molbiol.ru -> Как оценить в BEAST 1.10 и Tracer 1.7 максимальное правдоподобие - marginal likelihood estimation для выбранных моделей?

> Все форумы > Тематические форумы > Молекулярная и клеточная биология

Zbio-wiki

NG SEQUENCING · ЖИЗНЬ РАСТЕНИЙ · БИОХИМИЯ · ГОРОДСКИЕ КОМАРЫ · А.А.ЛЮБИЩЕВ · ЗООМУЗЕЙ

Правила FAQ* Поиск* Участники* Календарь* Избранные темы* Форум Форумов*

Темы за 24 часа [ Вход* | Регистрация* ]

Форум:

* Как оценить в BEAST 1.10 и Tracer 1.7 максимальное правдоподобие - marginal likelihood estimation для выбранных моделей?

Операции: Хочу стать куратором* · Подписаться на тему* · Отправить страницу по e-mail · Версия для печати*
Внешний вид:* Схема · [ Стандартный ] · +Перв.сообщ.

Nemestnyi

11.08.2020 07:45

URL #1

Здравствуйте! Задавал этот вопрос в разделе "биофизика и матметоды в биологии" но дождался лишь ответа спамбота. Может здесь кто поможет.

Вопрос такой:

В программе BEAST 1.10, а точнее в BEAUti, которая готовит для нее файлы есть на выбор различные модели и настройки. И если с моделью замен все более менее понятно, ее могут подобрать и сторонние ПО, то с выбором строгих/нестрогих часов и Tree Prior - вопрос.

Почитав мануал понял, что для оценки того какая модель и с какими настройками лучше подходит, можно включить параметр marginal likelihood estimation (MLE) Path sampling/ Stepping-stone sampling или Generalised stepping-stone sampling, генерируется дополнительный файл - yourfilename.mle.log.txt,

Но главный вопрос: как оценивать сами эти файлы? Вроде можно в Tracer загрузить, но какие параметры и в каких единицах говорят о лучшей модели, самые низкие значения или самые высокие, по границам интервалов оценивать или по среднему...? Нормальны ли низкие ESS в этих файлах? В обычных log файлах ESS - довольно высокие.

Картинки:
картинка: Tracer_mle.jpg

Tracer_mle.jpg — (190.12к)

watchesbiz
Постоянный участник

15.10.2021 14:42

URL #2

https://jumpshare.com/v/QxZ9Rn2mfDCaBq2AdBG1
https://www.edocr.com/v/znnrba3z/watcheshut...lica-Watches-UK
https://www.tuugo.us/Companies/best-replica...s/0310006695505
https://topsitenet.com/article/988178-hints...ca-rolex-watch/
http://simp.ly/p/nxGlWb
https://telegra.ph/Hints-on-Choice-of-a-Hig...lex-Watch-02-22
https://replicarolexwatche2.blog.fc2.com/blog-entry-1.html
https://www.knowpia.com/s/blog_60f7e7c31014a97a
https://zenwriting.net/replicawatches24/hin...ica-rolex-watch
https://globalcatalog.com/replicawatchesuk.us/en
http://www.cplusplus.com/articles/iE1wvCM9/
https://eatsleepride.com/c/346210/hints_on_...ica_rolex_watch
https://www.myminifactory.com/users/watcheshutukcom
https://www.mioola.com/ReplicawatchesUK/post/199764/
https://en.gravatar.com/allreplicawatches24
https://8tracks.com/replicawatchesuk

IAM1688
IP-штамп: frAafNuYANUh2
гость

18.10.2021 15:56

URL #3

It may be the topics of ไฮโล interest of the writer or it may ลิ้งรับทรัพย์ be related to some dreamgaming current issues. The topic สล็อต22 can either be serious or not-so-serious; 1688บาคาร่า Same goes for its tone and language. 1688 slot Now that you know the steps of sa gaming 1688 article writing and the article writing format.
the occurrence of บา คา ร่า 1688 mistakes becomes obvious. Some ดูราคาบอล of the common mistakes โกงบาคาร่า are. The secret to good article writing is to understand how สูตรโกงบาคาร่า to plan and structure a piece เกมวัววัว before you write it. New writers ไพ่แคง often overlook how important titles are. But you must craft สูตรโกงบาคาร่า a title that’s informative and enticing.

watchesonline89
Постоянный участник

25.12.2022 09:04

URL #4

https://medium.com/@omegawatches89/exciting...ne-17c41f48bce4
https://telegra.ph/Tips-For-Buying-Replica-Watches-08-03
https://disqus.com/by/omegawatches89/about/
https://plaza.rakuten.co.jp/omegawatches89/...y/202208040004/
https://omegawatches89.bigcartel.com/product/replica-watches
https://teletype.in/@omegawatches89/p6FG7kdedpw
https://dailygram.com/index.php/blog/116219...eplica-watches/
https://www.craftsforum.co.uk/member/209770-omegawatches89
https://forum.amando.it/members/omegawatches89-165008.html
https://www.academia.edu/88309718/https_www_watchesbiz_co_
https://codepen.io/omegawatches89/pen/KKRbyKj
https://musescore.com/user/54310503/sets/5621730
https://form.jotform.com/223253838439059
https://62e8da780bf7c.site123.me/blog/amazi...-watches-online
https://teletype.in/@omegawatches89/FclnTDwlkB1

Кнопка "Транслит" перекодирует
текст из транслита в кирилицу.
Правила перекодировки здесь;
текст в квадратных скобках'[]'
не преобразуется.

Имя:

Отправка сообщений использует JavaScript операции. В вашем броузере не
установлено/отключено выполнение JavaScript программ. Используйте Netscape Navigator
или Internet Explorer (не ранее 3 версии); убедитесь, что выполнение JavaScript
программ разрешено в настройках вашего броузера.