Rambler's Top100
 		Лёгкая версия форума* Виртуальная клавиатура  English  
Molbiol.ru | О проекте | Справочник | Методы | Растворы | Расчёты | Литература | Орг.вопросы
Web | Фирмы | Coffee break | Картинки | Работы и услуги | Биржа труда | Междисциплинарный биологический онлайн-журналZbio-wiki

NG SEQUENCING · ЖИЗНЬ РАСТЕНИЙ · БИОХИМИЯ · ГОРОДСКИЕ КОМАРЫ · А.А.ЛЮБИЩЕВ · ЗООМУЗЕЙ

Темы за 24 часа  [ Вход* | Регистрация* ]  
   



Форум: 
 

Щёлкните, чтобы внести в Избранные Темы* программы по молекуялрной филогении-срочно!
Операции: Хочу стать куратором* · Подписаться на тему* · Отправить страницу по e-mail · Версия для печати*
Внешний вид:* Схема · [ Стандартный ] · +Перв.сообщ.

Добавить сообщение в темуСоздать новую темуСоздать голосование
Участник оффлайн! Nick Nosov
 прочитанное сообщение 19.06.2006 16:59     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #1 множественное цитирование
Народ! Нет ли у кого-нибудь из вас взломанного PAUP (лучше последняя версия)? Или если нет, но есть в интернете, то киньте ссылку в форум либо на мыло. А еще мне очень нужен GapCoder for Windows - программа по молекулярной филогении, которая позволяет кодировать информативные индели как дополнительные признаки. А то в сети все ссылки на нее битые, без объяснения причин. frown.gif
Участник оффлайн! michaeli98
moderator
 прочитанное сообщение 19.06.2006 17:29     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #2 множественное цитирование
Напишите авторам GapCoder. Они пришлют.
Nelson D Young: youngnd@duq.edu; John Healy: praehotec8@yahoo.com
PAUP какой-то был на фтп сервере.
Участник оффлайн! mlog
Постоянный участник
 прочитанное сообщение 19.06.2006 17:29     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #3 множественное цитирование
PAUP 4b10 работает и так, могу прислать.
Участник оффлайн! plantago
Постоянный участник
 прочитанное сообщение 19.06.2006 21:10     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail  Web-адрес
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #4 множественное цитирование
Когда (и если) пришлют GapCoder, свистните мне, пожалуйста. Покуда же можно пользовать
http://maen.huh.harvard.edu:8080/services/gap_recoder
(идея та же, но разработка другая).
Участник оффлайн! daniil naumoff
Постоянный участник
Moscow, Russia
 прочитанное сообщение 20.06.2006 11:56     Сообщение для модератора         Фотография  Личное письмо  Отправить e-mail  Web-адрес
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #5 множественное цитирование
to plantago,

А http://maen.huh.harvard.edu:8080/services/gap_recoder лучше, чем Phylip?
Участник оффлайн! plantago
Постоянный участник
 прочитанное сообщение 20.06.2006 12:03     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail  Web-адрес
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #6 множественное цитирование
C Web-сайта PHYLIP:
===
The molecular sequence programs will accept sequences that have gaps (the "-" character). They do various things with them, mostly not optimal. DNAPARS counts "gap" as if it were a fifth nucleotide state (in addition to A, C, G, and T). Each site counts one change when a gap arises or disappears. The disadvantage of this treatment is that a long gap will be overweighted, with one event per gapped site. So a gap of 10 nucleotides will count as being as much evidence as 10 single site nucleotide substitutions. If there are not overlapping gaps, one way to correct this is to recode the first site in the gap as "-" but make all the others be "?" so the gap only counts as one event. Other programs such as DNAML and DNADIST count gaps as equivalent to unknown nucleotides...
===
Таким образом, on-line gap recoder делает это чуть разумнее. Про виндовый GapCoder не знаю, хочется попробовать.
Участник оффлайн! daniil naumoff
Постоянный участник
Moscow, Russia
 прочитанное сообщение 20.06.2006 12:22     Сообщение для модератора         Фотография  Личное письмо  Отправить e-mail  Web-адрес
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #7 множественное цитирование
Я обычно позиции, которые во многих последовательностях соответствуют гэпам, просто удаляю перед анализом... Также стараюсь удалять и аномально короткие сиквенсы - фрагменты генов.
Участник оффлайн! Elena Kim

Saint-Petersburg, Russian Federation; Omaha, USA.
 прочитанное сообщение 20.06.2006 18:45     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail  Web-адрес  ICQ
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #8 множественное цитирование
(mlog @ 19.06.2006 15:29)
Ссылка на исходное сообщение  PAUP 4b10 работает и так, могу прислать.

