Rambler's Top100
Лёгкая версия форума* Виртуальная клавиатура  English  
Molbiol.ru | О проекте | Справочник | Методы | Растворы | Расчёты | Литература | Орг.вопросы
Web | Фирмы | Coffee break | Картинки | Работы и услуги | Биржа труда | Междисциплинарный биологический онлайн-журналZbio-wiki

NG SEQUENCING · ЖИЗНЬ РАСТЕНИЙ · БИОХИМИЯ · ГОРОДСКИЕ КОМАРЫ · А.А.ЛЮБИЩЕВ · ЗООМУЗЕЙ


Темы за 24 часа  [ Вход* | Регистрация* ]  
   



Форум: 
 

Щёлкните, чтобы внести в Избранные Темы* Изоляция отдельных хромосом из геномной ДНК (не метафазных)
ИнтерЛабСервис - передовые технологии молекулярной диагностики
Операции: Хочу стать куратором* · Подписаться на тему* · Отправить страницу по e-mail · Версия для печати*
Внешний вид:* Схема · [ Стандартный ] · +Перв.сообщ.


 
Добавить сообщение в темуСоздать новую темуСоздать голосование
Участник оффлайн! dimi4
Участник



 прочитанное сообщение 19.10.2012 10:39     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #1 множественное цитирование

Собственно имеется геномная ДНК, выделеная и очищенная стандартно (фенол, спиртик). Есть необходимость выцепить отдельную хромосому, можно немного порушенную.
Есть ли методы как это сделать, например гибридизацией специфичного зонда 50 и более bp, с каким-нибудь тагом.
Участник оффлайн! Andrew
Постоянный участник
Москва



 прочитанное сообщение 19.10.2012 11:04     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail  Web-адрес
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #2 множественное цитирование

Попробуйте нанести вашу ДНКу на форез и оценить молекулярную массу получившихся фрагментов. Бессмысленность затеи станет сразу же очевидна. frown.gif
Guest
IP-штамп: fr45uHVgO7WZ2
гость



 прочитанное сообщение 19.10.2012 11:21     Сообщение для модератора       
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #3 множественное цитирование

(dimi4 @ 19.10.2012 10:39)
Ссылка на исходное сообщение  Собственно имеется геномная ДНК, выделеная и очищенная стандартно (фенол, спиртик). Есть необходимость выцепить отдельную хромосому, можно немного порушенную.
  Есть ли методы как это сделать, например гибридизацией специфичного зонда 50 и более бп, с каким-нибудь тагом.


биотин-олиги на всю хромосому - потом стрептавидин магнитные шарики
но дорого выйдет smile.gif
Участник оффлайн! dimi4
Участник



 прочитанное сообщение 19.10.2012 11:54     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #4 множественное цитирование

Немного упростим задачу. С хромосомой я конечно загнул, для начала удовлетворят 100-200 kb.
Про форез не догнал, то что в агарозе геномка бежит на уровне 100kb скажем (не уверен), совсем ничего не говорит о степени ее деградации. В конце концов есть пульс-элктрофорез. Да и не собирался я гнать это все в гелях. Гибридизовать, хватать за метку и на сиквенс.

Биотин олиги, вот мне и хочется одним олигом выцепить как можно больше.
Guest
IP-штамп: fr45uHVgO7WZ2
гость



 прочитанное сообщение 19.10.2012 11:59     Сообщение для модератора       
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #5 множественное цитирование

(dimi4 @ 19.10.2012 11:54)
Ссылка на исходное сообщение  Немного упростим задачу. С хромосомой я конечно загнул, для начала удовлетворят 100-200 кб.
  Про форез не догнал, то что в агарозе геномка бежит на уровне 100кб скажем (не уверен), совсем ничего не говорит о степени ее деградации. В конце концов есть пульс-элктрофорез. Да и не собирался я гнать это все в гелях. Гибридизовать, хватать за метку и на сиквенс.

  Биотин олиги, вот мне и хочется одним олигом выцепить как можно больше.


100-200 бп не более - так что крушите свою хромосому до мелких кусочков smile.gif
Guest
IP-штамп: fr45uHVgO7WZ2
гость



 прочитанное сообщение 19.10.2012 12:04     Сообщение для модератора       
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #6 множественное цитирование

(dimi4 @ 19.10.2012 11:54)
Ссылка на исходное сообщение  Немного упростим задачу. С хромосомой я конечно загнул, для начала удовлетворят 100-200 кб.
  Про форез не догнал, то что в агарозе геномка бежит на уровне 100кб скажем (не уверен), совсем ничего не говорит о степени ее деградации. В конце концов есть пульс-элктрофорез. Да и не собирался я гнать это все в гелях. Гибридизовать, хватать за метку и на сиквенс.

