Molbiol.ru | О проекте | Справочник | Методы | Растворы | Расчёты | Литература | Орг.вопросы Web | Фирмы | Coffee break | Картинки | Работы и услуги | Биржа труда | Zbio-wiki NG SEQUENCING · ЖИЗНЬ РАСТЕНИЙ · БИОХИМИЯ · ГОРОДСКИЕ КОМАРЫ · А.А.ЛЮБИЩЕВ · ЗООМУЗЕЙ Темы за 24 часа [ Вход* | Регистрация* ] Форум: | |
Rob Участник |
провожу очередной эксперимент Вестерн Блот, который должен подтвердить концентрацию образцов плазмы, полученную на ELISA тесте. Блокирую BSA, потом инкубирую с HRP антителом...и смотрю на ChemiDoc Image. И такие вопросы: 1. В качестве Стандарта корректно ли брать очищенный белок, делать несколько концентраций, грузить на гель и сравнивать с разведенными образцами плазмы? 2. Один и тот же образец при повторных проведениях Вестерна показывает различной интенсивности линию на мембранах. Спасибо |
vb Постоянный участник |
2. Это не вопрос, а констатация факта. Ну показывает разную, и? |
ship Постоянный участник Moscow |
(Rob @ 06.09.2017 18:39) Здравствуйте друзья, 2. Один и тот же образец при повторных проведениях Вестерна показывает различной интенсивности линию на мембранах. Спасибо Вестерн блот - не количественный метод, так что у это нормально. Если хотите посчитать чтото - то делать надо три повтора и считать среднее, но и это не гарантирует точности. |
Rob Участник |
Да, концентрацию определили...как мне думается. Компания производитель настаивает на том, что они дают корректную концентрацию...А в лабе, на нанодропе, могут быть погрешности, на этом и остановился я . 2. Это не вопрос, а констатация факта. Ну показывает разную, и? В этом и есть вопрос. Почему один и тот же образец показывает бэнд различной интенсивности при повторах Вэстерн эксперимента...то он есть и очень яркий, а в другой раз - только намек на присутсвие. |
Rob Участник |
(ship @ 07.09.2017 12:59) Вестерн блот - не количественный метод, так что у это нормально. Если хотите посчитать чтото - то делать надо три повтора и считать среднее, но и это не гарантирует точности. Цель Вестерна, в моем случае, сравнить между собой образцы, и также сравнить их в отношении к стандарту, который разводиться в несколько концентраций. |
MMM Постоянный участник |
Изменения интенсивности окраски могут быть из-за: 1)Изменений условий переноса(Время, токи/напряжения, расстояния между электродами, изменения состава буфера, разная температура.) 2)Изменения в условиях инкубации с антителами, время инкубации, температура инкубации, разведения антител, возможные повторные использования. Так же возможны разные результаты из -за изменения рН используемых растворов и тд. 3)Изменения в субстратах они могут попросту сдыхать при хранении, хотя это редкость и если все остальное хорошо, то можно просто заметить постепенной ухудшение сигнала со временем.
|
vb Постоянный участник |
Да, концентрацию определили...как мне думается. Компания производитель настаивает на том, что они дают корректную концентрацию...А в лабе, на нанодропе, могут быть погрешности, на этом и остановился я . 2. Это не вопрос, а констатация факта. Ну показывает разную, и? В этом и есть вопрос. Почему один и тот же образец показывает бэнд различной интенсивности при повторах Вэстерн эксперимента...то он есть и очень яркий, а в другой раз - только намек на присутсвие. [/quote] 1.Нанодроп не тот инструмент, которым можно аттестовывать стандарты. 2. Потому что результаты метода зависят от огромного количества факторов, которые трудно стандартизовать и контролировать. ммм в общем изложил. я больое скажу - даже внутри одного геля интенсивность окраски может быть неоднородной. Зависит от того как и где мыли, не сложилась ли мембрана при покачивании, ну и от непонятных вещей. Еще напряженность при переносе может быть разной в разных участках мембраны. В общем вестерн для количественной оценки нужно осторожно применять. А лучше вообще не применять.
