Rambler's Top100
 		Лёгкая версия форума* Виртуальная клавиатура  English  
Molbiol.ru | О проекте | Справочник | Методы | Растворы | Расчёты | Литература | Орг.вопросы
Web | Фирмы | Coffee break | Картинки | Работы и услуги | Биржа труда | Междисциплинарный биологический онлайн-журналZbio-wiki

NG SEQUENCING · ЖИЗНЬ РАСТЕНИЙ · БИОХИМИЯ · ГОРОДСКИЕ КОМАРЫ · А.А.ЛЮБИЩЕВ · ЗООМУЗЕЙ

Темы за 24 часа  [ Вход* | Регистрация* ]  
   



Форум: 
 

Ответ в Готовые агарозные гели или формы для их заливки?

Иконка сообщения*  [ Без иконки ]   Важно!   Вопрос   Информация     Обмен опытом   Шутка, забавная история     Поздравления, благодарности   Возмутительно!   Проблема   Картинки, фотографии
Введите имя

 [] вст. закрывающие теги*

*

*



 Смайлик: согласен Смайлик: не согласен Смайлик: улыбка Смайлик: пожалуйста, умоляю! Смайлик: помираю со смеху Смайлик: подмигивание Смайлик: подшучивать, дразнить Смайлик: смущение Смайлик: мне стыдно Смайлик: жуть! Смайлик: не понял Смайлик: закатывать глаза Смайлик: недовольство, огорчение Смайлик: рёв в три ручья Смайлик: злость Смайлик: супер Смайлик: умник Смайлик: чайник Смайлик: сходка Смайлик: Ура! Смайлик: не получается!
Перевод выделенного текста из латиницы в кирилицу. Текст в квадратных скобках '[]' не преобразуется Пример: biologija -> биология [b] - полужирный шрифт Пример: [b]полужирный[/b] [i] - курсив Пример: [i]курсив[/i] [u] - подчёркнутый Пример: [u]подчёркнутый[/u] [sup] - верхний индекс Пример: температура 37[sup]o[/sup]C [sub] - нижний индекс Пример: H[sub]2[/sub]O - вода [QUOTE] - применяется для цитирования чужих сообщений, цитата вставляется с небольшим отступом от края текста Пример: [QUOTE]цитата[/QUOTE] [code] - форматирование как при вводе Применяется для вывода теста как он есть, с предотвращением форматирования (автопереноса на новую строку), без интерпретации кодов форума и смайликов; вставляется с небольшим отступом от края текста. Пример: [code] программный код 1 строка 2 строка [/code] [list] - список: возможны опции: 1, a, A, i, I [list] неупорядоченный; [list=1] нумерованный; [list=A] упорядоченный по буквам A-Z Пример: [list=1] [*] первая строка; [*] вторая строка; [/list] Тег [hr] - горизонтальная разделительная линия Пример: Абзац 1 [hr] Абзац 2 [url] - гиперссылка Примеры: [url]www.ncbi.nlm.nih.gov[/url] [url=http://www.ncbi.nlm.nih.gov/]NCBI[/url] [email] - ссылка на адрес электронной почты Пример: [email]masha@mail.ru[/email] Тег [img] - рисунок [img] - в строке; [imgL] - выравнивание по левому краю; [imgR] - выравнивание по правому краю. Пример: [img]http://molbiol.ru/izo/rl.gif[/img] [ru] - только для русских читателей Пример: [ru]это увидят только те, кто использует русский интерфейс[/ru] [en] - только для английских читателей Пример: [en]это увидят только те, кто использует английский интерфейс[/en] [self] - текст виден только вам и администрации Пример: [self]это увидите только вы сами[/self]
[left] - выравнивание по левому краю Пример: [left]текст слева[/left] [center] - выравнивание по центру Пример: [center]текст в центре[/center] [right] - выравнивание по правому краю Пример: [right]текст справа[/right] [just] - выравнивание по обоим краям Пример: [just]выровненный текст[/just]

