Molbiol.ru | О проекте | Справочник | Методы | Растворы | Расчёты | Литература | Орг.вопросы Web | Фирмы | Coffee break | Картинки | Работы и услуги | Биржа труда | Zbio-wiki NG SEQUENCING · ЖИЗНЬ РАСТЕНИЙ · БИОХИМИЯ · ГОРОДСКИЕ КОМАРЫ · А.А.ЛЮБИЩЕВ · ЗООМУЗЕЙ Темы за 24 часа [ Вход* | Регистрация* ] Форум: | |
Salsero СПб |
Коллеги, я наконец заканчиваю свой проект - программу для записи ионных каналов ( Основная цель проекта - сделать программу максимально удобной для исследователей, которые не являются специалистами в программировании и не хотят тратить слишком много времени на обработку и отрисовку экспериментов. По традициям GNUтого программирования, программа сама по себе бесплатна, а поддержка и помощь в настройке - нет. Если есть вопросы, пишите, постараюсь ответить. Если у вас есть желание присоединиться - будем более чем рады (с недавних пор нас в команде уже двое). |
Flyamer Постоянный участник Москва |
Интересно, почему такие высокие требования по железу... Сообщение было отредактировано Flyamer - 12.02.2013 00:47 |
Salsero СПб |
К примеру, должно хватить: процессор материнка память Корпус Жесткий диск - любой, еще 1500 р. Клавиатура и мышь - обойдутся еще рублей в 500. дисплей еще 4000 р Всего 11200 р. Плата АЦП по сравнению с этим - будет стоить тысяч 15 рублей минимум. А AxoPatch 200B будет стоить все 40 тысяч, наверное. И манипулятор тысяч 20-30. Я уж не говорю, что можно использовать любой Pentium D / Core2Duo/ Athlon X2 пятилетней давности, только памяти добить до гигабайта-двух. Т.е. собственно компьютерная часть стоит очень недорого. ----------------------- Требования к компьютеру довольно высоки, чтобы не заморачиваться работой на дохлом железе. Самый первый вариант этой программы 15 лет назад работал на 486/33, с мегабайтом оперативки. Но под MS-DOS. Правда от того кода в программе осталось очень мало. Почему нужно минимум два ядра - на одном крутится нить, опрашивающая АЦП,на другом интерфейс. Хорошо бы иметь еще 1-2 ядра в запасе. Да, и еще - программа ничего не пишет на диск в ходе эксперимента. Вся запись - только после его окончания. Именно поэтому памяти должно хватать с избытком. Сообщение было отредактировано Salsero - 12.02.2013 20:25
|
guest: Евген IP-штамп: frD1tr/8y89F2 гость |
|
Salsero СПб |
Пока что настройка на усилитель реализована для Warner PC-501A и AxoPatch 200. DigiData программа пока не поддерживает. Если раздобудем библиотеку для интерфейса - будем поддерживать и её. Аналогично для других плат, не поддерживаемых При определенных условиях программа, возможно, будет перекомпилирована и под Windows. Для разработки я пользуюсь платой National Instruments (6221). Сообщение было отредактировано Salsero - 12.02.2013 21:37 |
guest: Евген IP-штамп: frD1tr/8y89F2 гость |
А может ну его вообще этот abf формат - сразу в ASCII а потом тупо в Origin? Или вы-таки хотите пользовать Clampfit для работы с полученными данными Я в свое время в досе сделал еще тупее - порт выставляет все время оцифрованное значение, а ты читаешь его через символьный драйвер |
Salsero СПб |
Писать нет проблем в любой формат. Если он открытый и документированный. Делать прямую вставку через текст в Origin планов пока нет. Дело в том, что при записи одиночных каналов в Origin вставляется далеко не весь файл, а лишь фрагменты. Иначе он тормозит по черному. Но, в принципе, это не нереально. Нужно будет написать просматривалку .abf с экспортом через копи-пэйст. Кстати - после записи программа генерирует вклейку в лабораторный журнал (прикреплен пример). Ее можно печатать непосредственно после записи эксперимента. Разумеется, это не финальный вариант. Дополируем ещё. Сообщение было отредактировано Salsero - 12.02.2013 19:26 Файл/ы:
|
Flyamer Постоянный участник Москва |
Нет, ориджин не вариант, далеко не все в нем работают. Для обработки, кстати, могу посоветовать открытую программу Stimfit. Вклейка прикольная! |
Salsero СПб |
Это полный chickensh*t. Протоколы, повторюсь, в ближайших планах. Мы пока зарегистрировались в проекте Сообщение было отредактировано Salsero - 12.02.2013 20:13 |
Flyamer Постоянный участник Москва |
(Salsero @ 12.02.2013 21:07) Это Вы о чем? О Stimfit? Почему? Там, конечно, весь сок в скриптах на Питоне, просто в ГУЕ маловато возможностей пока что. |
Salsero СПб |
|
