 * |   |
|
Molbiol.ru | О проекте | Справочник | Методы | Растворы | Расчёты | Литература | Орг.вопросы Web | Фирмы | Coffee break | Картинки | Работы и услуги | Биржа труда |  Zbio-wikiNG SEQUENCING · ЖИЗНЬ РАСТЕНИЙ · БИОХИМИЯ · ГОРОДСКИЕ КОМАРЫ · А.А.ЛЮБИЩЕВ · ЗООМУЗЕЙ Темы за 24 часа [ Вход* | Регистрация* ] Форум: |
|
Правила
* Потрошение FACS-a -- с особой жестокостью --
Операции: Хочу стать куратором* · Подписаться на тему* · Отправить страницу по e-mail · Версия для печати*
Внешний вид:* Схема · [ Стандартный ] · +Перв.сообщ.
   |
 dan14444Участник  |
 11.04.2017 19:49
Чтобы не изобретать велосипед - планирую взять на e-bay за копейки нечто полуубитое и над ним надругаться. Сохранив собственно сортерную часть без изменений. Кто чего подскажет по подводным камням? В первую очередь - интерфейс, есть ли что-то (полу) открытое, или придётся управлять тем же сортером на уровне железа? Что там за сигнал вообще используется? Что из старых FACSов лучше взять за основу? Продаётся до чёрта FACSCalibur но хватает и FACStar Plus, кого из них (или ещё кого древнего) легче модить? |
|
Дядя ФАКСер moderator Nothern Maccaronia, Ticinum |
12.04.2017 14:42
Только непонятна фраза про "форезный режим". |
|
Дядя ФАКСер moderator Nothern Maccaronia, Ticinum |
12.04.2017 14:44
|
|
dan14444 Участник |
12.04.2017 17:58
Упомянутые MoFlo или Influx насколько чувствительны? Форезный режим - это не насосом качать через капилляр, а электроосмотикой, ну и по мобильности делить. В периодическом а не постоянном режиме, конечно (хотя FFE позволяет и постоянный... но это я пока не потяну). Для небольших проб удобно, автоматически убирает свободную краску и сортирует частицы по морфологии и заряду. А сортер - ессно делать из сортера, так помянутый FACSCalibur же ж тоже сортер? Соответственно, дальше сравнивать по пригодности к моддингу, о чём и вопросы. Пока непонятно даже - идти от своего софта и DAQ карты - или таки на каком-то сортере можно вломиться в штатный, хотя бы и на лютых костылях?... У каких сортеров какие интерфейсы и т.д.? Я с коммерческими цитометрами практически не сталкивался (только с самодельным CE-LIF)- так что любая инфа от потрошивших приветствуется... |
|
Guest IP-штамп: frBp13I6uCA8o гость |
12.04.2017 21:13
(dan14444 @ 12.04.2017 17:58)  Чувствительность в первую очередь. Как я понимаю, сортеров с фотон каунтерами и всем прочим, заточенным на детекцию десятка молекул метки на частицу так и не появилось. Или я не прав?Вы знаете, как человек криворукий и очень ленивый, подошел бы к вопросу очень просто: взял бы последний сортер на пробу (3 дня) и попробовал бы на нём решить задачу. То что Вы формулируете в первом сообщении не кажется мне неподъемным коммерческим аппаратом. В крайнем случае аппаратом с минимальными модификациями. Но! с величайшим уважением отношусь к богатым людям, ибо все “приблуды от Махмуда“ которые видел в рабочем состоянии стоили значительно дороже коммерческих образцов ( с учетом зарплаты и запчастей в розницу). За человекочасы потраченные на отладку приблуды можно обычно написать 100 грантов и хотя бы один из них сработает и даст прибор с 5-летним контрактом по тех. обслуживанию.
|
|
Дядя ФАКСер moderator Nothern Maccaronia, Ticinum |
12.04.2017 22:43
(dan14444 @ 12.04.2017 16:58) Чувствительность в первую очередь. Как я понимаю, сортеров с фотон каунтерами и всем прочим, заточенным на детекцию десятка молекул метки на частицу так и не появилось. Или я не прав?У Арии-II было уже не хуже 40-50MESF, у более поздних - 20-25MESF и лучше. |
|
Дядя ФАКСер moderator Nothern Maccaronia, Ticinum |
12.04.2017 22:44
(dan14444 @ 12.04.2017 16:58) Форезный режим - это не насосом качать через капилляр, а электроосмотикой, ну и по мобильности делить "ужа с ежом совокупить" - не вариант совсем. С флоу не законнектить никак. Этоуже de-novo микрофлюидику собирать,тогда уж. |
|
Дядя ФАКСер moderator Nothern Maccaronia, Ticinum |
12.04.2017 22:46
(dan14444 @ 12.04.2017 16:58) так помянутый FACSCalibur же ж тоже сортер? Нет, не сортер. Сортинг-опция на калибуре- это "медленное мазохистическое пьезопорно", которое не работает  Калибур-анализатор,с закрытым трактом. |
|
Дядя ФАКСер moderator Nothern Maccaronia, Ticinum |
12.04.2017 22:48
|
|
dan14444 Участник |
13.04.2017 01:09
