 * |   |
|
Molbiol.ru | О проекте | Справочник | Методы | Растворы | Расчёты | Литература | Орг.вопросы Web | Фирмы | Coffee break | Картинки | Работы и услуги | Биржа труда |  Zbio-wikiNG SEQUENCING · ЖИЗНЬ РАСТЕНИЙ · БИОХИМИЯ · ГОРОДСКИЕ КОМАРЫ · А.А.ЛЮБИЩЕВ · ЗООМУЗЕЙ Темы за 24 часа [ Вход* | Регистрация* ] Форум: |
|
Правила
* Универсальные бактериальные праймеры
Операции: Хочу стать куратором* · Подписаться на тему* · Отправить страницу по e-mail · Версия для печати*
Внешний вид:* Схема · [ Стандартный ] · +Перв.сообщ.
   |
 arabidopsisУчастник  |
 24.06.2009 15:07
Идеи насчет всяких там полимераз и т.д. что первое в голову приходит конечно же были проверены и результат не шибко устраивает, вырожденность высокая. |
|
Guest IP-штамп: fr45uHVgO7WZ2 гость |
24.06.2009 15:35
(arabidopsis @ 24.06.2009 15:07)  Нужно подобрать праймеры универсально-специфические для царства бактерий, но чтобы отжигались на уникальный ген (т.е. всякие там рРНА на подходят). Что можете посоветовать?Идеи насчет всяких там полимераз и т.д. что первое в голову приходит конечно же были проверены и результат не шибко устраивает, вырожденность высокая. у СуЦзуки в конце статьи табличка с праймерами и ТакМанами для реал-тайм ПЦР на "бсехбактерий"  |
|
Guest IP-штамп: fr45uHVgO7WZ2 гость |
 24.06.2009 15:37
|
|
Guest IP-штамп: fr45uHVgO7WZ2 гость |
24.06.2009 15:38
|
|
Ъ IP-штамп: frNwv0U1khjS. гость |
24.06.2009 18:26
 Если универсальные, т.е. консенсус праймеры на ВСЕ ЦАРСТВО, то это уже не принципиально на какие гены - праймеры будут заведомо неспецифически неопределенные . Какой смысл делать такие праймеры, отрицательного контроля на отыщите на родной Земле.  Мои попытки сделать на всякие царства бактерюх (типа патогенные или не патогенные для человека и т д) кончились безуспешно.   Не завидую вашей судьбе, если уже впряглись. 
|
|
arabidopsis Участник |
24.06.2009 18:49
Какой смысл делать такие праймеры, отрицательного контроля на отыщите на родной Земле. Чтобы был референс на количество образца. |
|
guest: ммм IP-штамп: frwHRv5zEzGDY гость |
24.06.2009 18:56
Может количество нормализовать по АТФ с люцеферазой. |
|
guest: ммм IP-штамп: frwHRv5zEzGDY гость |
24.06.2009 18:58
|
|
Ъ IP-штамп: frNwv0U1khjS. гость |
25.06.2009 09:46
Нужно выбрать массу вариантов пар праймеров и испытывать на сравнения ... Задача облегчается, если вам не нужно стремиться к идеалу - иметь отрицательные контроли. Решение проблемы - сверхстандартизованные qPCR (реал-тайм с ТакМанами), причем 3-4 независимых. Не знаю, что поконкретнее посоветовать. Хотя, все зависит от конкретных задач - может и не так страшен черт, как его там...
|
|
arabidopsis Участник |
25.06.2009 18:20
Будем думать короче. |
|
Andrew Постоянный участник Москва |
25.06.2009 19:02
Кстати во всех ссылках которые тут накидали описаны опять таки праймеры под старую-добрую 16S. |
|
Andrew Постоянный участник Москва |
25.06.2009 19:08
Да, с универсальными бактериальными праймерами полосочка на форезе вам гарантирована всегда, вне зависимости от того капали ли вы вашу ДНК или нет. Тем не менее метод амплификации с универсальными бактериальными праймерами используется (и очень активно) для изучения микробных коммьюнити: например делают библиотеку и шотган-секвенируют ее или делают T-RFLP на секвенаторе и потом пытаются по массам рестриктных фрагментов разобраться что же там наПЦРилось. И т.д. и т.п. |
|
Guest IP-штамп: fr45uHVgO7WZ2 гость |
26.06.2009 08:58
(Ъ @ 24.06.2009 18:26) Очень странно звучит вопрос. Если универсальные, т.е. консенсус праймеры на ВСЕ ЦАРСТВО, то это уже не принципиально на какие гены - праймеры будут заведомо неспецифически неопределенные . Какой смысл делать такие праймеры, отрицательного контроля на отыщите на родной Земле. Мои попытки сделать на всякие царства бактерюх (типа патогенные или не патогенные для человека и т д) кончились безуспешно. Не завидую вашей судьбе, если уже впряглись. херунду не неси - если ТакМаном видно , что на 100 000 копий -одна копя "КАНТАМИНАЦИЯ" - мне пофиг - в библиотеке на сиквенс ее не поймаешь
|
|
watchesbiz Постоянный участник |
29.12.2021 17:24
|
|
vadimchik152a Постоянный участник |
02.10.2022 19:24
|
| « Предыдущая тема · Молекулярная и клеточная биология · Следующая тема » |
 |
· Викимарт - все интернет-магазины в одном месте · Доска объявлений Board.com.ua ·
--- сервер арендован в компании Hetzner Online, Германия ---
--- администрирование сервера: Intervipnet ---
Хеликон · Диаэм · ИнтерЛабСервис · Beckman Coulter · SkyGen · ОПТЭК · BIOCAD · Евроген · Синтол · БиоЛайн · Sartorius · Химэксперт · СибЭнзим · Tecan · Даниес · НПП "ТРИС" · Биалекса · ФизЛабПрибор · Genotek · АТГ Сервис Ген · Биоген-Аналитика
Powered by Invision Power Board(Trial) v2.0.0 © 2024 IPS, Inc.