molbiol.ru -> Вопрос по электрофорезу

> Все форумы > Тематические форумы > Молекулярная и клеточная биология

Zbio-wiki

NG SEQUENCING · ЖИЗНЬ РАСТЕНИЙ · БИОХИМИЯ · ГОРОДСКИЕ КОМАРЫ · А.А.ЛЮБИЩЕВ · ЗООМУЗЕЙ

Правила FAQ* Поиск* Участники* Календарь* Избранные темы* Форум Форумов*

Темы за 24 часа [ Вход* | Регистрация* ]

Форум:

* Вопрос по электрофорезу

Операции: Хочу стать куратором* · Подписаться на тему* · Отправить страницу по e-mail · Версия для печати*
Внешний вид:* Схема · [ Стандартный ] · +Перв.сообщ.

Irenemor

17.11.2016 19:48

URL #1

Господа, можно детский вопрос? Что вы видите на этом фото ниже маркера длины (маркер: 80-100-200-300...)? Заранее спасибо!

Картинки:
картинка: 2016_11_17_13.00.47.png

2016_11_17_13.00.47.png — (414.98к)

ship
Постоянный участник
Moscow

17.11.2016 22:28

URL #2

праймеры

Irenemor

17.11.2016 22:41

URL #3

А еще что-нибудь может быть? Ну вот хоть что-нибудь? Я, честное слово, не глумлюсь, я проверяю на маразм - не Вас, конечно, и, надеюсь, не себя. Вот что еще может так светиться на форезе при банальной ПЦР, где ДНК была выделена из щечного соскоба на колонках Qiagen и отПЦРена с помощью Taq?

ksm
Постоянный участник

18.11.2016 00:48

URL #4

а сколько вы вообще праймеров в ПЦР кладете? это ведь ПЦР? и сколько циклов?

Сообщение было отредактировано ksm - 18.11.2016 00:49

Irenemor

18.11.2016 01:20

URL #5

Да стандартно. 35 циклов, по 1 мкл 10mM праймеров. Эту ПЦР делали студенты на практикуме (первый раз в жизни), отсюда такое качество.

Panaev
Постоянный участник

18.11.2016 07:02

URL #6

Тоже за праймеры.
Теоретически ДНК из пробы может быть. Но эукариотическая чаще всего валится на фрагменты 2-10 кб. Чтоб так мелко пощепилась я не видел.

Irenemor

18.11.2016 09:47

URL #7

Похоже, маразм все-таки не у меня...

Guest
IP-штамп: frChUhTI1vb3o
гость

18.11.2016 12:37

URL #8

Это не маразм, это паранойя.

Irenemor

18.11.2016 12:41

URL #9

Думаю, даже хуже...

ship
Постоянный участник
Moscow

18.11.2016 14:29

URL #10

а в чем проблема то? это абсолютно нормально, что праймеры видны. особенно учитывая что ПЦР продута не сильно много.
ну и кстати 1 мкл в реакцию 10 мМ праймеров - это перебор. вероятно все таки сток праймеров 10 мкМ?

Irenemor

18.11.2016 14:37

URL #11

Да, пардон, мкМ, конечно. Проблема больше политическая: проблема в том, что моя (скоро бывшая) начальница решила таким вот образом проявить свою мне нелюбовь. То есть заявила перед своей аспиранткой, что это никак не могут быть праймеры. Что угодно, но не димеры праймеров - потому что эти вот пятна (внимание!) выше (или ниже), чем должны быть димеры праймеров. Она еще прибавила, что это могут быть dNTP. Глядя на мою отвисшую челюсть, она быстренько поправилась, что это что угодно, но НЕ димеры праймеров. Я в полном афигее, потому что я понимаю нелюбовь и понимаю, что можно ее проявлять, но не настолько ж глупо! Но на всякий случай решила проверить все-таки, что дура здесь не я. Ну невозможно ж поверить, чтобы сотрудник старшего звена нес такую ахинею. Проще поверить, что я недоучилась. Так что спасибо!

-Ъ-
Постоянный участник
Москва

18.11.2016 15:38

URL #12

Даже не димеры, просто избыток праймеров. Но легкая димеризация возможно там есть, но качество фореза и несоотвествующий маркер м.м. не позволяют об этом говорить.

Ляпнула так ляпнула!

Шефиня - дура.

Школьники, стюденты, аспиранты понятно, но форез ... это ужас, постараться надо.

Irenemor

18.11.2016 16:08

URL #13

Кабы еще ляпнула, это можно понять. Но она обоснованно утверждала :-)

dk
Постоянный участник
Россия

18.11.2016 19:22

URL #14

Праймеры. Вообще не понимаю, почему это кого-то должно смущать? А "буковки" у Вас светиться не будут: у Вас же EtBr - а он интеркалирующий агент - ему дуплекс желателен, образно говоря.

Irenemor

18.11.2016 19:34

URL #15

У меня не будут :-) А у нее, похоже, будут.

В общем, моя психическая адекватность, кажется, доказана. А то, что она дура - это ее личные проблемы, ей с ними и жить.

Спасибо огромное!

