Molbiol.ru | О проекте | Справочник | Методы | Растворы | Расчёты | Литература | Орг.вопросы Web | Фирмы | Coffee break | Картинки | Работы и услуги | Биржа труда | Zbio-wiki NG SEQUENCING · ЖИЗНЬ РАСТЕНИЙ · БИОХИМИЯ · ГОРОДСКИЕ КОМАРЫ · А.А.ЛЮБИЩЕВ · ЗООМУЗЕЙ Темы за 24 часа [ Вход* | Регистрация* ] Форум: | |
plantago Постоянный участник |
hla<-read.csv("mydata.csv", header=TRUE, rawnames=1) Параметра "rawnames" у read.csv() нет. Есть row.names. Вполне серьезно может быть, что причина в этом. Но лучше всего, конечно, посмотреть на конкретные данные и конкретную реакцию системы. |
Yason Новосибирская обл., Кольцово |
я сегодня еще раз внимательно проверил все численные значения и обнаружил в одной строке (из 2500!) таблицы ошибку, после исправления все заработало! но не надейтесь , если у меня что-то не получится, снова буду мучить вас вопросами! |
plantago Постоянный участник |
|
Guest IP-штамп: frJ/gLlym1jOE гость |
|
plantago Постоянный участник |
|
Pryanik Постоянный участник Redwood City, California |
> source("hello.c") Error in parse(file, n = -1, NULL, "?", srcfile, encoding) : hello.c: syntax error, unexpected SYMBOL, expecting '\n' or ';' at 2: #include<stdio.h> Тект проги стандартный #include<stdio.h> int main(){ printf("Hello, People!\n"); return 0; } |
plantago Постоянный участник |
1) Сначала надо скомилировать C в DLL (или SO, если используется *NIX), при помощи R CMD SHLIB в командной строке. 2) Потом надо загрузить получившийся файл функцией dyn.load("hello.dll") 3) Потом надо вызвать его при помощи .C(), .External() или тому подобных функций. |
guest: Pryanik IP-штамп: frsgB6QvPHhG. гость |
До этого только пользовалась, но никогда не програмировала ничего сложного. А тут приходится. У меня сейчас Mac, если это важно, уже аж второй ден. |
plantago Постоянный участник |
Там есть очень простой пример (и не один), попробуйте и напишите, получилось ли. |
plantago Постоянный участник |
|
Guest IP-штамп: fr/154kZboPvM гость |
Я делала все по тексту. Все работает. |
plantago Постоянный участник |
Вообще говоря, Xcode -- это универсальное средство разработки (в основном на C/C++, но есть и Python), выпускаемое фирмой Apple для Mac (скачивается с их сайта бесплатно и/или устанавливается вместе с дистрибутивом операционки). |
Guest IP-штамп: fr/154kZboPvM гость |
|
Guest IP-штамп: fr/154kZboPvM гость |
|
Guest IP-штамп: frsgB6QvPHhG. гость |
|
plantago Постоянный участник |
|
Pryanik Постоянный участник Redwood City, California |
ага. функции можно просто так использовать. хоть отделным фаилом подключать, хоть все в одном описывать. А как с библиотеками быть, так и не знаю... |
plantago Постоянный участник |
|
Pryanik Постоянный участник Redwood City, California |
Функции сишные. Например я реализую какую-нибудь функцию, а потом ее исполсую в другои, которую из R вызываю. Я это имела в виду. Или, на пример, обьекты. Если у меня описан класс, а моя ф-ция, которую я потом из R вызываю, имеет аргумент такого типа. Как мне в .С этот аргумент обозначать? |
plantago Постоянный участник |
|
Guest IP-штамп: frsgB6QvPHhG. гость |
В обсчем, зря вас потревогила. Все и так работает. Просто для math.h специалное имя. Вот я и решила, что для остальных библиотек тоге. |
Guest IP-штамп: frsgB6QvPHhG. гость |
