 * |   |
|
Molbiol.ru | О проекте | Справочник | Методы | Растворы | Расчёты | Литература | Орг.вопросы Web | Фирмы | Coffee break | Картинки | Работы и услуги | Биржа труда |  Zbio-wikiNG SEQUENCING · ЖИЗНЬ РАСТЕНИЙ · БИОХИМИЯ · ГОРОДСКИЕ КОМАРЫ · А.А.ЛЮБИЩЕВ · ЗООМУЗЕЙ Темы за 24 часа [ Вход* | Регистрация* ] Форум: |
|
Правила
* Технологии секвенирования следующего поколения. -- Куда двигаться дальше? --
Кураторы темы:* genseq
Чёрный список: R-J-Dio, jakordia, prijutubogogochuhontza
NB! в теме нельзя обсуждать тех, кто внесён в чёрный список
Операции: Хочу стать куратором* · Подписаться на тему* · Отправить страницу по e-mail · Версия для печати*
Внешний вид:* Схема · [ Стандартный ] · +Перв.сообщ.
   |
 -Ъ-Постоянный участник Москва  |
 28.12.2018 11:00
(banned sceptique-NMRguy @ 28.12.2018 08:21)  Они и Сибэнзим теперь продают!! Ааааа!!!!  А это вообще невероятно:  Зато от Thermo отказались  теперь не знаю как свои любимые фьюжены покупать.
|
|
genseq Постоянный участник |
31.12.2018 11:33
Правда, это не более чем голая идея, предлагающая объединить усилия мирового сообщества под общим флагом. Но замахнулись эти товарищи неплохо. Тем более, что стоимость этого удовольствия оценивается всего в $4,7 млрд.  "То ли еще будет, ой-ёй-ёй !"  С наступающим Новым годом! 
|
|
genseq Постоянный участник |
11.04.2019 19:04
Файл/ы:
|
___________2019__09_04_.doc|
dk Постоянный участник Россия |
12.04.2019 11:46
|
|
genseq Постоянный участник |
12.04.2019 14:09
Секвенирование - 2019:
|
|
genseq Постоянный участник |
14.04.2019 21:39
Конференция "День ДНК - 2019" состоится, естественно, в День ДНК. Т.е. 25 апреля. И продлится с утра (10-00) до позднего вечера. По плану - до 17-10, но это если удастся выдежать регламент. И если не будет обсуждения и заключительных выступлений. В самом начале ожидается доклад С.Э.Шноля, который обещал вспомнить молодость и рассказать правду о том, кто именно придумал двойную спираль. Причём это были совсем не Джеймс Уотсон и Френсис Крик. Изюминкой программы должен стать доклад О. Кузнецовой, которая специально ради этой конференции приедет из Оксфорда и расскажет о самых последних веяниях в нанопоровом секвенировании. Да и прочие доклады долджны быть весьма интересными. Например, Д.Коростин будет рассказывать о своём опыте работы на китайском секвенаторе MGISEQ-2000. Зал вместительный (Пущино, ул. Институтская, д.3, 4-й этаж ИТЭБ РАН). Вход свободный. Будем рады всем. P.S.: автобус из Москвы до Пущино теперь ходит от метро Лесопарковая. Останавливается напротив ИТЭБ (остановка Лесная зона). Обычно доезжает за полтора часа. А иногда и быстрее. |
_________________________________2019.pdf|
banned sceptique-NMRguy Постоянный участник временной жизни |
15.04.2019 03:13
|
|
dk Постоянный участник Россия |
15.04.2019 10:47
А нет ли возможность эти лекции в Интернетах посмотреть-послушать? Вроде, лекции сейчас не проблема на Ютуб "залить"? |
|
genseq Постоянный участник |
15.04.2019 21:26
Объявление:
 Программа: Файл/ы:
|
|
dk Постоянный участник Россия |
16.04.2019 11:11
|
|
genseq Постоянный участник |
17.04.2019 14:41
Ключевые доклады постараемся выложить. Прямой трансляции не будет. Так что лучше приезжайте: Заодно и с докладчиками сможете пообщаться.
