI) о приёме заявок на полногеномное секвенирование (30х100PE, Q30>80%) за $600 на китайских же секвенаторах BGISEQ-500:
https://www.bgi.com/us/human-whole-genome-s...ncing-from-600/
BGISEQ-500 Service
Human Whole Genome Sequencing from $600
Including:
Sample QC, library construction and sequencing
High quality 30X 100PE data delivered in standard .fastq format
Multiple bioinformatics options available.

картинка: China_GeneBank.JPG
Машинный зал Китайского национального ГенБанка (150 BGISEQ-500)

Кстати, о китайцах. Их секвенаторы делают WGS одного генома за 2 дня. Иллюминовский NovaSeq 6000 на самых больших ячейках за то же время способен просеквенировать до 50 геномов человека. Т.е. китайские полторы сотни BGISEQ-500 эквивалентны трём американским NovaSeq 6000. rolleyes.gif
Участник онлайн! genseq
Постоянный участник



 прочитанное сообщение 12.10.2017 10:46     Сообщение для модератора  Сообщение для куратора темы       Личное письмо  Отправить e-mail  Web-адрес

Снова о секвенировании. Причём завтра, т.е. в пятницу, 13 октября: wink.gif

Сообщение было отредактировано genseq - 12.10.2017 22:07

Файл/ы:

скачать файл ________NGS_2017.ppt
размер: 4.27мб
кол-во скачиваний: 28




Всего благодарностей: 3Поблагодарили (3): LMP, dk, sceptique
Участник оффлайн! Carbon Copy
Постоянный участник
So close no matter how far



 прочитанное сообщение 12.10.2017 16:31     Сообщение для модератора  Сообщение для куратора темы       Личное письмо  Отправить e-mail

(genseq @ 12.10.2017 08:46)
 Снова о секвенировании. Причём завтра, т.е. в пятницу, 13 октября:  wink.gif

Познавательно. Почерпнул для себя кое-что новое, хотя сам секвенировал на многих платформах (Roche 454, Illumina NextSeq MiSeq, PacBio RSII), некоторые из которых уже успели почить. В современных условиях на мой взгляд реализация подобных высокотехнологичных проектов в России невозможна по многим причинам.
Участник онлайн! genseq
Постоянный участник



 прочитанное сообщение 17.10.2017 21:06     Сообщение для модератора  Сообщение для куратора темы       Личное письмо  Отправить e-mail  Web-адрес

Компания Oxford Nanopore отказалась продавать секвенаторы MinION организациям, попавшим в санкционный список. Пока известно о двух таких организациях - МГУ и Санкт-Петербургский университет.
https://www.facebook.com/maria.log.794/post...204187752292013
https://www.facebook.com/nick.poyarkov/post...2%3A%22R0%22%7D

Всего благодарностей: 2Поблагодарили (2): LMP, sceptique
Участник оффлайн! -bI




 прочитанное сообщение Сообщение на английском  18.10.2017 09:55     Сообщение для модератора  Сообщение для куратора темы       Личное письмо  Отправить e-mail

confused.gif wall.gif eek.gif

Сообщение было отредактировано -bI - 18.10.2017 09:57
Участник оффлайн! sceptique
Постоянный участник
временной жизни



 прочитанное сообщение 19.10.2017 11:47     Сообщение для модератора  Сообщение для куратора темы       Личное письмо  Отправить e-mail

(genseq @ 17.10.2017 22:06)
Ссылка на исходное сообщение  Компания Oxford Nanopore отказалась продавать секвенаторы MinION организациям, попавшим в санкционный список. Пока известно о двух таких организациях - МГУ и Санкт-Петербургский университет.
https://www.facebook.com/maria.log.794/post...204187752292013
https://www.facebook.com/nick.poyarkov/post...2%3A%22R0%22%7D

Это очень хорошо. umnik.gif
Такими темпами даже до наших завхозов и откатчиков в так называемой "академии" дойдёт, что деньги на исследования и технологии, которые они спёрли, им никогда не удастся заместить за счёт их западных друзей, их технологий и образцов для подражания. Логачёва правильно написала, ей действительно пора пересматривать картину своего аутичного мира на более реалистичную, в которой у её страны, университета и лаборатории всего два союзника в мире - Армия и Флот. Ну или валить отсюда работать сиделкой в СШП, если шок слишком сильный, поскольку в науке там тоже перманентный кризис и места с деньгами только для своих. Ну, и, какбе, убрать мифическую "эволюцию" уже наконец из названия своей лабы.

Кстати, на регистраторе патч-клямпа давно пора сделать прототип и, потом, свой поровый секвенатор. Если не хотим отстать навсегда. Если, конечно, у нас есть в стране ещё электроника такого класса, для засекания изменения сигнала с единичных пор-ячеек. Еще раз: если нанопоровские секвенаторы так хороши, как заявляют из производители, то через лет 5-10 других на рынке не останется и уже сейчас нужно срочно начинать делать свой.

