Rambler's Top100
Лёгкая версия форума* Виртуальная клавиатура  English  
Molbiol.ru | О проекте | Справочник | Методы | Растворы | Расчёты | Литература | Орг.вопросы
Web | Фирмы | Coffee break | Картинки | Работы и услуги | Биржа труда | Междисциплинарный биологический онлайн-журналZbio-wiki

NG SEQUENCING · ЖИЗНЬ РАСТЕНИЙ · БИОХИМИЯ · ГОРОДСКИЕ КОМАРЫ · А.А.ЛЮБИЩЕВ · ЗООМУЗЕЙ


Темы за 24 часа  [ Вход* | Регистрация* ]  
   



Форум: 
 

Щёлкните, чтобы внести в Избранные Темы* Странные графики ПЦР -- почему? --
ИнтерЛабСервис - передовые технологии молекулярной диагностики
Операции: Хочу стать куратором* · Подписаться на тему* · Отправить страницу по e-mail · Версия для печати*
Внешний вид:* Схема · [ Стандартный ] · +Перв.сообщ.


 
Добавить сообщение в темуСоздать новую темуСоздать голосование
Участник оффлайн! patrol
Участник



 прочитанное сообщение 15.03.2011 16:19     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #1 множественное цитирование

Опытные коллеги, подскажите возможные причины подобного поведения графиков.

Для примера приведён хороший график картинка: _______.jpg, но попадаются и плохие.
Плохой 1 картинка: _______1.jpg и плохой 2 картинка: _______2.jpg - продукт есть, но есть странный выброс графика в начале.
Плохой 3 картинка: _______3.jpg - на одном графике хороший положительный образец и плохой отрицательный.

У меня есть такие идеи:
1. Плохие реагенты.
2. Плохой пластик (хотя плохой 1 и плохой 2 сделаны на фирменном пластике).
3. Надо калибровать прибор.

Сообщение было отредактировано patrol - 15.03.2011 16:20
Участник оффлайн! Nameless
Постоянный участник
CA



 прочитанное сообщение 15.03.2011 17:05     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #2 множественное цитирование

1. Во всех пробах ДНК-загрязнение если это реакция с РТ-матрицей (особенно видно на "хорошем" графике), или вносится слишком много матрицы если реакция с ДНК
2. Откалибровать прибор лучше любом случае, особенно под конкретный пластик
3. Выставить auto-threshold
4. Покажите кривые плавления.
5. Это у вас стрипы с крышками или плашка с плёнкой? Что за пластик и чей?
Участник оффлайн! Nameless
Постоянный участник
CA



 прочитанное сообщение 15.03.2011 19:48     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #3 множественное цитирование

Покажите кривые амплификации в не-логарифмических координатах и параллельно кривые плавления.
Участник оффлайн! patrol
Участник



 прочитанное сообщение 16.03.2011 13:01     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #4 множественное цитирование

Это ПЦР на геномной ДНК.
Те же самые графики в линейном виде. Кривых плавления, к сожалению, нет.
картинка: 11.jpg
картинка: 2.jpg
картинка: 3.jpg
картинка: 4.jpg

Первые 3 графика плашки с пленками (BioRad). Четвертый - стрипы с крышками (SSI). Auto-threshold стоит.
В пользу необходимости калибровки говорит тот факт, что раньше проблем, как на 2 и 3 рисунках не было.

Сообщение было отредактировано patrol - 16.03.2011 13:07
Участник оффлайн! -Ъ-
Постоянный участник
Москва



 прочитанное сообщение 16.03.2011 15:55     Сообщение для модератора         Личное письмо
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #5 множественное цитирование

На всякий случай можно было бы рассказать и о пробе (зонде)...
Участник оффлайн! patrol
Участник



 прочитанное сообщение 16.03.2011 16:47     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #6 множественное цитирование

(-Ъ- @ 16.03.2011 16:55)
Ссылка на исходное сообщение  На всякий случай можно было бы рассказать и о пробе (зонде)...


