Molbiol.ru | О проекте | Справочник | Методы | Растворы | Расчёты | Литература | Орг.вопросы Web | Фирмы | Coffee break | Картинки | Работы и услуги | Биржа труда | Zbio-wiki NG SEQUENCING · ЖИЗНЬ РАСТЕНИЙ · БИОХИМИЯ · ГОРОДСКИЕ КОМАРЫ · А.А.ЛЮБИЩЕВ · ЗООМУЗЕЙ Темы за 24 часа [ Вход* | Регистрация* ] Форум: | |
XXL Постоянный участник |
|
genseq Постоянный участник |
Кое-то есть и в Синтоле: Если, конечно, цена имеет значение
|
olegatorshik |
(XXL @ 25.07.2013 17:20) Главный совет - сначала набирайте образцы для секвенирования, потом сразу все секвенируйте. Особенность прибора - буферный раствор должен быть использован в течении 7 дней после начала работы. |
XXL Постоянный участник |
(olegatorshik @ 01.12.2013 09:44) Главный совет - сначала набирайте образцы для секвенирования, потом сразу все секвенируйте. Особенность прибора - буферный раствор должен быть использован в течении 7 дней после начала работы. Уже столкнулись с этим... Нет никакой возможности обойти этот срок в 7 дней? какова стоимость буфера, кто пользовался им? как им вообще запасаться, в коробке 4 анодных и 4 катодных буфера, что на месяц всего, и срок годности ограничен Сообщение было отредактировано XXL - 10.12.2013 22:39 |
XXL Постоянный участник |
|
LMP Постоянный участник |
(XXL @ 01.02.2014 04:30) У кого то на лабе есть ABI 3500? Как разводите смесь для цикл сиквенса? Поделитесь опытом, во сколько раз позволяет 5 X буфер удешивить процесс (предлагают набор для цикл сиквенса на 1000 реакций за 500 тыс, что то невероятное)? Вам выйдет значительно дешевле, если не будете ставить повторных реакций для прочтения хренового сиквенса, получившегося после "удешевляющих" разведений. |
Teaholic |
(XXL @ 01.02.2014 07:30) У кого то на лабе есть ABI 3500? Как разводите смесь для цикл сиквенса? Поделитесь опытом, во сколько раз позволяет 5 X буфер удешивить процесс (предлагают набор для цикл сиквенса на 1000 реакций за 500 тыс, что то невероятное)? Бигдая кладем 0,5 мкл на 10мкл реакцию. Буфер сами делаем.
|
XXL Постоянный участник |
|
haurhot Москва |
(XXL @ 10.12.2013 23:36) Давно не секрет, что буферы можно гонять и месяц, скручивая дату постановки на прибор, но тем не менее они имеют ограничение по количеству запусков, которое пока обойти не удалось(да и смысла нет) поскльку такой байкот всплывает как раз неделе не 3-4, когда и совесть уже теребит, что пора бы. Сиквенсную ставлю в 5мкл. из которых 1мкл-ПЦР-ка и 2мкл-BD3.1, остальное-праймер. Такой протокол следствие экономии сил на добавление 1кратного буфера и лени, но успешно работает. |
justcrocodile |
Разведение буфера для секвенирования тоже индивидуально - если остаются dye blobs (лишняя краска), тогда разводите постепенно. По поводу скрутки дат, несвежий буфер давал мне как-то плохие результаты. По-моему, не лучший способ экономить. И ещё, не допускайте, чтобы в комнате было жарко. Прибор от этого просто фигеет. |
haurhot Москва |
(justcrocodile @ 17.07.2014 16:31) По поводу скрутки дат, несвежий буфер давал мне как-то плохие результаты. По-моему, не лучший способ экономить. И ещё, не допускайте, чтобы в комнате было жарко. Прибор от этого просто фигеет. Так в том и фокус, что буфер становиться несвежим только через несколько недель, так что 2-3 недели интенсивной работы на приборе успешно выдерживает. В том же 3130 буфер дохнет в разы быстрее. На счёт жары можно подробнее. Не замечал, чтобы при +28,5 цельсия в помещении он начинал фигеть. |
afanasev-max Постоянный участник Irkutsk-Moscow-Irkutsk |
|
haurhot Москва |
(afanasev-max @ 24.07.2014 17:30) Прибору норм, а вот полимер сдыхает на порядок быстрее: кристаллизуется, падает его разделяющая способность. Буферы испаряются активно С деградацией полимера как раз основная засада и есть. Буфер анодный хоть и сильно испаряется, но успешно доливается по мере надобности водичкой, катодный же почти не испаряется. |
XXL Постоянный участник |
