Molbiol.ru | О проекте | Справочник | Методы | Растворы | Расчёты | Литература | Орг.вопросы Web | Фирмы | Coffee break | Картинки | Работы и услуги | Биржа труда | Zbio-wiki NG SEQUENCING · ЖИЗНЬ РАСТЕНИЙ · БИОХИМИЯ · ГОРОДСКИЕ КОМАРЫ · А.А.ЛЮБИЩЕВ · ЗООМУЗЕЙ Темы за 24 часа [ Вход* | Регистрация* ] Форум: | |
AbramShimei |
(R-J-Dio @ 15.08.2018 11:21) что такое "попросить"? Это конечно, кууль, но работать на "попросить" вдолгую нельзя. Купите, блин, че за проблема? Заказала, может и купят. Там суть в том еще, что как закажешь, идет пару месяцев заказ, пока ждем как раз и просим у тех кто с нами сотрудничает, они как бы по совместному проекту должны предоставлять... |
R-J-Dio Постоянный участник |
|
banned sceptique-NMRguy Постоянный участник временной жизни |
(R-J-Dio @ 15.08.2018 12:21) что такое "попросить"? Это конечно, кууль, но работать на "попросить" вдолгую нельзя. Купите, блин, че за проблема? Если бы у меня, как у -Ъ-, был свой полимеразный завод, мне было бы не жалко - первая доза безплатно. Судя по тому, что этот "молекулярный биолог" у них в штате одна, и чтобы чего-то такое для себя поиметь, просит у целого ВУЗа (sic!), мне кажется, для нашего -Ъ- это просто иделаьный момент чтобы вмешаться. Потому что хоть он и несёт всякую ерунду, обычно, и весьма жаден до денег, но реактивы, особенно киты для выделения, у него весьма хорошие на выходе. Если он и нормальную полимеразу с антителом нашёл как производить - так он может в одиночку решать все проблемы нашего "молекулярного биолога". Кроме главной - качества работы коллег над штаммами их продуцентов в отсутствии денег на зарплату для них у супергениального и нежадного руководства. 2 месяца на праймеры - это дичь какая-то. Просите 4-5 тысяч рублей у руководства - и заказываете в ручном режиме на синтез с доставкой лиофильно высушенных обычной почтой. Пара недель пройдёт и они будут у Вас. И по статьям праймеры не подбирают. По статьям примерно берут регион и подбирают самостоятельно, с использованием Primer BLAST или IDTDNA-онлайн утилит. Я лично обычно подбираю с ручкой и листочком в руках, потом долизываю их в праймер-бласте и заказываю 1-2 варианта из оптимальных, если он не один. Осечек пока не было. Если, конечно, это не какие-то замудрённоперемодифицированные штаммы-продуценты с засекреченным геномом и сиквенсом плазмид. Топикстартер, кстати, работает на фирме, которая пытается выпускать пестициды. Если у них нету нормального штамма-продуцента, мне её даже жаль, поскольку в одиночку такую проблему ей не осилить. Особенно если полимеразу просить у целого ВУЗа, а праймеры ждать 2 месяца. Также, что-то мне подсказывает, что アブラム всему этому не расстроится. Сообщение было отредактировано banned sceptique-NMRguy - 15.08.2018 13:36 |
AbramShimei |
(banned sceptique-NMRguy @ 15.08.2018 13:15) Если бы у меня, как у -Ъ-, был свой полимеразный завод, мне было бы не жалко - первая доза безплатно. 2 месяца на праймеры - это дичь какая-то. Просите 4-5 тысяч рублей у руководства - и заказываете в ручном режиме на синтез с доставкой лиофильно высушенных обычной почтой. Речь шла о полимеразе. Заказывали ее раньше с хеликона фирмы Thermo scientific, шла 3 месяца. Сейчас пользуюсь Диаэмовской, пришла чуть быстрее, но не намного. Теперь заказала полимеразу с хот стартом от Биолаб микс, так как с их пробниками у меня получались весьма красивые картинки, кстати, сильно отличающиеся качеством от тех, что я тут показывала... С праймерами все проще, хотя зависит от того, кто заказывает. Через человека, занимаюегося закупками ждала больше месяца. А вот, когда начальник сам для меня заказал, пришли за недельку с небольшим Сообщение было отредактировано AbramShimei - 15.08.2018 14:17 |