. Меня в частности интересуют GFP-меченные репликативные белки, их копийность невелика. А дальше - хорошо бы FRET... 20-25 MESF - это уже близко к нужному, хотя и маловато. Какие именно FACS это могут? Почему форез не коннектится с коммерческим флоу - пока не понимаю. Sheath flow кювета есть, капилляр есть - что ещё надо?... Там, где нет - там да, не коннектится. С коммерческими цитометрами (есть доступ к FACS Aria, ну и Fortessa) пробовать ессно буду в первую очередь - ожидаю без проблем сортить по NAO, под вопросом JC-10, а на генные метки надежды нет. "С минимальными модификациями" - да, так и хотелось бы: каунтеры вместо пары обычных PMTшек, лазеры помощнее, возможно под двухфотонку, возможно с модуляцией, дополнительные фильтры, фурье в анализ... может, этого хватит. Но если модить - на мой взгляд нет смысла брать новый прибор "с контрактом", который "контракт" слетит при первом же моддинге. Когда за копейки можно взять старый сортер - а оптику всё одно допиливать. И отсюда возникла данная тема. Пока из полезного услышал про существование коммерческих (каких именно?) FACS c MESF 20-25, и что на Калибуре сортинг реализован дерьмово, и с него начинать не надо (хотелось бы подробностей, конечно). FACStar Plus, как я понимаю, перспективнее в качестве шасси, так? Ну и прочие упомянутые старички - любые соображения по интерфейсу зело приветствуются... Сообщение было отредактировано dan14444 - 13.04.2017 01:44 |
|
Леонид В Постоянный участник Квебек |
14.04.2017 01:42
20-25 MESF - это уже близко к нужному, хотя и маловато. Какие именно FACS это могут? [/quote] максимум возможного на FACS, где S это сортер, а не сканер это FITC: 85 molecules of equivalent soluble fluorochrome (MESF-FITC) PE: 29 molecules of equivalent soluble fluorochrome (MESF-PE) (FACS Aria) [quote=dan14444,12.04.2017 18:09] С коммерческими цитометрами (есть доступ к FACS Aria, ну и Fortessa) пробовать ессно буду в первую очередь - ожидаю без проблем сортить по NAO, под вопросом JC-10, а на генные метки надежды нет.[/quote] ? Виноват, Вам сортировать или анализировать? Если анализировать, то почему Aria, если сортировать, то при чем здесь Fortessa? Чувствительности (MESF) радикально разные. [quote=dan14444,12.04.2017 18:09] "С минимальными модификациями" - да, так и хотелось бы: каунтеры вместо пары обычных PMTшек,[quote=dan14444,12.04.2017 18:09][/quote]на CytoFlex GaAsp гибриды: FITC: <30 PE: <10 но это анализатор [quote=dan14444,12.04.2017 18:09] лазеры помощнее, возможно под двухфотонку, возможно с модуляцией, [/quote]прикрутите белый пульсированный. На них как раз патент в январе кончился и теперь их можно купить в разных местах. Все длинны волн в одном флаконе. Зачем цитометру двухфотонка вопрос отдельный, но если клиенту надо ... [quote=dan14444,12.04.2017 18:09] за копейки можно взять старый сортер - а оптику всё одно допиливать. [/quote]с интересом ждём готовый “допиленный“ прибор [quote=dan14444,12.04.2017 18:09] на Калибуре сортинг реализован дерьмово, [/quote]это просто не сортер. Вообще. [quote=dan14444,12.04.2017 18:09] FACStar Plus, как я понимаю, перспективнее в качестве шасси, так? Ну и прочие упомянутые старички - любые соображения по интерфейсу зело приветствуются...[/quote] для решения Вашей задачи нужен сортер у которого интерсепт не в воздухе (Vаntage), а в камере. T.e. начиная с Aria. камера для сортера радикально иная, чем для анализа. Переделать одну в другую? При желании всё возможно, включая холодный термояд. Сообщение было отредактировано Леонид В - 14.04.2017 01:48 |
|
dan14444 Участник |
14.04.2017 01:48
 Может кто знает, где такой на свалке грустит?
|
|
dan14444 Участник |
14.04.2017 02:06
максимум возможного на FACS, где S это сортер, а не сканер это FITC: 85 molecules of equivalent soluble fluorochrome (MESF-FITC) PE: 29 molecules of equivalent soluble fluorochrome (MESF-PE) (FACS Aria) А по разным Aria есть существенная разница? Виноват, Вам сортировать или анализировать? Если анализировать, то почему Aria, если сортировать, то при чем здесь Fortessa? Чувствительности (MESF) радикально разные. Отрабатывать можно (и видимо предпочтительно) на сканере, ну а потом уже сортировать и дальше анализировать. В общем, сортер нужен обязательно, но не для 100% экспериментов. на CytoFlex GaAsp гибриды: FITC: <30 PE: <10 но это анализатор О?... а почему такое на сортер с sheath-flow не поставить, ну производительность для этого режима прикрутив?... просто маркетинг, или я чего в дизайне не догоняю? камера для сортера радикально иная, чем для анализа Вот это можно пояснить? Для sheath-flow, с сортингом сильно потом? прикрутите белый пульсированный Э... и резать предфильтрами? Ну можно конечно... универсальность и всё такое... но гореть же будут фильтры?...Зачем цитометру двухфотонка вопрос отдельный, но если клиенту надо ... Дык бэкграунд, банальный бэкграунд...