(haurhot @ 16.07.2014 15:53) Давно не секрет, что буферы можно гонять и месяц, скручивая дату постановки на прибор, но тем не менее они имеют ограничение по количеству запусков, которое пока обойти не удалось(да и смысла нет) поскльку такой байкот всплывает как раз неделе не 3-4, когда и совесть уже теребит, что пора бы. Сиквенсную ставлю в 5мкл. из которых 1мкл-ПЦР-ка и 2мкл-BD3.1, остальное-праймер. Такой протокол следствие экономии сил на добавление 1кратного буфера и лени, но успешно работает. Наш комп позволил открутить дату тока однократно, потом делать этого не удаётся. Т.о. ставим буфера, работаем неделю, откручиваем ещё на неделю. Пользоваться просроченной химией позволяет патч, но буфера тока на пару недель и всё....Ваш позволяет крутить назад по нескольку раз с одними и теми же буферами? Сколько вы максимум держали полимер в секвенаторе без инжекций? Расскажите как вы обслуживаете прибор при длительном простое. Ещё вопрос - кто нибудь использует повторно септы, плашки? Как моете? На сколько вам хватает капиллярного блока? Сообщение было отредактировано XXL - 25.07.2014 23:27 |
haurhot Москва |
Думаю, недели 3 полимер стоит. При средней интенсивности расхода на полплашки в день выходит 2 недели может стоять. Септы можно мыть, хотя если не мыть то тоже самое. Таким образом они почти бесконечноразовые если плашку анализировать сразу(при чистке сиквенсной XTerminator-ом он за ночь может испариться и лунка закаменеет). Капилляры до 400 запусков выдерживают успешно, только менять по сравнению с 3130 хлопотнее.
|
XXL Постоянный участник |
(haurhot @ 28.07.2014 12:23) У нас время можно открутить на сколько угодно: например сегодняшним числом ставим буферы и дата запоминается, далее вырубаем диспетчером прогу и даемон, скручиваем дату хоть до 01.01.1980 и включаем прогу обратно. В результате время стояния на приборе уйдёт в минус Хотя стараюсь менять буферы одновременно, но анодного тратится больше. Думаю, недели 3 полимер стоит. При средней интенсивности расхода на полплашки в день выходит 2 недели может стоять. Септы можно мыть, хотя если не мыть то тоже самое. Таким образом они почти бесконечноразовые если плашку анализировать сразу(при чистке сиквенсной XTerminator-ом он за ночь может испариться и лунка закаменеет). Капилляры до 400 запусков выдерживают успешно, только менять по сравнению с 3130 хлопотнее. Спасибо, а можно подробнее про плашки, что за процессы в них происходят, что значит "каменеет". Потом можно образец новый заливать поверх старого? Мы пока доделываем первую, в промежутках между сиквенсами держим в морозилке. |
haurhot Москва |
(XXL @ 28.07.2014 16:10) Спасибо, а можно подробнее про плашки, что за процессы в них происходят, что значит "каменеет". Потом можно образец новый заливать поверх старого? Мы пока доделываем первую, в промежутках между сиквенсами держим в морозилке. В принципе всё можно наверное отмыть. В 90-е даже специальный бурбулятор придумали для промывания одноразовых носиков дозаторов. "Каменеет"-просто смесь сам-буфера Eterminator-а и сиквенсной превращается в некоторых лунках в ватообразную сухую субстанцию. Поскольку в сиквенаторе не прохладно, то в нём плашку лучше не хранить во избежание(соответственно надо как минимум лично контролировать удачность префореза). Для очистки спиртом такой проблемы нет. Там просто формамид потихоньку испаряется. В холодильнике же очищенная Eterminator-ом сиквенсная хранится успешно и более недели. Залить заново поверх старого не имеет смысла поскольку протокол очистки подразумевает наличие очищенного супернатанта над шариками ещё на одну попытку.
|
Чистюля |
Я сначала разводила по инструкции до 100 мкМол (добавила воды). А потом взяла 3,2 до 100 довела водой. Засада в том, как понять, что у меня 3,2 пикомоля масса. Считала-считала, надоело. Зная мол массу, все сходится, но вроде бы. Нанодроп показал похожие нг/мкл. Поделитесь формулами или источниками. |
Ufa1688 Постоянный участник |
|
Ufa1688 Постоянный участник |
|
« Предыдущая тема · Организация работы группы/лаборатории · Следующая тема » |