Molbiol.ru | О проекте | Справочник | Методы | Растворы | Расчёты | Литература | Орг.вопросы Web | Фирмы | Coffee break | Картинки | Работы и услуги | Биржа труда | Zbio-wiki NG SEQUENCING · ЖИЗНЬ РАСТЕНИЙ · БИОХИМИЯ · ГОРОДСКИЕ КОМАРЫ · А.А.ЛЮБИЩЕВ · ЗООМУЗЕЙ Темы за 24 часа [ Вход* | Регистрация* ] Форум: | |
dedeilik |
Требуется среди ДНК, выделенной набором для выделения, ПЦРкой выяснить, есть ли там мтДНК. Задача вцелом простая, но какую именно последовательность нуклеотидов взять, чтобы было точнее и проще??? или где поискать данную информацию? |
-Ъ- Постоянный участник Москва |
|
Pharmaсol Постоянный участник |
вот работающие праймеры на ген сytochrome c oxidase subunit I F 5`TTCGGCGCATGAGCTGGAGTCC R 5`TATGCGGGGAAACGCCATATCG primer annealing at 55°C |
-Ъ- Постоянный участник Москва |
Чем меньше GC на 3-конце, тем стабильнее праймеры (меньше неспецифики). Т отж - 62-64 оС. а при такой низкой температуре праймеры могут схлопнуться. Сообщение было отредактировано -Ъ- - 28.02.2014 16:01 |
Pharmaсol Постоянный участник |
|
semi Постоянный участник Москва |
(Pharmaсol @ 28.02.2014 14:58) для человека, так понимаю? вот работающие праймеры на ген сytochrome c oxidase subunit I F 5`TTCGGCGCATGAGCTGGAGTCC R 5`TATGCGGGGAAACGCCATATCG primer annealing at 55°C IMHO - какие-то странные праймеры. Вроде как, согласно Primer-blast, они прекрасно отжигаются на хромосоме 1 и дают продукт в 228 п.о. Да и с хромосомы 14 кое-что такой же длины поднять можно. (В ядерном геноме человека полным полно вставок из мтДНК, она там практически полностью представлена, псевдоген цитохрома в ядре вроде бы тоже имеется). Products on target templates >NC_000001.11 Homo sapiens chromosome 1, GRCh38 Primary Assembly product length = 228 Forward primer 1 TTCGGCGCATGAGCTGGAGTCC 22 Template 631137 ...................... 631158 Reverse primer 1 TATGCGGGGAAACGCCATATCG 22 Template 631364 ...................... 631343 |
Pharmaсol Постоянный участник |
праймеры статейные, через бласт проверял, все сходилось странно проверил в ручную, mitochondrially encoded cytochrome c oxidase I, 1 TTAAACCCACAAACACTTAGTTAACAGCTAAGCACCCTAATCAACTGGCTTCAATCTACTTCTCCCGCCGCCGGGAAAAAAGGCGGGAGAAGCCCCGGCA 101 GGTTTGAAGCTGCTTCTTCGAATTTGCAATTCAATATGAAAATCACCTCGGAGCTGGTAAAAAGAGGCCTAACCCCTGTCTTTAGATTTACAGTCCAATG 201 CTTCACTCAGCCATTTTACCTCACCCCCACTGATGTTCGCCGACCGTTGACTATTCTCTACAAACCACAAAGACATTGGAACACTATACCTATTATTCGG 301 CGCATGAGCTGGAGTCCTAGG CACAGCTCTAAGCCTCCTTATT CGAGCCGAGCTGGGCCAGCCAGGCAACCTTCTAGGTAACGACCACATCTACAACGTT 401 ATCGTCACAGCCCATGCATTTGTAATAATCTTCTTCATAGTAATACCCATCATAATCGGAGGCTTTGGCAACTGACTAGTTCCCCTAATAATCGGTGCCC 501 CCGATATGGCGTTTCCCCGCATAAACAACATAAGCTTCTGACTCTTACCTCCCTCTCTCCTACTCCTGCTCGCATCTGCTATAGTGGAGGCCGGAGCAGG ____________________________ сходится, но почему в бласт не дает? беру последовательность из FASTA mitochondrially encoded cytochrome c oxidase I, засовываю в IDT, беру праймеры, заношу в праймер-бласт, дает Homo sapiens chromosome 1, GRCh38 Primary Assembly, Homo sapiens chromosome 22, GRCh38 Primary Assembly итд. Как это понять? Сообщение было отредактировано Pharmaсol - 01.03.2014 00:20 |
semi Постоянный участник Москва |
Сообщение было отредактировано semi - 01.03.2014 00:20 |
semi Постоянный участник Москва |
(Pharmaсol @ 01.03.2014 00:26) беру последовательность из FASTA mitochondrially encoded cytochrome c oxidase I, засовываю в IDT, беру праймеры, заношу в праймер-бласт, дает Homo sapiens chromosome 1, GRCh38 Primary Assembly, Homo sapiens chromosome 22, GRCh38 Primary Assembly итд. Как это понять? Это вставки кусков митохондриального генома в ядерный геном. |
Pharmaсol Постоянный участник |
|
semi Постоянный участник Москва |
|
Pharmaсol Постоянный участник |
Homo sapiens chromosome 22, GRCh38 Primary Assembly Homo sapiens chromosome 8, GRCh38 Primary Assembly Homo sapiens chromosome 5, GRCh38 Primary Assembly Homo sapiens chromosome 3, GRCh38 Primary Assembly и так далее.. толи лыжи не едут, толи я.. |
semi Постоянный участник Москва |
(Pharmaсol @ 01.03.2014 01:47) чудно, беру праймеры на последовательность ядерной ДНК, которые проверенные давно, вставляю, дает Homo sapiens chromosome 22, GRCh38 Primary Assembly Homo sapiens chromosome 8, GRCh38 Primary Assembly Homo sapiens chromosome 5, GRCh38 Primary Assembly Homo sapiens chromosome 3, GRCh38 Primary Assembly и так далее.. толи лыжи не едут, толи я.. С праймерами на ядерные последовательности всё же нечасто случается, что они идеально отжигаются в другом месте, давая продукт той же длины. А с митохондриальными последовательностями такое - сплошь и рядом. |
« Предыдущая тема · Молекулярная и клеточная биология · Следующая тема » |