  Биотин олиги, вот мне и хочется одним олигом выцепить как можно больше.


какое обогащение планируете 10, 100 раз ?
Guest
IP-штамп: fr45uHVgO7WZ2
гость



 прочитанное сообщение 19.10.2012 12:07     Сообщение для модератора       
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #7 множественное цитирование

(dimi4 @ 19.10.2012 11:54)
Ссылка на исходное сообщение  Немного упростим задачу. С хромосомой я конечно загнул, для начала удовлетворят 100-200 кб.
  Про форез не догнал, то что в агарозе геномка бежит на уровне 100кб скажем (не уверен), совсем ничего не говорит о степени ее деградации. В конце концов есть пульс-элктрофорез. Да и не собирался я гнать это все в гелях. Гибридизовать, хватать за метку и на сиквенс.

  Биотин олиги, вот мне и хочется одним олигом выцепить как можно больше.


может проще 10 лонг ПЦР сделать ?
Участник оффлайн! Andrew
Постоянный участник
Москва



 прочитанное сообщение 19.10.2012 12:48     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail  Web-адрес
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #8 множественное цитирование

(dimi4 @ 19.10.2012 09:54)
Ссылка на исходное сообщение  Немного упростим задачу. С хромосомой я конечно загнул, для начала удовлетворят 100-200 kb.
  Про форез не догнал, то что в агарозе геномка бежит на уровне 100kb скажем (не уверен), совсем ничего не говорит о степени ее деградации. В конце концов есть пульс-элктрофорез. Да и не собирался я гнать это все в гелях. Гибридизовать, хватать за метку и на сиквенс.

  Биотин олиги, вот мне и хочется одним олигом выцепить как можно больше.


Вот как раз на пульс-форезе вы и увидите, что выделенная таким образом геномка едва ли превышает 100 кб (в лучшем случае). Чтобы получить более высокомолекулярную ДНК используют совсем другие методы выделения.
Участник оффлайн! xenopus
Постоянный участник
Moscow



 прочитанное сообщение 19.10.2012 12:55     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #9 множественное цитирование

Фенол и спиртик - там от Вашей хромосомы остались, извините, уши от андрюши. Если нужна целая хромосома - это лизис в агарозе и пульс-форез. Если физически целая хромосома не нужна, то можно прогулку по хромосоме сделать. Цель-то какая? NGS?
Guest
IP-штамп: frF63nlCtDizk
гость



 прочитанное сообщение 19.10.2012 16:33     Сообщение для модератора       
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #10 множественное цитирование

лазерная диссекция
или сходите на вебминар http://molbiol.ru/forums/index.php?showtopic=517045#1355404
Участник оффлайн! RNK
Постоянный участник
СССР



 прочитанное сообщение 20.10.2012 21:42     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #11 множественное цитирование

думаю, что выделить отдельные фрагменты конкретной хромосомы невозможно после выделения тотальной ДНК.
ДНК фрагментируется в каждом случае по разному и хромосома в этой ДНК, представляет собой набор очень разной длины разорванной в очень разных местах.

Надо сортировать хромосомы и потом выделять ДНК из этого.

Всего благодарностей: 1Поблагодарили (1): -Ъ-
Участник оффлайн! -Ъ-
Постоянный участник
Москва



 прочитанное сообщение 20.10.2012 23:28     Сообщение для модератора         Личное письмо
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #12 множественное цитирование

А я бы предложил сделать коктейль из лонг-ПЦР продуктов, покрывающих всю хромосому.
Но "изоляция отдельных хромосом из геномной ДНК (пусть даже метафазных) - это жесть, пардон. eek.gif полная ... shuffle.gif
guest: ммм
IP-штамп: frQlBxj4iQSg.
гость



 прочитанное сообщение 21.10.2012 08:59     Сообщение для модератора       
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #13 множественное цитирование

из метафазных не проблема, есть хромосомный зонд им красят, потом грубо очищают хромосомы центрифугированием в глицерине а потом на проточник. Но это на словах просто а так высший пилотах. А из фенольного супа выделять целиком всю хромосому абсолютная безнадега, какую-то последовательность не длинную можно а целиком и с гарантией - это физически не возможно.
Участник оффлайн! dimi4
Участник



 прочитанное сообщение 22.10.2012 06:58     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #14 множественное цитирование

Немного про саму задачу.
Это поиск снипов, либо других мутаций после мутагенеза и скрининга у мушек. Там определяется примерный район, примерно 100kb, плюс минус. Есть желание вытащить этот район зондом и на NGS.

