Molbiol.ru | О проекте | Справочник | Методы | Растворы | Расчёты | Литература | Орг.вопросы Web | Фирмы | Coffee break | Картинки | Работы и услуги | Биржа труда | Zbio-wiki NG SEQUENCING · ЖИЗНЬ РАСТЕНИЙ · БИОХИМИЯ · ГОРОДСКИЕ КОМАРЫ · А.А.ЛЮБИЩЕВ · ЗООМУЗЕЙ Темы за 24 часа [ Вход* | Регистрация* ] Форум: | |
dlinnosheee Постоянный участник |
Что-то много глюков, то ли программа криво стала, то ли дистрибутив подпорченный. И еще есть по использованию несколько вопросов. Откликнитесь пожалуйста, кто пользуется этой программой. Сообщение было отредактировано dlinnosheee - 28.12.2006 09:46 |
Starless Участник Москва |
Лично мне он не понравился. Хотя говорят, что поиск сайта связывания осуществляет неплохо. Но передо мной стоит задача не столько поиска сайта, сколько виртуального скрининга, для чего АвтоДок совершенно не приспособлен. |
dlinnosheee Постоянный участник |
(Starless @ 28.12.2006 13:08) Вообще говоря, программа действительно кривовата. И, кстати, спервые слышу про виндовую версию. Версия третья? Лично мне он не понравился. Хотя говорят, что поиск сайта связывания осуществляет неплохо. Но передо мной стоит задача не столько поиска сайта, сколько виртуального скрининга, для чего АвтоДок совершенно не приспособлен. Что касается AutoDock, это вроде четвертая версия (идет в составе пакета AutoDock Tools бесплатно доступной на сайте разработчиков). Она написана на питоне, и при работе питон постоянно выдает ошибки, много разных мелких, и при этом программа умудряется как-то работать, но не знаю, можно ли этому доверять. Есть еще вопрос по поводу другой программы Dock. На сайте разработчиков указывается, что зарегистрировавшись можно получить пароль на скачку Dock под Windws, Linux, и исходники на C++. Почему-то в реальности, когда я посылаю запрос на Windows-версию, мне разрешают скачать только исходники. Вы с таким не сталкивались? |
Starless Участник Москва |
Сталкивались. Начиная, по-моему, с версии 6.0, у них на сайте лежат только исходники. Предполагается, что пользователь должен скомпилировать исходники сам. Скорее всего, надо это делать под CygWin'ом. Для меня проблемы Windows не существует, поскольку я использую все эти программы в среде Linux (чего, кстати, и Вам советую). |
dlinnosheee Постоянный участник |
питон выдает именно errors, не warnings на Linux переходить сейчас трудновато, я для начала скачаю AutoDock по-новой, что-то ощущение что он мог попортиться при закачке. А с dock под SigWin попытаюсь... Сообщение было отредактировано dlinnosheee - 28.12.2006 17:02 |
Nastja Постоянный участник Новосибирск |
Я использовала AutoDock под Linuxом, никаких программных проблем не было. |
Chlorum Постоянный участник |
|
dlinnosheee Постоянный участник |
AutoDockTools, or ADT, is the ultimate GUI to set up, launch and analyze AutoDockruns. With ADT, you can: View molecules in 3D, rotate & scale in real time. Add all hydrogens or just non-polar hydrogens. Assign partial atomic charges to the ligand and the macromolecule (Gasteiger or Kollman United Atom charges). Merge non-polar hydrogens and their charges with their parent carbon atom. Set up rotatable bonds in the ligand using a graphical version of AutoTors. Set up the AutoGrid Parameter File (GPF) using a visual representation of the grid box, and slider-based widgets. Set up the AutoDock Parameter File (DPF) using forms. Launch AutoGrid and AutoDock. Read in the results of an AutoDock job and graphically display them. View isocontoured AutoGrid affinity maps. And much, much more... |
dlinnosheee Постоянный участник |
