molbiol.ru -> Вопросы по HLA- типированию

> Все форумы > Тематические форумы > Молекулярная и клеточная биология

Zbio-wiki

NG SEQUENCING · ЖИЗНЬ РАСТЕНИЙ · БИОХИМИЯ · ГОРОДСКИЕ КОМАРЫ · А.А.ЛЮБИЩЕВ · ЗООМУЗЕЙ

Правила FAQ* Поиск* Участники* Календарь* Избранные темы* Форум Форумов*

Темы за 24 часа [ Вход* | Регистрация* ]

Форум:

* Вопросы по HLA- типированию -- подскажите! --

Операции: Хочу стать куратором* · Подписаться на тему* · Отправить страницу по e-mail · Версия для печати*
Внешний вид:* Схема · [ Стандартный ] · +Перв.сообщ.

pooha

18.06.2012 11:52

URL #1

Подарили несколько просроченных наборов invitrogen. Проверила - работают.
C ABC вроде разобралась, не могу понять с DR (Gold SSP HLA-DR Low Res Kit).
Плашка на 24 лунки, а в Gel documentation form подразумевается 4 теста по 24 лунки.
Это как?

-Ъ-
Постоянный участник
Москва

18.06.2012 21:24

URL #2

Тест означает видимо образец, т.е ДНК от одного человека. В каждой лунке по паре специфических SSP праймеров и праймеров для внутреннего контроля. Иными словами ставите целую 24-плашку для иссл. одного человека.
В мануале должно быть все описано.

pooha

19.06.2012 09:11

URL #3

Это то понятно, что плашка в 24 лунки идёт на 1-го человека, почему в предложенной фирмой форме, которая заполняется после анализа на этого одного человека, одинаковые поля для 4-х тестов?
Для HLA A, B и C плашки на 96 лунок, и в форме 1 поле для одного человека.

-Ъ-
Постоянный участник
Москва

20.06.2012 10:24

URL #4

(pooha @ 19.06.2012 10:11)

Форма, видимо, была создана унифицированной (для всех HLA, 1 и 2 класса).
Сравните с DQA1 и DQB1.

Guest
IP-штамп: fr45uHVgO7WZ2
гость

20.06.2012 12:48

URL #5

(-Ъ- @ 20.06.2012 10:24)

Форма, видимо, была создана унифицированной (для всех HLA, 1 и 2 класса).
Сравните с DQA1 и DQB1.

http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/P...18/?tool=pubmed

-Ъ-
Постоянный участник
Москва

20.06.2012 14:08

URL #6

(Guest @ 20.06.2012 13:48)

http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/P...18/?tool=pubmed

Это ты Генсеку переадресуй - он недавно выбирал праймеры для будущей аналогичной работы и меня подбивает на это чтобы не скучно было.

Guest
IP-штамп: fr45uHVgO7WZ2
гость

20.06.2012 14:34

URL #7

(-Ъ- @ 20.06.2012 14:08)

http://mybb.alinebiosciences.com/showthread.php?tid=8

genseq
Постоянный участник

20.06.2012 14:55

URL #8

(-Ъ- @ 20.06.2012 12:08)

Спасибо, но эту работу я уже давно читал и даже включил ссылку и одну из картинок в обоснование выбора праймеров:
[attachmentid()=145563]

Guest
IP-штамп: fr45uHVgO7WZ2
гость

20.06.2012 15:00

URL #9

генсек - что у тебя 6-я хромосома задом наперед показана ?

Guest
IP-штамп: fr45uHVgO7WZ2
гость

20.06.2012 15:11

URL #10

(Guest @ 20.06.2012 15:00)

генсек - что у тебя 6-я хромосома задом наперед показана ?

http://genome.ucsc.edu/cgi-bin/hgTracks?hg...&knownGene=pack

Guest
IP-штамп: fr45uHVgO7WZ2
гость

21.06.2012 07:34

URL #11

(Guest @ 20.06.2012 15:00)

генсек - что у тебя 6-я хромосома задом наперед показана ?

www.laboratory-journal.com/file/track/4767/1

Поблагодарили (1): genseq

Guest
IP-штамп: fr45uHVgO7WZ2
гость

22.06.2012 09:31

URL #12

генсек - ты пробовал ставить ПЦР в 1986-ом году ?

Nature. 1986 Nov 13-19;324(6093):163-6.
Analysis of enzymatically amplified beta-globin and HLA-DQ alpha DNA with allele-specific oligonucleotide probes.
Saiki RK, Bugawan TL, Horn GT, Mullis KB, Erlich HA.
Abstract

Allelic sequence variation has been analysed by synthetic oligonucleotide hybridization probes which can detect single base substitutions in human genomic DNA. An allele-specific oligonucleotide (ASO) will only anneal to sequences that match it perfectly, a single mismatch being sufficient to prevent hybridization under appropriate conditions. To improve the sensitivity, specificity and simplicity of this approach, we used the polymerase chain reaction (PCR) procedure to enzymatically amplify a specific segment of the beta-globin or HLA-DQ alpha gene in human genomic DNA before hybridization with ASOs. This in vitro amplification method, which produces a greater than 10(5)-fold increase in the amount of target sequence, permits the analysis of allelic variation with as little as 1 ng of genomic DNA and the use of a simple 'dot blot' for probe hybridization. As a further simplification, PCR amplification has been performed directly on crude cell lysates, eliminating the need for DNA purification.

-Ъ-
Постоянный участник
Москва

22.06.2012 15:57

URL #13

(Guest @ 22.06.2012 10:31)

генсек - ты пробовал ставить ПЦР в 1986-ом году ?

