 * |   |
|
Molbiol.ru | О проекте | Справочник | Методы | Растворы | Расчёты | Литература | Орг.вопросы Web | Фирмы | Coffee break | Картинки | Работы и услуги | Биржа труда |  Zbio-wikiNG SEQUENCING · ЖИЗНЬ РАСТЕНИЙ · БИОХИМИЯ · ГОРОДСКИЕ КОМАРЫ · А.А.ЛЮБИЩЕВ · ЗООМУЗЕЙ Темы за 24 часа [ Вход* | Регистрация* ] Форум: |
|
Правила
* электрофорез днк e.coli
Операции: Хочу стать куратором* · Подписаться на тему* · Отправить страницу по e-mail · Версия для печати*
Внешний вид:* Схема · [ Стандартный ] · +Перв.сообщ.
   |
 rambler87Участник  |
 07.04.2018 17:46
-Выделяли интегральную днк бактерии хлороформным методом (фенолом не чистили) -осождали спиртом -растворяли осадок в дистиллированой воде (кстати, если ДНК более менее крупную держать в дистиляте она деградирует достаточно быстро?) -электрофорез дал на полосу соответствующую длинне 10к нуклеотидов (около того) - это могут быть близкие по длинне разрушенные обломки геномной днк бактерии (или это плазмида какая-то разрезанная)? полоса четкая, никаких следов на дорожке больше нет. (часть днк осталась в лунке - свечение по краю видно) Сообщение было отредактировано rambler87 - 10.04.2018 16:38 |
|
ksm Постоянный участник |
07.04.2018 18:51
а интегал ДНК как берете? |
|
MMM Постоянный участник |
07.04.2018 22:55
|
|
rambler87 Участник |
08.04.2018 21:26
2. 5 % |
|
MMM Постоянный участник |
09.04.2018 05:44
|
|
rambler87 Участник |
09.04.2018 11:01
А на что эта полоска на уровне 10к может быть похожа? - или, чтобы на это ответить, все равно картинку с 0,5 % лучше смотреть через несколько минут после старта - чтобы не ушла куда-нибудь за пределы геля? Фотку пришлю 2. касаемо прокраски: как вы по опыту считаете: красивее и четче картинка получается в случае прокраски после фореза? |
|
MMM Постоянный участник |
09.04.2018 16:11
10kb довольно трудно улететь даже в 0,5% агарозе. 2. Она воспроизводимее! Подвижность ваших фрагментов не зависит от количества Br Et в геле, которое плавает туда сюда при кипячении стоянии и тд. И хорошенько подержав гель в краске в гарантированно выжмите все из чувствительности красителя, а не так что мжорный бэнд сожрал весь этидий в себя а минор не видно, однако если докрасить то он становится заметным, особенно это касается быстробегущих фрагментов, от которых BrEt убегает во время фореза в первую очередь.
|
|
rambler87 Участник |
10.04.2018 14:09
|
|
-Ъ- Постоянный участник Москва |
10.04.2018 14:46
 Хлороформным методом интегральную ДНК 
|
|
rambler87 Участник |
10.04.2018 16:18
(-Ъ- @ 10.04.2018 15:46)  Остается только догадываться, что такое "интегральная" ДНК Хлороформным методом интегральную ДНК pзабудьте про нее) Сообщение было отредактировано rambler87 - 10.04.2018 16:18 |
|
-Ъ- Постоянный участник Москва |
10.04.2018 17:23
 На 0,8% все будет видно да и работать удобно. Когда и куда этидий добавлять для такого фореза совершенно не принципиально. А в лунке может светиться не только ДНК. ДНК Лямбды нанесите в качестве Маркера. |
|
rambler87 Участник |
10.04.2018 21:35
Но краски действительно маловато если до красить, плюс она едет к катоду еще - так что край геля не прокрашивается ps касаемо электрофореза в агарозном геле: вертикальный электрофорез в каких-то случаях предпочтителен - или в основном горизонтальный используют? Также, в случае 0,5% агарозы - всегда ли делается (или рекомендовано делать) двойную заливку: подлоку из 2-3% агарозы, верхний слой с 0,5% агарозой - пробывали какой-то аналогичный протокол? Сообщение было отредактировано rambler87 - 10.04.2018 21:39 |
|
MMM Постоянный участник |
11.04.2018 08:50
Размер пор в ПААГ существенно меньше, чем размер пор в агарозе. Вертикальный форез в агарозе в блоке методически сложнее горизонтального, а преимуществ не дает никаких. Вертикальные гели - это ПААГ гели. |
|
genseq Постоянный участник |
11.04.2018 09:16
|
|
-Ъ- Постоянный участник Москва |
12.04.2018 11:04
(genseq @ 11.04.2018 10:16) Не понял, что здесь можно обсуждать. Любая хромосомная ДНК при обычном выделении фрагментируется на куски по 30...60 т.п.н.. Или даже больше, поскольку средний размер зависит от усердия пипетирующего. И если на форезе нет перегрузки, то образует одну чёткую полоску (подвижность крупных фрагментов ДНК в агарозном геле одинакова).Да, теоретически так. Но человек выделял ДНК не классикой (не ловил соплю ) - без фенола, т.е. не использовал ни Протеиназу К, ни РНК-азу и тупо осадил лизат после хлороформ. экстракции. В итоге на форезе можно увидеть все (сверху внниз): свечение лунки, шмерок от хромосомной ДНК 50-10 кб, полоса плазмидной ДНК (если она в бактерюхе присутствует), намеки на полосы 23S и 16S RNA на фоне шмера mRNA и, наконец, облачко продуктов деградации ДНК+РНК в смеси с тРНК.Такие красивые картинки получаются при выделении тотальной ДНК из культуры E.coli с плазмидой. Сообщение было отредактировано -Ъ- - 12.04.2018 11:50
|
|
rambler87 Участник |
18.04.2018 14:38
|
|
watchesbiz Постоянный участник |
 20.11.2021 17:57
|
|
watchesonline89 Постоянный участник |
26.12.2022 11:01
|
| « Предыдущая тема · Молекулярная и клеточная биология · Следующая тема » |
 |
· Викимарт - все интернет-магазины в одном месте · Доска объявлений Board.com.ua ·
--- сервер арендован в компании Hetzner Online, Германия ---
--- администрирование сервера: Intervipnet ---
Хеликон · Диаэм · ИнтерЛабСервис · Beckman Coulter · SkyGen · ОПТЭК · BIOCAD · Евроген · Синтол · БиоЛайн · Sartorius · Химэксперт · СибЭнзим · Tecan · Даниес · НПП "ТРИС" · Биалекса · ФизЛабПрибор · Genotek · АТГ Сервис Ген · Биоген-Аналитика
Powered by Invision Power Board(Trial) v2.0.0 © 2024 IPS, Inc.