Rambler's Top100
Лёгкая версия форума* Виртуальная клавиатура  English  
Molbiol.ru | О проекте | Справочник | Методы | Растворы | Расчёты | Литература | Орг.вопросы
Web | Фирмы | Coffee break | Картинки | Работы и услуги | Биржа труда | Междисциплинарный биологический онлайн-журналZbio-wiki

NG SEQUENCING · ЖИЗНЬ РАСТЕНИЙ · БИОХИМИЯ · ГОРОДСКИЕ КОМАРЫ · А.А.ЛЮБИЩЕВ · ЗООМУЗЕЙ


Темы за 24 часа  [ Вход* | Регистрация* ]  
   



Форум: 
 

Щёлкните, чтобы внести в Избранные Темы* Аллель-специфическая ПЦР -- дизайн 3 -штрих конца --
ИнтерЛабСервис - передовые технологии молекулярной диагностики
Операции: Хочу стать куратором* · Подписаться на тему* · Отправить страницу по e-mail · Версия для печати*
Внешний вид:* Схема · [ Стандартный ] · +Перв.сообщ.


 
Добавить сообщение в темуСоздать новую темуСоздать голосование
guest: Игорь
IP-штамп: frhPdE/.npqEo
гость



 прочитанное сообщение 04.01.2014 05:59     Сообщение для модератора       
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #1 множественное цитирование

Вопрос для тех, кто подбирал праймеры для обычной аллель-специфической ПЦР (реалтайма нет, поэтому TaqMan отпадает). Кусок последовательности ПЕРВОГО аллеля - actGcaa.
Второй аллель - actAcaa.
Очень нужен совет по поводу дизайна 3 -штрих конца праймеров для первого и второго аллеля. Большой буквой указаны замены. В какую по счету букву с конца 3 -штрих конца праймера должна попасть эта замена (1-я, 2-я, 3-я с конца)? нужно ли навешивать дополнительный неспаренный нуклеотид? Вообщем буду благодарен любым советам по поводу дизайна. Это очень срочно. Заранее благодарен всем!
guest: ммм
IP-штамп: frQlBxj4iQSg.
гость



 прочитанное сообщение 04.01.2014 08:08     Сообщение для модератора       
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #2 множественное цитирование

Я не спец, но по моему умозрительно здесь что либо решать бесполезно, надо ставить ПЦР с разными праймерами на двух чистых матрицах и смотреть.
Участник оффлайн! бутанол
Постоянный участник
Новосибирск



 прочитанное сообщение 04.01.2014 09:35     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail  Web-адрес
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #3 множественное цитирование

пробовал при аллель-специфичной ПЦР привешивать хвостики (разные) на 5-штрих концы праймеров. идея состоит в том что после нескольких циклов температуру отжига праймеров повысить и т.д. правда мы все равно реалтаймом потом это различали (но зато можно иногда сибргрином обойтись). Можно еще ввести нуклеотид для формирования сайта рестрикции и резать потом ампликоны.
Участник оффлайн! Mykhaylo
Постоянный участник
Україна



 прочитанное сообщение 04.01.2014 12:53     Сообщение для модератора         Личное письмо
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #4 множественное цитирование

А воспользоваться онлайн подбором боитесь чтобы идею не украли ? smile.gif http://primer1.soton.ac.uk/primer1.html работает вполне сносно.
А далее играетесь с количеством внешних, внутренних и температурой. При смене китов - процедуру повторяете smile.gif
Участник оффлайн! AlexRez
Постоянный участник
Екатеринбург



 прочитанное сообщение 04.01.2014 18:13     Сообщение для модератора         Личное письмо
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #5 множественное цитирование

Замена должна попасть в первую букву. А вторую букву поставьте не комплементарную. Если в Вашем случае вторая буква С, то поставьте там А. В любом случае, аллель-специфические праймеры чувствительны к количеству матрицы. Подберете температуру и др. для низкой концентрации будут залипать на высокой концентрации. Подберете под высокую, не будут липнуть при низкой. Нужна стандартизация.
Участник оффлайн! Telbin
Участник



 прочитанное сообщение 06.01.2014 01:24     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #6 множественное цитирование