|
|
genseq Постоянный участник |
 18.04.2019 23:18
Картинки:  DNA_Day___2019.png — (137.68к) |
|
genseq Постоянный участник |
20.04.2019 06:24
(dk @ 15.04.2019 08:47) А нет ли возможность эти лекции в Интернетах посмотреть-послушать? Вроде, лекции сейчас не проблема на Ютуб "залить"?Генсек, так что насчёт трансляции лекций? Вне-Пущино - совсем не удастся нигде посмотреть-послушать? Прямая трансляция будет на следующий год ("День ДНК - 2020"). В этом году спецы попробуют организовать трансляцию, но только в тестовом режиме. И пока непонятно, на каком сайте будут транслироваться доклады. Ссылку на сайт смогу выложить не раньше среды. Так что шансы посмотреть трансляцию конференции есть, но гарантий нет.  Сообщение было отредактировано genseq - 05.05.2019 08:26 |
|
banned sceptique-NMRguy Постоянный участник временной жизни |
22.04.2019 12:30
|
|
genseq Постоянный участник |
22.04.2019 19:25
(banned sceptique-NMRguy @ 22.04.2019 10:30) Какие спецы, это сейчас школьник делает за 5 минут. У детей-геймеров спросите как это делается если сами не можете.Картинки:  on_line.png — (37к) |
|
genseq Постоянный участник |
24.04.2019 18:59
|
|
banned sceptique-NMRguy Постоянный участник временной жизни |
25.04.2019 21:43
звук запускать в ноут с линейного выхода звуковой системы зала и проверить что уровень достаточен, включить нормализацию, если нужно. всё. операторы и инженеры - это довольно странно для обычного стрима в сети. это если прямо охота свадьбу транслировать или вручение нобелевской премии, не меньше. Сообщение было отредактировано banned sceptique-NMRguy - 25.04.2019 21:43 |
|
genseq Постоянный участник |
26.04.2019 16:57
|
|
banned sceptique-NMRguy Постоянный участник временной жизни |
27.04.2019 16:53
|
|
genseq Постоянный участник |
06.06.2019 20:50
"Задачи отечественного секвенаторостроения (июнь, 2019 г.)"
|
|
banned sceptique-NMRguy Постоянный участник временной жизни |
07.06.2019 14:54
Вы необратимо опоздали, товарищи. Ахбио и Нанофор защищены не только патентами, но и реальными ноу-хау (примерно как инсулин-сырец Ново Нордиска), а через 20 лет, когда вы разработаете свой "утюг", он уже не будет никому нужен. Нанофоры британские хороши только для судебки и микробиологии с военщиной. Для поиска соматических мутаций (в той же онкологии) прибор, который ошибается раз на 100 нуклеотидов принципиально не пригоден. Сообщение было отредактировано banned sceptique-NMRguy - 07.06.2019 14:56 |
|
Carbon Copy Постоянный участник So close no matter how far |
07.06.2019 16:55
|
|
Vadim Sharov Постоянный участник Россия |
09.06.2019 03:48
защищены не только патентами, но и реальными ноу-хау (примерно как инсулин-сырец Ново Нордиска), а через 20 лет, когда вы разработаете свой "утюг", он уже не будет никому нужен. Вы привели неадекватный пример. Патент на инсулин? Он когда закончился? Есть патенты на пролонгированный инсулин. Но такие не только у Нова Нордикса. С другой стороны, в России есть полный цикл инсулина, у "Герофарма". То что ему не дают заполонить Россию,это условия инвестиционных контрактов с Бигфармой. Свои разработки нужны. Кстати, пролонгированный инсулин есть у "Герофрама". Чтобы выжить и другим помочь: САНКТ-ПЕТЕРБУРГ, 6 июня. /ТАСС/. Российская компания "Герофарм" заключила с венесуэльской Espromed Bio соглашение о сотрудничестве в области поставки и организации производства российских инсулинов в Венесуэле. Как сообщается в пресс-релизе Минпромторга, церемония подписания соглашения прошла в присутствии главы ведомства Дениса Мантурова в рамках Петербургского международного экономического форума. |
|
banned sceptique-NMRguy Постоянный участник временной жизни |
09.06.2019 12:44
(Vadim Sharov @ 09.06.2019 04:48) NMRguy,07.06.2019 12:54] защищены не только патентами, но и реальными ноу-хау (примерно как инсулин-сырец Ново Нордиска), а через 20 лет, когда вы разработаете свой "утюг", он уже не будет никому нужен. Вы привели неадекватный пример. Патент на инсулин? Он когда закончился? Есть патенты на пролонгированный инсулин. Но такие не только у Нова Нордикса. С другой стороны, в России есть полный цикл инсулина, у "Герофарма". То что ему не дают заполонить Россию,это условия инвестиционных контрактов с Бигфармой. Свои разработки нужны. Кстати, пролонгированный инсулин есть у "Герофрама". Чтобы выжить и другим помочь: САНКТ-ПЕТЕРБУРГ, 6 июня. /ТАСС/. Российская компания "Герофарм" заключила с венесуэльской Espromed Bio соглашение о сотрудничестве в области поставки и организации производства российских