Rambler's Top100
Лёгкая версия форума* Виртуальная клавиатура  English  
Molbiol.ru | О проекте | Справочник | Методы | Растворы | Расчёты | Литература | Орг.вопросы
Web | Фирмы | Coffee break | Картинки | Работы и услуги | Биржа труда | Междисциплинарный биологический онлайн-журналZbio-wiki

NG SEQUENCING · ЖИЗНЬ РАСТЕНИЙ · БИОХИМИЯ · ГОРОДСКИЕ КОМАРЫ · А.А.ЛЮБИЩЕВ · ЗООМУЗЕЙ


Темы за 24 часа  [ Вход* | Регистрация* ]  
   



Форум: 
 

Щёлкните, чтобы внести в Избранные Темы* Эволюционное -- и не очень --
Чёрный список: гости
     NB! в теме нельзя обсуждать тех, кто внесён в чёрный список
Операции: Хочу стать куратором* · Подписаться на тему* · Отправить страницу по e-mail · Версия для печати*
Внешний вид:* Схема · [ Стандартный ] · +Перв.сообщ.


Добавить сообщение в темуСоздать новую темуСоздать голосование
Участник оффлайн! Vadim Sharov
moderator
Россия



 прочитанное сообщение 07.07.2022 00:07     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail  Web-адрес
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #1 множественное цитирование

Современные собаки произошли от двух популяций волков из разных частей Евразии
Анализ ДНК древних волков и современных и древних собак показал, что одомашнивание волков могло произойти дважды: на востоке и на западе Евразии. В плейстоцене разные популяции волков активно взаимодействовали между собой, что, вероятно, обеспечило выживание вида в период оледенения.
https://pcr.news/novosti/sovremennye-sobaki...hastey-evrazii/

Общий предок вшей большинства млекопитающих жил на общем предке афротериев
Кофилогенетический анализ вшей млекопитающих и их хозяев указывает на совместную эволюцию предков вшей с надотрядом Afrotheria. Дальнейшее видообразование у вшей шло либо со сменой хозяев, либо путем дивергенции вместе с хозяевами.
https://pcr.news/novosti/obshchiy-predok-vs...dke-afroteriev/
Участник оффлайн! Vadim Sharov
moderator
Россия



 прочитанное сообщение 11.07.2022 13:35     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail  Web-адрес
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #2 множественное цитирование

Описаны ранние этапы эволюции риккетсий

Прокариоты из порядка Rickettsiales, которые относятся к классу альфапротеобактерий, — облигатные внутриклеточные паразиты или симбионты. Чтобы изучить переход предков риккетсий к внутриклеточному паразитизму, а также их современное разнообразие, международная группа исследователей использовала метагеномы бактерий из различных водоемов. Ученые не только разобрались с таксономией Rickettsiales, но и доказали, что до перехода к паразитизму они были свободноживущими и подвижными.
Альфапротеобактерии риккетсиалы (Rickettsiales), которых неофициально называют также риккетсиями (по названию рода Rickettsia), обитают внутри эукариотических клеток в качестве паразитов или симбионтов. Среди их хозяев и протисты, и насекомые, и домашний скот, и люди, причем некоторые из Rickettsiales служат для них опасными патогенами. Например, у человека R. prowazekii вызывает эпидемический сыпной тиф. К слову, именно от этой инфекции умер в 1910 году врач Ховард Тейлор Риккетс, в честь которого и названы риккетсии.
Жизнь внутри других клеток и за их счет привела к сильному упрощению геномов Rickettsiales: его малому размеру (менее 1,5 миллионов пар оснований), содержанию GC-пар ниже 40%, а также низкой плотности кодирующих последовательностей. Метаболизм риккетсий также деградировал, поскольку большинство необходимых соединений они получают от клетки-хозяина. В соответствии с этим утрачено и множество генов, кодирующих ферменты метаболических путей.
В то же время риккетсии приобрели адаптации, благодаря которым они научились манипулировать клеткой-хозяином. У них есть несколько эффекторных белков, транслоказа АТФ/АДФ и специализированная система секреции IV типа, позволяющая транспортировать белки и ДНК через мембраны.
Ранее порядок Rickettsiales включал семейства Rickettsiaceae, Anaplasmataceae, Midichloriaceae и Deianiraeaceae, которые различаются по тактике взаимодействия с клеткой-хозяином. Однако такое таксономическое деление было неполным и не позволяло понять, как именно исходно свободноживущие предки бактерий стали глубоко специализированными облигатными паразитами.
Принято считать, что Rickettsiales возникли примерно 1,7 миллиарда лет назад, примерно тогда же, когда появились первые эукариоты — необходимые для них хозяева. Изучать эволюции риккетсий не только важно, поскольку они служат патогенами для людей и животных, но и чрезвычайно интересно, так как их родственники некогда стали основой для появления митохондрий первых эукариот. (Согласно эндосимбиотической теории, митохондрий и некоторые другие органеллы эукариотической клетки возникли в результате внедрения одних прокариотических клеток в другие.)
Ученые из Швеции и Нидерландов опубликовали в Nature Microbiology исследование ранней истории порядка Rickettsiales и его современному систематическому разнообразию. Объектом исследования стали метагеномы из различных открытых источников, в том числе полученные в рамках международной программы Tara Oceans. Изученные геномы принадлежат бактериям из разных водных экосистем, включая морские и пресноводные.
Скрининг полученных сборок выполнили с помощью биоинформационного конвейера RP15, который позволил выделить фрагменты геномов, принадлежащие риккетсиям и их родственникам. Использованы сиквенсы, имеющие по меньшей мере 5 из 15 эволюционно консервативных рибосомных белков.
В результате удалось описать 11 значительно различающихся групп геномов альфапротеобактерий, принадлежащих порядку Rickettsiales. Две из этих групп (Mitibacteracea и Athabascaceae) оказались сестринскими для всех ранее известных представителей Rickettsiales. Третья (Gamibacteraceae) названа сестринской для недавно описанного эктосимбионта “Candidatus Deianiraea vastatrix”. При этом присутствующие у Mitibacteraceae и Athabascaceae гены сближают их с известными свободноживущими бактериями, которые образуют биопленки. Это дает основания полагать, что предки риккетсий вели подобный образ жизни до перехода к облигатному паразитизму или симбиозу с клетками эукариот.
Schön M. E., et al. The evolutionary origin of host association in the Rickettsiales // Nature Microbiology (2022). Published online 07 July 2022 DOI: 10.1038/s41564-022-01169-x
https://pcr.news/novosti/opisany-rannie-eta...tsii-rikketsiy/
Участник оффлайн! Vadim Sharov
moderator
Россия



 прочитанное сообщение 19.07.2022 23:16     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail  Web-адрес
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #3 множественное цитирование

Симбиотические отношения влияют на рост животного

Ученые из университета Бостона (США) с коллегами из Великобритании впервые описали влияние мутуалистических отношений на размеры позвоночного животного. В эксперименте рост молодняка оранжевой рыбки-клоуна положительно коррелировал с размером актиний, которые служат для них домом и источником пищи. Ученые полагают, что само по себе большое жизненное пространство не играет роли — необходим биологический сигнал от актиний, инициирующий рост.
Что определяет размер тела животного? Это фундаментальный вопрос современной эволюционной экологии. Особенно важным он становится для позвоночных животных, у которых размер тела фиксирован, однако обладает экологической пластичностью.
На сегодняшний день известно, что размер тела может определяться абиотическими и биотическими факторами, но среди последних описаны только конкуренция и хищничество. В новой работе исследователи из США обнаружили влияние мутуализма на размер животного.
Мутуализм — это один из типов симбиоза, вид взаимополезного сожительства, когда присутствие партнера становится обязательным условием существования каждого из них. Исследователи сконцентрировались на классическом примере мутуализма — отношениях рыбки Amphiprion percula (оранжевой рыбы-клоуна) с актиниями, которые являются их местом обитания и источником пищи. Актиния защищает рыбу-клоуна от хищников, но и рыба-клоун прогоняет от актинии рыб, питающихся кишечнополостными, и есть еще множество аспектов, которые делают эти отношения взаимовыгодными. Связь между ними настолько тесная, что рыба-клоун редко покидает периферическую область щупалец актинии.
Сначала авторы проанализировали данные из экспедиции в залив Кимбе (Папуа — Новая Гвинея). Они обнаружили положительную корреляцию между размером актинии и длиной самой большой особи в популяции.
Затем в лабораторных условиях исследователи разместили рыбок в актинии разного размера. Молодых рыб-клоунов и актиний объединяли в пары случайным образом, так что первоначальный размер рыбы не был связан с размером хозяина. Ученые контролировали количество пищи, чтобы исключить влияние питания на рост организма. Ежемесячный рост рыбы на актинии, которая была на 50% крупнее по сравнению с другой, в среднем был больше, чем у жителя менее крупной актинии, на 0,33 мм.
Используя свои данные о жизни молоди в реальных актиниях, ученые построили модель, которая предсказывает размер рыбы в зависимости от размера ее жилища. Сравнив свои предсказания с данными по существующей популяции рыбок, они выяснили, что модель работает.
Чтобы проверить, является ли рост рыбы-анемона просто реакцией на изменение обитаемого пространства, исследователи разместили молодых особей в искусственных актиниях разного размера. Питание рыбок также было под контролем ученых. Таким образом, размер жилища был единственной переменной. Оказалось, что величина искусственной актинии не влияет на рост рыб. Более того, в искусственных актиниях рыбки росли медленнее, чем в настоящих.
Ученые сделали вывод, что рост рыб определяется не размером жилого пространства, а какими-то другими аспектами мутуализма. Это не могут быть дополнительные питательные вещества от актиний — рыбы в обоих экспериментах питались одинаково. Более вероятно, что рост рыб регулируется биологическими сигналы от актиний. Это предположение частично объясняет замедленный рост рыбок в искусственных местах обитания.
«Следующим шагом будет распутывание механизма, который заставляет рыбу решать, насколько большой она должна быть. (…) Много исследований еще предстоит сделать!» — говорит Тереза Рюгер, первый автор исследования.

Rueger, T. et al.. Vertebrate growth plasticity in response to variation in a mutualistic interaction. // Science Reports. 2022. DOI: 10.1038/s41598-022-14662-4
https://pcr.news/novosti/simbioticheskie-ot...ost-zhivotnogo/
Участник оффлайн! Vadim Sharov
moderator
Россия



 прочитанное сообщение 20.07.2022 22:37     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail  Web-адрес
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #4 множественное цитирование

Секвенирован геном партеногенетического серебряного карася

Самки серебряного карася используют сперму других видов, чтобы индуцировать партеногенез. Генетическая информация самцов при этом элиминируется, и все потомки такого размножения — клоны матерей. Международный коллектив ученых сообщил о завершении работ по секвенированию генома самки серебряного карася. Она оказалась гексаплоидом, и ее кариотип представлен 150 хромосомами.
Серебряный карась (Carassius gibelio) — инвазивный вид, который недавно распространился в Северную Америку. В Европе он уже показал себя как один из самых активных интродуцентов, который может вытеснять из водоемов золотого карася (Carassius carassius). Преимущество перед местными видами серебряному карасю дает способность к однополому размножению. Самки используют сперму рыб других видов, чтобы стимулировать деление своих яйцеклеток. Генетическая информация самцов при этом не используется, происходит партеногенез. Потомки в этом случае являются клонами самок. Самцы у серебряного карася есть, но их в несколько раз меньше, чем самок, и часто эти рыбы живут в однополых популяциях.
Авторы новой работы, опубликованной в Nature Communications, секвенировали геном самки серебряного карася, изъятой из дикой однополой популяции. Для секвенирования использовали технологию длинных прочтений HiFi PacBio. Самка оказалась гексаплоидной, и 93% от 5,07 миллиардов пар оснований прочитанного генома серебряного карася удалось разбить по хромосомам. Кариотип серебряного карася представлен 150 хромосомами.
Геном серебряного карася сравнили геномами тетраплоидной золотой рыбки, размножающейся половым путем, тетраплоидного обыкновенного карпа и трех диплоидных представителей семейства карповых (Ctenopharyngodon idella, Onychostoma macrolepis и Danio rerio). Это позволило выделить в геноме серебряного карася 25 групп по большей части сохраняющих синтению гомеологичных хромосом.
Филогеномный анализ показал, что ближайшим родственником серебряного карася является, по всей видимости, золотая рыбка. Тетраплоидный геном получился в результате смешения геномов разных неродственных видов. Акт автополиплоидии, сделавший карася из тетраплоидного гексаплоидным, ученые связывают скорее не с эндогенным удвоением генома, а с привнесением извне еще одного генома от особи того же вида. Таким образом, серебряный карась — алло-/автогексаплоид. Авторы исследования выявили ряд различий в экспрессии некоторых генов в разных субгеномах в пределах одного организма, но в чем причина таких изменений, остается неясным.

Kuhl H., et al. Equilibrated evolution of the mixed auto-/allopolyploid haplotype-resolved genome of the invasive hexaploid Prussian carp. // Nature Communications, 13, 4092, 2022, DOI: 10.1038/s41467-022-31515-w
https://pcr.news/novosti/sekvenirovan-genom...yanogo-karasya/
Участник оффлайн! Vadim Sharov
moderator
Россия



 прочитанное сообщение 22.07.2022 14:46     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail  Web-адрес
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #5 множественное цитирование

(plantago @ 12.05.2022 10:07)
Ссылка на исходное сообщение  И совсем новая статья в Nature, прямо как по заказу -- https://www.nature.com/articles/s41586-022-04664-7

A global reptile assessment highlights shared conservation needs of tetrapods
Статья интересная
Участник оффлайн! Vadim Sharov
moderator
Россия



 прочитанное сообщение 24.07.2022 21:17     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail  Web-адрес
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #6 множественное цитирование

Насекомые получили тысячи генов от растений и микроорганизмов

Исследователи из Китая и США провели полногеномный скрининг 218 геномов насекомых и показали, что горизонтальный перенос генов (ГПГ) чрезвычайно широко распространен среди них. Анализ выявил 741 акт ГПГ, привнесший 1410 генов от бактерий, грибов, растений, вирусов и из других источников. Особенно часто ГПГ встречается у чешуекрылых, причем ген, полученный от бактерий, отвечает за брачные ритуалы самцов.
Горизонтальный перенос генов (ГПГ) — важнейший фактор эволюции геномов прокариот и эукариот. За последние годы появились сообщения о ГПГ у насекомых, причем в качестве доноров выступают не только внутриклеточные эндосимбионты насекомых Wolbachia, но и другие бактерии, грибы, растения, вирусы. Перенесенные гены имеют важное значение. Так, гены биосинтеза каротиноидов, полученные от грибов тлями, важны для окраски тела последних, а гены детоксикации фенольных гликозидов используются белокрылками, хотя изначально принадлежали растениям. Авторы новой работы, вышедшей в Cell, оценили, насколько широко ГПГ распространен среди насекомых. Для этого они выполнили масштабный полногеномный поиск случаев ГПГ в 218 геномах насекомых.
Отобранные для исследования геномы принадлежали представителям 11 из 19 наиболее крупных отрядов насекомых. В общей сложности авторы работы нашли 1410 генов, переданных путем ГПГ, в 192 геномах. Вероятно, они были приобретены за 741 акт ГПГ от организмов, отличных от животных. Большая часть событий ГПГ (79%) была связана с бактериями, 13,8% ГПГ произошли между насекомыми и грибами, 3% генов были получены от растений, 2,6% — от вирусов и 1,6% — из иных источников. Среди бактерий в ГПГ с насекомыми чаще всего участвовали представители родов Wolbachia (3%), Serratia (3%), Bacillus (2%), Pseudomonas (2%) и Paenibacillus (2%). Некоторые виды-доноры вступали в ГПГ только с насекомыми определенных систематических групп.
Помимо общей высокой распространенности ГПГ среди насекомых, авторы работы показали, как ГПГ повлиял на биологию чешуекрылых (Lepidoptera). Среди всех насекомых они наиболее охотно вступали в ГПГ в ходе эволюции. Общий предок бабочек и молей получил от бактерии рода Listeria ген LOC105383139, который присутствует практически у всех ныне живущих бабочек и молей. Чтобы изучить функцию этого гена, авторы произвели его нокаут с помощью системы CRISPR-Cas9 у капустной моли (Plutella xylostella). Выяснилось, что полученный от бактерий участок генома отвечает за половое поведение, точнее, брачные ритуалы у самцов. Этот вывод авторы работы дополнительно подтвердили с помощью серий скрещиваний.
Yang Li, et al. HGT is widespread in insects and contributes to male courtship in lepidopterans // Cell (2022). Published July 18, 2022, DOI: 10.1016/j.cell.2022.06.014

https://pcr.news/novosti/nasekomye-poluchil...ikroorganizmov/
Участник оффлайн! Vadim Sharov
moderator
Россия



 прочитанное сообщение 08.08.2022 19:28     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail  Web-адрес
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #7 множественное цитирование

На бабуинов действует скрытый отбор против межвидового скрещивания

Ученые из США совместно с кенийским проектом Amboseli Baboon проанализировали данные наблюдений диких бабуинов за полвека, а также геномы девяти поколений обезьян, чтобы исследовать эволюционную роль гибридизации желтого павиана и анубиса в природе. Несмотря на преимущества, которые есть у гибридов, генетический анализ выявил признаки отбора против гибридизации. Сходные результаты ранее были получены для неандертальцев, денисовцев и людей современного типа.