     размер сообщения / макс. размер:  / 15360


Последние 10 сообщений [ в обратном порядке ]
watchesbiz Отправлен 23.11.2021 15:04
  http://replicarolexwatches.simpsite.nl/
https://www.smore.com/rj7kh-best-replica-watches
https://www.athleticsnation.com/users/Replicarolexwatches
https://pastebin.pl/view/ab0e458a
https://mix.com/watcheshutukcom
https://www.woddal.com/post/359216_tiny-acc...nybody-039.html
https://share.naturalnews.com/posts/3904099
https://demo.wowonder.com/post/214429_the-i...-producers.html
https://rapichat.com/post/5369_our-purpose-...ible-there.html
https://dashburst.com/replicarolexwatches/1
https://sway.office.com/KifcQvn36MK821G8
https://flipboard.com/@replicarolex24
https://getpocket.com/redirect?url=https%3A...eshut.uk.com%2F
https://www.openstreetmap.org/user/Hints%20...20Rolex%20Watch
vtosha Отправлен 24.08.2017 16:36
  На правах рекламы.
При пробоподготовке NGS-библиотек микроРНК одна из важных задач на последнем этапе --- отделить адаптеры в 120 нт от финальных библиотек 150 нт. Допустимое количество адаптеров в сиквенсе - 10% чтений (ридов).
Мануалы (например, https://www.neb.com/~/media/Catalog/All-Pro...anualE7330.pdf) рекомендуют делать это на AMPure-гранулах (чистит плохо, проверили), 6% ПААГ (возни много, и адаптеров 5-15%), 3% агарозе.

genseq порекомендовал 4% агарозный гель с полисахаридыми добавками. Любезно проинструктировав о том, как его делать и пользоваться. Оказалось, что при приготовлении этого геля столько тонкостей, что "необученным академикам" (с) значительно проще заказать готовый гель. (Поскольку детали приготовления --- know how Генсека, пусть он ими при желании делится сам.) Чтобы не заморачиваться с форматами геля и лунок, проще всего было попросить готовый гель, который потом разлить в нужную форму.

Надо признаться, что гель неудобен в пользовании. Не такой прочный, как чисто агарозный, легко ломается (как мармелад по сравнению с желе), гнётся, из-за этого его нельзя класть на подложку, которая по формату меньше его. Достаточно долго застывает, несмотря на то, что 4%.
Для сравнения использовали 3% агарозу. Она прочная, с ней легко иметь дело.

Однако результаты использования 4% полисахаридного геля оказались сказочными. На данных биоаналайзера --- ни следа адаптеров, ровный библиотечный пик. Для библиотек, которые прогонялись на 3% агарозе, небольшой пик адаптеров всё же сохранялся. После сиквенса количество адаптеров составило: 1) для библиотек на 4% агарозе с полисахаридами - 2,1%, от 0,4-4% (из 8 библиотек); 2) для библиотек на 3% агарозе 4,7 (1-9%). 9% - это уже на пределе допустимого.

Таким образом, из всех опробованных вариантов очистки, включая рекомендуемые NEBом, лучшим оказался вариант genseq'а, который и решено применять в дальнейших исследованиях. Несмотря на все сложности использования, он проще ПААГа и при этом даёт самую лучшую очистку.
На рисунках - результаты фореза в Биоаналайзере готовых микроРНК-библиотек. Самый левый и самый правый пики - внутренние маркёры. Пик библиотек приходится примерно на 150 нт. Для случая 3% агарозы заметен небольшой пик адаптеров слева от основного.
-Ъ- Отправлен 14.08.2012 10:33
  Заказываю стопочку из 100 штук! umnik.gif - рано еще банкротиться, успеем... wink.gif
genseq Отправлен 13.08.2012 20:41
  Кстати, о баксах. На содержание счёта ООО "ИзоГель" в банке до конца года их хватит, но если гели будут продаваться в том же темпе, то пора готовиться к банкротству.
-Ъ- Отправлен 13.07.2012 13:35
 
(Guest @ 13.07.2012 11:56)
Ссылка на исходное сообщение  если еще гонять в разведенном борате без триса - то економия составит по России 30 миллионов долларов в год smile.gif

А куда деть вырученные баксы confused.gif
no.gif Генсеку нельзя доверять - сам не ..... и другим не даст. lol.gif
Guest Отправлен 13.07.2012 11:02
 
