Rambler's Top100
Лёгкая версия форума* Виртуальная клавиатура  English  
Molbiol.ru | О проекте | Справочник | Методы | Растворы | Расчёты | Литература | Орг.вопросы
Web | Фирмы | Coffee break | Картинки | Работы и услуги | Биржа труда | Междисциплинарный биологический онлайн-журналZbio-wiki

NG SEQUENCING · ЖИЗНЬ РАСТЕНИЙ · БИОХИМИЯ · ГОРОДСКИЕ КОМАРЫ · А.А.ЛЮБИЩЕВ · ЗООМУЗЕЙ


Темы за 24 часа  [ Вход* | Регистрация* ]  
   



Форум: 
 

Результаты поиска -- Найденные сообщения --

страницы (4):  1 2 3 > » 

Next-gen секвенирование в России
kb1
Участник


Отправлено: вчера, 15:55  |  Молекулярная и клеточная биологияМолекулярная и клеточная биология  |  link: #2080777  |  Ответов: 3347  |  Просмотров: 445 700
Да, их анализатор не нанопоровый, а на базе банального микроэррея с электрохимической детекцией

Next-gen секвенирование в России
kb1
Участник


Отправлено: вчера, 15:48  |  Молекулярная и клеточная биологияМолекулярная и клеточная биология  |  link: #2080770  |  Ответов: 3347  |  Просмотров: 445 700
Гора родила мышь. И кому нужно анализировать ампликоны когда есть RT-PCR?
Их основная проблема - отсутствие биопоры. Сами создать они ее не могут, а делиться сними никто не хочет.

Next-gen секвенирование в России
kb1
Участник


Отправлено: вчера, 15:48  |  Молекулярная и клеточная биологияМолекулярная и клеточная биология  |  link: #2080769  |  Ответов: 3347  |  Просмотров: 445 700
Гора родила мышь. И кому нужно анализировать ампликоны когда есть RT-PCR?
Их основная проблема - отсутствие биопоры. Сами создать они ее не могут, а делиться сними никто не хочет.

Next-gen секвенирование в России
kb1
Участник


Отправлено: 18.10.2021 17:09  |  Молекулярная и клеточная биологияМолекулярная и клеточная биология  |  link: #2079561  |  Ответов: 3347  |  Просмотров: 445 700
Позвольте спросить, каким годом датирована картинка?
Я думал, что деньги собраны и контора давно закрыта.

Next-gen секвенирование в России
kb1
Участник


Отправлено: 24.04.2021 22:09  |  Молекулярная и клеточная биологияМолекулярная и клеточная биология  |  link: #1969170  |  Ответов: 3347  |  Просмотров: 445 700
(genseq @ 21.04.2021 19:21)
Ссылка на исходное сообщение  Программа конференции "День ДНК - 2021":
https://cloud.mail.ru/public/oNGz/5uWiAosC3
Состоится 23 апреля в Пущино (ул. Институтская, д.3, конференцзал ИТЭБ РАН).
Вход свободный.

А видеоролики с докладами будут?

Праймеры и зонды для британского SARS-CoV-2
kb1
Участник


Отправлено: 26.01.2021 15:24  |  Молекулярная и клеточная биологияМолекулярная и клеточная биология  |  link: #1921146  |  Ответов: 14  |  Просмотров: 1 435
ну, это к Ъ

ПЦР GC-насыщенной последовательности
kb1
Участник


Отправлено: 02.12.2020 16:57  |  Молекулярная и клеточная биологияМолекулярная и клеточная биология  |  link: #1897464  |  Ответов: 3  |  Просмотров: 999
Можно и Betaine до конц 2 М, но PPS эффективнее.