Flyamer Постоянный участник Москва |
|
Salsero СПб |
вычли из последующих, расставили маркеры типичных рэмпов, тут же отрисовали в журнал черновой рисунок - развитие тока при нескольких потенциалах, типичные рэмпы. И можно писать следующую клетку тут же. |
Flyamer Постоянный участник Москва |
|
Salsero СПб |
Если я нигде не акцентировал это: идеология очень проста: если ты пишешь какой-то эксперимент, 1) на экране должен видеть только то, что нужно, чтобы его записать. 2) на экране должно быть все, чтобы оценить его ход максимально качественно. То есть - минимальный онлайн анализ тоже входит в планы. Сообщение было отредактировано Salsero - 12.02.2013 22:39 |
Flyamer Постоянный участник Москва |
|
Salsero СПб |
У них жесткий риалтайм. Наша задача - быть проще и удобнее для конкретного пользователя. Возможно, я не прав, но написание скриптов для большинства электрофизиологов - мне кажется, темный лес. Сообщение было отредактировано Salsero - 12.02.2013 22:44 |
Flyamer Постоянный участник Москва |
Да, конечно темный лес. Но я вообще не профессиональный электрофизиолог (да и вообще никто не профессиональный еще), а питон учу - вот и оказалось очень удобно. |
guest: Евген IP-штамп: frJ3tVJXEwB5. гость |
В т.ч. на уровне доса. А сейчас они, ЕМНИП, вообще все свои железки через USB с компом соединяют, где протокол по определению не самый быстрый |
Salsero СПб |
В нашем случае просто мы берем большой избыток процессорной мощности, и избегаем отвлечения на посторонние дела, типа записи на диск. Сообщение было отредактировано Salsero - 13.02.2013 12:30 |
guest: Евген IP-штамп: frD1tr/8y89F2 гость |
|
Salsero СПб |
Память сейчас очень дешева. Ну и нечего её жалеть. Как нечего жалеть гигагерцы и ядра. Сообщение было отредактировано Salsero - 13.02.2013 12:46 |
guest: Евген IP-штамп: frD1tr/8y89F2 гость |
|
Salsero СПб |
Жирно... ну сейчас самая дешевая четырехкорка - это Во время записи эксперимента все равно нельзя заниматься ничем, кроме записи эксперимента. |
guest: Евген IP-штамп: frD1tr/8y89F2 гость |
|
guest: Евген IP-штамп: frD1tr/8y89F2 гость |
Дабы не казаться троллем |
Salsero СПб |
Мы ориентируемся пока на основную частоту в 5 кГц. Пока в ходе практической работы не выяснятся реальные требования - что-то говорить рано. Пошел писать тестовые эксперименты. |
guest: Евген IP-штамп: frD1tr/8y89F2 гость |
ИМХО вы сделали великое дело, расковыряв формат abf файла, соот-нно можно будет анализировать данные на Clampfit'е. Согласитесь, это неплохое решение. Позволю себе заметить: если вы выложите инструкции по сборке и настройке усилителя (разводка платы, элементная база, как поцепить headstage), как все это сделать в законченной коробке, будет подвиг |
guest: Евген IP-штамп: frD1tr/8y89F2 гость |
|
Salsero СПб |
Подвиги не планируются. В том числе выпивание моря (если я правильно понял намек). Задача проекта проста - чтобы было удобно писать эксперименты, и не отдавать за это кучу денег. |
Salsero СПб |
Сообщение было отредактировано Salsero - 22.02.2013 19:56 Картинки: hardware.jpg — (80.78к) |
PS2004R Постоянный участник |
(Flyamer @ 12.02.2013 22:38) Ясно, спасибо! Пока что необходимости нет, но всегда интересно узнать об альтернативах. Да и для линукса это, кажется, единственная такая программа? |
Salsero СПб |
Сообщение было отредактировано Salsero - 14.05.2013 22:10 |
Flyamer Постоянный участник Москва |
|
Flyamer Постоянный участник Москва |
|
Salsero СПб |
У L-card с поддержкой Linux плохо. А у меня нет времени это делать. Думаю, что если кто-то захочет перекомпилировать под Qt|Windows, и вставит поддержку их библиотеки - будет работать и с их АЦП. ------------------- Да - у нас обновление, выложена версия 0.99. Уже почти совсем не бета P.S. Переезжаю в Англию через неделю, разработка замораживается. Сообщение было отредактировано Salsero - 03.07.2013 10:26 |
Anita123 IP-штамп: fr4VhyM0VxetE гость |
(guest: Евген @ 13.02.2013 14:35) Сайт rabota.mail давно перестал работать, да и там вакансии не очень были, сейчас все городработ хвалят. Мне помог в поиске работы |
guest: 123 IP-штамп: frJhOCvSv9ICE гость |
|
guest: 123 IP-штамп: frXqkB4MpP2jQ гость |
|
guest: 123 IP-штамп: frpYd0YygcNIA гость |
|
guest: 123 IP-штамп: frAWeMdOsBSXM гость |
|
« Предыдущая тема · Биофизика и матметоды в биологии · Следующая тема » |