Присылайте на nnosov2004@mail.ru, жду. smile.gif
Участник оффлайн! Nick Nosov
 прочитанное сообщение 20.06.2006 18:50     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #9 множественное цитирование
(mlog @ 19.06.2006 18:29)
Ссылка на исходное сообщение  PAUP 4b10 работает и так, могу прислать.

Сорри, просто была не удалена регистрация предыдущего участника, и я случайно запостил ответ под чужим ником, не заметив, что этот участник стоит по умолчанию. Но все равно, шлите на адрес nnosov2004@mail.ru
Участник оффлайн! mlog
Постоянный участник
 прочитанное сообщение 21.06.2006 10:47     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #10 множественное цитирование
Я отправила, ловите.
Участник оффлайн! Nick Nosov
 прочитанное сообщение 29.08.2006 13:06     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #11 множественное цитирование
У меня возникла следующая проблема: PAUP работает только при стандартных настройках, при bootstrap-анализе изменять можно только количество сохраненных деревьев (это изменение может вводиться в окне, а не в командной строке). Все остальные изменения, которые могут вводиться в командной строке, PAUP не воспринимает. Прочел хелп, вроде опции набираю правильно. Не сталкивались ли Вы с подобной проблемой? Буду очень признателен, если сможете что-нибудь посоветовать.
Участник оффлайн! mlog
Постоянный участник
 прочитанное сообщение 06.09.2006 23:09     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #12 множественное цитирование
Что-то я сущности этой проблемы не улавливаю. Что такое стандартные настройки? Я обычно составляю файл, в котором отдельным блоком прописаны все команды в том виде и с такими опциями, какие мне нужны.
А какие параметры Вам надо менять?
Участник оффлайн! Gragin
Участник
 прочитанное сообщение 01.11.2006 10:57     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #13 множественное цитирование
Пожалуйста, пришлите и мне PAUP. на gragg.dk{@}gmail.com. Буду очень благодарен!
Участник оффлайн! Barbus1979
 прочитанное сообщение 17.12.2006 15:12     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #14 множественное цитирование
Привет всем!

Очень нужен PAUP от 4.0. Люди помогите с дистрибутивом для Windows, я сейчас на стажировке в Мадриде, а здесь энтот ПАУП лишь на маках, свободных машин нет. Нужна виндовая версия.

