Rambler's Top100
Лёгкая версия форума* Виртуальная клавиатура  English  
Molbiol.ru | О проекте | Справочник | Методы | Растворы | Расчёты | Литература | Орг.вопросы
Web | Фирмы | Coffee break | Картинки | Работы и услуги | Биржа труда | Междисциплинарный биологический онлайн-журналZbio-wiki

NG SEQUENCING · ЖИЗНЬ РАСТЕНИЙ · БИОХИМИЯ · ГОРОДСКИЕ КОМАРЫ · А.А.ЛЮБИЩЕВ · ЗООМУЗЕЙ


Темы за 24 часа  [ Вход* | Регистрация* ]  
   



Форум: 
 

Результаты поиска -- Найденные сообщения --

страницы (7):  1 2 3 > » 

Секвенирование Miseq
chieffa
Участник


Отправлено: 14.10.2013 14:53  |  Молекулярная и клеточная биологияМолекулярная и клеточная биология  |  link: #1438358  |  Ответов: 114  |  Просмотров: 26 687
(genseq @ 14.10.2013 15:11)
Ссылка на исходное сообщение  У "всяких ионов" тоже есть свои ниши wink.gif . Главная - ресеквенирование. Объектов для секвенирования de novo становится всё меньше и меньше, а ресеквенирования становится всё больше и больше. shuffle.gif


HiSeq?
И никаких инделей tongue.gif

Секвенирование Miseq
chieffa
Участник


Отправлено: 14.10.2013 13:45  |  Молекулярная и клеточная биологияМолекулярная и клеточная биология  |  link: #1438328  |  Ответов: 114  |  Просмотров: 26 687
(distemper @ 14.10.2013 14:32)
Ссылка на исходное сообщение  Прощай Сэнгер weep.gif



Скорее прощай 454 smile.gif
Ну и торрент выглядит мертворожденным.

Российский фонд фундаментальных исследований
chieffa
Участник


Отправлено: 01.05.2013 12:37  |  Организация работы группы/лабораторииОрганизация работы группы/лаборатории  |  link: #1405277  |  Ответов: 899  |  Просмотров: 316 456
(Maxim @ 01.05.2013 13:27)
Ссылка на исходное сообщение  Коллеги, никто случайно не знает можно ли опубликовать за счет средств гранта РФФИ статью в open access журнале и если да, то по какому коду это можно провести и как отчитаться?


Да, можно.
Расшифровка прочих услуг:
Статья 226: Прочие работы, услуги (расшифровка) – 86524 руб.
В том числе:
– оплата за публикацию статьи по теме гранта: 42 441 руб;

С меня для возврата денег бухгалтерия потребовала три документа
- счет из журнала (хватило распечатки pdf)
- заявление на имя директора
- выписка с моей карты с которой производилась оплата.

Оплачивали и с ФЦП ИР -
там просто я приносил счет и перевод счета + заявление подписанное замдекана.
Но тогда у организации был валютный счет.
И за счет госконтракта покупалась валюта на этот счет, а потом переводилась журналу.
Если его нет, то только по первому варианту.

Задача для специалистов
chieffa
Участник


Отправлено: 11.02.2013 00:19  |  Молекулярная и клеточная биологияМолекулярная и клеточная биология  |  link: #1385834  |  Ответов: 98  |  Просмотров: 19 784
(ksm @ 10.02.2013 18:56)
Ссылка на исходное сообщение  пожалуйста. ускорение каждой ячейки включает две компоненты: центростремительное и тангенциальное ускорения. первое определяется радиусом и угловой скоростью. второе - изменением угловой скорости. поскольку эти ускорения меняют направления относительно радиус-векторов (связывающих центр масс и ячейку), при наборе ротором скорости, то и результирующие силы, действующие на ротор с стороны пробирок меняются, при том нелинейно. поскольку вы неравномерно распределили пробирки по ротору, это вызывает те самые деформации, большие там, где больше окажется пробирок.


Я же говорю - нарисуйте и сложите вектора.
И покажите, чем возникающие отклонения отличаются от случая 2 или трех пробирок в роторе.
Рассуждения в словах - они очень коварны.

Задача для специалистов
chieffa
Участник


Отправлено: 10.02.2013 15:01  |  Молекулярная и клеточная биологияМолекулярная и клеточная биология  |  link: #1385711  |  Ответов: 98  |  Просмотров: 19 784
(ksm @ 10.02.2013 15:54)
Ссылка на исходное сообщение  неравномерно, но симметрично. а если разгонять ваш ротор, то одна сторона у него явно несимметрична по отношению к другой. соответственно и деформироваться он будет несимметрично. мне лично неизвестен вклад деформации в баланс ротора при высоких g, но я не стал бы так просто так закрывать на это глаза



Из чего это следует? О каком типе симметрии Вы говорите?
Для вращательной - массы будут распределены одинаково.

