molbiol.ru -> 3D structure

> Все форумы > Тематические форумы > Биофизика и матметоды в биологии

Zbio-wiki

NG SEQUENCING · ЖИЗНЬ РАСТЕНИЙ · БИОХИМИЯ · ГОРОДСКИЕ КОМАРЫ · А.А.ЛЮБИЩЕВ · ЗООМУЗЕЙ

Правила FAQ* Поиск* Участники* Календарь* Избранные темы* Форум Форумов*

Темы за 24 часа [ Вход* | Регистрация* ]

Форум:

* 3D structure
Операции: Хочу стать куратором* · Подписаться на тему* · Отправить страницу по e-mail · Версия для печати*
Внешний вид:* Схема · [ Стандартный ] · +Перв.сообщ.

N
IP-штамп: frbeduQ.9pjR.
гость

11.09.2010 00:04

URL #1

Подскажите, пожалуиста, кто какими программами пользуеться, чтобы нарисовать 3D модель белка для публикации с возможностью выделять отдельные аминокислоты другим цветом. Спасибо.

Nastja
Постоянный участник
Новосибирск

11.09.2010 05:18

URL #2

Из бесплатных я бы рекомендовала PyMOL. Правда, придется немного почитать документацию.

Поблагодарили (1): NMR-guy

Mike Shelk
Участник
Москва

11.09.2010 08:35

URL #3

Мне больше всего нравится UCSF Chimera, только её для получения картинок и использую

Поблагодарили (3): Fritz, nixie oparina, Esya

Fritz
Постоянный участник
Москва

12.09.2010 01:56

URL #4

Я тоже за "Химеру";)

mfursov

Новосибирск

13.09.2010 07:53

URL #5

UGENE - может даже экспортить 3D в 2D векторный формат
Не прожорлив и бесплатен.

Поблагодарили (1): Fritz

Fritz
Постоянный участник
Москва

13.09.2010 14:59

URL #6

Не спорю,UGENE-классно, конечно, но...под Ubuntu он очень странно работает...да и интерфейс там прямо скажем....

nixie oparina

30.09.2010 08:17

URL #7

(mfursov @ 13.09.2010 05:53)

UGENE - может даже экспортить 3D в 2D векторный формат
Не прожорлив и бесплатен.

Михаил, UGENE - продукт очень достойный (благодарность искренняя). Но "есть некоторые замечания и предложения", которые хотелось бы обсудить. Если планируется движение к версии 1.8 или-таки 2:-)

Nastja
Постоянный участник
Новосибирск

30.09.2010 13:28

URL #8

Что-то все UGENE хвалят... может мне тоже посмотреть?

AzAbd

24.04.2012 16:11

URL #9

А мне Yasara View весьма доставляет, удобная штука, правда, ресурсов системы жрет побольше других вьюеров. И документация у них частично изложена в анимированном тьюториале.

Поблагодарили (1): Mike Shelk

Victoriy
IP-штамп: frfs7ZI29qI2Y
гость

08.06.2012 08:08

URL #10

Подскажите пожалуйста, как с помощью UCSF Chimera убрать клеш в модели белка. Или более удобную программу для этой задачи.

Nastja
Постоянный участник
Новосибирск

08.06.2012 10:29

URL #11

Я использую swiss-pdb viewer, там интерфейс для убирания клешей очень простой - вначале color by protein problems, клеши будут розовыми пунктирами, потом ткнуть в иконку крайнюю справа и выбрать остаток, у которого менять углы, потом стрелками, которые появятся справа от иконки, регулировать углы до исчезновения пунктиров.
В Chimera я что-то не смогла с этой функцией разобраться, если кто расскажет - буду признательна.

Guest
IP-штамп: frfs7ZI29qI2Y
гость

08.06.2012 18:06

URL #12

Благодарю, попробую

Guest
IP-штамп: fr01son.NcUeE
гость

09.06.2012 21:58

URL #13

к знатокам: rasmol, vmd уже устарели?

Nastja
Постоянный участник
Новосибирск

10.06.2012 09:13

URL #14

Rasmol - да, VMD - фактически интерфейс для NAMD.

Guest
IP-штамп: frEiFPK2ZWkzc
гость

10.06.2012 13:10

URL #15

то что VMD интерфейс NAMD разве отменяет его возможности как рисовалки? он же как кнопочная рисовалка делался? а почему Rasmol устарел? не обновляется? чем дриге рисовалки лучше?