|
|
Леонид В Постоянный участник Квебек |
14.04.2017 03:55
(dan14444 @ 13.04.2017 19:06) А по разным Aria есть существенная разница?ммм ... существенной нет. Ведь оптическая схема едина. (dan14444 @ 13.04.2017 19:06) О?... а почему такое на сортер с sheath-flow не поставить, вопрос сложный ... “почему“ в коммерческом плане это бизнес с его законами. И слово “так лучше будет“ ничего не объясняет. Сугубо вопрос прибыли (и перспектив на прибыль). Например потому что разведка доносит, что конкуренты этого не делают. Итд “почему“ в академии? “Рубль сей парус девятнадцатого столетия для меня не имеет никакой цены, наука его затемнила у моих глаз своими дальнейшими крылами. Всякое открытие терзает меня как гвоздик в спине.“ ©Чехов. В универах каких только монстров не собирали. Тут Вам и FLIM и поляризованный лазер итд итп. И даже лазер параллельный потоку. Др. Мальцев (см выше в темах) большой специалист по созданию правильных цитометров. Вам бы с ним связаться. Наверняка найдете общие интересы. Подходы к вопросу у Вас с ним в чём-то схожи. (dan14444 @ 13.04.2017 19:06) ну производительность для этого режима прикрутив?... pardon ... почему “производительность для режима“? это же тип детектора. (dan14444 @ 13.04.2017 19:06) Вот это можно пояснить? Для sheath-flow, с сортингом сильно потом? посмотрите на схему. на пальцах сложно. В одном случае у Вас “трубочка“ в другом трубочка с открытым концом, который еще и сменный и вибрирует. Есть над чем голову поломать. Одна необходимость вибрации чего стоит.(dan14444 @ 13.04.2017 19:06) Э... и резать предфильтрами? да нет. Спектроскоп ставят. Призма и щель. “всего делов-то“ Вот если Вы найдете изящный способ дешево прикрутить (дешево не потому, что китайский лазер, а потому что идея какая-нибудь оригинальная) белый лазер к анализатору, то можно штурмовать ворота каких-нибудь фирм. Впрочем они теперь такие мастодонты, что к людям принимающим решения не прорвёшься сквозь ряды менеджеров второго, пятого, седьмого, двенадцатого итд уровней. (dan14444 @ 13.04.2017 19:06) Дык бэкграунд, банальный бэкграунд... бэкграунд чего? в цитометре нет корпускулы — нет бэкграунда. Система-то пороговая. А как создать поле овальное, где возможно двухфотонное возбуждение? Ведь с эллипсом в ... не знаю сколько, наверное 0,2 х 0,2 х 0, 8 мкм далеко не уедешь. Словом, сказать “бифотон“ в цитометрии на мой взгляд куда проще, чем сделать. Но мой взгляд весьма ограничен. |
|
dan14444 Участник |
14.04.2017 18:30
pardon ... почему “производительность для режима“? это же тип детектора. Дык время детекции потому что. Либо быстро либо чувствительно - ну, в определёных границах ессно. В идеале - под каждый флуорофор число циклов до выгорания, и голой мощой это не обеспечить. (кстати, синхронизовать бы турновер с модуляцией... да на каждый лазер и флуорофор отдельно... на этом немало выиграть можно) Спектроскоп ставят. Призма и щель. “всего делов-то“ smile.gif Ну нафиг, одна длина волны в каждый момент? Или много щелей и всё потом вместе сводить? Плюс вся эта оптика гореть будет, до первой пылинки. И по цене схема с спектроскопом будет дороже отдельных диодов. в цитометре нет корпускулы — нет бэкграунда. Система-то пороговая. Как это нет, куда делась, кто спёр? 0,2 х 0,2 х 0, 8 мкм Чой-та субмикронно-та? Во весь конус аутфлоу, я в аналогичном самодельном детекторе лазеры фокусировал где-то в 10мкм, и это после обрезки. Моща уже вроде как не проблема. |
|
Леонид В Постоянный участник Квебек |
14.04.2017 23:12
(dan14444 @ 14.04.2017 11:30) Дык время детекции потому что. Либо быстро либо чувствительно - ну, в определёных границах ессно. В идеале - под каждый флуорофор число циклов до выгорания, и голой мощой это не обеспечить.цитометрия метод такой, где быстро очень надо. Иначе как набрать например 10К событий для статистики. И как обработать 100 образцов? В противном случае микроскопия к Вашим услугам. (dan14444 @ 14.04.2017 11:30) Ну нафиг, одна длина волны в каждый момент? Или много щелей и всё потом вместе сводить? Плюс вся эта оптика гореть будет, до первой пылинки. И по цене схема с спектроскопом будет дороже отдельных диодов. смотря сколько диодов в микроскопии использую белый лазер с огромным удовольствием. Цена — да. Но ведь деньги-то народыя. Мы только распорядители с максимальной пользой. Для народа естественно. (dan14444 @ 14.04.2017 11:30) в аналогичном самодельном детекторе лазеры фокусировал где-то в 10мкм, и это после обрезки. Моща уже вроде как не проблема. Верю. Жду реализацию замыслов в виде статей с нового прибора. Кстати если метки генныя, то можно и целиком клетки сортировать, а потом выделять из насортированного органеллы, которые содержат нечто меченное. Но это я так ... для примера. |
|
dan14444 Участник |
15.04.2017 00:49
цитометрия метод такой, где быстро очень надо. Иначе как набрать например 10К событий для статистики. И как обработать 100 образцов? В противном случае микроскопия к Вашим услугам. Цитометрия разная бывает. Ну вот на самоделке 10 лет назад у меня пики от частиц в десятки миллисекунд бывали. И ничего, тысячи событий вполне набирались. Не хайфрупутом единым... Кстати если метки генныя, то можно и целиком клетки сортировать, а потом выделять из насортированного органеллы, которые содержат нечто меченное. Но это я так ... для примера. Не-не-не, на крен мне клетки сортировать... У мну в данной конкретной клетке - до ста тыщ митохондрий, помечена одна из сотни; и вот таких надо поймать, замерить потенциал и особо избранных - отсеквенировать... Микроскопией, кстати, тоже можно ловить и мерять - но нифига не удобнее... Верю. Йа-йа, сначала надо грант написать, потом получить, а уж потооом и если... Пока на усё на уровне намерений и предварительных ласк.