инсулинов в Венесуэле. Как сообщается в пресс-релизе Минпромторга, церемония подписания соглашения прошла в присутствии главы ведомства Дениса Мантурова в рамках Петербургского международного экономического форума. Я не про субстанцию говорю. А про производство сырца, который кроме Ново Нордиска никто в мире не делал. И который пытались запилить лет 20 всеми адекватными силами советской (не чета нынешней) биотехнологии. И который сейчас и варит Герофарм, как Вы, наверняка, знаете. Если сейчас то же самое начнётся и с Нанопорами - то смею заметить товарищу Шарову, что даже ему 20 лет подряд 5% бюджета РАН на эти машинки никто тратить не даст сейчас. И что защитой от воспроизведения там являются наверняка не только патенты, но и то, о чём в них умолчано. Если у ихней расходки срок хранения/годности - полтора месяца, то они в любом случае идут лесом мимо нашей медицины, у нас месяц только преодоление таможни будет занимать. А россиян уже вовсю секвенируют в Питере на иллюминах. После которых, конечно, останутся белые пятна, причём весьма важные, протяжённые повторы, но секвенировать де ново весьма вероятно будут все на китайских секвенаторах (где людей не кидают с производством расходки через пару лет после покупки прибора). Наши же секвенаторы как всегда останутся для секвенирования ёжиков на дачах их изобретателей. Сообщение было отредактировано banned sceptique-NMRguy - 09.06.2019 12:54 |
|
banned sceptique-NMRguy Постоянный участник временной жизни |
11.06.2019 17:33
(Vadim Sharov @ 09.06.2019 15:02) "Сырец" есть в Китае. И, уж, конечно, собственный "сырец" есть у американской Эли Лилли и у французской Санофи. Сильно в этом сомневаюсь (сомневаюсь что Эли и Санофи способны такое разработать). Скорее всего там не свой сырец, а лицензированный у НовоНордиска. Который после того, как сырец всё же биохакнули в ИБХ в Союзе, стал очень сговорчивым и радостно начал продавать лицензии всем, боясь остаться вообще без всего после заполнения рынка советскими лицензиями и сырцом. Насчёт китайцев - эти бы могли, думаю, но времени и денег нужно бы было немеряно. Но китайцам лицензию на сырец Ново продавать бы никогда не стал. Кстати, если сырец всё же есть в Китае - то эту область можно закрывать, демпинга с таким внутренним спросом как у них, никто не выдержит. Сообщение было отредактировано banned sceptique-NMRguy - 11.06.2019 17:35 |
|
genseq Постоянный участник |
03.07.2019 09:14
Картинки:  AXBIO_Winner.png — (1.24мб)
|
|
genseq Постоянный участник |
08.07.2019 14:40
|
|
banned sceptique-NMRguy Постоянный участник временной жизни |
22.07.2019 12:43
(genseq @ 03.07.2019 10:14) В конце прошлой недели в Китае состоялась презентация нового нанопорового секвенатора Пока что купить на открытом рынке его нельзя (поправьте, если это не так, покажите где можно). РУ у него нет и судя по ответу их главного оно им и не надо, их устраивает Сколковский статус "законно внутри Сколковской зоны". Пока очень напоминает возню Роша, на которую даже я купился. А к моменту вывода на рынок наобещанного - отделение секвенирующего бизнеса и его фактическая ликвидация, совмещенная с закрытием производства расходки к своим старым пиросеквенаторам (подстава всех кто им доверился). |
|
genseq Постоянный участник |
22.07.2019 19:48
(banned sceptique-NMRguy @ 22.07.2019 10:43) Пока что купить на открытом рынке его нельзя (поправьте, если это не так, покажите где можно). РУ у него нет и судя по ответу их главного оно им и не надо, их устраивает Сколковский статус "законно внутри Сколковской зоны".Пока очень напоминает возню Роша, на которую даже я купился. А к моменту вывода на рынок наобещанного - отделение секвенирующего бизнеса и его фактическая ликвидация, совмещенная с закрытием производства расходки к своим старым пиросеквенаторам (подстава всех кто им доверился). Вы правы. Купить этот секвенатор нельзя. Он ещё находится на ранней стадии разработки. Правда, у китайцев он уже работает, но лучше всё проверить в России. А его завезут сюда на бета-тестирование только осенью. Один секвенатор должен поступить в МГНЦ:
|
|
kb1 Участник |
31.07.2019 16:02
(genseq @ 22.07.2019 20:48) Вы правы. Купить этот секвенатор нельзя. Он ещё находится на ранней стадии разработки. Правда, у китайцев он уже работает, но лучше всё проверить в России. А его завезут сюда на бета-тестирование только осенью. Один секвенатор должен поступить в МГНЦ:Вы уверены, что он действительно существует в природе и работает хотя-бы у китайцев? Лично я, кроме рассказов и картинок о том как это будет работать, ничего не видел и не слышал. Верю, что у AxBio есть электронный чип, а вот в наличие у них работоспособной нанопоровой мембраны сопряженной с этом чипом верится с трудом. Буду рад ошибиться |