Задача для специалистов
chieffa
Участник


Отправлено: 10.02.2013 13:58  |  Молекулярная и клеточная биологияМолекулярная и клеточная биология  |  link: #1385683  |  Ответов: 98  |  Просмотров: 19 784
(ksm @ 10.02.2013 14:54)
Ссылка на исходное сообщение  да, но это не ротор, это плоская фигура на бумаге - у пробирок еще есть и объем и масса


При их равенстве это никак не влияет на аддитивность.

Вы так и не объяснили что препятствует схеме 3+2+2 быть уравновешенной,
при том, что уравновешенность каждого ее компонента не отрицаете.

А разница в масса и между 2 может быть и между 3 - понятно, что чем выше скорость, тем точнее должно быть равенство весов пробирок.

Задача для специалистов
chieffa
Участник


Отправлено: 10.02.2013 13:47  |  Молекулярная и клеточная биологияМолекулярная и клеточная биология  |  link: #1385675  |  Ответов: 98  |  Просмотров: 19 784
(ksm @ 10.02.2013 14:45)
Ссылка на исходное сообщение  чефа, если вы в ротор сначала вставите 3 пробирки симметрично, то вы не сможете добавить туда еще 4, чтобы в результате получить симметричную фигуру на выходе


Так а зачем она нужна?
Нужен только центр масс в центре ротора...

Задача для специалистов
chieffa
Участник


Отправлено: 10.02.2013 13:41  |  Молекулярная и клеточная биологияМолекулярная и клеточная биология  |  link: #1385669  |  Ответов: 98  |  Просмотров: 19 784
(ksm @ 10.02.2013 14:39)
Ссылка на исходное сообщение  потому что 7 никак нельзя умножить на целое число раз и получить 24. иначе говоря уравновешенный ротор подчиняется правилам такой симметрии, которая в биологии известна как радиальная


Да можно, конечно.
Просто не надо думать в рамках гнезд, а в рамках равновесия.
И отличная симметрия получается 3+2+2 - каждый случай уравновешен - объясните почему не уравновешенна их сумма?

http://www.methods.info/Tips/general_lab/r...ilibration.html

Задача для специалистов
chieffa
Участник


Отправлено: 10.02.2013 13:37  |  Молекулярная и клеточная биологияМолекулярная и клеточная биология  |  link: #1385665  |  Ответов: 98  |  Просмотров: 19 784
(ksm @ 10.02.2013 14:34)
Ссылка на исходное сообщение  vtosha, ваш ротор разбаллансирован (т.е. центр масс не совпадает с осью вращения) - это видно уже из соображений симметрии. а теперь правильный ответ на задачу: уравновесить можно лишь  те количества пробирок, которые являются или кратны можителям составного числа, равного количеству слотов ротора. т.е. для ротора в 24 можно уравновесить 2, 3, 4, 6, 8, 9, и т.д. простые числа при перемножении не дают 24-х и не позволяют получить симметричую комбинацию пробирок ни при каких условиях!


Это просто не правда -
у трех поставленных через 120 градусов - совпадает
у двух поставленных через 180 - совпадает
у еще двух поставленных через 180 совпадает.

С какой радости у всех не будет совпадать?

Задача для специалистов
chieffa
Участник


Отправлено: 10.02.2013 13:26  |  Молекулярная и клеточная биологияМолекулярная и клеточная биология  |  link: #1385660  |  Ответов: 98  |  Просмотров: 19 784
(ksm @ 10.02.2013 13:48)
Ссылка на исходное сообщение  объясните, как расположить 3 пробирки в роторе в 8 гнездами, пользуясь этой формулой, чтобы он не был разбалансирован,


Зависит от типа расположения гнезд. А то в ротор для плашек вообще ничего не поставишь )
В центрифуге с числом гнезд равном простому числу вообще просто так ничего не уравновесишь - но где те центрифуги с 13-17-19 гнездами.

Естественно имелись в виду стандартные центрифуги 12-24-48 образцов. С равным углом между гнездами. Ответ и был дан для граничных условий представленных в 1 посте.

