Rambler's Top100
Лёгкая версия форума* Виртуальная клавиатура  English  
Molbiol.ru | О проекте | Справочник | Методы | Растворы | Расчёты | Литература | Орг.вопросы
Web | Фирмы | Coffee break | Картинки | Работы и услуги | Биржа труда | Междисциплинарный биологический онлайн-журналZbio-wiki

NG SEQUENCING · ЖИЗНЬ РАСТЕНИЙ · БИОХИМИЯ · ГОРОДСКИЕ КОМАРЫ · А.А.ЛЮБИЩЕВ · ЗООМУЗЕЙ


Темы за 24 часа  [ Вход* | Регистрация* ]  
   



Форум: 
 

Щёлкните, чтобы внести в Избранные Темы* выявление мт ДНК
ИнтерЛабСервис - передовые технологии молекулярной диагностики
Операции: Хочу стать куратором* · Подписаться на тему* · Отправить страницу по e-mail · Версия для печати*
Внешний вид:* Схема · [ Стандартный ] · +Перв.сообщ.


 
Добавить сообщение в темуСоздать новую темуСоздать голосование
Участник оффлайн! dedeilik




 прочитанное сообщение 28.02.2014 13:43     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #1 множественное цитирование

Люди добрые, подскажите пожалуйста!!!

Требуется среди ДНК, выделенной набором для выделения, ПЦРкой выяснить, есть ли там мтДНК.
Задача вцелом простая, но какую именно последовательность нуклеотидов взять, чтобы было точнее и проще???
или где поискать данную информацию?
Участник оффлайн! -Ъ-
Постоянный участник
Москва



 прочитанное сообщение 28.02.2014 13:54     Сообщение для модератора         Личное письмо
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #2 множественное цитирование

Любую, кроме гипервариабельных.
Участник оффлайн! Pharmaсol
Постоянный участник



 прочитанное сообщение 28.02.2014 13:58     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #3 множественное цитирование

для человека, так понимаю?
вот работающие праймеры на ген сytochrome c oxidase subunit I

F 5`TTCGGCGCATGAGCTGGAGTCC
R 5`TATGCGGGGAAACGCCATATCG

primer annealing at 55°C
Участник оффлайн! -Ъ-
Постоянный участник
Москва



 прочитанное сообщение 28.02.2014 15:59     Сообщение для модератора         Личное письмо
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #4 множественное цитирование

Эти праймеры легко димеризуются, особенно первый, и могут не обеспечить высокую эффективность реакции. Выглядят праймеры неплохо, если изменить направление - такое ощущение, что перепутали 5- с 3-направлением.
Чем меньше GC на 3-конце, тем стабильнее праймеры (меньше неспецифики).

Т отж - 62-64 оС. а при такой низкой температуре праймеры могут схлопнуться.

Сообщение было отредактировано -Ъ- - 28.02.2014 16:01
Участник оффлайн! Pharmaсol
Постоянный участник



 прочитанное сообщение 28.02.2014 20:00     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #5 множественное цитирование

у меня работают на ДНК из образцах крови, видимо вопреки всему smile.gif
Участник оффлайн! semi
Постоянный участник
Москва



 прочитанное сообщение 28.02.2014 23:10     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #6 множественное цитирование

(Pharmaсol @ 28.02.2014 14:58)
Ссылка на исходное сообщение  для человека, так понимаю?
вот работающие праймеры на ген сytochrome c oxidase subunit I

F 5`TTCGGCGCATGAGCTGGAGTCC
R 5`TATGCGGGGAAACGCCATATCG

primer annealing at 55°C

IMHO - какие-то странные праймеры.
Вроде как, согласно Primer-blast, они прекрасно отжигаются на хромосоме 1 и дают продукт в 228 п.о. Да и с хромосомы 14 кое-что такой же длины поднять можно.
(В ядерном геноме человека полным полно вставок из мтДНК, она там практически полностью представлена, псевдоген цитохрома в ядре вроде бы тоже имеется).