я имею в виду детекцию сайтов или lineages, находящихся под положительной селекцией. |
plantago Постоянный участник |
|
smirnovatatiana Участник Москва |
|
smirnovatatiana Участник Москва |
На самом деле мне вот что нужно: есть измерения свечения митохондрий в динамике (куча митохондрий, из разных клеток, с разных опытов), кажется в виде css, или что там AnalyzeParticle в ImageJ на выход дает... Для начала нужно найти те митохондрии, свечение которых давало скачкИ. Все банально, но очень уж их много, потому как из картинки вытаскиваются (почти)автоматически, это я вроде почти победила, ура... Таблички тоже хочется все скопом, но просто опыта работы с более спец программами чем редактор таблиц - ноль, никогда не сталкивалась. "Статистика", явно, выход, но вся остальная жизнь в линуксе, переезжать неохота (( спасибо большое. |
plantago Постоянный участник |
Но раз у Вас такие объемы данных (кстати, какие?), то может быть, лучше вот это -- Правильно ли я понимаю, что нахождение скачков -- это фактически поиск локальных максимумов (или минимумов)? |
Guest IP-штамп: frlbfbSqS0Xpc гость |
а где можно Ваш перевод найти? Объемы - ожидаю порядка 5-30тыс функций, каждая по 20-100 точкам, разбиты на группы (митохондрии в одной клетке) по 50-100примерно. Скачки - это разница между соседними значениями, по величине бОльшая, чем порог. Это - отбор претендентов на рассмотрение. Дальше - проверка всех функций той же группы на наличии каких-либо перепадов, в т.чл. низкоамплитудных, в то же время что и найденный всплеск. После этого хочу посмотреть на графики, а потом уже все остальное Вообще я правильно поняла что R??? |
plantago Постоянный участник |
Объемы серьезные, но R должен справиться. Скачки - это разница между соседними значениями, по величине бОльшая, чем порог. А, ну это легко. Предположим, у Вас такие числа: 1,5,17,45,97,183,192. Порог -- 25. Тогда делаем в R: CODE x <- c(1,5,17,45,97,183,192) which(c(0, diff(x)) > 25) [1] 4 5 6 4,5,6 -- номера значений, превышающие порог. Вообще я правильно поняла что R??? Вопрос не понял |
Guest IP-штамп: frlbfbSqS0Xpc гость |
Осталось понять чего собственно надо-то))))) Огромное спасибо! R рулит! потом еще вернусь, с глупыми вопросами. |
Pryanik Постоянный участник Redwood City, California |
У меня в С++ используется gsl. Могет быть кто-то знает пакеты, в которых в С коде изпользуется эта библиотека? |
plantago Постоянный участник |
|
Pryanik Постоянный участник Redwood City, California |
|
Guest IP-штамп: fryZ/qrb5F46U гость |
|
Pryanik Постоянный участник Redwood City, California |
> hist(c,col=c("red", "blue","green","red", "white","white")) |
Guest IP-штамп: fryZ/qrb5F46U гость |
(Pryanik @ 18.01.2008 20:53) Спасибо, Полин. |
Pryanik Постоянный участник Redwood City, California |
Посмотрела бегло на сайтах R и BioC, но что-то ничего не обнаружила, можек кто пользовал, знает. |
guest: Гость IP-штамп: frWKJDy/LYDTI гость |
Вопрос по установке RCommander: что необходимо сделать, чтобы при повторной усановке не загружались повторно необходимые пакеты. Дело в том, что при указании установки из имеющихся zip-архивов, все необходимые (и уже скаченные) пакеты не устанавливаются. R 2.7.0 для win32, R-Commander 1.3-14 |
plantago Постоянный участник |
|