Межвидовое скрещивание широко распространено среди приматов. Около 20–30% человекообразных обезьян, мартышек и других видов приматов скрещиваются и смешивают свои гены с другими. Даже человек современного типа несет в себе часть генов от вымерших неандертальцев и денисовцев, с которыми наши предки встречались и спаривались, после того как мигрировали из Африки в Европу и Азию. Существует предположение, что на древних гоминид действовал отбор, направленный против гибридных особей, однако проверить эту гипотезу сложно.

Стремясь лучше понять возможные издержки и преимущества генетического смешения у приматов, ученые из США вместе с сотрудниками кенийского исследовательского проекта Amboseli Baboon изучили последствия скрещивания двух близкородственных видов бабуинов — желтого павиана Papio cynocephalus и павиана анубиса P. anubis — в пределах национального парка Амбосели в Кении и вокруг него.

Ученые использовали данные, собранные за 50 лет непрерывного наблюдения павианов в пределах перекрывания ареалов обитания двух видов. Не было выявлено признаков того, что гибриды живут хуже своих собратьев. Некоторые особи даже обладали явными преимуществами, такими как ускоренное созревание и более высокий успех спаривания. С другой стороны, зона гибридизации была узкой, что говорило об ограничении генного потока какими-то факторами отбора.

Авторы секвенировали 430 геномов диких павианов из национальных парков Амбосели на юге Кении и Микуми в Танзании, а также использовали 36 ранее опубликованными геномов и 39 геномов павианов, содержащихся в неволе. Данные охватывали девять поколений животных.

Ученые обнаружили, что все бабуины в Амбосели — гибриды: желтые павианы, в среднем треть генома которых унаследована от анубисов. Некоторые из особей приобрели ДНК анубисов из-за скрещивания, которое произошло совсем недавно, в течение последних семи поколений. Но почти для половины исследуемых особей смешение произошло сотни и тысячи поколений назад.

Далее исследовали действие отбора против интрогрессии (привнесения в генофонд вида генетического материала другого вида), причем использовали те же методы, которыми в других работах исследовали интрогрессию неандертальских и денисовских видов в геном человека. Например, в генофонде популяции Амбосели преобладают желтые павианы, и если гибридизация вредна, то чем сильнее отличие аллелей анубиса, тем реже они должны встречаться. Эти предположения подтвердились.

Аналогичным образом, из генома должны исчезать варианты регуляторных участков, привнесенные гибридизацией. Ученые измерили активность 10 192 генов в клетках крови бабуинов с помощью РНК-секвенированияч, и результаты говорили о том, что естественный отбор с большей вероятностью отсеивает заимствованные участки регуляторной ДНК, которые нарушают экспрессию генов. (А именно, 15% генов с максимальным ожидаемым эффектом от внедрения аллели анубиса на 1,5% реже содержали такую аллель, чем 15% с минимальным ожидаемым эффектом.)

Таким образом, определенные фрагменты ДНК анубиса дорого обошлись гибридам, которые их унаследовали: очевидно, они отрицательно влияли на их выживание и размножение и поэтому с меньшей вероятностью проявляются в геномах их потомков сегодня.

Эти результаты согласуются с предположением о том, что нашим далеким предкам тоже дорого обошлась метисация с неандертальцами и денисовцами. Но чем конкретно были вредны гены неандертальцев и денисовцев — сказать трудно.

«Мы не говорим, что именно это гены неандертальцев и денисовцев сделали с людьми. Но случай с бабуином ясно дает понять: геномные доказательства издержек гибридизации могут согласовываться с тем фактом, что животные-гибриды способны не только выживать, но часто и процветать», — говорит одна из главных авторов исследования Дженни Танг из университета Дьюка (сейчас она работает в Институте эволюционной антропологии Макса Планка в Германии).

T.P. Vilgalys, et al. Selection against admixture and gene regulatory divergence in a long-term primate field study // Science, 2022; DOI: 10.1126/science.abm4917

https://pcr.news/novosti/na-babuinov-deystv...kreshchivaniya/
Участник оффлайн! Vadim Sharov
moderator
Россия



 прочитанное сообщение 12.08.2022 14:13     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail  Web-адрес
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #8 множественное цитирование

Какие выгоды дают человеку социальные взаимодействия? Оценить успех поведенческих стратегий довольно сложно. Однако ученые из Германии, Великобритании и США исследовали поведение самок обезьян-капуцинов и продемонстрировали выгоду от такого социального явления, как дружба. Результаты были опубликованы в журнале Behavioral Ecology.

Авторы отслеживали взаимоотношения самок с другими самками, самцами и всеми членами группы в течение 18 лет. Учитывалось, например, такое поведение, как груминг, поиск пищи неподалеку друг от друга и вступление в конфликты, чтобы помочь другой обезьяне. Оказалось, что те взрослые самки капуцинов, которые были лучше интегрированы в социальные сети с другими самками, жили дольше. При этом выгод от гетеросексуальных отношений для самок выявлено не было, по крайней мере, не от тех типов поведения, которые отслеживали в работе. В любом случае женская дружба среди капуцинов оказывала наибольшее влияние на выживание.

https://academic.oup.com/beheco/article/33/...784?login=false
https://pcr.news/korotko/samki-obezyan-u-ko...-zhivut-dolshe/
Участник оффлайн! Vadim Sharov
moderator
Россия



 прочитанное сообщение 14.08.2022 21:09     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail  Web-адрес
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #9 множественное цитирование

Межвидовая гибридизация описана у многих групп животных. У ящериц гибридизация может приводить к появлению полиплоидных видов, размножающихся партеногенезом. Авторы работы, опубликованной в Science, изучали это явление на примере хлыстохвостых ящериц — необычной группы рептилий, которая включает 15 партеногенетических видов. По этому показателю хлыстохвостые ящерицы лидируют среди позвоночных. Ученые показали, что вероятность образования при межвидовом скрещивании нового вида, в том числе партеногенетического, тем выше, чем раньше разошлись родительские виды. Скрещивание видов, которые разошлись недавно, скорее приведет к интрогрессии — примеси генов одного вида в генофонде другого.

https://www.science.org/doi/10.1126/science.abn1593
https://pcr.news/stati/proiskhozhdenie-part...novosti-nedeli/
Участник оффлайн! Vadim Sharov
moderator
Россия



 прочитанное сообщение 16.08.2022 00:30     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail  Web-адрес
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #10 множественное цитирование

Исследователи создали карту рекомбинации одной из самых обособленных человеческих популяций — нама, коренного народа Южной Африки. Карта сделает более релевантными эпидемиологические исследования народов койсан и улучшит работу некоторых статистических методов геномики для поиска генов, находящихся под положительным отбором.

https://pcr.news/novosti/sostavlena-karta-r...go-naroda-nama/
Участник оффлайн! Vadim Sharov
moderator
Россия



 прочитанное сообщение 25.08.2022 02:20     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail  Web-адрес
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #11 множественное цитирование

Расцвет пресмыкающихся случился после массового пермского вымирания. Обычно при словах «массовое вымирание» мы вспоминаем про динозавров, которые исчезли во время мел-палеогенового вымирания 65 млн лет назад. Но динозавровое вымирание оказалось далеко не самым крупным в истории земной жизни. Самым впечатляющим было как раз пермское, случившееся 253–251 млн лет назад.

Тогда исчезло 96% морских видов, 73% видов наземных позвоночных, и даже 83% видов насекомых — и это стало единственным примеров массового вымирания насекомых. Как обычно бывает с массовыми вымираниями, по поводу его причин есть несколько гипотез, и одна из самых популярных — сильное и быстрое увеличение количества углекислого газа в атмосфере из-за огромного количества мощных вулканов. Углекислый газ изменил наш климат, и к изменениям оказались готовы далеко не все.

Как и любой кризис, массовое вымирание — это время возможностей, по крайней мере, для тех, кто выжил. Освобождаются новые экологические ниши, которые могут занять выжившие. В родах, семействах, отрядах возникают новые виды — происходит эволюционный расцвет самых разных групп организмов. Считается, что именно благодаря пермскому вымиранию на земле воцарились рептилии.

Однако авторы свежей статьи в Science Advances полагают, что эволюционный успех пресмыкающихся в те времена был связан не только с освобождающимися экологическими вакансиями, но и непосредственно с изменениями климата. Исследователи проанализировали тысячу палеонтологических остатков от ста двадцати пяти видов рептилий, которые жили между 294 и 237 млн лет назад. По этим остаткам возможно понять, какого размера была рептилия, какой формы была у неё голова и ещё некоторые другие анатомические особенности. По изменениям в строении тела можно представить, как протекала эволюция пресмыкающихся, когда они менялись быстрее, когда медленнее, и т. д. Ход эволюции сопоставили с климатическими данными, а конкретно — с изменениями температуры поверхности моря на протяжении последних 450 млн лет (температурные данные удалось получить, анализируя соотношение изотопов кислорода 18О и 16О в геологических породах).

Оказалось, что рептилии менялись тем быстрее, чем быстрее менялся климат. Энергичнее всего рептилии начали эволюционировать не в конце пермского вымирания, а через несколько миллионов лет после него, когда из-за глобального потепления температура верхних слоёв воды в мировом океане могла доходить до 40 °С. Освободившиеся экологические ниши, конечно, тоже стимулировали эволюцию пресмыкающихся. Но непосредственный эффект от меняющегося климата, очевидно, был не менее сильным.

https://www.nkj.ru/news/45046/
https://www.science.org/doi/10.1126/sciadv.abq1898

Почему не допустить синергию и освобождение ниш, а значит освобождение от стабилизирующего отбора и эффект от меняющегося климата, когда идет постоянная выьраковка "непоспевающих". - ВШ
Участник оффлайн! Vadim Sharov
moderator
Россия



 прочитанное сообщение 30.08.2022 13:57     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail  Web-адрес
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #12 множественное цитирование

Эмбриогенез маршанции полностью контролируется материнским геномом

Маршанция — это двудомное растение, в жизненном цикле которого преобладает гаплоидная фаза. Анализ диплоидных зародышей маршанции показал, что вскоре после слияния гамет хромосомы мужского пронуклеуса репрессируются, и созревание спорофита зависит только от материнских генов.

Поддержание надлежащего уровня экспрессии генов — сложная задача для эукариотов. Например, мультисубъединичные белковые комплексы требуют сбалансированной экспрессии каждого компонента. Ошибки экспрессии могут привести к дефектам развития, бесплодию и патологиям. При этом значительные изменения в генной экспрессии происходят при диплоидизации — удвоении полного генома.

Все эукариоты, размножающиеся половым путем, имеют диплоидные и гаплоидные стадии жизненного цикла, но продолжительность каждой стадии сильно различается у разных видов. Механизм контроля генной экспрессии в процессе изменения плоидности хорошо изучен для млекопитающих, которые в течение жизни находятся преимущественно в диплоидном состоянии. Однако для эукариотических организмов с короткой диплоидной и длинной гаплоидной фазами этот механизм до сих пор был неясен.

Чтобы восполнить этот пробел, авторы новой работы провели серию экспериментов на модельном организме — маршанции Marchantia polymorpha. Это мохообразное растение, в жизненном цикле которого преобладает гаплоидная стадия. Вегетативные гаплоидные женские и мужские растения производят сперматозоид и яйцеклетку, которые при слиянии образуют диплоидный зародыш. Через 20 дней зародыш претерпевает мейоз, в результате которого образуются гаплоидные споры.

Ученые скрестили две маршанции дикого типа, получили зародыши и проанализировали их транскриптомы через 13 дней после оплодотворения (ДПО). Они обнаружили, что экспрессия генов в зародышах отличалась от таковой в других тканях маршанции. При этом транскриптомы зародышей походили друг на друга.

Анализ аллель-специфической экспрессии показал, что в диплоидных зародышах 98% генов транскрибируются в основном с материнских аллелей, а 25% генов — только с материнских аллелей. Чтобы понять механизм сайленсинга отцовских аллелей, исследователи выявили дифференциально экспрессируемые гены у родителей и зародышей, особое внимание уделив генам, связанным с хроматином. В геноме маршанции аннотировано 215 таких генов; из них 151 у зародышей имел повышенную экспрессию, семь — пониженную, и 20 генов экспрессировались только у зародышей. Два гена из этих 20 оказались паралогами каталитических субъединиц репрессорного комплекса Polycomb 2 (PRC2). PRC2 — это консервативный мультисубъединичный комплекс, который подавляет экспрессию генов, опосредуя навешивание гистоновых меток H3K27me3. Исследователи предположили, что метки H3K27me3 присутствуют на репрессированных отцовских аллелях в зародыше маршанции.

Они провели профилирование модификаций хроматина методом CUT&RUN и показали, что 88% аллелей, обогащенных H3K27me3, были отцовскими. Так как пронуклеусы гамет в зиготе маршанции сливаются только на 4 ДПО, ученые предположили, что H3K27me3 оказывается на отцовских аллелях через некоторое время после оплодотворения. Иммунофлуоресцентный анализ показал, что они возникают в отцовском пронуклеусе спустя 3 ДПО.

Чтобы разобраться, какую роль в отцовском импринтинге играет PRC2, ученые выключили гены его каталитических субъединиц. При скрещивании мутантных женских растений с мужскими растениями дикого типа у потомства наблюдались потеря или рассеивание крупных участков гетерохроматина, соответствующих участкам с H3K27me3 в зародышах дикого типа. У мутантных эмбрионов обогащение H3K27me3 большинства генов было снижено. При этом только 20% мутантных зародышей созрели и только 5% образовали спороносные структуры. (Для зародышей дикого типа эти показатели были равны 95% и 77% соответственно.) Ни один из них не продуцировал жизнеспособные споры.

Авторы статьи заявляют, что открыли новую форму импринтинга — репрессию отцовских хромосом. Она имеет три основных отличия от геномного импринтинга, описанного для цветковых растений и млекопитающих:

· эпигенетические метки формируются после оплодотворения;

· они репрессируют все хромосомы одного родителя;

· из-за этого эмбриогенез находится под полным контролем материнского генома.

Источник
Montgomery, S.A., et al. Polycomb-mediated repression of paternal chromosomes maintains haploid dosage in diploid embryos of Marchantia. // eLife (2022). DOI: 10.7554/eLife.79258

Пресс-релиз https://www.eurekalert.org/news-releases/962561

https://pcr.news/novosti/embriogenez-marsha...inskim-genomom/
Участник оффлайн! Vadim Sharov
moderator
Россия



 прочитанное сообщение 08.09.2022 19:04     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail  Web-адрес
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #13 множественное цитирование

Страшное палеонтологическое проклятие. Вымрешь как псевдозухия. Даже в википедии статью заменят. Круротарз фигов jump.gif .
https://ru.wikipedia.org/wiki/%D0%9A%D1%80%...%80%D0%B7%D1%8B
Участник оффлайн! Vadim Sharov
moderator
Россия



 прочитанное сообщение 08.09.2022 19:16     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail  Web-адрес
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #14 множественное цитирование

Биологи узнали, как аксолотль регенерирует мозг

Аксолотль — амфибия, способная к размножению в форме личинки — обладает потрясающими возможностями к регенерации. В новой статье ученые выяснили молекулярные механизмы, благодаря которым аксолотлю удается восстанавливать мозг даже после удаления его значительной части.

Подробнее: https://naked-science.ru/article/biology/ax...tl-regrow-brain
Участник оффлайн! Vadim Sharov
moderator
Россия



 прочитанное сообщение 14.09.2022 03:53     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail  Web-адрес
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #15 множественное цитирование

Из-за замены одной аминокислоты в нашем мозге больше нейронов, чем было у неандертальцев

Мозг неандертальца не отличается по размерам от мозга человека разумного, однако оказалось, что наша новая кора содержит большее количество нервных клеток. Это связано с единственной аминокислотной заменой в белке TKTL1, которая увеличило число клеток радиальной глии, из которых во время эмбрионального развития формируются нейроны, и внесла вклад в эволюцию когнитивных способностей человека.

...исследователи из Института молекулярной клеточной биологии и генетики Макса Планка (Германия) обнаружили, что белок TKTL1, который у нас и неандертальцев отличается всего одной аминокислотой, влияет на количество радиальной глии. Эти клетки представляют собой предшественников нейронов развивающегося неокортекса (верхнего и самого «эволюционно-нового» слоя коры больших полушарий).

