Я че то не понял, Юрий, что вы предлагаете. Купить у вас набор? Купить у вас технологию? Хотите подарить набор, хотите подарить технологию? Хотите ее прорекламировать, что бы мы ей пользовались и ссылались на вас?

Насколько я понимаю если я счаз почитаю ваш патент и использую ваши наработки для некоммерческого НИР, то никакого роялити, я вам платить не обязан. Не говоря уже о том, что как я понял на территории России вы еще пока не запатентовались, хотя это не такая уж сложная и дорогая процедура.

  
А клонируют, ну, где только не клонируют. ИБХ,МГУ,Пущино,Физ-хим медицины ИМБ/ИБГ, биомедхимии, гос НИИ Генетика, Новосибирский ИБХ(сейчас ИХБФМ)  и ИЦИГ. Питерский ИНЦ, ИЭМ, Гриппа, СПбГУ, ПИЯФ, теперь клонирует и Курчатник и МФТИ. Еще есть куча спесифических организаций типа Вектор в наукограде Кольцово, НИИ ПМиБ в Оболнеске. НИИ ОЧБ в Петербурге, НИИ микробиологии МО РФ со своими филиалами в Свердловске и Загорске и головой в Кирове. Это так верхушка айсберга, но есть еще ДВНЦ РАН, есть институты Роспотреб надзора(кроме оболенска и кольцова) Много чего есть.....

И в чем вы видите нашу помощь?

  Ну не знаю.... Я так понимаю вы ищите лабораторию, в которой хотели бы продолжить работу.

Дело в том, что тема длинных тандемных повторов и их клонирования с целью их секвенирования - это в некотором смысле некое минное поле, по которому мало желающих ходить, особенно в России, где технологии секвенирования не развивались самостоятельно, а полностью заимствованны. С одной стороны есть некоторый интерес к этой проблеме, ибо с точки зрения фундаментальной биологии тема наверное очень важная и интересная. С другой т.к. не очень понятно, какой с этого будет научный выхлоп, а геморроя предвидится много, с прагматической точки зрения нет смысла соваться в эту область, ибо затраты большие, а результаты туманны. В России же, где ситуация с финансированием чрезвычайно острая, все либо предпочитают искать под фонарем, либо ехать по накатанной дороге, с которой они уже неплохо знакомы и по которой ехали последние лет 10-40. По вашей дороге в России к сожалению никто не ездил, в связи с указанными выше причинами.

К капилярникам у нас отношение как к рабочей лошади , которую используют для решения мелких текущих задачь. А NGS как некую не дешевую штучку для решения новомодных прикладных тем или для получения сырых геномных данных, которые сами по себе так себе, но в купе с другими исследованиями могут быть полезными и даже весьма.

Не знаю моя лаба имеет к вашей теме лишь теоретический интерес, и скажем так финансирование ее далеко не блещет и над каждым раном  NGS, чешет репу по пол года, году из -за нехватки средств на подобную развлекуху. Так что можете попробовать мне написать в личку, если с другими вариантами будет все плохо.

Попробуйте поговорить вот с этими людьми они не занимаются напрямую вашей темой, но работают в смежных тесно связанных областях и ваша тема может быть небезынтересна им и с финансированием у них полуше.
http://www.mcb.nsc.ru/laboratory/lcg
http://www.genebiology.ru/structure/cv_razin.shtml

И еще на носу намечается торчок:
http://wbw25.ru/

Очень рекомендую туда съездить даже без регистрации просто потусить и пообщаться с людьми о своей проблематике

  Ну, собственно попробуйте написать тем людям, которых я вам проанонсировал. Им нужен именно гетерохроматин, хотя может и не весь скопом.  И если есть возможность приехать, договоритесь о личной встречи в Нижнем. Возможно что вам и помогут, а может что-то посоветуют.

  Вам нужно завтра обратиться к Путину (завтра президент будет общаться с Народом целых 5 часов), мол, я такой-то, обращаюсь с этого загнивающего запада, который только и норовит обмануть меня, но Вы не поддаетесь и хотите обратно домой, трудиться на благо Отечества, помогите! Если достучитесь, точно ОБЕЩАЕТ помочь и поручит это дело кому надо.
Вы уже все хорошо изложили в своих постах. И вроде сейчас пытаются помочь таким "возвращенцам" высокой квалификации.
Не теряйте время! А вдруг повезет!

  МММ, я отправил вам письмо в личку (и было сообщение - Отправлено), но папка Sent Items показывает, что оно отправлено не было. Вы его получили или у меня проблемы с почтой?

  Интересно, а как ваши "сложные" последовательности после клонирования в бактериях поддерживаются?

  Ну, это бред. В шша полно инвесторов, которые при надлежащем обосновании и демонстрации дают деньги и на куда более спорные вещи. Если бы всё было так, как тут описано, деньги бы нашлись. А раз не нашлись, значит есть проблемы. Какие - другой вопрос, но есть 100%

  С инвесторами я не хотел работать. На свои деньги пытался всё сделать. Но денег не хватило.

