Rambler's Top100
Лёгкая версия форума* Виртуальная клавиатура  English  
Molbiol.ru | О проекте | Справочник | Методы | Растворы | Расчёты | Литература | Орг.вопросы
Web | Фирмы | Coffee break | Картинки | Работы и услуги | Биржа труда | Междисциплинарный биологический онлайн-журналZbio-wiki

NG SEQUENCING · ЖИЗНЬ РАСТЕНИЙ · БИОХИМИЯ · ГОРОДСКИЕ КОМАРЫ · А.А.ЛЮБИЩЕВ · ЗООМУЗЕЙ


Темы за 24 часа  [ Вход* | Регистрация* ]  
   



Форум: 
 

Щёлкните, чтобы внести в Избранные Темы* Биологический адронный коллайдер -- прошу дядю Факсера заценить... --
Компания Biocommerce - официальный дистрибьютер продукции компаний Miltenyi Biotec GmbH (Германия) и RanD S.r.l. (Италия).
Операции: Хочу стать куратором* · Подписаться на тему* · Отправить страницу по e-mail · Версия для печати*
Внешний вид:* Схема · [ Стандартный ] · +Перв.сообщ.


Добавить сообщение в темуСоздать новую темуСоздать голосование
Участник оффлайн! Дядя ФАКСер
moderator
Nothern Maccaronia, Ticinum



 прочитанное сообщение 15.05.2017 11:16     Сообщение для модератора         Фотография  Личное письмо  Отправить e-mail  ICQ

(Dr. Maltsev @ 15.05.2017 04:36)
Ссылка на исходное сообщение  Не факт. А может эти нарушения проявятся в структуре ядра лимфоцитов? Никто же не проверял. Измерить параметры структуры ядра с помощью нашей технологии ничего не стоит по расходным материалам.

Так измерьте, накопите статистику и т.п.
Кстати, это, опять таки, одна из основных ошибок , считать, что если прибор свой и антител не требуется, то семпл "бесплатен по расходникам". Это неверно, ибо забыты расходы на sample processing, расходный пластик, амортизационные расходы на оборудование и стоимость рабочего времени. Зачастую случается , что "чудовищно дорогой по антителам" семпл оказывается намного дешевле "бесплатного по расходникам".

Всего благодарностей: 1Поблагодарили (1): Леонид В
Участник оффлайн! Dr. Maltsev
Постоянный участник
Новосибирск, Россия



 прочитанное сообщение 15.05.2017 14:02     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail  Web-адрес

(Дядя ФАКСер @ 15.05.2017 15:16)
Ссылка на исходное сообщение  Так измерьте, накопите статистику и т.п.

Эх, нет валентности заняться лимфоцитами. Сфера с оболочкой слишком простая модель для мононуклеаров. Надо усложнять, но ни сил, ни времени нет.

Зачастую случается , что "чудовищно дорогой по антителам" семпл оказывается намного дешевле "бесплатного по расходникам".

Пока я вижу по окружающим, что просто вызвать спеца из компании в Новосибирск для того, чтобы "поглядите, что-то не так", стоит больших денег. И при этом сильно не сразу приезжает этот спец. Вот эти временные затраты никакими расходниками не отобьешь.
Участник оффлайн! dan14444
Участник



 прочитанное сообщение 15.05.2017 18:13     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail

увы, пока чрезкожная сканирующая цитометрия будет, наверное, маниловщиной ... хотя ...
У нас кстати сосед вполне неплохо оптоакустикой на дальнем красном цитометрит.
Участник оффлайн! Дядя ФАКСер
moderator
Nothern Maccaronia, Ticinum



 прочитанное сообщение 15.05.2017 21:46     Сообщение для модератора         Фотография  Личное письмо  Отправить e-mail  ICQ

(dan14444 @ 15.05.2017 17:13)
Ссылка на исходное сообщение  У нас кстати сосед вполне неплохо оптоакустикой на дальнем красном цитометрит.

Vital imaging, что ли? Ну да, есть такая штука. Яркие трейсеры нужны.
Участник оффлайн! dan14444
Участник



 прочитанное сообщение 16.05.2017 00:01     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail

Нет, просто в цитохромы и т.п. светит, без меток.

Всего благодарностей: 1Поблагодарили (1): Дядя ФАКСер
Участник оффлайн! Дядя ФАКСер
moderator
Nothern Maccaronia, Ticinum



 прочитанное сообщение 19.05.2017 09:19     Сообщение для модератора         Фотография  Личное письмо  Отправить e-mail  ICQ

Тут возникает вопрос: а что детектим? Цитохромов- везде полно.
Участник оффлайн! dan14444
Участник



 прочитанное сообщение 19.05.2017 17:25     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail

Что-то как-то у них различалось... Даже с прицелом на тераностику. Погуглите Жарова, цитометрию и термоакустику, из первых рук оно надёжнее будет - я к ним в гости ровно один раз заходил, и другие вопросы интересовали...
Участник оффлайн! Дядя ФАКСер
moderator
Nothern Maccaronia, Ticinum



 прочитанное сообщение 19.05.2017 18:26     Сообщение для модератора         Фотография  Личное письмо  Отправить e-mail  ICQ

Жаровых много. PMID?
Участник оффлайн! dan14444
Участник



 прочитанное сообщение 19.05.2017 21:54     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC2898905/
вот этот, первое из нагугленного...
Участник оффлайн! Dr. Maltsev
Постоянный участник
Новосибирск, Россия



 прочитанное сообщение 20.05.2017 07:57     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail  Web-адрес

Ну, вот. Статья по эритроцитам появилась в разделе "ранние пташки" http://onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1002/cyto.a.23141/full

Таким образом, по эритроцитам есть 31 параметр статический (вышедшая статья) и 6 динамических. Осталось научиться определять количество окси- и дезокси гемоглобина в каждом эритроците. Эта работа уже заканчивается и будем пристраивать в один из журналов.

