Herba · Конференции · Альгология · Фото растений · Изображения растений · Миксомицеты Иконотека · Живые растения · Биокартинки · Образцы гербария · Материалы А.Шипунова Темы за 24 часа [ Вход* | Регистрация* ] Форум: | |
Kovalevsky Постоянный участник |
Файл/ы:
|
lesha74 Постоянный участник |
(plantago @ 26.01.2008 03:34) Новости систематики и эволюции Вышел номер журнала "Zootaxa", посвященный юбилею Линнея и заодно систематике различных групп животных -- Большинство статей -- в свободном доступе. Вы не подскажете, есть ли где-то среди этих статей, и если есть то среди каких, данные (археологические или молекулярные) о первых появлениях каких-либо типов, либо надтипов, либо классов? |
plantago moderator |
|
grumbler Постоянный участник |
|
lesha74 Постоянный участник |
(plantago) Хороший обзор по проблеме происхождения эукариот опубликован в Nature (http://www.nature.com/nature/journal/v440/n7084/abs/nature04546.html). Не скажете, нет ли там данных о времени появления (либо по археологическим, либо по молекулярным данным) тех или иных типов или надтипов или классов? Если есть, то не выложите статью на форуме?
|
plantago moderator |
|
Juglans Постоянный участник |
Описание нового фотосинтетического представителя Альвеолят (Alveolata) -- группы, которая включает инфузорий, динофлагеллят и паразитических споровиков (Apicomplexa) -- опубликовано в сегодняшнем номере Nature. Замечу, что данная схема – хорошая иллюстрация того, что "экономные модели" эволюции не поддерживаются молекулярными данными (посмотрите на число гомоплазий). Сообщение было отредактировано Juglans - 23.02.2008 18:18
|
plantago moderator |
26 февраля в интернет были выложены первые страницы «Энциклопедии жизни» ( (Из статьи П.Н.Петрова с сайта "Элементы" -- === От себя добавлю, что требуется помощь в переводе интерфейса энциклопедии на русский язык. Ориентировочные сроки -- май-июль 2008 г.
Сообщение в колонке новостей, раздел "Наука: общая и молекулярная биология" 05.03.2008 22:18 |
taniusha Участник Санкт-Петербург |
|
Juglans Постоянный участник |
|
taniusha Участник Санкт-Петербург |
|
plantago moderator |
(taniusha @ 06.03.2008 03:11) Я бы не отказалась помочь в таком благородном деле, как перевод интерфейса. Только хотелось бы узнать - для этого достаточно знать английский или ещё нужны какие-то знания по созданию веб-страниц? Спасибо! Для этого надо знать английский и русский и немножко биологию. Тогда ближе к делу я Вам напишу? |
plantago moderator |
(Juglans @ 06.03.2008 03:14) Что же произошло? Очень любопытно узнать. |
Guest IP-штамп: frodMfGaga.qM гость |
(plantago @ 06.03.2008 16:55) Спасибо! Для этого надо знать английский и русский и немножко биологию. Тогда ближе к делу я Вам напишу? Ну, английский и русский я знаю, биологию - в объеме биофака СПбГУ. Если это подходит - конечно, пишите. Буду рада помочь
|
taniusha Участник Санкт-Петербург |
|
plantago moderator |
(Guest @ 07.03.2008 03:45) Ну, английский и русский я знаю, биологию - в объеме биофака СПбГУ. Если это подходит - конечно, пишите. Буду рада помочь Разумеется, подходит. Кстати, коллеги очень обрадовались, что есть желающие переводить. Кого бы еще найти с украинским (и может быть, белорусским и казахским) языками? |
Juglans Постоянный участник |
В моем случае американцы прохладно отнеслись к Tree of Life, а европейцы в отместку прохладно отнеслись к американскому проекту. |
plantago moderator |
|
Juglans Постоянный участник |
Вообще я скептически отношусь к таким проектам, поскольку масштабного финансирования ожидать не стоит, энтузиастов мало. Был свидетелем того, как специалист поручил составить базу по родам и видам своих postgraduates . Я бы не отказался проверить их список, но мне не предложили. В итоге там ТАК много опечаток и ошибок, что просто жуть. И все это висит уже 4 года, ни у кого нет времени исправлять (т.к. закончились деньги на этот проект). Но даже если выделят много денег, то на них могут "слететься" не слишком сведущие, но бойкие специалисты. |
plantago moderator |
|
plantago moderator |