|
banned sceptique-NMRguy Постоянный участник временной жизни |
01.08.2019 13:33
Если учесть, сколько колупались британцы со своими машинками, которые и сейчас ошибаются настолько часто, что для поиска гетерозиготных де-ново мутаций их применять невозможно в медицине, то Ахбио пока ничем не лучше Роша и предшественников. Может, через несколько лет что-то начнут продавать. Пока это всё венчурный капитализм с соответствующими рисками. Между тем, СПбГУ уже работает над генотипированием референсных россиян на иллюминах. Которые хоть и безполезны при анализе протяжённых повторов и всего, что те регулируют, но во всех остальных приложениях монопольно занимают весь рынок. Сообщение было отредактировано banned sceptique-NMRguy - 01.08.2019 13:38
|
|
7825 Участник |
12.08.2019 19:33
(genseq @ 22.07.2019 20:48) Вы правы. Купить этот секвенатор нельзя. Он ещё находится на ранней стадии разработки. Правда, у китайцев он уже работает, но лучше всё проверить в России. А его завезут сюда на бета-тестирование только осенью. Один секвенатор должен поступить в МГНЦ:генсек кто платит за бета тестинг 
|
|
genseq Постоянный участник |
18.08.2019 09:02
|
|
Asterix Постоянный участник |
18.08.2019 18:16
Там и окисление и апуринизация солидная, поскольку бумага кислотная , там при естественной деградации целлюлозы и муравьиная и уксусная и молочная кислота образуется.... Как такую побитую временем ДНК сиквенировать? Есть вполне приличный протокол воссстановления ДНК из заформалинных парафиновых гистологических срезов , там идет изотермическая амплификация с гексаполинуклеотидами всевозможными в качестве праймеров. .. но там как раз ДНК менее разрушается чем если просто на воздухе лежит. Парафин ее отлично сохраняет. |
|
Asterix Постоянный участник |
18.08.2019 18:20
|
|
kakseq |
19.08.2019 19:26
(Asterix @ 18.08.2019 19:16) Кстати Генсек , не подскажешь ли какие нынче самые модные идеи в области сиквенирования сильно поврежденной ДНК? Ну имеется ввиду что образцы лежали 50 лет в шкафу для бумаг. Там и окисление и апуринизация солидная, поскольку бумага кислотная , там при естественной деградации целлюлозы и муравьиная и уксусная и молочная кислота образуется.... Как такую побитую временем ДНК сиквенировать? Есть вполне приличный протокол воссстановления ДНК из заформалинных парафиновых гистологических срезов , там идет изотермическая амплификация с гексаполинуклеотидами всевозможными в качестве праймеров. .. но там как раз ДНК менее разрушается чем если просто на воздухе лежит. Парафин ее отлично сохраняет. посмотрите Геном Неандерталца там полный коплект 
|
|
genseq Постоянный участник |
21.08.2019 09:29
(Asterix @ 18.08.2019 16:16) Кстати Генсек , не подскажешь ли какие нынче самые модные идеи в области сиквенирования сильно поврежденной ДНК? Ну имеется ввиду что образцы лежали 50 лет в шкафу для бумаг. Самому интересно. Наверное, лучше ориентироваться на опыт работы с неандертальским геномом. |
|
kb1 Участник |
27.08.2019 02:03
(genseq @ 18.08.2019 10:02) Бета-тестированием ещё одного секвенатора AXP100 компании AxBio собирается заняться НИИ биомедицинской химии им. В.Н.Ореховича (ответственные - д.б.н. Е.В.Супрун и к.б.н. С.П.Радько):Что-то о секвенаторе и секвенировании в пресс релизе ни гу-гу "Основным направлением сотрудничества является разработка методов электрохимической детекции белков " |
|
elektrikvasilij Участник |
28.08.2019 22:53
(elektrikvasilij @ 28.08.2019 23:45) куня вот с УФ Лазером облученной гиномомой от Третякова |
|
genseq Постоянный участник |
09.09.2019 13:05
|
|
Bit Постоянный участник |
13.09.2019 08:12
Quantum Biosystems пробудился после долгой спячки и стал раздавать интервью. Гугл-перевод: Общая генетическая информация (геном) является одним из наиболее ценных данных для человечества. Quantum Biosystems (город Осака, Йодогава-ку, президент Тошихико Мотокура) разрабатывает одно-молекулярный секвенатор ДНК (анализатор), который считывает последовательность одной ДНК. Мы можем прочитать состояние химической модификации ДНК (эпигенома), такой как метилирование, и начать предоставлять прототипы в 2021 году. У этого есть потенциал, чтобы преобразовать промышленность, которая обращается с живыми существами, такими как противодействие раку и инфекционным болезням, и развитие