После этого все характеристики зрелых эритроцитов буду измерены. Начнется работа с ненормальными эритроцитами.

Успехов!
Участник оффлайн! Dr. Maltsev
Постоянный участник
Новосибирск, Россия



 прочитанное сообщение 24.05.2017 19:19     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail  Web-адрес

На сайте журнала выложили откорректированные гранки статьи про быстрое решение обратной задачи для сферических частиц http://www.sciencedirect.com/science/artic...022407317301395

Это единственный в мире метод, когда можно полностью характеризовать сферические гомогенные частицы в реальном времени со скоростью до 300 частиц в сек. При этом средня точность по размеру лучше 80 нм, что существенно ниже дифракционного предела.

Успехов.

Всего благодарностей: 1Поблагодарили (1): Дядя ФАКСер
Участник оффлайн! Dr. Maltsev
Постоянный участник
Новосибирск, Россия



 прочитанное сообщение 01.09.2017 04:58     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail  Web-адрес

Всем привет.

Последнее время у нас много посетителей в лаборатории. Что бы заранее подготовить такие визиты мы записали видео-тур по лаборатории. Качество пока не дотягивает до желаемого. Отсутствует адекватная аппаратура для съемок и записи звука, но для первого варианта пойдет
https://youtu.be/Fz_QjrLgN7E

Успехов!

Всего благодарностей: 1Поблагодарили (1): Дядя ФАКСер
Участник оффлайн! Dr. Maltsev
Постоянный участник
Новосибирск, Россия



 прочитанное сообщение 01.09.2017 05:48     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail  Web-адрес

Сотрудник нашей лаборатории 20-22 сентября будет среди участников XI Форума «Национальные дни лабораторной медицины России» http://mma-expo.ru/lab/2017/

Если есть участники форума, желающие лично пообщаться на тему сканирующей проточной цитометрии в Москве, то отпишитесь здесь или в личку.
Для Форума приготовили информационный материал. Он здесь http://cyto.kinetics.nsc.ru/Upload/MQS.pdf

Успехов!
Участник оффлайн! Dr. Maltsev
Постоянный участник
Новосибирск, Россия



 прочитанное сообщение 27.09.2017 05:18     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail  Web-адрес

Всем привет!

Есть возможность ознакомиться с самыми последними достижениями в анализе микрочастиц крови, хиломикронов, бактерий и молочного жира. Причем на русском.
Диссертация Коноховой А.И. "Характеризация биологических полидисперсных систем, содержащих разнородные популяции клеток и частиц, с помощью сканирующей проточной цитометрии" можно скачать с сайта Диссертационного совета http://www.ibp.ru/diser/Konokhova_PhD_2017-2.PDF

Успехов!

Сообщение было отредактировано Dr. Maltsev - 31.12.2017 06:14

Всего благодарностей: 1Поблагодарили (1): Дядя ФАКСер
Guest
IP-штамп: fr0elurLgcEUY
гость



 прочитанное сообщение 31.12.2017 06:12     Сообщение для модератора       

Приветствую.

Есть предновогодней информационный повод для поста.

Анастасия Конохова успешно защитила диссертацию по специальности "биофизика" на степень кандидата физ.-мат. наук, информация по которой представлена постом выше. Там, правда, ссылка битая. Вот http://www.ibp.ru/diser/diser.php рабочая.
Счет 21:0.

Успехов.
Участник оффлайн! Dr. Maltsev
Постоянный участник
Новосибирск, Россия



 прочитанное сообщение 31.12.2017 06:15     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail  Web-адрес

Упс!
Автоматическая регистрация слетела.
Предыдущий пост мой и ссылку поправил.

Успехов!
Участник оффлайн! Panaev
Постоянный участник



 прочитанное сообщение 06.02.2018 15:56     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail

Возможно глупый вопрос:
а размеры и количество вирусоподобных частиц вашей гравицапой можно контролировать?
Участник оффлайн! Dr. Maltsev
Постоянный участник
Новосибирск, Россия



 прочитанное сообщение 06.02.2018 16:39     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail  Web-адрес

(Panaev @ 06.02.2018 19:56)
Ссылка на исходное сообщение
а размеры и количество вирусоподобных частиц вашей гравицапой можно контролировать?

Интересно, как вопрос совпал с реальностью.
Только вчера довели до максимальной чувствительности три канала характеризации субмикронных частиц.
Про количество вопрос простой - сколько пролетит за время измерения - столько и частиц. Хорошо бы объем пробы за это время измерить. С точностью 15% не проблема. Лучше - не просто.

У любых сферических частиц по светорассеянию размер не измерить без измерения плотности (показатель преломления). Поэтому кривая чувствительности по размеру зависит от плотности частиц.
---------
1. Konokhova AI, Chernova DN, Strokotov DI, Karpenko AA, Chernyshev AV, Maltsev VP, Yurkin MA. Light-scattering gating and characterization of plasma microparticles. J. Biomed. Opt 2016;21:115003–115003. (Fig. 2a)
------------
Это касается и вирусоподобных частиц, которые можно отнести к сферическим, так как их размер меньше длины волны.