Ах да, точно.
Зонды TaqMan. Синие с FAM, оранжевые с ROX. Гасители BHQ1 и 2, соответственно.
Матрица - геномная ДНК человека.
Участник оффлайн! Wola
Участник
Москва



 прочитанное сообщение 16.03.2011 17:47     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #7 множественное цитирование

У нас подобные графики бывали при неаккуратности раскапки реакционной смеси по пробиркам
Участник оффлайн! Cathie22
Постоянный участник



 прочитанное сообщение 17.03.2011 08:33     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #8 множественное цитирование

А можно еще показать графики без обработки (no baseline substraction) и не в логарифмических координатах?
Участник оффлайн! patrol
Участник



 прочитанное сообщение 17.03.2011 17:01     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #9 множественное цитирование

Графики no baseline substraction в том же порядке
картинка: 1.jpg
картинка: 2.jpg
картинка: 3.jpg
картинка: 4.jpg
Участник оффлайн! Statin
Постоянный участник



 прочитанное сообщение 17.03.2011 20:00     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #10 множественное цитирование

IQ5 нужно калибровать каждый месяц или раз в 2 месяца, точно не помню. Кроме того, со временем IQ5 начинает давать подобные збои. Качество праймеров тоже влияет. Видимо у Вас не очень качественные, особенно судя по последним графикам (подъем прямо скажем маленький). Рекомендую провести ПЦР на другом приборе (CFX96 или приборе от AB) и станет ясно косят в праймерах или в приборе.
Guest
IP-штамп: frvv0Oz7cMymY
гость



 прочитанное сообщение 17.03.2011 21:13     Сообщение для модератора       
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #11 множественное цитирование

Попробуйте под маслом поставить.
Yuri K
IP-штамп: frLI8F3pAObfM
гость



 прочитанное сообщение 23.03.2011 16:55     Сообщение для модератора       
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #12 множественное цитирование

Резкий скачок в начале кривой может быть просто всплывшим пузырем.

Всего благодарностей: 1Поблагодарили (1): Daemonarchestratygos
Участник оффлайн! Cathie22
Постоянный участник



 прочитанное сообщение 24.03.2011 08:32     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #13 множественное цитирование

Да, этот небольшой скачок вполне может быть из-за пузыря воздуха, сталкивались с таким. А разгорание и впрям очень хиленькое... Может, еще зонд плоховат.
Guest
IP-штамп: frJ29JTBlItMA
гость



 прочитанное сообщение Сообщение на английском  07.12.2021 16:15     Сообщение для модератора       
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #14 множественное цитирование

so happy to find good place to many here in the post, the writing is just great, thanks for the post. Roofing
lifetime
IP-штамп: frJ29JTBlItMA
гость



 прочитанное сообщение Сообщение на английском  07.12.2021 16:22     Сообщение для модератора       
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #15 множественное цитирование

Thanks for posting this info. I just want to let you know that I just check out your site and I find it very interesting and informative. I can't wait to read lots of your posts. Roofing
lifetime
IP-штамп: frJ29JTBlItMA
гость



 прочитанное сообщение Сообщение на английском  07.12.2021 16:29     Сообщение для модератора       
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #16 множественное цитирование

I really enjoyed reading this post, big fan. Keep up the good work andplease tell me when can you publish more articles or where can I read more on the subject? Roofing
lifetime
IP-штамп: frJ29JTBlItMA
гость



 прочитанное сообщение Сообщение на английском  07.12.2021 16:32     Сообщение для модератора       
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #17 множественное цитирование

I liked your article and I hope you will have many entries or more Roofing
lifetime
IP-штамп: frJ29JTBlItMA
гость



 прочитанное сообщение Сообщение на английском  07.12.2021 16:36     Сообщение для модератора       
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #18 множественное цитирование

This is also a very good post which I really enjoy reading. It is not everyday that I have the possibility to see something like this. Roofing
lifetime
IP-штамп: frJ29JTBlItMA
гость



 прочитанное сообщение Сообщение на английском  07.12.2021 16:39     Сообщение для модератора       
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #19 множественное цитирование

I've been looking for info on this topic for a while. I'm happy this one is so great. Keep up the excellent work Home Inspection
lifetime
IP-штамп: frJ29JTBlItMA
гость



 прочитанное сообщение Сообщение на английском  07.12.2021 16:42     Сообщение для модератора       
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #20 множественное цитирование

Super site! I am Loving it!! Will return once more, Im taking your food likewise, Thanks. Home Inspection
lifetime
IP-штамп: frJ29JTBlItMA
гость