Если выводить формулу для обобщенной центрифуги от 0 гнезд до бесконечности надо писать формулу с несколькими переменными - одну завязанную на угол между числом образцов, вторую - на угол между гнездами, и т.д. Вводить условия про равенство углов между гнездами и т.д. Формулу центрифуги, так сказать )

Задача для специалистов
chieffa
Участник


Отправлено: 10.02.2013 01:00  |  Молекулярная и клеточная биологияМолекулярная и клеточная биология  |  link: #1385586  |  Ответов: 98  |  Просмотров: 19 784
(RNK @ 10.02.2013 01:47)
Ссылка на исходное сообщение  Отлично!
Так и есть, все комбинации возможны, кроме 1 и 23 пробирки на 24 слота центрифуги!


Меня удивляет, что большая часть из студентов к 4 курсу уже год как работает с микроцентрифугами, а 5 или 7 пробирок в ротор поставить не могут...

Задача для специалистов
chieffa
Участник


Отправлено: 09.02.2013 23:30  |  Молекулярная и клеточная биологияМолекулярная и клеточная биология  |  link: #1385550  |  Ответов: 98  |  Просмотров: 19 784
Я с четверокурсниками это разбираю на практикуме - они очень удивляются обычно, что все комбинации кроме 1 и n-1 возможны smile.gif (где n число гнезд центрифуги).

Российский фонд фундаментальных исследований
chieffa
Участник


Отправлено: 25.10.2012 01:02  |  Организация работы группы/лабораторииОрганизация работы группы/лаборатории  |  link: #1357233  |  Ответов: 899  |  Просмотров: 316 456
(accelerant @ 25.10.2012 01:14)
Ссылка на исходное сообщение  могу сказать за себя, что к академикам никакого отношения не имею. И заявку поддержали совершенно по новой теме, которая идет в параллели к основной теме лабы...или Вас конкретно ситуация в Казани интересует?


У меня возникло ощущение по знакомым, что резали во многом группы искусственно выделенные из больших. Хотя это и не всегда так.

Российский фонд фундаментальных исследований
chieffa
Участник


Отправлено: 25.10.2012 00:09  |  Организация работы группы/лабораторииОрганизация работы группы/лаборатории  |  link: #1357223  |  Ответов: 899  |  Просмотров: 316 456
(Olezhek @ 24.10.2012 21:03)
Ссылка на исходное сообщение  Да....результаты конкурса очень удивительные.  Я знаю три очень сильных заявки и ни одна из них не прошла frown.gif В случай ФЦП это можно еще понять. Но учитывая сильную экспертизу РФФИ...мде...

Но радует что часть дружественных заявок поддержана.


А там были именно реальные группы под руководством молодых, или метастазы от академиков?

Next-gen секвенирование в России
chieffa
Участник


Отправлено: 24.10.2012 22:48  |  Молекулярная и клеточная биологияМолекулярная и клеточная биология  |  link: #1357210  |  Ответов: 3338  |  Просмотров: 544 749
(Сашок @ 24.10.2012 23:34)
Ссылка на исходное сообщение  Доклад неплох для введения в проблематику. Но посыл про разработку собственного секвенатора лично мне не по душе. Меня больше волнует вопрос - почему продано в России почти 3 десятка PGM, запущено 10, а работает 3-4? Нет задач, нет идей? В чем проблема?


Проблема это PGM smile.gif Надо MySeq покупать smile.gif или на крайний случай GS Junior.

Российский фонд фундаментальных исследований
chieffa
Участник


Отправлено: 28.09.2012 22:14  |  Организация работы группы/лабораторииОрганизация работы группы/лаборатории  |  link: #1350820  |  Ответов: 899  |  Просмотров: 316 456
(kach @ 28.09.2012 22:59)
Ссылка на исходное сообщение  Почвоведение.
Возможно, это инициатива именно нашей бухгалтерии... Постараюсь что-то в центральной уточнить. Может даже случится чудо, и деньги можно будет на следующий год перенести.


Спасибо.
Раньше можно было переносить по МТБ - писали бумажку, что просим изменить сроки отчетов - и это проходило.
Наверное и сейчас можно - но это должен решать ГЗ, после нынешней централизации.

Российский фонд фундаментальных исследований
chieffa
Участник


Отправлено: 28.09.2012 21:23  |  Организация работы группы/лабораторииОрганизация работы группы/лаборатории  |  link: #1350814  |  Ответов: 899  |  Просмотров: 316 456
(kach @ 28.09.2012 20:45)
Ссылка на исходное сообщение  Вопрос про зарплату по гранту мол_а...
Можно ли все средства в смете расписать на заработную плату участников? Если НЕТ, то какой процент можно? На сайте РФФИ никакой информации не нашел... Просто планировать что-то нужное закупать уже невозможно. Деньги ещё не выделили и непонятно, когда дойдут до МГУ, а наша бухгалтерия уже заставляет к 1 ноября всё потратить. А ситуация у нас в МГУ с закупками и так уродская через соглашения, акты и прочию бюрократию, когда любое согласование может затянутся на неделю, а то и больше.