banned sceptique-NMRguy Постоянный участник временной жизни |
За последний год я рынок не проверял, может уже и -Ъ- свои стал производить. Жаль только он с госструктурами почти не работает по причине жадности. А так может и у него бы брали. В Вашем универе есть наверняка люди, которые могут так же как Вы свой токсин Вам нарастить и начистить полимеразу, экспрессионные плазмиды вон вокруг уже валяются - только подбирай или покупай и юзай. Праймеры сейчас тоже варят все кому не лень, наверняка и у вас там в Казани есть синтезаторы у кого-то. Синтол, Литех, Евроген, в Новосибе - Сибэнзим. Сообщение было отредактировано banned sceptique-NMRguy - 15.08.2018 14:29 |
R-J-Dio Постоянный участник |
|
vb Постоянный участник |
|
AbramShimei |
|
R-J-Dio Постоянный участник |
Сообщение было отредактировано R-J-Dio - 16.08.2018 15:38
|
AbramShimei |
(R-J-Dio @ 16.08.2018 15:32) И так я уже три года работаю.... |
banned sceptique-NMRguy Постоянный участник временной жизни |
Неправильные навыки нельзя доводить до автоматизма. Сообщение было отредактировано banned sceptique-NMRguy - 16.08.2018 16:13 |
AbramShimei |
(banned sceptique-NMRguy @ 16.08.2018 16:13) Капать училась сама. Вроде бы проблем обычно особо не было. Пока вот эти вот праймеры не пошли для бацилл, если честно. |
R-J-Dio Постоянный участник |
(AbramShimei @ 16.08.2018 17:03) смеялся до слез... |
banned sceptique-NMRguy Постоянный участник временной жизни |
Вообще, сделать молбиол-ячейку (это ж куча бабла, не меньше 2-3 миллионов) и посадить в неё одну студентку без опыта - это тоже диагноз... Сообщение было отредактировано banned sceptique-NMRguy - 16.08.2018 17:08 |
R-J-Dio Постоянный участник |
|
banned sceptique-NMRguy Постоянный участник временной жизни |
(R-J-Dio @ 16.08.2018 18:26) |
AbramShimei |
(banned sceptique-NMRguy @ 16.08.2018 17:05) Я бы поучилась, с удовольствием. Только вот кто меня научит.... |
banned sceptique-NMRguy Постоянный участник временной жизни |
|
AbramShimei |
|
R-J-Dio Постоянный участник |
|
banned sceptique-NMRguy Постоянный участник временной жизни |
Я там народ из КГУ встречал. |
AbramShimei |
(R-J-Dio @ 17.08.2018 11:52) Так и подавиться можно... |
AbramShimei |
(banned sceptique-NMRguy @ 17.08.2018 13:32) Да, я по идее могу командироваться от работы на обучение... |
R-J-Dio Постоянный участник |
(AbramShimei @ 17.08.2018 16:39) не, не должно. обычно нормально заходит |
metrim Постоянный участник Москва |
Коллеги в последнее время жалуются на качество секвенирований. Сами мы на прошлой неделе передали на секвенирование ПЦР продукты очищенные на геле (актиномицеты) со специальной пометкой "GC-rich". Результаты пришли безобразнейшие с пометкой что ШПИЛЬКИ У НИХ ТАМ ОКАЗЫВАЕТСЯ! Отписал рекламацию с просьбой переделать материалы и ни слуху ни духу. Так что стоит ли доверять Еврогену? |
AbramShimei |
(metrim @ 20.08.2018 13:42) Мы с коллегами обращались к ним также за секвенированием, проблем особо не было. Только в 1 из 20 образцах был некачественный сиквенс... Сообщение было отредактировано AbramShimei - 20.08.2018 14:12 |
metrim Постоянный участник Москва |
(AbramShimei @ 20.08.2018 15:11) Мы с коллегами обращались к ним также за секвенированием, проблем особо не было. Только в 1 из 20 образцах был некачественный сиквенс... Ну тут как раз именно вопрос в профессионализме лаборантов. Если образцы GC-rich, то мягко говоря им нужны иные условия процессинга , чем для эукариот.Сообщение было отредактировано metrim - 20.08.2018 14:39 |