сельскохозяйственных продуктов и продуктов животноводства. (Интервью Такаюки Кодера) «Если прибыль от данных превысит стоимость чтения ДНК, чтение будет бесплатным», - прогнозирует Президент Хонцо. ИТ-гиганты, такие как Google, заинтересованы в исследованиях генома. Огромные объемы данных обрабатываются только с использованием последовательностей ДНК, но данные резко увеличиваются, когда в них вносятся изменения в химическую модификацию. Геном стал незаменимым для отраслей, которые занимаются живыми существами, такими как поиск лекарств и разработка сельскохозяйственной продукции. Когда прибыль от данных превысит стоимость чтения? Инвесторы и ИТ-компании следят. Секвенсор ДНК находится в центре этого. Quantum Bio считывает последовательность ДНК электрически с помощью тонкого электрода. Я начал бизнес, основываясь на результатах исследований Университета Осаки. Преимущество электрического метода заключается в том, что эпигеном может быть прочитан при низких затратах. В клетках метилирование регулирует функцию ДНК, а ненормальное метилирование приводит к раку. В исследованиях рака необходимо исследовать изменения клеток во временных рядах. Эпигеном не заканчивается после прочтения. Хонзо говорит: «Предусматривается бизнес, который регулярно читает эпигеномы для проверки здоровья». Сужая функции текущего секвенсора для исследования, уменьшая и уменьшая цену, предсказывается, что «секвенсор будет персонализирован в будущем». Quantum Bio стремится расшифровать полный геном в 10000 иен в час. 現在 В настоящее время отстранение инженеров от конкурентов и развитие в Соединенных Штатах. Технология производства чипов для считывания ДНК работала с крупной полупроводниковой компанией, чтобы снизить нагрузку на ее разработку. Сотни миллионов датчиков встроены в один чип. Предоставление эпигеномных секвенаторов для исследователей в 2009 году и коммерциализация специализированных самолетов в 22 и 23. Хонзо сказал: «Sequencer монополизирует одну компанию, и стоимость не будет снижаться. ИТ-компании приветствуют рост таких стартапов, как мы», - похоже, партнерство идет хорошо. Quantum Bio снизит стоимость данных, а ИТ-компании максимально увеличат ценность данных. В тот момент, когда значение и стоимость меняются местами, рождается мир, расшифровывающий геном с нулевой иеной. (Почетное звание опущено) Интервью с президентом Тошихико Хонцо Президент Тошихико Хонцо -Как вы начали свой бизнес? «Это было потому, что я познакомился с исследованиями профессора Гонджи Осаки Окавы и профессора Масатеру Танигучи на выставке. В то время я занимался разработкой био-венчурных инвестиций в качестве директора Организации промышленных инноваций. Доктор Каваи и другие говорили с венчурными капиталистами о том, что они хотят создать венчурное предприятие, но было сказано, что это сложно. В сентябре 2012 года Департамент промышленного и научного сотрудничества Университета Осаки и Танигучи Я взял интервью у учителей и спросил о ситуации. Будучи промышленной организацией, мы не могли бы инвестировать, если бы не были компанией. В обмен я решил создать стартап. Компания была основана примерно через три месяца после интервью ». Вы изначально хотели быть менеджером? «Короче говоря, я был вовлечен в исследования в области биоинформатики в качестве ассистента под руководством профессора Шиничи Моришита из Токийского университета. Декларация о геноме человека была объявлена в 2001 году, когда я стал ассистентом. Символично было то, что предприятие было расшифровано, и Селера расшифровывалась с большей скоростью, чем академический мир, используя метод дробовика в качестве оружия. Я начал смотреть на биоисследования с точки зрения. В 2003 году я сменил работу на компанию, занимающуюся ценными бумагами, и начал видеть, что бренды биологических предприятий смешались с аналитиками, отвечающими за фармацевтические компании. Я изучал и испытал бум листинга биотехнологических предприятий ". «Когда мы брали интервью у компании в качестве аналитика, мы знали, что университетские предприятия не только хороши в технологиях, но и менеджеры влияют на управление. Хорошие менеджеры собирают отличных исследователей и преуспевают в бизнесе. Подходят человеческие ресурсы. Работа аналитиков интересная, но они хотят пойти внутрь компании и хотят это сделать, поэтому они сменили работу на McKinsey и стали консультантом. Мы разработаем стратегии управления и дадим рекомендации в подразделениях примерно на 3 месяца, и будем участвовать в принятии решений, которые будут