В вышеприведенной статье граница для хиломикронов была в районе 350 нм. Вчера нам удалось измерить размер и показатель преломления хиломикронов с размером больше 200 нм.

Вирусоподобные частицы не такие плотные, как хиломикроны и для них порог чувствительности можно оценить на уровне 300 нм. А это только поксвирусы. Конечно, если их покрыть наночастицами золота, то размер можно будет измерить без труда, даже для 200 нм вирусов.

Успехов!
Участник оффлайн! Леонид В
Постоянный участник
Квебек



 прочитанное сообщение 06.02.2018 18:10     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail  Web-адрес

(Dr. Maltsev @ 06.02.2018 09:39)
Хорошо бы объем пробы за это время измерить. С точностью 15% не проблема. Лучше - не просто.

если толкает давление, то добавление откалиброванной суспензии микробус,
если поршень или перистальтический насос — тогда можно и без бус.

Сообщение было отредактировано Леонид В - 06.02.2018 18:11
Участник оффлайн! Dr. Maltsev
Постоянный участник
Новосибирск, Россия



 прочитанное сообщение 06.02.2018 18:28     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail  Web-адрес

(Леонид В @ 06.02.2018 22:10)
Ссылка на исходное сообщение  если толкает давление, то добавление откалиброванной суспензии  микробус,
если поршень или перистальтический насос — тогда можно и без бус.

Давление на тонких внутренних струях (3-10 мкм) не удержать с точностью лучше 20% даже с самым точным дифференциальным редуктором.
Для поршней и перистальтики Poiseuille все портит. Пристеночный поток стоит на месте. Никак не учтешь в реальном измерении.

Единственный вариант измерять диаметр внутренней струи в процессе измерения. Это мы умеем, но не хватает валентности довести это до рабочей методики. Пока обходимся старинными способами. Точность измерения концентрации не так критична для нас.

Успехов.
Участник оффлайн! Panaev
Постоянный участник



 прочитанное сообщение 07.02.2018 17:31     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail

(Dr. Maltsev @ 06.02.2018 17:39)
Ссылка на исходное сообщение  Интересно, как вопрос совпал с реальностью.
Только вчера довели до максимальной чувствительности три канала характеризации субмикронных частиц.
Про количество вопрос простой - сколько пролетит за время измерения - столько и частиц. Хорошо бы объем пробы за это время измерить. С точностью 15% не проблема. Лучше - не просто.

У любых сферических частиц по светорассеянию размер не измерить без измерения плотности (показатель преломления). Поэтому кривая чувствительности по размеру зависит от плотности частиц.
---------
1. Konokhova AI, Chernova DN, Strokotov DI, Karpenko AA, Chernyshev AV, Maltsev VP, Yurkin MA. Light-scattering gating and characterization of plasma microparticles. J. Biomed. Opt 2016;21:115003–115003. (Fig. 2a)
------------
Это касается и вирусоподобных частиц, которые можно отнести к сферическим, так как их размер меньше длины волны.

В вышеприведенной статье граница для хиломикронов была в районе 350 нм. Вчера нам удалось измерить размер и показатель преломления хиломикронов с размером больше 200 нм.

Вирусоподобные частицы не такие плотные, как хиломикроны и для них порог чувствительности можно оценить на уровне 300 нм. А это только поксвирусы. Конечно, если их покрыть наночастицами золота, то размер можно будет измерить без труда, даже для 200 нм вирусов.

Успехов!

Спасибо.
Это многовато для нас. 30-60 нм типичный размер.
Насчет золота не знаю, а флюресцирующими антителами покрыть не проблема. Думаю, что такие частицы посчитать можно. Но нужно еще размер определять, вот в чем засада. Пока это делают на электроном микроскопе.
Участник оффлайн! Dr. Maltsev
Постоянный участник
Новосибирск, Россия



 прочитанное сообщение 07.02.2018 17:58     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail  Web-адрес

(Panaev @ 07.02.2018 21:31)
Ссылка на исходное сообщение
...а флюресцирующими антителами покрыть не проблема.

Как раз с этим и проблема - рецепторов-то очень мало. Чувствительности во флуоресцентном канале не хватит. Для светорассеяния флуоресцирующие красители только добавляют проблем.

  Но нужно еще размер определять, вот в чем засада. Пока это делают на электроном микроскопе.

Если электронный микроскоп дает ширину распределения по размерам на уровне 20% от среднего, то можно использовать DLS (dynamic light scattering) для оперативного контроля. Сам по себе DLS не является достоверным, но в купе с электронной микроскопией может использоваться именно для оперативной информации о распределении по размеру монодисперсных систем.
Guest
IP-штамп: frRNXsRVnlzlY
гость



 прочитанное сообщение 11.02.2018 23:26     Сообщение для модератора       

(Dr. Maltsev @ 06.02.2018 18:28)
Ссылка на исходное сообщение  Давление на тонких внутренних струях (3-10 мкм) не удержать с точностью лучше 20% даже с самым точным дифференциальным редуктором

Не усложняйте систему. Как показывает опытт,волюметрик дает примерно +/-5% точность подсчета объектов в образце.
Участник оффлайн! Dr. Maltsev
Постоянный участник
Новосибирск, Россия



 прочитанное сообщение 09.03.2018 06:05     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail  Web-адрес

Всем привет!
Хороший день, чтобы поделиться новой информацией, однако.

Как уже писал ранее, мы полностью разобрались с формой эритроцита (10.1364/BOE.7.001305) и продемонстрировали, как это можно использовать, чтобы определять практически все возможные параметры популяции эритроцитов у пациентов (10.1002/cyto.a.23141).