(taniusha @ 06.03.2008 03:11) Я бы не отказалась помочь в таком благородном деле, как перевод интерфейса. Только хотелось бы узнать - для этого достаточно знать английский или ещё нужны какие-то знания по созданию веб-страниц? В общем, вот те файлы, которые нужно перевести. Один для русского, другой для украинского (ежели будут добровольцы). Там сейчас французский, его надо заменить на русский или украинский. Вот небольшая инфа от Peter Mangiafico: === Attached is the translation file for the bits of the EOL that can be translated. There isn't a nice web interface to do the translations at the moment, so a text editor is required. The file format looks like this: #comment key: phrase to be translated Instructions: 1. The formatting of the file is one phrase per file, with a translated phrase and a "key" that is used in the code to refer to that phrase. 2. Comments are denoted with "#" at the start of the line. 3. The key is always first on each line followed by a colon. The phrase follows the colon. Keys shouldn't be changed of course. 4. The key is usually the same as the phrase that needs to be translated, in lowered case with underscores instead of spaces, except when the phrase is quite long. In that case, the key has been shortened and the phrase to be translated is shown *above* the key in a comment. 5. Some phrases have special brackets in them {like this}. Please leave those brackets and the text inside them *as is* in your translations and just move them to the correct place. The text between the brackets is replaced dynamically by the code (if they text inside the brackets also needs to be translated, it will have it's own key elsewhere). 6. In some cases, it's important that the translation is not longer than the english (for example, text in the menu structure). These special cases are denoted at the top of the file. 7. Please don't add extra characters and use a normal text editor only. Attached are files for German (de.yml), Russian (ru.yml), and Ukrainian (uk.yml). Just change the translations from French to that language! Also, if you can supply the text for your language for the language selection menu that would be good (e.g. the menu that says "English - EN, Francais - FR, Deutch - DE" etc.) We won't worry about text in images for now... === Я только поменял название украинского файла на более правильное "ua.yml", и положил каждый в zip-архив, чтобы движок форума не возражал. Файл/ы:
|
Juglans Постоянный участник |
Бот. журнал. 2007 (1). Т. И. Кравцова. СИСТЕМА СЕМЕЙСТВА URTICACEAE Проведенное сравнительно-карпологическое исследование представителей 44 родов сем. Urticaсеае выявило ряд новых, важных для систематики семейства морфолого-анатомических признаков плода — анатомических признаков перикарпия, семенной кожуры и дополнительного покрова плода, особенностей строения гинецея, вариаций числа и типа плодов, заключенных в обертку, наличия или отсутствия специфических типов плода и семени. Разработана классификация таксономически значимых карпологических структур. Результаты исследования в основном согласуются с системой семейства Weddell (1854 и др.), его делением на трибы, однако свидетельствуют о необходимости переноса родов Hemistylus и Rousselia из трибы Parietarieae в трибу Boehmerieae и исключения из трибы Boehmerieae рода Touchardia. Они подтверждают также предполагаемое Friis (1989, 1993) на основе анализа комплекса морфологических и биохимических признаков близкое родство триб Boehmerieae, Forsskaoleae и Parietarieae. Предложен новый вариант системы семейства, основанный на совокупности всех традиционно используемых признаков и впервые выявленных нами карпологических признаков. Она включает впервые установленные 3 подсемейства Urticoideae, Lecanthoideae и Boehmerioideae и 5 триб, из которых одна (триба Touchardieae) описана нами впервые. В трибе Boehmerieae впервые описаны подтрибы Boehmeriinae и Myriocarpinae. Всем надродовым таксонам присущ специфический комплекс карпологических признаков. Бот. журнал. 