Сообщение было отредактировано sceptique - 19.10.2017 11:55

Всего благодарностей: 1Поблагодарили (1): kblag
Участник оффлайн! -Ъ-
Постоянный участник
Москва



 прочитанное сообщение 20.10.2017 14:13     Сообщение для модератора  Сообщение для куратора темы       Личное письмо

(genseq @ 17.10.2017 22:06)
Ссылка на исходное сообщение  Компания Oxford Nanopore отказалась продавать секвенаторы MinION организациям, попавшим в санкционный список. Пока известно о двух таких организациях - МГУ и Санкт-Петербургский университет.
https://www.facebook.com/maria.log.794/post...204187752292013
https://www.facebook.com/nick.poyarkov/post...2%3A%22R0%22%7D

Нет, это была последняя капля - выдвигаю себя в Президенты! Сабчак может, а я нет?!
Долой тоталитаризм, каждому молбиолоху по минИОНУ!!! tongue.gif

Всего благодарностей: 3Поблагодарили (3): sceptique, ksm, dk
Участник онлайн! ksm
Постоянный участник



 прочитанное сообщение 20.10.2017 17:08     Сообщение для модератора  Сообщение для куратора темы       Личное письмо  Отправить e-mail  Web-адрес

Мне пах-био, пжалста!
Участник онлайн! genseq
Постоянный участник



 прочитанное сообщение 20.10.2017 17:20     Сообщение для модератора  Сообщение для куратора темы       Личное письмо  Отправить e-mail  Web-адрес

PacBio? Уже поздно. Их последняя разработка (Sequel) уступает оксфордскому MinION по всем параметрам. weep.gif
Участник онлайн! ksm
Постоянный участник



 прочитанное сообщение 20.10.2017 18:35     Сообщение для модератора  Сообщение для куратора темы       Личное письмо  Отправить e-mail  Web-адрес

(genseq @ 20.10.2017 18:20)
Ссылка на исходное сообщение  PacBio? Уже поздно. Их последняя разработка (Sequel) уступает оксфордскому MinION по всем параметрам.  weep.gif

так они ж теперь по ту сторону санкций!
Участник оффлайн! dk
Постоянный участник
Россия



 прочитанное сообщение 20.10.2017 19:54     Сообщение для модератора  Сообщение для куратора темы       Фотография  Личное письмо  Отправить e-mail  Web-адрес

Так PacBio - американцы, тоже, наверное, под санкциями? Отечественный Нанофор-5 - вот наш ответ империализму!
Участник оффлайн! sceptique
Постоянный участник
временной жизни



 прочитанное сообщение 20.10.2017 22:52     Сообщение для модератора  Сообщение для куратора темы       Личное письмо  Отправить e-mail

Может Собчак отправить к её друзьям за миниИОНами, а потом принять на работу в МГУ почетным профессором эволюционной теории и обойти таким образом санкции?
Участник онлайн! ksm
Постоянный участник



 прочитанное сообщение вчера, 11:40     Сообщение для модератора  Сообщение для куратора темы       Личное письмо  Отправить e-mail  Web-адрес

либо создать научный офшор на Бермудах. устроить туда на 1/100 инженера всех сотрудников, которые потом будут заказывать себе минИОНы и везти на себе все это добро на родину.
а в принципе подозреваю, что санкции санкциями, а тяжелую дорогую технику сила жадности вырвет из-за санкционного барьера.

Всего благодарностей: 1Поблагодарили (1): Fanat MMM
Участник оффлайн! Fanat MMM

СПб



 прочитанное сообщение вчера, 14:25     Сообщение для модератора  Сообщение для куратора темы       Личное письмо  Отправить e-mail

(ksm @ 21.10.2017 12:40)
Ссылка на исходное сообщение  либо создать научный офшор на Бермудах. устроить туда на 1/100 инженера всех сотрудников, которые потом будут заказывать себе минИОНы и везти на себе все это добро на родину.
а в принципе подозреваю, что санкции санкциями, а тяжелую дорогую технику сила жадности вырвет из-за санкционного барьера.

Это точно. Сименс же продали санкционные газовые турбины
Участник оффлайн! sceptique
Постоянный участник
временной жизни



 прочитанное сообщение вчера, 21:44     Сообщение для модератора  Сообщение для куратора темы       Личное письмо  Отправить e-mail

(ksm @ 21.10.2017 12:40)
Ссылка на исходное сообщение  либо создать научный офшор на Бермудах. устроить туда на 1/100 инженера всех сотрудников, которые потом будут заказывать себе минИОНы и везти на себе все это добро на родину.
а в принципе подозреваю, что санкции санкциями, а тяжелую дорогую технику сила жадности вырвет из-за санкционного барьера.