(apoptos @ 28.05.2012 09:27)
Ссылка на исходное сообщение  Большое спасибо, так это же замечательно.
Теперь только вопрос, если это стоит копейки за дорожку, то почему еще не все пользуются такими гелями.
Удачи, думаю надо купить для своего отца.
Сообщу ему про Ваши гели (он работате в Гамалея)

Sodium boric acid electrophoresis buffer
20x SB buffer:
8g NaOH
45g Boric Acid
to 1L with MilliQ water

In this buffer, agarose gels can be run at higher voltage than in TBE/TAE (typically 10 V/cm). DNA fragment separation is therefore faster.

Ref:

Brody JR, Kern SE. "Sodium boric acid: a Tris-free, cooler conductive medium for DNA electrophoresis." Biotechniques. 2004 Feb;36(2):214-6. [PubMed]
Guest Отправлен 13.07.2012 10:56
 
(avial @ 28.05.2012 03:59)
Ссылка на исходное сообщение  В целом сильно экономят время за весьма небольшие деньги. С качеством проблем не было, пачек 30 уже извел, а то и больше. А это четыре геля в каждой, да каждый гель минимум по 5 раз форезился - 600 форезов. Полоски бегают - чего еще надо?
Да, еще одно важное качество - температурный порог повыше агарозы. Иногда приходится превышать теплорассеивающие возможности камер, буфер греется прилично, так вот там, где агароза уже поплыла бы - эти держатся. Полоски размываются, но сами гели бодрячком.


если еще гонять в разведенном борате без триса - то економия составит по России 30 миллионов долларов в год smile.gif
Guest Отправлен 13.07.2012 10:41
  2vms -фрагменты 60-70 бп гоняются в 2.5% агарозе за 5 минут smile.gif
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/15517972
Guest Отправлен 13.07.2012 10:30
 
(avial @ 28.05.2012 03:59)
Ссылка на исходное сообщение  В целом сильно экономят время за весьма небольшие деньги. С качеством проблем не было, пачек 30 уже извел, а то и больше. А это четыре геля в каждой, да каждый гель минимум по 5 раз форезился - 600 форезов. Полоски бегают - чего еще надо?
Да, еще одно важное качество - температурный порог повыше агарозы. Иногда приходится превышать теплорассеивающие возможности камер, буфер греется прилично, так вот там, где агароза уже поплыла бы - эти держатся. Полоски размываются, но сами гели бодрячком.


гоняй в боратном буффере на 300 волт - даже легкоплавкая агароза не расплавится
http://www.biotechniques.com/multimedia/ar...02_O_36180a.pdf
vms Отправлен 10.07.2012 10:14
  Опробовал готовые 4% гели на практике (гоняю фрагменты то по 60-70, то по 140-260 п.н.). Обычно использую 4.5%-5% гели из агарозы USB, которые в моем исполнениии получаются кривоватые и застывают порой довольно странно.
[attachmentid()=147297]
[attachmentid()=147298]
[attachmentid()=147299]
Не разобрался, как здесь ставить спойлер.
Посмотреть тему (откроется в новом окне)

Rambler   molbiol.ru - методы, информация и программы для молекулярных биологов              

 ·  Викимарт - все интернет-магазины в одном месте  ·  Доска объявлений Board.com.ua  · 
--- сервер арендован в компании Hetzner Online, Германия ---
--- администрирование сервера: Intervipnet ---

Хеликон · Диаэм · ИнтерЛабСервис · Beckman Coulter · SkyGen · ОПТЭК · BIOCAD · Евроген · Синтол · БиоЛайн · Sartorius · Химэксперт · СибЭнзим · Tecan · Даниес · НПП "ТРИС" · Биалекса · ФизЛабПрибор · Genotek · АТГ Сервис Ген · Биоген-Аналитика
Ваш форум  ·  redactor@molbiol.ru  ·  реклама  ·  Дата и время: 20.04.24 01:36
Bridged By IpbWiki: Integration Of Invision Power Board and MediaWiki © GlobalSoft
Powered by Invision Power Board(Trial) v2.0.0 © 2024  IPS, Inc.