Products on target templates
>NC_000001.11 Homo sapiens chromosome 1, GRCh38 Primary Assembly

product length = 228
Forward primer 1 TTCGGCGCATGAGCTGGAGTCC 22
Template 631137 ...................... 631158

Reverse primer 1 TATGCGGGGAAACGCCATATCG 22
Template 631364 ...................... 631343
Участник оффлайн! Pharmaсol
Постоянный участник



 прочитанное сообщение 28.02.2014 23:26     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #7 множественное цитирование

озадачили вы меня confused.gif
праймеры статейные, через бласт проверял, все сходилось
странно

проверил в ручную, mitochondrially encoded cytochrome c oxidase I,
1 TTAAACCCACAAACACTTAGTTAACAGCTAAGCACCCTAATCAACTGGCTTCAATCTACTTCTCCCGCCGCCGGGAAAAAAGGCGGGAGAAGCCCCGGCA

101 GGTTTGAAGCTGCTTCTTCGAATTTGCAATTCAATATGAAAATCACCTCGGAGCTGGTAAAAAGAGGCCTAACCCCTGTCTTTAGATTTACAGTCCAATG

201 CTTCACTCAGCCATTTTACCTCACCCCCACTGATGTTCGCCGACCGTTGACTATTCTCTACAAACCACAAAGACATTGGAACACTATACCTATTATTCGG
301
CGCATGAGCTGGAGTCC
TAGG CACAGCTCTAAGCCTCCTTATT CGAGCCGAGCTGGGCCAGCCAGGCAACCTTCTAGGTAACGACCACATCTACAACGTT

401 ATCGTCACAGCCCATGCATTTGTAATAATCTTCTTCATAGTAATACCCATCATAATCGGAGGCTTTGGCAACTGACTAGTTCCCCTAATAATCGGTGCCC

501 CCGATATGGCGTTTCCCCGCATAAACAACATAAGCTTCTGACTCTTACCTCCCTCTCTCCTACTCCTGCTCGCATCTGCTATAGTGGAGGCCGGAGCAGG

____________________________
сходится, но почему в бласт не дает?

беру последовательность из FASTA mitochondrially encoded cytochrome c oxidase I, засовываю в IDT, беру праймеры, заношу в праймер-бласт, дает Homo sapiens chromosome 1, GRCh38 Primary Assembly, Homo sapiens chromosome 22, GRCh38 Primary Assembly итд.
Как это понять?

Сообщение было отредактировано Pharmaсol - 01.03.2014 00:20
Участник оффлайн! semi
Постоянный участник
Москва



 прочитанное сообщение 01.03.2014 00:17     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #8 множественное цитирование

Я другого пока понять не могу: почему blast находит эти праймеры и на митохондриальной ДНК, и на хромосоме 1, причём в обоих местах c потенциальным ПЦР-продуктом в 228 п.о. , а Primer-blast ПЦР-продукта с мтДНК не показывает.

Сообщение было отредактировано semi - 01.03.2014 00:20
Участник оффлайн! semi
Постоянный участник
Москва



 прочитанное сообщение 01.03.2014 00:23     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #9 множественное цитирование

(Pharmaсol @ 01.03.2014 00:26)
беру последовательность из FASTA mitochondrially encoded cytochrome c oxidase I, засовываю в IDT, беру праймеры, заношу в праймер-бласт, дает Homo sapiens chromosome 1, GRCh38 Primary Assembly, Homo sapiens chromosome 22, GRCh38 Primary Assembly итд.
Как это понять?

Это вставки кусков митохондриального генома в ядерный геном.
Участник оффлайн! Pharmaсol
Постоянный участник



 прочитанное сообщение 01.03.2014 00:25     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #10 множественное цитирование

по идее, они должны давать пцр-продукт одинакой длины? у меня всегда один бэнд
Участник оффлайн! semi
Постоянный участник
Москва



 прочитанное сообщение 01.03.2014 00:36     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #11 множественное цитирование

Да, должны давать практически идентичные продукты . Может быть, пар-тройка букв между праймерами будет различаться, это можно по реф.последовательности проверить.
Участник оффлайн! Pharmaсol
Постоянный участник



 прочитанное сообщение 01.03.2014 00:47     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #12 множественное цитирование

чудно, беру праймеры на последовательность ядерной ДНК, которые проверенные давно, вставляю, дает
Homo sapiens chromosome 22, GRCh38 Primary Assembly
Homo sapiens chromosome 8, GRCh38 Primary Assembly
Homo sapiens chromosome 5, GRCh38 Primary Assembly
Homo sapiens chromosome 3, GRCh38 Primary Assembly