Жду реализацию замыслов в виде статей с нового прибора. |
|
Леонид В Постоянный участник Квебек |
15.04.2017 02:30
(dan14444 @ 14.04.2017 17:49) помечена одна из сотни; так может отобрать клетки в которых помечено 5 из сотни, закинуть их в культуру, подождать ... эээ ... Носов это лучше описал: Однажды осенью Соломка снарядила экспедицию в лес, и ей удалось найти заросли диких арбузов на лесной полянке. * Соломка посадила семена в землю. Арбузы выросли большие, но оказались кислые. Соломка работала не покладая рук и пробовала сок от всех арбузов. Ей удалось выбрать арбуз, в котором был не очень кислый сок. На другой год она посадила семена от этого арбуза. На этот раз уродились арбузы не такие кислые, между ними попадались даже чуть сладкие. Соломка выбрала самый сладкий арбуз и на следующий год посадила семена от него. Так она делала несколько лет подряд и добилась, что арбузы стали сладкие как мед. с клетками год ждать не надо, некоторые быстрее делятся. Глядишь и будут клетки в которых 999 на тысячу позитивные. |
|
Леонид В Постоянный участник Квебек |
15.04.2017 02:35
(dan14444 @ 14.04.2017 17:49) на самоделке 10 лет назад у меня пики от частиц в десятки миллисекунд бывали. И ничего, тысячи событий вполне набирались.здорово! Мне действительно очень интересно, а можно скинуть pubmed номера того, что сделано на этой самоделке? Можно ЛС, если есть причины не афишировать. Спасибо. |
|
interactome |
15.04.2017 07:44
(dan14444 @ 14.04.2017 17:49) Не-не-не, на крен мне клетки сортировать... У мну в данной конкретной клетке - до ста тыщ митохондрий, помечена одна из сотни; и вот таких надо поймать, замерить потенциал и особо избранных - отсеквенировать... а иммунноафинная хроматография для таких целей не подойдет? как здесь |
|
Дядя ФАКСер moderator Nothern Maccaronia, Ticinum |
16.04.2017 22:06
максимум возможного на FACS, где S это сортер, а не сканер это FITC: 85 molecules of equivalent soluble fluorochrome (MESF-FITC) PE: 29 molecules of equivalent soluble fluorochrome (MESF-PE) (FACS Aria) А при чем тут параметры сортера 10 летней давности? У Influx или Aria Fusion детекторы получше. Или у MoFlo Astrios
|
|
Дядя ФАКСер moderator Nothern Maccaronia, Ticinum |
16.04.2017 22:12
да нет. Спектроскоп ставят. Призма и щель. “всего делов-то“ smile.gif Вот если Вы найдете изящный способ дешево прикрутить (дешево не потому, что китайский лазер, а потому что идея какая-нибудь оригинальная) белый лазер к анализатору, то можно штурмовать ворота каких-нибудь фирм. Впрочем они теперь такие мастодонты, что к людям принимающим решения не прорвёшься сквозь ряды менеджеров второго, пятого, седьмого, двенадцатого итд уровней. William G. Telford в NCI с white lasers занимается давно. А спектроскопия в цитометрии- дык, это к Робинсону (как идеологу)и к Sony (как к производителю ) |
|
Дядя ФАКСер moderator Nothern Maccaronia, Ticinum |
16.04.2017 22:16
(interactome @ 15.04.2017 06:44) а иммунноафинная хроматография для таких целей не подойдет? как здесь Может тогда CyTOF заюзать? |
|
interactome |
17.04.2017 08:04
(Дядя ФАКСер @ 16.04.2017 15:16) Может тогда CyTOF заюзать?просто измерить количество меченых митохондрий по идее должно получиться, но они еще "живые" нужны, т.е. потенциал померять и потом еще днк выделить и секвенировать |
|
dan14444 Участник |
17.04.2017 18:09
Мне действительно очень интересно, а можно скинуть pubmed номера того, что сделано на этой самоделке? Можно ЛС, если есть причины не афишировать. Да ничего секретного, например так может отобрать клетки в которых помечено 5 из сотни, закинуть их в культуру ... С человечьими ооцитами это немножко проблемно в ближайшую тыщу лет . Да и не стоит задача собрать репликативную вилку в каждой из ста тыщ митохондрий а иммунноафинная хроматография для таких целей не подойдет? К сожалению нет, белки не экспонированны. А спектроскопия в цитометрии- дык, это к Робинсону (как идеологу)и к Sony (как к производителю ) Ага, спасибо, это интересно. Пока непонятно, зачем такое лютое количество призм, надо будет покопать... CyTOF Тоже думаем, но немного для другой задачи, как вторую ступень после цитометрии. И конечно тут либо МС либо ПЦР... |
|
Леонид В Постоянный участник Квебек |
17.04.2017 19:52
(Дядя ФАКСер @ 16.04.2017 15:06) А при чем тут параметры сортера 10 летней давности? У Influx или Aria Fusion детекторы получше. Или у MoFlo Astriosвозможно, но никаких иных параметров в гугле за 5 минут не нашел. Есть ссылка ? |
|
Леонид В Постоянный участник Квебек |
17.04.2017 19:56
(Дядя ФАКСер @ 16.04.2017 15:12) William G. Telford в NCI с white lasers занимается давно.на белый лазер был патент. он истек так что теперь вопрос цены должен стать более приемлимым (Дядя ФАКСер @ 16.04.2017 15:12) А спектроскопия в цитометрии- дык, это к Робинсону (как идеологу)и к Sony (как к производителю )решение Sony не представляется оптимальным, особенно в плане чувствительности, однако на Sony работает много взрослых мальчиков и девочек и не думаю, что их интересует мнение Лёни квебенского