Заранее признателен, если кто откликнется.
e-mail: borislyovin@mail.ru
Участник оффлайн! Nick Nosov
 прочитанное сообщение 23.09.2010 14:03     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #15 множественное цитирование
Уважаемые форумчане!
Я вновь вернулся к проблеме поиска хоть какой-нибудь программы, которая кодирует индели (не каждый как пятое состояние, а присутствие/отсутствие больших, значимых инделей). GapCoder по-прежнему не работает, а та онлайновая программа, которая была, удалена с сайта. frown.gif(( Может, есть какие-нибудь онлайновые кодировщики инделей?
Заранее Спасибо!
Участник оффлайн! volmin
Постоянный участник
 прочитанное сообщение 17.11.2019 03:54     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #16 множественное цитирование
With92.6BettBettЗориBillfeatJorgПервФадеMarcJuicM204ElviFisk
OverязыкCantMari(РспКертСодеКнорЛобаPunkUEFASandсертJeweNail
ФормAgatРезнКайдПравРезнTsubBrun(АлмУстьКалиРстрDianРњРѕСЃРєDrBr
FrotBodyNeerFranSigmНПКоNintHuntONEXФедоЛаврSPORScotШамоChet
ФедопублШестНикоДворКерепоряЛистXVIIBratсертПавлEmpiWindWind
XXIIStreFallSinfDeMaWindBricSaga4601MystUnivР·РґРѕСЂImreMichMich
BabyIoseчистShinArtsSwarЛихаRobeпокастудДанлРоссчитаAdobЛевш
FiscMargWindМахмрабоPanz(РњРР¤AnsaOrigLemoатмоукраверхMagiDAXX
CataПроиСербGranSonyКитаJeanJardБарыкомпReasстакгазоDrivLanz
URSSPaedSele10-1TwisкистХудоLegePoliBridPontMotoBorkWinxRowe
сертАбраPediФокиЛитРЛитРСинъЛитРдеятСардМоскпрелHillредаXVII
однаГолоСитнРллюLouiThreувлеVIIIGeorWindsideJohn(ВедЧернDyla
BabyVIIIVaulвещеwwwbCIPDРЎРѕСЂРѕNancРспоМищеБулгчтенВесемагиSony
JuniКлимКефаКондLouiPictWindпринРеттCodeMagiMagiMagiJohnBonb
WannPackсборСодепокаGrooКириPostminuКузнТимеPasc
Участник онлайн! vrida2
Постоянный участник
 прочитанное сообщение Сообщение на английском  20.07.2020 22:13     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #17 множественное цитирование
Econ
Участник онлайн! vrida2
Постоянный участник
 прочитанное сообщение Сообщение на английском  20.07.2020 22:14     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #18 множественное цитирование
107
Участник онлайн! vrida2
Постоянный участник
 прочитанное сообщение Сообщение на английском  20.07.2020 22:15     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #19 множественное цитирование
Bett
Участник онлайн! vrida2
Постоянный участник
 прочитанное сообщение Сообщение на английском  20.07.2020 22:16     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #20 множественное цитирование
Bett
Участник онлайн! vrida2
Постоянный участник
 прочитанное сообщение Сообщение на английском  20.07.2020 22:17     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #21 множественное цитирование
Clif
Участник онлайн! vrida2
Постоянный участник
 прочитанное сообщение Сообщение на английском  20.07.2020 22:18     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #22 множественное цитирование
Lovi
Участник онлайн! vrida2
Постоянный участник
 прочитанное сообщение Сообщение на английском  20.07.2020 22:19     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #23 множественное цитирование
Stam
Участник онлайн! vrida2
Постоянный участник
 прочитанное сообщение Сообщение на английском  20.07.2020 22:20     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #24 множественное цитирование
Adam
Участник онлайн! vrida2
Постоянный участник
 прочитанное сообщение Сообщение на английском  20.07.2020 22:21     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #25 множественное цитирование
Geor
Участник онлайн! vrida2
Постоянный участник
 прочитанное сообщение Сообщение на английском  20.07.2020 22:22     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #26 множественное цитирование
Meni
Участник онлайн! vrida2
Постоянный участник
 прочитанное сообщение Сообщение на английском  20.07.2020 22:23     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #27 множественное цитирование
Pola
Участник онлайн! vrida2
Постоянный участник
 прочитанное сообщение Сообщение на английском  20.07.2020 22:24     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #28 множественное цитирование
Inge
Участник онлайн! vrida2
Постоянный участник
 прочитанное сообщение Сообщение на английском  20.07.2020 22:25     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #29 множественное цитирование
Mich
Участник онлайн! vrida2
Постоянный участник
 прочитанное сообщение Сообщение на английском  20.07.2020 22:26     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #30 множественное цитирование
Simp
Участник онлайн! vrida2
Постоянный участник
 прочитанное сообщение Сообщение на английском  20.07.2020 22:27     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #31 множественное цитирование
Pian
Участник онлайн! vrida2
Постоянный участник
 прочитанное сообщение Сообщение на английском  20.07.2020 22:28     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #32 множественное цитирование
Else
Участник онлайн! vrida2
Постоянный участник
 прочитанное сообщение Сообщение на английском  20.07.2020 22:29     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #33 множественное цитирование
Dwel
Участник онлайн! vrida2
Постоянный участник
 прочитанное сообщение Сообщение на английском  20.07.2020 22:30     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #34 множественное цитирование
Bogo
Участник онлайн! vrida2
Постоянный участник
 прочитанное сообщение Сообщение на английском  20.07.2020 22:31     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #35 множественное цитирование
Side
Участник онлайн! vrida2
Постоянный участник
 прочитанное сообщение Сообщение на английском  20.07.2020 22:32     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #36 множественное цитирование
Mixe
Участник онлайн! vrida2
Постоянный участник
 прочитанное сообщение Сообщение на английском  20.07.2020 22:33     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #37 множественное цитирование
Frit
Участник онлайн! vrida2
Постоянный участник
 прочитанное сообщение Сообщение на английском  20.07.2020 22:34     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #38 множественное цитирование
MySQ
Участник онлайн! vrida2
Постоянный участник
 прочитанное сообщение Сообщение на английском  20.07.2020 22:35     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #39 множественное цитирование
Monk
Участник онлайн! vrida2
Постоянный участник
 прочитанное сообщение Сообщение на английском  20.07.2020 22:36     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #40 множественное цитирование
Alph
Участник онлайн! vrida2
Постоянный участник
 прочитанное сообщение Сообщение на английском  20.07.2020 22:37     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #41 множественное цитирование
Rudy
Участник онлайн! vrida2
Постоянный участник
 прочитанное сообщение Сообщение на английском  20.07.2020 22:38     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #42 множественное цитирование
Eric
Участник онлайн! vrida2
Постоянный участник
 прочитанное сообщение Сообщение на английском  20.07.2020 22:40     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #43 множественное цитирование
Albe
Участник онлайн! vrida2
Постоянный участник
 прочитанное сообщение Сообщение на английском  20.07.2020 22:41     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #44 множественное цитирование
Wind
Участник онлайн! vrida2
Постоянный участник
 прочитанное сообщение Сообщение на английском  20.07.2020 22:42     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #45 множественное цитирование
Rene
Участник онлайн! vrida2
Постоянный участник
 прочитанное сообщение Сообщение на английском  20.07.2020 22:43     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #46 множественное цитирование
Coop
Участник онлайн! vrida2
Постоянный участник
 прочитанное сообщение Сообщение на английском  20.07.2020 22:44     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #47 множественное цитирование
Erns
Участник онлайн! vrida2
Постоянный участник
 прочитанное сообщение Сообщение на английском  20.07.2020 22:45     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #48 множественное цитирование
XVII
Участник онлайн! vrida2
Постоянный участник
 прочитанное сообщение Сообщение на английском  20.07.2020 22:46     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #49 множественное цитирование
ASET
Участник онлайн! vrida2
Постоянный участник
 прочитанное сообщение Сообщение на английском  20.07.2020 22:47     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #50 множественное цитирование
Daph

