Molbiol.ru | О проекте | Справочник | Методы | Растворы | Расчёты | Литература | Орг.вопросы Web | Фирмы | Coffee break | Картинки | Работы и услуги | Биржа труда | Zbio-wiki NG SEQUENCING · ЖИЗНЬ РАСТЕНИЙ · БИОХИМИЯ · ГОРОДСКИЕ КОМАРЫ · А.А.ЛЮБИЩЕВ · ЗООМУЗЕЙ Темы за 24 часа [ Вход* | Регистрация* ] Форум: | |
Света IP-штамп: frjuX4ZARnbvk гость |
А дело в том, что я работаю в ПЦР лаборатории,и как-то раз нам привезли новые наборы на гепатит С и с первой же постановки все вышло положительным. Мы мылись около 20 раз за эти 2 месяца, никаких положительных сдвигов, положительный даже спирт и все, что нам приносят со склада запечатанное. ОКО и К- отрицательные. На других тест-системах все хорошо. Контаминация ли это, или дело все-таки в наборах? |
Cathie22 Постоянный участник |
|
Guest IP-штамп: frjuX4ZARnbvk гость |
|
Света IP-штамп: frjuX4ZARnbvk гость |
|
Guest IP-штамп: frBHAZip1zz5U гость |
|
Света IP-штамп: frjuX4ZARnbvk гость |
|
Guest IP-штамп: frBHAZip1zz5U гость |
Векторбест, днк-технология - на выбор. |
Света IP-штамп: frxIb/SOgo/jw гость |
|
Yuri K IP-штамп: frO84jFrTPiQA гость |
|
-Ъ- Постоянный участник Москва |
Меня тоже наводит на "глубокие" размышления контаминированные хлорка и спирт. А по истории - ясен пень набор контаминирован. А начальство подкуплено. |
Guest IP-штамп: frQCpGSFifrEU гость |
И дави его, гада, дави, ентот амплиценз |
Guest IP-штамп: frQCpGSFifrEU гость |
|
Guest IP-штамп: fr.oOfRttk5QI гость |
|
Света IP-штамп: frJsuiia8dM6. гость |
|
Guest IP-штамп: frQCpGSFifrEU гость |
И продолжайте работать "другим хорошим набором" Лучшее - враг хорошего, как говорится |
Guest IP-штамп: frQCpGSFifrEU гость |
|
Д IP-штамп: frqtoTZB0V8/. гость |
Давайте лучше обсудим, кому так важно, чтобы в лаборатории полностью остановился процесс диагностики на наборах ИЛС? Со всей очевидностью - производителям т.н. "хороших" наборов! Не так ли? А агрессивные комментарии еще больше наводят на данную мысль |
guest: Дмитрий IP-штамп: frqtoTZB0V8/. гость |
1. К счастью, травиться активным хлором совершенно не следует. Современные проверенные средства вовсе не имеют сильного запаха и весьма эффективны. Сейчас мы рекомендуем препарат серии "Хлормисепт" 2. Необходимо не просто "мыть" лабораторию, а следовать некоторым правилам: - найти источник контаминации, сделав смывы. Чаще всего контаминация бывает ампликонная - в случае, если наработанный в ходе ПЦР фрагмент каким-то образом попадает в окружающую среду. Это может быть в том случае, если пробирки после ПЦР были раскрыты. Даже если глазом не было замечено следов разбрызгивания жидкости, открытые крышки пробирок после ПЦР с огромной вероятностью приведут к контаминации Помните, концентрация фрагмента ДНК после амплификации составляет 10^12 (или 1 000 000 000 000 копий), а чувствительность ПЦР - 1-2 копии Найти источник можно сравнив значения Ct в смывах. Чем меньше значение Ct, тем выше концентрация Где делать смывы? В первую очередь блоки приборов. Далее столы вокруг прибора, далее, боксы (пипетки, штативы, оборудование), столы лаборатории, клавиатуры-мышки, обязательно ручки! (дверей, холодильников, ящиков), желательно оценить масштаб контаминации, сделав смывы в других комнатах с поверхностей, которые люди касаются руками Как делать смывы: разлить в эппендорфы чистый физраствор или ТЕ буфер. Смачив ватную палочку (можно зонд для взятия урогенитального мазка или просто палочки для нанесения макияжа) в физрастворе(ТЕ), сделать ей смыв поверности примерно 2х2 см, палочку опустить в пробирку и, поболтав несколько секунд, выбросить. Смывы прогреть при 95 градусах 5 минут и использовать напрямую в ПЦР (вносить также, как вносятся образцы ДНК). - избавиться от всего лишнего в лаборатории. Вообще, в лаборатории не должно находится множества бумаг, тетрадок, пустых коробок, книжек и др. предметов, не относящихся непосредственно к экспериментальной работе. Но если все же что-то есть - по максимуму выбросить. В конце концов многое можно будет перепечатать или накопить снова после завершения помывки - начать обработку с источника - задача избавиться от самой высокой концентрации. Если уровень контаминации в районе 10-15 циклов, то потребуется "мыть" поверхность (блок прибора, стол, штатив, пипетки) не менее трех раз Как обрабатывать? По сути правило механического воздействия и инкубации. Если возможно, на первом этапе поверхность обработать спиртом для обезжиривания. Далее необходимо хорошо протереть поверхность ветошью, смоченной раствором Хлормисепта. Так как Хлормисепт