|
|
Леонид В Постоянный участник Квебек |
17.04.2017 20:26
(dan14444 @ 17.04.2017 11:09) Да ничего секретного, например спасибо, но, если правильно понял, данный прототип не получил дальнейшего развития. Трудно это если нет сверхзадачи (научной) и финансирования именно аппарата именно для сверхзадачи. Но всяческих успехов (dan14444 @ 17.04.2017 11:09) непонятно, зачем такое лютое количество призм, надо будет покопать...у Лейки есть готовая схема (для микроскопа). Бери и прикручивай к цитометру если есть финансирование. Более того можно просто положить каппиляр на столик микроскопа и анализатор готов. Именно так делали некоторые люди на заре цитометрии, когда коммерческих цитометров еще не было. Проблема не столько в детекции света, сколько в ячейке, которая для сортинга. Если делать очень медленный, но очень чувствительный прибор, то тогда можно приспособить ячейку от анализатора и собирать не 1-3 капли на событие, а 20-30. Тогда нет проблем разнести в пространстве детекцию и формирование струи. Можно даже какой-нибудь “кран“ вместо дефлекторов прикрутить и устранить вибрацию необходимую для формирования капель. Но это будет очень медленно. Впрочем если это смонтировать на микроскопном столике то, наверное, можно придумать какой-нибудь очень быстрый (пьезо?) механический дефлектор. Возможны и иные варианты, но всё это будет в разы медленней электро дефлектора капель. Сообщение было отредактировано Леонид В - 17.04.2017 20:26 |
|
dan14444 Участник |
17.04.2017 23:17
спасибо, но, если правильно понял, данный прототип не получил дальнейшего развития. Развития - почти нет, после меня туда только дополнительный лазер запихнули... Но статьи продолжают на нём делать, гуглятся по последнему автору.Трудно это если нет сверхзадачи (научной) и финансирования именно аппарата именно для сверхзадачи. Не стелларатор всё ж, чтобы "сверх". А чувствительный и модифицируемый сортер много для чего нужен, так что будем посмотреть (на NIH)... если вдруг - то на базе Aria, видимо. И того софта, что я под Миннесотский прототип писал, с прямым управлением железом - исходников ихних мне никто не даст...Более того можно просто положить каппиляр на столик микроскопа и анализатор готов. Так я и собирался сначала. Да и сейчас не отказался окончательно. Но сортинг либо совсем медленный выходит, либо на одну банку, если с чем-то вроде . Есть мысль подружить его с HPLC-МС, собирая частицы на предколоночные фильтры в качестве трап-колонок, но боюсь не продавит их одним EOFом... А без фильтров - тогда sheath-flow криво прикручивается, что для чувствительности не гуд. Сообщение было отредактировано dan14444 - 17.04.2017 23:21 |
|
Леонид В Постоянный участник Квебек |
18.04.2017 00:05
(dan14444 @ 17.04.2017 16:17) если вдруг - то на базе Aria, видимо. как единичный экземпляр — наверное хорошая идея. Как прототип “сортера будущего“ — не уверен. Ариа это что-то страшное. Это какой-то монстр-продукт концепции усложнение через развитие и развитие через усложнение. Т.е. для разовой модификации — почему нет, но как магистральный путь развития это скорее всего тупик. Но, опять же, это лишь мнение ... (dan14444 @ 17.04.2017 16:17) сортинг либо совсем медленный выходит, либо на одну банку,ась, какую банку? (dan14444 @ 17.04.2017 16:17) подружить его с HPLC-МС, собирая частицы на предколоночные фильтры в качестве трап-колонок, но боюсь не продавит их одним EOFом... А без фильтров - тогда sheath-flow криво прикручивается, что для чувствительности не гуд.ой, pardon, эта фраза состоит для меня из такого количества неизвестных, что даже не буду пробовать догадаться о чём это Вы .. |
|
dan14444 Участник |
18.04.2017 00:41
Как прототип “сортера будущего“ — не уверен. Вот если случится работать в какой-нить цитодельне - тады буду думать о "сортере будущего" и его технологичности, а пока - упаси хосспади, усё в одном экземпляре... И чем замысловатее экземпляр - тем дольше эту корову можно доить Впрочем, нынче оптимизацией и железячники производителей не заморачиваются. А сама концепция sheath-flow кюветы и сортинга после - она хорошая и правильная, Миннесотский прототип не даст соврать . В неё и форез вписывается, и чувствительность, и спектрограф прикрутить можно, и термоакустику... и даже полный угловой спектр светорассеивания снять. ась, какую банку? В смысле, либо в слив либо в одну банку собирать. Та же Aria - по 4 банкам раскладывать умеет одновременно. А быстрых многопозиционных кранов я чой-та не встречал. эта фраза состоит ага, цитометристу форез и хроматограф чудж и невнятен? Сообщение было отредактировано dan14444 - 18.04.2017 00:55 |
|
Леонид В Постоянный участник Квебек |
18.04.2017 05:03