guest: гость IP-штамп: frW307qpdi9Y. гость |
(plantago @ 28.05.2008 06:12) Я прочитал Ваше сообщение несколько раз, но так ничего и не понял. Попробуйте, пожалуйста, описать по пунктам, что Вы делаете и что Вы хотите получить. Прошу прошения за предыдущее сообщение. Проблема в следующем: Имеются zip-арихивы, которые автоматически были скачены при установке RCommander. При установке R Commander на другой компьютер, указывается расположение пакетов в локальных zip-архивах. В консоли получаем следущее: > local({pkg <- select.list(sort(.packages(all.available = TRUE))) + if(nchar(pkg)) library(pkg, character.only=TRUE)}) Загрузка требуемого пакета: tcltk Загружаю интерфейс Tcl/Tk... готово Error in gzfile(file, "r") : не могу открыть соединение Версия R Commander 1.3-13 Присоединяю пакет: 'Rcmdr' The following object(s) are masked from package:tcltk : ttkentry, ttkframe, ttkradiobutton, ttkscrollbar Вопрос: что необходимо для устанвки R Commander без подключения к интернету и повторного скачивания необходимых пакетов? WinXP SP2, R 2.7.0, 1.3-13 Заранее благодарен! |
plantago Постоянный участник |
|
plantago Постоянный участник |
|
noname00 IP-штамп: frvV0fzYMQ6OM гость |
|
plantago Постоянный участник |
|
Guest IP-штамп: fr2xr88Bl6P2w гость |
(plantago @ 20.06.2008 03:38) Спасибо за расшифровку Хотелось бы увидеть упорядоченную структуру по темам. |
Rjhdby IP-штамп: frHsfED3qzRFc гость |
CODE --X1--X2--X3--X4--X5 A 1 1 1 7 1 B 15 0 0 4 0 C 1 7 1 41 5 D 3 0 2 0 3 Допустим "вес" элемента определяется следующим образом X?=A+B+C+D Как мне отсортировать этот массив по "весам"? CODE --X4--X1--X5--X2--X3 A 7 1 1 1 1 B 4 15 0 0 0 C 41 1 5 7 1 D 0 3 3 0 2 |
plantago Постоянный участник |
CODE > a <- data.frame(X1=c(1,15,1,3), X2=c(1,0,7,0), X3=c(1,0,1,2), X4=c(7,4,41,0), X5=c(1,0,5,3)) > row.names(a) <- c("A","B","C","D") > a[,rev(order(colSums(a)))] X4 X1 X5 X2 X3 A 7 1 1 1 1 B 4 15 0 0 0 C 41 1 5 7 1 D 0 3 3 0 2 |
Rjhdby IP-штамп: frHsfED3qzRFc гость |
|
guest: LuK IP-штамп: frRAbmeRhS4Qw гость |
Все книги лежат одним архивом формата 7z на файлообменнике по адресу: Список книг: Baayen R. Analyzing Linguistic Data - A Practical Introduction to Statistics using R.pdf Chambers J. Software for Data Analysis - Programming with R.pdf Crawley M. The R Book.pdf Dalgaard P. Introductory statistics with R.pdf Everitt B. et al. A Handbook of Statistical Analyses Using R.pdf Kause A. et al. The Basics of S and S-Plus.pdf Maindonald J. et al. Data Analysis and Graphics Using R.djvu Marques J. Applied Statistics Using SPSS, STATISTICA, MATLAB and R.pdf Murrell P. R Graphics.pdf Sarkar D. Lattice - Multivariate Data Visualization with R.pdf Seefeld K. et al. Statistics Using R with Biological Examples.pdf Spector P. Data Manipulation with R.pdf Venables W. et al. Modern applied statistics with S.pdf Venables W. et al. S Programming.pdf Venables W., Smith D. An Introduction to R.pdf
|
zollin |
кто-нибудь знает как в R можно проводить множественные сравнения непараметриченскими методами, т.е. в каких пакетах имеются необходимые функции? UPD: Уже нашел пакет Сообщение было отредактировано zollin - 22.09.2008 19:34 |
plantago Постоянный участник |
|
« Предыдущая тема · Биофизика и матметоды в биологии · Следующая тема » |