Поддерживаю, 1-я буква с 3'-конца - аллельспецифическая, а вместо C ставьте A в обоих праймерах
(только это не вторая, а третья буква с 3'-конца).
Про стандартизацию - золотые слова! И не только по концентрации, но и по количеству всяких ингибиторов.
Не помешает еще использование специальной полимеразы (типа SNP-detect или SNPase).
primer1 юзать тоже не повредит)))
guest: Игорь
IP-штамп: frhPdE/.npqEo
гость



 прочитанное сообщение 07.01.2014 07:06     Сообщение для модератора       
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #7 множественное цитирование

Всем спасибо! Primer1 делает не комплементарной 3-ю букву с 3-штрих конца, а все остальное соответствует матрице. не знаю как все это сработает. поставлю градиент по аннелингу
Участник оффлайн! semi
Постоянный участник
Москва



 прочитанное сообщение 07.01.2014 10:12     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #8 множественное цитирование

Пробовала как-то заказывать праймеры, подобранные при помощи программы WASP http://bioinfo.biotec.or.th/WASP/index/wasp/ (Геномный институт в Тайланде, они мне даже на вопросы отвечали по e-mail)
Две пары из трёх к разным SNP работали вполне сносно.
Участник оффлайн! watchesbiz
Постоянный участник



 прочитанное сообщение Сообщение на английском  04.12.2021 07:50     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #9 множественное цитирование

https://www.uptrennd.com/post-detail/hints-...-watch~ODY3MDU2
https://anotepad.com/note/read/mqg8p5jm
https://www.crokes.com/replicarolexwatches/profile/
https://ko-fi.com/post/Watches-Shopping-Gui...-Watc-E1E13PZV9
https://www.merchantcircle.com/blogs/replic...x-Watch/1966540
https://www.nairaland.com/6427528/watches-s...de-finding-fake
https://www.vingle.net/posts/3587193
https://fortunetelleroracle.com/sport/replica-watches-280478
https://www.goodreads.com/story/show/132736...ake-rolex-watch
https://www.diigo.com/item/note/85twz/phwr?...2395edb2dac07ea
https://github.com/ReplicawatchesUK/Replica...ake-Rolex-Watch
https://www.reddit.com/user/Bestreplicawatc...ke_rolex_watch/
https://slashdot.org/submission/13306958/wa...ake-rolex-watch
https://www.wattpad.com/1030107359-replica-...guide-finding-a
https://www.instructables.com/member/Fakero...licPreview=true
lifetime
IP-штамп: frJ29JTBlItMA
гость



 прочитанное сообщение Сообщение на английском  07.12.2021 16:56     Сообщение для модератора       
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #10 множественное цитирование

Interesting post. I Have Been wondering about this issue, so thanks for posting. Pretty cool post.It 's really very nice and Useful post.Thanks Home Inspection
lifetime
IP-штамп: frJ29JTBlItMA
гость



 прочитанное сообщение Сообщение на английском  07.12.2021 17:00     Сообщение для модератора       
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #11 множественное цитирование

I really loved reading your blog. It was very well authored and easy to understand. Unlike other blogs I have read which are really not that good.Thanks alot! Home Inspection
lifetime
IP-штамп: frJ29JTBlItMA
гость



 прочитанное сообщение Сообщение на английском  07.12.2021 17:04     Сообщение для модератора       
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #12 множественное цитирование

Took me time to understand all of the comments, but I seriously enjoyed the write-up. It proved being really helpful to me and Im positive to all of the commenters right here! Its constantly nice when you can not only be informed, but also entertained! I am certain you had enjoyable writing this write-up. Home Inspection
lifetime
IP-штамп: frJ29JTBlItMA
гость



 прочитанное сообщение Сообщение на английском  07.12.2021 17:08     Сообщение для модератора       
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #13 множественное цитирование

The next time I read a blog, I hope that it doesnt disappoint me as much as this one. I mean, I know it was my choice to read, but I actually thought you have something interesting to say. All I hear is a bunch of whining about something that you could fix if you werent too busy looking for attention. Home Inspection
lifetime
IP-штамп: frJ29JTBlItMA
гость



 прочитанное сообщение Сообщение на английском  07.12.2021 17:26     Сообщение для модератора       
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #14 множественное цитирование

Very informative post ! There is a lot of information here that can help any business get started with a successful social networking campaign ! Home Inspection
lifetime
IP-штамп: frJ29JTBlItMA
гость



 прочитанное сообщение Сообщение на английском  07.12.2021 17:29     Сообщение для модератора       
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #15 множественное цитирование