Там есть windows-версия (13MB). Проблема в том, что я три раза скачал ее, и всякий раз при скачке какие-то повреждения происходят. Чисто техническая какая-то заморочка то ли моего то ли их провайдера. Если кто-то себе скачает нормальный работающий файл MGLTools-1.4.3-Setup.exe, буду благодарен, если скинете на e-mail. |
Nastja Постоянный участник Новосибирск |
Попробуйте скачать программой, поддерживающей докачку. |
dlinnosheee Постоянный участник |
File "C:\Python24\Lib\site-packages\MGLToolsPckgs\PyBabel\atomTypes.py", line 262, in valence_two angle1 = bond_angle(k.coords, a.coords, l.coords) File "C:\Python24\Lib\site-packages\MGLToolsPckgs\PyBabel\util.py", line 46, in bond_angle cos_theta = ( (a[0] - b[0]) * (c[0] - b[0]) + ZeroDivisionError: float division в чем проблема? Сообщение было отредактировано dlinnosheee - 22.02.2007 14:34 |
Хлестов Никита IP-штамп: frrTHMjb.G9So гость |
|
Starless Участник Москва |
|
arraxx |
|
Chlorum Постоянный участник |
|
arraxx |
Я долго и нудно пытался перевести информацию из диаграммы в какую-либо зависимость. Не получается? Подскажите, как можно интерпретировать результаты докинга в количественную зависимость, с учетом того, что я просчитал уже достаточно большое количество лигандов? |
Starless Участник Москва |
|
arraxx |
|
Starless Участник Москва |
|
VictorVictorovich |
ADanalyze_chooseDockedConformations -///// ADanalyze_choozeMacromolecule-//// ADanalyze_deleteDLG-//// ADanalyze_epdbMolecule-//// ADanalyze_getChart-//// ADanalyze_makeClustering-/// ADanalyze_makeSubsetClustering-/// ADanalyze_readAllDLGInDirectory-/// ADanalyze_readClusteringStates-//// Надо узнать,что выполняют данные команды.Проблема в том что есть описание модуля к которому они относятся,но нет описания каждой конкретной команды. При запуске команды, при взгяде на молекулу ничего не проиcходит? За что отвечают данные команды( каждая в отдельности). Кнопки в нижней части окна Sel -показывает атомы(узлы) CPK-показывает саму молекулу(ее химическую структуру) S&B-показывает саму молекулу(ее химическую структуру),но более объемно чем режим CPK Bib-активирует режим показывающий аьфа и бетта структуру молекулы. MS-Показывает что представляет собой поверхность молекулы в 3d Atom-показвыет ?? Mol Chain-возможно лиганд RAS ? SHA ? DG ? Str ? Inst ? |
guest: Covigo IP-штамп: frJMexYtS1UPQ гость |
|
covigo Участник |
Помогите кто может... |
Chlorum Постоянный участник |
|
covigo Участник |
Теперь у нас загвоздка с анализом результатов докинга. Когда открываем dlg-файл (Analyze ➞ Dockings ➞ Open ...), в окне AutoDockTools должны открываться запросы Docking и Conformation. Этого не происходит. При открытии Analyze ➞ Conformations ➞ Load ... требуется указать не только файл dlg, но и файл res, которого на нашем компьютере нет. Не подскажете, в чем дело? |
али |
VictorVictorovich, может вот это поможет: Сообщение было отредактировано али - 13.11.2007 14:31 |
VictorVictorovich |
В программе AutoDock4 весь цикл докинга и анализа можно задать через скрипт, и запустить через соответствующую опцию. Где можно взять такой скрипт ( Нужен пример такого скрипта )? |
Starless Участник Москва |
|
али |
Starless, если не сложно, можно ссылочку, и по точнее пожалуйста. Кроме питоновских скриптов ни чего не нашел. |
Starless Участник Москва |
|
VictorVictorovich |
Провел докинг 50 лигандов. Как оценить полученный результат? если была использована теоретическая модель рецептора (т.е. без рентгеноструктурного анализа) насколько близко к правде полученный результат? |
Chlorum Постоянный участник |
|
covigo Участник |
|
Flightwoman Участник |