2007 (5). Т. И. Кравцова, А. А. Оскольский КЛАДИСТИЧЕСКИЙ АНАЛИЗ СЕМЕЙСТВ URTICACEAE, CECROPIACEAE И MORACEAE НА ОСНОВЕ КАРПОЛОГИЧЕСКИХ ПРИЗНАКОВ Для выяснения филогенетических отношений 55 родов из трех близких семейств Cecropiaceae, Moraceae и Urticaceae предпринят их кладистический анализ по 79 признакам плода, семени и пестичного цветка. Большинство признаков относится к структуре перикарпия и семенной кожуры. На полученной кладограмме представители исследованных семейств образуют по отношению к внешней группе (Ulmaceae) единую кладу, представляющую собой политомию из 4 ветвей: 1) Dorstenia; 2) Ficus; 3) субклады, объединяющей 4 рода трибы Moreae (Morus, Broussonetia, Chlorophora и Madura); и 4) крупной субклады, включающей Urticaceae и Cecropiaceae. Полученные результаты показывают парафилию Moraceae. Они не согласуются с представлениями о Moraceae и Urticaceae + Cecropiaceae как о двух сестринских группах, но подтверждают более тесные родственные связи Cecropiaceae с Urticaceae, чем с Moraceae и обоснованность выделения Cecropiaceae s. str. (за исключением Poikilospermum) в отдельное семейство. В составе Urticaceae + Cecropiaceae выделяются субклады, полностью или частично согласующиеся с трибами сем. Urticaceae (Weddell, 1856—1857, 1869) и подсемействами Urticoideae, Lecanthoideae и Boehmerioideae (Кравцова, 2007); подтверждена возможность переноса родов Hemistylus и Rousselia из Parietarieae в Boehmerieae (Кравцова, 2007). Рассмотрен семофилез некоторых карпологических признаков. Показано, что билатерально симметричные плоды вторичны по отношению к плодам асимметричным. Крыло плода, образованное перикарпием, возникало в исследуемых родах редко, в сем. Ulmaceae (Ulmus) и в некоторых линиях развития Urticaceae. Крыло плода из околоцветника сформировалось в разных линиях развития Urticaceae, а крыло из брактей — у представителей подсем. Boehmerioideae. Отмечена тенденция к уменьшению числа слоев перикарпия от 9 и более до 4 и 3, связанная с уменьшением величины плода. Обнаружено, что слизевые клетки в перикарпии появлялись независимо в разных кладах; среди Urticaceae + Cecropiaceae прослеживается тенденция к увеличению их количества в экзокарпии. Появление слизевых клеток в мезокарпии некоторых Moraceae (Broussonetia, Morus, Chlorophora), а также у Dendrocnide, Urera и Poikilospermum сопряжено с формированием у них сочных плодов. Показано, что перфорированная семенная кожура независимо появляется и исчезает во многих кладах, что не подтверждает мнение Т. Takaso и Н. Tobe (1990) о том, что она представляет собой общую архаичную черту всех Urticales. Хотел бы остановиться на последней статье. Не совсем понятно, почему авторы выбрали WinClada: эвреститческий анализ делает и PAUP, причем при большом числе признаков и видов он может найти более экономные деревья. Я бы понял, если бы авторы использовали главную "фишку" винклады – ratchet-анализ, но они его не используют. Авторы пишут " представители исследованных семейств образуют по отношению к внешней группе (Ulmaceae) единую кладу". Однако Внешним в WinClada может быть только один таксон (в данном анализе это Zelkova) – уже Ulmus оказывается "внутренним" и не имеет большого влияния на определение полярности состояний. В PAUP можно было бы оба рода ильмовых использовать как внешние группы, что, вероятно, могло бы привести к выделению не 4 линий. Вообще тестирование кладограмм на устойчивость через замену внешних групп (хотя бы) – это то, чего не хватает многим исследованиям. Изменение топологии кладограммы может привести и к иной трактовке отдельных семофилезов. |
plantago moderator |
(Juglans @ 12.03.2008 02:32) Спросите у автора (Asafich) |
plantago moderator |
(Juglans @ 12.03.2008 02:32) ....Они не согласуются с представлениями о Moraceae и Urticaceae + Cecropiaceae как о двух сестринских группах, но подтверждают более тесные родственные связи Cecropiaceae с Urticaceae, чем с Moraceae и обоснованность выделения Cecropiaceae s. str. (за исключением Poikilospermum) в отдельное семейство. В принципе, все это уже показано Sytsma et al., 2002: Разумеется, морфологическая поддержка очень полезна. |
Juglans Постоянный участник |
Дело не в морфологической поддержке, а в семофилезах. WinClada имеет более удобный интерфейс, чем PAUP для Windows, дает более наглядные схемы изменения признаков. |
Asafich Постоянный участник St.Petersburg |
Что касается внешних групп, то я пробовал менять местами Zelkova и Ulmus - к существенным изменениям дерева это не приводило.
