Rambler's Top100
Лёгкая версия форума* Виртуальная клавиатура  English  
Molbiol.ru | О проекте | Справочник | Методы | Растворы | Расчёты | Литература | Орг.вопросы
Web | Фирмы | Coffee break | Картинки | Работы и услуги | Биржа труда | Междисциплинарный биологический онлайн-журналZbio-wiki

NG SEQUENCING · ЖИЗНЬ РАСТЕНИЙ · БИОХИМИЯ · ГОРОДСКИЕ КОМАРЫ · А.А.ЛЮБИЩЕВ · ЗООМУЗЕЙ


Темы за 24 часа  [ Вход* | Регистрация* ]  
   



Форум: 
 

Щёлкните, чтобы внести в Избранные Темы* Специализированные компьютеры в биоинформатике
Операции: Хочу стать куратором* · Подписаться на тему* · Отправить страницу по e-mail · Версия для печати*
Внешний вид:* Схема · [ Стандартный ] · +Перв.сообщ.


 
Добавить сообщение в темуСоздать новую темуСоздать голосование
Участник оффлайн! Nea14




 прочитанное сообщение 27.08.2015 00:22     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #1 множественное цитирование

Применяются ли в современной биоинформатике компьютеры, которые имеют специализированную внутреннюю структуру специально для решения конкретных задач? Не забыли ли об этой возможности в науке и кто бы взялся за подобный проект?

Грубо говоря, если процессор обычного компьютера за 1 такт может сделать 1 операцию сложения, проверки условия или прочее, то специализированный процессор был бы рассчитан за 1 такт, например, оценить качество выравниваний последовательностей ДНК. Это может быть эффективнее параллельных вычислений сотнями обычных процессоров на суперкомпьютерах. Спроектировать и создать спец компьютеры для решения определённых задач недорого и несложно, т.к. их внутреннее устройство может быть значительно проще, чем у универсальных, и это может компенсировать такой минус, как неуниверсальность.

К тому же, есть разработки компьютеров, которые меняют своё внутреннее устройство под разные задачи в процессе работы, так что это "железо" было бы лишено недостатка в универсальности (например, Automata Micron, о судьбе которой мне не ясно), зато вот оно, может быть, дороже.
Участник оффлайн! Sailfish




 прочитанное сообщение 27.08.2015 00:44     Сообщение для модератора         Личное письмо
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #2 множественное цитирование

(Nea14 @ 26.08.2015 22:22)
Ссылка на исходное сообщението специализированный процессор был бы рассчитан за 1 такт, например, оценить качество выравниваний последовательностей ДНК.

На аппаратном уровне?
Участник оффлайн! фигли




 прочитанное сообщение Сообщение на английском  27.08.2015 02:17     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #3 множественное цитирование

https://ru.wikipedia.org/wiki/%D0%9A%D0%B2%...%82%D0%B5%D1%80
Участник оффлайн! Mont
Постоянный участник
уже не Montreal - но это не важно...



 прочитанное сообщение 27.08.2015 04:30     Сообщение для модератора         Фотография  Личное письмо  Web-адрес
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #4 множественное цитирование

Гораздо проще и эффективнее собрать параллельно несколько сотен обычных процессоров и считать на таких монстрах. Единственная проблема - это эффективный отвод тепла... Тем не менее - таких монстров уже сотни (если не тысячи) и загружены они обычно под завязку - например, считают структуры терапевтических антител после направленного точечного мутагенеза с тем, чтобы получать антитела с заданными аффинностью и авидностью. Применяется это настолько широко и рутинно, что уже целое направление в фармацевтике создали - "bio-betters", т.е. улучшенные копии уже существующих антител.
Участник оффлайн! Nastja
Постоянный участник
Новосибирск



 прочитанное сообщение 27.08.2015 08:22     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #5 множественное цитирование

Для молекулярной динамики есть такие, самого известного зовут Anton.
Участник оффлайн! Sergeant
Постоянный участник



 прочитанное сообщение 27.08.2015 12:26     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #6 множественное цитирование

Делать специализированный ПРОЦЕССОР под биоинфирматику нет никакого смысла.
Обычно бутылочным горлышком в бионформатике выступает память, а не процессор. Если нужно перемалывать процессором много арифметики, то с этим лучше справляется мощная видекарточка.
А для рутины в бионформатики подойдет обычный многопроцессорный сервер с минимумом 1024 Gb RAM с LINUX.

