Molbiol.ru | О проекте | Справочник | Методы | Растворы | Расчёты | Литература | Орг.вопросы Web | Фирмы | Coffee break | Картинки | Работы и услуги | Биржа труда | Zbio-wiki NG SEQUENCING · ЖИЗНЬ РАСТЕНИЙ · БИОХИМИЯ · ГОРОДСКИЕ КОМАРЫ · А.А.ЛЮБИЩЕВ · ЗООМУЗЕЙ Темы за 24 часа [ Вход* | Регистрация* ] Форум: | |
Леонид В Постоянный участник Квебек |
например Кто-нибудь такое в редкие часы цитометрического досуга чертит у себя в тетрадке? Не просто увидел-восхитился, а как рабочую лошадку используете? спасибо |
Дядя ФАКСер moderator Nothern Maccaronia, Ticinum |
|
Леонид В Постоянный участник Квебек |
(Дядя ФАКСер @ 26.02.2018 15:44) полезная — эт, понятно. А конкретно, на экране долгими зимними вечерами оси пробовали вращать, чтоб “синтетика“ вышла? Сижу, вот, кручу в разные стороны, поминаю добрым словом фон Майера, но ничего такого красиво-красивого как-то не получается. Вот, думаю, может кручу не по той часовой стрелке. Кстати, если правильно понимаю, то в данных координатах компенсация не требуется. Но, возможно, ошибаюсь Сообщение было отредактировано Леонид В - 27.02.2018 05:13 |
Annabel Участник Бостон, США |
Собственно, этот метод можно использовать - как любой метод работы с компрессией многомерных данных - а) чисто для визуализации результатов в публикации и б) для облегчения анализа нашей головой (или машиной). Для а) как я уже сказала, для успеха нужно, чтобы маркеры были эксклюзивными или полуэксклюзивными, но это скорее удача, чем правило. Тогда анализ становится простым, как полено, но я не буду пользоваться этой штукой даже для таких задач, потому что своей Калузы у меня сейчас нет, а во flowjo эта фича реализована не так красиво (и они ее убили в последней версии, но в старых еще есть - polyvariate display). На запутанных иерархиях, да еще и с потенциально неизвестными популяциями, я лучше возьму t-SNE (просто визуализацию или какие-то варианты, ну и фенограф хорош, да). Если мы про б), то я как-то привыкла 4-5 измерений держать в голове, а все, что больше, на этих графиках все равно кривовато. Но будь у меня Калуза, я бы этой фичей пользовалась, почему бы и нет. Особенно если надо чужие данные покрутить, про которые вообще ничего заранее не понятно. Но я подозреваю, что предел моего воображения лежит примерно там же, где предел возможностей этой методики Написала колтеровскому чуваку, у которого мы только что выкупили огромный Астриос, что они могли бы и подарить нам Калузу. Может, прокатит |
Дядя ФАКСер moderator Nothern Maccaronia, Ticinum |
Я вообще не понимаю всей этой суеты насчет "бионформатики в цитометрии". Банальные трансформации координат, и не более того. В общем, - всех "инноваторв" на первый курс МехМата или ФизТеха, линейную алгебру ботать |
Дядя ФАКСер moderator Nothern Maccaronia, Ticinum |
(Annabel @ 28.02.2018 22:53) ....когда кто-либо сие произносит, то где-то его сразу проклинает дедушка Робинсон |
Annabel Участник Бостон, США |
И да, PCA именно и получится, если взять методичку по линейке для первокура и ограничиться ею... размазня из точек, потому что для цитометрических данных, как только распределение в каком-то из измерений становится неподарочным, PCA превращается в месиво. Про radar plot - да, компенсация там не нужна ровно в том же смысле, что она не нужна при эксклюзивном распределении маркеров и данных, в которых шум от spreading error ниже, чем нижняя граница сигнала положительной популяции. Была где-то полусерьезная статья Рёдерера, что при простом bimodal phenotyping компенсация для анализа не дает вообще ничего в доброй половине случаев так что молиться на идеально ровные квадроплоты совершенно бессмысленно так и тут. Без компенсации тут будет то же самое, что без компенсации в традиционных визуализациях. Сообщение было отредактировано Annabel - 01.03.2018 02:29 |
Annabel Участник Бостон, США |
Ну ок |
Guest IP-штамп: frbTfsBoYANXU гость |
(Annabel @ 01.03.2018 00:20) Была где-то полусерьезная статья Рёдерера, что при простом bimodal phenotyping компенсация для анализа не дает вообще ничего в доброй половине случаев Смотри пркрепленную тему в данном разделе от 2009 года с презентацией Марио
|
Леонид В Постоянный участник Квебек |