и так далее..
толи лыжи не едут, толи я..
Участник оффлайн! semi
Постоянный участник
Москва



 прочитанное сообщение 01.03.2014 08:50     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #13 множественное цитирование

(Pharmaсol @ 01.03.2014 01:47)
Ссылка на исходное сообщение  чудно, беру праймеры на последовательность ядерной ДНК, которые проверенные давно, вставляю, дает
Homo sapiens chromosome 22, GRCh38 Primary Assembly
Homo sapiens chromosome 8, GRCh38 Primary Assembly
Homo sapiens chromosome 5, GRCh38 Primary Assembly
Homo sapiens chromosome 3, GRCh38 Primary Assembly

и так далее..
толи лыжи не едут, толи я..

С праймерами на ядерные последовательности всё же нечасто случается, что они идеально отжигаются в другом месте, давая продукт той же длины. А с митохондриальными последовательностями такое - сплошь и рядом.
Участник оффлайн! watchesbiz
Постоянный участник



 прочитанное сообщение Сообщение на английском  03.12.2021 19:22     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #14 множественное цитирование

https://app.ex.co/stories/bestreplicawatche...-regime-for-you
https://rolexrelicawatches.hpage.com/replica-watches-uk.html
https://www.cgmimm.com/articles/hints-to-he...lica-watches-uk
https://www.deviantart.com/fakerolexwatches...es-UK-871090193
https://replicawatches24.exposure.co/best-r...eplicawatches24
https://knowyourmeme.com/users/replicawatchesuk
https://www.scoop.it/topic/bestreplicawatch...ica-rolex-watch
https://uberant.com/article/1268140-hints-o...ca-rolex-watch/
https://devpost.com/watcheshutuk
https://www.ted.com/profiles/26540630/about
https://drive.google.com/file/d/1uTx90WraSJ...iew?usp=sharing
https://ibb.co/hgfZwb0
https://writer.zohopublic.com/writer/publis...10192bd4c742ceb
https://replicawatches24.mystrikingly.com/b...ica-rolex-watch
https://my.desktopnexus.com/ReplicawatchesU...a-rolex--31049/
https://sway.office.com/Tqm7mC7s0VWLhKAl

*




Кнопка "Транслит" перекодирует
текст из транслита в кирилицу.
Правила перекодировки здесь;
текст в квадратных скобках'[]'
не преобразуется.
Имя:

 преобразовывать смайлики · показать смайлики
Назначение кнопок:

   Поблагодарить автора сообщения — поблагодарить автора
   Удалить сообщение — удалить
   Редактировать сообщение — редактировать
   Поместить сообщение в колонку новостей — поместить в колонку новостей
   Цитировать — цитировать сообщение
   не входит в цитирование/входит в цитирование — цитировать несколько
   Отметить СПАМ-сообщение — обозначить спам
   Сообщение для модератора — связь с модератором
   Участник онлайн!/Участник оффлайн! — автор онлайн/оффлайн
   Фотография — фотография автора

   - остальные обозначения -
 
   *
« Предыдущая тема · Молекулярная и клеточная биология · Следующая тема »
Быстрый ответДобавить сообщение в темуСоздать новую тему

Rambler   molbiol.ru - методы, информация и программы для молекулярных биологов              

 ·  Викимарт - все интернет-магазины в одном месте  ·  Доска объявлений Board.com.ua  · 
--- сервер арендован в компании Hetzner Online, Германия ---
--- администрирование сервера: Intervipnet ---

Хеликон · Диаэм · ИнтерЛабСервис · Beckman Coulter · SkyGen · ОПТЭК · BIOCAD · Евроген · Синтол · БиоЛайн · Sartorius · Химэксперт · СибЭнзим · Tecan · Даниес · НПП "ТРИС" · Биалекса · ФизЛабПрибор · Genotek · АТГ Сервис Ген · Биоген-Аналитика
Ваш форум  ·  redactor@molbiol.ru  ·  реклама  ·  Дата и время: 28.03.24 12:26
Bridged By IpbWiki: Integration Of Invision Power Board and MediaWiki © GlobalSoft