Veshka
Постоянный участник
Москва

20.11.2016 23:34

URL #16

Есть 100500 способов доказать, что это праймеры. Самый простой - оптимизировать условия ПЦР и взять от 0.1 до скольких-нибудь пикомолей на реакцию каждого олига. И всё, в принципе, будет видно. Есть и более извращённые и точные способы.

Но кого это волнует? Праймеры, шраймеры.. Есть ПЦР и больше ничего не нужно, в 99% случаев.

Irenemor

20.11.2016 23:35

URL #17

Согласна. С первым и со вторым.

ksm
Постоянный участник

21.11.2016 01:54

URL #18

да не говорите глупостей: праймеров берут 10 пкмоль/мкл... и все тут

ship
Постоянный участник
Moscow

21.11.2016 12:11

URL #19

(genseq @ 21.11.2016 08:07)

Если мне не изменяет склероз, 1 pМ в 1 мкл соответствует концентрации 1 мкМ. На реакцию (на 20...25 мкл) требуется 4...5 pM каждого праймера, хотя если ампликоны короткие, то можно добавить и 10 pM. Если добавить 1 мкл праймеров с концентрацией 10 мМ (!!!), то концентрация праймера в реакции (на 20...25 мкл) составит 400...500 мкМ. Т.е. каждый микролитр реакционной смеси будет содержать 400...500 pМ каждого праймера. А микролитров там 20...25.

Наверное, исходная концентрация была не 10 мМ, а 10 мкМ. Тогда в каждом микролитре будет по 0,4...0,5 pМ каждого праймера. А в реакционной смеси объёмом 20 мкл праймеров будет по 8...10 pМ.

Если всё-таки исходная концентрация составляла 10 мМ, то на форезе светятся праймеры. Причём при такой концентрации могли бы светиться и поярче.

прежде чем все эти расчеты писать можно было бы прочитать всю ветку,где автор уточнила, что олиги были 10 микромолярные

-Ъ-
Постоянный участник
Москва

25.11.2016 12:20

URL #20

А где это Генсек так рассуждал, уже не вижу на ветке. Стыдно стало и удалил. Я бы тоже удалил.
Химики все, во всяком случае мои, выдают продукцию в разжеванном виде - #толькодабавьводы#, а лучше ТЕ нужного объема и будет у Вас 10 или 100 мкМ концентрация, т.е. 10- или 100- кратный раствор. И все, оптимизируй конечную концентрацию, которая, как правило, получается меньше 1 мкМ.
А термины "количественно, в пкмолях" - не комильфо, лаб.жаргон.

genseq
Постоянный участник

25.11.2016 15:51

URL #21

(-Ъ- @ 25.11.2016 10:20)

А где это Генсек так рассуждал, уже не вижу на ветке. Стыдно стало и удалил.

Ты прав. Увидел явную лажу, но не стал вчитываться в последующие поправки и выпендрился не по делу.

Надеялся, что после зачистки об этом никто не вспомнит, но ошибся.

dk
Постоянный участник
Россия

25.11.2016 20:37

URL #22

#этожМолБиол
Тут не то что "соринку в глазу" - тут каждый пкмоль будут припоминать до смерти!

watchesbiz
Постоянный участник

23.11.2021 15:55

URL #23

https://jumpshare.com/v/QxZ9Rn2mfDCaBq2AdBG1
https://www.edocr.com/v/znnrba3z/watcheshut...lica-Watches-UK
https://www.tuugo.us/Companies/best-replica...s/0310006695505
https://topsitenet.com/article/988178-hints...ca-rolex-watch/
http://simp.ly/p/nxGlWb
https://telegra.ph/Hints-on-Choice-of-a-Hig...lex-Watch-02-22
https://replicarolexwatche2.blog.fc2.com/blog-entry-1.html
https://www.knowpia.com/s/blog_60f7e7c31014a97a
https://zenwriting.net/replicawatches24/hin...ica-rolex-watch
https://globalcatalog.com/replicawatchesuk.us/en
http://www.cplusplus.com/articles/iE1wvCM9/
https://eatsleepride.com/c/346210/hints_on_...ica_rolex_watch
https://www.myminifactory.com/users/watcheshutukcom
https://www.mioola.com/ReplicawatchesUK/post/199764/
https://en.gravatar.com/allreplicawatches24
https://8tracks.com/replicawatchesuk

nigoal123
IP-штамп: frAWeMdOsBSXM
гость

19.05.2022 06:48

URL #24

Anyone can connect บาคาร่าออนไลน์ with their audience slot xo through blogging and enjoy 11hilo you who your readers are. สล็อต the myriad benefits that 123GOAL blogging provides

organic traffic from nigoal from the first sentence.ลิงค์รับทรัพย์ search engines promotional พ ริ ต ตี้ เกม มิ่ง content for social media ราคา บอล and recognition from a new Hotgraph audience you haven’t tapped into yet.

Кнопка "Транслит" перекодирует
текст из транслита в кирилицу.
Правила перекодировки здесь;
текст в квадратных скобках'[]'
не преобразуется.

Имя:

Отправка сообщений использует JavaScript операции. В вашем броузере не
установлено/отключено выполнение JavaScript программ. Используйте Netscape Navigator
или Internet Explorer (не ранее 3 версии); убедитесь, что выполнение JavaScript
программ разрешено в настройках вашего броузера.