Теперь пришла очередь тромбоцитов. Надоело нам моделировать их сплюснутыми сфероидами и вот модель, которая должна увеличить точность анализа тромбоцитов в различных фазах активации (https://doi.org/10.1371/journal.pcbi.1005899). Это и есть повод для этого поста. Там еще не отредактированные гранки, но это мелочи.

Хоть мы уже измеряли распределение по форме тромбоцитов ранее, моделируя из сфероидами (10.1002/cyto.a.23003), теперь с новой математикой для формы все должно быть существенно точнее.

Всем успехов!

Всего благодарностей: 2Поблагодарили (2): Леонид В, Дядя ФАКСер
Участник оффлайн! Дядя ФАКСер
moderator
Nothern Maccaronia, Ticinum



 прочитанное сообщение 10.03.2018 00:12     Сообщение для модератора         Фотография  Личное письмо  Отправить e-mail  ICQ

Тромбоцит- почти 2D объект
Участник оффлайн! Дядя ФАКСер
moderator
Nothern Maccaronia, Ticinum



 прочитанное сообщение 10.03.2018 03:38     Сообщение для модератора         Фотография  Личное письмо  Отправить e-mail  ICQ

Но,как я уже говорил еще 6 лет назад,для platelet differentiation analysis - сей аппроач славен.
На реальной материи сколько "откатали"?
Участник оффлайн! Karaska




 прочитанное сообщение 27.03.2018 13:46     Сообщение для модератора         Личное письмо

Ну и кому он нужен?
Участник оффлайн! Dr. Maltsev
Постоянный участник
Новосибирск, Россия



 прочитанное сообщение 31.03.2018 04:28     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail  Web-адрес

Всем привет!
Хороший день, чтобы поделиться новой информацией, однако.

Новое достижение нашей команды - это прямой результат существования данного форума. Если заглянуть в историю этой ветки, то можно найти пост, в котором некто поинтересовался возможностью нашего цитометра анализировать микрочастицы крови. У нас на то время эти элементы крови не стояли в планах, но Анастасия, после непродолжительной беседы, согласилась этим заняться. И вот, она уже кандидат наук, а сегодня вышла очередная наша статья по частицам в крови, размер которых не превышает 1 мкм.

Итак, "Chylomicrons against light scattering: the battle for characterization"
(https://onlinelibrary.wiley.com/doi/abs/10.1002/jbio.201700381)

Это промежуточный результат, так как битва за полную характеризацию хиломикронов в самом разгаре.
Результаты, которые прошли через экспертизу в журнале с импакт-фактором 4.33, уже внушают.
Результат для рекламы: теперь каждый может измерить у себя риск развития атеросклероза! Записывайтесь на анализ!

Действительно анализ хиломикронов нормального донора и пациента, у которого диагностирован атеросклероз, показал принципиальные различия в способности выводить хиломикроны из крови (заключительный рисунок статьи).
Ну, и другие эксеприментальные данные в методическом плане уникальные для диагностики. Пришлось повозиться.

Всем успехов!
Guest
IP-штамп: frMukJbP/t7WM
гость



 прочитанное сообщение 31.03.2018 04:46     Сообщение для модератора       

(Dr. Maltsev @ 31.03.2018 04:28)
Ссылка на исходное сообщение  
Результаты, которые прошли через экспертизу в журнале с импакт-фактором 4.33, уже внушают.


поздравляю с четверкой с плюсом!

(Dr. Maltsev @ 31.03.2018 04:28)
Ссылка на исходное сообщение  
теперь каждый может измерить у себя риск развития атеросклероза!

smile.gif
в каждой шутке есть доля перспективного развития.

кстати о хиломикронах ... вернее не о них, но посмотрите в сторону Alzheimer's disease (подсказывать куда смотреть не буду ... smile.gif )
Участник оффлайн! Леонид В
Постоянный участник
Квебек



 прочитанное сообщение 31.03.2018 05:08     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail  Web-адрес

(Dr. Maltsev @ 30.03.2018 21:28)
Ссылка на исходное сообщение  Всем привет!
Хороший день, чтобы поделиться новой информацией, однако.


кстати, а сколько параметров выдаёт сейчас прибор? Не может вообще, а за один реальный прогон образца в реальной ситуации.
Участник оффлайн! Dr. Maltsev
Постоянный участник
Новосибирск, Россия



 прочитанное сообщение 31.03.2018 06:05     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail  Web-адрес

(Леонид В @ 31.03.2018 09:08)
Ссылка на исходное сообщение  кстати, а сколько параметров выдаёт сейчас прибор? Не может вообще, а за один реальный прогон образца в реальной ситуации.

Сейчас с тремя лазерами (405 нм, 488 нм, 660 нм), в принципе (мы так никогда не делали), можно измерить следующее:
1. Эритроциты - 49 параметров
2. Тромбоциты - 16 параметров
3. Мононуклеары - 10 параметров для каждого субтипа, например, моноциты и лимфоциты
4. Гранулоциты - 4 параметра для каждого субтипа
6. Микрочастицы и хиломикроны - 7 параметров.

Для каждого типа своя пробоподготовка. Сейчас мы делаем вручную и измеряем параметры определенного типа клеток. Если сделать систему пробоподготовки автоматическую, то все это можно измерить для одного забора пробы, с одного вакутейнера. Ну и, естественно, флуоресценцию я не считаю, хотя она измеряется с использованием 488 нм для возбуждения.

