Molbiol.ru | О проекте | Справочник | Методы | Растворы | Расчёты | Литература | Орг.вопросы Web | Фирмы | Coffee break | Картинки | Работы и услуги | Биржа труда | Zbio-wiki NG SEQUENCING · ЖИЗНЬ РАСТЕНИЙ · БИОХИМИЯ · ГОРОДСКИЕ КОМАРЫ · А.А.ЛЮБИЩЕВ · ЗООМУЗЕЙ Темы за 24 часа [ Вход* | Регистрация* ] Форум: | |
trava Участник |
ПГ: Теоретическая (расширенная) гипотетическая модель (ТМ) генетического кодирования белков изложена ПГ, в частности, в статьях: Сущность ТМ, в аспекте планируемого эксперимента заключается в следующем. Принято, что кодоны т.н. стандартной модели белкового кода Ниренберга-Крика в своих шифрующих свойствах и возможностях СТАБИЛЬНЫ. За некоторыми исключениями. ПГ предполагает и доказывает, что это не так (см. статьи). Встала задача поставить in vitro эксперимент, однозначно доказывающий, что перекодировки имеют место. Эксперимент с использованием зеленого флуоресцирующего белка (ЗФП). Можно взять рамку ДНК последовательности, кодирующую активную часть белка ЗФП. Выбрать в ней ключевые кодоны аминокислот, ответственные за флуоресценцию, и сделать в них замены нуклеотидов в 1-й, 2-й и 3-й позициях на другие нуклеотиды. Или заменить только в одной из позиций. Какие кодоны выбрать и в каких из 3-х позиций сделать замены нуклеотидов? уже была наша идея заменить стартовый метиониновый кодон в рамке ГФП. Но можно заменить и другой, например, триптофановый кодон… ХХХ: Какие будут соображения по поводу триптофанового кодона ? Ведь это очень частый элемент в центре катализа ферментов. Не будет ли Триптофан таким супер-кандидатом на роль Единого Универсального Кодона который определяется рибосомой не по буквальному смыслу его триплета, а по контексту белковой мРНК (что следует из предположения ПГ). ПГ: Отчего же, давайте облюбуем сиом триптофана. Поменяем в сиоме все 3 буквы.Триптофан в син кодонах не фигурирует. Поменяем в его сиоме 2-ю букву G на C. Должны получить син кодон СЕРИНА. Это тем более интересно, что сиом TGA, рассматриваемого семейства TG, шифрует СТОП. ХХХ: Ну хорошо вот у нас есть зеленый ЗФП у него активный центр формируется из 3 аминокислот тирозина , серина и глицина…Предлагайте как можно заменить один из ИХ кодонов так чтобы по классической теории произошла бы замена аминокислоты и потеря функции ГФП, а по СИОМ-теории произойдет перекодировка согласно контексту мРНК , который требует в этом месте совершенно определенную аминокислоту. Иначе, при ее замене на любую другую белок не будет светиться, то есть потеряет функциональность. Эту замену легко сделать, и получить результат, светится или нет.. Этот эксперимент может доказать именно существование самого феномена такого контекстного управления значением кодона в процессе рибосомной трансляции, (что следует из гипотезы ПГ). Ну, это примерно как если бы человек переводил с одного языка на другой и исправлял бы ошибки в исходнике исходя из контекста фраз. В человеческом мире это совершенно обычное дело, ошибки исправлять по контексту. А вот существует ли подобный феномен в микромире живой клетки, и доступно ли такое редактирование Рибосомой - это все еще малоизученный вопрос. ПГ: учтите, что все три аминокислоты кодируются сиом кодонами, но одна из аминокислот, Серин, кодируется и син кодонами семейства TC, и сиомами тоже - AGT и AGC. Это может создать проблемы. По рамке считывания невозможно понять, о каком серине идет речь и каким кодоном, син или сиом, он избыточно кодируется по этим обоим векторам. Если же заменять в сиомах глицина - CAA и CAG хоть по одному нуклеотиду, можно все три сразу, то контекст мРНК виртуально все вернет на CAA и CAG. Свечение останется. Тоже будет результат, и не плохой. Двойной. Во-первых, докажем, что