(Annabel @ 28.02.2018 16:53) проблема перекрывания популяций друг другом в проекции многомерного пространства на 2D там вообще не решается (и не ставится). эээ ... виноват, не понял. Т.е. совсем не понял. В той штуке, которую использую в качестве головы, картинка сложилась несколько иная. Даже скорее радикально иная. Если взять две перекрывающие популяции А:100; В:10: С:20 и А:100; В:90: С:5 то в radar plot они дадут два неперекрывающихся пятна. (A,B и C — маркеры и “степень“ их экспрессии) Собственно в этом и суть. Или неправ? (Annabel @ 28.02.2018 16:53) - а) чисто для визуализации результатов в публикации и б) для облегчения анализа нашей головой (или машиной). ну, с визуализацией понятно, но, возможно ошибаюсь, но это позволяет графически выделить кластеры (субпопуляции ) и анализировать их. Т.е. визуализация лишь первый шаг, а не конечная цель. (Annabel @ 28.02.2018 16:53) тезис сей от меня ускользает ... вроде как наоборот, именно для неэксклюзивных ситуаций данный подход может быть полезен. (Annabel @ 28.02.2018 16:53) А! т.е. долгими зимними вечерами оси таки не крутите. (Annabel @ 28.02.2018 16:53) ммм .... вот в “кривовато“-то собяка и порылась. Голова, даже 4-5 мерная, на мой несовершенный взгляд не может найти оптимальное сочетание углов осей и масштаба на каждой из них. Поэтому позволю себе усомниться в том что: (Annabel @ 28.02.2018 16:53) я подозреваю, что предел моего воображения лежит примерно там же, где предел возможностей этой методики т.е. сдаётся мне, что предел метода чуть дальше. Но могу ошибаться. |
Леонид В Постоянный участник Квебек |
(Дядя ФАКСер @ 28.02.2018 16:53) ммм ... вот ужо пришлют код для трансформации демо-версии в постоянную и попробую. |
Annabel Участник Бостон, США |
(Леонид В @ 01.03.2018 17:00) эээ ... виноват, не понял. Т.е. совсем не понял. В той штуке, которую использую в качестве головы, картинка сложилась несколько иная. Даже скорее радикально иная. Если взять две перекрывающие популяции А:100; В:10: С:20 и А:100; В:90: С:5 то в radar plot они дадут два неперекрывающихся пятна. (A,B и C — маркеры и “степень“ их экспрессии) Собственно в этом и суть. Или неправ? В этом примере достаточно же и 2D? просто B vs C? Но допустим у нас там разная экспрессия А. Две оси прекрасно разойдутся, третью как раз можно красиво нарисовать этим методом, но вот четвертую уже может впихнешь, а может и нет, начнутся наложения. Если сидеть и крутить ее, то можно будет понять, как взаимодействуют популяции, а если задача забабахать плоскую картинку в статью, то для некоторых раскладов эта задача не будет иметь красивого решения, потому что либо будут какие-то наползания, либо экспрессию одного из маркеров будет не видно толком. (Леонид В @ 01.03.2018 17:00) ммм .... вот в “кривовато“-то собяка и порылась. Голова, даже 4-5 мерная, на мой несовершенный взгляд не может найти оптимальное сочетание углов осей и масштаба на каждой из них. Ну, это конечно - если нужно нарисовать 2D-representation по этому методу, то в уме это сделать сложнее, чем с инструментом (Леонид В @ 01.03.2018 17:00) ммм ... вот ужо пришлют код для трансформации демо-версии в постоянную и попробую. Ну вот и я я спросила одного из знакомых в бекмане, какой алгоритм туда зашит, передам, когда ответит |
Леонид В Постоянный участник Квебек |
(Annabel @ 01.03.2018 17:41) ну, в этом — конечно. Ведь это был упрощенный пример, просто для демонстрации тезиса: если популяции перекрывающиеся, то radar (как это будет по русски?) их может развести. Допустим для шестицветной пары: 100; 90; 80; 70; 60; 50 и 90; 80; 70; 60; 50; 40 двухмерный плот будет испытывать некоторые трудности, бо среднее средним, а популяция это разброс, иногда солидный. Radar же это разнесет в разные углы. Будет два различных пятна. (Annabel @ 01.03.2018 17:41) четвертую уже может впихнешь, а может и нет, начнутся наложения. Если сидеть и крутить ее, то можно будет понять, как взаимодействуют популяции, а если задача забабахать плоскую картинку в статью, то для некоторых раскладов эта задача не будет иметь красивого решения, потому что либо будут какие-то наползания, либо экспрессию одного из маркеров будет не видно толком. Но и врач не лыком шит — Он хитёр и осторожен. "Да, вы правы, но возможен Ход обратный, — говорит. ©ВСВ т.