Сообщение было отредактировано Dr. Maltsev - 31.03.2018 06:08
Участник оффлайн! Леонид В
Постоянный участник
Квебек



 прочитанное сообщение 31.03.2018 07:06     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail  Web-адрес

(Dr. Maltsev @ 30.03.2018 23:05)
Ссылка на исходное сообщение  
1. Эритроциты - 49 параметров

хм ...
т.е. вот едет бедный эритроцит, ничего не подозревает, и тут Вы с него 49 шкур сдираете одномоментно ? Т.е. если переводить в язык флюоресценции то, это как если б было 49 цветов ?
Участник оффлайн! Dr. Maltsev
Постоянный участник
Новосибирск, Россия



 прочитанное сообщение 31.03.2018 07:28     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail  Web-адрес

(Леонид В @ 31.03.2018 11:06)
Ссылка на исходное сообщение  хм ...
т.е. вот едет бедный эритроцит, ничего не подозревает, и тут Вы с него 49 шкур сдираете одномоментно ?

Не совсем так. Здесь терминологическая засада. Если мы говорим о параметрах, гематологических параметрах, то это, например, средний объем, среднее количество гемоглобина в эритроцитах, ширина распределения по объему и т.д.
Т.е. термин ПАРАМЕТР относится ко всей популяции эритроцитов.

Если мы говорим о ХАРАКТЕРИСТИКАХ отдельной клетки, то это для эритроцита всего 4 характеристики (диаметр, толщина, толщина в центре и показатель преломления).
Из этих характеристик можно рассчитать 33 статических параметра и, после измерения лизиса, еще 16 функциональных (динамических) параметров.

Т.е. если переводить в язык флюоресценции то, это как если б было 49 цветов ?

Да, такая аналогия уместна. Фактически по флуоресценции подсчитывается определенный тип клеток, у которых (если повезет) средняя флуоресценция и ширина распределения по ней будет отличаться от клеток другого типа.
Участник оффлайн! Леонид В
Постоянный участник
Квебек



 прочитанное сообщение 31.03.2018 09:31     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail  Web-адрес

(Dr. Maltsev @ 31.03.2018 00:28)
Ссылка на исходное сообщение  

Если мы говорим о ХАРАКТЕРИСТИКАХ отдельной клетки, то это для эритроцита всего 4 характеристики (диаметр, толщина, толщина в центре и показатель преломления).
Из этих характеристик можно рассчитать

не ... можно рассчитать это не то.

Имеется ввиду параметр. FSC - это параметр: Forward Scatter (FSC) A parameter measuring light scattered less than 10 degrees as a cell passes through the laser beam.

Аналогия характеристик с цветом неуместна. На основании 3 параметров-цветов можно такие характеристики рассчитать ... которые характеризуют клетки как активированные, но не очень, но недавно, но сильно итд. Характеризация субпопуляции это отдельная песня.

Вопрос был, скажем проще, про каналы, которые одномоментно задействованы при измерении. Самые первичные измерения дают. Сколько PMT или иных детекторов сейчас задействовано в приборе при измерении одного события (клетки)?

Сообщение было отредактировано Леонид В - 31.03.2018 09:32
Участник оффлайн! Dr. Maltsev
Постоянный участник
Новосибирск, Россия



 прочитанное сообщение 31.03.2018 09:59     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail  Web-адрес

(Леонид В @ 31.03.2018 13:31)
Ссылка на исходное сообщение
Имеется ввиду параметр. FSC - это параметр: Forward Scatter (FSC)  A parameter measuring light scattered less than 10 degrees as a cell passes through the laser beam.


FSC это не параметр, это просто интенсивность (количество фотонов). Количество фотонов преобразуется в mV, а потом эти mV преобразуются в цифру, которую на компьютере показывают. Как эта интенсивность связана с клеткой - это отдельный вопрос.

На основании 3 параметров-цветов можно такие характеристики рассчитать

Никаких характеристики клеток на основании трех цифр, связанных с количеством фотонов, рассчитать нельзя. Можно только посчитать количество клеток, которые почему-то излучили такое количество фотонов. Все.

... которые характеризуют клетки как активированные, но не очень, но недавно, но сильно итд.

Характеристика - это число, так же, как и параметр. По флуоресценции определяют не характеристики, а используют ее в качестве идентификатора, т.е. проводят идентификацию популяций с подсчетом числа клеток.

Характеризация субпопуляции это отдельная песня.

Характеризацию популяций и субполпуляций можно провести только на гематологическом анализаторе, в котором используется принцип проточной цитометрии или метод Култера. Самый крутой от Sysmex дает, например, всего две характеристики для одиночного эритроцита, по которым вычисляют 8 параметров популяции эритроцитов. На классическом проточном цитометре никакой характеризации популяций провести нельзя. Точка.

Сколько PMT или иных детекторов сейчас задействовано в приборе при измерении одного события (клетки)?

Четыре PMT: два для индикатрис светорассеяния (405 нм и 660 нм), и еще два (488 нм) для FSC, SSC.
Участник оффлайн! Леонид В
Постоянный участник
Квебек



 прочитанное сообщение 31.03.2018 16:27     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail  Web-адрес

(Dr. Maltsev @ 31.03.2018 02:59)
Ссылка на исходное сообщение 
Никаких характеристики клеток на основании трех цифр, связанных с количеством фотонов, рассчитать нельзя. Можно только посчитать количество клеток, которые почему-то излучили такое количество фотонов. Все.

