molbiol.ru -> Высокопроизводительная обратная транскриптаза

> Все форумы > Тематические форумы > Молекулярная и клеточная биология

Zbio-wiki

NG SEQUENCING · ЖИЗНЬ РАСТЕНИЙ · БИОХИМИЯ · ГОРОДСКИЕ КОМАРЫ · А.А.ЛЮБИЩЕВ · ЗООМУЗЕЙ

Правила FAQ* Поиск* Участники* Календарь* Избранные темы* Форум Форумов*

Темы за 24 часа [ Вход* | Регистрация* ]

Форум:

* Высокопроизводительная обратная транскриптаза -- есть ли что-то лучше чем SuperScript II --

Операции: Хочу стать куратором* · Подписаться на тему* · Отправить страницу по e-mail · Версия для печати*
Внешний вид:* Схема · [ Стандартный ] · +Перв.сообщ.

alexdante

10.09.2013 00:04

URL #1

День Добрый! Ставлю обратную транскрипцию используя SuperScript II (SSII)от Invitrogen, длина транскрибируемой РНК 500 – 1000 нуклеотидов. Может быть уже есть более производительные транскриптазы, с еще более высоким выходом RT. Я смог отыскать в интернете AccuScript (Stratagene), которая прямо в фирменном описании сравнивается с SSII, там говорится, что эта AccuScript точнее, чем SSII, но ни слова про её производительность. На форуме пишут, что на практике AccuScript хуже. Также нашел описание ProtoScript II (NEB), которая тоже сравнивается с SuperScript II, но даже судя по картинкам RT-PCR от NEB ProtoScript II лишь сопоставима, но не лучше SSII. Может кто работал или в сети видел описание транскриптаз лучше, чем SSII? Буду благодарен за любую информацию.

R.J.Dio
Постоянный участник

10.09.2013 09:47

URL #2

что такое лучше и зачем Вам много первой цепи, если ее можно легко амплифицировать ПЦР, если следовать протоколу Евроген?

alexdante

10.09.2013 10:46

URL #3

Мне нужно как можно точней померять количество искомых редких молекул РНК в клетке с помощью Real Time PCR. По поводу того, что такое «лучше». Мой опыт показывает, что если вы дали в реакцию условно 100 молекул нужной РНК, у вас никогда не образуется все 100 молекул кДНК (мы используем специфический праймер). Если длина размножаемой последовательности около 1000 нуклеотидов, то выход у нас был ~10%. Обратная транскриптаза, лучшая чем SSII, в контексте моего вопроса – значит та, после использования которой доля образовавшейся кДНК (при исходно одинаковом количестве РНК) выше.

-Ъ-
Постоянный участник
Москва

10.09.2013 10:57

URL #4

Даже если у Вас были сверхредкие транскрипты, а длина доходила до 5000, мало отличаются все эти суперскрипты друг от друга. Существенных преимуществ не наблюдал. Лучше больше внимания уделить на качество РНК.
Рони по сути прав.

Поблагодарили (1): R.J.Dio

ship
Постоянный участник
Moscow

10.09.2013 11:34

URL #5

Superscript III попробуйте.

R.J.Dio
Постоянный участник

10.09.2013 11:50

URL #6

проблема в том, и большая, что редкая ревертаза доезжает до России в нормальном виде, логистика Инвитрогена та еще, а фермент нежный

ship
Постоянный участник
Moscow

10.09.2013 11:55

URL #7

ну то что мы покупали - работает.

R.J.Dio
Постоянный участник

10.09.2013 12:03

URL #8

возможно. Но свич- активность часто пропадает, а технологически это принципиально. Поэтому имеем свою, неплохую

ASDF
Постоянный участник

11.09.2013 22:40

URL #9

SSII хороша, спору нет, но любая брендовая Н- ревертаза будет не хуже.
Лучше ли - это вопрос философский. Но вряд ли.

