Rambler's Top100
Лёгкая версия форума* Виртуальная клавиатура  English  
Molbiol.ru | О проекте | Справочник | Методы | Растворы | Расчёты | Литература | Орг.вопросы
Web | Фирмы | Coffee break | Картинки | Работы и услуги | Биржа труда | Междисциплинарный биологический онлайн-журналZbio-wiki

NG SEQUENCING · ЖИЗНЬ РАСТЕНИЙ · БИОХИМИЯ · ГОРОДСКИЕ КОМАРЫ · А.А.ЛЮБИЩЕВ · ЗООМУЗЕЙ


Темы за 24 часа  [ Вход* | Регистрация* ]  
   



Форум: 
 

Результаты поиска -- Найденные сообщения --

страницы (55):  1 2 3 > » 

Хранение праймеров
Carbon Copy
Постоянный участник
So close no matter how far


Отправлено: 26.08.2019 17:43  |  Молекулярная и клеточная биологияМолекулярная и клеточная биология  |  link: #1766599  |  Ответов: 10  |  Просмотров: 1 200
(DK. @ 19.08.2019 21:05)
  У кого какие опыт/соображения на сей счет, кроме как "сами дальше и тестируйте"? smile.gif

Иногда свойства праймеров и проб меняются при хранении. Залепили как то тест по опубликованным (более того - рокомендованным CDC) праймерам и Такманам. Свежие реакции с праймерами и пробами из стоков работали нормально, но, стоило primer/probe mix постоять денёк в холодильнике на 4 оС - начинала лезть неспецифика на поздних циклах. То же было, если mix многократно замораживали/оттаивали. Чем объяснить - непонятно, скорее всего взаимодействием однонитевой ДНК в растворе в силу частичной комплиментарности сиквенсов. Оставили Такман и поменяли праймеры на самопальные - всё заработало нормально. Вобщем мораль - всё обязательно нужно тестировать и валидировать. Если лаба диагностическая, стабильность primer/probe mix, или в Вашем случае PCR mix, - валидация с подробной документацией обязательна. Кстати я бы лучше хранил приготовленные реакции на - 80 оС, а не - 20 оС.

анализатор ABI 3500XL
Carbon Copy
Постоянный участник
So close no matter how far


Отправлено: 26.07.2019 16:17  |  Молекулярная и клеточная биологияМолекулярная и клеточная биология  |  link: #1762913  |  Ответов: 5  |  Просмотров: 1 243
Ну дык, понты в России дороже денюх. Оне теперича в булошную завсегда на такси изволят ездить. А в лабах предпочитают седалища в креслах с подлокотниками размещать.

анализатор ABI 3500XL
Carbon Copy
Постоянный участник
So close no matter how far


Отправлено: 22.07.2019 23:23  |  Молекулярная и клеточная биологияМолекулярная и клеточная биология  |  link: #1762261  |  Ответов: 5  |  Просмотров: 1 243
Ты же вроде на стульях с подлокотниками собирался сидеть, а не на приборе? Какие 8-капиллярные наборы ты собрался использовать? Полимер, анодныей и катодный буферы одинаковые и для 3500 и для 3500XL. Ты уж определись сначала, сколько тебе нужно капилляров для счастья, а потом и апгрэйдись.

Лабораторные стулья/кресла
Carbon Copy
Постоянный участник
So close no matter how far


Отправлено: 16.07.2019 21:12  |  Молекулярная и клеточная биологияМолекулярная и клеточная биология  |  link: #1761290  |  Ответов: 5  |  Просмотров: 1 163
Конечно берите с подлокотниками! А ещё лучше - одкидывающиеся с подножкой, Wi-Fi, и бесплатным доступом к iTunes. Лучше всего конечно было бы со встроенным телевизором, как в самолёте, но, для обычной лабы это - слишком. Хотя, если Ваша лаба - необычная и люди сами готовы платить за возможность поработать у Вас, то тогда - да, берите!

need help with PCR
Carbon Copy
Постоянный участник
So close no matter how far


Отправлено: 20.06.2019 16:05  |  Молекулярная и клеточная биологияМолекулярная и клеточная биология  |  link: #1758087  |  Ответов: 10  |  Просмотров: 768
Я думаю, что ПЦР у Вас идёт с очень низкой эффективностью и поэтому Вы не видите фрагментов, так как их мало. Проще всего будет ничего не менять, а поставить вторичную ПЦР с праймерами, комплиментарными к овехэнгам.