ну, это да ... но мне всегда казалось, что если одна клетка излучила 2 мешка фотонов из DAPI, а другая четыре, то вероятность того, что вторая клетка близка к митозу или уже в нём весьма велика. Но спорить, впрочем, не буду.

(Dr. Maltsev @ 31.03.2018 02:59)
Ссылка на исходное сообщение 
Четыре

ну, хорошо, тогда обратимся к характеристикам рассчитанным. Их приложение к хиломикронам, допустим, или к любому другому объекту дает формирование кластеров в многомерном пространстве? Т.е. они разбиваются на субпопуляции?

Сообщение было отредактировано Леонид В - 31.03.2018 17:07
Участник оффлайн! Dr. Maltsev
Постоянный участник
Новосибирск, Россия



 прочитанное сообщение 31.03.2018 18:57     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail  Web-адрес

(Леонид В @ 31.03.2018 20:27)
Ссылка на исходное сообщение  ну, это да ... но мне всегда казалось, что если одна клетка излучила 2 мешка фотонов из DAPI, а другая четыре, то вероятность того, что вторая клетка близка к митозу или уже в нём весьма велика.

Это называется идентификация, которая обычно заканчивается подсчетом идентифицированных элементов, например, клеток в митозе.

ну, хорошо, тогда обратимся к характеристикам рассчитанным. Их приложение к хиломикронам, допустим, или к любому другому объекту дает формирование кластеров в многомерном пространстве? Т.е. они разбиваются на субпопуляции?


Иногда дает. Например, у меня после катания в горах на лыжах в эритроцитах наблюдается две фракции, если по осям отложить объем клетки и ее индекс сферичности. Моноциты и лимфоциты формируют кластеры в координатах объем ядра и ядерно-цитоплазматическое отношение.
Это не абстрактные мешки фотонов, а реальные параметры клеточных популяций. Если на такие клетки подействовать, то эти параметры будут меняться, откуда определяются уже динамические параметры для этих клеток. Например, количество активных анионных обменников на мембране эритроцитов. Или константа элиминации хиломикронов под действием липазы. Динамические параметры характеризуют функции клеток и отличаются для разных людей или их состояний.
Ничего подобного нельзя сделать, если измерять просто количество мешков с фотонами.
Участник оффлайн! Леонид В
Постоянный участник
Квебек



 прочитанное сообщение 31.03.2018 21:07     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail  Web-адрес

(Dr. Maltsev @ 31.03.2018 11:57)
Ссылка на исходное сообщение  после катания в горах на лыжах в эритроцитах наблюдается две фракции, если по осям отложить объем клетки и ее индекс сферичности. Моноциты и лимфоциты формируют кластеры в координатах объем ядра и ядерно-цитоплазматическое отношение.

уже хорошо ...
вопрос о кластерах в многомерном пространстве характеристик. И последующей dimensionality-reduction algorithm визуализации субпопуляций.
Участник оффлайн! Dr. Maltsev
Постоянный участник
Новосибирск, Россия



 прочитанное сообщение 02.04.2018 05:52     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail  Web-адрес

Всем привет!

Продолжение новости, опубликованной несколько постов назад.

Ретранслирую с сайта лаборатории http://cyto.kinetics.nsc.ru/
-----------
Рисунок из статьи сотрудников лаборатории попал на обложку месяца журнала PLoS Computational Biology!

Редакция журнала PLoS Computational Biology признала рисунок из статьи "Method for the simulation of blood platelet shape and its evolution during activation" авторов Moskalensky et al рисунком месяца и разместила на обложке мартовского выпуска, в котором опубликовано 52 статьи с результатами исследований. Импакт-фактор журнала по базе WoS за 2016 год составил виличину 4.54 и журнал уверенно входит в первую квартиль Q1 по дисциплинам BIOCHEMICAL RESEARCH METHODS и MATHEMATICAL & COMPUTATIONAL BIOLOGY.

Всем успехов!

Всего благодарностей: 2Поблагодарили (2): Леонид В, Дядя ФАКСер
Участник оффлайн! Dr. Maltsev
Постоянный участник
Новосибирск, Россия



 прочитанное сообщение 13.05.2018 08:39     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail  Web-адрес

Всем привет!

В очередной раз лаборатория Цитометрии и Биокинетики успешно отстояла позиции России в деле представления результатов на ведущем конгрессе по проточной цитометрии CYTO 2018.
Участников и фотки можно посмотреть на новостной странице лаборатории http://cyto.kinetics.nsc.ru/video_rus.html

Успехов!

Всего благодарностей: 1Поблагодарили (1): Дядя ФАКСер
Участник оффлайн! Genrich




 прочитанное сообщение 14.05.2018 18:40     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail

(Karaska @ 27.03.2018 14:46)
Ссылка на исходное сообщение  Ну и кому он нужен?

Он нужен для расширения рынка медицинских услуг. Маловероятно, что принесёт пользу пациентам. Потому что у медицины нет возможностей использовать такую информацию. Анекдотическая притча.
Доктор (медицинских наук): по имеющимся жалобам и анализам можно поставить 20 диагнозов, поэтому требуются дополнительные исследования.
Пациент: а лечение от уточнения диагноза как-то изменится?
Доктор, почесав репу: вообще-то нет.
Пациент: ну тогда лечите (типа аспирином и касторкой) от всех 20 диагнозов сразу без дополнительных исследований.
Такова реальность.
Мальцев с коллегами тратят свои таланты на решение второстепенных задач. Потому что медицина не занимается охраной здоровья. Она занимается только болезнями и немного профилактикой некоторых конкретных болезней. Например, такую причину заболеваний как загрязнение среды, никакими таблетками не устранишь. Сегодня медицина востребована в основном в качестве богадельни.
У общества нет института, который бы отвечал за здоровье граждан. Мальцев, конечно, в этом не виноват. Но мог бы поспособствовать его появлению.

