1. Использовать в ифа стандарт отличный по природе от аналита - очень плохая идея. Даже, если аналит есть фрагмент стандарта. Что собственно и показали ваши результаты.
2. Если бы у вас и там и там был один и тот же белок, то я бы посоветовал просто сделать предварительно разведение образца в 16-20 раз.
3. Если бы у вас была какая-то экзотика, то еще можно было бы пофантазировать. Но IgG вполне доступен, не вижу причин искать себе проблем на ровном месте.

  
Был куплен кит https://www.thermofisher.com/order/catalog/...-srp-BMS2091TEN. Кит пригоден для тестирования связывания IgG и Fc.

Коммерческий белок имеет размер 73кДа..

  Можете объяснить почему не корректно использовать такие сравнения. В обоих случаях идет речь о молекуле Fc.
Забыть про Стандарт из кита и использовать коммерческий белок, как Стандарт и от него отпределять концентрации неизвестных образцов?

   Но лучше всего проверить методом параллельных линий. Если критерий параллельности при титровании не выполняется, то результаты невалидны. Иногда даже матрица (прочие компоненты образца) влияют на результат существенно. Тогда приходится стандарт делать близкий по составу к образцу.

  
--На нанодропе.
Нанодроп это спектрофотометр. Им можно измерять концентрацию белка разными способами:
Например 1)биуретовой реакцией, 2)Методом Лоури, 8)Методом Брэдфорд, 4)Методом с бицинхоиновой кислотой, 5)методом измерения абсорбции на 280нм. Какой метод использовали вы?
Аминокислотная последовательность белка-образца известна?

  В чем суть метода параллельных линий?

  Если Стандарт и Образец были бы приведены к единой концентрации в молях, то сравнивать возможно их?

Если масса Стандарта 150кДа, а белка 73кДа, то коеффициент разведения должен был бы быть 2...Но мои данные показывают гараздо больший разрыв.

Измеряли методом измерения абсорбции на 280нм, с учетом Масс коефф

  Масс. коефф. с какого потолка брали?

  Если Стандарт и Образец были бы приведены к единой концентрации в молях, то сравнивать возможно их?

  Посмотрел на http://www.expasy.org/proteomics

  ))) Конечно, капал 1мкл, как есть, без всякого разведения.

  Ага! "Не правильно ты дядя Федор, бутерброд ешь"<c>

Разводить надо концентрированные растворы. В сильно концентрированных растворах концентрация занижается причем, чем концентрированнее раствор, тем больше это занижение.

В общем , я думаю гипотеза, "неправильно померил концентрацию" себя оправдала.

Ошибка не учета мол.масс белков плюс занижение истинной концентрации при замере на CФ и вот вам результат.