|
Juglans Постоянный участник |
Чисто внешне типология признаков выглядит очень корректной, но я не специалист, судить трудно. Удивительно то, что вы построили такое неплохое древо только на карпологических признаках. У WinClada просто нет возможности ввода гипотетического предка. В PAUPе это возможно. К чему я это пишу? Вы бы могли ввести ancestor с одним единственным заданным состоянием "перфорированная семенная кожура" и проверить, насколько трактовка японских авторов изменит топологию кладограммы. П.С. Думающий морфолог не может быть доволен компьютерными кладограммами априорно. Но, увы, "с волками жить ..." - свои идеи приходится втолковывать и таким способом.
|
Asafich Постоянный участник St.Petersburg |
Чисто внешне типология признаков выглядит очень корректной, но я не специалист, судить трудно. Там хватает ляпов, но я очень старался У WinClada просто нет возможности ввода гипотетического предка. Разве? Насколько я понимаю, первый таксон в матрице данных автоматически принимается в ней за внешнюю группу. |
lesha74 Постоянный участник |
Подскажите, пожалуйста, в какой таблице брать "правильные" данные о происхождении ряда таксонов из статьи "Fossils and phylogenies: integrating multiple lines of evidence to investigate the origin of early major metazoan lineages" (в прикрепленном файле). Собираю данные о происхождении всех типов и более крупных таксонов. Вроде, в этой статье некоторые из этих данных приведены в двух таблицах (см. прикрепленные файлы с таблицами из этой статьи). К сожалению, я не биолог и не соображу с используемыми в них обозначениями. Так в таблице 1 приведена сначала "таксономическая единица" "Porifera, Silicea" (т.е. две в одной), а потом - таксономическая единица "Porifera". Как это понять? Что означает колонка Stem/crown и, соответственною, что означают приведенные там времена? А в таблице 2 какую колонку следует взять в качестве времени возникновения соответствующей таксономической единицы? Заранее спасибо, Алексей. Картинки: ________1.gif — (10.52к) 14.03.2008 — 28.03.2008 ________2.gif — (8.72к) 14.03.2008 — 28.03.2008 Файл/ы:
|
Juglans Постоянный участник |
Вы путаете ВНЕШНЮЮ ГРУППУ и ГИПОТЕТИЧЕСКОГО ПРЕДКА. Это разные вещи |
Asafich Постоянный участник St.Petersburg |
Вы путаете ВНЕШНЮЮ ГРУППУ и ГИПОТЕТИЧЕСКОГО ПРЕДКА. Это разные вещи Тогда я не понимаю, каков операциональный КЛАДИСТИЧЕСКИЙ смысл понятия "гипотетический предок". Объясните, пожалуйста. |
Kovalevsky Постоянный участник |
(plantago @ 05.03.2008 20:14) === От себя добавлю, что требуется помощь в переводе интерфейса энциклопедии на русский язык. Ориентировочные сроки -- май-июль 2008 г. Украинский перевод у меня практически готов. Конечно, могут быть некоторые ляпы, так как без контекста не всегда можно подобрать оптимальный перевод, да и с падежами непонятно как будет, но файл могу переслать/вывесить на форум хоть сейчас |
plantago moderator |
|
Kovalevsky Постоянный участник |
Файл/ы:
|
Juglans Постоянный участник |