(dan14444 @ 17.04.2017 17:41) Вот если случится работать в какой-нить цитодельне - тады буду думать о "сортере будущего" и его технологичности, а пока - упаси хосспади, усё в одном экземпляре... И чем замысловатее экземпляр - тем дольше эту корову можно доить Вы поймите меня правильно, понимаю быстро, мне только надо долго объяснять. В чём задача? 1. Иметь уникальный прибор? 2. Постичь философския глубины репликативной вилки в митохондриях? если 2) то почему не попробовать на имеющейся Арии заменив GFP на Tomato, например, чтоб сигнал был чуть больше? Может если все оптические оси протереть спиртом оно и так пойдет. если 1) то в чём конкретный интерес? Потрошить своими руками или иметь прибор чуть выше среднего? Если второе, то почему не спросить у BD за сколько они готовы сделать сортер с повышенной чувствительностью ? Какова сверхидея по спасению всего сущаго от всех язв и напастей в далёкой перспективе (а без этого прощай финансы). Явить человечеству прибор именно своими руками? Все варианты хороши, но хотелось бы понять какой именно в приоритете иначе сложно заниматься заточкой ляс вокруг запроса на. (dan14444 @ 17.04.2017 17:41) А сама концепция sheath-flow кюветы и сортинга после - она хорошая и правильная,с этим прогрессивное человечество согласилось много лет назад. (dan14444 @ 17.04.2017 17:41) В неё и форез вписывается, и чувствительность, и спектрограф прикрутить можно, и термоакустику... и даже полный угловой спектр светорассеивания снять. да запросто! осталось сделать (dan14444 @ 17.04.2017 17:41) В смысле, либо в слив либо в одну банку собирать. Та же Aria - по 4 банкам раскладывать умеет одновременно. умеет, но если Вам нужна одна “банка“ то зачем много? Т.е. если Ваша конкретная задача (какая?) сортировки митохондрий укладывается в схему одной банки, так зачем четыре? (dan14444 @ 17.04.2017 17:41) , цитометристу форез и хроматограф чудж и невнятен? ну что Вы, хотя и дядя я, не скрою, но не ФАКСер. Так ... слегка. Цитометрию люблю, конечно, но и остальная наука мне мила. Просто не понимаю каким там боком HPLC и где будут трап-колонки. Форез тоже люблю, но не совсем понимаю о каком форезе речь. Капиллярном? (ну не гель же?) И зачем нужен форез если его суть в разделении по электроподвижности, а Вы собираетесь делить по флуоресценции. Или внутри одной “фракции“ гомогенной по подвижности будут разные по флуоресценции митохондрии? В любом случае попробуйте написать китайским ребятам из beckman coulter, может они как раз сейчас собирают сортер на базе CytoFlex. К тому времени, когда у Вас будут финансы у них будет прототип на продажу. Если Вы собираете потрошить, то лучше чем отработанный прототип и не придумаешь. Сообщение было отредактировано Леонид В - 18.04.2017 05:05 |
|
Леонид В Постоянный участник Квебек |
18.04.2017 23:42
у CytoFlex стоят только Avalanche Photodiodes (APD), а не полные гибриды |
|
dan14444 Участник |
19.04.2017 00:06
В чём задача? 1. Иметь уникальный прибор? 2. Постичь философския глубины репликативной вилки в митохондриях? Как всегда требуется одним кирпичом двух кроликов. Первичны митохондрии, но коль уж возится с прибором - то его делать с прицелом на дальнейшее. спросить у BD за сколько они готовы сделать сортер с повышенной чувствительностью ? Что-то (опыт с другими компаниями) мне подсказывает, что пошлют сразу. Впрочем, если знаете контакт специалиста, которому хотя бы теоретически оно может быть - ?...если Вам нужна одна “банка“ то зачем много? Мне надо много Просто не понимаю каким там боком HPLC и где будут трап-колонки. 2Д система, на первой ступени делятся частицы по меткам, субпопуляции загоняются в ВЖХ, растворяются, делятся и на МС. Раздельно тоже можно, но большие потери для таких количеств.Капиллярном? (ну не гель же?) И зачем нужен форез если его суть в разделении по электроподвижности, а Вы собираетесь делить по флуоресценции. Или внутри одной “фракции“ гомогенной по подвижности будут разные по флуоресценции митохондрии? Ессно КФ. Основной плюс - отсечка низкомолекулярщины, включая краски, с минимальным лагом. Да, в "фракции" может быть (будет!) самое разное по меткам. > А сама концепция sheath-flow кюветы и сортинга после - она хорошая и правильная, с этим прогрессивное человечество согласилось много лет назад. Вот хотелось бы список всех сортеров, сделанных по этой схеме найтить... |
|
Леонид В Постоянный участник Квебек |
19.04.2017 03:21
