Rambler's Top100
Лёгкая версия форума* Виртуальная клавиатура  English  
Molbiol.ru | О проекте | Справочник | Методы | Растворы | Расчёты | Литература | Орг.вопросы
Web | Фирмы | Coffee break | Картинки | Работы и услуги | Биржа труда | Междисциплинарный биологический онлайн-журналZbio-wiki

NG SEQUENCING · ЖИЗНЬ РАСТЕНИЙ · БИОХИМИЯ · ГОРОДСКИЕ КОМАРЫ · А.А.ЛЮБИЩЕВ · ЗООМУЗЕЙ


Темы за 24 часа  [ Вход* | Регистрация* ]  
   



Форум: 
 

Щёлкните, чтобы внести в Избранные Темы* Датировки по рибосомальным генам
ИнтерЛабСервис - передовые технологии молекулярной диагностики
Операции: Хочу стать куратором* · Подписаться на тему* · Отправить страницу по e-mail · Версия для печати*
Внешний вид:* Схема · [ Стандартный ] · +Перв.сообщ.


 
Добавить сообщение в темуСоздать новую темуСоздать голосование
Участник оффлайн! Nemestnyi




 прочитанное сообщение 16.11.2017 09:06     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #1 множественное цитирование

Здравствуте! Не подскажет ли кто, а существуют ли какие расчитанные скорости накопления замен для рибосомальных генов? В частности для 18S у беспозвоночных. Сколько искал (возможно плохо искал), не натыкался.

Вообще используют ли рибосомальные гены для датировок и вычисления всяких там молекулярных часов?
Участник оффлайн! vb
Постоянный участник



 прочитанное сообщение 16.11.2017 09:17     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #2 множественное цитирование

По-моему не подходят, так как последовательноти достаточео консервативные и если и есть замены, то они мало связаны с временем.
хотя могу ошибаться, я эту тему краем затронул.

Вернее так - они консервативные, так как критичны для организма.
молекулярныечасы - это лучше во всяких некодирующих участках.

Сообщение было отредактировано vb - 16.11.2017 09:19

Всего благодарностей: 1Поблагодарили (1): Nemestnyi
Участник оффлайн! dk
Постоянный участник
Россия



 прочитанное сообщение 18.11.2017 11:24     Сообщение для модератора         Фотография  Личное письмо  Отправить e-mail  Web-адрес
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #3 множественное цитирование

Да, 18S не самый удачный локус. Консервативные участки, которые образуют дуплексы, вообще сильно консервативны, а накопление замен в доменах петель тоже вовсе не линейно и сильно ограничено функцией рибосомы. Филогения на 18S будет "работать" на довольно "больших" временных промежутках (уровень семейств), а если Вы работаете с видами - то не особо. Да и в некодирующих локусах, честно сказать, мол.часы не всегда корректно работают. Калибровка-то ведётся либо по синтетическим тестам, либо по палеонтологическим данным. И в том, и в другом случае есть свои особенности для разных локусов. Что уж там - сам М.Нэй в своей посл.книге советует очень аккуратно использовать мол.часы!
А так для беспов обычно используют или "Хебертовский" COI с ходом в 0,7-1,2 Mya на %, или общий мтДНК с ходом в 1,5 Mya на %. При этом использование разных палеонтологических данных приводит к погрешностям в 10 (!) раз. Например, при калибровке часов для Дафнии можно пользоваться этим, а можно вот вот этим - и получите существенные различия.

Всего благодарностей: 1Поблагодарили (1): Nemestnyi
Участник оффлайн! Nemestnyi




 прочитанное сообщение 22.11.2017 08:40     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #4 множественное цитирование

Кстати!

А не подскажет ли кто какой схемы/рисунка, публикации, ресурса со схемой или описанием консервативных участков и вообще, какие именно и как компонуются в молекуле 18S в рабочем состоянии?
Участник оффлайн! dk
Постоянный участник
Россия



 прочитанное сообщение 22.11.2017 19:12     Сообщение для модератора         Фотография  Личное письмо  Отправить e-mail  Web-адрес
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #5 множественное цитирование

Вот это - подойдёт? Дуплексы консервативные, в петлях (не всех и не везде) возможны замены.

Всего благодарностей: 1Поблагодарили (1): Nemestnyi
Участник оффлайн! Nemestnyi




 прочитанное сообщение 16.05.2019 09:23     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #6 множественное цитирование

Опять возник подобный вопрос, правда касается он рибосомального спейсера ITS1. Отправлял статью в один иностранный журнал, там имеются датировки по COI, используются так же последовательности ITS1. Вот рецензент спросил, "отчего мы не используем еще и датировки по ITS1?" Вот лично я вообще никогда не встречал молекулярных датировок по этому фрагменту и имею большие сомнения о его пригодности. Но закрались сомнения.

Вопрос: Может кто-то где-то встречал подобные калибровки на данный фрагмент?
Участник оффлайн! dk
Постоянный участник
Россия



 прочитанное сообщение 16.05.2019 11:15     Сообщение для модератора         Фотография  Личное письмо  Отправить e-mail  Web-адрес
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #7 множественное цитирование

А в чём проблема-то? Можете "откалибровать" часы по любому локусу. Ну, конечно, если вы вообще верите в мол.часы. Особых проблем тут нет, ITS должен даже лучше подходить, т.к. он якобы эволюционно нейтральный (хотя говорят что это не так). Например, здесь считают скорость замен у хищнецов по разным локусам, в том числе и ITS. Но с этим локусом есть другая "засада" - он часто полиморфный и тогда его надо клонировать а потом разбираться с аллелями.

*




Кнопка "Транслит" перекодирует
текст из транслита в кирилицу.
Правила перекодировки здесь;
текст в квадратных скобках'[]'
не преобразуется.
Имя:

 преобразовывать смайлики · показать смайлики
Назначение кнопок:

   Поблагодарить автора сообщения — поблагодарить автора
   Удалить сообщение — удалить
   Редактировать сообщение — редактировать
   Поместить сообщение в колонку новостей — поместить в колонку новостей
   Цитировать — цитировать сообщение
   не входит в цитирование/входит в цитирование — цитировать несколько
   Отметить СПАМ-сообщение — обозначить спам
   Сообщение для модератора — связь с модератором
   Участник онлайн!/Участник оффлайн! — автор онлайн/оффлайн
   Фотография — фотография автора

   - остальные обозначения -
 
   *
« Предыдущая тема · Молекулярная и клеточная биология · Следующая тема »
Быстрый ответДобавить сообщение в темуСоздать новую тему

Rambler   molbiol.ru - методы, информация и программы для молекулярных биологов              

 ·  Викимарт - все интернет-магазины в одном месте  ·  Доска объявлений Board.com.ua  · 
--- сервер арендован в компании Hetzner Online, Германия ---
--- администрирование сервера: Intervipnet ---

Хеликон · Диаэм · ИнтерЛабСервис · Beckman Coulter · SkyGen · ОПТЭК · BIOCAD · Евроген · Синтол · БиоЛайн · Sartorius · Химэксперт · СибЭнзим · Tecan · Даниес · НПП "ТРИС" · Биалекса · ФизЛабПрибор · Genotek · АТГ Сервис Ген · Биоген-Аналитика
Ваш форум  ·  redactor@molbiol.ru  ·  реклама  ·  Дата и время: 20.07.19 07:36
Bridged By IpbWiki: Integration Of Invision Power Board and MediaWiki © GlobalSoft