И мамонтенка заодно.

  Для любого, это я соврамши был После смерти превращение L- в D-форму практически прекращается.

  "как можно было запороть взятие "букашек"?"

Рабочая гипотеза 1: биодеградация. У этих 2 трупаков в отличие от других в ротовой полости жило что-то такое, что умудрилось сожрать и/или повредить ДНКу прямо на палочке после забора. Велика вероятность что анаэробная спорообразующая почвенная микрофлора. Или плесень.

  Свободных АК - нет не прекращается. Но в связанном виде - в белках она никогда практически не идёт (т.к. основа рацемации - таутомерные состояния - (С=O)(ОH)-CH(NH)-.

 У трупов, в зависимости от давности смерти, берется либо кровь либо кость (в случае разложения).

  NMR-guy, я работаю не только с "трупаками", конкретно эти 60 проходили по уголовному делу и на данный момент, по моим сведениям, ещё живы (простите черный юмор, это вполне определенный контингент частота смертности в котором повышенна относительно остальной популяции). У трупов, в зависимости от давности смерти, берется либо кровь либо кость (в случае разложения).
Ваши предположения насчет методов "как запороть" слишком уж продвинутые , а не хотите взятие образца слюны в эппендорф? На самом деле все куда проще - никто не хочет сушить ватную палочку - сразу упаковывают в бумажный конверт, чуть больше слюны, чуть ниже температура и выше влажность воздуха и материал просто "стухает"

  Посмотрите ссылку на метод, что я приводил. Я вот прочитал невнимательно, и сделал неверный вывод.

  
Палочки нельзя ни сушить ни отправлять по почте БЕЗ КОНСЕРВИРОВАНИЯ. Высушивание не считается консервированием, поскольку каждый раз идет со своей кинетикой, а это плохо для конечного результата.

В эппендорф сложно попасть. Потому если уже слюна собрана в какую-нибудь баночку и свежая - то в эппендорф она должна идти в регламентированном соотношении объем к объему с испытанным консервантом. Отговорки на это не канают. Не можете сохранить сделанное - не делайте.

В статьях по технике сбора биообразцов для пересылки в пабмеде есть прекрасные аналитические статьи по сравнению разных методов сбора и консервирования для пересылки обычной почтой по штатам биоматериала различными методами. Поищите - палочки будет незачем сушить, если Вы наконец отойдете от этой весьма ненадежной техники забора биоматериала.

Не знаю как роговые образования кожи солюбилизировать без повреждения ДНК - если это возможно, то безусловно роговая масса - лучший консервант, ибо она как пластик практически, если грибком не повреждена и не расслоилась. Гипотетически киты по выделению ДНК из парафина должны работать. Но нужно пробовать, одно ли это и то же по химии солюбилизации или не одно.

  На предмет родства? 

  .
NMR-guy, в нашем случае все достаточно "запротоколировано" и должно выполняться по инструкциям: на ватную палочку (не станем обсуждать вопрос о том что своб лучше - мы не в Гейропе) берется соскоб с внутренней поверхности щеки, в случае если палочка была двусторонняя отрезается вторая ватная накрутка, палочка с материалом высушивается вдали от нагревательных приборов и без доступа солнечного света, упаковывается в бумажный конверт. Это в кратком изложении. К сожалению не все сотрудники  соблюдают ведомственные порядки.

  Уважаемый 13ZC, прочел Ваш пост 31 до оригинала инструкции доберусь не скоро По моим воспоминаниям: работа в перчатках, в случае двусторонней палочки отрезается одна из ватных накруток, либо сам "объект" (кстати, забор буккального эпителия в качестве образца дело абсолютно добровольное и добровольное согласие должно быть запротоколировано) либо "забирающий" (кстати, в случае забора крови прописано что "забирающий" обязательно медсотрудник, в случае "букашки" подобного уточнения нет) проводит несколько раз по внутренней стороне щеки (бывают заборы с левой и правой щеки , я такое получал). После чего палочка высушивается без прямого попадания света (не указано что именно солнечного, вероятно лунный свет также пагубно действует на первичную структуру ДНК) и вдали от нагревательных приборов. Время высушивания не указывается. Я понимаю что инструкция крайне неконкретна, но думаю вполне разумна - когда в каком-нибудь заведении отбирают порядка 100 букашек за раз трудно представить что букашик будут сушиться аккуратно разложенные на бумажечках на столе. Хороше если отбирают с отрезанием второй накрутки и сразу помещают в бумажный конверт(пакет).

  Btw, сделали Developmental Validation of the Quantifiler™ HP and Trio Kits for Human DNA Quantification in Forensic Samples
http://www.fsigenetics.com/article/S1872-4...0103-4/abstract

 
У меня, к сожалению, уже на 40 цикле каждая вторая проба воды дает сигнал с У хромосомы .