Long PCR как-то не прижился. Точнее сказать до NGS, сейчас может и достаточно дешево будет все прочитать.

Насколько мне видится одна из проблем (опуская качество ДНК), это гибридизация зонда, подобрать условия чтобы и зонд сел, и геномка не сильно друг на друга залипла.
guest: ммм
IP-штамп: frQlBxj4iQSg.
гость



 прочитанное сообщение 22.10.2012 07:23     Сообщение для модератора       
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #15 множественное цитирование

Делайте баковую библиотеку и вперед дот гибридизацией.
Guest
IP-штамп: fr45uHVgO7WZ2
гость



 прочитанное сообщение 22.10.2012 09:08     Сообщение для модератора       
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #16 множественное цитирование

(dimi4 @ 22.10.2012 06:58)
Ссылка на исходное сообщение  Немного про саму задачу.
Это поиск снипов, либо других мутаций после мутагенеза и скрининга у мушек. Там определяется примерный район, примерно 100кб, плюс минус. Есть желание вытащить этот район зондом и на НГС.

  Лонг ПЦР  как-то не прижился. Точнее сказать до НГС, сейчас может и достаточно дешево  будет все прочитать.

  Насколько мне видится одна из проблем (опуская качество ДНК), это гибридизация зонда, подобрать условия чтобы и зонд сел, и геномка не сильно друг на друга залипла.


ну мух проще просто полногеномно отсиквинировать без всяких вытаскиваний хромосом smile.gif
Участник оффлайн! vtosha
Постоянный участник



 прочитанное сообщение 22.10.2012 09:54     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #17 множественное цитирование

Если NGS доступен, то есть ли смысл парится с выделением отдельной хромосомы? Тем более, геном дрозофилы отсеквенирован.
Guest
IP-штамп: fr45uHVgO7WZ2
гость



 прочитанное сообщение 22.10.2012 17:33     Сообщение для модератора       
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #18 множественное цитирование

(dimi4 @ 22.10.2012 06:58)
Ссылка на исходное сообщение  Немного про саму задачу.
Это поиск снипов, либо других мутаций после мутагенеза и скрининга у мушек. Там определяется примерный район, примерно 100kb, плюс минус. Есть желание вытащить этот район зондом и на NGS.

  Long PCR  как-то не прижился. Точнее сказать до NGS, сейчас может и достаточно дешево  будет все прочитать.

  Насколько мне видится одна из проблем (опуская качество ДНК), это гибридизация зонда, подобрать условия чтобы и зонд сел, и геномка не сильно друг на друга залипла.


http://www.nimblegen.com/products/seqcap/e...oper/index.html
Guest
IP-штамп: fr45uHVgO7WZ2
гость



 прочитанное сообщение 22.10.2012 17:48     Сообщение для модератора       
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #19 множественное цитирование

(dimi4 @ 22.10.2012 06:58)
Ссылка на исходное сообщение  Немного про саму задачу.
Это поиск снипов, либо других мутаций после мутагенеза и скрининга у мушек. Там определяется примерный район, примерно 100kb, плюс минус. Есть желание вытащить этот район зондом и на NGS.

  Long PCR  как-то не прижился. Точнее сказать до NGS, сейчас может и достаточно дешево  будет все прочитать.

  Насколько мне видится одна из проблем (опуская качество ДНК), это гибридизация зонда, подобрать условия чтобы и зонд сел, и геномка не сильно друг на друга залипла.

http://www.genomics.agilent.com/Collection...ail&PageID=3060
Guest
IP-штамп: fr45uHVgO7WZ2
гость



 прочитанное сообщение 23.10.2012 07:35     Сообщение для модератора       
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #20 множественное цитирование

(dimi4 @ 22.10.2012 06:58)
Ссылка на исходное сообщение  Немного про саму задачу.
Это поиск снипов, либо других мутаций после мутагенеза и скрининга у мушек. Там определяется примерный район, примерно 100кб, плюс минус. Есть желание вытащить этот район зондом и на НГС.

  Лонг ПЦР  как-то не прижился. Точнее сказать до НГС, сейчас может и достаточно дешево  будет все прочитать.

  Насколько мне видится одна из проблем (опуская качество ДНК), это гибридизация зонда, подобрать условия чтобы и зонд сел, и геномка не сильно друг на друга залипла.