е для некоторых раскладов эта задача будет иметь красивое решение (Annabel @ 01.03.2018 17:41) виноват, не понял ... при чем тут BC? В Калузу зашит алгоритм старика фон Майера (хотя возможно он открыл его будучи молодым ученым) Mayr, Georg von (1877), Die Gesetzmäßigkeit im Gesellschaftsleben (in German), Munich: Oldenbourg, p.78. Linien-Diagramme im Kreise: Line charts in circles. сам по себе алгоритм прост, как всё гениальное. Непросто найти оптимальное сочетание углов и масштабов для конкретных случаев. Вот и спрашивал, кто-нибудь имеет практический опыт осекрутки? Есть какие-нибудь хитрые народные приметы? Или просто крути до посинения пока красиво не получится. В Калузе даже кнопочку специальную придумали: кручу ось. Нажал, и она сама начинает по часовой стрелке тикать, а ты сиди и смотри, как за ней клетки бегают, как опилки металлическия за магнитом. Amusing for easily amused. Сообщение было отредактировано Леонид В - 02.03.2018 05:41
|
Дядя ФАКСер moderator Nothern Maccaronia, Ticinum |
(Guest @ 01.03.2018 11:40) Угу, я ж ее и запостил тогда. |
Annabel Участник Бостон, США |
В варианте визуализаций калузы вопрос, как мне подсказывает мое подсознание, чисто топологический, возможно, он сводится куда-то к проблеме четырех/пяти красок но я продолжаю думать, что под каждый dataset нужно отдельно разбираться, стоит его калузить или толку не будет. |
Леонид В Постоянный участник Квебек |
(Annabel @ 02.03.2018 17:47) Способ Майра в разных его вариациях имеет довольно мало общего с калузовским radar plot - ну, кроме названия. Иначе бы наши популяции в калузе имели вид гнутых-мятых разноцветных колечек, а не кучек из точек. Вы правы, но нет. Нарисовал быстренько маленькую карту приключений маленькой точки в шестимерном пространстве, объясняющую как он прошла сквозь тернии алгоритма и осталась точкой, однако кнопка “Прикрепить файл“ оказалась обманом трудящихся и труды мои пропали втуне. Дядя Факсер, а нет ли возможности попросить веб-мастерового данного форума исправить неполадку? Спасибо. т.е. способ вставить таки картинку нашел, но это уж как-то больно через одно место получается. Дело 5 секунд растянулось на 10 минут ... стрелочки показывают пройденный путь, на финальном плоте их, разумеется, нет. А точка есть. В классическом радаре всё это есть, но точка не перемещается, а просто откладывается по каждой оси. А потом всё это соединяют линиями. Получается раскоряка раскорячная. Такие раскоряки нам, конечно, не нужны. (Annabel @ 02.03.2018 17:47) это да ... вернее скажем под каждый тип данных. Сообщение было отредактировано Леонид В - 03.03.2018 05:48 |
Annabel Участник Бостон, США |
(Леонид В @ 03.03.2018 03:31) Вы правы, но нет. Нарисовал быстренько маленькую карту приключений маленькой точки в шестимерном пространстве, объясняющую как он прошла сквозь тернии алгоритма и осталась точкой (...) стрелочки показывают пройденный путь, на финальном плоте их, разумеется, нет. А точка есть. В классическом радаре всё это есть, но точка не перемещается, а просто откладывается по каждой оси. А потом всё это соединяют линиями. Получается раскоряка раскорячная. Такие раскоряки нам, конечно, не нужны. Но у раскоряки есть преимущество - на ней можно сравнить величину сигнала по каждой из радиальных осей раскоряки. А в вашем варианте действительно получается какое-то подобие PCA - решение позволяет только впихнуть похожие точки на плоскость более-менее рядом, но прикинуть силу каждого вектора по итоговой картинке со множеством точек гораздо сложнее. Как я и писала выше - если маркеры все взаимоисключающие и пересекаются максимум по два (потому что у нас именно двумерная проекция), то тогда - и только тогда - можно будет потом примерно нарисовать проекции каждого вектора и они будут иметь смысл относительно скоплений точек/популяций (что и проделано в первой процитированной статье), и даже силу сигнала можно будет разглядеть. Поскольку такие расклады попадаются далеко не всегда, для всех не столь удачных для исследователя случаев я предпочту другие методы визуализации - на tSNE карте тоже не видны векторы экспрессии, но там хотя бы популяции не