Скандал на защите PhD в МГУ
Carbon Copy
Постоянный участник
So close no matter how far


Отправлено: 08.06.2019 06:51  |  БеседаБеседа  |  link: #1756634  |  Ответов: 21  |  Просмотров: 765
(Asterix @ 07.06.2019 22:59)
Ну неужели так трудно найти?  зашли в свой ФБ  и нажали на поиск  .. на Олега Гусева ...  он  же научный руководитель  диссера этого.
Если вдруг появятся какие особо интересные комменты  ... благодаря  анонимности  молбиол ... то я их в ту дискуссию и перепосщю  уже  от себя , чтоб не подставлять  источник..

Нехороший человек, редиска! Сколько Олегов Гусевых на Фейсбуке ты считал? Сотни! Чо так трудно сцылку кинуть што ли.

Скандал на защите PhD в МГУ
Carbon Copy
Постоянный участник
So close no matter how far


Отправлено: 07.06.2019 17:28  |  БеседаБеседа  |  link: #1756599  |  Ответов: 21  |  Просмотров: 765
А сцылку на оригинал дискуссии в ФБ можно?

Технологии секвенирования следующего поколения.
Carbon Copy
Постоянный участник
So close no matter how far


Отправлено: 07.06.2019 16:55  |  Молекулярная и клеточная биологияМолекулярная и клеточная биология  |  link: #1756596  |  Ответов: 1144  |  Просмотров: 248 527
Про "NGS способно потеснить обычную ПЦР-диагностику" - это Вы конечно безжалостно натянули сову на глобус. И как правильно и неоднократно уже было замечено уважемыми участнегами дискуссии - основная проблема - в целеполагании. Кому нужны дорогие длинные риды с ошибками? Особенно когда подавляющее большинство применений NGS - это дешёвые короткие риды, или уж вообще упрощая - клинические опухолевые PCR панели. Каково практическое использование, кроме как "мы тоже могём не хуже буржуев"? Может если обозначить хотя бы приблизительно область применения, то и инвесторы бы нарисовались?

Тема строителей нового молбиола
Carbon Copy
Постоянный участник
So close no matter how far


Отправлено: 05.06.2019 22:20  |  БеседаБеседа  |  link: #1756390  |  Ответов: 211  |  Просмотров: 5 801
(newold @ 05.06.2019 19:21)
Ссылка на исходное сообщение  Причем неинтегрировавшийся такой иммигрант. Интегрировавшиеся на англоязычных форумах болтают. Вот и ниша молбиола. Всегда будут те кто не смог или не захотел интегрироваться в буржуйскую тусовку. И те кто не уехали.

Сказал newold, интегрировавшийся в форум Молбиол 5 июня 2019 года. Многих интегрировавшихся / неинтегрировавшихся знали, чтобы такие обобщения о нише Молбиола делать? Или просто взбзднуть под новым ником захотелось? На большее Ваш анализ не тянет.

Тема строителей нового молбиола
Carbon Copy
Постоянный участник
So close no matter how far


Отправлено: 05.06.2019 17:27  |  БеседаБеседа  |  link: #1756377  |  Ответов: 211  |  Просмотров: 5 801
(Asterix @ 04.06.2019 15:01)

А новое поколение  не пришло ,  оно  другое  , им это не надо , у них  другие  понятия  и другие проблемы в жизни.  И другие формы организации  досуга.

Им же тем более бесплатно советы давать  незнакомым людям  тратя свое личное время  - они это вообще не понимают. Они  в диком капитализме выросли.  Потреблять услуги  - это нормально , а вот отдавать  - это ищи дурака.

Да, интересно было бы создать психологический портрет обитателя форума Молбиол. Наверное он/она должен быть достаточно альтруистичным, чтобы задаром помогать и раздавать советы незнакомым никам. Он/она должен быть специалистом и обладать глубокими теоретическими знаниями и навыками работы с аппаратурой. В то же время он/она должен испытывать недостаток общения, по крайней мере общения определённого интеллектуального уровня на родном языке. Кто же у нас получился? Ба! Знакомые всё лица! Совковский молекулярщик-иммигрант!