  У нас та же фигня была, как не мылись (имеются в виду помывки поверхностей по протоколу), УФ не травили все и противогазы не надевали - вода давала высокий фон ампликонов, причем в каждом первом случае, различаясь только по выходу мусора. И сейчас дает (если mQ - своя). Но вот если очищенную воду ПОКУПАТЬ и однократно открывать для аликвоченья на ММ-объемы, то 40 циклов становятся чистыми!  Но обычно за 35 никто не лазиет в методах без крайней нужды.

Причины сего разрывать не хочется, просто делюсь наблюдениями.

Но, забегая вперед, скажу, что проблема решается легко, удалил даже митохондриальную ДНК .

  Somagenetics выиграли NIH грант с целью разработки метода анализа микроРНК в деградированных образцах.

  Только не говорите, что силики в водичку накапали! 

Меня чесс. говоря никогда эта проблема не парила, т.к. выставляю макс. 35 циклов и все чисто.

  Не буду говорить.

По второму вопросу - Инструкцию не соблюдаете. 40 циклов следует делать.

  Точность оценки экспрессии тут неважна, спец. маркеры заведомо в тыщи раз больше в таргетных тканях экспрессируются.

  Или наоборот - не экспрессируются. был такой опыт. Недавно еще видел тканеспецифичные комбинации экспрессии + полиморфизм (NGS данные) точность вообще без вариантов

  А вот http://johnhawks.net/weblog/reviews/non-pr...aland-2016.html интересный факт идентификации возраста по анализу (видимо мтДНК, фул текста не вижу) и радиоуглеродному анализу. Интересно все ж насколько линейна деградация ДНКи в окаменелостях... Может есть у кого доступ к полному тексту статьи?

О тканеспецифичном полиморфизме не слышал, за исключением некоторых заболеваний и особых случаев

 
я имел ввиду заболевания

  http://rspb.royalsocietypublishing.org/con...3/1824/20152879

Here we use ancient-DNA (aDNA) analysis and radiocarbon dating of pre-human, archaeological and historical Eudyptula remains

  Такой точности по деградации ДНК не добиться и близко.

  Может не обязательно по деградации. Могли сравнить древнюю ДНК и современную и прикинуть частоту возникновения мутаций
http://johnhawks.net/weblog/reviews/non-pr...aland-2016.html

  Почему нет. Я знаю, что и Global и Fusion 6C используются в RAPID DNA микрофлюидике. Пишут что результаты полностью соответствуют CE формату.
Не знаю. Поживем, увидим. Потенциально мы готовы к такому прорыву.
В голове не укладывается как можно все это уместить в одной коробке.

Highlights
•    The RapidHIT 200/GlobalFiler Express Rapid DNA system was evaluated as an expert system for genotyping buccal reference samples.
•    STR profiles exhibited artifacts and low peak intensities that required manual data review.
•    With manual data review, the success rate for obtaining a full genotype at each locus in the STR kit was ∼91%.
•    With expert-only (no manual) review, the corresponding success rate was ∼50%.

  Все-таки и здесь хочется фул текст. Ибо не очень ясно, что хотели исследовать кроме:  "primary interest to evaluate the system for its efficacy as an expert system and to estimate a first pass success rate". Потому как, если технология микрофлюидных капилляров не позволяет работать со слабыми сигналами "Artifacts included dye “blobs” and spectral overlap (pull-up) peaks that often originated from relatively low intensity allele peaks", то может это и не главное для приборов такого рода? Они же не рассматриваются в качестве последней инстанции? Тем более, что их обслуживают рядовые полицейские вообще без профильного образования.

  Тема топика вроде другая

  Хоть не врут - уже приятно...

А когда они поймут что не в аппаратах и китах дело, а в хрен-знает-чем забитых соскобах (каждый раз - чем-то новым) - может наконец уже сделают что-то удобное. Давно бы уже пора.

 Потому как, если технология микрофлюидных капилляров не позволяет работать со слабыми сигналами  то может это и не главное для приборов такого рода? Они же не рассматриваются в качестве последней инстанции?

  Ну вот собственно и прогнозируемое заключение: "Taken together, these results suggest that the RH200/GFE Rapid DNA system is fit for its FBIapproved
implementation to perform DNA analysis of reference samples in an approved crime
laboratory, but that it is not yet suitable for a fully “hands-off” (no expert data review)" Хотя конечно ошибок многовато для 34- х  образцов. Я так понимаю, рэпид хит - машинка полностью закрытая? Т.е. там нельзя вмешиваться в процесс работы?

  Да, нельзя.
Но как только они займутся отработкой и экспериментами вместо отсталых мнений всяких спекулянтов-теоретиков, то думаю дожмут и режим hands-off. Думаю, 2-3 лет им на это хватит.

  Имею отличное от Вашего мнение, сударь!