Tom1 Постоянный участник |
(metrim @ 20.08.2018 04:39) Ну тут как раз именно вопрос в профессионализме лаборантов. Если образцы GC-rich, то мягко говоря им нужны иные условия процессинга , чем для эукариот. Коллега зря ты так счаз рио дио накапает на тибя и тибя зобанят.... |
R-J-Dio Постоянный участник |
(metrim @ 20.08.2018 14:42) Ну уж не знаю, что там за "мегаэксперты" в Евроген. Коллеги в последнее время жалуются на качество секвенирований. Сами мы на прошлой неделе передали на секвенирование ПЦР продукты очищенные на геле (актиномицеты) со специальной пометкой "GC-rich". Результаты пришли безобразнейшие с пометкой что ШПИЛЬКИ У НИХ ТАМ ОКАЗЫВАЕТСЯ! Отписал рекламацию с просьбой переделать материалы и ни слуху ни духу. Так что стоит ли доверять Еврогену? видите ли. 1. термин "шпилька"- возможно, и не совсем корректно в данном случае, но детализировать, что именно препятствует нормальному секвенированию, "шпилька" ли, GC- богатая область, через которую не пробивает полимераза и тп, не всегда на это есть время и возможность. 2. особые условия ПЦР для таких образцов, затребованные заказчиком, часто просто не могут быть реальзованы на китовой полимеразе для сиквенса- о чем высоколобым ученым может быть невдомек, но это факт. 3 образцы повторно процессируются со всевозможными ухищрениями, имейте терпение 4. все рекламации и прочие пожелания направляются напрямую исполнителю, а не во флуд в форум, как мин. это бессмысленно |
Carbon Copy Постоянный участник So close no matter how far |
(metrim @ 20.08.2018 11:42) Ну уж не знаю, что там за "мегаэксперты" в Евроген. Коллеги в последнее время жалуются на качество секвенирований. Сами мы на прошлой неделе передали на секвенирование ПЦР продукты очищенные на геле (актиномицеты) со специальной пометкой "GC-rich". Результаты пришли безобразнейшие с пометкой что ШПИЛЬКИ У НИХ ТАМ ОКАЗЫВАЕТСЯ! Отписал рекламацию с просьбой переделать материалы и ни слуху ни духу. Так что стоит ли доверять Еврогену? Никого не защищаю, но порой клиенты ждут от сеkвенаторов чудес. Если Вы подсунете какашку для анализа, написав на ней "какашка", она ведь какашкой быть не перестанет. А в таких случаях действует эмпирический закон "shit in - shit out ". В больших сиквенс-центрах с единичными сложными образцами никто трахаться не будет ни за какие деньги. Секвенируйте сами, если есть желание и время. Оптимизируйте реакции и доложите потом о своих успехах. |
R-J-Dio Постоянный участник |
|
Tom1 Постоянный участник |
а в рекламах то чтои только не пишут только закажите у нас.... ржунимагу.... видать в стране родных осинок закон " покупатель" сичечь "клиент всегда прафф" не работал и не работает и скорее всего не будет работать... Оно и понятно 2 максимум тгри конторы делают синвенс -наквенс на продажу практически монополия... Да и Евреигена исчо и административныиь ресурс помогает.... как говорится " такие времена" , " O tempero, o v more".... |
-Ъ- Постоянный участник Москва |
|
NMR-guy Постоянный участник временной жизни |
Вначале это, потом если полосы очевидной неспицифики не исчезнут - секвенировать то, что переживёт ужесточение условий. Но должно остаться то что есть яркое, остальное исчезнуть. Поскольку во всех образцах кроме 4 и 5 ничего специфического нету, или праймеры развалились (был бы положительных контроль хоть один на геле - было бы сразу понятно праймеры это или специфики нету). |
Tom1 Постоянный участник |
(-Ъ- @ 20.08.2018 10:20) Да никому не нужен сиквенс этих "лишних полос" - я уже предупреждал, что ядрёный заморочит голову бедной дамочке и бросит. Просто пассажир из тех " я все знаю я учил".... |
