Rambler's Top100
Лёгкая версия форума* Виртуальная клавиатура  English  
Molbiol.ru | О проекте | Справочник | Методы | Растворы | Расчёты | Литература | Орг.вопросы
Web | Фирмы | Coffee break | Картинки | Работы и услуги | Биржа труда | Междисциплинарный биологический онлайн-журналZbio-wiki

NG SEQUENCING · ЖИЗНЬ РАСТЕНИЙ · БИОХИМИЯ · ГОРОДСКИЕ КОМАРЫ · А.А.ЛЮБИЩЕВ · ЗООМУЗЕЙ


Темы за 24 часа  [ Вход* | Регистрация* ]  
   



Форум: 
 

Щёлкните, чтобы внести в Избранные Темы* Постановка эксперимента по доказательству -- мРНК зависимой перекодировке кодонов --
ИнтерЛабСервис - передовые технологии молекулярной диагностики
Операции: Хочу стать куратором* · Подписаться на тему* · Отправить страницу по e-mail · Версия для печати*
Внешний вид:* Схема · [ Стандартный ] · +Перв.сообщ.


 
Закрытая темаСоздать новую темуСоздать голосование
Участник оффлайн! trava
Участник



 прочитанное сообщение 01.10.2019 10:40     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #1 множественное цитирование

Обсуждение постановки эксперимента теоретика (ПГ) и специалиста по генной инженерии и клеточной биологии ХХХ.

ПГ: Теоретическая (расширенная) гипотетическая модель (ТМ) генетического кодирования белков изложена ПГ, в частности, в статьях:

https://www.scirp.org/journal/paperinformat...x?paperid=57601
https://www.scirp.org/journal/paperinformat...x?paperid=85202
https://www.scirp.org/Journal/paperinformat...x?paperid=94825

Сущность ТМ, в аспекте планируемого эксперимента заключается в следующем.
Принято, что кодоны т.н. стандартной модели белкового кода Ниренберга-Крика в своих шифрующих свойствах и возможностях СТАБИЛЬНЫ. За некоторыми исключениями. ПГ предполагает и доказывает, что это не так (см. статьи). Встала задача поставить in vitro эксперимент, однозначно доказывающий, что перекодировки имеют место. Эксперимент с использованием зеленого флуоресцирующего белка (ЗФП). Можно взять рамку ДНК последовательности, кодирующую активную часть белка ЗФП. Выбрать в ней ключевые кодоны аминокислот, ответственные за флуоресценцию, и сделать в них замены нуклеотидов в 1-й, 2-й и 3-й позициях на другие нуклеотиды. Или заменить только в одной из позиций. Какие кодоны выбрать и в каких из 3-х позиций сделать замены нуклеотидов? уже была наша идея заменить стартовый метиониновый кодон в рамке ГФП. Но можно заменить и другой, например, триптофановый кодон…

ХХХ: Какие будут соображения по поводу триптофанового кодона ? Ведь это очень частый элемент в центре катализа ферментов. Не будет ли Триптофан таким супер-кандидатом на роль Единого Универсального Кодона который определяется рибосомой не по буквальному смыслу его триплета, а по контексту белковой мРНК (что следует из предположения ПГ).

ПГ: Отчего же, давайте облюбуем сиом триптофана. Поменяем в сиоме все 3 буквы.Триптофан в син кодонах не фигурирует. Поменяем в его сиоме 2-ю букву G на C. Должны получить син кодон СЕРИНА. Это тем более интересно, что сиом TGA, рассматриваемого семейства TG, шифрует СТОП.

ХХХ: Ну хорошо вот у нас есть зеленый ЗФП у него активный центр формируется из 3 аминокислот тирозина , серина и глицина…Предлагайте как можно заменить один из ИХ кодонов так чтобы по классической теории произошла бы замена аминокислоты и потеря функции ГФП, а по СИОМ-теории произойдет перекодировка согласно контексту мРНК , который требует в этом месте совершенно определенную аминокислоту. Иначе, при ее замене на любую другую белок не будет светиться, то есть потеряет функциональность. Эту замену легко сделать, и получить результат, светится или нет.. Этот эксперимент может доказать именно существование самого феномена такого контекстного управления значением кодона в процессе рибосомной трансляции, (что следует из гипотезы ПГ). Ну, это примерно как если бы человек переводил с одного языка на другой и исправлял бы ошибки в исходнике исходя из контекста фраз. В человеческом мире это совершенно обычное дело, ошибки исправлять по контексту. А вот существует ли подобный феномен в микромире живой клетки, и доступно ли такое редактирование Рибосомой - это все еще малоизученный вопрос.

ПГ: учтите, что все три аминокислоты кодируются сиом кодонами, но одна из аминокислот, Серин, кодируется и син кодонами семейства TC, и сиомами тоже - AGT и AGC. Это может создать проблемы. По рамке считывания невозможно понять, о каком серине идет речь и каким кодоном, син или сиом, он избыточно кодируется по этим обоим векторам.
Если же заменять в сиомах глицина - CAA и CAG хоть по одному нуклеотиду, можно все три сразу, то контекст мРНК виртуально все вернет на CAA и CAG. Свечение останется. Тоже будет результат, и не плохой. Двойной. Во-первых, докажем, что такие замены виртуально компенсируются с возвратом на псевдо CAA и CAG. Во-вторых будет очень демонстративно - кодоны глицина изменены, но вопреки ожиданию, свечение осталось. Но как доказать, что замены нуклеотидов в триплетАХ БЫЛИ? Это можно доказать по конечному результату – свечение осталось, хотя замены были, но были проигнорированы за счет мРНК контекстных ВИРТУАЛЬНЫХ перекодировок. Невещественная Виртуальность здесь заменяется на вещественную Реальность на уровне трансляции ТАКОЙ мРНК в нормальный ЗФП без замен аминокислот.