12 мух на одну дорожку ХиСека - итого 10 000 рублей на геном мухи -
потратитесь больше на "выделение хромосомы"
http://www.evrogen.ru/services/NGS/service-NGS.shtml
Guest
IP-штамп: fr45uHVgO7WZ2
гость



 прочитанное сообщение 23.10.2012 07:43     Сообщение для модератора       
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #21 множественное цитирование

(vtosha @ 22.10.2012 09:54)
Ссылка на исходное сообщение  Если НГС доступен, то есть ли смысл парится с выделением отдельной хромосомы? Тем более, геном дрозофилы отсеквенирован.


168 геномов smile.gif
http://mackay.gnets.ncsu.edu/MackaySite/DGRP.html
Guest
IP-штамп: fr45uHVgO7WZ2
гость



 прочитанное сообщение 23.10.2012 07:53     Сообщение для модератора       
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #22 множественное цитирование

(dimi4 @ 22.10.2012 06:58)
Ссылка на исходное сообщение  Немного про саму задачу.
Это поиск снипов, либо других мутаций после мутагенеза и скрининга у мушек. Там определяется примерный район, примерно 100kb, плюс минус. Есть желание вытащить этот район зондом и на NGS.

  Long PCR  как-то не прижился. Точнее сказать до NGS, сейчас может и достаточно дешево  будет все прочитать.

  Насколько мне видится одна из проблем (опуская качество ДНК), это гибридизация зонда, подобрать условия чтобы и зонд сел, и геномка не сильно друг на друга залипла.

http://www.nature.com/nature/journal/v482/...re10811_F1.html
Участник оффлайн! watchesbiz
Постоянный участник



 прочитанное сообщение Сообщение на английском  08.12.2021 16:41     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #23 множественное цитирование

https://www.uptrennd.com/post-detail/hints-...-watch~ODY3MDU2
https://anotepad.com/note/read/mqg8p5jm
https://www.crokes.com/replicarolexwatches/profile/
https://ko-fi.com/post/Watches-Shopping-Gui...-Watc-E1E13PZV9
https://www.merchantcircle.com/blogs/replic...x-Watch/1966540
https://www.nairaland.com/6427528/watches-s...de-finding-fake
https://www.vingle.net/posts/3587193
https://fortunetelleroracle.com/sport/replica-watches-280478
https://www.goodreads.com/story/show/132736...ake-rolex-watch
https://www.diigo.com/item/note/85twz/phwr?...2395edb2dac07ea
https://github.com/ReplicawatchesUK/Replica...ake-Rolex-Watch
https://www.reddit.com/user/Bestreplicawatc...ke_rolex_watch/
https://slashdot.org/submission/13306958/wa...ake-rolex-watch
https://www.wattpad.com/1030107359-replica-...guide-finding-a
https://www.instructables.com/member/Fakero...licPreview=true

*




Кнопка "Транслит" перекодирует
текст из транслита в кирилицу.
Правила перекодировки здесь;
текст в квадратных скобках'[]'
не преобразуется.
Имя:

 преобразовывать смайлики · показать смайлики
Назначение кнопок:

   Поблагодарить автора сообщения — поблагодарить автора
   Удалить сообщение — удалить
   Редактировать сообщение — редактировать
   Поместить сообщение в колонку новостей — поместить в колонку новостей
   Цитировать — цитировать сообщение
   не входит в цитирование/входит в цитирование — цитировать несколько
   Отметить СПАМ-сообщение — обозначить спам
   Сообщение для модератора — связь с модератором
   Участник онлайн!/Участник оффлайн! — автор онлайн/оффлайн
   Фотография — фотография автора

   - остальные обозначения -
 
   *
« Предыдущая тема · Молекулярная и клеточная биология · Следующая тема »
Быстрый ответДобавить сообщение в темуСоздать новую тему

Rambler   molbiol.ru - методы, информация и программы для молекулярных биологов              

 ·  Викимарт - все интернет-магазины в одном месте  ·  Доска объявлений Board.com.ua  · 
--- сервер арендован в компании Hetzner Online, Германия ---
--- администрирование сервера: Intervipnet ---

Хеликон · Диаэм · ИнтерЛабСервис · Beckman Coulter · SkyGen · ОПТЭК · BIOCAD · Евроген · Синтол · БиоЛайн · Sartorius · Химэксперт · СибЭнзим · Tecan · Даниес · НПП "ТРИС" · Биалекса · ФизЛабПрибор · Genotek · АТГ Сервис Ген · Биоген-Аналитика
Ваш форум  ·  redactor@molbiol.ru  ·  реклама  ·  Дата и время: 29.03.24 09:03
Bridged By IpbWiki: Integration Of Invision Power Board and MediaWiki © GlobalSoft