такие замены виртуально компенсируются с возвратом на псевдо CAA и CAG. Во-вторых будет очень демонстративно - кодоны глицина изменены, но вопреки ожиданию, свечение осталось. Но как доказать, что замены нуклеотидов в триплетАХ БЫЛИ? Это можно доказать по конечному результату – свечение осталось, хотя замены были, но были проигнорированы за счет мРНК контекстных ВИРТУАЛЬНЫХ перекодировок. Невещественная Виртуальность здесь заменяется на вещественную Реальность на уровне трансляции ТАКОЙ мРНК в нормальный ЗФП без замен аминокислот. ХХХ: Предлагаете, что можно заменить один из этих кодонов так чтобы по классической теории произошла замена аминокислоты и потеря функции... ПГ: не произойдет замены аминокислоты, несмотря на замены нуклеотидов. Повторяю, сработает компенсирующий контекст мРНК. Будут работать виртуальные, как бы не измененные, кодоны. Можно сформулировать правило: Сиомы в каждом классе кодонов, при виртуальных изменениях 3’-нуклеотидов, инвариантны по смыслам, задаваемых мРНК. ХХХ: верно, по СИОМ-теории произойдет перекодировка согласно контексту мРНК, который требует в этом месте совершенно определенную аминокислоту. Иначе, при ее замене на любую другую белок не будет светиться, то есть потеряет функциональность. ПГ: Ну вот, Вы поняли главное. ХХХ: Эту замену легко сделать, и получить результат, светится или нет.. Этот эксперимент может доказать именно существование самого феномена такого контекстного управления значением кодона в процессе рибосомной трансляции. Ну это примерно как если бы человек переводил с одного языка на другой и исправлял бы ошибки в исходнике исходя из контекста фраз. В человеческом мире это совершенно обычное дело, ошибки исправлять по контексту. А вот существует ли подобный феномен в микромире живой клетки, и доступно ли такое редактирование Рибосоме - это все еще малоизученный вопрос. ПГ: Уже кое что получено и опубликовано. Но теория этого феномена, что предлагаю в наших публикациях, базируется все-таки на экспериментах, хотя и не понятых в русле наших идей, но подтверждающих такие идеи. Это первый и ключевой эксперимент начала 60-х прошлого века группы М.Ниренберга, когда они получили, что кодон UUU одновременно кодирует ФАЛ и ЛЕЙ, что противоречило их догме об однозначном кодировании аминокислот. Затем работа Прюитта, Лолли и др. 1995г., где, к большому удивлению, оказалось, что ген Hot Head Арабидопсиса, в зависимости от своего положения в геноме, может запускать совершенно разные биоморфогенезы этого растения. Это повергло в смущение генетиков и было расценено как уход от Менделя. И наконец, работа Туранова и др., 2009г., корректно и изящно доказавших, что сиом кодон UGA, семейства UG, у реснитчатой инфузории, может одновременно (в зависимости от наличия контекстной указательной палиндромой шпильки на мРНК) кодировать ОДНОВРЕМЕННО РАЗНЫЕ АМИНОКИСЛОТЫ - цистеин и селеноцистеин. Что перекликается с упомянутой классической работой группы М.Ниренберга относительно сиома – UUU. ПГ: Кстати, о гене ЗФП из медузы Эквореи. Есть таблица ген кода Эвореи? Ведь мы мы же ориентируемся на «стандартную Таблицу» по E.coli. А если они различаются как диалекты? ХХХ: Это уже сильно переделанный код, это для растений код. И в растениях он прекрасно работает, то есть контекст в них читается . Рибосома знает что это за белок и какие аминокислоты в нем самые важные. Вот в этом сила .. она знает что читает Сообщение было отредактировано trava - 01.10.2019 18:45 |
trava Участник |
|
avor moderator |
Я по прежнему не буду удалять ваши темы, а буду их закрывать, после того, как вам пару раз плюнут в лицо.
|
« Предыдущая тема · Молекулярная и клеточная биология · Следующая тема » |