Molbiol.ru | О проекте | Справочник | Методы | Растворы | Расчёты | Литература | Орг.вопросы Web | Фирмы | Coffee break | Картинки | Работы и услуги | Биржа труда | Zbio-wiki NG SEQUENCING · ЖИЗНЬ РАСТЕНИЙ · БИОХИМИЯ · ГОРОДСКИЕ КОМАРЫ · А.А.ЛЮБИЩЕВ · ЗООМУЗЕЙ Темы за 24 часа [ Вход* | Регистрация* ] Форум: | |
watchesbiz | Отправлен 11.11.2021 16:09 |
dk | Отправлен 16.05.2019 11:15 |
А в чём проблема-то? Можете "откалибровать" часы по любому локусу. Ну, конечно, если вы вообще верите в мол.часы. Особых проблем тут нет, ITS должен даже лучше подходить, т.к. он якобы эволюционно нейтральный (хотя |
|
Nemestnyi | Отправлен 16.05.2019 09:23 |
Опять возник подобный вопрос, правда касается он рибосомального спейсера ITS1. Отправлял статью в один иностранный журнал, там имеются датировки по COI, используются так же последовательности ITS1. Вот рецензент спросил, "отчего мы не используем еще и датировки по ITS1?" Вот лично я вообще никогда не встречал молекулярных датировок по этому фрагменту и имею большие сомнения о его пригодности. Но закрались сомнения. Вопрос: Может кто-то где-то встречал подобные калибровки на данный фрагмент? |
|
dk | Отправлен 22.11.2017 19:12 |
Вот |
|
Nemestnyi | Отправлен 22.11.2017 08:40 |
Кстати! А не подскажет ли кто какой схемы/рисунка, публикации, ресурса со схемой или описанием консервативных участков и вообще, какие именно и как компонуются в молекуле 18S в рабочем состоянии? |
|
dk | Отправлен 18.11.2017 11:24 |
Да, 18S не самый удачный локус. Консервативные участки, которые образуют дуплексы, вообще сильно консервативны, а накопление замен в доменах петель тоже вовсе не линейно и сильно ограничено функцией рибосомы. Филогения на 18S будет "работать" на довольно "больших" временных промежутках (уровень семейств), а если Вы работаете с видами - то не особо. Да и в некодирующих локусах, честно сказать, мол.часы не всегда корректно работают. Калибровка-то ведётся либо по синтетическим тестам, либо по палеонтологическим данным. И в том, и в другом случае есть свои особенности для разных локусов. Что уж там - сам М.Нэй в своей посл.книге советует очень аккуратно использовать мол.часы! А так для беспов обычно используют или "Хебертовский" COI с ходом в 0,7-1,2 Mya на %, или общий мтДНК с ходом в 1,5 Mya на %. При этом использование разных палеонтологических данных приводит к погрешностям в 10 (!) раз. Например, при калибровке часов для Дафнии можно пользоваться |
|
vb | Отправлен 16.11.2017 09:17 |
По-моему не подходят, так как последовательноти достаточео консервативные и если и есть замены, то они мало связаны с временем. хотя могу ошибаться, я эту тему краем затронул. Вернее так - они консервативные, так как критичны для организма. молекулярныечасы - это лучше во всяких некодирующих участках. |
|
Nemestnyi | Отправлен 16.11.2017 09:06 |
Здравствуте! Не подскажет ли кто, а существуют ли какие расчитанные скорости накопления замен для рибосомальных генов? В частности для 18S у беспозвоночных. Сколько искал (возможно плохо искал), не натыкался. Вообще используют ли рибосомальные гены для датировок и вычисления всяких там молекулярных часов? |
|
Посмотреть тему (откроется в новом окне) | |