Это на каком факультете так?
Или это центральная бухгалтерия дурит?
У нас вроде ничего не говорили об этом пока - про декабрь, но не про ноябрь.

«Сдуть пузырь геномики»
chieffa
Участник


Отправлено: 27.09.2012 12:39  |  БеседаБеседа  |  link: #1350512  |  Ответов: 104  |  Просмотров: 1 384
(NMR-guy @ 27.09.2012 11:21)
Пока молиться и лечить буду одержимые и неверующие, результат действительно будет один и весьма плачевный. Но вот насчет всех я бы на Вашем месте не подписывался, это довольно самонадеянный в неправильную крайность поступок.



Откажитесь от лекарств лет на 30-40, потом поговорим. Лучше бы выборку, конечно, человек на 1000-2000. Половину лечим молитвой (хоть лично самого святейшего патриарха нанопыльного), других врачи. Через 40 лет сравниваем выживаемость.

«Сдуть пузырь геномики»
chieffa
Участник


Отправлено: 26.09.2012 22:44  |  БеседаБеседа  |  link: #1350406  |  Ответов: 104  |  Просмотров: 1 384
Хм, а что - правила изменили? Теперь за обсуждение Сами-Знаете-Кого и его сверх-идей темы не закрывают?

Вон французы опубликовали статистическую лажу про ГМО без рецензии - и ничего, скоро на этом будут политику основывать в ЕС, если так дальше пойдет. Реакторы уже закрывать хотят, теперь еще и это будет. Ну и ладно - снижение плотности населения можно восполнить арабами и китайцами и турками. А у нас вместо операций будут чем-то корпускулярно-волновым лечить. Или молитвой. Все нормально - людей много - отбор против необразованности должен же хоть какой-то быть. Вот, так и получится - кто к экстрасенсам и прочим СЗК - те на кладбище. Главное что-бы оазисы нормальной медицины оставались - а то будет как в страшной сказке:

https://sites.google.com/site/thestoryofapophenia/home

А мы убедили себя в том, что на небесах есть невидимый дядька, которому не плевать на то, как мы чистим картошку — по часовой стрелке или против часовой. Заодно мы уверовали в гомеопатию. Клинические испытания? Нет, не слышали. Это все старая атеистическая наука! Эксперименты показывали, что гомеопатия не работает? Законам физики противоречит? Отменим эксперименты и законы, но оставим гомеопатию. Ведь КТО-ТО сказал, что его бабке это о-го-го как помогло! КТО-ТО сказал! Представляешь! Чья-то бабка! Так что, если какой-нибудь дворник съел банан, а через два дня у него прошел геморрой, значит, бананы теперь средством от геморроя назовем? А почему не табуретку, на которой он сидел днем раньше?

Российский фонд фундаментальных исследований
chieffa
Участник


Отправлено: 11.09.2012 16:03  |  Организация работы группы/лабораторииОрганизация работы группы/лаборатории  |  link: #1347246  |  Ответов: 899  |  Просмотров: 316 456
(Maxim @ 11.09.2012 01:53)
Ссылка на исходное сообщение  Как сказать. С одной стороны - да, это не плохо, если молодежь ( и не очень очень) получили свои первые гранты. С другой стороны, количество поддержаных грантов примерно в 4 раза (не помню точно сколько изначально планировалось) больше того , что объявлялось при "цене" гранта в 350. Поскольку бюджет не резиновый, наиболее вероятное последствие уменьшение (размазывание по всем) размеров грантов. Думаю на те-же 4 раза. А это уже совсем не то.... Поживем поглядим.


Это около 700 млн всего - по условиям конкурса там суммы фиксированные. Было добавлено 2 млд. То есть на это они взяли треть, видимо по трети пойдет на офи и на мол_а_вед. То есть можно предполагать поддержку около 200-220 мол_а_вед , то есть конкурс примерно 1/6.

Меня больше забавляет, что деньги могут придти и после отчетов в этом году. Если они а перевели только недавно. Месяц на регистарацию в ЦИТИС (середина октября), месяц на подписание договора (середина ноября) -- перевод денег??? А отчет 15 декабря.

