molbiol.ru -> Электрофорез РНК

> Все форумы > Тематические форумы > Молекулярная и клеточная биология

Zbio-wiki

NG SEQUENCING · ЖИЗНЬ РАСТЕНИЙ · БИОХИМИЯ · ГОРОДСКИЕ КОМАРЫ · А.А.ЛЮБИЩЕВ · ЗООМУЗЕЙ

Правила FAQ* Поиск* Участники* Календарь* Избранные темы* Форум Форумов*

Темы за 24 часа [ Вход* | Регистрация* ]

Форум:

* Электрофорез РНК

Операции: Хочу стать куратором* · Подписаться на тему* · Отправить страницу по e-mail · Версия для печати*
Внешний вид:* Схема · [ Стандартный ] · +Перв.сообщ.

Dasha17

27.04.2013 12:22

URL #1

Здравствуйте! Помогите, пожалуйста, разобраться с фореграммой. Мы использовали две разные методики выделения РНК, которую потом ставили на форез. Нужно оценить, какая из методик выделяет РНК чище, то есть, где меньше примеми ДНК, которая в дальнейшем может помешать проведению нашей работы. Вот фореграмма, слева направо: маркер от 1,5 kb, образец 1 - метод 1, образец 1 - метод 2, образец 2 - метод 1, образец 2 - метод 2. Есть ли здесь ДНК, и каким полосам соответствуют рибосомальная, матричная и транспортная РНК?
картинка: 25__________________________.jpg

картинка: 25__________________________.jpg

RNK
Постоянный участник
СССР

27.04.2013 12:29

URL #2

Метод 4 и 2, практически без геномной ДНК.
Метод 3 - очень много геномной ДНК и мало РНК.
Метод 1 также как ив методе 3, содержит много ДНК, но уже больше РНК.

лучший метод это 4, затем 2, затем 1.

тРНК и 5S РНК только у методов 2 и 4, самые нижние две полосы.
Две полосы выше, это рибосомальная РНК.
Самая высокая это ДНК.
Матричная РНК это фон между всеми этими РНК и ДНК.

Поблагодарили (1): Dasha17

Dasha17

27.04.2013 17:41

URL #3

Спасибо вам большое за помощь!
1 и 3 выделили набором Qiagen mini kit, а 2 и 4 - Рибо-золь-Д. Выходит, что Рибо-золь выделяет более чистую РНК.

RNK
Постоянный участник
СССР

27.04.2013 18:39

URL #4

http://www.evrogen.com/technologies/RNA-isolation.shtml

kloun
IP-штамп: frDDJret4PE4A
гость

27.04.2013 21:04

URL #5

(RNK @ 27.04.2013 12:29)

Метод 4 и 2, практически без геномной ДНК.

А я бы сказал, что геномка есть и в 2 и 4 - она просто намного длиннее, чем в 1 и 3 и сидит в лунках.
А вот для Qiagen видно QIAshredder использовали и порвали геномку на куски по 10kb.

А так - хорошая РНКа, нет деградации. ДНКи очень много в 1 и 3 - просто дофига)

RNK
Постоянный участник
СССР

28.04.2013 09:29

URL #6

В лунках светится как РНК так и ДНК, которая связана с полисахаридами и не может выйти.

Если геномная ДНК присутствовала в образцах 2 и 4, то мы бы видели высокую полосу как и в образцах 1 и 3, даже в 2% агарозе.

Возможен эффект экранирования ДНК, если количество РНК высокое и весь этидий бромид связан с РНК. Но не в этом случае.

Конечно, в образцах 2 и 4 присутствует ДНК, но ДНК там мало.

Хорошо бы переосадить РНК с LiCl.

Поблагодарили (1): Dasha17

R.J. Dio
Постоянный участник

28.04.2013 12:40

URL #7

к RNK добавить нечего, каждое слово- золото. метод пересаждения литием есть в предыдущей ссылке

Поблагодарили (2): RNK, tatyananik

Statin
Постоянный участник

30.04.2013 14:45

URL #8

Используйте RNeasy mini Kit Plus от Qiagen там ДНК-аза в комплекте, проблема с лишней ДНК решится.

Поблагодарили (1): Dasha17

-Ъ-
Постоянный участник
Москва

30.04.2013 15:42

URL #9

Хорошо бы назвать "мотоды" своими именами (ссылки, названия, киты и т.д.)
1 и 3 - методы для выделения суммарных НК, но с очень большими потерями.

guest: Саня
IP-штамп: fr/9gxL6jBvmM
гость

30.04.2013 16:05

URL #10

Да методов всего два, насколько я понял. Просто 2 разых образца

-Ъ-
Постоянный участник
Москва

30.04.2013 19:23

URL #11

(guest: Саня @ 30.04.2013 17:05)

Да методов всего два, насколько я понял. Просто 2 разых образца

Ну да, два на два. Очень интересно чем же методы (не образцы

) отличаются друг от друга - может это не сравнимые "вещи"

Dasha17

30.04.2013 22:09

URL #12

Да, использовали два разных набора реагентов для выделения. "Qiagen mini kit" - выделение РНК на колонках - проводится серия отмывок, а в "Рибо-золь-D" выделение основано на разделении на две фазы - фенольная содержит ДНК и белки, а водная - РНК, ее и отбирают.

Statin
Постоянный участник

01.05.2013 07:55

URL #13

Для сравнения методов должно быть еще сравнимое количество исходного материала, из которого выделяется РНК, причем его не должно быть много. При этом ограничение количества будет обусловлено китом от Qiagen (фенольный Рибо-золь все сожрет).

ASDF
Постоянный участник

06.05.2013 11:57

URL #14

Уточните какой набор Киагена?
если RNeasy mini - то он не должен столько ДНК оставлять - он чистенько выделяет.
Или материала слишком много взяли.

Поблагодарили (1): Statin

watchesbiz
Постоянный участник

07.12.2021 14:37

URL #15

https://wanelo.co/replicarolexwatches
https://musescore.com/fakerolexwatches
https://www.racked.com/users/Replicarolexwatches
https://sketchfab.com/Rolexrelicawatches
http://www.video-bookmark.com/bookmark/433...eplica-watches/
https://www.slideserve.com/ReplicawatchesUK...pt-presentation
https://www.theverge.com/users/Replicarolexwatches
https://www.yumpu.com/en/document/read/6532...lica-watches-uk
https://online.flippingbook.com/view/152275247/
https://www.instapaper.com/p/8767342
https://www.bigblueview.com/users/Replicarolexwatches
https://weheartit.com/watcheshutuk
https://sites.google.com/view/replicarolexwatches24/home
https://www.indiehackers.com/post/hints-on-...atch-113aef73a9
http://replicawatchesuk.esportsify.com/for...ica-rolex-watch