Генсек стал пробовать, если мне память не изменяет, в 91. Причем, у него сходу получилось - праймеры выбирал сам, а все остальное предоставил ему я.

20-летний стаж писиариния. Но это у него побочное, а главное Генеральное - Секвенирование!
Так что не отвлекай человека от пути истинного.

Поблагодарили (1): genseq

genseq
Постоянный участник

22.06.2012 21:49

URL #14

Кстати, о ПЦР. В описании набора праймеров для HLA-типирования исправил ошибки, кое-что переделал и добавил ещё пяточек пар праймеров. Хорошо бы сделать хотя бы десяток дополнительных пар, но фантазия иссякла. Пытался рассчитать на резус, но ничего не получилось. С группами крови (ABO) ещё не разбирался, но боюсь, что и на них можно увязнуть. Что ещё желательно определять при HLA-типировании?

Файл/ы:

HLA_typing_1.pdf
размер: 520.87к
кол-во скачиваний: 2061

Поблагодарили (1): -Ъ-

-Ъ-
Постоянный участник
Москва

25.06.2012 09:00

URL #15

Я тебя поддерживаю... Только не иссякай раньше времени

. Вернусь с отпуска после 10.07, встретимся и обсудим.
Слишком короткие фрагменты (около 500) среди длинных (от3000 до 5000)может очень сильно попортить крови в мультике (предпочтительная амплификация коротких фрагментов с полным подавлением синтеза длинных), поэтому можно искусственно удлинить такие фрагменты до усредненных длин, типа от 2 до 3 тыс. пар.

genseq
Постоянный участник

25.06.2012 09:54

URL #16

(-Ъ- @ 25.06.2012 07:00)

Я тебя поддерживаю... Только не иссякай раньше времени

Удлинить не сложно, но наработка ампликонов в мультиплексной реакции должна ограничиваться концентрацией праймеров. При этом "мелочь" не должна размножаться слишком сильно и портить кровь мультику.

Меня больше волнует необходимость преодоления очень тугоплавких шпилек. Их там немало. Т.е. придётся мудрить с энхансерами и LD-PCR. Надеюсь, что для тебя это уже не проблема.

Guest
IP-штамп: fr45uHVgO7WZ2
гость

25.06.2012 10:20

URL #17

(-Ъ- @ 25.06.2012 09:00)

Я тебя поддерживаю... Только не иссякай раньше времени

вам что - делать нечего ?

-Ъ-
Постоянный участник
Москва

25.06.2012 19:38

URL #18

(Guest @ 25.06.2012 11:20)

вам что - делать нечего ?

Завидуешь?

Мы с Генсеком так и живем и Партия нам не указ.

Бил, бью и буду бить.

Сообщение было отредактировано -Ъ- - 25.06.2012 19:59

genseq
Постоянный участник

09.07.2014 15:14

URL #19

Пожалуй, нужно рассчитать праймеры для NGS HLA-типирования под AmplySeq (для PGM). Рассчитать можно, но сначала нужно найти заинтересованных людей с PGM. Боюсь, что это нереально. Или я ошибаюсь?

berm
Участник

10.07.2014 21:34

URL #20

завидую, по светлому завидую

Сообщение было отредактировано berm - 10.07.2014 21:35

-Ъ-
Постоянный участник
Москва

15.07.2014 10:44

URL #21

Генсек, ищи клиента с NGS, который бы тебе оплатил работу и синтез. И тогда процесс пойдет.

А я вот не могу избавиться от допотопного SSP HLA-типирования - клиент пока не созрел, не прогрессирует

genseq
Постоянный участник

23.08.2014 12:04

URL #22

(-Ъ- @ 15.07.2014 08:44)

Генсек, ищи клиента с NGS, который бы тебе оплатил работу и синтез. И тогда процесс пойдет.

А я вот не могу избавиться от допотопного SSP HLA-типирования - клиент пока не созрел, не прогрессирует

C HLA A-B-C разобрался

. Надеюсь, с остальными будет попроще

.

Файл/ы:

NGS_HLA_typing_1.pdf
размер: 169.8к
кол-во скачиваний: 501

watchesbiz
Постоянный участник

27.11.2021 07:20

URL #23

http://www.authorstream.com/Replicawatches24/
https://about.me/Replicawatches24
https://moz.com/community/users/17050093
https://trello.com/rolexrelicawatches/activity
https://replicarolexwatches.dreamwidth.org/365.html
https://visual.ly/users/watcheshutuk/portfolio
https://www.viki.com/users/watcheshutuk_549/about
https://www.academia.edu/s/14bdb7d4fe?source=link
https://www.slideshare.net/Nowseore/guide-o...ex-watch-online
https://audiomack.com/rolexrelicawatches
https://soundcloud.com/replicarolexwatches
https://www.bagtheweb.com/u/fakerolexwatches/profile
https://www.flipsnack.com/ReplicawatchesUK/...ca-watches.html
https://www.4shared.com/office/zA4L7Rmzea/G...hase_a_Fak.html?
https://codepen.io/Rolexrelicawatches/full/abBEzaQ

Кнопка "Транслит" перекодирует
текст из транслита в кирилицу.
Правила перекодировки здесь;
текст в квадратных скобках'[]'
не преобразуется.

Имя:

Отправка сообщений использует JavaScript операции. В вашем броузере не
установлено/отключено выполнение JavaScript программ. Используйте Netscape Navigator
или Internet Explorer (не ранее 3 версии); убедитесь, что выполнение JavaScript
программ разрешено в настройках вашего броузера.