Carbon Copy Постоянный участник So close no matter how far |
(Tom1 @ 20.08.2018 17:07) как сплотились ряды сиквенаторофф.... а в рекламах то чтои только не пишут только закажите у нас.... ржунимагу.... видать в стране родных осинок закон " покупатель" сичечь "клиент всегда прафф" не работал и не работает и скорее всего не будет работать... Оно и понятно 2 максимум тгри конторы делают синвенс -наквенс на продажу практически монополия... Да и Евреигена исчо и административныиь ресурс помогает.... как говорится " такие времена" , " O tempero, o v more".... Упорство всех, кто делает молекулярную биологию в России достойно восхищения. Безумству храбрых, как говорится, поём мы песню. Праймеры у них по два месяца идут, ёшкин кот. А с башни время сыплет звон, дин-дон, дин-дон, дин-дон. (С) |
R-J-Dio Постоянный участник |
(Tom1 @ 20.08.2018 20:07) как сплотились ряды сиквенаторофф.... а в рекламах то чтои только не пишут только закажите у нас.... ржунимагу.... видать в стране родных осинок закон " покупатель" сичечь "клиент всегда прафф" не работал и не работает и скорее всего не будет работать... Оно и понятно 2 максимум тгри конторы делают синвенс -наквенс на продажу практически монополия... Да и Евреигена исчо и административныиь ресурс помогает.... как говорится " такие времена" , " O tempero, o v more".... болтун. пыжащийся показать, что он что-то знает или даже имеет некий инсайд. Пустое место, сколько б не лаял |
R-J-Dio Постоянный участник |
(Carbon Copy @ 20.08.2018 22:59) Упорство всех, кто делает молекулярную биологию в России достойно восхищения. Безумству храбрых, как говорится, поём мы песню. Праймеры у них по два месяца идут, ёшкин кот. А с башни время сыплет звон, дин-дон, дин-дон, дин-дон. (С) все не так грустно, хотя веселого и немного. 2 месяца-это бред, разумеется, 2-3 дня, летом может, 4-5 |
AbramShimei |
(NMR-guy @ 20.08.2018 20:29) Вы уже мои картинки по совсем другой чужой теме обсуждаете Те опыты мне велели оставить так как есть. Поскольку сейчас пришли новые праймеры, которые руководство больше интересуют. Кстати, по ним, сейчас идет все нормально Сообщение было отредактировано AbramShimei - 21.08.2018 09:53 |
Tom1 Постоянный участник |
(R-J-Dio @ 20.08.2018 17:46) болтун. пыжащийся показать, что он что-то знает или даже имеет некий инсайд. Пустое место, сколько б не лаял Порвался пассажир... несите нового..... ))))) |
R-J-Dio Постоянный участник |
(AbramShimei @ 21.08.2018 10:52) Вы уже мои картинки по совсем другой чужой теме обсуждаете Те опыты мне велели оставить так как есть. Поскольку сейчас пришли новые праймеры, которые руководство больше интересуют. Кстати, по ним, сейчас идет все нормально может и правда все дело в праймерах? Перечитайте первые посты, как разводить, как хранить, глядишь, и наладится |
banned sceptique-NMRguy Постоянный участник временной жизни |
|
metrim Постоянный участник Москва |
(R-J-Dio @ 20.08.2018 18:26) видите ли. 1. термин "шпилька"- возможно, и не совсем корректно в данном случае, но детализировать, что именно препятствует нормальному секвенированию, "шпилька" ли, GC- богатая область, через которую не пробивает полимераза и тп, не всегда на это есть время и возможность. 