Всего благодарностей: 1Поблагодарили (1): Dr. Maltsev
Участник оффлайн! Annabel
Участник
Бостон, США



 прочитанное сообщение 14.05.2018 19:18     Сообщение для модератора         Фотография  Личное письмо  Отправить e-mail  Web-адрес

(Dr. Maltsev @ 13.05.2018 06:39)
Ссылка на исходное сообщениеВ очередной раз лаборатория Цитометрии и Биокинетики успешно отстояла позиции России в деле представления результатов на ведущем конгрессе по проточной цитометрии CYTO 2018.

Тут-то у меня челюсть и упала. "Отстояла позиции", надо же. То есть на вас и представление вами результатов на чуть ли не самой травоядной биомедицинской конфереции кто-то нападает? Результаты не хотят пропускать? Кольцо врагов детектед? mad.gif

(чисто для информации - в этом году оргкомитет отклонил ДВА постерных абстракта из шести сотен поданных. и мы тут сидим и думаем, что мы слишком всеядные wall.gif )
Участник оффлайн! Dr. Maltsev
Постоянный участник
Новосибирск, Россия



 прочитанное сообщение 15.05.2018 05:13     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail  Web-адрес

(Annabel @ 14.05.2018 23:18)
Ссылка на исходное сообщение  "Отстояла позиции", надо же.

Ага! Сработало!
Если бы не этот штамп, то Вы бы оставили своем мнение при себе. А теперь..

То есть на вас и  представление вами результатов на чуть ли не самой травоядной биомедицинской конфереции кто-то нападает? Результаты не хотят пропускать?

Ну, зачем же так про CYTO.
Это действительно форум, где демонстрируются актуальные работы, связанных с созданием новых методов и технических решений в проточной цитометрии. По крайней мере, нас только это интересует.
Так как проточная цитометрия - это базовая технология для всех клинических анализаторов верхнего уровня, то и возможность представить новые решения в этой важной области - неплохая демонстрация развития технологии в стране.

Я сам не раз представлял результаты на CYTO, пока не появились способные молодые ученики, которых "хлебом не корми" дай скататься на международную конференцию ("научный туризм" называется).

Ну, и хороший информационный повод - единственные представители России, молодые студенты и аспиранты. Уже звонили из двух редакций с просьбой встретиться и дать подробности для материала. В современном мире даже войны начинают ради информационного повода. А тут всего лишь участие в конференции.

PS Ответ Genrich на его пост размещу вскоре. Это важная для меня тема и ответ требует тщательной подготовки.
Участник оффлайн! Annabel
Участник
Бостон, США



 прочитанное сообщение 15.05.2018 06:30     Сообщение для модератора         Фотография  Личное письмо  Отправить e-mail  Web-адрес

Я не очень понимаю, что вы имеете в виду под «сработало» - вы, кажется, не записной провокатор, чтобы закидывать так удочки для разговора. Да, меня неприятно поразил выбор эпитета, я меньше всего ожидала прочитать подобный отзыв об этой конференции, на этом форуме, и в таких терминах. Если это была цитата из пресс-релиза для российских СМИ, то здесь другая аудитория.

А В смысле агрессии и нехорошей конкуренции внутри области, когда свое право на публикацию приходится «отстаивать», цитометристы - это как раз исключительно дружелюбное и склонное к сотрудничеству сообщество. Даже драки между флуометрией и массцитометрией в подметки не годятся разборкам на каком-нибудь AACR. Если вам и тут кажется, что кругом недруги, то я даже не знаю, где друзья frown.gif

Вы, кстати, были не единственные из России. В списке постеров, выдвинутых на конкурс, которые достались мне для оценки, был постер кого-то из института Иоффе.
Но то, что год за годом на CYTO из России представлены работы по сути одной лаборатории - вашей - как раз-таки очень хорошо демонстрирует развитие и технологии, и ее применения, только - увы - не комплиментарно для страны frown.gif
Участник оффлайн! Dr. Maltsev
Постоянный участник
Новосибирск, Россия



 прочитанное сообщение 15.05.2018 07:04     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail  Web-адрес

(Annabel @ 15.05.2018 10:30)
Ссылка на исходное сообщение  Я не очень понимаю, что вы имеете в виду под «сработало» - вы, кажется, не записной провокатор, чтобы закидывать так удочки для разговора.

Я дико извиняюсь, если Вы посчитали мой выпад не дипломатичным. Ничего, кроме желания, как-то расшевелить застой в обсуждениях на хорошем форуме, у меня не было.
Еще раз приношу извинения.

Да, меня неприятно поразил выбор эпитета, я меньше всего ожидала прочитать подобный отзыв об этой конференции, на этом форуме, и в таких терминах.

Как раз меня поразил эпитет "самой травоядной биомедицинской конфереции". Может я неправильно ее интерпретировал, но оттенок у этого определения очень специфический.

А В смысле агрессии и нехорошей конкуренции внутри области, когда свое право на публикацию приходится «отстаивать», цитометристы - это как раз исключительно дружелюбное и склонное к сотрудничеству сообщество.

Ну, так как дружелюбие и склонность невозможно измерить, то и опираться на данное положение можно только статистически, что по известному афоризму не является правдой. Тем не менее, наша практика сталкивалась с ситуациями, когда статистика работала в другую от Вашего заключения сторону.
Особенно это касается наших исследований микрочастиц крови.