Тема строителей нового молбиола
Carbon Copy
Постоянный участник
So close no matter how far


Отправлено: 02.06.2019 17:23  |  БеседаБеседа  |  link: #1755956  |  Ответов: 211  |  Просмотров: 5 801
Форум - это общение. Когда человек ищет общения онлайн? Когда ему не хватает его офлайн. Hужен совет по работе - идёт на профессиональный форум. Если недавно иммигрировал или собирается - идёт на иммигрантский форум. Если одиноко и нес кем поболтать - то в Беседу. Если форум умирает, значит всё у людей в порядке, и им не нужна дополнительная информация. Это может свидетельствовать только об одном - уменьшении активности в определённой сфере. Когда активность повышается, увеличивается число вовлечённых людей, которые неизбежно сталкиваются с проблемами и вынуждены искать пути их решения. Молбиол поднялся на двух волнах - массовой эмиграции, когда люди лишенные привычной интеллектуальной среды, искали общения онлайн и резком техническом усложнении молекулярной биологии, в силу чего исследователям нужна была специфическая информация и советы профессионалов. Обе волны сошли на нет, что неизбежно отразилось на форуме. Какими будут следующие вызовы и будут ли они? И сработает ли эта площадка? Время покажет. Может вообще мир сорвётся в мрак нового средневековья, и вся молбиология перестанет существовать? Тогда наверное, можно будет зайти сюда и понастальгировать "а помнишь как в ТОР10 клонировали?" или "ты форезы в каком буфере гонял ТА или ТВ?".

Тема строителей нового молбиола
Carbon Copy
Постоянный участник
So close no matter how far


Отправлено: 31.05.2019 21:28  |  БеседаБеседа  |  link: #1755783  |  Ответов: 211  |  Просмотров: 5 801
(Asterix @ 31.05.2019 18:39)
Ссылка на исходное сообщение  Ах ,  я таю и млею ...  Ну заходи  , если  что  опять...

А ты тут за кого? Билетёра? Домового? А может ты и есть тот самый мистический Редактор? Можно я как и раньше, без спросу буду заходить? Ну пожалуйста! Плиииизи плиииз!

Тема строителей нового молбиола
Carbon Copy
Постоянный участник
So close no matter how far


Отправлено: 31.05.2019 20:30  |  БеседаБеседа  |  link: #1755779  |  Ответов: 211  |  Просмотров: 5 801
(Bear @ 31.05.2019 07:44)
Ссылка на исходное сообщение  Это из чего следует?

Какие конференции? Какие гранты? Этого добра в сети навалом - рассылки надоели уже.

молбиол был интересен совсем другим: методиками, комментариями и помощью с переводом и многим другим. Но сейчас это старая помойка для седеющих мальчиков с падающим тестостероном. Время молбиола безвозвратно прошло. Трудно даже представить ту нишу, где он мог бы быть конкурентным. у молбиола был ряд отличных проектов, но всё было спущено в унитаз.  Остались одни энтомологи. Они молодцы.

А чем Вам седеющие мальчики не угодили? Как говорится "Других писателей у меня для вас нет" (С). Пассионарность последнего поколения Совка не определяется одним лишь тестостероном. Если у Вас с ним личная проблема, умнее было бы промолчать. И не стоит обзывать эту площадку помойкой, равно как и забывать про обратную сторону - читателей. Да, редеют ряды ветеранов форума и пионеров Молбиола, но пока сервера в Германии не прихлопнули, молодёжь будет иметь возмозность пользоваться ресурсом со своих селфонов и лабораторных компьютеров. "Безвозвратно прошло" Ваше личное время на Молбиоле, а для будущих читателей и возможно участников, тут каждое слово отлито в граните, если поиском воспользоваться.

Выделено из Проблема про диагностике HBV методом Real time PCR
Carbon Copy
Постоянный участник
So close no matter how far


Отправлено: 30.05.2019 22:22  |  БеседаБеседа  |  link: #1755654  |  Ответов: 12  |  Просмотров: 559
Всё нам про вас понятно уже давно. Форум конечно подзасрали, но он скорее жив, чем мёртв. Я же пока ещё сюда пейшу, как и некоторые другие, как Вы выразились "живые участники". Но, одного местного пейсателя следовало бы конечно ограничить в доступе, не задумываясь, живой он или не очень.

Выделено из Проблема про диагностике HBV методом Real time PCR
Carbon Copy
Постоянный участник
So close no matter how far


Отправлено: 30.05.2019 20:14  |  БеседаБеседа  |  link: #1755632  |  Ответов: 12  |  Просмотров: 559
(Daemonarchestratygos @ 30.05.2019 17:08)
Ссылка на исходное сообщение  eek.gif

Я вообще-то всегда считал, что это - бот. confused.gif

Проблема про диагностике HBV методом Real time PCR
Carbon Copy
Постоянный участник
So close no matter how far


Отправлено: 29.05.2019 21:14  |  Молекулярная и клеточная биологияМолекулярная и клеточная биология  |  link: #1755510  |  Ответов: 42  |  Просмотров: 1 167
(vb @ 29.05.2019 14:54)
Ссылка на исходное сообщение  могу дать единственный дельный совет - менять наборы.
вот тут под боком врач кдл сидит, говорит, что литех послали еще несколько лет назад, так как они на этих наборах фсвок не прошли.
надеюсь, вы знаете что такое фсвок?
У меня был свой опыт работы с литехом, но к кдл это не относится..