2. особые условия ПЦР для таких образцов, затребованные заказчиком, часто просто не могут быть реальзованы на китовой полимеразе для сиквенса- о чем высоколобым ученым может быть невдомек, но это факт. 3 образцы повторно процессируются со всевозможными ухищрениями, имейте терпение 4. все рекламации и прочие пожелания направляются напрямую исполнителю, а не во флуд в форум, как мин. это бессмысленно 1 2 3 4 5 - увы и ах Евроген оказался обратно не на высоте с сиквенированием материала. Как только что то выходит ха пределы "дрожжевой рутины" - увы и ах. Зато сколько рассуждений про "высоколобых ..." то ..... Праймеры взяты из статей, ПЦР "не густо", но прошло. У авторов в статьях прописано, что "сиквенировалось в коммерческих фасилитиз", никаких рассказов про то, что "совсем никак не возможно". В другой конторе в Москве нам подобные образцы великолепно сиквенировали. Мы полагали, что такая то продвинутая контора как Евроген - не подведет. Увы, то что без проблем делают индусские и китайские конторы по сиквенированию - для Еврогена оказывается не по силам..... У них ток хамаватые выпады про "высоколобых ученых" норм выходят. Ну что ж, раз повторить то что на востоке без проблем делается невозможно - придется мудрить с праймерами, попробуем участки внутри последовательности с бОльшей долей АТ .... |
banned sceptique-NMRguy Постоянный участник временной жизни |
Да, для высоких ГЦ при секвенировании нужно выбирать праймер с отжигом не ниже 72С и делать двустадийный ПЦР. Подбирать такие условия и рисковать дорогими реактивами Евроген не будет, безплатные |
R-J-Dio Постоянный участник |
|
metrim Постоянный участник Москва |
(banned sceptique-NMRguy @ 26.08.2018 05:54) Проведите секвенирующий ПЦР сами в присутствии 10% ДМСО, потом почистите получившуюся реакцию очистным китом для ПЦР и тащите на сиквенс. Думаете 10% сразу. Я полагал с 5% для начала попробовать.Да, для высоких ГЦ при секвенировании нужно выбирать праймер с отжигом не ниже 72С и делать двустадийный ПЦР. Подбирать такие условия и рисковать дорогими реактивами Евроген не будет, безплатные Ну молекулярка не моя сфера. Мне она в основном для идентификаций нужна, потому я искренне и расчитывал, что уж хотя бы проблемы секвенирования, коль скоро получил я многострадальные ампликоны - волновать не должны. Тем более уж у индокитайских мартышек все получается.Тут вероятно в целом проблема в корпоративной культуре в Еврогене, судя по поведению на данном форуме их представителя, а уж что за гнусь он в ЛС катает - это уж просто за гранью. Если подобное чмо ошивается по коридорам и позволяет такой тон общения - разумеется свалят все, обладающие более-менее чувством брезгливости и собственного достоинства. |
R-J-Dio Постоянный участник |
Сообщение было отредактировано R-J-Dio - 27.08.2018 00:12 |
banned sceptique-NMRguy Постоянный участник временной жизни |
(metrim @ 27.08.2018 01:06) 5% безполезно. А 15% уже ингибирует полимеразу, причём довольно заметно по конечному выходу. 20% и выше продукта не будет вообще. попробовать нужно 7% и 10%. Если на 10% лучше не будет - можно ДОПОЛНИТЕЛЬНО удлиннить праймер "влево" нуклеотидов на 5-10 (если известен сиквенс того, на что он садится). По поводу индокитая - там просто учебники отвратительные по физике, химии и биологии, были бы лучше - они бы давно уже всех уделали во всём. И мартышками я бы их определённо не считал, сейчас Китай выходит на технологический обгон Великой Объединённой Пендосии. Поскольку уже лет 30 "грабит их кОрОваны" особо не стесняясь и сделав так, что те вынуждены всё своё брахло производить на его, Китая, территории. В том числе - и секвенаторы и почти всю микроэлектронику. Сообщение было отредактировано banned sceptique-NMRguy - 27.08.2018 12:20 |
Carbon Copy Постоянный участник So close no matter how far |
|
R-J-Dio Постоянный участник |
|
« Предыдущая тема · Молекулярная и клеточная биология · Следующая тема » |