Активность каталитического фермента TKTL1 — транскетолаза-подобного белка 1 — оказалась особенно высока в лобной доле коры плода человека, именно там он вносит вклад в образование большего числа клеток радиально глии. У нас этот белок содержит аминокислоту аргинин, вместо которой у неандертальцев был лизин. Результаты исследования опубликованы в журнале Science.

В ходе экспериментов ученые сравнили как две версии TKTL1 влияли на производство нейронов в неокортексе эмбриона мыши. Они заметили, что число радиальных глиальных клеток, увеличивалось у зародышей с TKTL1 человека разумного, но не с неандертальской версией этого белка. Как следствие, мозг взрослых мышей с аргинин-содержащим TKTL1 имел больше нейронов.

После этого исследователи изучили актуальность этих эффектов при развитии человеческого мозга. С этой целью они заменили аргинин на лизин в TKTL1 органоидов человеческого мозга — миниатюрных структурах, имитирующих строение различных органов. На этой модели ученые смогли еще раз подтвердить свою гипотезу.

Хотя мы и не можем точно узнать, сколько нейронов было в мозгах неандертальцев, на основе полученных данных можно заключить, что у человека разумного вероятно больше нейронов в лобной доле мозга, где активность TKTL1 наиболее высока. Этот белок влияет на метаболизм клеток, в частности, стимулирует пентозофосфатный путь окисления глюкозы и усиливает синтез жирных кислот, что в свою очередь повышает производство определенных мембранных липидов, необходимых для деления и роста клеток радиальной глии.

https://naked-science.ru/article/biology/v-...paign=inarticle
Участник оффлайн! Vadim Sharov
moderator
Россия



 прочитанное сообщение 22.10.2022 17:24     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail  Web-адрес
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #16 множественное цитирование

Неандертальцы, скорее всего, ели много мяса

На эту и другие особенности палеолитического рациона указывает соотношение изотопов цинка в эмали зуба неандертальца, жившего на территории современной Испании.

Оказалось, что тяжёлого цинка в зубах неандертальцев меньше, чем даже у самых плотоядных волков и всеядных пещерных медведей. Так какое этому может быть объяснение? Например, что неандертальцы питались исключительно другими хищниками, а то и вовсе друг другом. Однако на месте стоянки, откуда был взят зуб, не были найдены кости хищников и самих неандертальцев со следами разделки. Другой вариант заключается в том, что неандертальцы потребляли пищу с исключительно низким содержанием тяжёлого цинка — это могла быть рыба, грибы, насекомые или птицы. Однако залежей рыбьих костей в Габасе также пока не нашлось, а у млекопитающих, питающихся теми же грибами да насекомыми, содержание тяжёлого цинка всё равно заметно выше.

Исследователи предположили, что цинковая «аномалия» могла быть следствием нескольких факторов. Например, что неандертальцы не употребляли в пищу кости и кровь добытых животных (в них тяжёлого цинка больше), а предпочитали мышцы и печень, притом преимущественно оленей и кроликов, у которых наименьшее содержание тяжёлого цинка в тканях. Тогда как многие хищники, вроде тех же пещерных гиен, не брезговали и костями, тем самым повышая в своих зубах количество тяжёлого цинка. Могли сказаться и какие-то пока неизвестные особенности метаболизма неандертальцев, отличающие их от типичных хищников. И, конечно, не стоит сбрасывать со счетов и тот факт, что исследователи делали выводы на основании анализа только одного зуба только одного неандертальца, тогда как для уверенности в полученных цифрах хорошо было бы иметь более статистически достоверные данные.

Это выдержки, подробнее: https://www.nkj.ru/news/46569/
Участник оффлайн! Vadim Sharov
moderator
Россия



 прочитанное сообщение 22.10.2022 17:28     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail  Web-адрес
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #17 множественное цитирование

Охотники ледникового периода ели волков

Около 30 тысяч лет назад европейские охотники ели волчатину: об этом свидетельствуют следы разделки на костях хищников. Раньше считалось, что на волков охотились только ради шкур. То, что в ход шло ещё и мясо, показало повторное исследование волчьих костей из двух стоянок недалеко от чешского Брно. На них действительно есть порезы, оставшиеся от снятия шкур, но также есть и следы разделки – порезы, которые могли образоваться только в том случае, если тушу делили на части. И впрямь – глупо выбрасывать мясо, особенно когда с ним туго, отмечают исследователи, опубликовавшие результаты работы в Journal of Anthropological Archaeology.

https://www.sciencedirect.com/science/artic...278416519301692
https://www.nkj.ru/news/38836/

Не отсюда ли идет любовь к собачатине у корейцев (ВШ)
Участник оффлайн! ИНО
Постоянный участник
Донецк



 прочитанное сообщение 22.10.2022 17:44     Сообщение для модератора         Личное письмо
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #18 множественное цитирование

Ну, количество нейронов в мозге неандертальца подсчитать теперь невозможно. А вот размеры его были БОРЛЬШЕ, чем у современного человека с теми же размерами тела. То, что одна аминокислота в каком-то белке влияет в сторону уменьшение еще не значит, что в десяток других белков, последовательность которых еще не расшифровали, не влиял в сторону увеличения. Говорят, что поскребя по сусекам современного генофонда сапиенсов можно сложить чуть ли не целый геном неандертальца. Вот-это был бы интересный эксперимент - вырастить "почти настоящего неандертальца (подобно тому, как некоторые хотят "возродить мамонта"), посмотреть, чем будет отличаться его умственное развитие,а потом (после естественной кончины разумеется) вскрыть череп и посчитать нейроны. Хотя нынешней генной инженерии еще далеко до такой способности, однако в будущем это вполне может стать реальным.

Ну а то, что если в основном мясо, это уже лет сто как доказанный факт. Достаточно посмотреть на содержимое их свалок.

А теперь лирическое отступление: не секрет, что нацисты времен Гитлера считали, что их предки, истинные арийцы, были светлокожими, светлоглазыми и светловолосыми, необычайно сильными физически и жили на севере. Потом со стороны современного Израиля пришли смуглые южане и ассимилировались с ними, что испортило расу. Ничего не напоминает? Хотя терзают меня сомнения в том, что истинный облик "арийцев" пришелся бы нацистам по вкусу. Но все ж удивительна сама возможность существования исторической памяти на протяжении столь громадного отрезка времени.
Участник оффлайн! Vadim Sharov
moderator
Россия



 прочитанное сообщение 22.10.2022 22:10     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail  Web-адрес
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #19 множественное цитирование

Читал как то книгу американского расиста. Он считает неандертальцами русских. Помню фото нашего Валуева в книге, как доказательство сей теории.

Тема слишком политизированная, в которой слишком мало специалистов, всё больше пропагандисты. Но нобелевскую дали, однако.
Участник оффлайн! Vadim Sharov
moderator
Россия



 прочитанное сообщение 22.10.2022 22:58     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail  Web-адрес
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #20 множественное цитирование

Жабры сначала выполняли функцию почек, а уже потом пригодились для дыхания

Известно, что жабры позволяют многим видам животных дышать под водой, однако у них есть и дополнительная функция — регулировать ионный и pH-баланс в крови, как это делают почки. Изначально ученые полагали, что эти функции жабр возникли и развивались параллельно, но теперь они пересмотрели свои взгляды.

Червеобразные предки всех современных позвоночных, от рыб до человека, впервые появились около 500 миллионов лет назад, когда вся жизнь на Земле еще плавала в море. У этих существ примитивные жабры переняли на себя функцию дыхания, которую ранее выполняла кожа. Ученые предполагали, что именно такой переход позволил мелким существам стать крупнее и активнее, дав начало первым рыбам.

Но что, если первоначальной функцией жабр была не интенсификация дыхания, а выделение? Ведь почек у тех древних организмов все еще не было, водно-солевой и pH-баланс крови поддерживался через кожу, так что появление специализированных органов могло помочь эффективнее регулировать состав крови.

Чтобы поставить точку в этом вопросе, исследователи изучили функции кожи и жабр у трех животных: миног, ланцетников и кишечнодышащих. Миноги относятся к позвоночным, ланцетники — к хордовым (у них есть внутренний стержень, или хорда, но нет настоящего позвоночника), а кишечнодышащие — к полухордовым.

Все эти животные отражают различные этапы эволюционного развития позвоночных, что позволяет использовать их как упрощенную модель. Функцию дыхания жабры выполняют только у миног, а вот функцию выделения ионов — у всех трех животных, так что, скорее всего, первоначально они служили именно для поддержания баланса ионов в крови.

Получается, поначалу все жабры служили нашим предкам органом выделения. Вероятно, жабры переняли на себя функцию газообмена по мере увеличения размеров тела и повышения активности, то есть с появлением ближайших предшественников современных рыб.

Исследование опубликовано в журнале Nature.
https://www.nature.com/articles/s41586-022-05331-7
https://naked-science.ru/article/biology/gill-function
Участник оффлайн! Vadim Sharov
moderator
Россия



 прочитанное сообщение 22.10.2022 23:21     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail  Web-адрес
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #21 множественное цитирование

Эксперименты подтвердили происхождение рыбьих плавников от жаберных дуг

Проследив за развитием эмбрионов рыб, ученые показали, что их жаберные дуги и парные плавники формируются из одних и тех же зародышевых клеток.

Жабры нужны рыбам для дыхания, а плавники — для движения и осязания. Однако их костные и хрящевые структуры настолько похожи, что еще в конце XIX века исследователи предположили, будто они связаны общим происхождением. А поскольку в палеонтологической летописи жаберные дуги появляются первыми, то именно их стали считать «предками» парных плавников. Однако некоторые последующие исследования заставили отбросить эту версию.

Оказалось, в процессе эмбрионального развития те и другие формируются из разных групп клеток: плавники из мезодермы, а жаберные дуги — из нервного гребня. Разрешить это противоречие удалось Виктории Слейт (Victoria Sleight) и Эндрю Гиллису (Andrew Gillis) из Кембриджского университета, статья которых опубликована в журнале eLife. Похоже, старая гипотеза была верной.

Ученые проводили эксперименты с эмбрионами ежовых скатов (Leucoraja erinacea). С помощью флуоресцирующих красителей они метили клетки мезодермы и нервного гребня, а затем в течение нескольких недель отслеживали, в каких участках формирующегося тела оказываются эти клетки. Так обнаружилось, что парные плавники действительно образуются из мезодермы, первая из жаберных дуг — из гребня, однако остальные дуги — из тех и других клеток.

«Долгое время считалось, что структурные сходства жабр и плавников — практически совпадение, — говорит Эндрю Гиллис. — Однако нам удалось показать, что эти структуры образуются из общего пула клеток. Это позволяет предположить между ними даже более глубокую и важную эволюционную связь, нежели та, что отразилась в эмбриональном развитии».

https://naked-science.ru/article/biology/ek...paign=inarticle
Участник оффлайн! Vadim Sharov
moderator
Россия



 прочитанное сообщение 03.11.2022 03:36     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail  Web-адрес
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #22 множественное цитирование

"Неандертальская подборка"

Первые столкновения Homo sapiens и неандертальцев начались еще 250 тысяч лет назад, после чего на протяжении как минимум 200 тысяч лет назад два вида людей как-то уживались на одной территории. Судя по наличию у современных людей ДНК неандертальцев, не всегда эти контакты были абсолютно агрессивными: в результате некоторых из них появлялись гибридные дети, внесшие свой вклад в геном современного человека.

Что любопытно, хотя в ядерной ДНК современных людей присутствуют гены неандертальцев, ученые не смогли обнаружить их в ДНК митохондрий, которая наследуется почти исключительно по женской линии. Иными словами, матерей-неандертальцев среди наших предков, скорее всего не было, либо дети от таких союзов по каким-то причинам не давали потомства.

https://naked-science.ru/article/anthropology/love-not-war


Довольно натянутые выводы, поэтому стоит прочитать оригинал https://paleoanthropology.org/ojs/index.php...le/view/130/775 ВШ

Другое по теме

Изучение древней ДНК представителей Homo sapiens и их родственников показывает сложный путь скрещивания между различными человеческими видами на протяжении последних ста тысяч лет. Особый интерес представляет история взаимоотношений неандертальцев ледникового периода в Европе и Западной Азии и людей современного вида, которые в итоге пришли им на смену.

Полный текст с картами https://naked-science.ru/article/anthropolo...paign=inarticle

Статья https://www.mdpi.com/2079-7737/11/8/1163
Участник оффлайн! Vadim Sharov
moderator
Россия



 прочитанное сообщение 06.11.2022 02:29     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail  Web-адрес
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #23 множественное цитирование

О выходе человечества из Африки.
Выдержки из очень информативной подборки https://neznaika-nalune.livejournal.com/1013976.html Рисунки и активные ссылки там же.

Несостоятельность версии "недавнего выхода из Африки" (т.е. около 60 тлн), ставшая сейчас слишком очевидной, пытаются корректировать с помощью "двух волн", первая из которых относится к периоду 100-130 тлн, так называемому "5-му периоду морских изотопов" (Marine Isotope Stage 5, or MIS-5), начавшемуся с эемского потепления (предыдущего межледникового периода). При этом получается что эта волна (или несколько волн) оставила заметные археологические следы на обширной территории Евразии, но почти полное отсуствие генетических следов, и была полностью замещена основной волной после 60 тлн. Но даже эта интерпретация не обьясняет некоторые самые ранние вне-африканские находки, такие как Апидима или Мислия.

В результате схема, приведенная выше, выглядит нелогичной. Стрелки начинаются из нескольких, удаленных на большое расстояние, районов Африки, и переходят к различным районам Евразии, зачастую от мест с более молодыми находками к местам с более древними.

2. Генетическое разнообразие и "бутылочое горлышко" 70 тлн
В упомянутой выше статье трёх авторов из Беркли, африканское происхождение человечества аргументировалось на основе большего разнообразия митохондриальной ДНК в Африке по сравнению с другими регионами. В частности, филогенетическое дерево, построенное на основе около 150 образцов митохондриальой ДНК, имеет более "экономную" (parsimonious) структуру, если его основание поместить в африканский кластер, нежели на другие континенты. Следовательно, согласно авторам, такое дерево наиболее вероятно отражает реальную эволюцию человеческого мтДНК.

Аргументация является далеко не безупречной. Вскоре после выхода статьи, другие исследователи обратили внимани что приведенная в статье интерпретация - далеко не единственная, и что по тем же исходным данным можно построить множество "наиболее экономных" филогенетических деревьев с не-африканским основанием. Кроме того, методы анализа ДНК за прошедшие 30 с лишним лет настолько далеко ушли вперед, что большинство анализов и выводов из них, относящихся к позднему XX веку, почти безнадежно устарели.

Споры вокруг статьи из Беркли сейчас изрядно подзабылись, но "африканское происхождение" довольно быстро превратилось в почти непререкаемую догму, в которой осмеливаются сомневаться немногие исследователи. И одним из главных оснований этой догмы является тезис о большем генетическом разнообразии африканцев по сравению с вне-африканскими популяциями.

Здесь надо упомянуть про общепринятый сегодня факт что около 70 тлн всё современное человечество прошло через "бутылочное горлышко" - период резкого сокращения населения (и его генетического разнообразия), и затем резкое увеличение населения после 60 тлн. Практически все сохранившиеся на сегодняшний день гаплогруппы (как Y-хромосомы, так и митохондриальные) образовались в этот довольно короткий промежуток времени, около 65-50 тлн.

На этом основана одна из версий "выхода из Африки", а конкретно "недавний выход из Африки", утверждающий что всё не-африканское человечество произошло от довольно небольшой группы выходцев из Африки около 60 тлн, которая резко размножилась и вскоре вытеснила все остальные популяция хомо в Евразии. Вот одно из типичных обьяснений этой версии (так же из научно-популярной статьи А. Маркова):
Основываясь на результатах изучения генетической изменчивости у современных людей, ее сторонники предполагают, что 80–60 тыс. лет назад в Африке произошел демографический взрыв, и в результате резкого роста населения и нехватки пищевых ресурсов в Евразию «выплеснулась» очередная миграционная волна. Не выдержав конкуренции с более эволюционно совершенным видом, другие современные ему гоминины, такие как неандертальцы, около 30–25 тыс. лет назад сошли с эволюционной дистанции.

Проблема (далеко не единственная) в том что нет абсолютно никаких признаков "демографического взрыва" в Африке в это период. Огромные территории Африки в этот период лишены каких-либо признаков присутствия хомо сапиенс вообще. Это обстоятельство признается дальше в той же статье:
Даже если согласиться со спорным предположением о быстром росте населения, все равно остается непонятным, почему этот миграционный поток сначала пошел не на соседние территории, а далеко на восток, вплоть до Австралии.