О, оказывается в России такое есть! Это compliance agency наверное? Типа CAP в Штатах? Очень хорошо! А то всякие умельцы понаделали ПЦР наборов, при этом ни ухом ни рылом ни в молекулярке, ни в эпидемиологии. Их что такое валидация и верификация спроси - в ответ только мычание и круглые глаза. Правда всегда одна - выкидывайте набор, так как действительно - КДЛ - не исследовательская лаборатория, и оптимизацией Вы не обязаны заниматься. В данном конкретном случае если необходимо доложить ресультаты анализа, обязательно включите информацию каким именно набором и в каких условиях он был сделан, чтобы прикрыть собственную попу и если что перевести стрелки на Литех.

Стерилизация ламинар-бокса
Carbon Copy
Постоянный участник
So close no matter how far


Отправлено: 17.05.2019 21:00  |  Молекулярная и клеточная биологияМолекулярная и клеточная биология  |  link: #1753922  |  Ответов: 6  |  Просмотров: 762
На всё руки от скуки! smile.gif

транскрипт ITS1&ITS2
Carbon Copy
Постоянный участник
So close no matter how far


Отправлено: 16.05.2019 22:47  |  Молекулярная и клеточная биологияМолекулярная и клеточная биология  |  link: #1753827  |  Ответов: 7  |  Просмотров: 686
Не извольте беспокоиться, Ваше Сиятельство! Щас ведущие иксперды Молбиола подкатят Вам свежайший датасет! Даже если его не существует в природе, животы положат, но датасет добудут для Вашей Светлости! И транскрипты и сплайс варианты достанут, лишь бы угодить! И короткие и длинные - какие Вашей душеньке угодно!

Выделение ДНК
Carbon Copy
Постоянный участник
So close no matter how far


Отправлено: 26.04.2019 17:46  |  Молекулярная и клеточная биологияМолекулярная и клеточная биология  |  link: #1751583  |  Ответов: 9  |  Просмотров: 1 467
А вдруг в сертифицированном образце крови другой антикоагулянт? Гепарин например, а с цитратной кровью Ваш набор не будет работать? А ещё есть EDTA, оксалат и флуорид. Так шта откосить не получится и придётся Вам проверять Ваш кит на батарее кровей от разных доноров (больных и здоровых) с разными антикоагулянтами/консервантами. И сравнительный анализ с другими наборами. И качественный анализ ДНК, выделенной Вашим китом. А с одним результатом с сертифицированной кровью я бы Ваш кит направил в единственное подобающее место - в мусорное ведро.

Выделение ДНК
Carbon Copy
Постоянный участник
So close no matter how far


Отправлено: 26.04.2019 16:56  |  Молекулярная и клеточная биологияМолекулярная и клеточная биология  |  link: #1751576  |  Ответов: 9  |  Просмотров: 1 467
Предполагаю что ни один из сотен китов для выделения гДНК из крови ведущих мировых производителей никогда не был валидирован подобным образом с использованием сертифицированных образцов человеческой крови. Надуманная какая-то проблема. Да и как можно сертифицировать кровь? Доказать, что из нее выделяется гДНК?

Выделение ДНК
Carbon Copy
Постоянный участник
So close no matter how far


Отправлено: 25.04.2019 17:07  |  Молекулярная и клеточная биологияМолекулярная и клеточная биология  |  link: #1751464  |  Ответов: 9  |  Просмотров: 1 467
А чем сертифицированная человеческая кровь отличается от несертифицированной? Только ценой. Innovative Research продаёт Single Donor Human Whole Blood. Можно выбрать рассу, возраст и пол донора. Ну и другие компании тоже. А проще всего договориться со станцией переливания крови - её там всё равно сжигают.

Next-gen секвенирование в России
Carbon Copy
Постоянный участник
So close no matter how far


Отправлено: 24.04.2019 23:26  |  Молекулярная и клеточная биологияМолекулярная и клеточная биология  |  link: #1751339  |  Ответов: 3292  |  Просмотров: 384 837
(genseq @ 24.04.2019 05:18)
Ссылка на исходное сообщение  Иллюстрации к докладу "Секвенирование - 2019" на конференции "День ДНК - 2019":

Очень хорошо! Успехов завтра! Надеюсь можно будет потом посмотреть запись конференции на Ютубе.