ХХХ: Предлагаете, что можно заменить один из этих кодонов так чтобы по классической теории произошла замена аминокислоты и потеря функции...

ПГ: не произойдет замены аминокислоты, несмотря на замены нуклеотидов. Повторяю, сработает компенсирующий контекст мРНК. Будут работать виртуальные, как бы не измененные, кодоны. Можно сформулировать правило: Сиомы в каждом классе кодонов, при виртуальных изменениях 3’-нуклеотидов, инвариантны по смыслам, задаваемых мРНК.


ХХХ: верно, по СИОМ-теории произойдет перекодировка согласно контексту мРНК, который требует в этом месте совершенно определенную аминокислоту. Иначе, при ее замене на любую другую белок не будет светиться, то есть потеряет функциональность.

ПГ: Ну вот, Вы поняли главное.

ХХХ: Эту замену легко сделать, и получить результат, светится или нет.. Этот эксперимент может доказать именно существование самого феномена такого контекстного управления значением кодона в процессе рибосомной трансляции.
Ну это примерно как если бы человек переводил с одного языка на другой и исправлял бы ошибки в исходнике исходя из контекста фраз. В человеческом мире это совершенно обычное дело, ошибки исправлять по контексту. А вот существует ли подобный феномен в микромире живой клетки, и доступно ли такое редактирование Рибосоме - это все еще малоизученный вопрос.

ПГ: Уже кое что получено и опубликовано. Но теория этого феномена, что предлагаю в наших публикациях, базируется все-таки на экспериментах, хотя и не понятых в русле наших идей, но подтверждающих такие идеи. Это первый и ключевой эксперимент начала 60-х прошлого века группы М.Ниренберга, когда они получили, что кодон UUU одновременно кодирует ФАЛ и ЛЕЙ, что противоречило их догме об однозначном кодировании аминокислот. Затем работа Прюитта, Лолли и др. 1995г., где, к большому удивлению, оказалось, что ген Hot Head Арабидопсиса, в зависимости от своего положения в геноме, может запускать совершенно разные биоморфогенезы этого растения. Это повергло в смущение генетиков и было расценено как уход от Менделя. И наконец, работа Туранова и др., 2009г., корректно и изящно доказавших, что сиом кодон UGA, семейства UG, у реснитчатой инфузории, может одновременно (в зависимости от наличия контекстной указательной палиндромой шпильки на мРНК) кодировать ОДНОВРЕМЕННО РАЗНЫЕ АМИНОКИСЛОТЫ - цистеин и селеноцистеин. Что перекликается с упомянутой классической работой группы М.Ниренберга относительно сиома – UUU.

ПГ: Кстати, о гене ЗФП из медузы Эквореи. Есть таблица ген кода Эвореи? Ведь мы мы же ориентируемся на «стандартную Таблицу» по E.coli. А если они различаются как диалекты?

ХХХ: Это уже сильно переделанный код, это для растений код. И в растениях он прекрасно работает, то есть контекст в них читается . Рибосома знает что это за белок и какие аминокислоты в нем самые важные. Вот в этом сила .. она знает что читает

Сообщение было отредактировано trava - 01.10.2019 18:45
Участник оффлайн! trava
Участник



 прочитанное сообщение 01.10.2019 12:09     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #2 множественное цитирование

Этой теме, вероятно, предстоит быть, увы, стертой, как это произошло с многими моими темами здесь. Пока этого нет, подумайте над реализацией предлагаемого. Если такое демонстративное доказательство будет получено (косвенные уже есть (см. цит. статьи)), то восприятие кода белков, мягко говоря, будет иным. Что, скажу еще более мягко, существенно.
Участник оффлайн! avor
moderator



 прочитанное сообщение 03.10.2019 06:18     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #3 множественное цитирование

Ваши темы Петр Петрович не удаляются, а закрываются. Потому что ничего кроме грязной ругани ваши посты у сообщества форума не вызывают. Вы уже давно ведете монолог сам с собой. И никак не можете понять, что на все ваши посты ответом будет либо грязная ругань, либо непробиваемая стена молчания. Можете продолжать биться как муха в стекло. У нее хоть генетически обусловленный инстинкт, а у вас?
Я по прежнему не буду удалять ваши темы, а буду их закрывать, после того, как вам пару раз плюнут в лицо.

Всего благодарностей: 1Поблагодарили (1): Bern5
   *
« Предыдущая тема · Молекулярная и клеточная биология · Следующая тема »
Закрытая темаСоздать новую тему

Rambler   molbiol.ru - методы, информация и программы для молекулярных биологов              

 ·  Викимарт - все интернет-магазины в одном месте  ·  Доска объявлений Board.com.ua  · 
--- сервер арендован в компании Hetzner Online, Германия ---
--- администрирование сервера: Intervipnet ---

Хеликон · Диаэм · ИнтерЛабСервис · Beckman Coulter · SkyGen · ОПТЭК · BIOCAD · Евроген · Синтол · БиоЛайн · Sartorius · Химэксперт · СибЭнзим · Tecan · Даниес · НПП "ТРИС" · Биалекса · ФизЛабПрибор · Genotek · АТГ Сервис Ген · Биоген-Аналитика
Ваш форум  ·  redactor@molbiol.ru  ·  реклама  ·  Дата и время: 28.03.24 18:49
Bridged By IpbWiki: Integration Of Invision Power Board and MediaWiki © GlobalSoft