Но есть другие варианты обьяснения "бутылочного горлышка", связанные с климатическими измениями в Азии в тот период. Один из интересных возможных факторов - извержение супервулкана Тоба в Индонезии около 73 тлн, вероятно самое мощное извержение на Земле за последие 100 тыс. лет. По-видимому это привело к катастрофическому похолоданию и экологической катастрофе в юго-восточной Азии на много лет, но вряд ли сильно затронуло более удаленную Африку, где среди очень немногочисленного населения хомо сапиенс "бутылочного горлышка" не произошло, и его более архаичные варианты продолжали существовать. Даже если извержение Тобы не имело долгосрочных катастрофических последствий, в этот период началось очень суровое похолодание на 15-20 тыс лет - резкое обострение ледникового периода до некоторого потепления около 50 тлн.

"Бутылочное горлышко" могло быть следствием этого похолодания, которое привело к резкому сокращению числа евроазиатских хомо сапиенс. Но зато среди выживших особей оказались мутации, намного лучше приспособленные к резкой климатической изменчивости. Когда климат потеплел, эти особи размножились и распространились по всей Евразии (и затем Африке), вскоре вытеснив остальных хомо. Произошла "революция верхнего палеолита" около 45-40 тлн.

Это никак не связано с мифическим "выходом из Африки", наоборот, некоторые ветви размножившегося населения Евразии мигрировали в малонаселенную Африку, где смешались с архаичными хомо, до сих пор населяющими её, и таким образом получилось "повышенное африканское генетическое разнообразие".

На тот факт что "повышенное африканское генетическое разнообразие" далеко не равнозначно "африканскому происхождению" обращали внимание различные исследователи. Об этом, в частности, много писал А. Клёсов, аргументируя что повышенное разнообразие может быть следствием миграции в Африку, а не из Африки, подобно тому как повышенным разнообразием обладают мегаполисы такие как Нью Йорк, Лондон или Москва, куда приезжают люди из отдаленных мест, а вовсе не имеют эти мегаполисы своей пра-родиной.

Похожая, не-политкорректная идея развивается в комментарии в Dienekes Antropology Blog к статье "Models of archaic admixture and recent history from two-locus statistics":
More statistical evidence for a deep Palaeoafrican layer in modern Sub-Saharan Africans in the preprint by Ragsdale and Gravel (below). When I proposed that modern Africans are a mixture of Afrasians and diverse Palaeoafricans I only had two things to go on: greater African genetic diversity (produced by admixture between diverse Palaeoafricans and Afrasians), and cranioskeletal archaicity in known African specimens.

Идея о том что высокое "африканское генетическое разнообразие" есть результат смешения различных миграций в Африку на протяжении сотен тысяч лет, а не "выхода из Африки", прослеживается и у других авторов, хотя, может быть, они не хотели бы это подчеркивать. Вот, например, картинка из статьи The evolutionary history of Neanderthal and Denisovan Y chromosomes, где рассматривается история неандертальцев и денисовцев, а вовсе не вопрос "выхода из Африки".


Согласно ей никакого "выхода из Африки" не было, а одна из основ африканского генетического разнообразия - миграция в Африку древней ветви гаплогруппы А00 (Y-хромосомы), разошедшейся с основными европейскими гаплогруппами около 250-300 тлн. Это вполне сочетается с нарисованой от руки схемой у А. Клёсова

В следующем посте я рассмотрю дополнительные темы несоответствия научных фактов "выходу из Африки":
Направление миграции древних гаплогрупп L3 (mtDNA) и E (Y-dna)
Древняя (около 400 тлн) примесь ДНК хомо сапиенс в геном неандертальцев

Продолжение следует.
Участник оффлайн! Vadim Sharov
moderator
Россия



 прочитанное сообщение 06.11.2022 02:40     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail  Web-адрес
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #24 множественное цитирование

Африканские сказки

1 https://neznaika-nalune.livejournal.com/1013976.html
2 https://neznaika-nalune.livejournal.com/1016177.html
3 https://neznaika-nalune.livejournal.com/1020150.html
4 https://neznaika-nalune.livejournal.com/1042926.html
Участник оффлайн! Vadim Sharov
moderator
Россия



 прочитанное сообщение 06.11.2022 02:41     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail  Web-адрес
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #25 множественное цитирование

Часть 2-я. Начало выше.
В первой части я кратко рассмотрел археологические аспекты постулата "выхода из Африки" и аргумент "генетического разнообразия" на который опираются приверженцы этой мейнстримной, и ставшей почти догматической, концепции.

Но максимальное генетическое разнообразие не обязательно может совпадать с местом происхождения. Представим себе что неандертальцы (а заодно и денисовцы) не вымерли бы после минимального генетического обмена с хомо сапиенс, а широко перемешались бы с ним так что генетика человечества покрывала бы весь спектр этих видов. Это привело бы к разнообразию намного большему чем сегодня наблюдается в Африке, но к месту происхождения человека это не имело бы отношения. Так что разнообразие является не следствием региона происхождения, а того что много достаточно далеко отстающих друг от друга ветвей выжили в этом регионе параллельно друг с другом, без тотального доминирования одной узкой ветви. Подобное произошло в Африке, где современное генетическое разнообразие сложилось из многих волн миграции из Евразии, выживших параллельно в течении сотен тысяч лет.

В Евразии, после "бутылочного горлышка" 70 тлн, вероятно появились несколько новых мутаций, которые обеспечили их носителям значительное эволюционное преимущество, что привело к быстрому распространению и тотальному доминированию этой ветви на всем евразийском пространстве, и вымиранию или уничтожению всех других человеческих особей. Следствием этого явилось относительно низкое генетическое разнообразие евразийцев. Как и почему это произошло - является, наверное, одной из главных загадок в ранней истории человечества.

Рассмотрим некоторорые вопросы генетического разнообразия более подробно.
В значительной мере с точки зрения генетики постулат "выхода из Африки" основан на африканском происхождении субклада L3 митохондриальной ДНК. Это ключевой субклад который является предковым по отношению к гаплогруппам M и N, охватывающим почти все не-африканское человечество. L3 встречается как в Африке, так и в Евразии. Остальные субклады L имеют очень мало присутствия за пределами Африки, а гаплогруппы M и N - наоборот, имеют бесспорное евразийское происхождение и мигрировали в Африку позже.

Но... в последние два десятилетия появляется всё больше исследований, показывающих что L3 образовался за пределами Африки. Более того, даже не близко к Африке (на Ближнем Востоке или в Аравии), а очень далеко от неё - примерно в центре Азии или даже к востоку от него. Есть уже немало академических работ, выводы из которых должны быть сенсационными. В промежутке времени 70-60 тлн происходил достаточно мощный поток хомо сапиенс... в Африку, а не из Африки. Но "выход из Африки" именно в этом временном интервале - основополагающий постулат "африканского происхождения" человечества!

В большинстве этих статей в предисловиях дежурно упоминается про "хорошо установленный факт африканского происхождения" современного человека, но основные выводы в этих статьях прямо противоречат этому. Речь идёт не только о субкладе L3, но параллельно с ним исследования Y-хромосомных ДНК подтверждают миграцию в Африку в этом интервале, связанном с гаплогруппой Е (по современной классификации), образовавшейся примерно одновременно с L3 и вместе с этим субкладом мигрировавшей в Африку.

Научные статьи по ссылке https://neznaika-nalune.livejournal.com/1016177.html
Участник оффлайн! Vadim Sharov
moderator
Россия



 прочитанное сообщение 06.11.2022 02:43     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail  Web-адрес
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #26 множественное цитирование

Африканские сказки - 3 https://neznaika-nalune.livejournal.com/1020150.html
Предыдущий пост по теме https://neznaika-nalune.livejournal.com/1016177.html
Это внеурочная часть, я хотел завершить серию другими научными материалами. Но всего несколько недель назад вышла статья упомянутая почти во всех научных новостях, которая имеет непосредственное отношение к вопросу о происхождении современного человека, который мы рассматриваем в этой серии.

Вот она: An ancestral recombination graph of human, Neanderthal, and Denisovan genomes. В ней напрямую не рассматривается вопрос вышел ли АСЧ из Африки или произошел в Евразии, и она очень осторожна в формулировках которые могут затрагивать эту тему. Но если внимательнее присмотреться к публикуемым в ней результатам, они выглядят почти сенсационными именно в отношении происхождения АСЧ.

В статье детально анализировались сходства и различия в геномах современных людей (выборка из 279 экземпляров из очень широкого географического диапазона), двух неандертальцев и одного денисовца. Один неандерталец был найден в пещере Денисова на Алтае, его возраст оценочно 60-70 тысяч лет. Другой - из пещеры Виндижа в Хорватии, его возраст оценочно в 35-40 тлн.

Один из главных выводов статьи: неандертальцы (и денисовцы тоже, но по ним статистика значительно беднее) генетически очень близки к хомо сапиенс. Фактически генетические различия внутри современной человеческой популяции шире чем разница, отделяющая современных евразийцев от неандертальцев. Если бы неандертальцы "дожили" до наших дней, они бы вполне вписывались в параметры АСЧ, прочно смешавшись с ним.

Но это могло произойти только если на протяжении сотен тысяч лет неандертальцы и предки хомо сапиенс обменивались генами, хотя бы эпизодически, т.е. жили бок о бок, в одних и тех же географических регионах. Но в Африке никаких следов неандертальцев не найдено от слова "совсем". Значит это была не Африка?

Основная версия "недавнего выхода из Африки" утверждает что после разделения неандертальцев и предков хомо сапиенс, по разным оценкам около 600-800 тлн, они не пересекались. Неандертальцы осваивали Евразию, не возвращаясь в Африку, а предки хомо сапиенс эволюционировали на африканском континенте и не пересекались с неандертальцами до "выхода из Африки" около 60 тлн. Эпизодические миграции малочисленных хомо сапиенс из Африки до 60 тлн оставили некоторые археологические артефакты, но практически никакого генетического следа.

Но статья (как и некоторые материалы опубликованные до неё, которые я рассмотрю в следующем посте) противоречит этому, хотя напрямую не утверждает это (политически некорректно).

Один из выводов статьи - среднее "время до ближайшего общего предка" (Time to Most Recent Common Ancestor, TMRCA) между современными евразийцами и двумя представителями неандертальцев составляет около 74 тлн. Но позвольте, а как же оценки в 60 тлн "выхода из Африки", и первых контактов с неандертальцами значительно позже этого, где-то около 50-45 тлн? Статья замалчивает этот вопрос. 74 тлн идеально совпадает с моментом извержения Тобы. Я не берусь утверждать что могу восстановить демографическую картину нескольких тысячелетий после этого события. Но, возможно что климатический хаос, "бутылочное горлышко" человеческой (и, вероятно, неандертальской) популяции, а так же активные миграции в этот период, вызвали эпизоды более интенсивного чем обычно смешения между хомо сапиенс и ненадертальцами на территории Евразии, что и привело к такой оценке TMRCA.

Но это ещё не всё. Ещё более интересна статистика оценок TMRCA с неандертальцами для людей из разных регионов.

Статьи и рисунки по ссылке https://neznaika-nalune.livejournal.com/1020150.html
Участник оффлайн! Vadim Sharov
moderator
Россия



 прочитанное сообщение 06.11.2022 02:58     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail  Web-адрес
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #27 множественное цитирование

Африканские сказки - 4
https://neznaika-nalune.livejournal.com/1042926.html

В четвертом посте "Африканских сказок" я разберу важную статью шведских авторов Ульфура Арнасона и Бьёрна Халлстрома "The reversal of human phylogeny: Homo left Africa as erectus, came back as sapiens sapiens" https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/33341120/

В ней прямо утверждается, что теория "африканского происхождения" анатомически современного человека (АСЧ) неверна. Африка была не источником, а пунктом назначения миграции АСЧ. Ранние хомо присутствовали на территории Евразии более 2 млн лет, с тех пор как первые хомо эректусы вышли из Африки. Они эволюционировали, делились на ветви, разные ветви периодически скрещивались. В Евразии присутствовали все виды хомо, наиболее близкие к хомо сапиенс - собственно АСЧ, а также неандертальцы и денисовцы. Присутствие последних двух видов в Африке не обнаружено вообще. Про скрещивание АСЧ с неандертальцами и денисовцами известно широко, и сегодня почти никто не пытается отрицать этого. Но почти всегда утверждается, что это произошло относительно недавно - 55–45 тлн, и в этом случае факт скрещивания вполне укладывается в концепт "недавнего выхода из Африки".

Но в рассматриваемой статье на основании новейших генетических данных утверждается, что АСЧ скрещивались с неандертальцами и денисовцами многократно, и на протяжении многих сотен тысяч лет. Это могло иметь место только если эти виды существовали на пересекающихся территориях, и этим местом могла быть только Евразия, но не Африка. Согласно Арнасону и Халлстрому, генетический обмен между хомо сапиенс и неандертальцами имел место уже 500 тлн, после того как эти ветви разделились около 800 тлн. Надо сказать, что даты, приведённые в данной статье - более глубокие, другие авторы дают время разделения хомо сапиенс, неандертальцев и денисовцев в диапазоне 450–700 тлн. Эти цифры продолжают эволюционировать по мере уточнения скорости мутаций ДНК.

Авторы приводят новую версию филогенетического дерева хомо с подробностями интрогрессий (примесей) между тремя ветвями хомо. см.
https://neznaika-nalune.livejournal.com/1042926.html

История разветвлений и смешений весьма богата. Найдена старая рано исчезнувшая ветвь неандертальцев (названная SH-Hsnn по месту захоронения в Испании Sima de los Huesos - "яма костей"), которая не скрещивалась с хомо сапиенс, и генетически даже ближе к денисовцам, чем к другим неандертальцам. Но другие скрещивания между хомо сапиенс и неандертальцами прослеживаются на разных временных интервалах. Есть древняя примесь, которая прослеживается у всех современных людей, в том числе у самых древних африканских ветвей (здесь они обозначены как "Сан" и "Мбути", принадлежащие к бушменам и пигмеям соответственно). Есть другая примесь, которая обнаруживается у всех людей кроме "Сан" и "Мбути". Есть примесь, которая имеется у всех евразийцев и части африканцев (некоторые ветви "Йоруба"). Другая примесь присутствует только у евразийцев, но не у африканцев. И, наконец, имеется примесь, присутствующая только у европейцев, но не азиатов.

Можно проследить так же неоднократные скрещивания между различными азиатскими ветвями АСЧ и несколькими ветвями денисовцев (на эту тему в последние годы было немало статей). Всё это говорит о том, что три основных ветви хомо присутствовали и взаимодействовали сотни тысяч лет в Евразии. Отдельные ветви хомо сапиенс мигрировали в Африку, и после этого теряли дальнейший контакт с неандертальцами и денисовцами.

О ранних скрещиваниях между неандертальцами и хомо сапиенс говорится не только в рассматриваемой статье, но и в некоторых других, правда, без акцента на то, что это меняет парадигму происхождения АСЧ. Вот, например, филогенетическая схема, приведённая в статье "First ancient-human hybrid" в Nature, основной темой которой была сенсационная находка прямого потомка в первом поколении от отца-денисовца и мамы-неандерталки в Денисовой пещере. В ней скромно обозначен эпизод скрещивания между ветвью хомо сапиенс и неандертальцами задолго до "современных" подобных эпизодов около 50 тлн.

В других статьях (в частности, в рассмотренной в посте #3) рассматривается древность присутствия неандертальских геномов в африканских популяциях, и она прекрасно соответствует модели ранних миграций в Африку - сначала "Сан" и "Мбути", затем более поздние "Йоруба".

Арнасон и Халлстром приводят так же другие аргументы очень давнего присутствия хомо сапиенс в Евразии. В частности, они прилагают схему из статьи других авторов, описывающую восточноазиатские археологические находки гоминоидов раннего и среднего палеолита, в основном в Китае. В частности, данные говорят о присутствии хомо эректусов на этой территории почти два миллиона лет назад, архаичных хомо сапиенс (возможно, денисовцев) - от 200 до 400 тлн, и АСЧ - более 100 тлн. Некоторые из этих китайских датировок подвергаются критике, но их сейчас так много, и они постоянно уточняются. Практически нет сомнений что АСЧ присутствовал в восточной Азии уже около 100 тлн.