Всего благодарностей: 1Поблагодарили (1): NMR-guy
Участник оффлайн! гандацит




 прочитанное сообщение 31.08.2015 00:24     Сообщение для модератора         Личное письмо
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #7 множественное цитирование

а что лучше для математики, хеон или оптерон? интересует номинальная производительность. ну понятно, ксенон лучше. А если денег нет, можно ли испоьзовать оперон вместо зеона без существенной просадки прос-ти?
Участник оффлайн! ААМ




 прочитанное сообщение 03.09.2015 16:49     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #8 множественное цитирование

В середине 90-х был разработан спец процессор для алгоритма Смита-Ватермана (локальное выравнивание) Поиск по генбаку по времени был сравним с BLAST, а точность гораздо выше. Однако из-за малой тиражности этот процессор (реализованный в виде платы расширения к PC) стоил около 80к. Им пользовались некоторые компании. Сейчас, насколько я знаю, дело заглохло. Сейчас есть спец. компьютеры для мол.динамики. Там каждый атом представлен отдельным процессором. Однако, опять же из-за малой тиражности, это очень дорого. В биоинформатике иногда используют возможности граф-процессоров, способных выполнять простейшие операции над целыми массивами (технология CUDA). А вообще это не очень эффективно - слишком часто меняется характер данных и алгоритмы, к тому же опять проблема малой тиражности.
guest: great
IP-штамп: frj5GEfdEWR5M
гость



 прочитанное сообщение Сообщение на английском  31.10.2018 17:47     Сообщение для модератора       
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #9 множественное цитирование

The information you have posted is very useful. The sites you have referred was good. Thanks for sharing.
http://www.dudcard.com
Участник оффлайн! KCN
Постоянный участник
Київ. Україна понад усе! / DELETED



 прочитанное сообщение 26.12.2018 12:36     Сообщение для модератора         Фотография  Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #10 множественное цитирование

Вопрос с процессором так же актуален.
1. Адресация памяти ( меньшая поддержка объема ОЗУ у x32 по сравнению с x64, но если у вас линукс, ситуацию более 4Гб спасает ядро с PAE).

2. РАЗРЯДНОСТЬ. Количество бит, которые процессор может взять за один такт. Можно протестировать на преобразованиях Фурье.
128 бит
x32 сильно уступают x64, а те в свою очередь - x128.
Вообще, 128 разрядные процессоры не новость.
Но вот, например Процессор 9 - русская разработка

*




Кнопка "Транслит" перекодирует
текст из транслита в кирилицу.
Правила перекодировки здесь;
текст в квадратных скобках'[]'
не преобразуется.
Имя:

 преобразовывать смайлики · показать смайлики
Назначение кнопок:

   Поблагодарить автора сообщения — поблагодарить автора
   Удалить сообщение — удалить
   Редактировать сообщение — редактировать
   Поместить сообщение в колонку новостей — поместить в колонку новостей
   Цитировать — цитировать сообщение
   не входит в цитирование/входит в цитирование — цитировать несколько
   Отметить СПАМ-сообщение — обозначить спам
   Сообщение для модератора — связь с модератором
   Участник онлайн!/Участник оффлайн! — автор онлайн/оффлайн
   Фотография — фотография автора

   - остальные обозначения -
 
   *
« Предыдущая тема · Биофизика и матметоды в биологии · Следующая тема »
Быстрый ответДобавить сообщение в темуСоздать новую тему

Rambler   molbiol.ru - методы, информация и программы для молекулярных биологов              

 ·  Викимарт - все интернет-магазины в одном месте  ·  Доска объявлений Board.com.ua  · 
--- сервер арендован в компании Hetzner Online, Германия ---
--- администрирование сервера: Intervipnet ---

Хеликон · Диаэм · ИнтерЛабСервис · Beckman Coulter · SkyGen · ОПТЭК · BIOCAD · Евроген · Синтол · БиоЛайн · Sartorius · Химэксперт · СибЭнзим · Tecan · Даниес · НПП "ТРИС" · Биалекса · ФизЛабПрибор · Genotek · АТГ Сервис Ген · Биоген-Аналитика
Ваш форум  ·  redactor@molbiol.ru  ·  реклама  ·  Дата и время: 14.12.19 21:41
Bridged By IpbWiki: Integration Of Invision Power Board and MediaWiki © GlobalSoft