требует как минимум 15 минутной инкубации, необходимо, чтобы обрабатываемая поверхность была смоченной в течение 15-20 минут. "Налить" жидкость на многие поверхности просто невозможно, например угловые поверхности, потому для сохранения влажности поверхность можно просто покрыть хорошо смоченной ветошью. После инкубации поверхность еще раз протереть. Чтобы обработать еще раз стоит поменять ветошь (выбросить) и приготовить новый раствор Все, что можно снять и "замочить" в растворе - стоит снять и замочить - далее после обработки источника необходимо обработать другие контаминированные поверхности. Принцип абсолютно тот же - Очень важный момент - сам рабочий бокс. В нем необходимо полностью заменить все баночки для обработки (со спиртом, дезсредством и др), штативчики для наконечников. Делать обработку бокса стоит только чистой ветошью, ранее не использованной для обработки других поверхностей. Тоже касается раствора Хлормисепта Обратите внимание: все новое в бокс (коробочки, баночки) можно внести только после завершения процедуры помывки - Особое внимание на пипетки. Их обрабатывать снаружи с особой тщательностью. Если есть возможность разобрать и обработать - стоит это сделать. Если пипетки автоклавируемые - проавтоклавировать. При обработке обратите внимание на металлический поршень. Его нельзя длительно оставлять в хлорсодержащих средствах (10-15 мин) и после сразу тщательно промыть вводой и вытереть насухо - Емкости для дезынфекции, для обработки поверхностей. Довольно часто при помывке лаборатории вылетает из поля зрения бутылки со спиртом или хлорсодержащими средствами. При интенсивной контаминации ампликоны могут попадать в эти бутыли и после длительно аккуратно размазываться по стенкам рабочих боксов в процессе обработки! Эти емкости необходимо заменить. Обращайте внимание на мелочи. Бывает, что заменена емкость и замнен спирт, но используется стандартная воронка, которую не обработали - Не забыть про полы и другие пыльные углы - хотя бы просто помойте их дезсредством или (если это уже слишком) с детергентом - Завершение обработки. Смыть хлорсодержащие средства с поверхности обычной водой, используя свежую ветошь. Лучше 2-3 раза, чтобы не осталось множества разводов - Пластик. После завершения помывки не стоит пользоваться для задействованного набора тем же пластиком. Идеальное решение - пластик выбросить или без упаковок передать в другие лабораторные подразделения, не связанные с ПЦР (естественно, не на разбор биоматериала, откуда пробы поступают в ПЦР-лабораторию) - Для размышлений по дополнительным мерам: Основной путь распространения ампликонов - руки! На практике вы увидите, что самые контаминированные поверхности те, которые люди касаются руками. Более того, кожный жир великолепно сохраняет ампликоны от смывания и стирания! Отсюда несколько выводов - ясно, что надо особо тщательно мыть, понятна потребность в обезжиривании, понятна потребность все операции в лаборатории производить в перчатках и сменять перчатки, если вы выимали образцы из прибора, Второй путь распространения - пыль. Ампликоны - крошечные фрагменты ДНК. Частички бытовой пыли в порядки больше размером. и поднимаясь в воздух разлетаются на разные поверхности. Отсюда - боритесь с пылью в лаборатории. 3. Стоит помнить, что наличие ампликонов после ПЦР - это не уникальное свойство одного производителя. Ампликонная контаминация может произойти при использовании любого ПЦР-набора Поэтому грамотная организация бизнес-процесса в лаборатории и адекватные меры в случае контаминации - архиважно для любой лаборатории, импользующих методы амплификации 4. Задумайтесь о том, что сейчас в вашей лаборатории. Лючшее провести профилактические мероприятия - работу с документами лучше осуществлять вне рабочих зон лаборатории - если есть компьютеры, постараться использовать обрабатываемые (герметичные клавиатуры и мышки) или хотя бы завернуть клавиатуры в пленку - регулярно делать смывы с поверхностей на все используемые наборы, не дожидаясь, когда контаминация достигнет образцов. Делать раз в неделю 2-3 комплексных смыва на 3-4 набора реагентов не жутко сложно. На следующей неделе сделать смывы на другие наборы и т.д. В случае обнаружения ампликонов стоит проводить профилактические обработки. Думаю, многие, сделав смывы вперые, весьма удивятся результату. Практически всегда пристутвует фоновый уровень контаминации (в районе 30 цикла) на несколько используемых набора реагентов. Более того, фоновая контаминация практически не ликвидируема (более 30 цикла), но опасность представляет высокая концентрация (менее 28-30 цикла) и рост ее концентрации (например, в прошлых смывах был выявлен 30-34 цикл, а в нынешних 18-23) Кстати, проведение смывов лаборатории на наличие контаминации регламентировано! См. следующий нормативный документ ОРГАНИЗАЦИЯ РАБОТЫ ЛАБОРАТОРИЙ, ИСПОЛЬЗУЮЩИХ МЕТОДЫ АМПЛИФИКАЦИИ НУКЛЕИНОВЫХ КИСЛОТ ПРИ РАБОТЕ С МАТЕРИАЛОМ, СОДЕРЖАЩИМ МИКРООРГАНИЗМЫ I - IV ГРУПП ПАТОГЕННОСТИ Надеюсь это поможет! С уважением |