В заключение авторы предлагают примерную схему распространения АСЧ по Евразии, в том числе и в Африку. В последнем случае она состоит из отдельных волн миграций - популяций "Сан", "Мбути", затем "Йоруба". Это отлично согласуется с моделью "волн вытеснения" (или замещения) из Евразии в Африку, которую я предлагал в посте #2, на основе современной географии древних митохондриальных гаплотипов L0-L6.
см. https://neznaika-nalune.livejournal.com/1042926.html

Все из Месопотамии, однако - ВШ
Участник оффлайн! ИНО
Постоянный участник
Донецк



 прочитанное сообщение 06.11.2022 04:04     Сообщение для модератора         Личное письмо
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #28 множественное цитирование

Интересно, но все ж единственный неоспоримый вывод из этой статьи заключается в том, что наши предки не были ксенофобами и любили любить smile.gif А вот с тем, кто откуда вышел и куда пошел, все очень туманно, на имеющихся ныне в распоряжении ученых крупицах информации можно воссоздавать картинку и так и эдак в зависимости от личных предпочтений. Мне, например, импонирует гипотеза о выходе человека из России (не шучу, реально такая есть, основанная на каких-то особо примитивных орудиях, из необычайно глубоких слоев Якутии). Но таки до недавнего времени африканская гипотеза имела весомый аргумент в виде большего генетического разнообразия негров по сравнению со всеми прочими людьми. Если бы Африка была "пунктом назначения", как, например, Австралия, то скорее наблюдалась бы обратная картина. Что же касается находок неандертальских генов среди африканцев, то не вижу здесь ничего удивительного: из Африки можно ведь было не только выйти, но и обратно в нее войти, в промежутке, потусовавшись в Евразии с неандертальцами. Это если принять на веру достаточно шаткое утверждение о том, что самих неандертальцев в Африке никогда не было. Не нашли - аргумент слабый.
Участник оффлайн! ИНО
Постоянный участник
Донецк



 прочитанное сообщение 06.11.2022 04:32     Сообщение для модератора         Личное письмо
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #29 множественное цитирование

Да, теперь заметил контраргументы против африкансокго разнообразия как доказательства выхода из Африки, но они не кажутся убедительными. Например, это - вообще детский сад:
Об этом, в частности, много писал А. Клёсов, аргументируя что повышенное разнообразие может быть следствием миграции в Африку, а не из Африки, подобно тому как повышенным разнообразием обладают мегаполисы такие как Нью Йорк, Лондон или Москва, куда приезжают люди из отдаленных мест, а вовсе не имеют эти мегаполисы своей пра-родиной.

Как можно сравнивать мировой финансовый центр эпохи глобализации с Африкой 60 тыс. лет назад, о которой европейцы вероятно и знать не знали, а попасть могли только в процессе случайных блужданий. И таки "черная Африка" - нифига не рай земной для европейца, столь удачно приспособившегося по словам того же автора к суровому холодному климату. Туева хуча паразитов там, из-за которых даже при нынешнем уровне медицины мало кто из белых людей может составит тамошним неграм, которые все эти сотни тысяч лет приспосабливались к противостоянию не морозу, а этой зловредной живности. Так что гипотеза выхода из Африки, как минимум, столь же убедительна, как гипотеза и выходя из Азии, у автора же между строк читается расизм: ну не хочу я происходить от этих черножопых по этому буду принимать только аргуаргументы "против", не замечая аргументы "за". А вот мне как-то все равно, какой цвет кожи был у первых Homo sapiens. Хотя доказано, что современные негры действительно в среднем несколько тупее современных белых, это же совсем другая история.
Участник оффлайн! ИНО
Постоянный участник
Донецк



 прочитанное сообщение 06.11.2022 04:42     Сообщение для модератора         Личное письмо
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #30 множественное цитирование

(Vadim Sharov @ 20.07.2022 23:37)
Ссылка на исходное сообщение  Секвенирован геном партеногенетического серебряного карася

Самки серебряного карася используют сперму других видов, чтобы индуцировать партеногенез. Генетическая информация самцов при этом элиминируется, и все потомки такого размножения — клоны матерей. Международный коллектив ученых сообщил о завершении работ по секвенированию генома самки серебряного карася. Она оказалась гексаплоидом, и ее кариотип представлен 150 хромосомами.
Серебряный карась (Carassius gibelio) — инвазивный вид, который недавно распространился в Северную Америку. В Европе он уже показал себя как один из самых активных интродуцентов, который может вытеснять из водоемов золотого карася (Carassius carassius). Преимущество перед местными видами серебряному карасю дает способность к однополому размножению. Самки используют сперму рыб других видов, чтобы стимулировать деление своих яйцеклеток. Генетическая информация самцов при этом не используется, происходит партеногенез. Потомки в этом случае являются клонами самок. Самцы у серебряного карася есть, но их в несколько раз меньше, чем самок, и часто эти рыбы живут в однополых популяциях.

Красивая гипотеза, но неверная: вытеснил (теперь, увы, можно уже писать в прошедшем времени) золотого карася вполне себе обычный разнополый серебряный карась, а не этот хитровыделанный мутант, которому для продолжения рода требуется наличие в водоеме карпа (с другими карповыми он может нереститься только в теории, но не на практике - разные требования к нерестилищам и температуре воды для нереста).

Сообщение было отредактировано ИНО - 06.11.2022 04:42
Участник оффлайн! Vadim Sharov
moderator
Россия



 прочитанное сообщение 06.11.2022 10:19     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail  Web-адрес
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #31 множественное цитирование

(ИНО @ 06.11.2022 02:42)
Ссылка на исходное сообщение  Красивая гипотеза, но неверная: вытеснил (теперь, увы, можно уже писать в прошедшем времени) золотого карася вполне себе обычный разнополый серебряный карась, а не этот хитровыделанный мутант, которому для продолжения рода требуется наличие в водоеме карпа (с другими карповыми он может нереститься только в теории, но не на практике - разные требования к нерестилищам и температуре воды для нереста).


Хм, не увидел в статье гипотезы.
https://www.nature.com/articles/s41467-022-31515-w
https://www.nature.com/articles/s41467-022-31515-w.pdf
Добротное генетическое исследование, абсолютно практическая работа на реальных рыбах из природы. Какие разные требования к нерестилищам? В одном водоёме? Зачем нужен в реке обязательно сазан? Везде написано, что для гиногенеза не только карп, но и плотва, плотва, линь, лещ, и другие.

Про практику же интересно. Ребята из ВНИРО рассказывали, как увеличивается выход улова с водоемов: внесением других подвидов к стаду зарыбливания. Моногенетическое зарыбливание (исключительно одной породой) неэффективно. Кстати, поэтому рыбоводные хозяйства не имеют генетически однородного маточного стада. Это знают все рыбоводы практики, но не кабинетные ученые.
Для ВНИРОшников это создает исследовательские проблемы.
Участник оффлайн! ИНО
Постоянный участник
Донецк



 прочитанное сообщение 08.11.2022 06:50     Сообщение для модератора         Личное письмо
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #32 множественное цитирование

Да, в аквариуме, особенно если гормончиков вколоть, то не удивлюсь, если не только лещ с плотвой сгодится, но и осетр с лососем smile.gif Но у карповых рыб совершенно разная экология нереста, включая его фенологию и требования к нерестилищам. Когда лещ с плотвою нерестятся, карась еще спит. Да и в сильно разных местах это происходит. Единственный, у кого полностью перекрываются с серебряным карасем нерестилища - это карп. Хотя карп и нерестится позднее большей части карася, небольшое временное перекрытие имеется. И совместный нерест карпа с серебреным карасем в природе наблюдали нередко, с другими карповыми - разве что в качестве курьеза. Золотого карася я сразу за скобки выношу, так как его-то как раз вытесняем.

Какие разные требования к нерестилищам? В одном водоёме?

Похоже, вы вообще слабо представляете механизм нереста карповых. Неужто думаете, что как у кораллов: выпускают икринку и молоки на волю волн и течений и где-то за километры от родительских особей оно смешивается? Даю подсказку: на рыбацком сленге нерест карася именуется "терка", догадайтесь, почему. И даже если по какому-то недоразумению природы в одном пруду вдруг одновременно будут нереситься карась и плотва, происходить это будет все равно в сильно разных местах, и вероятность встречи плотинного сперматозоида с карасевой икринкой будет смериться к нулю.

Да, я не понаслышке знаю экологию нереста серебряного карася, думается, получше, чем те буржуйские генетики, которые и на карасевой рыбалке-то, наверное, не были ни разу. И со всей отверженностью заявляю: в подправляющем большинстве случаев золотой вытеснен именно обычными разнополыми популяциями, а не партеногенетическим мутантом. Конкурентное преимущество последнего - миф.

Про практику же интересно. Ребята из ВНИРО рассказывали, как увеличивается выход улова с водоемов: внесением других подвидов

Вообще не понял: каких еще подвидов? Серебряный и золотой караси - хорошие отдельные виды, а уж прочие Вами названные рыбы - тем паче.

Моногенетическое зарыбливание (исключительно одной породой) неэффективно. Кстати, поэтому рыбоводные хозяйства не имеют генетически однородного маточного стада.


Это вообще к чему? Породы только в культуре бывают, и таки охотно верю что грамотно прилитая свежая в рыбоводстве, как и в любом животноводстве, полезна. Но причем тут мутантный партеногенетический серебряный карась? Он-то как раз в высшей степени инбредный, поскольку чужой генетический материал ему просто не может передаться. Возможно, это еще одна причина того, что этот мутант значительно менее распространен, чем обычный разнополый: если они встречаются в одном водоеме то второй с большой вероятностью вытесняет первого. Кстати, для нас с вами это плохо: мутант крупнее и вкуснее, все ж полиплоид. Но у природы иные резоны.

Сообщение было отредактировано ИНО - 08.11.2022 07:07
Участник оффлайн! Vadim Sharov
moderator
Россия



 прочитанное сообщение 08.11.2022 23:57     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail  Web-адрес
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #33 множественное цитирование

(ИНО @ 08.11.2022 04:50)
Ссылка на исходное сообщение  Да, в аквариуме, особенно если гормончиков вколоть, то не удивлюсь, если не только лещ с плотвой сгодится, но и осетр с лососем smile.gif 

Виноват, пропустил цепочку. Белуга со стерлядью + бестер, множество гибридов у лососевых. Правильно читать: межвидовые гибриды бывают и у осетровых и у лососевых.

Что касается нереста карповых. Есть описанный факт оплодотворения чужой икрой у рыбы в статье? Есть.
Вы рассказываете, что это невозможно. Нет проблем, покажите мне статью про то что это не происходит, а описанные гексаплоиды выдумка авторов.
Они как раз описывают неотип. С описанием генетики этого неотипа. Рыба размножается.
Инбридинг подразумевает двуполое размножение, пример, описанный в статье Equilibrated evolution of the mixed auto-/allopolyploid haplotype-resolved genome of the invasive hexaploid Prussian carp про Prussian carp гиногенез, а не инбридинг.
Что касается понятия вид и подвид. Описанный неотип гексаплоид Carassius gibelio подвид или вид. Размножающийся мутант?
При этом подселение двуполых Carassius gibelio к стаду неотипа как Вы опишете?

Что касается примера с подселение другого породы/подвида/расы в нагульные водоемы. Я думаю, это не эффект от размножения, увеличения генетического разнообразия. Скорее эффект от разнообразия экологического. Сказывается он не в эффекте гетерозиса. А в более полном усваиваемости продуктов внешней среды.

(ИНО @ 08.11.2022 04:50)
Ссылка на исходное сообщение  обычный разнополый: если они встречаются в одном водоеме то второй с большой вероятностью вытесняет первого


Вытесняет? Возможно. Вытеснит полностью? Маловероятно. Скорее наступит равновесие, когда диплоидный карась будет в равновесии с гексаплоидным. Караси = прусские карпы не хищники. И не богомолы, самки самцов после спаривания не едят.
Участник оффлайн! Vadim Sharov
moderator
Россия



 прочитанное сообщение 10.11.2022 21:15     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail  Web-адрес
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #34 множественное цитирование

Не в первый раз ученые находят виды, считавшиеся давным-давно вымершими. Так, например, произошло со знаменитой латимерией: считалось, что последние целакантообразные вымерли еще 65 миллионов лет назад, пока в 1938 году Марджори Курене-Латимер не обнаружила в рыбацком улове живую рыбу.

Подобные виды — их называют «видами Лазаря», поскольку новые открытия «воскрешают» их из мертвых — большая редкость, и можно понять восторг американских исследователей, которые обнаружили крошечного моллюска, описанного еще в 1937 году по ископаемым раковинам эпохи плейстоцена.

Будучи всего около десяти миллиметров в длину, с полупрозрачной раковиной и длинной белой ногой, эти крошки десятилетиями прятались от исследователей, изучающих морскую фауну калифорнийского побережья. Их впервые обнаружили лишь в 2018 году: Джеффри Годдард (Jeffrey Goddard) из Калифорнийского университета в Санта-Барбаре (США) перевернул камень, лежавший на берегу после отлива, и нашел под ним пару живых моллюсков.

Поначалу ученый посчитал, что столкнулся с очень редким видом, поэтому не стал забирать животных — только сфотографировал их. Однако, изучив фотографии в лаборатории, Годдард с коллегами пришли к выводу, что для точной идентификации находки им все же нужен целый моллюск, и потратили еще полгода, чтобы найти другого представителя того же вида.

Затем, изучив тонны научной литературы по ископаемым и современным моллюскам, ученые смогли определить находку до вида: это оказался Cymatioa cooki, впервые описанный по раковине возрастом не меньше 11 тысяч лет.

Даже в плейстоценовую эпоху этот моллюск был очень редким: неудивительно, что он получил свое название в честь Эдны Кук (Edna Cook), которая нашла единственные известные экземпляры раковин. Вероятно, именно эта редкость позволяла крошечному животному так долго ускользать от глаз ученых, десятилетиями бродивших по калифорнийскому побережью.

Также исследователи подозревают, что личинки единственных обнаруженных моллюсков принесли морские течения несколько лет назад, во время аномальной жары с 2014 по 2016 год: в таком случае основная популяция Cymatioa cooki находится на юге, и потребуются дополнительные исследования, чтобы найти новые «живые ископаемые».

Исследование опубликовано в журнале Zookeys.
https://zookeys.pensoft.net/article/95139/element/8/176106/

Анна Новиковская https://naked-science.ru/article/biology/living-fossil
Участник оффлайн! ИНО
Постоянный участник
Донецк



 прочитанное сообщение 11.11.2022 17:04     Сообщение для модератора         Личное письмо
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #35 множественное цитирование

Да нет никакого оплодотворения чужой икры, есть лишь ее активация чужим сперматозоидом. Разницу улавливаете? Насчет инбридинга выразился неточно, но у карасевого партеногенеза суть так же - повышение гомозиготности до состояния чистых линий. Как правило такие популяции проигрывают в жизнеспособности состоящим из гетерозиготных особей. Но не всегда, некоторым видам, похоже все нипочем, могут хоть партеногенетически размножаться миллионы лет, хот путем инцеста, и даже не измельчать. Видимо у них неблагоприятных рецессивных аллелей изначально попросту не было. Вообще это странный феномен, малоизученный. Но видов, подверженных вырождению, намного больше.

Насчет выделения патогенетического карася в отдельный подвид, а тем более вид не слышал. Если его репродуктивная изоляция от обычного и устойчивая в ряде поколений полная, то это правомерно, но то еще доказать надо. А то вон, например, зеленые лягушки очень разной плоидности бывают, и это им не мешает друг друга крыть. И хотя там три вида давным-давно описаны, по строгим критериям их надо бы в один сводить.

Да, размножающиеся мутанты - а что в этим удивительного? В дрозофильную лабораторию зайдите, там Вам кучу таких покажут на любой вкус и цвет. А вид у вех один, и дикие самцы кроют всех к горю заводчиков.

При этом подселение двуполых Carassius gibelio к стаду неотипа как Вы опишете?

Кто на коми стоял. Кого или что именно Вы предлагает мне описать?

Вытесняет? Возможно. Вытеснит полностью? Маловероятно. Скорее наступит равновесие, когда диплоидный карась будет в равновесии с гексаплоидным. Караси = прусские карпы не хищники. И не богомолы, самки самцов после спаривания не едят.


Богомолы едят после спаривания самцов исключительно в опытах хреновых экспериментаторов. Настолько же хреновых, как и те, у которых лещ с карасем трется. Причем хреновость эта проявляется не в самой постановке экспериментов, которые так или иначе обогащают науку новыми знаниями, а в построении выводов относительно поведения особей в естественной среде на их основе. Золотого карася серебренный обычно вытесняет полностью. Не виду причин, которые помешали бы ему проделать это и со своим более близким родственником (если, конечно, они действительно реподуктивно изолированы друг от друга). В небольших закрытых водоемах, не подвергающихся систематическому зарыблению, обычно из этих трех со временем остается только разнополый серебряный карась. Карп (любой) тоже постепенно вымирает, что лично для меня не имеет убедительного объяснения, ведь нерестится он там исправно. В реках же трудно становить, кто, откуда и куда.
Участник оффлайн! Vadim Sharov
moderator
Россия



 прочитанное сообщение 12.11.2022 01:03     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail  Web-адрес
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #36 множественное цитирование

(ИНО @ 11.11.2022 15:04)
Ссылка на исходное сообщение  Да нет никакого оплодотворения чужой икры, есть лишь ее активация чужим сперматозоидом. Разницу улавливаете? Насчет инбридинга выразился неточно, но у карасевого партеногенеза суть так же - повышение гомозиготности до состояния чистых линий.