|
SwetaEvgesha |
|
Rob Участник |
(MMM @ 07.09.2017 19:54) Сравнивать можно только в одном геле. В разных гелях можно пытаться сравнивать после нормирования по стандарту. Изменения интенсивности окраски могут быть из-за: 1)Изменений условий переноса(Время, токи/напряжения, расстояния между электродами, изменения состава буфера, разная температура.) 2)Изменения в условиях инкубации с антителами, время инкубации, температура инкубации, разведения антител, возможные повторные использования. Так же возможны разные результаты из -за изменения рН используемых растворов и тд. 3)Изменения в субстратах они могут попросту сдыхать при хранении, хотя это редкость и если все остальное хорошо, то можно просто заметить постепенной ухудшение сигнала со временем. Да, но не смотря на все это, Стандарт почему то на всех мембранах одинаково выглядит, а вот образцы, повторенные на этих мембранах, выглядят по разному... |
ship Постоянный участник Moscow |
|
Rob Участник |
Первая, под именем 8_27_17...идет разведние образцов в 100 раз. Вторая, 9_5_17...разведение в 200 раз. Предположил сделать этот эксперимент, чтобы подтвердить концентрации по Элайзе. Т.е. образец "2" ("4" и "7" примерно одинаковая концентрация)...Элайза выдает концентрацию около 1.5mg/mL, развел в 100 раз. Хотел увидить в сравнении со стандартом, но даже 5ug/mL показывает линию сильнее чем у образца. На мембране 9_5_17...все бэнды образцов не подтверждаются даже близко,тот же образец "2", "4" и "7" - разные линии, или вообще не видно их. Картинки: 8_27_17.jpg — (41.32к) 9_5_17_2.jpg — (35.31к) |
ship Постоянный участник Moscow |
при таком перегрузе не может быть и речи о корректном сравнении. вам надо найти более менее линейный диапазон, когда на блоте нет такого перегруза. стандарты можно смело в 1000 раз разводить, ну и образцы раз в 500 от начальной концентрации (самые концентрированные). нормально у вас выглядят лишь полосы 2, 5, 6 на первой картинке. ну и стандарты тоже сильно различаются. плюс на хемидоке ставьте режим highlight saturated pixel, для обсчета пиксели не должны быть насыщены, иначе сигнал уже не будет линейно зависить от хемилюминесценции
|
Rob Участник |
Как я могу разводить в 1000 раз...если даже при разведение в 200 (вторая картинка) образцов уже не видно... а предполагаемая концентрация по Элайзе около 1.5mg/mL... |
ship Постоянный участник Moscow |
сделайте серии разведений, и посмотрите при каких разведениях вы видите нрмальные полосы на блоте. зато при 100х развденгии все видно, на первой картинке. тут у вас еще и проблемы технического плана скорее всего были со вторым блотом. может и белок повалился в образцах, кто его знает. |
MMM Постоянный участник |
|
Rob Участник |
(MMM @ 11.09.2017 20:29) А я извиняюсь за дурацкий вопрос. Вот вы пишете на пробах стандарта концентрацию в микрограммах на мл. А сколько вы на форез наносите 1мкл 5,10, 25. И красите вы ECL(хемилюминесценция) или какая другая окраска. И если это хемилюминесценция то какая экспозиция у ваших картинок(какое время накапливался сигнал?) И совсем не дурацкий вопрос у Вас... Если концентрация 20ug/mL, то наношу 0.4ug в 20uL общего загружения. Соответственно, 10ug/mL - это 0.2ug в 20uL, ну и так далее. Краска хемилюминесценция.. Наношу на блот и сразу начинаю читать. Первая прочитка 2 секунды, потом всего 5 картинок за 5 секунд.... |
MMM Постоянный участник |
|
Rob Участник |
(MMM @ 11.09.2017 22:43) Перегруз чего, стандарта?...надо еще ниже идти с загружаемым колличеством? К примеру, начать с 0.1ug на 20uL для одной лунки? |
MMM Постоянный участник |
|
Rob Участник |
(MMM @ 12.09.2017 00:10) Усего и штандарту и проб. Разводить как минимум в тысячу раз и на люминесценции держать минут так 5-15. Как же могу разводить в тысячу раз, если уже даже при 300 кратном разведении полосы становятся слабо видны... Почему Стандарт имеет такие как бы растянутые линии, а не аккуратные прямоугольнички? Вот такая сегодня получилась картинка...Проявлял люминесценцию между 5-10 минут. Какие то образцы, если сравнивать опять таки с предыдущими экспериментами, выглядят по разному. Почему так? Не аккуратно развел? Картинки: 9_11_17_in_vivo.jpg — (68.76к) |
MMM Постоянный участник |
Это от того что вы их экспонируете мало. Вы делаете дикую перегрузку потом дико коротко экспонируете сигнал естественно низкие концентрации вы не увидите. Представьте что вы светите на фотоаппарат прожектором или солнцем, что бы вам не засветить пленку в выжжженный свет вы делаете соответствующую маленькую экспозицию, но при такой экспозиции обычные, нормально освещенные предметы оказываются практически как-будто в кромешной тьме их будет просто не видно. |
Rob Участник |
(MMM @ 12.09.2017 17:19) --полосы становятся слабо видны. Это от того что вы их экспонируете мало. Вы делаете дикую перегрузку потом дико коротко экспонируете сигнал естественно низкие концентрации вы не увидите. Представьте что вы светите на фотоаппарат прожектором или солнцем, что бы вам не засветить пленку в выжжженный свет вы делаете соответствующую маленькую экспозицию, но при такой экспозиции обычные, нормально освещенные предметы оказываются практически как-будто в кромешной тьме их будет просто не видно. Вы запутали меня окончательно...Перегрузку чего я делаю, если концентрации низкие? 5-10 минут не достаточно? Если держу дольше, то мембрана начинает темнеть и получается такая картинка в сумерках. |
Rob Участник |
|
MMM Постоянный участник |
(Rob @ 12.09.2017 18:39) Вам это не к чему. |
MMM Постоянный участник |
|
nigoal123 IP-штамп: fr/1ZkUsuBQOE гость |
and technical language to help |
« Предыдущая тема · Молекулярная и клеточная биология · Следующая тема » |