Света IP-штамп: frxIb/SOgo/jw гость |
И очень странно тогда получается, в первый же день, новые наборы и сразу все положительное. Хотя до этого не ставили) |
Света IP-штамп: frxIb/SOgo/jw гость |
|
Guest IP-штамп: frBHAZip1zz5U гость |
Вообще, тут не хлоркой мочить всё живое и неживое, а о контроле качества бы подумать. Причём не Вам, Света |
guest: Дмитрий IP-штамп: frqtoTZB0V8/. гость |
Мне кажется, что вы, проводя мероприятия по деконтаминации, полностью на верном пути! Давайте рассмотрим ваши результаты: 1. Источник был найден. Область вокруг прибора, где ампликоны в смывах выходили на 10 (!) цикле, при том, что в других частях лаборатории действительно цикл в среднем 25 2. После одной отмывки зоны ПЦР (комната с приборами) значения Ct в смывах упали до 28-30!!! Вам удалось снизить уровень контаминации более чем на 6 порядков! 3. После отмывки зоны выделения и постановки ПЦР исчезла тотальная контаминация! Т.е. если ранее во всех отрицательных контролях выходил положительный сигнал, то теперь отрицательные контроли стали практически отрицательными (из 8 только один прошел на только по ВКО и на позднем цикле) P.S. Других "доброжелателей" на форуме призываю задуматься, как одни и те же реагенты вдруг после помывки лаборатории перестали давать положительные сигналы в отрицательных контролях? Или реагенты сами собой "отмылись" и "очистились"? Также всех желающих можем познакомить с процедурой выходного контроля реагентов, в частности файлами постановок и протоколами для любой серии, которую вы используете. |
-Ъ- Постоянный участник Москва |
(guest: Дмитрий @ 24.05.2013 14:41) Светлана, Мне кажется, что вы, проводя мероприятия по деконтаминации, полностью на верном пути! Давайте рассмотрим ваши результаты: 1. Источник был найден. Область вокруг прибора, где ампликоны в смывах выходили на 10 (!) цикле, при том, что в других частях лаборатории действительно цикл в среднем 25 2. После одной отмывки зоны ПЦР (комната с приборами) значения Ct в смывах упали до 28-30!!! Вам удалось снизить уровень контаминации более чем на 6 порядков! 3. После отмывки зоны выделения и постановки ПЦР исчезла тотальная контаминация! Т.е. если ранее во всех отрицательных контролях выходил положительный сигнал, то теперь отрицательные контроли стали практически отрицательными (из 8 только один прошел на только по ВКО и на позднем цикле)P.S. Других "доброжелателей" на форуме призываю задуматься, как одни и те же реагенты вдруг после помывки лаборатории перестали давать положительные сигналы в отрицательных контролях? Или реагенты сами собой "отмылись" и "очистились"? Также всех желающих можем познакомить с процедурой выходного контроля реагентов, в частности файлами постановок и протоколами для любой серии, которую вы используете. Я не понял где действие (отмывки) происходило? У Светы или в Интерлабсервисе? Проблема решена в конце концов? Оперативно, однако. Заинтриговали "процедурой выходного контроля регентов". |
Света IP-штамп: frxIb/SOgo/jw гость |
|
Guest IP-штамп: frxIb/SOgo/jw гость |
(Света @ 24.05.2013 19:04)
|
Света IP-штамп: frxIb/SOgo/jw гость |
|
Света IP-штамп: frxIb/SOgo/jw гость |
|
T2006 |
|
Света IP-штамп: frxIb/SOgo/jw гость |
|
-Ъ- Постоянный участник Москва |
(Света @ 25.05.2013 13:50) О каком Хирил речь? Что он делает? |
Cathie22 Постоянный участник |
(-Ъ- @ 27.05.2013 03:21) |
Света IP-штамп: frjuX4ZARnbvk гость |
|
Cathie22 Постоянный участник |
(Света @ 27.05.2013 15:42) Ну раз они продают, ясное дело. Но вроде настроить и под другие можно. Он же открытый. Так и все-таки - Дмитрий пишет, что у вас, судя по всему, была контаминация ампликонами, раз такие циклы возле прибора (кстати, какого прибора-то - Xiril или Rotorgene?). А вы говорите, контаминация сразу была... Странно ведь Сообщение было отредактировано Cathie22 - 28.05.2013 07:04 |
-Ъ- Постоянный участник Москва |
Одного не пойму - откуда ампликонам взяться, если пробирки вообще не открываются. Не там ищем, товарищи! |
Света |
|
« Предыдущая тема · Молекулярная и клеточная биология · Следующая тема » |