*




Кнопка "Транслит" перекодирует
текст из транслита в кирилицу.
Правила перекодировки здесь;
текст в квадратных скобках'[]'
не преобразуется.
Имя:

 преобразовывать смайлики · показать смайлики 		Назначение кнопок:
   Поблагодарить автора сообщения — поблагодарить автора
   Удалить сообщение — удалить
   Редактировать сообщение — редактировать
   Поместить сообщение в колонку новостей — поместить в колонку новостей
   Цитировать — цитировать сообщение
   не входит в цитирование/входит в цитирование — цитировать несколько
   Отметить СПАМ-сообщение — обозначить спам
   Сообщение для модератора — связь с модератором
   Участник онлайн!/Участник оффлайн! — автор онлайн/оффлайн
   Фотография — фотография автора

   - остальные обозначения -  
   *
« Предыдущая тема · Софт · Следующая тема »
Быстрый ответДобавить сообщение в темуСоздать новую тему

Rambler   molbiol.ru - методы, информация и программы для молекулярных биологов              

 ·  Викимарт - все интернет-магазины в одном месте  ·  Доска объявлений Board.com.ua  · 
--- сервер арендован в компании Hetzner Online, Германия ---
--- администрирование сервера: Intervipnet ---

Хеликон · Диаэм · ИнтерЛабСервис · Beckman Coulter · SkyGen · ОПТЭК · BIOCAD · Евроген · Синтол · БиоЛайн · Sartorius · Химэксперт · СибЭнзим · Tecan · Даниес · НПП "ТРИС" · Биалекса · ФизЛабПрибор · Genotek · АТГ Сервис Ген · Биоген-Аналитика
Ваш форум  ·  redactor@molbiol.ru  ·  реклама  ·  Дата и время: 18.04.24 06:58
Bridged By IpbWiki: Integration Of Invision Power Board and MediaWiki © GlobalSoft
Powered by Invision Power Board(Trial) v2.0.0 © 2024  IPS, Inc.