ПЦР GC-насыщенной последовательности
kb1
Участник


Отправлено: 02.12.2020 16:55  |  Молекулярная и клеточная биологияМолекулярная и клеточная биология  |  link: #1897454  |  Ответов: 3  |  Просмотров: 999
Попробуйте добавить в реакционную смесь PPS (3-(1-Pyridinio)-1-propanesulfonate) до концентрации 0.3-0.4 М

ПЦР с обратной транскрипцией
kb1
Участник


Отправлено: 02.09.2020 17:38  |  Молекулярная и клеточная биологияМолекулярная и клеточная биология  |  link: #1859862  |  Ответов: 20  |  Просмотров: 6 207
(Poshvina @ 02.09.2020 16:55)
Ссылка на исходное сообщение  нужно провести анализ экспрессии генов бактерий
Выделяю РНК из бактерий, затем ставлю реакцию обратной транскрипции с мастер-миксом iScript reverse transcription (bio-rad) + контроль в котором отсутствует ревертаза  . затем ставлю ПЦР с нужными прамерами и ампликон получается и в кДНК и в контроле без ревертазы. В чем может быть проблема?

Выделенная РНК содержит ДНК

Технологии секвенирования следующего поколения.
kb1
Участник


Отправлено: 02.09.2020 15:40  |  Молекулярная и клеточная биологияМолекулярная и клеточная биология  |  link: #1859814  |  Ответов: 1175  |  Просмотров: 299 204
(Permission @ 02.09.2020 12:30)
Ссылка на исходное сообщение  Ну это как пытаться понять Джоконду, обсуждая  хим. состав  и мол.структуру используемых Леонардо красок и способы их намазывания. Можно обсуждать? Конечно. Но это трата времени впустую.

Ну, так не топчитесь здесь. Вам - в Лувр, а мы красками займемся.

Next-gen секвенирование в России
kb1
Участник


Отправлено: 15.08.2020 00:32  |  Молекулярная и клеточная биологияМолекулярная и клеточная биология  |  link: #1854300  |  Ответов: 3347  |  Просмотров: 445 700
В России впервые расшифровали геном на отечественном оборудовании
https://gmpnews.ru/2020/07/v-rossii-vpervye...m-oborudovanii/

Пруф-ридинг полимераза вопрос
kb1
Участник


Отправлено: 04.06.2020 18:30  |  Молекулярная и клеточная биологияМолекулярная и клеточная биология  |  link: #1825580  |  Ответов: 108  |  Просмотров: 11 990
(Шаолинь @ 04.06.2020 18:39)
Ссылка на исходное сообщение  типа KlenTaq плюс Vent или Pfu  10  к 1

Только Vent или DeepVent, если нужна вытесняющая активность

Пруф-ридинг полимераза вопрос
kb1
Участник


Отправлено: 04.06.2020 18:24  |  Молекулярная и клеточная биологияМолекулярная и клеточная биология  |  link: #1825575  |  Ответов: 108  |  Просмотров: 11 990
(Шаолинь @ 04.06.2020 18:20)
Ссылка на исходное сообщение  Bacillus stearothermophilus DNA polymerase (Bst), do not slip.
это изотермалка а не ПЦР


Можно и ПЦР, но не с Bst
https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/25109293/

Пруф-ридинг полимераза вопрос
kb1
Участник


Отправлено: 04.06.2020 16:59  |  Молекулярная и клеточная биологияМолекулярная и клеточная биология  |  link: #1825551  |  Ответов: 108  |  Просмотров: 11 990
(Asterix @ 04.06.2020 14:34)
Ссылка на исходное сообщение  Ну посмотрел ? хорошая статья,  но мне-то  что делать? магния поменьше класть а полимеразы побольше?  И температуру повыше ?


Да. Время отжига праймеров - сократить, температуру - поднять и/или добавить: DMSO (до 3-5%) & Betaine (до 1-1.8 M)
Другой вариант - использовать полимеразу с вытесняющей активностью.

