Molbiol.ru | О проекте | Справочник | Методы | Растворы | Расчёты | Литература | Орг.вопросы Web | Фирмы | Coffee break | Картинки | Работы и услуги | Биржа труда | Zbio-wiki NG SEQUENCING · ЖИЗНЬ РАСТЕНИЙ · БИОХИМИЯ · ГОРОДСКИЕ КОМАРЫ · А.А.ЛЮБИЩЕВ · ЗООМУЗЕЙ Темы за 24 часа [ Вход* | Регистрация* ] Форум: | |
Nick Nosov |
|
michaeli98 moderator |
Nelson D Young: youngnd@duq.edu; John Healy: praehotec8@yahoo.com PAUP какой-то был на фтп сервере. |
mlog Постоянный участник |
|
plantago Постоянный участник |
(идея та же, но разработка другая). |
daniil naumoff Постоянный участник Moscow, Russia |
А |
plantago Постоянный участник |
=== The molecular sequence programs will accept sequences that have gaps (the "-" character). They do various things with them, mostly not optimal. DNAPARS counts "gap" as if it were a fifth nucleotide state (in addition to A, C, G, and T). Each site counts one change when a gap arises or disappears. The disadvantage of this treatment is that a long gap will be overweighted, with one event per gapped site. So a gap of 10 nucleotides will count as being as much evidence as 10 single site nucleotide substitutions. If there are not overlapping gaps, one way to correct this is to recode the first site in the gap as "-" but make all the others be "?" so the gap only counts as one event. Other programs such as DNAML and DNADIST count gaps as equivalent to unknown nucleotides... === Таким образом, on-line gap recoder делает это чуть разумнее. Про виндовый GapCoder не знаю, хочется попробовать. |
daniil naumoff Постоянный участник Moscow, Russia |
|
Elena Kim Saint-Petersburg, Russian Federation; Omaha, USA. |
(mlog @ 19.06.2006 15:29) Присылайте на nnosov2004@mail.ru, жду. |
Nick Nosov |
(mlog @ 19.06.2006 18:29) Сорри, просто была не удалена регистрация предыдущего участника, и я случайно запостил ответ под чужим ником, не заметив, что этот участник стоит по умолчанию. Но все равно, шлите на адрес nnosov2004@mail.ru |
mlog Постоянный участник |
|
Nick Nosov |
|
mlog Постоянный участник |
А какие параметры Вам надо менять? |
Gragin Участник |
|
Barbus1979 |
Очень нужен PAUP от 4.0. Люди помогите с дистрибутивом для Windows, я сейчас на стажировке в Мадриде, а здесь энтот ПАУП лишь на маках, свободных машин нет. Нужна виндовая версия. Заранее признателен, если кто откликнется. e-mail: borislyovin@mail.ru |
Nick Nosov |
Я вновь вернулся к проблеме поиска хоть какой-нибудь программы, которая кодирует индели (не каждый как пятое состояние, а присутствие/отсутствие больших, значимых инделей). GapCoder по-прежнему не работает, а та онлайновая программа, которая была, удалена с сайта. (( Может, есть какие-нибудь онлайновые кодировщики инделей? Заранее Спасибо! |
vrida2 Постоянный участник |
|
vrida2 Постоянный участник |
|
vrida2 Постоянный участник |
|
vrida2 Постоянный участник |
|
vrida2 Постоянный участник |
|
vrida2 Постоянный участник |
|
vrida2 Постоянный участник |
|
vrida2 Постоянный участник |
|
vrida2 Постоянный участник |
|
vrida2 Постоянный участник |
|
vrida2 Постоянный участник |
|
vrida2 Постоянный участник |
|
vrida2 Постоянный участник |
|
vrida2 Постоянный участник |
|
vrida2 Постоянный участник |
|
vrida2 Постоянный участник |
|
vrida2 Постоянный участник |
|
vrida2 Постоянный участник |
|
vrida2 Постоянный участник |
|
vrida2 Постоянный участник |
|
vrida2 Постоянный участник |
|
vrida2 Постоянный участник |
|
vrida2 Постоянный участник |
|
vrida2 Постоянный участник |
|
vrida2 Постоянный участник |
|
vrida2 Постоянный участник |
|
vrida2 Постоянный участник |
|
vrida2 Постоянный участник |
|
vrida2 Постоянный участник |
|
vrida2 Постоянный участник |
|
vrida2 Постоянный участник |
|
vrida2 Постоянный участник |
|
vrida2 Постоянный участник |
|
vrida2 Постоянный участник |
|
« Предыдущая тема · Софт · Следующая тема » |