ну они первые в россии MinION и запустили

  да, я уж разобрался, спасибо за пояснения! буду знать об этой возможности.
по поводу длины: например в спейдсе вы сможете собирать геном при максимальной длине к-мера - 127. в случае 75*2 - только при <75 (но это если не триммированные, что не рекоммендуют). парные риды можно слить, но нужно чтобы они пересекались. что у вас за библиотека?

  
Single Reads 22-25 M; Paired-End Reads 44-50 M.

  

Single Reads 22-25 M; Paired-End Reads 44-50 M. Картридж не 150РЕ, а 150 циклов.  Т.е. 75 прочтет и нах пошлет!

  Да это понятно, как ясный день. Вопрос в другом. Чем грозит такое положение дел и поведение организации и ее руководсва: 1) самой организации, которая, зная установленный РФФИ Порядок, подписав соответствующее соглашение, наплевала на все это; 2) руководителю проекта, которому не удалось отстоять свои законные права; 3) исполнителям. Понятно, что руководитель и исполнители теряют треть бюджета выделенного на исследования. Какие санкции со стороны РФФИ могут последовать по этим трем позициям. Проблема в том, что и руководитель и исполнители по основному месту работы заняты в организации и руководство использует это для оказания давления по принципу "ну попробуй поспорь, посмотрим долго ли после этого ты у нас проработаешь". При этом других организаций, через которые можно было бы получать гранты в регионе практически нет. Люди по этому и не спорят, мирятся с таким положением дел, но если последуют какие-либо санкции со стороны РФФИ, то пострадают в первую очередь именно руководитель и исполнители, например за то, что не проинформировали РФФИ о нарушениях условий соглашения. Поэтому хотелось бы знать - чем грозит и как с этим бороться.

  Это что за бред? снятие клеток ГТЦ?

Что вообще тут развели про РНК в двух тема за ахинею.
Все прекрасно выделяется и тризолом и ГТЦ, и  выбор методов и подходов опрелделяется
типом образцов, его количеством, нужной фракцией РНК, и тп. Выход в ГТЦ никак не на порядок меньше чем с тризолом.
Откуда инфа про стеклянные бусы для лизиса? ГТЦ все прекрасно лизирует если и так, ну можно лизат через шприц прогнать.

На дворе 21 век, а вы тут опять про самопалные буферы и методы на коленке.
Выделять надо китами, если есть возможность.

Если дорого или очень много образцов - то пожалуйств, можно тризолом или подобным реагентами.
Евроген вон продает такой реагент, почитайте протокол как клетки лизировать. Можно прям в чашке. Если стремно - то трипсином снять и открутить. то же самое в китах qiagen, хотите Qiazol заливайте в чашку, хотите трипсинизируйте.