влиять на судьбу крупных компаний. У меня был MBA в течение 2 лет, и я работал в течение 4 лет. Мне сказали, что я не хотел бы делать что-либо кроме фармацевтических препаратов и здравоохранения. Это было " «Было интересно организовать команду в качестве менеджера и решить вопросы управления, однако следующая задача менеджера - стать партнером и приступить к работе со стороны. Поскольку я перешел от аналитиков, консультантов и директоров по инвестиционному развитию, я узнал о бизнесе, таком как технологии, бизнес-планирование, создание команды и сбор средств. Мы подумали, что было бы интересно объединить аппаратные технологии, такие как датчики, с программной технологией, такой как анализ данных доктора Морисита, и раздуть план, обсуждая со связанными сторонами с частной точки зрения. Это было решение через месяц ". - Запустили американскую корпорацию и перенесли функции развития. Исследования в университете Осаки все еще продолжаются? «На самом деле, в то время понятия не было. Базовые результаты были использованы, но Quantum Bio определила, что трудно применить его на практике только с использованием технологии университета Осаки. Компания поддерживает метод проб и ошибок пользователей, но результаты всегда должны быть одинаковыми, даже если их измерять 100 и 1000 раз. Результаты только одного университета Осаки не могут обеспечить стабильность. Благодаря инвестициям система разработки под названием Quantum Bio была создана с 15 до 16 лет, но концепция единичных молекул и электрических измерений не изменилась ». «В Соединенных Штатах существует организация поддержки предприятий, которая производит несколько предприятий секвенсоров. Я переехал на этот объект и вывел инженеров. Инженеров, которые занимались разработкой секвенсоров более 20 лет и знакомы с качеством каждой технологии. Заработная плата, опционы на акции и страховка находятся на том же уровне, что и конкуренты, и место для парковки только для изменений. Если мы сможем реализовать секвенсор ДНК с одной молекулой и электрическими измерениями по нашему методу, влияние на общество будет значительным. Мне было интересно, смогу ли я там играть. Я бы учился у этого инженера, и если бы я мог создать сеть, то бы собрались отличные молодые люди. Это предприятие имеет успех и неудачу, но для молодежи это будет возможность для роста ». «С созданием американской корпорации мы также установили партнерские отношения с крупной полупроводниковой компанией. Мы производим чипы, которые считывают ДНК на заводе. Мы также сотрудничаем с Калифорнийским университетом в Дэвисе и Стэнфорде. Обсудите с другими производителями секвенсоров. Тем не менее, это не универсальный рынок (одна компания для всех приложений), который в настоящее время является лучшим среди Illumina в Соединенных Штатах, но превосходит во всех аспектах скорость чтения, точность и стоимость. Нет, вы можете сражаться, если найдете способ получить максимум от своих уникальных деталей ". -Какое текущее состояние развития? «Хотя мы вряд ли можем говорить о взаимоотношениях с NDA, мы завершим создание прототипа через 21 год и пригласим конкретного исследователя из университета. На этом этапе мы сформируем нашу концепцию измерений и изучим подходящие приложения. В ответ на отзывы исследователей компания планирует производить продукты со специфическими функциями в 22 и 23. Наш метод может считывать информацию о химической модификации (эпигеноме) ДНК, такой как метилирование. Не существует секвенатора, способного считывать эпигеном, эпигеном контролирует экспрессию генетической информации, а ненормальное метилирование может привести к раку. «Крупный полупроводник исследует интеграцию сотен миллионов считывающих датчиков на одном кристалле. Это число не является обязательным для прототипа, но оно должно быть доступно по низкой цене. Это должно быть расшифровано с 10 000 иен. -В какой отрасли используется эпигеномный секвенатор? «Это все о том, как обращаться с существами. Для людей это используется для медицинских и уголовных расследований, а также для скота, оно используется для качественных мясных и молочных продуктов, сельскохозяйственных культур и инфекционных заболеваний. Отслеживая генетические изменения вирусов и бактерий, Можно прогнозировать риск по регионам, отслеживая кишечные бактерии, выбирая пищу и т. Д., И колебания эпигенома. Ситуация химической модификации изменяется в зависимости от времени и клеток. Когда вы читаете свой геном, ситуация будет меняться в зависимости от сроков каждой