В кладистике существует априорное и апостериорное установление полярности состояний. Первое свойственно классической (хенниговой) кладистике, а второе - компьютерной. Однако PAUP позволяет исследователю установить базальные состояния. Если исследователь имеет свои представления о полярности состояний, которые отличаются от того, что реализуется в кладограмме с привлечением только внешней группы, то он может также ввести в анализ и их. Это непопулярная операция, поскольку противоречит доктрине компьютерного кладизме о недопустимости интуитивных измышлений относительно трансформационных рядов. Но даже теоретики компьютерного кладизма вынуждены признать, что онтогенетический критерий установления апоморфности-плезоиморфности может быть рассмотрен как значимый, даже если он противоречит критерию "внешней группы". В макинтошевской оболочке PAUP имеет очень удобный интерфейс, там ввод предковых состояний прост. Но в Windows нужно входить во внутрь "текста" и вводить предковые состояния таким образом: begin assumptions; ancstates ancestor(vector)= 0000???10??01?00000????00???????1?????; end; ? означает, что полярность этого состояния Вам неизвестна, для всех остальных программа будет исходить из того, что данное состояние имеет базальное положение, даже если это идет в разрез с состоянием внешней группы. Замечу, что не все состояния внешней группы PAUP и Winclada берет как плезиоморфные, а только те, которые поддерживают наиболее экономную кладограмму. Вводя ancestor Вы "насильно" заставляете программу исходить из плезиоморфности указанных состояний. Маленький нюанс: если Вы редактируете данные через Nexus Editor, то он автоматически удаляет предковые состояния, которые были введены через PAUP. Ввод предковых состояний можно сочетать с вводом внешней группы, но можно обходиться и без последней. Это очень важно в тех случаях, когда невозможно указать приемлемую внешнюю группу. Вот, например, если анализировать отдел мхов в целом, то и харовые, и любые другие водоросли в качестве внешней группы не подойдут. Поиск экономной кладограммые без внешней группы может оказаться крайне неадекватным, но ввод даже нескольких предковых состояний (несомненных с точки зрения специалиста) может кардинально изменить ситуацию.
|
Asafich Постоянный участник St.Petersburg |
Большое спасибо за разъяснения! Да, я не знал об этой возможности, надо будет попробовать поэкспериментировать (на этот раз - с Araliaceae). Правда, я пока (в том числе и в работе с Urticaceae) старательно избегал подобных приёмов, поскольку соблазн подгонки в этом случае становится почти непреодолимым |
Vladimir Matveev Постоянный участник Санкт-Петербург |
|
grumbler Постоянный участник |
Странное какое-то дерево - гребневики в основании, а губки - сестринская группа книдарий. Файл/ы:
|
plantago moderator |
|
Juglans Постоянный участник |
|
plantago moderator |
|
Juglans Постоянный участник |
Активный связный мир. Опыт теории эволюции жизни. Издательство: КМК, 2008 г. Твердый переплет, 730 стр. Книга основана на предыдущей книге автора (Наука о развитии жизни. М, КМК, 2006), но теперь изложение ведется на базе двух принципов - активности и сопряженности. Остальные закономерности эволюции (например, усложнение форм) выступают как их взаимодействие. Принципы общи для всех форм эволюции (от элементарных частиц до скоплений галактик), включая органическую и общественную жизнь, и известны давно. Однако в биологии их признанию 150 лет мешает та умозрительная идея, что на этом и только этом уровне над общими законами царит частный (отбор малых ненаправленных наследственных изменений). Его обнаружить в природе не удалось, и теорию надо строить без него.
