molbiol.ru -> Подготовка файлов в BEAUti для программы BEAST

> Все форумы > Тематические форумы > Молекулярная и клеточная биология

Zbio-wiki

NG SEQUENCING · ЖИЗНЬ РАСТЕНИЙ · БИОХИМИЯ · ГОРОДСКИЕ КОМАРЫ · А.А.ЛЮБИЩЕВ · ЗООМУЗЕЙ

Правила FAQ* Поиск* Участники* Календарь* Избранные темы* Форум Форумов*

Темы за 24 часа [ Вход* | Регистрация* ]

Форум:

* Подготовка файлов в BEAUti для программы BEAST -- Как выбрать Tree prior? --

Операции: Хочу стать куратором* · Подписаться на тему* · Отправить страницу по e-mail · Версия для печати*
Внешний вид:* Схема · [ Стандартный ] · +Перв.сообщ.

Nemestnyi

10.05.2018 11:58

URL #1

Здравствуйте!Кто знает... Вопрос в том, по какому принципу выбираются Tree prior в программе BEAUti, которая готовит файлы для анализа в BEAST. Пытался читать мануал, но там из более чем десятка имеющихся моделей описаны всего три. А что делают остальные, на что влияют? Может кто объяснит, на что ориентироваться при выборе, есть может какие программы анализирующие твои данные и выдающие предпочтения, и рекомендации, типа тех, что выбирают наилучшую модель замещений?

Просьба к модераторам не переносить вопрос в раздел "софт" (т.к. там такой уже есть) и не удалять, т.к. мне кажется, что шанс получить какой-нибудь ответ на данный вопрос в этом разделе будет повыше.

ASDF
Постоянный участник

10.05.2018 23:12

URL #2

jmodeltest выбирает наиболее подходящую модель.

Это вы еще до просто priors не добрались )))

ASDF
Постоянный участник

10.05.2018 23:15

URL #3

И в MEGA тоже можно выбрать лучшую модель

ASDF
Постоянный участник

10.05.2018 23:17

URL #4

Я тоже прошу модераторов не переносить в софт, это по сути обсуждение правильных подходов к байесовой филогенетике, а не софта. Здесь давно уже не хватает такого топика.

Nemestnyi

11.05.2018 07:16

URL #5

(ASDF @ 11.05.2018 00:15)

И в MEGA тоже можно выбрать лучшую модель

Mega и Jmodeltest вроде подбирают модель замещения (Substitution model) что выбираются на вкладке Sites, с этим я более менее разобрался. Хотя тоже вопрос, какую модель использовать, если рекомендуемой нет в BEAUti? Ту из имеющихся, что имеет лучшие показатели BIC и AIC? А еще что приоритетней BIC или AIC если между ними разногласия?

А вообще я как раз о tree prior, что на вкладке trees спрашивал.

Сообщение было отредактировано Nemestnyi - 11.05.2018 07:19

dk
Постоянный участник
Россия

11.05.2018 09:44

URL #6

Да, действительно - зачем переносить тему в специальный раздел "Софт" если даже топикстартер, создавший её там не читает.
Продублирую здесь. Вы используете BEAST-1.8, как я понимаю? Его целесообразно использовать для расчёта "мол.часов" и прочей "коалесятины". Если Вы не знаете или не понимаете (не предполагаете) сути процессов - не меняйте "значения по умолчанию". Так и в туториале указано. На топологию это не повлияет. Если же Вы хотите лишь восстановить филогению - используйте BEAST-2. Там гораздо больше параметров прописано, причём наиболее "универсальных". Я в последнее время из него же вытаскиваю и деревья для bGMYC.
Про модели. Само-собой они не все реализованы в BEAST. Да этого и не надо. Параметры замен Вы можете прописать вручную и сделать из GTR хоть TIM, хоть F81. На основании чего делать вывод - у Посады есть статьи про AIC, который, вроде как, наиболее широко применим. Можете просто выбирать модель исходя из значения LRT и не заморачиваться с информ.критериями.
ЗЫ. Зря Вы грешите на документацию - вот как раз для BEAST и его приложений она отлично написана, с примерами и всей теорией.

