Molbiol.ru | О проекте | Справочник | Методы | Растворы | Расчёты | Литература | Орг.вопросы Web | Фирмы | Coffee break | Картинки | Работы и услуги | Биржа труда | Zbio-wiki NG SEQUENCING · ЖИЗНЬ РАСТЕНИЙ · БИОХИМИЯ · ГОРОДСКИЕ КОМАРЫ · А.А.ЛЮБИЩЕВ · ЗООМУЗЕЙ Темы за 24 часа [ Вход* | Регистрация* ] Форум: | |
borigv Постоянный участник г. Саратов |
Вероятно спецам в данной области мой вопрос покажется смешным - тем легче будет мне подсказать: коллеги собираются определять концентрацию и чистоту выделенной из растений ДНК/РНК форезным методом и это при наличие в лаборатории реалтаймника. Меня это озадачило - неужели не существует коммерческих наборов для определения концентрации ДНК и РНК полученных из растений? Для человека подобных наборов тьма, но я понимаю что тут другая тема, но все же - мне кажется задача регулярно возникающая и, мне кажется, не так уж сложно решаемая. Да, я понимаю что прежде чем лезть на форум я должен был сам погуглить, но задача не моя и мне легче спросить - возникнет передо мной проблема выбора - залезу и погуглю. |
vb Постоянный участник |
если речь идет о фракционном составе и вторичной структуре, то форез часто довольно подходящий метод, но с оговорками. Как использовать рилтайм для этих целей не очень понятно, хотя, наверное, можно както, но дорого и ограничено. Сообщение было отредактировано vb - 31.01.2018 11:07 |
Ivalex Участник |
Для РНК потребуется синтез кодирующей ДНК и наличие праймеров к генам с постоянным уровнем экспрессии (не отличающимся в зависимости от места/времени/способа получения материала), что сложнее. А вот чистота определяется только форезным методом, ПЦР-ник вам тут не поможет, с моей точки зрения |
dk Постоянный участник Россия |
В данном случае Ваши коллеги правы: не имеет смысла заморачиваться - проще поставить препаративный форез и посмотреть что и где больше "светится". |
borigv Постоянный участник г. Саратов |
Уважаемый vb, вероятно я сумбурно написал и был непонят (или я чего-то не понял) - о каком фракционном составе или вторичной структуре идет речь при работе с геномной ДНК растения? разве что о митохондриальной - если её можно выделить в нативном виде (не помню её длины и соответственно не представляю как она будет выглядеть на форезе), речь врядли идет об разделении хромосом импульсным форезом (если это возможно для хромосом растений). Я просто не представляю себе ценности обследования препарата ДНК форезным методом как этапа подготовки образца к исследованию реалтаймом, мне кажется люди солят море. Сообщение было отредактировано borigv - 31.01.2018 14:32 |
borigv Постоянный участник г. Саратов |
|
dk Постоянный участник Россия |
Форез имеет смысл делать когда ДНК много. Посмотреть можно "что светится" в "тяжёлой" зоне - это очень грубо, но действенно. По крайней мере если в образцах ДНК деградировала и в пробе лишь "обломки" по 200 п.н. - то и надежды особой нет на нормальную ПЦР более-менее длинных фрагментов. На форезе оценить кол-во РНК можно лишь косвенно: что-то "светится" в лёгкой зоне, но там же будут и олиги, и тРНК и ещё куча всего. Оценить степень очистки от белков на форезе тоже не удастся. Поэтому Вам и рекомендуют - либо "заморачиваться" на спектрофотометрию (он Нанодропа до Кубита), либо просто покрасить гель. РТ, по-моему, здесь вовсе не нужен, т.к. это будет ещё более косвенный метод (какие локусы смотреть: мт, пл, я; как оценить кач-во выделения и очистки). В случае человека - не раскрою особого секрета, но вместо различных "хитрых" наборов всё тоже самое можно сделать также "на коленке". Уж установление отцовства по стандартным STR-маркерам можно практически дома на кухне делать. Только условия в мед.генетике другие: всё должно быть максимально стандартизовано и сертифицировано. |
vb Постоянный участник |
вторичная структура - спирализация, кольцевая, линейная и т.п. Вы имеете дело со следовыми количествами, выделенными из ограченных по объему образцов, поэтому у вас больше имеет смысл количественная пцр на хаускипинг и прочее. а у ваших коллег, как я понимаю, материала вагон, источник известен, все на ыорезе и так видно. Поэтому зачем усложнять жизнь? |
borigv Постоянный участник г. Саратов |
мои коллеги докупают к к реалтайму форезную камеру - я не могу понять для чего, не говоря уже о том что форезная камера в ПЦР-лабе это всегда риск на контаминацию (и речь не о форезе ампликонов - там вообще труба). Одним словом - если кто знает наборы о которых я "мечтаю" - порекомендуйте. |
MMM Постоянный участник |
С этого надо было начинать? А вы развели флуд про измерение концентрации. Сообщение было отредактировано MMM - 01.02.2018 09:06 |
borigv Постоянный участник г. Саратов |
|
MMM Постоянный участник |
К разрешению вашего запроса это не приблизит, как не привела вся эта дискуссия сверху. А возникла она конечно по причудливой прихоти vb и dk. |
borigv Постоянный участник г. Саратов |
|
watchesonline89 Постоянный участник |
|
vadimchik152a Постоянный участник |
|
vadimchik152a Постоянный участник |
|
« Предыдущая тема · Молекулярная и клеточная биология · Следующая тема » |