|
plantago moderator |
К сожалению, у меня нет возможности одновременно обновлять свою систему природы и постить сообщения на форум. Поэтому с июля 2007 года я перестал регулярно сообщать сюда о "новостях систематики и эволюции". Тем, кто хочет быть в курсе этих новостей: 1) Система организмов* обновляется раз в две-три недели. Разумеется, "новейшие достижения" отражаются в ней с авторской точки зрения. Можно также смотреть список изменений** 2) Список литературы*** обновляется еще чаще, где-то раз в полторы-две недели. Соответственно, можно найти все записи "2008" и "in press" и быть в курсе дела. 3) Он-лайн архив**** обновляется постоянно. Каждую папку можно отсортировать по времени и посмотреть новые поступления. === * ** *** **** Для доступа к архиву просьба написать мне личное сообщение
|
Juglans Постоянный участник |
А что такое stat.m. в Вашей системе? Вы в скобках приводите иерархические названия, за основу которых взяты названия родов. По какому принципу отбираются эти названия? Почему, скажем, тип губок называется Sycon, хотя Spongia - более старое (и привычное)? Зачем асцидий называть Ciona, когда есть род Ascidia? П.С. У Вас ошибки: Anephrozoa названы Felis, Dipnoi - Peripatus.
|
plantago moderator |
(Juglans @ 19.05.2008 17:33) plantago А что такое stat.m. в Вашей системе? Вы в скобках приводите иерархические названия, за основу которых взяты названия родов. По какому принципу отбираются эти названия? Почему, скажем, тип губок называется Sycon, хотя Spongia - более старое (и привычное)? Зачем асцидий называть Ciona, когда есть род Ascidia? П.С. У Вас ошибки: Anephrozoa названы Felis, Dipnoi - Peripatus. Спасибо за замечания и указания на ошибки. Все исправлено, новая версия (5.726) на сайте. Все эти названия -- бинарные. Их правильно цитировать либо как "Phylum Sycon", либо как "6 Sycon". Принцип отбора: (1) максимальное сходство с наиболее общепринятым названием, (2) название, употребленное в таком качестве (если можно, то наиболее часто), (3) название, чаще всего (или член группы "наиболее частых") использующееся в упоминаниях о группе. Пока, к сожалению, много шероховатостей. Вы уже указывали мне на некоторые, и если найдете еще, я буду очень благодарен. |
Juglans Постоянный участник |
stat. m. - это status mihi? |
plantago moderator |
Извините, не ответил про stat.m. Там есть примечание вначале -- stat.m. = status mutabilis. "Status" понимается двояко, что неудобно -- и как ранг, и как целостность группы. Это связанные вещи, но все же разные. |
Juglans Постоянный участник |
|
plantago moderator |
|
Juglans Постоянный участник |
У Г.А. Клюге для эуметазой использовано название Homo, для Arthropoda – Scarabaeus (у вас по ошибке это название использовано и для Spiralia), для моллюсков – Limax, для Annelida - Lumbricus, плоские черви – Fasciola, книдарии – Medusa, ракообразные – Cancer, многоножки – Scolopendra. Я бы не стал разделять панкрустаций и многоножек, объединив в общий подтип мандибулят (уж очень много общего в их морфологии – гораздо больше, чем у пантопод и хелицерат). Если использовать stat. m. (это вполне разумно), то и для ногохвосток, но не для моноплакофор (данные молекулярного анализа практически все малакологии подвергли резкой критике из-за очень короткого фрагмента). Хетогнаты – скорее sed. m., чем stat.m. Maxillopoda парафилетичны (я об этом уже писал). Тут такая особенность, что морфологически эта группа распадается на две четкие линии – копеподную и циррипедиальную. А вот объединить их по синапоморфиям трудно. В сущности, максилоподы – это аналог многоножек (у последних также выделяют синапоморфии, но их мало и они сомнительные). С птицами я так и не понял: различия между птицами и ящерицами меньше, чем между ксифозурами и паукообразными. Не должно быть «особых» групп. |
« Предыдущая тема · Plant science / Herba · Следующая тема » |