Next-gen секвенирование в России
chieffa
Участник


Отправлено: 28.08.2012 19:36  |  Молекулярная и клеточная биологияМолекулярная и клеточная биология  |  link: #1344303  |  Ответов: 3338  |  Просмотров: 544 749
(genseq @ 28.08.2012 18:56)


Вах, какой хороший распил будет. И по традиции никто не ответит за невыполненные обещания.
А патенты они как собираются обходить? Хотя для распила это и не требуется.

Next-gen секвенирование в России
chieffa
Участник


Отправлено: 11.06.2012 12:11  |  Молекулярная и клеточная биологияМолекулярная и клеточная биология  |  link: #1328123  |  Ответов: 3338  |  Просмотров: 544 749
(Guest @ 10.06.2012 19:26)
Ссылка на исходное сообщение  запускаем РЕ 146 + 146


Расскажите о результатах?

Next-gen секвенирование в России
chieffa
Участник


Отправлено: 08.06.2012 10:02  |  Молекулярная и клеточная биологияМолекулярная и клеточная биология  |  link: #1327498  |  Ответов: 3338  |  Просмотров: 544 749
(ASDF @ 08.06.2012 10:12)
Ссылка на исходное сообщение  Второй MiSeq у нас в НИИ вирусологии им.ДИ Ивановского. Успешно запущен.
Если что-то конкретно интересует можете спросить.


Длину чтения в 300 не пробовали делать?

Next-gen секвенирование в России
chieffa
Участник


Отправлено: 11.05.2012 12:49  |  Молекулярная и клеточная биологияМолекулярная и клеточная биология  |  link: #1320437  |  Ответов: 3338  |  Просмотров: 544 749
(kabilov @ 10.05.2012 17:41)
Ссылка на исходное сообщение  Акцент сделан на лаборатории для исследования древней ДНК человека. Вы в курсе где еще в России есть специализированное помещение для работы с древней ДНК человека не хуже чем у Pääbo?


То есть Вы хотите сказать, что у Рогаева не изучают древнюю ДНК?

В сообщении //исходном, а не цитированном // было сказано про первую в России лабораторию изучающую древнюю ДНК. Без деталей. И это не правда.

Next-gen секвенирование в России
chieffa
Участник


Отправлено: 06.05.2012 09:51  |  Молекулярная и клеточная биологияМолекулярная и клеточная биология  |  link: #1319339  |  Ответов: 3338  |  Просмотров: 544 749
(genseq @ 06.05.2012 08:15)
Ссылка на исходное сообщение  Первый PGM в Сибири:
http://news.mail.ru/society/8866702/

НОВОСИБИРСК, 5 мая — РИА Новости, Мария Роговая. Сибирские ученые получили возможность реконструировать генетическую историю народов от древних времен до наших дней, благодаря открытию первой в России лаборатории для исследования древней ДНК


Первой? Чего только люди не готовы соврать.
А Рогаев? http://rogaevlab.ru/mod/resource/view.php?id=65
а есть еще и те, кто курганы копает, и прочие.
страницы (7):  1 2 3 > »  

Новые сообщения  Есть новые сообщения
Нет новых сообщений  Нет новых сообщений
Нет новых сообщений*  Тема с вашим участием
Горячая тема - новые сообщения  Горячая тема (есть новые сообщений)
Горячая тема - нет новых сообщений  Горячая тема (нет новых сообщений)
Важно - нет новых сообщений  Важная тема
Опрос - есть новые голоса  Опрос — есть новые голоса
Опрос - нет новых голосов  Опрос — нет новых голосов
Опрос -нет новых голосов  Опрос с вашим участием
Объявление  Объявление
Тема закрыта  Закрытая тема
Тема перемещена  Перемещённая тема


Rambler   molbiol.ru - методы, информация и программы для молекулярных биологов              

 ·  Викимарт - все интернет-магазины в одном месте  ·  Доска объявлений Board.com.ua  · 
--- сервер арендован в компании Hetzner Online, Германия ---
--- администрирование сервера: Intervipnet ---

Хеликон · Диаэм · ИнтерЛабСервис · Beckman Coulter · SkyGen · ОПТЭК · BIOCAD · Евроген · Синтол · БиоЛайн · Sartorius · Химэксперт · СибЭнзим · Tecan · Даниес · НПП "ТРИС" · Биалекса · ФизЛабПрибор · Genotek · АТГ Сервис Ген · Биоген-Аналитика
Ваш форум  ·  redactor@molbiol.ru  ·  реклама  ·  Дата и время: 06.12.23 00:58
Bridged By IpbWiki: Integration Of Invision Power Board and MediaWiki © GlobalSoft