Nemestnyi

11.05.2018 10:41

URL #7

Ну, я подождал несколько дней, никто ничего не ответил, решил создать тему в другом разделе. Да, я использую 1.8. и использую для расчета мол. часов. Про не менять параметры я читал. И то что топология при испозльзовании разных tree prior особо не меняется догадался, попытавшись построить деревья несколькими разными настройками, а вот длинна ветвей и соответственно датировки, на сколько заметил, меняются. По этому, все же интересно, а что это за параметры и как их вообще определяют?

Где прописывают параметры замен, на вкладке priors или operators?

Сообщение было отредактировано Nemestnyi - 11.05.2018 11:19

dk
Постоянный участник
Россия

12.05.2018 20:54

URL #8

Определяют исходя из знаний/предположений о скоростях изменений. Вы, наверняка, туториал прочитали? Попробуйте под свои данные сделать какие-то предположения. Вот пример по гриппу.
А вообще эти мол.часы и прочая "коалесятина" - очень уж "от лукавого". В последнем издании "Mol. Evol. and Phyl." М.Нэй долго рассуждает "почему часы должны работать, но не работают". И совсем отдельно можно обсуждать проблему достаточности палеонт.данных для "калибровки часов" (мы сами для филог.линий у дафний получили на разных наборах возраст дивергенции с разницей чуть не в 10 раз). Ну и сейчас до чёрта статей про проблематики байесовой филогении в целом (вплоть до полного её неприятия), проблема обратных замен, "притяжения длинных ветвей" и прочего - лень ПабМед сюда репостить.

Сообщение было отредактировано dk - 12.05.2018 21:14

Nemestnyi

15.05.2018 06:38

URL #9

Здравствуйте! А вот еще вопрос, если известно примерное время существования группы, как по ней откалибровать время для других близкородственных последовательностей, ну и всего набора данных?

dk
Постоянный участник
Россия

15.05.2018 08:52

URL #10

Есть пример с калибровкой для человекообразных. Раньше были хорошие туториалы на филогенетикс.ру но его хозяйка Анна уехала за рубеж и теперь грамотную консультация не получить

Nemestnyi

13.05.2019 10:50

URL #11

Здравствуйте! А не подскажет ли кто, как так правильно отредактировать параметры модели GTR в Beast 1.8, чтобы получить JC? Я так понимаю, нужно менять значения в Priors, но вот как там правильно выставить все эти параметры замен мне не очень понятно. Может кто объяснить?

Сообщение было отредактировано Nemestnyi - 13.05.2019 10:54

Nemestnyi

13.05.2019 12:23

URL #12

Оу! Пока пытался разобраться сам, обнаружил, что в последней, на данный момент, версии BEAST v1.10.4 модель JC и так добавлена по умолчанию.)

dk
Постоянный участник
Россия

14.05.2019 13:24

URL #13

Модель Джукса и Кантора всегда была и в BEAST (1 и 2), да и во всех других программах. Она же предполагает просто равную вероятность замен любых нуклеотидов. А так прописывая вероятности замен из GTR можно любую модель сделать.

watchesbiz
Постоянный участник

11.11.2021 16:09

URL #14

https://replicawatches24.tumblr.com/post/64...lica-watches-uk
https://ello.co/replicawatchesuk/post/ubut9ig9g4glx-q6nyphka
https://www.evernote.com/shard/s451/client/...%2BWatches%2BUK
https://www.bloglovin.com/@rolexrelicawatch...replica-watches
https://www.designspiration.com/watcheshutuk/saves/
https://write.as/fakerolexwatches/hints-to-...lica-watches-uk
https://www.dailystrength.org/journals/hint...lica-watches-uk
https://issuu.com/replicawatchesuk/docs/dif...he_replica_watc
https://www.keepandshare.com/discuss2/5601/...lica-watches-uk
https://penzu.com/public/9e250377
https://bestreplicawatc.livejournal.com/336.html
https://www.pearltrees.com/replicawatchesuk/item349627941
https://www.intensedebate.com/people/watches24
https://anonfiles.com/N039Qf66q9/Guide_On_H...atch_Online_pdf

Кнопка "Транслит" перекодирует
текст из транслита в кирилицу.
Правила перекодировки здесь;
текст в квадратных скобках'[]'
не преобразуется.

Имя:

Отправка сообщений использует JavaScript операции. В вашем броузере не
установлено/отключено выполнение JavaScript программ. Используйте Netscape Navigator
или Internet Explorer (не ранее 3 версии); убедитесь, что выполнение JavaScript
программ разрешено в настройках вашего броузера.