клетки, а не от конца, например, раковая ткань представляет собой смесь различных клеток. Также необходимо исследовать каждую клетку ». - Это будет астрономическое количество данных. «Существует также прогноз, что геном увеличится больше всего среди больших данных. По сравнению с видео, сообщениями, данными астрономических наблюдений и т. Д., Ожидается, что он увеличится на порядок. Энергозависимое хранилище хранится на магнитной ленте, потому что это стоит счета за электричество, просто чтобы вставить данные. Epigenome требует огромной информационной инфраструктуры для накопления и анализа. Мы также с нетерпением ожидаем применения генома с ожиданием Амазонки, Амазонки и т. Д. Если ценность, которую можно извлечь из данных, превышает стоимость чтения ДНК, также считается, что геном читается бесплатно, как G-mail. Исследования, направленные на повышение ценности данных, продвигаются в ИТ-компаниях, резко снижая стоимость чтения. Я считаю, что в настоящее время " Вы должны сломать монополию Иллюмината. «Венчурные вызовы, подобные нашим, приветствуются для ИТ-компаний. Несмотря на монополию, цена не снижается и не распространяется. Как только эпигеном прочитан, как только он прочитан, это не конец». Предусматривается работа по чтению и проверке работоспособности, для которой требуется персональный секвенсор, так же как компьютер перешел с мэйнфрейма на персональный компьютер, и текущий секвенсор исследований также был уменьшен в размере и уменьшен в размере. «Мы будем толкать цену, и будет персональный секвенсор, который потребует резкого сокращения затрат, и мы считаем, что это наша концепция измерения и инструмент». - Есть ли выход в слияния и поглощения в Google и т. Д.? Некоторые люди жалуются, что отечественные предприятия-секвенсоры покупаются иностранным капиталом. «Я на горизонте. Доктор Каваи понимает возможность покупки иностранного капитала во время его основания. Он предназначен не для передачи технологий японским компаниям, а для того, чтобы позволить человечеству использовать эту технологию. Для этого мы выбираем метод с наибольшей вероятностью успеха. Мы просим основные полупроводники разработать измерительные микросхемы и максимально снизить риск и нагрузку ». -Что вам нужно, чтобы быть активным через границы и компании? «Просто делай то, что хочешь, с людьми, которых хочешь. Если ты не выйдешь и не отправишь это, ты не сможешь найти талантливых людей. Если у меня есть варианты карьерного роста, я решил быть в восторге, и, поскольку во время плавания моряки были увлекательной профессией, они выбрали этот путь благодаря биотехнологии. Я не знаю, смогу ли я стать Колумбом, но я хочу попасть на корабль, хотя может показаться, что я делал карьеру, но я могу сказать, что только что перешел к чему-то более интересному. Просто сделай это.
|
|
Ossi |
17.09.2019 22:02
(genseq @ 18.08.2019 10:02) Бета-тестированием ещё одного секвенатора AXP100 компании AxBio собирается заняться НИИ биомедицинской химии им. В.Н.Ореховича (ответственные - д.б.н. Е.В.Супрун и к.б.н. С.П.Радько):гинсекыч бета тестинг за чии денги  
|
|
genseq Постоянный участник |
20.09.2019 09:24
Дополнительное преимущество нуклеазной промывки - повышение эффективности восстановления забитых пор. Это заметно улучшает общую производительность циклов секвенирования.
|
|
Vadim Sharov Постоянный участник Россия |
15.10.2019 01:37
October 17, 2019 |
|
вукабука |
16.10.2019 20:04
(Vadim Sharov @ 15.10.2019 02:37) Analytical and Clinical Validation Requirements for Next Generation Sequencing Laboratory-Developed Tests October 17, 2019
|
|
genseq Постоянный участник |
17.10.2019 11:35
|
|
Leony |
17.11.2019 16:22
"Технология AxBio реализована на основе гидродинамической микросхемы, сочетающей кремниевую КМОП-основу и биологическую мембрану, которые, совместно с полимеразой и меченными нуклеотидами собственной разработки, обеспечивают длительное секвенирование отдельной молекулы ДНК с высокой скоростью и точностью." Никакие англоязычные источники найти не удалось. Китайские принципиально не смотрел. Итак - зачем нужна вся эта мешанина - КМОП-основа, полимераза, меченные нуклеотиды, если метод заявляется как нанопоровый? Это такой "кривой" китайско-русский перевод или написано абы-что околонаучное, чтобы походило на правду? Или на самом деле технология есть и она всё это использует, да ещё стоимость будет дешевле чем у конкурентов? Тогда у меня главный вопрос - как? Как это работает? И что это за странные пассажи про анализ белков на этом же приборе? |