Лично я достаточно давно юзаю ферментавскую РевертАид, которая премиум. Лично, на реал тайме видел ее отличие от промеговской обычной ММЛВ, на низких титрах, на более чем 3 цикла. Понятно что с пальцем не сранивают, но тем не менее. С SSII не сравнивал, но по ощущениям по выходу Премиум похоже на SSIII, с которой тоже довелось много работать. Но главное - при том же выходе цена очень разная.

Еще важно насколько принципиально вам термостабильность. Я на 50С все равно не ставлю, мне 42 хватает.....

kloun
IP-штамп: frfmrU8oUAU2w
гость

12.09.2013 01:28

URL #10

Лучшая обратная транскриптаза на рынке:

AffinityScript от Agilent.

Она быстрая и стабильная, но дорогая.

С инете есть много про неё и прямые сравнения с остальными.

А если у Вас РТ всего 10% - у Вас праймер не находит вашу РНКу - ставьте на термо-миксере свой РТ. Тм правильная важна для специфичности - я выше 50С ставлю.

R.J. Dio
Постоянный участник

12.09.2013 21:31

URL #11

а не надо высокой специфичности- лучше затравиться хоть с чего, хоть с полиТ, а потом поиметь специфичность в ПЦР, ДНК-ДНК гибриды всяко ловчее, чем ДНК-РНК. В любом случае, повышенные температуры РТ не для специфичности используют, а для минимизации вторички.

apoptos
Постоянный участник

18.09.2013 00:05

URL #12

AccuScript (Stratagene) - это и есть Agilent, так как в 2008 году Agilent купил компанию Stratagene. Купил, так как у Stratagene есть очень хорошие ферменты.
В принципе под Вашу задачу есть готовые решения и можно просто выбрать на сайте Agilent: http://www.genomics.agilent.com/article.js...65&cid=G0110147.
Вот что пишет производитель:
AffinityScript Multiple Temperature Reverse Transcriptase (RT) produces high cDNA yields over the broadest temperature range with high affinity to primer/template complexes. It delivers high cDNA yield when amplifying low RNA input amounts and resolving RNA secondary structure using temperatures up to 55°C.
http://www.genomics.agilent.com/en/High-Yi...abId=AG-PR-1016

-Ъ-
Постоянный участник
Москва

18.09.2013 10:06

URL #13

Было бы странно, если Аджилент ругал на своем сайте родную ревертазу.

Надо читать независимые ОТЗЫВЫ в инете, и особенно, на проф.форумах.

apoptos
Постоянный участник

18.09.2013 17:01

URL #14

Люди и пишут, что Agilent/Stratagen хорош.

Guest
IP-штамп: fr45uHVgO7WZ2
гость

20.09.2013 11:59

URL #15

(-Ъ- @ 18.09.2013 10:06)

Было бы странно, если Аджилент ругал на своем сайте родную ревертазу.

Надо читать независимые ОТЗЫВЫ в инете, и особенно, на проф.форумах.

http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/P...one.0013931.pdf

apoptos
Постоянный участник

20.09.2013 12:51

URL #16

Большое спасибо за очень информативную статью.

-Ъ-
Постоянный участник
Москва

20.09.2013 15:14

URL #17

(Guest @ 20.09.2013 12:59)

http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/P...one.0013931.pdf

В этом журнале статьи так себе. Инфу надо уметь фильтровать.

Сообщение было отредактировано -Ъ- - 20.09.2013 15:45

apoptos
Постоянный участник

20.09.2013 19:53

URL #18

Дорогой ять, вы прямо как типичный оппозиционер - всегда есть, что сказать против.

R.J. Dio
Постоянный участник

21.09.2013 12:47

URL #19

это просто критический научный ум. Мосх, то есть. Что есть хорошо и даже прикольно

apoptos
Постоянный участник

22.09.2013 13:36

URL #20

Думаю мне именно это и нравится, так как видно больше альтернатив.

-Ъ-
Постоянный участник
Москва

23.09.2013 15:38

URL #21

(apoptos @ 20.09.2013 20:53)

Дорогой ять, вы прямо как типичный оппозиционер - всегда есть, что сказать против.