Вы то отвергаете активацию чужим сперматозоидом, то пишите, что возможно. Определитесь. Кстати, а где я написал, что у гексаплоидного карася это оплодотворение, а не гиногинез? Хотя в литературе встречал термин для этого "ложное оплодотворение". "Ложное оплодотворение" имеет в своем составе слово "оплодотворение".
В общем, как в анекдоте,
Вы неуч, Вы заявили, что в амперах измеряется сила тока! Нет. Сила тока измеряется в амперах.

Оплодотворение связано с Вашим инбридингом. Вот слово инбридинг в основе своем и содержит понятие "размножение", а значит оплодотворение. Ведь для бесполый организмов слово инбридинг не используется.

Вы опять приписали мне свои фантазии о моем мнении. С большим педагогическим пафосом.

Ваше утверждение про равенство инбридинга и полиплоидии противоречит данным статьи.
Analysis of the highly conserved actinopterygian gene set uncovered a subgenome dominance in duplicate gene loss of one ancestral chromosome set.
В статье как раз и показывается, что при полиплоидии происходит нестабильность генома и часть хромосом удаляется. Такого не происходит при инбридинге.

Я не собираюсь ставить опыты как происходит обработка икры молоками другого вида. По верю ссылкам в статье.
В студенчестве подрабатывал рабочим на рыбхозяйстве. Выращивали карпов и форель. Там просто. Колешь гормон самцу и самке. А потом в тазик сцеживаешь икру и молоки.

Какие терки?

Впрочем, не верите авторам статьи, напишите им.

Теперь о богомолах. Вы считаете, что общепринятое суждение о поедание самкой самца богомола фейком, но многие помнят фильмы, где сие красиво выглядит.
https://yandex.ru/video/preview/13314840668668958573

Скажите, кому мне верить агрессивному собеседнику, с пафосом экзаменатора или видео? Я предпочитаю верить своим глазам. Замечу, что пока Вы не одно своё нарочитое назидание не сопроводили ссылкой. Разве, что ссылались на мои слова, но которые не мои слова, а Ваш гиперболизированный пересказ моих слов.
Почему я должен Вам верить на слово, а не статьям в журналах из белого списка?
Участник оффлайн! Vadim Sharov
moderator
Россия



 прочитанное сообщение 12.11.2022 01:27     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail  Web-адрес
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #37 множественное цитирование

Ради интереса, посмотрел публикации. Чего только нет про невозможности скрещивания.

ОСОБЕННОСТИ СИСТЕМЫ РАЗМНОЖЕНИЯ ОТДАЛЕННЫХ ГИБРИДОВ КАРПОВЫХ РЫБ
Впервые осуществлены масштабные анализирующие скрещивания самцов лабораторно полученных реципрокных гибридов F1 плотвы, леща и синца. Получены и выращены генерации бэккроссов. Проведен детальный морфологический, генетико-биохимический и цитогенетический анализ по обширному комплексу признаков гибридов F1 и BC. Обнаружены ранее не известные эффекты наследования генов, гаметической сегрегации гаплоидных геномов и поликлональности потомства гибридов. На примере гибридов плотвы, леща и синца описана и экспериментально подтверждена принципиально новая система размножения – проапомиксис. Предполагается, что она присуща всей категории отдаленных гибридов "от случая к случаю".
Труды ИБВВ РАН, 2017, вып. 80(83)
https://elibrary.ru/download/elibrary_29871200_11150491.pdf


О ПЛОДОВИТОСТИ ТРИПЛОИДНЫХ ГИБРИДОВ СЕРЕБРЯНОГО КАРАСЯ (CARASSIUS GIBELIO) С КАРПОМ (CYPRINUS CARPIO L.)
ОНТОГЕНЕЗ, 2017, том 48, № 5, с. 405–412
Исследована плодовитость возвратных триплоидных гибридов, содержащих один геном серебряного карася и два генома карпа. Самки гибридов серебряного карася и карпа (карасекарпов) плодовиты и продуцируют диплоидные гаметы. Поскольку самцы таких гибридов стерильны, их воспроизводство осуществляется с помощью индуцированного гиногенеза. В возвратных скрещиваниях самок карасекарпов с самцами карпа получают триплоидное потомство. Среди триплоидов, полученных от гибридов F1, а также гибридов первого гиногенетического поколения не было найдено ни одной плодовитой особи. Однако при воспроизводстве диплоидных гибридов при помощи гиногенеза на протяжении шести поколений происходит восстановление плодовитости самок в возвратном потомстве. От возвратных триплоидных самок (дочерей карасекарпов шестого гиногенетического поколения) получено жизнеспособное триплоидное гиногенетическое потомство и тетраплоидное возвратное потомство на карпа. Полученные данные могут служить экспериментальным доказательством гипотезы сетчатого видообразования.
https://elibrary.ru/download/elibrary_29961854_23646066.pdf
Участник оффлайн! ИНО
Постоянный участник
Донецк



 прочитанное сообщение 13.11.2022 09:42     Сообщение для модератора         Личное письмо
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #38 множественное цитирование

Ага, а ложная беременность - это тоже беременность lol.gif Термин оплодотворение имеет весьма четкую и однозначную дефиницию.

По первой ссылке все ж лещ гибридизируется не с карасем (с синцом и плотвой у него много больше общего). За вторую спасибо, это для мне новая информация. Остается только понять, может ли партеногенетический карась в естественных условиях скрещиваться с разнополым и что из этого выходит.

Где я писал что инбридинг равен полиплоидии? Вам привидилось. По поводу фильмов о богомолах: существует великое множество достовернейших видозаписей всякого-разного противоестественного соития с участием Хомо сапиенс (ссылок не дам smile.gif ), но это ни коим образом не доказывает, что подобное есть составляющая его естественного репродуктивного поведения. Для тех, кто никогда не держал в руках богомола, поясняю особо доходчиво: если засунуть в тесный сосуд самца и голодную самку, да еще и самца палочкой к ней подогнать (сам-то не пойдет, ибо что-то подозревает), то таки ой, самка его, как и любое движущееся существо меньших размеров, попадающее в поле зрения, схватит и начнет жрать. Самец же, "осознав" отсутствия шансов на оставление потомства альтернативным путем, попытается с ней в это время спариться, и, если очень повезет, у него даже получится сделать это до того как его полностью сожрут. Эдакий аварийный вариант спасения генетической информации на самый крайний случай, практически не встречающийся в природе. Вместо этого в природе самец аккуратно медленно подходит к сытой самки сзади, запрыгиват ей на спину, а затем спокойно спаривается несколько часов к ряду, после чего спрыгивает. Самцы некоторых видов караулят самку до тех пор, пока она не поймает кормовой объект и не начнет его есть, и только тогда приближаются. В общем, в природе процесс этот устроен по уму, и сильно отличается от того, который стремятся нам показать киношники ради хайпа. Вообще, честные документальные фильмы о дикой природе встречаются довольно редко, в большинстве многое переврано, иногда на удивление невежественно, но еще более невежественный пипл хавает. Хороший правдивый фильм встречается, наверное, один к десятку посредственных и откровенно плохих.

Вадим, убавьте градус агрессии, пожалуйста. Иначе рискуете вернуться в прежнее состояния - единственного писателя и читателя Ваших тем. Может, конечно, Вам так больше нравилось, но тогда незачем было мне приглашать к дискуссии чрез личку.

Сообщение было отредактировано ИНО - 13.11.2022 09:45
Участник оффлайн! Vadim Sharov
moderator
Россия



 прочитанное сообщение 13.11.2022 10:46     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail  Web-адрес
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #39 множественное цитирование

(ИНО @ 13.11.2022 07:42)
Ссылка на исходное сообщение  Ага, а ложная беременность - это тоже беременность lol.gif Термин оплодотворение имеет весьма четкую и однозначную дефиницию.

Внеутробная беременность, связана с развитием эмбриона, о ложная беременность связана с гормональными процессами, сходными с беременностью реальной. Двойное оплодотворение покрытосеменных говорит неоднозначности дефиниции термина "оплодотворение".

(ИНО @ 13.11.2022 07:42)
Ссылка на исходное сообщение
Вадим, убавьте градус агрессии, пожалуйста. Иначе рискуете вернуться в прежнее состояния - единственного писателя и читателя Ваших тем. Может, конечно, Вам так больше нравилось, но тогда незачем было мне приглашать к дискуссии чрез личку.

Извините, что пригласил Вас к дискуссии через личку. Вы спрашивали о выходе людей из Африки, я и пригласил. Спасибо, за назидание. Учту.
Участник оффлайн! Vadim Sharov
moderator
Россия



 прочитанное сообщение 25.11.2022 03:12     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail  Web-адрес
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #40 множественное цитирование

Ученые выяснили, чем питались самые первые животные на Земле

Самые ранние представители царства животных появились на нашей планете больше 550 миллионов лет назад, и до сих пор ученые не знали, чем именно они питались. Однако благодаря находкам, сделанным на российском берегу Белого моря, международный исследовательский коллектив смог ответить на этот вопрос.
В эдиакарском периоде Землю заселяли первые многоклеточные организмы, выглядевшие очень странно не только по меркам современных животных, но в сравнении с более поздними кембрийскими животными. Некоторые из них в определенных чертах напоминали привычных нам животных: скажем, у них были рот и кишечник для переваривания пищи. Другие в плане питания походили на грибы.
Конечно, сложно сказать, чем могли питаться настолько древние животные: их мягкие ткани редко попадают в палеонтологическую летопись, а уж о содержимом кишечника и говорить нечего. Однако в 2018 году Илья Бобровский, сейчас работающий в Австралийском национальном университете, обнаружил среди крутых скал на побережье Белого моря окаменелость жившей 575 миллионов лет назад кимбереллы, чей химический состав дал подсказку о рационе животного.
Международный коллектив исследователей из Австралии и России выявили в остатках кимбереллы молекулы фитостерола, которые входят в состав клеточной мембраны растений (у млекопитающих ту же роль играет холестерин). Поскольку это вещество животные не вырабатывают, ученые пришли к выводу, что слизнеподобная кимберелла соскребала с морского дна микроскопические водоросли, которые поглощала через рот и переваривала в кишечнике.
Бок о бок с кимбереллой жило и другое животное, чью окаменелость тоже нашел Бобровский: дикинсония выросла до 1,4 метра в длину и была, пожалуй, крупнейшим живым организмом своего времени. Ползая по морскому дну, это ребристое создание, похожее на вытянутый блин, впитывало питательные вещества всей поверхностью тела, так что ему пришлось вырасти широким, но тонким, чтобы удовлетворить свои аппетиты.
Питание водорослями энергетически более выгодно, чем простое всасывание свободных питательных веществ из воды. Так что в этом отношении кимберелла была более продвинутым существом, чем огромная дикинсония. Тем не менее оба этих примитивных животных вымерли к концу эдиакарского периода, после чего новые формы жизни, уже больше похожие на современные, захватили древние моря Земли.

Исследование опубликовано в журнале Current Biology.
https://www.cell.com/current-biology/fullte...Fshowall%3Dtrue
https://naked-science.ru/article/paleontolo...-animal-feeding
Участник оффлайн! Vadim Sharov
moderator
Россия



 прочитанное сообщение 04.12.2022 18:31     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail  Web-адрес
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #41 множественное цитирование

В целом история формирования населения Евразии за последние 10 тыс. лет совпадает с таковой для собак. Так, на севере Евразии ранние собаки (возраст – около 7–11 тыс. лет) близки к собакам из Европы и Северной Америки, что указывает на миграции древних людей по северным регионам Евразии в стороны Америки, как это было отмечено и для гораздо более раннего времени (около 24–30 тыс. лет назад), согласно данным о ДНК палеолитических людей Сибири. Экспансия неолитических земледельцев из Леванта в Европу около 9–10 тыс. лет назад сопровождалась перемещением принадлежавшим им собак. Появление собак в Африке к югу от Сахары произошло также в результате экспансии людей из Леванта на африканский континент.

Тем не менее, есть и ряд исключений. Для энеолита (медного века, около 5–6 тыс. лет назад) Ирана, население которого сильно отличается от предшествующей эпохи неолита Леванта, в отношении собак значительных различий с Левантом не найдено. Люди неолита Германии и Ирландии (около 6500–4000 лет назад), знавшие земледелие, близки по ДНК к населению Леванта, а собаки тяготеют к североевропейским популяциям людей, сохранявшим доземледельческую экономику охотников и собирателей. В степной Евразии и Германии в эпоху бронзы (около 3–4 тыс. лет назад) люди по ДНК близки к неолитическим обитателям Европы, чего нельзя сказать о собаках, которых они содержали. В Восточной Азии современные собаки имеют явный «след» от популяции, связанной со срубной культурой степной зоны (возраст – около 3800 лет назад), тогда как на формирование восточноазиатских групп людей миграция носителей этой культуры не оказала значительного влияния.

Удалось установить и ряд других закономерностей. Так, для древних собак Европы (7–11 тыс. лет назад) была характерна высокая степень разнообразия ДНК; они тяготели к ранним собакам Леванта и Сибири. В настоящее время картина сильно отличается от той, что была в каменном веке (мезолит – неолит), и все современные европейские собаки имеют тесную связь с особями из неолита Европы. Выяснилось, что во многих популяциях живущих сегодня волков обнаруживаются следы скрещивания с собаками, чего нельзя сказать о последних – они практически не получали генов от современных волков, а происходят от уже исчезнувшей волчьей популяции.

Таким образом, сопряжённый анализ древней ДНК волков и собак Евразии, с привлечением всей известной ранее информации по этому суперконтиненту и по Северной Америке, а также сравнение истории собак и людей по данным ДНК и археологии помогли нашему коллективу сделать ряд важных выводов. Собаки появились в позднем палеолите – ранее, чем 11 тыс. лет назад – в одном географическом регионе Евразии. Уже в начальный период доместикации (около 11 тыс. лет назад) существовало несколько групп собак, отличавшихся друг от друга по данным ДНК. История распространения собак по Старому Свету во многом сходна с процессом формирования человеческих популяций в голоцене, но не везде собаки передвигались вместе с людьми.

В заключение можно сказать, что анализ ДНК еще более древних собак и волков, а также привлечение данных по археологии, антропологии, этологии и другим дисциплинам необходим в будущем для определения тех природных и культурных условий, в которых произошло формирование первых собак.

https://www.igm.nsc.ru/index.php/novost/v-i...f-domestic-dogs
Участник оффлайн! Vadim Sharov
moderator
Россия



 прочитанное сообщение 05.12.2022 02:05     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail  Web-адрес
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #42 множественное цитирование

В Германии обнаружены ископаемые остатки самого древнего на сегодняшний день птеродактиля. Образец представляет собой полный, хорошо сохранившийся скелет небольшой особи вида Pterodactylus antiquus. Находка происходит из верхней юры (киммериджский ярус, формация Torleite; ~155 млн лет) известнякового карьера в центральной Баварии и старше предыдущих находок птеродактилей более чем на миллион лет.
«Отсутствует только очень небольшая часть левой нижней челюсти, а также левой и правой большеберцовой кости. В остальном скелет практически идеально сохранился, все кости присутствуют и находятся в примерно правильном анатомическом положении» — пишут исследователи в своей статье.
В этом карьере было найдено множество других отлично сохранившихся окаменелостей, включая остатков ихтиозавров, черепах, морских и наземных крокодиломорфов и динозавров. Многие из них, такие как этот новый образец птерозавра, выставлены в новом музее динозавров Альтмюльталь в Денкендорфе (Бавария, Германия).

Научная статья:
Felix J. Augustin, Panagiotis Kampouridis, Josephina Hartung, Raimund Albersdörfer, Andreas T. Matzke. The geologically oldest specimen of Pterodactylus: a new exquisitely preserved skeleton from the Upper Jurassic (Kimmeridgian) Plattenkalk deposits of Painten (Bavaria, Germany). Fossil Record, 2022; 25 (2): 331 DOI: 10.3897/fr.25.90692
Участник оффлайн! Vadim Sharov
moderator
Россия



 прочитанное сообщение 05.12.2022 12:08     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail  Web-адрес
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #43 множественное цитирование

Константин Михайлов: Динозавры. Окаменелые яйца и загадки гнездовой жизни

Автор: Михайлов Константин Евгеньевич
Издательство: Фитон XXI, 2022 г.
ISBN: 978-5-604197-5-6

Аннотация к книге "Динозавры. Окаменелые яйца и загадки гнездовой жизни"
Эта книга о том, что говорят палеонтологам находки окаменелых гнёзд, скорлупы и яиц динозавров и как учёные получают информацию о биологии размножения давно вымерших животных. Одновременно это путешествие в места захоронения гнёзд с яйцами и детёнышами, а также познавательный экскурс в область науки о размножении рептилий и птиц. Одна из главных проблем всех яйцекладущих животных заключается в том, что детёныш развивается внутри яйца вне организма матери. Яйцо - это дом для эмбриона, и вероятность, что зародыш станет птенцом и вылупится из яйца, зависит от того, как устроен этот дом и как он защищён от агрессивной внешней среды. В общем, эта книга не только о собственно находках, но и обо всём том, что помогает нам понять и правильно истолковать находки отложенных многие десятки миллионов лет назад яиц, из которых давно вылупились детёныши давно не существующих, когда-то царствовавших на планете рептилий, оставивших на Земле своих не менее удивительных потомков, называемых птицами.
Автор книги Константин Евгеньевич Михайлов - кандидат биологических наук, сотрудник Палеонтологического института им. А. А. Борисяка РАН, много лет посвятивший исследованиям древних гнёзд, окаменелых яиц и скорлупы, участник многих экспедиций в Монгольскую Гоби.
Для широкого круга читателей.