(VictorVictorovich @ 17.01.2008 08:34) Спасибо за ссылку Старлесс.Помогло. Провел докинг 50 лигандов. Как оценить полученный результат? если была использована теоретическая модель рецептора (т.е. без рентгеноструктурного анализа) насколько близко к правде полученный результат? Обычно результаты сравнивают с уже имеющимися хоть какими-то биологическими данными или получают новые данные на основе докинга - проверяют лиганд, а после делают site-directed mutagenesis аа в местах контакта по докингу. И так пока не сработает. |
Guest IP-штамп: frDQwa9k7riYg гость |
|
Chlorum Постоянный участник |
Иначе общий ответ - молекулярной динамикой. |
covigo Участник |
|
Chlorum Постоянный участник |
|
guest: sib IP-штамп: frA6XXnHF47m6 гость |
при открытии Analyze ➞ Dockings ➞ Open выдает ошибку Traceback (most recent call last): File "/Library/MGLTools/1.4.6/MGLToolsPckgs/ViewerFramework/VF.py", line 714, in tryto result = apply( command, args, kw ) File "/Library/MGLTools/1.4.6/MGLToolsPckgs/AutoDockTools/autoanalyzeCommands.py", line 2667, in doit d.readDlg(dlgFile) File "/Library/MGLTools/1.4.6/MGLToolsPckgs/AutoDockTools/Docking.py", line 83, in readDlg self.ch = ConformationHandler(self.ligMol, AttributeError: Docking instance has no attribute 'ligMol' и вообще кто-нибудь пользовался autodock4 на mac os? |
Chlorum Постоянный участник |
|
guest: sib IP-штамп: frDQwa9k7riYg гость |
у меня, наверное, руки кривые. ничего не переустанавливала - все открыл (правда раза с 30-го). простите за беспокойство. |
guest: Novichok IP-штамп: frVzPx.r33/Gk гость |
|
Nastja Постоянный участник Новосибирск |
|
NMR-guy Постоянный участник временной жизни |
(VictorVictorovich @ 17.01.2008 00:34) Спасибо за ссылку Starless.Помогло. Провел докинг 50 лигандов. Как оценить полученный результат? если была использована теоретическая модель рецептора (т.е. без рентгеноструктурного анализа) насколько близко к правде полученный результат? вот вы в этом аутодоке и будете заниматься докингом 50 лигандов всё время в то время как хорошая библиотека состоит тысяч из 200, и до 2.400.000 лигандов. аутодок - игрушка для теоретиков, к решению практических задач почти не пригодна (где пригодна - задачи уже решены лет 10 назад, запатентованы и положены на полку) |
Евгений Быков Москва, Россия |
Я инсталировал программу, создал необходимые файлы лиганда и мишени, задал параметры сетки, после чего благополучно запустился и исполнился Autogrid. Но Autodock запускается, но упорно исполняться не хочет-вот что выдаётся по поводу файла .dlg? что-то дописывается на него: Заранее благодарен за совет... |
Nastja Постоянный участник Новосибирск |
|
NMR-guy Постоянный участник временной жизни |
поставьте Fedora-12 (это не сложнее чем винды поставить, как мне кажется) с кодировкой и языком по умолчанию English, потом - автодок, потом - перезапустите свой скрипт |
Veronika1979 |
Доброго всем времени суток. У меня AutoDock под WindXP. Возникла серьезная проблема с работой AutoGrid. Файлы фермента и лиганда помещены в папку, где лежит AutoGrid4.ехе. Я и сама файлы dpf создавала, и готовые с tutorial брала. Вот не видит их эта программа и все тут. у меня работа из-за этого остановилась. что делать? я и с путем и без путей файлы фермента указывала. Ни в какую. Может кто-либо сталкивался с подобной проблемой? Заранее спасибо. |
Nastja Постоянный участник Новосибирск |
|
yanovskaya |
С программой Autodock разбираюсь очень длительно, каждый раз сталкиваясь с трудностями: при установке, работе с программой (судя из форума, я не одна через "'это" прохожу). Я уже продвинулась и дошла до анализа результатов и очень прошу всех специалистов-асов в этой программе помочь мне разобраться, как оценить степень гидрофобного взаимодействия и как посмотреть какие связи присутствуют в комплексе? Спасибо. |
guest: great IP-штамп: frj5GEfdEWR5M гость |
|
« Предыдущая тема · Биофизика и матметоды в биологии · Следующая тема » |