Nastja
Постоянный участник
Новосибирск

10.06.2012 17:54

URL #16

По большому счету это дело вкуса, каждый использует то, что ему нравится. В PyMOL мне нравится то, что можно как вызывать его функции из питона, так и наоборот, писать на питоне дополнительные функции, также там получаются хорошие картинки, очень богатые возможности для настройки всего, удобный просмотр результатов докинга в AutoDock Vina. Swiss-pdb viewer имеет понятный графический интерфейс, в нем удобно показывать молекулы людям, которые не очень знакомы со всеми этими вещами. В Chimera интерфейс в целом не очень нравится, но отдельные функции хорошо реализованы, вроде просмотра очень больших белковых комплексов, совмещения с картой электронной плотности, еще структурное выравнивание мне там нравится.

Поблагодарили (1): NMR-guy

Guest
IP-штамп: frjO1CJFqxYHs
гость

10.06.2012 19:51

URL #17

Настя, спасибо большое.

guest: Ирина
IP-штамп: frVN8ewzj7hZU
гость

29.10.2013 23:08

URL #18

Подскажите пожалуйста, является ли сервер I-TASSER бесплатным. Никак не могу разобраться, как с его помощью построить 3D-модель. Заранее благодарю за любые подсказки.

Nastja
Постоянный участник
Новосибирск

03.11.2013 15:26

URL #19

Да, он бесплатный, просто надо зарегистрироваться.

guest: great
IP-штамп: frj5GEfdEWR5M
гость

31.10.2018 18:35

URL #20

Much obliged to you for setting aside an ideal opportunity to distribute this data extremely valuable!
http://www.business-stepbystep.com

Это сообщение — спам.
Den-N

wendywilson123

27.11.2018 09:19

URL #21

The 293T cell line was created in the Michele Calos laboratory by transfection of a sub-line of adenovirus-immortalized human embryonic kidney cells with a gene encoding the SV40T-antigen and a neomycin resistance gene.

guest: 123
IP-штамп: frJhOCvSv9ICE
гость

31.05.2022 09:11

URL #22

SINCE LAUNCHING AMB CASINO HIS INVASION OF UKRAINE, RUSSIA'S FC SLOT PRESIDENT VLADIMIR PUTIN 88KTC HAS FACED AN UNPRECEDENTED 11HILO GLOBAL RESPONSE, FROM CULTURAL BOYCOTTS TO 123GOAL COUNTRIES RADICALLY 123VEGA TRANSFORMING THEIR ALLBET FOREIGN POLICIES. BUT THE สูตรสล็อต LONGER THE CONFLICT CANDY BURST GOES ON, THE MORE SIGNS THERE ปั่นสล็อต ARE OF DIVISIONS.

guest: 123
IP-штамп: frXqkB4MpP2jQ
гость

08.06.2022 12:57

URL #23

South Korea 123VEGA and the US launched WAZDAN eight missiles WM CASINO on Monday, in AFFILIATE response to a ลิงค์รับทรัพย์ volley of ballistic missiles fired by North Korea the 123GOAL previous day. It comes 88KTC as Pyongyang continues FC SLOT to escalate its AMB CASINO missile tests. South 11HILO Korea's president Yoon Suk-yeol.

guest: 123
IP-штамп: frpYd0YygcNIA
гость

09.06.2022 09:35

URL #24

Elon Musk has 123VEGA threatened to เกมสล็อต walk away from his JOKER GAMING $44bn takeover DREAMGAMING of Twitter, accusing เล่นสล็อต the social media company of "thwarting" his 11HILO requests to learn AMB CASINO more about its user base. In a letter filed FC SLOT with regulators, Mr Musk 88KTC said he was entitled 123GOAL to do his own measurement of spam accounts.

Кнопка "Транслит" перекодирует
текст из транслита в кирилицу.
Правила перекодировки здесь;
текст в квадратных скобках'[]'
не преобразуется.

Имя:

Отправка сообщений использует JavaScript операции. В вашем броузере не
установлено/отключено выполнение JavaScript программ. Используйте Netscape Navigator
или Internet Explorer (не ранее 3 версии); убедитесь, что выполнение JavaScript
программ разрешено в настройках вашего броузера.