Готовлюсь к Новогодним праздникам. Надо что-то внуку рассказывать с картинками. - ВШ
Участник оффлайн! Vadim Sharov
moderator
Россия



 прочитанное сообщение 12.12.2022 22:03     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail  Web-адрес
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #44 множественное цитирование

ДНК возрастом два миллиона лет

В северной Гренландии впервые обнаружена ДНК возрастом два миллиона лет. Секвенирование хлоропластной, митохондриальной и ядерной ДНК из древних образцов позволило детально реконструировать древнюю экосистему, которая была намного богаче современной, поскольку климат Гренландии в то время был существенно более теплым. Среди идентифицированных видов животных — мастодонт (Mammut americanum).
Международная группа палеогенетиков и геологов побила предыдущий рекорд — исследование ДНК мамонтов возрастом более миллиона лет. Кроме того, в этот раз речь идет о не о ДНК отдельных особей, а о древней ДНК из окружающей среды (environmental DNA, eDNA, в русской литературе экосистемная, экологическая ДНК или эДНК). Руководители проекта — профессор Эске Виллерслев (Колледж Св.Иоанна в Кембридже, геогенетический центр Фонда Лундбека, Копенгаген), первый автор — Курт Кьер, геолог из Университета Копенгагена.
Глобальное потепление, которое согласно прогнозам наступит в ближайшем будущем, уже не первое на нашей планете. Два-три миллиона лет назад среднегодовая температура в Гренландии была выше современной на 11-19 °С (минимальную температуру оценивают как -17–10 °С). Биологические сообщества Арктики позднего плиоцена — раннего плейстоцена (3,6–0,8 млн лет назад), слабо изучены, поскольку ископаемые остатки животных того периода крайне редки. Этот пробел теперь могут восполнить исследования древней эДНК.
Как объяснил в электронном письме PCR.NEWS один из соавторов работы, доктор геолого-минералогических наук Алексей Тесаков, заведующий лабораторией стратиграфии четвертичного периода Геологического института РАН, на севере Гренландии есть полоса суши, не покрытая ледниками из-за сухости климата. Она называется Землей Пири в честь полярного исследователя Роберта Пири. Отсутствие ледников позволяет изучать геологическое строение в естественных обнажениях горных пород. В земле Пири находится формация Кейп-Кобенхавн, где и были в разные годы собраны образцы.
Исследователи секвенировали 41 образец ДНК из пяти локаций в Кейп-Кобенхавн. Конечно, были сомнения, что удастся прочитать настолько древние метагеномы. ДНК разрушается со временем под влиянием температуры, ферментов микроорганизмов, механических воздействий, спонтанного гидролиза или окисления. Кроме того, древняя ДНК теряет пуриновые основания. Чтобы оценить вероятность того, что из гренландских образцов удастся получить сохранную ДНК, авторы вычислили ее «термический возраст» (низкие среднегодовые температуры его существенно снижают) и сравнили степень ее депуринизации с ДНК вымерших птиц моа (в этой работе оценена кинетика деградации древней ДНК). Результаты указывали на то, что в образцах из Гренландии могли сохраниться фрагменты генома длиной не менее 50 п.н. Авторы отмечают, что сохранность эДНК обеспечивается иными механизмами, чем ДНК, выделенной из костного материала. Так, адсорбция ДНК на минеральной подложке изменяет ее конформацию и защищает от расщепления ферментами.
Из 41 образца получили 65 библиотек для секвенирования на платформе Illumina. Методом капельной цифровой ПЦР провели скрининг 34 из 65 библиотек на ген pcbD консервативной фотосистемы II пластид и ген pcbA — характерный маркер злаковых растений; для 31 образца подтвердили присутствие растительной ДНК. Также для 34 библиотек провели обогащение митохондриальной ДНК млекопитающих с помощью Arctic PaleoChip 1.0. Все библиотеки секвенировали методом дробовика на приборах HiSeq 4000 и NovaSeq 6000 от Illumina.
В результате авторы описали богатое видовое разнообразие растений и животных, обитавших в Северной Гренландии около 2 миллионов лет назад. Так, геномы хлоропластов принадлежали в том числе представителям родов Salix (ивы), Populus (тополь) и Betula (береза). Из 102 родов растений обнаруженных с помощью анализа эДНК, 39% в Гренландии больше не встречаются.
Митохондриальные геномы животных принадлежали зайцевым, хомяковым, северным оленям, гусям. Как показал анализ последовательностей, все они являются предковыми по отношению к современным и позднеплейстоценовым животным. Кроме того, найдены последовательности ДНК мастодонта (Mammut americanum). В образцах также присутствовала митохондриальная ДНК беспозвоночных (муравьев и блох). Морские виды представлены мечехвостом, кораллом, различными группами фитопланктона и зоопланктона: присутствие части таксонов (например, зеленых микроводорослей) тоже свидетельствует в пользу более теплого климата, чем в наши дни.
Таким образом, два миллиона лет назад в Северной Гренландии существовала бореальная экосистема: смешанные леса из тополя, березы и туи, арктические и таежные кустарники и трава. Многие виды растений идентифицированы впервые и не регистрировались ранее при изучении макроотложений и анализе ископаемой пыльцы. Реконструированная экосистема не имеет современных аналогов.
Представление о теплом периоде плио-плейстоцена в Гренландии существовало задолго до этой работы благодаря палеонтологическим исследованиям. Вот что рассказал об этом Алексей Тесаков.
«Состав растений, в том числе целые стволы невысоких таежных деревьев — лиственниц, показал, что в это время лесотундра дошла до самого северного края Гренландии. Сейчас в этих местах зона полярных пустынь с редкой тундровой растительностью и всего несколькими видами млекопитающих.
Десять лет назад, во время экспедиции летом 2012 года, в составе полевого отряда из четырех человек мне удалось побывать в этих местах и поучаствовать в исследованиях уникального полярного палеоархива. Как специалист по древним мелким позвоночным я занимался поиском их остатков в слоях формации мыса Кобенхавн. До этого здесь была сделана единственная находка позвоночных — фрагмент черепа древнего зайца. К сожалению, несмотря на все упорные поиски, костей млекопитающих нам найти не удалось. Зато были найдены кости рыб и раковины мидий — показателей значительной тепловодности морских вод того времени. Кроме того, я отобрал несколько образцов древних отложений для пыльцевого анализа.
В течение 10 лет, прошедших с экспедиции 2012 года, большой научный материал, собранный в слоях формации мыса Кобенхавн, изучался датскими и российскими специалистами. Первая попытка опубликовать синтез новых данных по геологии и палеонтологии в журнале Science в 2014-2015 гг. оказалась безуспешной — статья была отклонена по причине отсутствия заметной новизны результатов. И только развитие палеомолекулярных технологий и методов позволило датским исследователям под руководством Эске Виллерслева выполнить современный палеогенентический анализ образцов древних отложений, обогащенных растительными остатками. В поле их приходилось высверливать ручным буром из скованных вечной мерзлотой склонов льдистых холмов. По фрагментам геномов животных и растений было выявлено впечатляющее разнообразие древней приполярной биоты. Звездой этого списка, безусловно, является слон мастодонт. Оказалось, что около 2 млн лет назад эти хоботные бродили по самой северной суше в мире.
Работа российских участников проекта заключалось в применении классических методов четвертичной геологии для дополнительного обоснования возраста и биоразнообразия отложений формации мыса Кобенхавн по остаткам животных и растений, т.е. определении биостратиграфического возраста этой формации. Мне удалось показать, что из ранее определенных здесь двух родов зайцев — древнего Hypolagus и более современного Lepus — здесь присутствует только вымерший гиполагус, а остатки современного зайца определены ошибочно. Это существенно меняет представление о возрасте формации мыса Кобенхавн, ограничивая ее возраст примерно 2 млн лет (2 млн лет или древнее). Такой же возраст получается по нескольким другим анализам.
Кандидат геолого-минералогических наук Александра Николаевна Симакова провела палинологический анализ образцов из формации мыса Кобенхавн в лаборатории стратиграфии четвертичного периода Геологического института РАН в Москве. Несмотря на то, что пыльца древних растений отсюда уже изучалась датскими палеоботаниками, новый анализ впервые показал присутствие в раннеплейстоценовой лесотундровой флоре Северной Гренландии орешника, растения теплых периодов плейстоцена. Это стало приятной и неожиданной добавкой к древней термофильной флоре формации мыса Кобенхавн».
Отечественные ученые были соавторами уже упоминавшейся работы по секвенированию ДНК мамонтов возрастом 1 млн лет. На очереди, отмечает Алексей Тесаков, — валовый генетический анализ древних отложений плио-плейстоцена высоких широт Сибири. По его мнению, роль российских специалистов не всегда будет сводиться к предоставлению материала для анализа: «Сейчас существует несколько проектов развития таких исследований и в России, например, в Зоологическом институте РАН в Санкт-Петербурге и ряде учреждений Москвы. Однако очень высокие требования к качеству и чувствительности оборудования, трудности с расходными материалами и созданием чистых лабораторных помещений сдерживают развитие отечественной палеогенетики».

https://pcr.news/novosti/analiz-dnk-pozvoli...emu-grenlandii/
Участник оффлайн! Vadim Sharov
moderator
Россия



 прочитанное сообщение 20.12.2022 02:23     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail  Web-адрес
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #45 множественное цитирование

Бактерии двигаются к источнику антибиотика в самоубийственной атаке (альтруизм против отбора)

Ученые из Великобритании получили неожиданный результат — в градиенте антибиотика бактерии Pseudomonas aeruginosa двигаются не в сторону снижения концентрации, а в сторону увеличения. В областях повышенной концентрации антибиотика бактерии теряют жизнеспособность и лизируются, выпуская свои антибактериальные вещества. Авторы предполагают, что это поведение в природе позволяет бактерии контратаковать конкурентные микроорганизмы — источники токсичных веществ.

В ходе терапии бактериальные биопленки часто испытывают влияние резкого градиента концентраций антибиотиков. Схожий градиент могут формировать противомикробные вещества, производимые конкурирующими микроорганизмами. В ответ бактерии приобрели свойства, которые помогают им детектировать и отвечать на токсины. Например, они могут сами начать вырабатывать бактериоцины и антибиотики для встречной атаки микроорганизмов-конкурентов или попытаться защититься, формируя биопленки.

Один из важнейших физиологических ответов бактерии — это хемотаксис. Исследователи из Великобритании предположили, что при наличии градиента антибиотика бактерии двигаются от их источника, что способствует их выживанию. Однако опыты показали, что это не так — бактерии двигаются к источнику антибиотика, что приводит к их гибели. Вероятно, бактерии реагируют так, как будто бы источником антибиотика была колония микроорганизмов-конкурентов, которую можно атаковать.

В качестве модели авторы использовали оппортунистический патоген Pseudomonas aeruginosa, способный к перемещению за счет пилей. В микрожидкостном устройстве они создали градиент антибиотика ципрофлоксацина. Максимальная концентрация антибиотика была в десять раз выше, чем минимальная ингибирующая концентрация (MIC). Примерно пять часов бактерии двигались беспорядочно, однако после этого неожиданно начинали двигаться в сторону увеличения концентрации антибиотика. То же самое происходило и в других градиентах, где максимум был выше MIC.

Бактерии были способны входить в области с очень высокими концентрациями ципрофлоксацина (до 1000 раз больше MIC), где они сохраняли способность двигаться до конца эксперимента. Опыт повторили на других штаммах P. aeruginosa и с другими антибиотиками с разными механизмами действия. Эффект наблюдался на всех антибактериальных веществах кроме бета-лактамов. При концентрациях антибиотика ниже MIC движение бактерий не менялось.

Направленное движение бактерий начинается только через пять часов после создания градиента. Авторы предположили, что за это время нутриенты и другие вещества, выпускаемые бактериями, создают свои градиенты, по которым и двигаются бактерии.

Чтобы подтвердить или опровергнуть эту гипотезу, авторы создали два противоположных градиента антибиотика и нутриента. Действительно, изначально бактерии двигались по направлению к источнику нутриента, однако через пять часов замедлялись, а через 7,5 часов начинали двигаться в сторону повышения концентрации антибиотика, то есть в обратную сторону. Таким образом, движение бактерий в градиенте антибиотиков не зависело от градиента нутриентов. Накопление в среде факторов, выпускаемых клетками, также не могло объяснить подобный хемотаксис. То есть бактерии двигались именно в ответ на антибиотик.

Авторы проверили, что происходит с клетками, попавшими в области с высокими концентрациями антибиотиков — они выживают и приобретают резистентность или погибают? Бактерии, изолированные из таких областей, не могли формировать колонии в среде без антибиотика, они не были жизнеспособны. То есть клетки, следующие за градиентом антибиотика, в конце концов умирают.

Исследователи предположили, что бактерии просто повторяют поведение, характерное для них в природе — двигаются навстречу колонии бактерий-конкурентов. На супернатантах разных штаммов P. aeruginosa они показали, что бактерии двигаются к источнику токсичного супернатанта. Предположительно, это позволяет атаковать конкурентные микроорганизмы и захватывать их территории. Если эта гипотеза верна, то в конце своего пути P. aeruginosa должны выпустить противомикробные вещества. Действительно, многие клетки экспрессировали пиоцины и подвергались взрывному лизису. Согласно полученным данным, бактерии эволюционировали таким образом, чтобы подбираться к источнику токсичных веществ и выпускать свои бактериоцины, то есть направлять контратаку против микроорганизмов-конкурентов.

Для раковых клеток описан обратный дуротаксис https://www.yandex.ru/?win=379&clid=2226570...m=dist_bookmark

Nuno M. Oliveira, et al. Suicidal chemotaxis in bacteria // Nature Communications 13, 7608 (2022), published December 09, 2022, DOI: 10.1038/s41467-022-35311-4

Спасибо: https://pcr.news/novosti/bakterii-dvigayuts...stvennoy-atake/
Участник оффлайн! Vadim Sharov
moderator
Россия



 прочитанное сообщение 25.12.2022 08:07     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail  Web-адрес
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #46 множественное цитирование

Утверждение родство человека и обезьян приписывается Дарвину.
Но это глубоко не верно. Еще Карл Линней в этом замечен.
В человеческий род он включил два вида: Homo sapiens (Человек разумный) и Homo silvestris s. troglodytes (Человек лесной, или Троглодит).
Линней признавался, что он «не в состоянии открыть никакого существенного различия между человеком и троглодитом.

Немного о российском опыте борьбе с биологией.

В 1737 году Сигезбек издал свою «Ботанософию», в которой резко выступил против половой системы классификации растений, только что опубликованной Линнеем. Он писал, что «Бог никогда не допустил бы в растительном царстве такого безнравственного факта, как то, что несколько мужей (тычинок) имеют одну жену (пестик). Не следует преподносить учащейся молодёжи подобной нецеломудренной системы». И. Г. Гмелин в письме к Стеллеру от 30 января 1744 года писал: «В Hortus Cliffortianus, а также в Flora Lapponica растения расположены по половой методе. Эта метода уже имела свою fata: г. проф. Сигезбек писал против неё, а Гледич и Броваль защищали Линнея против Сигезбека». mol.gif

В 70х гг 19 в. в лекциях по ботанике на врачебных женских курсах в Петербурге термин тайнобрачные (растения, не имеющие цветков) был исключен из программы как безнравственный. mol.gif
Участник оффлайн! Vadim Sharov
moderator
Россия



 прочитанное сообщение 04.01.2023 07:47     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail  Web-адрес
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #47 множественное цитирование

КОНСТАНТИН МИХАЙЛОВ
ГОРДИЕВ УЗЕЛ В ИСТОРИИ ЭВОЛЮЦИОНИЗМА В XX ВЕКЕ

рецензия на книгу
Единство эволюционной теории в разделенном мире XX века
Год выпуска: 2014
Автор: Э. И. Колчинский
Издательство: Нестор-История
Страниц: 860
ISBN: 978-5-4469-0301-6
Выдержки, полностью https://konstmikh.livejournal.com/175336.html

Книга Колчинского издана в издательстве «Нестор-История» С-П, в  2014 году. Эдуард Израилевич (его, увы, не стало в 2020-м году) – человек известный, питерский. Специалист именно по истории эволюционизма (учения об эволюции), последователь в этом деле К.М.Завадского. По образованию он, впрочем, не биолог (философский факультет С-П гос. унив-та) и хотя всю жизнь плотно общался с биологами-эволюционистами, в самой сути когнитивных развилок  в анализе механизмов эволюции он, прямо скажем (и без обид), не сильно разбирался. Но это и не так важно. В голове Э.И. преобладал исторический модус мышления,  и, как историк, он хорошо «препарировал» социопсихологический и этнопсихологический контекст всех перипетий в «истории борьбы, побед и поражений» тех и других течений в эволюционизме (эти три слова гораздо точнее передают суть происходившего, чем, скажем, слово «развитие учения»), причем, в конкретике имен и конкретике времени. Разбирая всё это (борьбу, победы, поражения) раздельно для  "англо-американского языкового пространства" (часть 2), "русскоязычного пространства" (часть 3)  и "немецкоязычного пространства" (часть 4). Что очень правильно (такое разделение). Части 2 и 4 здесь наиболее интересные (для меня, по крайней мере).


