Molbiol.ru | О проекте | Справочник | Методы | Растворы | Расчёты | Литература | Орг.вопросы Web | Фирмы | Coffee break | Картинки | Работы и услуги | Биржа труда | Zbio-wiki NG SEQUENCING · ЖИЗНЬ РАСТЕНИЙ · БИОХИМИЯ · ГОРОДСКИЕ КОМАРЫ · А.А.ЛЮБИЩЕВ · ЗООМУЗЕЙ Темы за 24 часа [ Вход* | Регистрация* ] Форум: | |
dk Постоянный участник Россия |
Вопрос к форумчанам: никто не имеет полнофункциональной версии этого самого Network+DNA Alignment Software в виде portable или crack ? |
-vr Участник Москва |
|
С.Ц. гость |
|
dk Постоянный участник Россия |
А насчёт непопулярности - это Вы зря. Очень много сетей гаплотипов строится именно в Network'e. Может, кто посоветует: кто чем "рисует" сети гаплотипов? |
Guest гость |
|
СМ гость |
|
Guest гость |
|
dk Постоянный участник Россия |
Самый простой вариант, который можно использовать и оффлайн - экспорт fasta в RDF с помощью DnaSP, который уже вполне "поедает" Network. Второй вариант требует онлайна и лёгкой работы руками. Картинки получаются одинаковыми. Ещё раз Спасибо! |
guest: -vr гость |
|
dk Постоянный участник Россия |
|
-vr Участник Москва |
(dk @ 09.10.2013 18:24) Что может делать Нетворк - можно почитать у них на т.е. Вам интересны именно сети. ОК. Тогда позвольте вопрос - Вы строите просто произвольные сети (из которых MJ только одна из многих разновидностей) или те что умеет строить Нетворк Вам чем-то особо интересны? Интересуюсь я как автор аналогичного пакета, только открытого и свободного (там есть и MJ и MP-MJ). Но дело в том что позиционируется он несколько иначе - исключительно для тех кто использует точную парсимонию на элайнментах среднего размера с ограниченной гомоплазией. На них не работает традиционный точный поиск топологий (типа пауповского, но все эвристики разумеется прекрасно работают) а медианы+штейнер решают вопрос в секунды, причем можно строить даже объединение всех МП-деревьев не только отдельные решения. Ни для какого другого типа исходных элайнментов медианы не имеют преимуществ. Но увы авторы Нетворка не удосужились это честно сказать своим пользователям. Выборка в статье которую Вы цитируете мала. С ней превосходно справится солвер ПАУПа, ТНТ или Меги. Нужды в Нетворке объективно говоря тут нет. Аргументации почему MJ тут лучше других типов сетей тоже не вижу. |
dk Постоянный участник Россия |
Понравился отечественный "комбайн" uGene (отличный пакет, вполне дружелюбный и многофункциональный, ребята ошибки решают быстро и постоянно расширяют функционал), но сети он не строит, а для разработчиков они не являются приоритетом. Уважаемый –vr, если дадите ссылку на Вашу программу – с удовольствием её попользую |
dk Постоянный участник Россия |
По совету американских товарищей попробовал программу |
Света Ковалева Москва |
|
dk Постоянный участник Россия |
|
dk Постоянный участник Россия |
|
« Предыдущая тема · Софт · Следующая тема » |