  "Пусть, для примера, эффективность трансформации химически компетентных бактерий равна 10⁹ cfu/μg суперскрученной pUC19. Разумеется, целый микрограмм плазмиды для проверки эффективности трансформации никто не использует – используют порядка 1 пикограмма pUC19, что даст примерно 1000 колоний на чашку Петри. 1 пикограмм pUC19 (2686 bp) = 0.57 аттомолей = 3.4‧10⁵ молекул. А сколько колоний с инсертами можно получить, если использовать для клонирования эквимолярное количество молекул инсертов (т.е. 0.57 аттомолей)? Ответ: ноль. Чтобы получить порядка 1000 колоний с инсертами, необходимо использовать в десятки и сотни тысяч раз большее число молекул инсертов, чем число суперскрученных плазмид при проверке эффективности трансформации. "

Мне кажется такие рассуждения некорректны.
Так как результат успешного клонирования инсерта в плазмиду - это совокупность множества факторов, каждый из которых вносит свой вклад в снижение общей эффективности.
И это нельзя сравнивать с трансформацией чистой кольцевой плазмиды.
Клонирование - это рестрикция вектора и вставки, их очистка -> сомневаюсь что у 100% олекул остаются идеальные липкие концы, что-то где-то да отваливается. Дальше, лигирование - также зависит от активности лигазы и тп, плюс у вас все молекулы вставки не залигируются во все молеккуля векктора, ну не бывает такого. ВСе это и приводит к тому что, после лигирования растет меньше колоний.

  
Дальше, лигирование - также зависит от активности лигазы и тп, плюс у вас все молекулы вставки не залигируются во все молеккуля векктора, ну не бывает такого. ВСе это и приводит к тому что, после лигирования растет меньше колоний.

  

Кстати, эффективность клонирования ПЦР продуктов по какой-то причине в 6 раз меньше, чем эффективность клонирования рестрикционных фрагментов с тупыми концами. Почему - я не выяснял, не было необходимости. И так - эффективность в тысячи раз выше, чем при клонировании любым другим методом.

  естессно, это рассуждения физтеха, пришедшего в генную инженерию с лозунгом "Ща я все посчитаю и научу Вас жить". Лигирование- реакция второго порядка, а то и хуже- так что тут все понятно. Не говоря уж о том, что просто кольцо (да еще и с ником часто) -не в пример суперкойлу хуже трансформирует.  Я не ставлю априори под сомнение выдающийся вклад автора темы в методологию мол.клонирования, но...очень много буков- это несколько напрягает

  В 10% PEG 6000 лигируется 100% инсерта - при условии молярного избытка вектора. Я обычно использую минимум 100-кратный избыток вектора. Конкретные цифры таковы: плазмиды я использовал 1 нг на реакцию лигирования ПЦР продуктов. Скажем, 1 нг pUC19 (2686 bp) = 0.57 фемтомолей = 3.4‧10⁸ молекул. Максимальное количество ПЦР продуктов - в 100 раз меньше, т.е. 57 аттомолей = 3.4‧10⁵ молекул. Получаются многие тысячи колоний с правильными инсертами.

Кстати, эффективность клонирования ПЦР продуктов по какой-то причине в 6 раз меньше, чем эффективность клонирования рестрикционных фрагментов с тупыми концами. Почему - я не выяснял, не было необходимости. И так - эффективность в тысячи раз выше, чем при клонировании любым другим методом.

Для примера: клонирование 0.1 пг ПЦР продукта длиной 10 000 п.о. дало 50 колоний с правильными инсертами. Клонирование 0.01 пг того же ПЦР продукта длиной 10 000 п.о. дало примерно 5 колоний с правильными инсертами, но при этом было 1-5 колоний с плазмидами без инсертов. Это весь фон, что я имел. При клонировании любым другим методом, фон колоний без инсертов в сотни тысяч раз больше. За исключением клонирования внутрь токсичного гена: фон при клонировании в pZero согласно протоколу был в 2000 раз выше, чем у моего метода.

Это цифры из экспериментов. Не гипотеза.

  Может быть это были ПЦР продукты после Taq полимеразы? А если нет - то вероятно дело в экзонуклеазной активности полимеразы, откусывающей нуклеотиды

  По-моему опыту повторы, а особенно инвертированные повторы, другие "сложные" последовательности нестабильны именно в бактериях,  а делеции возникающие при клонировании -  результат грязной работы...

  Да, я верю вам, не надо меня убеждать в том что ваш метод работает.
Но есть такие замечания:
1. 99% - пользователей хотят просто сделать экспрессионную плазмиду или клонировать ПЦР продукт. для этого нужен один правильный клон и все. поэтому безумная эффективность мало кому нужна.
2. Работать с пикограммами и аттомолями смысла особого нет. ТАк как обычно вектора вставки или ПЦР продукта есть в наличии намного больше.

  
Ну то есть 0.1 пикограм ПЦР продукта - это значит что его как бы и нет, потому что в геле вы его не увидите. Хотя вы наверное  просто разводили ПЦР для клонирования?
На самом деле намного сложнее получить ПЦР продукт длиной 10000 нт, чем его потом клонировать. Болеее того, я вам скажу из своего опыта - что я низачто не стану ПЦРить 10 кб, лучше соберу из 3 кусков. Так как это еще все и секвенировать надо.