Если вам и тут кажется, что кругом недруги, то я даже не знаю, где друзья

Даже и в мыслях такого не было, что со мной общаются недруги здесь на форуме. Все очень позитивненько и крайне эффективно.

Вы, кстати, были не единственные из России.

Да, знаем. Мы же тоже умеем пользоваться поиском по программе.
Поэтому в новостях лаборатории добавлено наречие "практически".

Но то, что год за годом на CYTO из России представлены работы по сути  одной лаборатории....-  увы - не комплиментарно для страны

Ну, ничего страшного в этом нет.
Для страны и одной хватит, так как мы в состоянии провести экспертизу любых мировых достижений в данной области.
А для дела - так это же мечта любого бизнесмена: захватить большую территорию, где нет конкурентов. Этим и пользуемся перманентно.
Участник оффлайн! Dr. Maltsev
Постоянный участник
Новосибирск, Россия



 прочитанное сообщение 15.05.2018 16:26     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail  Web-адрес

Я чрезвычайно благодарен глубокоуважаемому Genrich за его мнение.

(Genrich @ 14.05.2018 22:40)
Ссылка на исходное сообщение  Он нужен для расширения рынка медицинских услуг. Маловероятно, что принесёт пользу пациентам. Потому что у медицины нет возможностей использовать такую информацию.

Это скорее всего так, но я хочу все-таки поставить на первое место в миссии нашей команды следующее: с помощью строгого научного подхода получить новые знания о свойствах и функциях клеток. Выбор клеток существенно сужают возможности технологии, но на данном форуме это уместно.
Если наши результаты приведут к расширению рынка медицинских услуг - это неплохой "выхлоп". Принесет ли пользу - жизнь покажет. Выхлоп, например, водородного двигателя дает воду, что крайне полезно, особенно в сравнении с бензином.
Использовать новую информацию медицине и не обязательно. Надо, чтобы здоровые люди начали собирать всю возможную информацию о своем здоровье.

Анекдотическая притча.
Доктор (медицинских наук): по имеющимся жалобам и анализам можно поставить 20 диагнозов, поэтому требуются дополнительные исследования.

Тут все заключено в фразе «по имеющимся жалобам и анализам», а точнее в слове «имеющимся». Да, современная клиническая диагностика не представляет возможности однозначно связать данные анализа с заболеванием в большинстве случаев. Хотя, исключения имеются, особенно на поздних стадиях.

Потому что медицина не занимается охраной здоровья. Она занимается только болезнями и немного профилактикой некоторых конкретных болезней. Например, такую причину заболеваний как загрязнение среды, никакими таблетками не устранишь.

Точно! Охраной здоровья должен заниматься каждый человек самостоятельно, а не ждать этого от медицины. И подвижки в этом направлении уже есть.
Наша задача – дать максимально полную информацию о свойствах и функциях его клеток (здесь ограничимся только ими), на какую только способна современная наука.
Не помню, писал ли я в этом форуме о нашей программе ЦКД-МИК. Если кто-то уже ее видел, то извиняюсь за повтор. Программа в краткой форме изложена в этом материале http://cyto.kinetics.nsc.ru/Upload/Programm_CKD-MIK.pdf
В развитие программы ЦКД-МИК сейчас отрабатываем новое предложение. Готовим видео- и комикс-продвижение. Очень интересно, во что это выльется.
Идея приложения для смартфона «К-Вектор здоровья» (https://vk.com/kvector) хорошо вписывается в программу и сейчас отрабатываем бета-версию.
Полная страница по коммерциализации http://cyto.kinetics.nsc.ru/proposal_rus.html

*




Кнопка "Транслит" перекодирует
текст из транслита в кирилицу.
Правила перекодировки здесь;
текст в квадратных скобках'[]'
не преобразуется.
Имя:

 преобразовывать смайлики · показать смайлики
Назначение кнопок:

   Поблагодарить автора сообщения — поблагодарить автора
   Удалить сообщение — удалить
   Редактировать сообщение — редактировать
   Поместить сообщение в колонку новостей — поместить в колонку новостей
   Цитировать — цитировать сообщение
   не входит в цитирование/входит в цитирование — цитировать несколько
   Отметить СПАМ-сообщение — обозначить спам
   Сообщение для модератора — связь с модератором
   Участник онлайн!/Участник оффлайн! — автор онлайн/оффлайн
   Фотография — фотография автора

   - остальные обозначения -
 
   *
« Предыдущая тема · Клеточные технологии · Следующая тема »
Быстрый ответДобавить сообщение в темуСоздать новую тему

Rambler   molbiol.ru - методы, информация и программы для молекулярных биологов              

 ·  Викимарт - все интернет-магазины в одном месте  ·  Доска объявлений Board.com.ua  · 
--- сервер арендован в компании Hetzner Online, Германия ---
--- администрирование сервера: Intervipnet ---

Хеликон · Диаэм · ИнтерЛабСервис · Beckman Coulter · SkyGen · ОПТЭК · BIOCAD · Евроген · Синтол · БиоЛайн · Sartorius · Химэксперт · СибЭнзим · Tecan · Даниес · НПП "ТРИС" · Биалекса · ФизЛабПрибор · Genotek · АТГ Сервис Ген · Биоген-Аналитика
Ваш форум  ·  redactor@molbiol.ru  ·  реклама  ·  Дата и время: 27.05.18 16:19
Bridged By IpbWiki: Integration Of Invision Power Board and MediaWiki © GlobalSoft