molbiol.ru -> Секвенирование замкнутых геномов

> Все форумы > Тематические форумы > Молекулярная и клеточная биология

Zbio-wiki

NG SEQUENCING · ЖИЗНЬ РАСТЕНИЙ · БИОХИМИЯ · ГОРОДСКИЕ КОМАРЫ · А.А.ЛЮБИЩЕВ · ЗООМУЗЕЙ

Правила FAQ* Поиск* Участники* Календарь* Избранные темы* Форум Форумов*

Темы за 24 часа [ Вход* | Регистрация* ]

Форум:

* Секвенирование замкнутых геномов -- то бишь кольцевых --

Операции: Хочу стать куратором* · Подписаться на тему* · Отправить страницу по e-mail · Версия для печати*
Внешний вид:* Схема · [ Стандартный ] · +Перв.сообщ.

Galicarnax

18.03.2010 15:45

URL #1

Зрасьте, я сам имею дело с геномами, но, так сказать, in silico. В жизни не держал ДНК в руках. Но вот появился вопрос касательно секвенирования, на который гугление не дало ответа. А именно, интересует, как выбираются точки начала секвенирования в кольцевых геномах, например, бактерий? Ведь если скачать последовательность в файлах типа GenBank - там есть начало и конец последовательности, а в заголовке просто указано, что топология - circular. Так вот если скачать геномы, например, E.coli, секвенированные разными группами, то начало и конец примерно совпадают. Как выбирается точка на кольце для начала секвенирования? Совпадает ли она с точкой начала репликации, или выбирается наобум?

distemper
Постоянный участник

18.03.2010 16:00

URL #2

ну вот вы собственно на свой вопрос сами и ответили. геномы несомненно кольцевые, а отсчет начинается от ориджина.

Andrew
Постоянный участник
Москва

18.03.2010 16:07

URL #3

Немного поправлю: это не точка "начала секвенирования", а точка начала нумерации нуклеотидов.

Galicarnax

18.03.2010 16:51

URL #4

Спасибо, я так и предполагал, но есть еще маленькая неясность, касательно кольцевых геномов, у которых несколько ориджинов (напр., геномы некоторых органелл, некоторых архей). В GenBank-файлах я не находил никакой инфы о том, как соотнесен отсчет оснований с ориджинами.

guest: ммм
IP-штамп: frwHRv5zEzGDY
гость

18.03.2010 18:04

URL #5

Секвенирование делается из клонированных линейных кусков генома.
Те кольцевая ДНК априрорно вся поломана на куски случайным образом, затем эти куски секвенируются.
А потом последовательность восстанавливается путем перекрытия секвенированных фрагментов. Поэтому говорить о начале точки секвенирования бессмыслено. А вот какую букву назвать первой это дело вкуса и договоренности.

Galicarnax

18.03.2010 20:40

URL #6

Это все понятно, меня интересовал вопрос выбора начальной точки (ее я не совсем корретно назвал точкой начала секвенирования) в конечном линейном представлении в файле (а оно там именно линейное). А вот про дело вкуса и договоренности - господа биологи! так все-таки есть стандарт привязывания начала к ориджину, или это вовсе не обязательно для случайно выбранного генома в генбанке?

guest: ммм
IP-штамп: frwHRv5zEzGDY
гость

18.03.2010 22:16

URL #7

Не уверен что вы найдете ответ здесь, но попробуйте.

Хотя, вы наверное уже искали там.

http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Genbank/genomesubmit.html
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/genomes/static...submission_form

Guest1
Постоянный участник

18.03.2010 22:51

URL #8

(distemper @ 18.03.2010 17:00)

не у всех микробактерюхосволочей - есть линейные -
отсеквенировал намедни иллуминой-Солексой 6 изолятов с перекрытием 50-100 "Хламидий Попугаев" ( примерно 1 лимон буковок) -нормальненько собрались "без контигов" и " без дырок"

Guest1
Постоянный участник

18.03.2010 23:06

URL #9

(Galicarnax @ 18.03.2010 16:45)

Зрасьте, я сам имею дело с геномами, но, так сказать, ин силицо. В жизни не держал ДНК в руках. Но вот появился вопрос касательно секвенирования, на который гугление не дало ответа. А именно, интересует, как выбираются точки начала секвенирования в кольцевых геномах, например, бактерий? Ведь если скачать последовательность в файлах типа ГенБанк - там есть начало и конец последовательности, а в заголовке просто указано, что топология - цирцулар. Так вот если скачать геномы, например, Е.цоли, секвенированные разными группами, то начало и конец примерно совпадают. Как выбирается точка на кольце для начала секвенирования? Совпадает ли она с точкой начала репликации, или выбирается наобум?

В Иллумине-Солексе - одна дорожка на геном бактерюхи примерно получается

Guest1
Постоянный участник

18.03.2010 23:14

URL #10

(Galicarnax @ 18.03.2010 16:45)

http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC1796773/

Guest1
Постоянный участник

18.03.2010 23:20

URL #11

(Galicarnax @ 18.03.2010 16:45)

Ну и какая "Большая Задница" между "кольцевыми геномами" и "линейными геномами" бактерюх ?

Guest1
Постоянный участник

19.03.2010 22:04

URL #12

(Galicarnax @ 18.03.2010 16:45)

Корейцы опубликовали в ПНАСЕ перед новым годом генотипирование по 17 патогенным общемировым изолятам
ХОЛЛЛЕРЫ полногеномным секвенированием Иллуминой, Рошевским 454 , капиллярником Сангером

Конечно рошевский 454 и капиллярники были добавлены в статью , как "прицепы"

ну не выбрасывать же "соавторов по баблу" от правительства Кореи

nigoal123
IP-штамп: fr/1ZkUsuBQOE
гость

07.12.2021 11:28

URL #13

there are so many objectives แทงบอล of Article Writing on various สล็อต123 topics like society, nigoal123 persons, locations 123game rising-issues. คาสิโนออนไลน์ and technical developments.

It influences some readers. หวย and some may fail in audience เว็บ 123 perception because of messiness เว็บ 123 to least important. แทงบอลออนไลน์ in your article writing. สล็อต123 So, following the correct format of writing

Кнопка "Транслит" перекодирует
текст из транслита в кирилицу.
Правила перекодировки здесь;
текст в квадратных скобках'[]'
не преобразуется.

Имя:

Отправка сообщений использует JavaScript операции. В вашем броузере не
установлено/отключено выполнение JavaScript программ. Используйте Netscape Navigator
или Internet Explorer (не ранее 3 версии); убедитесь, что выполнение JavaScript
программ разрешено в настройках вашего броузера.