Corbett Palm Cycler в наши дни
Carbon Copy
Постоянный участник
So close no matter how far


Отправлено: 16.04.2019 19:16  |  Молекулярная и клеточная биологияМолекулярная и клеточная биология  |  link: #1750467  |  Ответов: 25  |  Просмотров: 1 633
Вы всегда покупаете только то, что Вам предлагают? А самому? На ebay можно купить рабочий циклер за 100 баксов. Я бы выбрал MJ Research за их неубиваемость. Biometra тоже делала простые относительно недорогие надёжные циклеры. Labnet торгует дешевыми циклерами Made in China. Ну и есть наверное оригинальные китайские бреэнды на AliExpress. С Palm Cycler у Вас наверняка будут проблемы с компьютером, хотя в приборе с которым я работал умер термоблок. Если Ваши друзья так упорно навязывают Palm Cycler, я бы взял инструмент на тест драйв на недельку, чтобы убедиться в отсутствии глюков и только после этого задумывался о покупке.

Corbett Palm Cycler в наши дни
Carbon Copy
Постоянный участник
So close no matter how far


Отправлено: 15.04.2019 16:22  |  Молекулярная и клеточная биологияМолекулярная и клеточная биология  |  link: #1750240  |  Ответов: 25  |  Просмотров: 1 633
Что неужели в институте вообще нет ни одного циклера ни в какой лаборатории? А в соседнем институте? Попроситься на ночь поставить ПЦР влом? А послать коллегам свою ДНК по почте? Заказать сервис на крайняк? Зачем Вам ПЦР циклер если Вы не молекулярный биолог? Может лучше скооперироваться со специалистами? Столько вопросов и все без ответа. Про Corbett Palm Cycler я бы Вам много мог понарассказать, но мне кажется оно Вам не совсем надо.

Центрифужные колонки
Carbon Copy
Постоянный участник
So close no matter how far


Отправлено: 12.04.2019 16:43  |  Молекулярная и клеточная биологияМолекулярная и клеточная биология  |  link: #1749969  |  Ответов: 16  |  Просмотров: 1 217
(genseq @ 12.04.2019 06:21)
Ссылка на исходное сообщение  Вообще-то, речь шла не о ПЦР, а об очистке ампликонов перед секвенированием.
За что расстреливать?

Вообще-то методом Сангера секвенируются однонитевые продукты элонгации праймера в dideoxy терминальной реакции. Это не коим образом не ПЦР, равно как секвенируются никоим образом не ампликоны. Не ожидал, genseq, честно говоря от Вас подобной безграмотности. Топикстартер спросил(а) об очистке ПЦР перед секвенированием, то есть матрицы для dideoxy реакции, насколько я понял. С ампликонами в ПЦР лаборатории шутки плохи. И если использовать повторно расходники, загрязнённые продуктами ПЦР, рано или поздно проблем не миновать. К тому же, как уже указывалось, существует столько разных методов очистки ПЦР, что извращаться с регенерированием колонок - тупизна за гранью понимания.
страницы (55):  1 2 3 > »  

Новые сообщения  Есть новые сообщения
Нет новых сообщений  Нет новых сообщений
Нет новых сообщений*  Тема с вашим участием
Горячая тема - новые сообщения  Горячая тема (есть новые сообщений)
Горячая тема - нет новых сообщений  Горячая тема (нет новых сообщений)
Важно - нет новых сообщений  Важная тема
Опрос - есть новые голоса  Опрос — есть новые голоса
Опрос - нет новых голосов  Опрос — нет новых голосов
Опрос -нет новых голосов  Опрос с вашим участием
Объявление  Объявление
Тема закрыта  Закрытая тема
Тема перемещена  Перемещённая тема


Rambler   molbiol.ru - методы, информация и программы для молекулярных биологов              

 ·  Викимарт - все интернет-магазины в одном месте  ·  Доска объявлений Board.com.ua  · 
--- сервер арендован в компании Hetzner Online, Германия ---
--- администрирование сервера: Intervipnet ---

Хеликон · Диаэм · ИнтерЛабСервис · Beckman Coulter · SkyGen · ОПТЭК · BIOCAD · Евроген · Синтол · БиоЛайн · Sartorius · Химэксперт · СибЭнзим · Tecan · Даниес · НПП "ТРИС" · Биалекса · ФизЛабПрибор · Genotek · АТГ Сервис Ген · Биоген-Аналитика
Ваш форум  ·  redactor@molbiol.ru  ·  реклама  ·  Дата и время: 20.09.19 11:40
Bridged By IpbWiki: Integration Of Invision Power Board and MediaWiki © GlobalSoft