сливаются. Не каждый раз в прикупе два туза приходят, чаще приходится играть шестерные почти в убыток Но можно выщелкнуться и сперва разложить по осям фенотип, а потом уже поверх цветом (как heatmap) нарисовать медиану экспрессии маркера, который размазан по нескольким популяциям и поэтому осью его не нарисуешь. Не уверена, умеет ли такое Калуза. Честное слово, распакую и посмотрю! В Cytobank визуализация медианы экспрессии цветом реализована прекрасно, в самом последнем релизе FlowJo - тоже неплохо (но там очень много других багов, я пока пользуюсь предыдущим). В нескольких R пакетах оно тоже есть (cytofkit и другие) - для тех, кто не боится R |
Леонид В Постоянный участник Квебек |
(Annabel @ 04.03.2018 11:57) Но у раскоряки есть преимущество - на ней можно сравнить величину сигнала по каждой из радиальных осей раскоряки. в каждой шутке есть доля шутки, а в каждом преимуществе — доля недостатка. (Annabel @ 04.03.2018 11:57) впихнуть похожие точки на плоскость более-менее рядом, но прикинуть силу каждого вектора по итоговой картинке со множеством точек гораздо сложнее. дык, ентоть, оно совсем для другого. “Прикидывать“ не просто сложнее, а практически невозможно. Вы гейтите пятнышко и смотрите чего в нём есть. А суть именно в том, чтобы дать визуализацию кластеров. (Annabel @ 04.03.2018 11:57) - если маркеры все взаимоисключающие и пересекаются максимум по два (потому что у нас именно двумерная проекция), то тогда - и только тогда мммм ... что-то мне подсказывает, что это не совсем так. Или так, но не совсем. Вернее совсем не так. (Annabel @ 04.03.2018 11:57) да уж ... но, не плавал, не знаю. Но видок у tSNE скажем так ... абстрактненький. (Annabel @ 04.03.2018 11:57) можно выщелкнуться и сперва разложить по осям фенотип, а потом уже поверх цветом (как heatmap) нарисовать медиану экспрессии маркера, который размазан по нескольким популяциям и поэтому осью его не нарисуешь. Не уверена, умеет ли такое Калуза. не умеет, но это очень интересная мысль. Особенно если соединить ея с “у раскоряки есть преимущество - на ней можно сравнить величину сигнала по каждой из радиальных осей раскоряки.“ Т.е. если в Калузу засунуть, например, right click дающий раскоряку для каждой точки, то это будет супер. Отличная мысля! У Вас есть прямые ходы на менеджмент Калузы? На слово “Бостон“ они клюют куда лучше, чем на то слово, которым мы здесь обзываемся. (Annabel @ 04.03.2018 11:57) будем ждать |
Леонид В Постоянный участник Квебек |
|
Дядя ФАКСер moderator Nothern Maccaronia, Ticinum |
|
Guest IP-штамп: frbTfsBoYANXU гость |
There’s a reason that t-SNE has become so popular: it’s incredibly flexible, and can often find structure where other dimensionality-reduction algorithms cannot. Unfortunately, that very flexibility makes it tricky to interpret. Out of sight from the user, the algorithm makes all sorts of adjustments that tidy up its visualizations. Don’t let the hidden “magic” scare you away from the whole technique, though. The good news is that by studying how t-SNE behaves in simple cases, it’s possible to develop an intuition for what’s going on. |
Annabel Участник Бостон, США |
|
Дядя ФАКСер moderator Nothern Maccaronia, Ticinum |
(Annabel @ 16.03.2018 23:32) Зато SNE пользуют напропалую (без понимания) и публикуют. А ревьюеры - тоже хороши,угу. ""Биоинформатик" ныне- слово матерное" |
Guest IP-штамп: fr8ioI1Eho7.M гость |
(Annabel @ 17.03.2018 00:32) Кому-то недосуг разбираться в тонкостях. Я сейчас дописываю статью * и калибровку tSNE, положу сюда ссылку, когда подадимся и препринт будет в биоархиве. “не читал, но утверждаю“ * всё-таки tSNE, при всём моём уважении, это высокое парение в области вычислений (некислых, заметим). А радар, в том варианте, который привел выше, это простое нанесение на график. tSNE наверняка “мощнее“, но всегда ли нужна пушка по воробьям? Словом не знаю ... Пока поверчу-ка Калузный вариант. Нутром чую, есть там чем поживиться. |
Guest IP-штамп: frbTfsBoYANXU гость |
|
Дядя ФАКСер moderator Nothern Maccaronia, Ticinum |
(Леонид В @ 03.03.2018 04:31) Он сдох и разложился, по ходу дела...Алексий молчит уже третий год |
« Предыдущая тема · Клеточные технологии · Следующая тема » |