Мини тем и хороши, что они не тяжелые и не такие уж и дорогие, даже сейчас.
Плохи они тем, что расходка у них проприетарная и закрытая, а без неё они безполезны.
Участник онлайн! genseq
Постоянный участник



 прочитанное сообщение вчера, 22:22     Сообщение для модератора  Сообщение для куратора темы       Личное письмо  Отправить e-mail  Web-адрес

Проект "Народный секвенатор" ("Sequencing for all")

Одноразовые ячейки нанопорового секвенатора стоят от 500 до 900 долларов (зависит от количества в заказе). На секвенирование генома человека нужно потратить 5...10 ячеек.

Целью проекта является разработка технологии регенерации таких ячеек, которая позволит в десятки (или даже в сотни) раз уменьшить стоимость нанопорового секвенирования.

Для достижения указанной цели на первом этапе будет отрабатываться восстановление бислойных липидных мембран (БЛМ) в использованных ячейках, а также методы контроля их качества с применением мембранных белков, формирующих в БЛМ ионные каналы.

Изучением таких ионных каналов занимаются в нескольких лабораториях ИБК и ИТЭБ РАН, но работают с одноканальными усилителями пикоамперных токов. Применение многоканальных (MinION - 512 каналов/PrometION - 3000 каналов) усилителей значительно повысит эффективность биофизических исследований.

Следующей задачей будет освоение встраивания в БЛМ нанопор, предназначенных для секвенирования ДНК (белок CsgG). "Изюминкой" в данном случае будет применение системы бесклеточной транскрипции-трансляции для синтеза этого белка. Её сопряжение со встраиванием в БЛМ позволит обойтись без выделения и очистки данного белка, что для мембранных белков всегда является очень сложной задачей. Бесклеточным синтезом подобных белков занимаются в Институте белка РАН.

Применение бесклеточного синтеза позволит поставить на поток проверку пригодности для секвенирования любых мембранных белков и их модифицированных вариантов. Результатом будет получение ячеек с нанопорами, не уступающими лучшим мировым стандартам (CsgG R9.5). Причём при таком подходе высоки шансы на получение нанопор, которые позволят превзойти достигнутый уровень точности секвенирования (90% для 1D и 95% для 1D2).

Организация поточной проверки нанопор позволит отработать технологию регенерации ячеек секвенатора и наладить их восстановление если не на каждом рабочем месте, то хотя бы в специализированных лабораториях, приближенных к пользователям нанопоровых секвенаторов. Это важно ещё и по причине врождённой нестабильности БЛМ, из-за которой срок годности одноразовых ячеек секвенатора MinION ограничен двумя месяцами.


Сообщение было отредактировано genseq - сегодня, 12:10

*




Кнопка "Транслит" перекодирует
текст из транслита в кирилицу.
Правила перекодировки здесь;
текст в квадратных скобках'[]'
не преобразуется.
Имя:

 преобразовывать смайлики · показать смайлики
Назначение кнопок:

   Поблагодарить автора сообщения — поблагодарить автора
   Удалить сообщение — удалить
   Редактировать сообщение — редактировать
   Поместить сообщение в колонку новостей — поместить в колонку новостей
   Цитировать — цитировать сообщение
   не входит в цитирование/входит в цитирование — цитировать несколько
   Отметить СПАМ-сообщение — обозначить спам
   Сообщение для модератора — связь с модератором
   Участник онлайн!/Участник оффлайн! — автор онлайн/оффлайн
   Фотография — фотография автора

   - остальные обозначения -
 
   *
« Предыдущая тема · Молекулярная и клеточная биология · Следующая тема »
Быстрый ответДобавить сообщение в темуСоздать новую тему

Rambler   molbiol.ru - методы, информация и программы для молекулярных биологов              

 ·  Викимарт - все интернет-магазины в одном месте  ·  Доска объявлений Board.com.ua  · 
--- сервер арендован в компании Hetzner Online, Германия ---
--- администрирование сервера: Intervipnet ---

Хеликон · Диаэм · ИнтерЛабСервис · Beckman Coulter · SkyGen · ОПТЭК · BIOCAD · Евроген · Синтол · БиоЛайн · Sartorius · Химэксперт · СибЭнзим · Tecan · Даниес · НПП "ТРИС" · Биалекса · ФизЛабПрибор · Genotek · АТГ Сервис Ген · Биоген-Аналитика
Ваш форум  ·  redactor@molbiol.ru  ·  реклама  ·  Дата и время: 22.10.17 22:23
Bridged By IpbWiki: Integration Of Invision Power Board and MediaWiki © GlobalSoft