|
genseq Постоянный участник |
17.11.2019 19:10
Основное отличие - в диаметре пор (апертуре отверстия). Для анализа частиц диаметр апертуры может измеряться десятками или сотнями микрометров. Для белков - десятками или сотнями нанометров. Для ДНК - нанометрами. Обычно измеряют изменение ионных токов в одиночных порах, но при секвенировании ДНК используют чипы с сотнями (или даже с тысячами) параллельно работающих усилителей (интергаторов проходящих через пору пикоамперных токов со встроенными прецизионными АЦП). Причём сенсорами служат лунки, на дне которых расположены серебряные электроды. А отверстия этих лунок закрывают бислойные липидные мембраны со встроенными белковыми нанопорами (CsgG и т.п.). У AXBIO отверстия (белковые нанопоры) также встраиваются в мембраны расположенных на поверхности КМОП-чипа лунок, причём общее количество этих лунок увеличено до миллиона. Использовать такие чипы можно как для анализа белков (наверняка), так и (возможно) для секвенирования ДНК. Но только не по оксфордской технологии (хеликазной), требующей высокого быстродействия сенсоров (>5 kSPS), а по рошевской (полимеразной), которая работает на пару порядков медленнее (если вообще работает). Если верить исходной публикации, то она работает вполне прилично. Сомнения вызывает только многолетняя задержка выхода этой технологии на рынок: Сообщение было отредактировано genseq - 17.11.2019 20:03 Картинки:  Genia_PNAS.png — (303.65к)
|
|
genseq Постоянный участник |
23.11.2019 09:55
Прибор сравнительно дешёвый (~$10 000), но для его работы нужна система пробоподготовки (~$10 000) и расходные материалы (~$600 на один запуск): Начать продажу обещают в 2020 году, но в США уже начали принимать заявки на выписку счетов (?!): Параметры импедансной технологии довольно скромные, но достаточные для секвенирования экзомов и бактериальных геномов:
|
|
Doka |
05.12.2019 17:41
С подачи автора темы начал интересоваться темой секвенирования ДНК. Но поскольку сам из инженеров (микроэлектроника и ЦОС), то надеюсь с помощью самостоятельного изучения темы и помощи сообщества восполнить белые пятна, если какие-то вопросы покажутся слишком наивными/детскими - прошу меня заранее извинить. Итак, вопросы следующего плана (некоторые из них в виде утверждений-предположений, которые хотелось бы опровергнуть или подтвердить), некоторая часть из них возникла по прочтении этой статьи и относится к продукции Oxford Nanopore Technologies (ONT): 1.1 Основными задачами отрасли на данном этапе развития являются (в порядке уменьшения приоритета: - Уменьшение цены одного сеанса секвенирования (либо разработкой многоразовых ячеек, либо значительным снижением себестоимости одноразовых) - Увеличение производительности секвенатора - Увеличение точности 1.2 У таргетного секвенирования рынок намного больше, чем у полногеномного 1.3 Есть ли техническая возможность синтезировать расходные реагенты, необходимые для нанопорового секвенирования в РФ? Известна ли технология? Защищены ли данные реагенты патентами? 1.4 Есть ли техническая возможность изготавливать в РФ оснастку ячеек: молекулярный мотор (хеликаза) и сами нанопоры (качественные R9, R9.4.1, R9.5.1 и R10)? Защищены ли данные компоненты патентами? 1.4.2 "Ячейки с нанопоровыми чипами (теоретически) тоже можно использовать повторно, но проще регенерировать накладные ячейки, не содержащие электроники. Или освоить штамповку дешёвых накладок и не заморачиваться с их регенерацией." - насколько реалистично освоить технологию регенерации накладки ячейки+нанопоры? 1.5 Особого смысла реверс-инжиниринга ПО ONT нету, поскольку интернет там для поставки данных для работы облачного ПО EPI2ME 1.6 Есть ли будущее у полупроводниковой технологии секвенирования или уже сейчас ясно, что нанопоровая технология через каких-то пару лет монополизирует рынок? 1.7 в чем состоит упомянутая здесь "прорывность" технологий нанопорового секвенатора AXBIO AXP100 ? |
| « Предыдущая тема · Молекулярная и клеточная биология · Следующая тема » |
 |
· Викимарт - все интернет-магазины в одном месте · Доска объявлений Board.com.ua ·
--- сервер арендован в компании Hetzner Online, Германия ---
--- администрирование сервера: Intervipnet ---
Хеликон · Диаэм · ИнтерЛабСервис · Beckman Coulter · SkyGen · ОПТЭК · BIOCAD · Евроген · Синтол · БиоЛайн · Sartorius · Химэксперт · СибЭнзим · Tecan · Даниес · НПП "ТРИС" · Биалекса · ФизЛабПрибор · Genotek · АТГ Сервис Ген · Биоген-Аналитика
Powered by Invision Power Board(Trial) v2.0.0 © 2019 IPS, Inc.