(dan14444 @ 18.04.2017 17:06) Как всегда требуется одним кирпичом двух кроликов. ну да ... была какая-то поговорка на эту тему, про гонки за двумя зайцами ... но забыл. Ладно, цель теперь понятна. Во всяком случае что номер один, а что номер два. (dan14444 @ 18.04.2017 17:06) Что-то (опыт с другими компаниями) мне подсказывает, что пошлют сразу. Впрочем, если знаете контакт специалиста, которому хотя бы теоретически оно может быть - ?...Мне надо много во времена она, когда Ваш покорный слуга решил скрестить ужа с ежом на тему прибора, то поступил просто. На "Purdue Flow (cytometry@lists.purdue.edu)" послал сообщение. Мол есть такая задумка, вся из себя перспективная (и туману-туману в описание ... но очень светлые горизонты и яркий свет в конце тоннеля), не знает ли кто в какую компанию лучше обратиться: BD, BC или еще куда ? На личный емейл с вопросами о тех. деталях будущего чуда в теч. 24 часов пришли емели от технических (!) менеджеров шести компаний, включая BD и BC. A вот попытки (за месяц до этого) достучаться наверх через региональных представителей BD и BC кончились абсолютно ничем. (dan14444 @ 18.04.2017 17:06) 2Д система, на первой ступени делятся частицы по меткам, субпопуляции загоняются в ВЖХ, растворяются, делятся и на МС.mamma mia ! Да это ж с грузовика первичного материала надо начинать, чтоб потом одну митохондрию отобрать. (dan14444 @ 18.04.2017 17:06) Основной плюс - отсечка низкомолекулярщины, а центрифугировать не пробовали ? (dan14444 @ 18.04.2017 17:06) Вот хотелось бы список всех сортеров, сделанных по этой схеме найтить... “богатыри не мы“, но полагаю, что дядя ФАКСер их может назвать по памяти будучи разбуженным даже в пять утра 1 января. |
|
dan14444 Участник |
19.04.2017 18:08
На личный емейл с вопросами о тех. деталях будущего чуда в теч. 24 часов пришли емели от технических (!) менеджеров шести компаний, включая BD и BC. A вот попытки (за месяц до этого) достучаться наверх через региональных представителей BD и BC кончились абсолютно ничем. А шо, надо будет попробовать > 2Д система, на первой ступени делятся частицы по меткам, субпопуляции загоняются в ВЖХ, растворяются, делятся и на МС. mamma mia ! Да это ж с грузовика первичного материала надо начинать, чтоб потом одну митохондрию отобрать. Чой-та? С одной клетки всё, и отбирается не одна, а вся сабпопуляция, иначе на МС не хватит. а центрифугировать не пробовали ? smile.gif "пробовал, через месяц опять чешусь...". Это в смысле - лаг большой, а краски динамические, это не антителами метить. Поправки всякия ненадёжныя, потери сигнала...“богатыри не мы“, но полагаю, что дядя ФАКСер их может назвать по памяти будучи разбуженным даже в пять утра 1 января. Дядя ФАКСер, ау?... |
|
Леонид В Постоянный участник Квебек |
20.04.2017 00:17
(dan14444 @ 19.04.2017 11:08) Дядя ФАКСер, ау?... главное, чтоб не пришлось до 1 января ждать |
|
dan14444 Участник |
21.04.2017 19:40
|
|
Леонид В Постоянный участник Квебек |
22.04.2017 06:54
(dan14444 @ 21.04.2017 12:40) Таки похоже на то... дед мороз весной не работает так, дети, взялись за руки, кричим вместе: “Сне-гу-ро .... ой, Дедушка Мороз ! Дедушка Мороз! “ |
|
Дядя ФАКСер moderator Nothern Maccaronia, Ticinum |
22.04.2017 15:28
Другая линейка- Jet-in-Air- это MoFlo, Altra, Astrios, Influx..
|
|
dan14444 Участник |
25.04.2017 19:51
Так озвучилось же выше. Все BD Aria I/II/III, Jazz. Японский JSAN Ну и "пьезопорно" от Partec-а + "кассетник" от Sony. Я правильно понимаю, что Aria, Jazz и JSAN - это классическая sheath-flow кювета, затем вибросопло и отклонение капель электродами в воздухе? А "пьезопорно" и "кассетник" - нечто иное? И в чём порно пьезы? Чем вообще вся эта каплегенерирующая радость принципиально отличается от струйных принтеров? Есть ли схемы аналогичные электроспрэю или ELSD? Нужен ли контроль влажности, чтоб капли не подсыхали? На что завязан нижний лазер в Aria - просто капли считает? Какой-нить технический обзорчик именно по пост-кюветному сортингу бы найтить... |
|
Дядя ФАКСер moderator Nothern Maccaronia, Ticinum |
29.04.2017 10:19
(dan14444 @ 25.04.2017 18:51) Я правильно понимаю, что Aria, Jazz и JSAN - это классическая sheath-flow кювета, затем вибросопло и отклонение капель электродами в воздухе?Да (dan14444 @ 25.04.2017 18:51) А "пьезопорно" и "кассетник" - нечто иное? И в чём порно пьезы?"Пьезопорно"- это толкатель с пьезоэлементом в капилляре. Медленная штука. Вот, к примеру CyFlow® Space Sorter Module "Кассетник"- это Sony c микрофлюидной сменной кассетой для сортинга. Недостатков два: забивается часто и менять после каждого сортинга на новую (одноразовое устройство, стоит $30/шт) Плюс: настройки не требует,сортить может даже шимпанзе (dan14444 @ 25.04.2017 18:51) Чем вообще вся эта каплегенерирующая радость принципиально отличается от струйных принтеров? Есть ли схемы аналогичные электроспрэю или ELSD? Нужен ли контроль влажности, чтоб капли не подсыхали? На что завязан нижний лазер в Aria - просто капли считает? 1) Принципом и отличается 2) Нет. Ибо намже нужны живые клетки, а не просто капли непонятно чего 3) Не требуется. Такое впечатление, коллега,что Вы простоне понимаете сути процесса 4) Какой "нижний"?В Арии все лазеры- для детекции.Простоповертикали разнесены (это что б можно было одновременно работать с флуорохромами с одинаковой эмиссией,но разным возбуждением). Для контроля струи там просто белый источник стоит и камерка. (dan14444 @ 25.04.2017 18:51) Какой-нить технический обзорчик именно по пост-кюветному сортингу бы найтить...