К слову сказать, по поводу «развития» представлений о механизмах эволюции (удерживая в голове,  что «борьба» далеко не всегда есть «развитие»). В 1963 году в США (Сан-Диего, Калифорния) было создано Общество и Институт креационных исследований (очень богатое общество, а связь «денег и музыки» тоже хорошо известна) и вскоре это "новое старое объяснение эволюции" захватило Латинскую Америку, Африку, мусульманский мир, а затем ... (страшно сказать) ... Канаду, Австралию, Новую Зеландию и .... Англию». Так что, как подытоживает Э.И.  на стр. 46,  "в начале 2000-х выяснилось, что только  48% англичан верят, что теория эволюции лучше, чем креационизм, описывает происхождение и развитие жизни на Земле". Это в Англии! - Про США и Канаду, или, скажем, Италию и Испанию,  даже и говорить не будем (сколько процентов).  Впрочем, классический креационизм (когда отрицается  эволюция, т.е. трансформация БО, вообще) – это дело в основном протестанское (снова этнопсихология, социопсихология и т.д. – без этого никуда).  Сознание  европейского католика давно уже приучено к идее эволюции  (Тейяр-де-Шарден и другие), а в православии этому вопросу попросту не уделялось сколь-нибудь значимого внимания (но теперь уделяется:  среди грантов РФФИ ныне есть и гранты по эволюционной теологии, недавно показали). И надеюсь, что даже бёрдвотчеры знают, что «идея эволюции» и «факты эволюции» (гео- и палео- летопись) − это не Дарвин (это задолго до него!). Дарвин – это идея естественного отбора (natural selection на англ. языке), т.е. это идея о механизме  трансформации живого (эволюции) и увеличения разнообразия без апелляции к иррациональному [были и другие идеи «без апелляции» – разные варианты сальтационизма, в том числе в рамках внутренне заложенной в матрицу живого целесообразности развития,  «психогенез» живой материи в контексте  космологии,  номогенез Берга и т.д.]


У Э.И. надо брать  только историческую канву. Здесь он «в своей среде» и отлично показал,  что во всех трёх «языковых пространствах» весь 20-й век шла непримиримая борьба за первенство идей (хотя из пулемета  стреляли не везде) и отлично показаны своего рода социально-политические обстоятельства,  побудившие её направленность. Эти вопросы особенно детально разобраны для Германии 1910-х − 1940-х годов, т.е. как возникала, в конкретике имен и времени,  чисто биологическая (подведены строгие «генетические основания») – концепция расовой гигиены  (евгеника – только частное от общего во всём этом контексте). И какие там имена! Заглядишься. Первым поборником «расовой гигиены» будет, конечно же, великий Эрнст Геккель  (1834—1919). И на эти грабли, биологи (молекулярные), похоже,  готовы наступать неоднократно, – об этом уже пишут Яблонка и Лэмб в своей замечательной книге «Evolution in four dimensions» (Jablobka, Lamb 2005).


Так вот, как же так вдруг с 1940-го по 1960-й год «откристаллизовалась» концепция геноселекционизма (СТЭ), принятая «на ура» почти сразу только в англо-американском языковом пространстве и уже  с большими уклонениями от «правильного» понимания сути геноселекционизма (как пишет Э.И.) в немецком языковом пространстве. [До первой мировой войны именно «немецкое пространство» было однозначным центром мировой науки, и с переоткрытия в Европе «законов Менделя» здесь шёл  гораздо более сложный и запутанный процесс осмысления «фактов генетики», начиная с немалого перевирания  Геккелем «в нужные ему варианты»  текстов Дарвина:  самого Дарвина, т.е. в англ. варианте,  почти никто в Германии и Австрии тогда не читал, да и в России многие биологи тоже долго читали Дарвина в переводах с немецкого]. Не менее со скрипом (и в последствии с отзвуком пулеметных очередей) шел процесс и в русскоязычном пространстве, тесно связанном тогда с немецким (одна и та же культура организации науки − понимание мотива и цели научной деятельности как служения …; стиль отношений между институтами науки и власти и т.д). Всё это подробно (в деталях) описывается автором. В общем, завершая это Введение, подытожим в конкретике времени и имен, как  же всё очень быстро свершилось с «синтезом» дарвинизма и генетизма в англо-американском языковом пространстве, наиболее освобожденным в те годы от очередной мировой (и уж точно «всеевропейской») войны


В 1947 году под эгидой Национального исследовательского совета США в штате Нью-Джерси состоялась конференция, в которой участвовали ученые из Англии и США, "представители самых различных отраслей биологии..." (Mayr, 1980; публикация материалов прошла под редакцией Г.Джепсена, Э.Майра и Дж.Г.Симпсона,− Genetics... 1949).  На этой конференции, совпавшей с 90-летним юбилеем труда Дарвина,  было провозглашено "завершение строительства дарвинизма XX века", получившего название СТЭ («современного синтеза», «нового синтеза» − со слов Джулиана Хаксли). "Казалось что прежние противоречия между специалистами по микро- и макро- эволюции, полевыми исследователями и [лабораторными] экспериментаторами  ушли в прошлое. Все были убеждены, что за 15−20 лет удалось осуществить синтез основных эволюционных идей" (стр. 25).


Однако ко второй половине  1980-х годов отношение к СТЭ в мире уже серьезно изменилось, как заключает Э.И. Мощная критика пошла со стороны  набиравшей силу палеонтологии и снова «от эмбриологии», причем от американской. Гоулд (Gould)  и Элдридж выступили с теорией прерывистого равновесия (по фактам детальной палеолетописи. Если Элдридж был умеренным критиком СТЭ (говорил о "незавершенном синтезе", как и многие у нас из профессуры университетов в 1970-е-1990-е гг.), то Гоулд не стеснялся декларировать  неспособность СТЭ к развитию и её бесплодность в разрешении серьезных эволюционных вопросов. [К слову сказать, когда я был постдоком в Англии, в 1994 г.,  все английские студенты, палеонтологи-позвоночники  в лаборатории  Майка Бентона, исповедовали рисунок и механизмы эволюции по Гоулду и Элдриджу].


Принципиальным оппонентом Гоулда почти по всем вопросам, как отмечает Э.И., здесь выступал Джон Мейнард Смит и впоследствии, соответственно, Р.Докинс, которые довели представления об эволюции в СТЭ уже до откровенной профанации («театр абсурда») в таких вербальных клише как "эволюция генов" (дарвиновский отбор превратился  в "отбор  генов").  Примечательно, что в энциклопедиях, в том числе в Википедии,  Джон Мейнард Смит (как и Райт, Фишер, Холдейн) всегда называется "биологом" и "генетиком" (а можно ещё назвать его этологом, поскольку он применил "теорию игр"  для анализа поведения в его генетических аспектах). Но это, мягко говоря, не совсем точно (и очередной обман поколений студентов). Если Райт и Фишер были только математиками (истоки мат-статистики), то Мейнард Смит был инженером (техником космических аппаратов)  и напросился работать к  Холдейну  (кто был биостатистиком и математиком опять же). Его понимание собственно биологических аспектов живой организации и, в частности, знание  фактов из сектора биологии развития (как и фактов из «жизни животных»)  вряд ли когда-либо было сообразным какому-либо серьёзному уровню.


На этом и закончу. Увы, при всем моем интересе к сей «большой повести» как исторической канве о борьбе «правильной» (генетической)  эволюционистики за свою «расовую чистоту» (аллегория) в XX веке, если переключить регистр восприятия информации в  другой режим (кнопка «содержательность» вместо кнопки «историчность»), то  сразу же приходят в ум слова Эммануила Канта, которые где-то в ниге цитирует и сам автор: "мы живем и умираем" в тюрьме наших концептуальных каркасов".


Еще раз не пожалейте времени и прочтите https://konstmikh.livejournal.com/175336.html
Участник оффлайн! Vadim Sharov
moderator
Россия



 прочитанное сообщение 05.01.2023 10:50     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail  Web-адрес
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #48 множественное цитирование

Библиотека конспектов по эволюционной биологии
Базовая проблематика эволюционной биологии
Реферат по ЭТЭ (эпигенетическая теория эволюции) (30 стр.) по статьям М.А.Шишкина (ПИН РАН), опубликованным с 1984 по 2016 гг.
Скачать
Реферат (52 стр., 22 рис.): регуляция формообразования по ключевой монографии И.И.Шмальгаузена «Организм как целое…»
Скачать
Основной реферат по монографии M. J. West-Eberhard «Developmental Plasticity and Evolution» (OUP, 2003, 794 p.) (90 стр., с илл.). Траектории морфогенеза, роль морфогенетической изменчивости
Скачать
Сборник «Alternative Life History Styles» (1989, 40 стр., с илл.). Переход к идеям ЭТЭ на западе в 1980-е годы (ключевые статьи, оглавление, список монографий по Developmental Plasticity)
Скачать

Поведенческие тактики выживания и их роль в эволюции
Роль поведения на основе обучения (LEARNING) (37 стр., с илл.), в примерах, по монографии West-Eberhard
Скачать
Концепция адаптивной радиации (adaptive radiation) (30 стр . с илл.,) в примерах, по монографии West-Eberhard
Скачать
Разбор статьи палеонтолога Д. Петерса (D. S. Peters) «Behavior plus “Pathology” — the Origin of Adaptations?»
Скачать
Вводная статья и первая глава (автор H. Plotkin) к сборнику «The Role of Behavior in Evolution», 1988 (13 стр,)
Скачать

Проблема вида и границ видов (species limits) у высших позвоночных:
Анализ обзорных статей сторонников БКВ по проблеме вида и видообразованию у птиц за последние 10 лет: (69 стр.)
Скачать
Анализ «модельной» статьи по практике разграничения видов («вид vs подвид») на примере в сложных комплексов популяций певчих птиц Сино-Гималайской области (по обзорной статье Martens et al.
Скачать


Конспекты по биологии птиц (семейства мировой авифауны)
Введение к конспектам (что вошло в конспекты, принципы их построения)
Скачать
Семейство дроздовые (TURDIDAE)
Скачать
Семейство вьюрковые (FRINGILLIDAE)
Скачать
Семейство врановые (CORVIDAE)
Скачать
Семейство крапивниковые (TROGLODITYDAE)
Скачать
Семейство тимелиевые (TIMALIIDAE)
Скачать

Скачать вы сможете, обратившись по ссылке: https://www.paleo.ru/institute/scientific_work/review/
Участник оффлайн! Vadim Sharov
moderator
Россия



 прочитанное сообщение 05.02.2023 04:07     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail  Web-адрес
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #49 множественное цитирование

Голожаберные моллюски — группа морских брюхоногих с броской внешностью. Среди их уникальных способностей — так называемая клептокнидия, то есть «‎заимствование» стрекательных клеток у полипов, которых эти моллюски поедают. В своей новой статье российские зоологи разобрались в тонкостях этого необычного явления.
Среди причудливых и очень разнообразных представителей типа моллюски (мягкотелые) выделяются голожаберные (Nudibranchia) — морские беспозвоночные, которые обычно живут на дне и имеют завораживающий внешний вид — из-за причудливой яркой окраски. В процессе эволюции эти родичи улиток потеряли раковину и большую часть мантии — важной части тела большинства моллюсков. Взамен они приобрели крупные выросты на поверхности тела — вторичные (кожные) жабры, которые часто имеют яркую окраску.
А еще голожаберные моллюски примечательны способностью воровать у других животных компоненты их стрекательных клеток. Жертвами «преступления» оказываются полипы, представители типа книдарии, из которых они извлекают «‎ядовитое оружие».
«‎Процесс отбора стрекательных капсул называется клептокнидией (от греческого «‎воровать» и латинского «‎стрекающий». — Прим. ред.): голожаберный моллюск питается стрекающими кишечнополостными (книдариями), полностью переваривает их мягкие ткани, кроме стрекательных капсул — книд или нематоцист, с помощью которых книдарии и добывают себе еду и защищаются от врагов. В дальнейшем непереваренные стрекательные капсулы накапливаются моллюском в особых мешочках (книдосаках) и при опасности используются им для собственной защиты‎», — рассказала Naked Science Ирина Екимова, кандидат биологических наук и старший научный сотрудник кафедры зоологии беспозвоночных биологического факультета МГУ им. М. В. Ломоносова. Она стала первым автором новой публикации в журнале Frontiers in Zoology.
https://frontiersinzoology.biomedcentral.co...983-022-00474-9

Подробный реферат статьи на русском и фото см. https://naked-science.ru/article/biology/cleptocnidia

Поздравляем российских авторов с отличной работой! - ВШ
Участник оффлайн! Vadim Sharov
moderator
Россия



 прочитанное сообщение 09.03.2023 22:10     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail  Web-адрес
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #50 множественное цитирование

Анализ 356 древних геномов от верхнего палеолита до позднего неолита принес новую информацию об охотниках-собирателях Европы. Теперь известно, что популяции граветтской культуры были генетически разнородными, что последний ледниковый максимум удалось пережить только в климатическом убежище в Юго-Западной Европе, что охотники-собиратели Западной и Восточной Европы только 8 тысяч лет назад начали смешиваться друг с другом и сильно отличались по внешности...
Ни у кого из охотников-собирателей не обнаружили аллель толерантности к лактозе, что понятно, так как появление этого аллеля связано с возникновением молочного скотоводства. В группах западных охотников-собирателей высокой частоты (>90%) достиг аллель HERC2/OCA2 (rs12913832), который обеспечивает голубой или зеленый цвет глаз. У восточных охотников-собирателей частота этого аллеля составляла 10-25%. С двумя аллелями, отвечающими за светлую кожу SLC24A5 (rs1426654) и SLC45A2 (rs16891982) ситуация обратная — они с высокой частотой имелись у восточных охотников-собирателей, а у западных встречались крайне редко. Иными словами, западные охотники-собиратели преимущественно были смуглыми и голубоглазыми, а восточные — светлокожими и темноглазыми.
https://pcr.news/novosti/paleogenetiki-izuc...ov-sobirateley/
Posth et al. Palaeogenomics of Upper Palaeolithic to Neolithic European hunter-gatherers // Nature. 2023. 10.1038/s41586-023-05726-0

*




Кнопка "Транслит" перекодирует
текст из транслита в кирилицу.
Правила перекодировки здесь;
текст в квадратных скобках'[]'
не преобразуется.
Имя:

 преобразовывать смайлики · показать смайлики
Назначение кнопок:

   Поблагодарить автора сообщения — поблагодарить автора
   Удалить сообщение — удалить
   Редактировать сообщение — редактировать
   Поместить сообщение в колонку новостей — поместить в колонку новостей
   Цитировать — цитировать сообщение
   не входит в цитирование/входит в цитирование — цитировать несколько
   Отметить СПАМ-сообщение — обозначить спам
   Сообщение для модератора — связь с модератором
   Участник онлайн!/Участник оффлайн! — автор онлайн/оффлайн
   Фотография — фотография автора

   - остальные обозначения -
 
   *
« Предыдущая тема · Конференции · Следующая тема »
Быстрый ответДобавить сообщение в темуСоздать новую тему

Rambler   molbiol.ru - методы, информация и программы для молекулярных биологов              

 ·  Викимарт - все интернет-магазины в одном месте  ·  Доска объявлений Board.com.ua  · 
--- сервер арендован в компании Hetzner Online, Германия ---
--- администрирование сервера: Intervipnet ---

Хеликон · Диаэм · ИнтерЛабСервис · Beckman Coulter · SkyGen · ОПТЭК · BIOCAD · Евроген · Синтол · БиоЛайн · Sartorius · Химэксперт · СибЭнзим · Tecan · Даниес · НПП "ТРИС" · Биалекса · ФизЛабПрибор · Genotek · АТГ Сервис Ген · Биоген-Аналитика
Ваш форум  ·  redactor@molbiol.ru  ·  реклама  ·  Дата и время: 25.05.24 23:41
Bridged By IpbWiki: Integration Of Invision Power Board and MediaWiki © GlobalSoft