I see the greatest contents on your blog and I extremely love reading them. Home Inspection
lifetime
IP-штамп: frJ29JTBlItMA
гость



 прочитанное сообщение Сообщение на английском  07.12.2021 17:33     Сообщение для модератора       
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #16 множественное цитирование

Thanks for the nice blog. It was very useful for me. I'm happy I found this blog. Thank you for sharing with us,I too always learn something new from your post. Home Inspection
lifetime
IP-штамп: frJ29JTBlItMA
гость



 прочитанное сообщение Сообщение на английском  07.12.2021 17:36     Сообщение для модератора       
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #17 множественное цитирование

Hello! I just wish to give an enormous thumbs up for the nice info you've got right here on this post. I will probably be coming back to your weblog for more soon! Home Inspection
lifetime
IP-штамп: frJ29JTBlItMA
гость



 прочитанное сообщение Сообщение на английском  07.12.2021 17:39     Сообщение для модератора       
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #18 множественное цитирование

I must say, I thought this was a pretty interesting read when it comes to this topic. Liked the material. . . . . Home Inspection
Участник оффлайн! watchesonline89
Постоянный участник



 прочитанное сообщение Сообщение на английском  28.12.2022 12:26     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #19 множественное цитирование

https://omegawatches89.seesaa.net/article/490300647.html
https://list.ly/i/8020067
https://wakelet.com/wake/FbtgXuYkRErMzQ1HUDcgZ
https://fortunetelleroracle.com/fashion/exc...a-online-737625
https://omegawatches89.blog.hu/2022/11/13/u...log_hu-n_109243
https://trello.com/w/omegawatches891/account
https://omegawatches89-95.webselfsite.net/notre-produit
https://blog.udn.com/omegawatches89/176226699
https://omegawatches89.seesaa.net/article/490300795.html
https://ameblo.jp/omegawatches89/entry-12756688272.html
https://www.vingle.net/posts/4647040
https://wakelet.com/wake/H0vWrtoDDLsN1D3RnAjp6
https://penzu.com/p/5778d3b5
https://telegra.ph/Exciting-Deals-Offered-O...ca-Online-08-03
https://omegawatches89.simplesite.com
https://ameblo.jp/omegawatches89/entry-12756647075.html
https://omegawatches89.simplesite.com/452939039
https://telegra.ph/Amazing-Offers-Available...es-Online-08-03

*




Кнопка "Транслит" перекодирует
текст из транслита в кирилицу.
Правила перекодировки здесь;
текст в квадратных скобках'[]'
не преобразуется.
Имя:

 преобразовывать смайлики · показать смайлики
Назначение кнопок:

   Поблагодарить автора сообщения — поблагодарить автора
   Удалить сообщение — удалить
   Редактировать сообщение — редактировать
   Поместить сообщение в колонку новостей — поместить в колонку новостей
   Цитировать — цитировать сообщение
   не входит в цитирование/входит в цитирование — цитировать несколько
   Отметить СПАМ-сообщение — обозначить спам
   Сообщение для модератора — связь с модератором
   Участник онлайн!/Участник оффлайн! — автор онлайн/оффлайн
   Фотография — фотография автора

   - остальные обозначения -
 
   *
« Предыдущая тема · Молекулярная и клеточная биология · Следующая тема »
Быстрый ответДобавить сообщение в темуСоздать новую тему

Rambler   molbiol.ru - методы, информация и программы для молекулярных биологов              

 ·  Викимарт - все интернет-магазины в одном месте  ·  Доска объявлений Board.com.ua  · 
--- сервер арендован в компании Hetzner Online, Германия ---
--- администрирование сервера: Intervipnet ---

Хеликон · Диаэм · ИнтерЛабСервис · Beckman Coulter · SkyGen · ОПТЭК · BIOCAD · Евроген · Синтол · БиоЛайн · Sartorius · Химэксперт · СибЭнзим · Tecan · Даниес · НПП "ТРИС" · Биалекса · ФизЛабПрибор · Genotek · АТГ Сервис Ген · Биоген-Аналитика
Ваш форум  ·  redactor@molbiol.ru  ·  реклама  ·  Дата и время: 19.03.24 14:26
Bridged By IpbWiki: Integration Of Invision Power Board and MediaWiki © GlobalSoft