|
ijms_16_16897.pdf|
Дядя ФАКСер moderator Nothern Maccaronia, Ticinum |
30.04.2017 15:44
|
|
Дядя ФАКСер moderator Nothern Maccaronia, Ticinum |
01.05.2017 12:43
|
|
dan14444 Участник |
01.05.2017 19:12
1) Принципом и отличается smile.gif Э... насколько я знаю, в принтерах виброголовки вполне себе применяются, термические - реже. Что за принцип имеется ввиду? 2) Нет. Ибо намже нужны живые клетки, а не просто капли непонятно чего А что не так с небулайзером в смысле выживания? Да и электроспрэй не факт что клетке повредит, если не подсушивать. Я бы скорее предположил, что однородность объёма капель страдает. 3) Не требуется. Такое впечатление, коллега,что Вы простоне понимаете сути процесса frown.gif Вполне возможно. Объясните. Любой поток микрокапель в воздухе - будет подсыхать, если не ставить контроль влажности. Свойства буфера будут ползти. Как я понимаю - в сортерах существенно высохнуть капли не успевают из-за большого объёма. Но хотелось бы уточнить величину. 4) Какой "нижний"?В Арии все лазеры- для детекции.Простоповертикали разнесены (это что б можно было одновременно работать с флуорохромами с одинаковой эмиссией,но разным возбуждением). Для контроля струи там просто белый источник стоит и камерка. В том агрегате что я видел - стоял синий лазер, фокусированный уже на каплях, а не на кювете. Обзорчик посмотрел, спасибо, но он немного о другом, к сожалению. Сообщение было отредактировано dan14444 - 01.05.2017 19:23 |
|
dan14444 Участник |
01.05.2017 19:39
Пьезопорно"- это толкатель с пьезоэлементом в капилляре. Медленная штука. Вот, к примеру CyFlow® Space Sorter Module Кроме скорости, какие минусы? FACSCalibur - на той же схеме? Упомянутое ранее для него "не работает" - оно таки не работает (почему?) или работает, но медленно? |
|
Дядя ФАКСер moderator Nothern Maccaronia, Ticinum |
01.05.2017 20:19
|
|
Дядя ФАКСер moderator Nothern Maccaronia, Ticinum |
01.05.2017 20:20
(dan14444 @ 01.05.2017 18:12) Э... насколько я знаю, в принтерах виброголовки вполне себе применяются, термические - реже. Что за принцип имеется ввиду?В сортере вибрация- лишь для генерации капель из готовой струи. А в принтерной головке- выброс капли происходит ТОЛЬКО за счет пьезололкателя. |
|
dan14444 Участник |
01.05.2017 21:29
Работает-но медленно (сотня-другая клеток в секунду) Мне достаточно, даже ооцит рассортирует за час. У упомянутого дедушки FACSCalibur-а такая схема? Кювета+пьезо? А какие ещё недостатки? В сортере вибрация- лишь для генерации капель из готовой струи. А в принтерной головке- выброс капли происходит ТОЛЬКО за счет пьезололкателя. Э... ну да, принтерная головка более продвинутая в этом смысле Можно снижать поток по желанию. Размер капли, правда, будет фиксирован.
|
|
Дядя ФАКСер moderator Nothern Maccaronia, Ticinum |
01.05.2017 23:10
(dan14444 @ 01.05.2017 20:29) У упомянутого дедушки FACSCalibur-а такая схема? Кювета+пьезо? А какие ещё недостатки? Это просто опция для Калибура.Ибо в дефолтной конфигурации Калибур- анализатор. Какие еще? Невозможность визуального контроля "попадания в каплю". Т |
| « Предыдущая тема · Клеточные технологии · Следующая тема » |
 |
· Викимарт - все интернет-магазины в одном месте · Доска объявлений Board.com.ua ·
--- сервер арендован в компании Hetzner Online, Германия ---
--- администрирование сервера: Intervipnet ---
Хеликон · Диаэм · ИнтерЛабСервис · Beckman Coulter · SkyGen · ОПТЭК · BIOCAD · Евроген · Синтол · БиоЛайн · Sartorius · Химэксперт · СибЭнзим · Tecan · Даниес · НПП "ТРИС" · Биалекса · ФизЛабПрибор · Genotek · АТГ Сервис Ген · Биоген-Аналитика
Powered by Invision Power Board(Trial) v2.0.0 © 2024 IPS, Inc.