  
3. ПЭГ есть в лигазном буфере Invitrogen, и это давно всем известно.
4. Есть киты типа pCR-Blunt или pJET1 для лонирования ПЦР продуктов и они покрывают потребности очень многих.

Ваш метод вероятно будет полезен в каких то экстремальных случаях

  Проблему секвенирования гетерохроматина можно решать разными путями. Например, можно его разрушить.
Для некоторых организмов это было успешно сделано:
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC1937550/

Что и привело к:
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC4352887/

  Проблему секвенирования гетерохроматина можно решать разными путями.

  тут поподробнее- что такое порча ДНК? Цыганка порчу наводит, ритуалы вуду? Как Вы себе это представляете. Может быть, НЕ ПОРТИТЬ ДНК, в таком разе- это выход, а не придумывать хитрые методы?

  Вот только с мировым рынком дело еще в том, что где-то по этому самом миру гуляет ненулевое число людей из лайфа, которые по вашим же словам в детали технологии были посвящены.

  Уволенный из LT сотрудник может запатентовать, ваши know-how, под своим именем или именем какой-то конторы не LT или TF? Или ваш приоритет где-то в секретных документах зафиксирован? Или использовать ваши know-how при исполнении каких либо работ и не сообщая о том , что он их использует или просто сообщая что он владеет тайной магией?

  В России 99.9999% инвесторов в такое не вложатся, а вот мученым некоторым это может быть интересно, только вот проекты, в которых мученым бы хотелось использовать высокоэффективное клонировние вряд ли коммерчески привлекательны.  Т.е. моя глобальная оценка - в России коммерческая реализация, если и возможна, то с очень маленьким выхлопом, с очень низкой степенью вероятности. А в чисто научном плане - этот метод можно использовать, не упоминая. А если никто его не сможет воспроизвести, всегда можно сказать, что у него кривые руки, ведь вектор со вставкой, вот он есть вполне материален и проверяем на существование, а как он сделан, ну я не знаю, у меня вот выходит, а у вас - нет. Опять же если все время его держать втайне и скажем использовать на протяжении 20-30 лет, а потом Юрий уйдет на пенсию и вместе с ним уйдет протокол, не очень то это интересное воплощение технологии.

  Речь немного не о том - я и не сомневаюсь, что незаконно эту технологию скорее всего использовать не будут. Но вопрос в чем - если есть носители технологии (тем более вы сказали, что она универсальная и помогает даже с обычным клонированием), но технология до сих пор массово не распространилась хотя бы в лабах - так ли она нужна?
То есть, может она и 100% эффективная, замечательная и работающая, но просто решает узкий круг проблем довольно небольшого числа исследователей.

  так и что вы ищите?
Деньги?
Испытателей вашего продукта, затем рекламирующих его?
Людей что-то клонирующих, много, но они вас не устраивают.
Поэтому непонятен ваш запрос. Вы хотите найти людей что-то клонирующих, у которых не клонируется, что-то, или ничего.
Так даже если такие есть, они либо давно прекратили попытки и закрыли для себя тему и перешли к другим более реализуемым проектам, либо загнали себя в порочный круг: нет результатов - нет денег, нет денег -нет результатов. Ни те, ни другие вам не помогут.

Поэтому вам надо искать не тех кто клонирует неклонируемое. Вам нужно искать тему, где ваше клонирование неклонируемых объектов, приводит к конкретному быстро-реализуемому рыночному продукту. И после этого искать лаборатории, которые вокруг этой темы пашут и идти к ним с проектом конкретного решения, конкретной задачи.  Если вы решите 5-10 таких задач за лет 5 у вас уже будет что рекламировать, да и деньги появятся.

  Впервые не портят ДНК - имеется в виду прямо с этапа выделения?
То есть, ваша технология, даже выделять ДНК позволяет лучше или это относится все же к последующим манипуляциям?

 
Если повторы и палиндромы УЖЕ клонированы, то они стабильны.

  Как раз интерес представляют повторы и палиндромы, которые ЕЩЕ не клонированы. Есть ли у вас какой-нибудь трюк, чтобы обеспечить их стабильность в бактериях? Если - нет, то и метод ваш не нужен, так как все равно 100%  не получится...
Кстати опыт работы со "сложными" последовательностями есть, отсюда и вопросы.

  --Проще всего сделать это, как мне кажется, в области, где у меня нет конкуренции - клонировании сложных ДНК.

Не проще и вся эта тема как раз про то, что не проще.

--Мне в любом случае нужны бизнес-партнеры - люди, которые будут заниматься бизнес-стороной проектов.
Наши компании грантами не занимаются, а если и занимаются, то под "крышей" НИИ.

  Да есть несколько мест, где именно компании могут получить гранты. Сколково, например. Я знаю людей, которые успешно получили там грант.

На возможный совет мне так и поступить - слишком долго ждать, не имею возможности. И в Сколково и т.п. местах, мне пришлось бы все делать одному. Мне нужны партнеры.