Так прибор прошел самодиагностику после включения, или подвис в процессе?

  При включении прибор просто проходит самодиагностику, без синхронизации красителей и пр. (его же можно просто как С-1000 ПЦРницу использовать). У Вас же прибор "виснет" при попытке использовать его как реал-тайм, или вообще не грузится? Т.е. Вы его включаете с закрытым блоком, он проверяет сам амплификатор, потом проверяет оптическую систему (отчётливо жужжит в самом CFX-блоке). Вот он у Вас на каком этапе "виснет"? Или он проходит полную внутреннюю диагностику и "не понимает" уже реальный протокол?
Кстати - сколько лет прибору? С этими Био-Радами была проблема - через 1,5 года эксплуатации (после истечения гарантии) в блоке детекции горела какая-то схема. Это было актуально года 3 назад, потом, вроде, что-то уже на заводе "починили".

  Дык, у ТС прибор самодиагностику пройти не может, при чем тут обновение софта? Никак железо в циклере заело...

  Те охламоны, которые загрузили "сложную программу постановки", заодно и обновили вашу программу на компьютере (а Вам про это не сказали), после чего программа уже не видит прибор. Если сохранился диск со старой программой, переустановите ее и продолжайте работать без дополнительных расходов на сервис, все должно быть ОК.

  Перво-наперво я бы снес программу на компе и переустановил ее.
ЮСБ-порты нормально работают? флешки, другие юсб-девайсы запускаются?

  Дык, у ТС прибор самодиагностику пройти не может, при чем тут обновение софта? Никак железо в циклере заело...

  не обижайтесь, мне с трудом верится, что эту конкретно систему можно "вынести" поставив "сложную" программу. ЦФХ-су по сути пофиг сложность протокола, или они его криптовалюту майнить заставили?!
виндовс на компьютере не обновляли?

  "но смогу ли я сама переустановить ее и решит ли это мою проблему" не сложнее чем любую другую программу. если есть ноут ваш собственный - попробуйте установить на него, потренируйтесь. там к софту подробная интрукция была

  а отключенный от компа инициализуется?

Или может быть разница

  Не пробовала полностью отключать, но что-то мне подсказывает, что он повиснет на этой же стадии. Или может быть разница?

  нет, просто тогда софт на компе тут ни при чем.
ну, диагностика у Био-Радовцев вроде бесплатная...

  Если Вы отключили питание во время прогона, то в инструкции есть рекомендации в разделе Действия при сбое питания. Правда там больше про заблокированную крышку, но может - это Ваш случай. Вкратце - отсоединить верхнюю часть прибора от нижней. Сделать - это не сложно, в инструкции есть картинки - проверено на своём опыте
Я бы попробовал его запустить в разобранном состоянии, может и расклинит мозги.
может быть: у CFX интерфейс связи - слабый момент.

Так не хочется лезть в его внутренности и разбирать

  отсоединить у биорада низ от верха - это стандартная процедура, он для этого и создан модульный
По протоколу, Вам и правда нужно на двух этапах считывать кривые ?

  ну, правильно, два считывания - это даже для ЦФХ-са слишком! зачем вы детям разрешаете с оборудованием играться?

  Согласен с  ksm, что за дикая программа?
Во-впервых для Биорада 15 мин на денатурации - нонсенс, это прерогатива только Аплайд со своим АмлиТак Голд. Возможно из-за этого прибор впал в ступор.
А во-вторых, считывание сигнала два раза в одном цикле (что это было !) может задать только охламон!
Вообще-то при наборе такой программы прибор должен был возмущаться.
Мелтин задавайте ПОСЛЕ пцр и не мучайте циклер.

  Время на денатурации, а иногда и температура, зависит не от вкусов пользователя, а используемой в реакции полимеразы. Какая у Вас полимераза в работе?

как-то автоматически объединяются в один, и сделать это можно только на СФХ-е.

Во-впервых для Биорада 15 мин на денатурации - нонсенс, это прерогатива только Аплайд со своим АмлиТак Гол

А во-вторых, считывание сигнала два раза в одном цикле (что это было !) может задать только охламон!

  Мда, развели истерику по протоколу. 15 минут для хот-старта вполне норма для химически заингибированной полимеразы. Коли СФХ-мэнеджер соржрал протокол, значит циклер технически его потянет.

To Sobolechek: под фразой "железо заело" я имел ввиду, что в механической части прибора произошли неполадки (заклинило, сломалось и т.д.).

с вашего позволения продолжу истерику: лично мне в протоколе нравится милосердное снижение температуры с 95/15' до 94/15''

на середине прогона (после 25-го цикла) выдаёт яму под 1000 ОЕФ

  Про калибровку в инструкции написано - раздел Maintain the System.
- яма потом в ноль возвращается?

  Про калибровку в инструкции написано - раздел Maintain the System.
- яма потом в ноль возвращается?

  Соболечек, как разберетесь с калибровкой, будьте так любезны, вспомните, что научный метод познания требует от вас, чтобы проклятый протокол ПЦР был запущен на термоциклере Applied Biosystems! мы все с нетерпением ждем результатов!

  А Вы в биорад с этой проблемой обращались? Может лучше пусть там проверяют Вообще, если прибор программу принял без вопросов и сломался, то это явно не проблема пользователя и чинить должны они.

  Срочно призвать авторов протокола в тему интересно, конечно, зачем оно такое