Пруф-ридинг полимераза вопрос
kb1
Участник


Отправлено: 04.06.2020 02:09  |  Молекулярная и клеточная биологияМолекулярная и клеточная биология  |  link: #1825375  |  Ответов: 108  |  Просмотров: 11 990
Slippage - эффект. Вещь довольно частая.
http://www.genetica.uma.es/articulos/art271.pdf

ПЦР
kb1
Участник


Отправлено: 02.06.2020 16:40  |  Молекулярная и клеточная биологияМолекулярная и клеточная биология  |  link: #1825058  |  Ответов: 117  |  Просмотров: 8 534
(semi @ 01.06.2020 17:27)
Ссылка на исходное сообщение  Вот тут пишут,  какой состав буфера в реакции должен быть, что Taq-полимераза сревертировала РНК без обратной транскриптазы.
https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2020.05.27.120238v1

Вот уж фантазеры так фантазеры. Впрочем г-н Andrew D. Ellington и компания этим славится. Вероятнее всего ручки они плохо помыли - вот и стала Taq (даже в обычном коммерческом буфере с магнием) на РНК работать smile.gif
А что касается способности Taq работать как ревертаза, то этот феномен был исследован много лет назад (о чем авторы скромно умалчиваютsmile.gif). Для проявления ревертазной активности требуется марганец (строго), значительная активность проявляется не на всех РНК-матрицах и уступает классическим ревертазам
https://febs.onlinelibrary.wiley.com/doi/ab...id=nlm%3Apubmed

ПЦР
kb1
Участник


Отправлено: 29.05.2020 18:44  |  Молекулярная и клеточная биологияМолекулярная и клеточная биология  |  link: #1824321  |  Ответов: 117  |  Просмотров: 8 534
Возможно, у Вас контаминация Положительным Контролем (как правило это тот же ампликон). Используйте для внесения ПК отдельную пипетку, и вносите его в самом конце, когда рабочие образцы уже раскапаны.
В крайнем случае можете попробовать наборы других производителей. Их - масса. Есть и в лио- формате

В каких странах производят полимеразу и ревертазу?
kb1
Участник


Отправлено: 15.04.2020 14:15  |  Молекулярная и клеточная биологияМолекулярная и клеточная биология  |  link: #1811993  |  Ответов: 6  |  Просмотров: 1 488
Синтол и Евроген производят. А много ли надо? Если десятками млн. ед. то можно обсудить

секвенцовая реакция
kb1
Участник


Отправлено: 02.11.2019 01:22  |  Молекулярная и клеточная биологияМолекулярная и клеточная биология  |  link: #1775444  |  Ответов: 3  |  Просмотров: 1 857
"реакция секвенирования" или просто "секвенирование" будет корректнее. Означает процесс определения первичной структуры (сиквенса) какой либо биополимерной молекулы, как правило это ДНК.

Случайная сортировка fastq ридов
kb1
Участник


Отправлено: 26.09.2019 16:35  |  Молекулярная и клеточная биологияМолекулярная и клеточная биология  |  link: #1770484  |  Ответов: 3  |  Просмотров: 3 246
посмотрите в "методах" https://journals.plos.org/plosone/article?i...al.pone.0210374

Технологии секвенирования следующего поколения.
kb1
Участник


Отправлено: 27.08.2019 02:03  |  Молекулярная и клеточная биологияМолекулярная и клеточная биология  |  link: #1766646  |  Ответов: 1175  |  Просмотров: 299 204
(genseq @ 18.08.2019 10:02)
Ссылка на исходное сообщение  Бета-тестированием ещё одного секвенатора AXP100 компании AxBio собирается заняться НИИ биомедицинской химии им. В.Н.Ореховича (ответственные - д.б.н. Е.В.Супрун и к.б.н. С.П.Радько):
http://ibmc.msk.ru/?page_id=478

Что-то о секвенаторе и секвенировании в пресс релизе ни гу-гу "Основным направлением сотрудничества является разработка методов электрохимической детекции белков "