Не могу с собой ничего поделать, тащусь от этого.

Sarah
Участник
München

27.09.2013 16:23

URL #22

Попробуйте GoScript от Промеги

R.J. Dio
Постоянный участник

28.09.2013 10:12

URL #23

ничего хорошего промежного не бывает. Кроме, разве что, ТА-вектора

Sarah
Участник
München

02.10.2013 11:14

URL #24

(R.J. Dio @ 28.09.2013 09:12)

ничего хорошего промежного не бывает. Кроме, разве что, ТА-вектора

голословное утвеждение. Точно также я могу сказать, что вы работать не умеете

R.J.Dio
Постоянный участник

02.10.2013 11:32

URL #25

почему голословное, вовсе нет. Начиная с колонок для выделения ДНК-верх нелепости, идем через ферменты рестрикции и заканчиваем полимеразами, кторые даже не прошлый, а позапрошлый век. Видимо, все силы на патентные войны ушли

ship
Постоянный участник
Moscow

02.10.2013 14:02

URL #26

киты от промеги для люциферазы, каспаз, цитотоксичности, выживаемости и тп - все эти продукты вполне себе хороши. так что обобщать по всей продукции промега не стоит.

Sarah
Участник
München

02.10.2013 16:03

URL #27

(R.J.Dio @ 02.10.2013 10:32)

Вот именно, что голословное. Вы сами именно с траскриптазой работали? Или только позапрошлый век помните где что-то где-то (и даже скорее всего не вас) не получалось

R.J.Dio
Постоянный участник

02.10.2013 18:21

URL #28

утомили. Когда словил косяки, повторять неохота, благо рынок насыщен всякой хорошей продукцией

xenopus
Постоянный участник
Moscow

03.10.2013 22:19

URL #29

(R.J. Dio @ 28.09.2013 08:12)

ничего хорошего промежного не бывает. Кроме, разве что, ТА-вектора

?!?!?. От сложения века работаем с промежными ферментами и китами, никогда не было нареканий. Покупаем правильную промегу у правильного барыги.

Telbin
Участник

04.10.2013 00:06

URL #30

Не скажу за "все промежное", но ДНКаза I (RQ01) у Промеги очень и очень хороша.

watchesbiz
Постоянный участник

06.12.2021 15:55

URL #31

http://replicarolexwatches.simpsite.nl/
https://www.smore.com/rj7kh-best-replica-watches
https://www.athleticsnation.com/users/Replicarolexwatches
https://pastebin.pl/view/ab0e458a
https://mix.com/watcheshutukcom
https://www.woddal.com/post/359216_tiny-acc...nybody-039.html
https://share.naturalnews.com/posts/3904099
https://demo.wowonder.com/post/214429_the-i...-producers.html
https://rapichat.com/post/5369_our-purpose-...ible-there.html
https://dashburst.com/replicarolexwatches/1
https://sway.office.com/KifcQvn36MK821G8
https://flipboard.com/@replicarolex24
https://getpocket.com/redirect?url=https%3A...eshut.uk.com%2F
https://www.openstreetmap.org/user/Hints%20...20Rolex%20Watch

nigoal123
IP-штамп: frXqkB4MpP2jQ
гость

25.05.2022 08:34

URL #32

Not only do we put nigoal students under pressure ลิงค์รับทรัพย์ to master the inconsistent sexy gaming spelling patterns and complex สล็อต grammar of the English language ka gaming but we require them to know

The best way to help our 123goal students to overcome the 11hilo challenge of writing in any 123bets want to read it. pggame123 genre is to help them to break big gaming things down into their component

Кнопка "Транслит" перекодирует
текст из транслита в кирилицу.
Правила перекодировки здесь;
текст в квадратных скобках'[]'
не преобразуется.

Имя:

Отправка сообщений использует JavaScript операции. В вашем броузере не
установлено/отключено выполнение JavaScript программ. Используйте Netscape Navigator
или Internet Explorer (не ранее 3 версии); убедитесь, что выполнение JavaScript
программ разрешено в настройках вашего броузера.