Rambler's Top100
 		Лёгкая версия форума* Виртуальная клавиатура  English  
Molbiol.ru | О проекте | Справочник | Методы | Растворы | Расчёты | Литература | Орг.вопросы
Web | Фирмы | Coffee break | Картинки | Работы и услуги | Биржа труда | Междисциплинарный биологический онлайн-журналZbio-wiki

NG SEQUENCING · ЖИЗНЬ РАСТЕНИЙ · БИОХИМИЯ · ГОРОДСКИЕ КОМАРЫ · А.А.ЛЮБИЩЕВ · ЗООМУЗЕЙ

Темы за 24 часа  [ Вход* | Регистрация* ]  
   



Форум: 
 

Щёлкните, чтобы внести в Избранные Темы* Биоинформатики, АУ!!
Операции: Хочу стать куратором* · Подписаться на тему* · Отправить страницу по e-mail · Версия для печати*
Внешний вид:* Схема · [ Стандартный ] · +Перв.сообщ.

 
 Добавить сообщение в темуСоздать новую темуСоздать голосование
Участник оффлайн! Sergeant
Постоянный участник
 прочитанное сообщение 25.01.2005 19:53     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #1 множественное цитирование
Привет
Слышал краем уха, что есть такая наука биоинформатика. Значит существуют и люди , которые ей занимаются (хотя в этом может я и ошибаюсь wink.gif ). спрашивал у физиков-математиков. Пока тишина. Спрошу теперь тут.

Всем привет.
У меня задачка связанная с молекулярной биологией. Слишком простая, чтобы подключать к ней проффесиональных биоинформатиков, но немного сложноватая для меня. Точнее решить я ее могу, но как ее ОПТИМАЛЬНО решить (красиво решить)?
Собственно вопрос.
есть последовательность построенная из четырех букв AGTC (длинной от 10 до 100 букв).
Например:
GGCCCATGGCTGGCCATATATGCC

и есть файл содержащий названия и сами последовательности.
Например:
KpnI GGTACC
PstI CTGCAG
......................
......................
В начале строке название, а потом сама последовательность.
Задача: написать скрипт (для опреднленности на Perl), который находил бы вхождение
Kpn, PstI (и так для всех остальных) допускающих единичную замену(двойную замену, тройную замену), в искомой строке. Для биологов задачу поставлю так: найти точечные мутации в последовательности, приводящии к появлению нового сайта рестрикции.
допускается до трех точечных метаций, но чем меньше - тем лучше.

Я сначала хотел попробовать использовать регулярные выражения. Создать массив всех рестриктаз, потом из него массив возможных рестриктаз с одной заменой и использовать значения массива для поиска регулярным выражением. Но чувствую, что так очень не оптимально.
Участник оффлайн! SergeyR
Участник
 прочитанное сообщение 26.01.2005 10:27     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #2 множественное цитирование
Привет, Sergeant.

Я, правда, не биоинформатик, но по моему чтоб решить твою задачу не надо писать скрипт. В VNTI есть такая функция - выделяешь нужный фрагмент, analyses->mutagenesis->нужную нитку и выбираешь рестриктазы, чьи сайты тебе нужны.

Удачи.
Участник оффлайн!




 прочитанное сообщение 26.01.2005 12:19     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #3 множественное цитирование
Да, правильно, в Векторе есть опция - допустимое количество мизматчей. Однако, там придется сайты искать по очереди, - один. другой и.т.д. А вот список недоделанных (или переделанных) сайтов Вектор не даст.
Участник оффлайн!




 прочитанное сообщение 26.01.2005 12:25     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #4 множественное цитирование
Я, кстати, когда-то этим интересовался. По моим наблюдениям,
количество модифицированных сайтов укладывается в традиционную концепцию: вероятность появления или исчезновения сайта рестрикции при точечной мутации примерно одинакова. Дайте знать,
если найдете что-то любопытное, так как тема небезынтересная.
Участник оффлайн! Mala123
Постоянный участник
 прочитанное сообщение Сообщение на английском  29.09.2022 19:26     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #5 множественное цитирование
F1 Removal is a well known movers and packers company all over the UK. We have been working since 1980 providing professional moving services according to the need of the customers. We have highly trained staff for all sort of moving services during relocation.

Removals Company | Removals Company in London | Office Removal in London | Office Removals London | Relocation Companies London | Removals Company in London | Moving Company in London | Moving Company | Movers in London | Man and Van in London | House Removals in London | House Removals | Packers and movers in London | Packers and movers London | Movers and Packers in London | Relocation Company in London | Commercial Removals | Local Movers | Long Distance Mover | Long Distance Movers | Long Distance Moving Company | renovations | london renovations | renovation companies in london | renovations company london | house renovation in london | Kitchen renovation london | Kitchen fitting london | Kitchen fitters in London | bathroom renovations london | painters and decorators in london | painting and decorating in london | painters in london | london decorators | vinyl tile flooring | vinyl flooring | laminate flooring | parquet flooring | wood flooring | parquet flooring london | luxury vinyl flooring | lvt flooring | wood flooring london | karndean flooring | herringbone flooring | laminate flooring london | amtico flooring | bathroom floor tiling | bathroom tiling | kitchen tiling | floor tiling | porcelain tiling | terrazzo tiling | painting and decorating leicester | painter and decorator ealing | painting and decorating brighton | local decorators

*




Кнопка "Транслит" перекодирует
текст из транслита в кирилицу.
Правила перекодировки здесь;
текст в квадратных скобках'[]'
не преобразуется.
Имя:

 преобразовывать смайлики · показать смайлики 		Назначение кнопок:
   Поблагодарить автора сообщения — поблагодарить автора
   Удалить сообщение — удалить
   Редактировать сообщение — редактировать
   Поместить сообщение в колонку новостей — поместить в колонку новостей
   Цитировать — цитировать сообщение
   не входит в цитирование/входит в цитирование — цитировать несколько
   Отметить СПАМ-сообщение — обозначить спам
   Сообщение для модератора — связь с модератором
   Участник онлайн!/Участник оффлайн! — автор онлайн/оффлайн
   Фотография — фотография автора

   - остальные обозначения -  
   *
« Предыдущая тема · Софт · Следующая тема »
Быстрый ответДобавить сообщение в темуСоздать новую тему

Rambler   molbiol.ru - методы, информация и программы для молекулярных биологов              

 ·  Викимарт - все интернет-магазины в одном месте  ·  Доска объявлений Board.com.ua  · 
--- сервер арендован в компании Hetzner Online, Германия ---
--- администрирование сервера: Intervipnet ---

Хеликон · Диаэм · ИнтерЛабСервис · Beckman Coulter · SkyGen · ОПТЭК · BIOCAD · Евроген · Синтол · БиоЛайн · Sartorius · Химэксперт · СибЭнзим · Tecan · Даниес · НПП "ТРИС" · Биалекса · ФизЛабПрибор · Genotek · АТГ Сервис Ген · Биоген-Аналитика
Ваш форум  ·  redactor@molbiol.ru  ·  реклама  ·  Дата и время: 18.04.24 16:00
Bridged By IpbWiki: Integration Of Invision Power Board and MediaWiki © GlobalSoft
Powered by Invision Power Board(Trial) v2.0.0 © 2024  IPS, Inc.