Технологии секвенирования следующего поколения.
kb1
Участник


Отправлено: 31.07.2019 16:02  |  Молекулярная и клеточная биологияМолекулярная и клеточная биология  |  link: #1763448  |  Ответов: 1175  |  Просмотров: 299 204
(genseq @ 22.07.2019 20:48)
Ссылка на исходное сообщение  Вы правы. Купить этот секвенатор нельзя. Он ещё находится на ранней стадии разработки. Правда, у китайцев он уже работает, но лучше всё проверить в России. А его завезут сюда на бета-тестирование только осенью. Один секвенатор должен поступить в МГНЦ:
http://www.med-gen.ru/about/news/detail.php?ID=1277

Вы уверены, что он действительно существует в природе и работает хотя-бы у китайцев? Лично я, кроме рассказов и картинок о том как это будет работать, ничего не видел и не слышал. Верю, что у AxBio есть электронный чип, а вот в наличие у них работоспособной нанопоровой мембраны сопряженной с этом чипом верится с трудом. Буду рад ошибиться

primer extension
kb1
Участник


Отправлено: 28.06.2019 15:57  |  Молекулярная и клеточная биологияМолекулярная и клеточная биология  |  link: #1759033  |  Ответов: 6  |  Просмотров: 2 267
primer extension это очень широкое понятие. Существует множество различных процессов, методов и приложений базирующихся на этой реакции (Allele-specific primer extension, секвенирование, minisequencing и др), да и ПЦР можно рассматривать как последовательно проводимые primer extensions.
Вам собственно что нужно получить в итоге? какова конечная цель?

Коррекция параметров ПЦР
kb1
Участник


Отправлено: 18.04.2019 00:56  |  Молекулярная и клеточная биологияМолекулярная и клеточная биология  |  link: #1750609  |  Ответов: 20  |  Просмотров: 3 094
попробуйте режим
94 С - 20 сек
58 С -20 сек
70 С - 20 сек

магний до 2 мМ

кривая флуоресценции
kb1
Участник


Отправлено: 05.03.2019 00:04  |  Молекулярная и клеточная биологияМолекулярная и клеточная биология  |  link: #1746003  |  Ответов: 79  |  Просмотров: 7 615
(Мар00242 @ 04.03.2019 22:36)
Ссылка на исходное сообщение  А если серьезно, то, если я уменьшу количество MMLV, то время инкубации (нагрев на 55 градусах) тогда надо увеличить тоже в два раза или оставить как по инструкции 30 мин.


30-40 минут достаточно
страницы (4):  1 2 3 > »  

Новые сообщения  Есть новые сообщения
Нет новых сообщений  Нет новых сообщений
Нет новых сообщений*  Тема с вашим участием
Горячая тема - новые сообщения  Горячая тема (есть новые сообщений)
Горячая тема - нет новых сообщений  Горячая тема (нет новых сообщений)
Важно - нет новых сообщений  Важная тема
Опрос - есть новые голоса  Опрос — есть новые голоса
Опрос - нет новых голосов  Опрос — нет новых голосов
Опрос -нет новых голосов  Опрос с вашим участием
Объявление  Объявление
Тема закрыта  Закрытая тема
Тема перемещена  Перемещённая тема


Rambler   molbiol.ru - методы, информация и программы для молекулярных биологов              

 ·  Викимарт - все интернет-магазины в одном месте  ·  Доска объявлений Board.com.ua  · 
--- сервер арендован в компании Hetzner Online, Германия ---
--- администрирование сервера: Intervipnet ---

Хеликон · Диаэм · ИнтерЛабСервис · Beckman Coulter · SkyGen · ОПТЭК · BIOCAD · Евроген · Синтол · БиоЛайн · Sartorius · Химэксперт · СибЭнзим · Tecan · Даниес · НПП "ТРИС" · Биалекса · ФизЛабПрибор · Genotek · АТГ Сервис Ген · Биоген-Аналитика
Ваш форум  ·  redactor@molbiol.ru  ·  реклама  ·  Дата и время: 20.10.21 04:52
Bridged By IpbWiki: Integration Of Invision Power Board and MediaWiki © GlobalSoft