 прочитанное сообщение Сообщение на английском  07.12.2021 16:45     Сообщение для модератора       
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #21 множественное цитирование

I adore your websites way of raising the awareness on your readers. Home Inspection
lifetime
IP-штамп: frJ29JTBlItMA
гость



 прочитанное сообщение Сообщение на английском  07.12.2021 16:49     Сообщение для модератора       
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #22 множественное цитирование

Your content is nothing short of brilliant in many ways. I think this is engaging and eye-opening material. Thank you so much for caring about your content and your readers. Home Inspection
Guest
IP-штамп: frJ29JTBlItMA
гость



 прочитанное сообщение Сообщение на английском  07.12.2021 16:52     Сообщение для модератора       
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #23 множественное цитирование

Truly, this article is really one of the very best in the history of articles. I am a antique ’Article’ collector and I sometimes read some new articles if I find them interesting. And I found this one pretty fascinating and it should go into my collection. Very good work! Home Inspection
Участник оффлайн! watchesonline89
Постоянный участник



 прочитанное сообщение Сообщение на английском  28.12.2022 12:26     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #24 множественное цитирование

https://omegawatches89.seesaa.net/article/490300647.html
https://list.ly/i/8020067
https://wakelet.com/wake/FbtgXuYkRErMzQ1HUDcgZ
https://fortunetelleroracle.com/fashion/exc...a-online-737625
https://omegawatches89.blog.hu/2022/11/13/u...log_hu-n_109243
https://trello.com/w/omegawatches891/account
https://omegawatches89-95.webselfsite.net/notre-produit
https://blog.udn.com/omegawatches89/176226699
https://omegawatches89.seesaa.net/article/490300795.html
https://ameblo.jp/omegawatches89/entry-12756688272.html
https://www.vingle.net/posts/4647040
https://wakelet.com/wake/H0vWrtoDDLsN1D3RnAjp6
https://penzu.com/p/5778d3b5
https://telegra.ph/Exciting-Deals-Offered-O...ca-Online-08-03
https://omegawatches89.simplesite.com
https://ameblo.jp/omegawatches89/entry-12756647075.html
https://omegawatches89.simplesite.com/452939039
https://telegra.ph/Amazing-Offers-Available...es-Online-08-03

*




Кнопка "Транслит" перекодирует
текст из транслита в кирилицу.
Правила перекодировки здесь;
текст в квадратных скобках'[]'
не преобразуется.
Имя:

 преобразовывать смайлики · показать смайлики
Назначение кнопок:

   Поблагодарить автора сообщения — поблагодарить автора
   Удалить сообщение — удалить
   Редактировать сообщение — редактировать
   Поместить сообщение в колонку новостей — поместить в колонку новостей
   Цитировать — цитировать сообщение
   не входит в цитирование/входит в цитирование — цитировать несколько
   Отметить СПАМ-сообщение — обозначить спам
   Сообщение для модератора — связь с модератором
   Участник онлайн!/Участник оффлайн! — автор онлайн/оффлайн
   Фотография — фотография автора

   - остальные обозначения -
 
   *
« Предыдущая тема · Молекулярная и клеточная биология · Следующая тема »
Быстрый ответДобавить сообщение в темуСоздать новую тему

Rambler   molbiol.ru - методы, информация и программы для молекулярных биологов              

 ·  Викимарт - все интернет-магазины в одном месте  ·  Доска объявлений Board.com.ua  · 
--- сервер арендован в компании Hetzner Online, Германия ---
--- администрирование сервера: Intervipnet ---

Хеликон · Диаэм · ИнтерЛабСервис · Beckman Coulter · SkyGen · ОПТЭК · BIOCAD · Евроген · Синтол · БиоЛайн · Sartorius · Химэксперт · СибЭнзим · Tecan · Даниес · НПП "ТРИС" · Биалекса · ФизЛабПрибор · Genotek · АТГ Сервис Ген · Биоген-Аналитика
Ваш форум  ·  redactor@molbiol.ru  ·  реклама  ·  Дата и время: 19.03.24 12:40
Bridged By IpbWiki: Integration Of Invision Power Board and MediaWiki © GlobalSoft