molbiol.ru -> Биологический адронный коллайдер

> Все форумы > Тематические форумы > Клеточные технологии

Zbio-wiki

NG SEQUENCING · ЖИЗНЬ РАСТЕНИЙ · БИОХИМИЯ · ГОРОДСКИЕ КОМАРЫ · А.А.ЛЮБИЩЕВ · ЗООМУЗЕЙ

Правила FAQ* Поиск* Участники* Календарь* Избранные темы* Форум Форумов*

Темы за 24 часа [ Вход* | Регистрация* ]

Форум:

* Биологический адронный коллайдер -- прошу дядю Факсера заценить... --

Компания Biocommerce - официальный дистрибьютер продукции компаний Miltenyi Biotec GmbH (Германия) и RanD S.r.l. (Италия).

Операции: Хочу стать куратором* · Подписаться на тему* · Отправить страницу по e-mail · Версия для печати*
Внешний вид:* Схема · [ Стандартный ] · +Перв.сообщ.

страницы (849): « < 7 8 9 10 11 > »

Dr. Maltsev
Постоянный участник
Новосибирск, Россия

25.09.2016 13:40

URL #401

(Дядя ФАКСер @ 25.09.2016 17:18)

А consent подписан (на использование персональных данных и биоматериала пациента)?

Мы в курсе. В этих исследованиях мы не знаем персональных данных пациенток. Если бы телевизионьщики не назвали бы фамилию в репортаже, то мы и не узнали бы ее.

...много журноламерского восторга

Да, не без этого.
Каждый выкладывает свою дорогу сам, в том числе и журналисты этого канала.

Поблагодарили (1): Дядя ФАКСер

Леонид В
Постоянный участник
Квебек

03.10.2016 20:04

URL #402

(Dr. Maltsev @ 25.09.2016 06:40)

Каждый выкладывает свою дорогу сам, в том числе и журналисты этого канала.

у нас в штате центра есть специальный человек, который натаскан на журналистов и умеет мягко заставить их в каждую победную реляцию ненавязчиво вставить фразу “деньги давай!“.
Настоятельно рекомендую такого человека если не в штате, то хоть на общественных началах завести.
Он же следит за ляпами и проколами типа фамилии пациента.

Поблагодарили (1): Дядя ФАКСер

Дядя ФАКСер
moderator
Nothern Maccaronia, Ticinum

04.10.2016 09:22

URL #403

(Леонид В @ 03.10.2016 19:04)

Знаешь, какая у такого человечка зарплата?

Поблагодарили (1): Dr. Maltsev

Xiomai

Москва, Россия

04.10.2016 14:20

URL #404

Так, уже 2016 год, а я так и не слышу о нем, ничего не шумит и не шуршит

Леонид В
Постоянный участник
Квебек

04.10.2016 17:52

URL #405

(Дядя ФАКСер @ 04.10.2016 02:22)

Знаешь, какая у такого человечка зарплата?

“И хотя руки у меня не в мозолях, но если я за год 10 твоих дружков переловлю, то уже больше своей зарплаты сэкономил“
©Жеглов
Умелая работа с журналюгами приносит много дивидендов. Самый очевидный это создание у населения образа науки, как “Ух! Но если денег еще, то будет супер-УХ“
При таком подходе все политпартии обязательно включают в программы пунктики про дальнейшее и еще более финансирование науки. Народ охотно голосует в том числе и за это. Когда у нас в прошлом году слетели консерваторы, то аргумент “они науку режут, а истребители закупают“ был далеко не среди самых последних.

Если же медиа лепят репортажи в стиле “А наши ребята, за ту же зарплату, уже пятикратно выходят вперед“ ©ВСВ, то впечатление создаётся равно-обратное. Раз они такие пятикратно передовые, то срежем слегка, будут четырехкратно-передовыми, хватит с них.

У исследователей нет ни времени, ниже ресурсов и знаний, чтобы держать журналюг в нужных рамках. А вот PR-менеджер имеет для этого всё необходимое. И уж такой конгломерат, как Университет должен содержать одного штатного краснобая.

Впрочем у каждого свой взгляд на вещи ... не навязываю, просто делюсь.

Поблагодарили (1): Дядя ФАКСер

Dr. Maltsev
Постоянный участник
Новосибирск, Россия

21.10.2016 19:57

URL #406

(Dr. Maltsev @ 31.01.2016 10:46)

Уже пару недель настолько плотно занимаемся тромбоцитами, что перспективы завораживают.

Сейчас на выходе методическая работа по измерению формы активированных и нативных тромбоцитов.......
Отпишусь, когда ясность будет.

Все! Ясность настала.

Теперь популяцию тромбоцитов можно характеризовать одиннадцатью параметрами.

Встречайте http://onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1002/cyto.a.23003/full

Кому wileу недоступен - стучитесь в личку.

Это большой успех. Мы так долго бились с этими распределениями. Теперь после измерения, буквально через 1 час выскакивают все 11 параметров. Обработка сложная и пока не оптимизирована. Спрашивайте, если есть вопросы.

Успехов и вам!

Поблагодарили (1): Дядя ФАКСер

Dr. Maltsev
Постоянный участник
Новосибирск, Россия

01.11.2016 10:35

URL #407

Всем привет.

Размещу здесь нетривиальное мнение о проточной цитометрии.

За многочисленными переписками с редакторами биологических журналов и ответами рецензентам сложилось четкое понимание следующих фактов:

1) В мире нет проточных цитометров за исключением одного.
2) Все проточные, как бы цитометры, в мире являются цитокаунтерами, т.е они только подсчитывают различные типы клеток, а не измеряют их.
3) Единственный в мире проточный цитоМЕТР находится в Новосибирске.

Вот, так-то, вот. Далее многоточие.......

Успехов.

Сообщение было отредактировано Dr. Maltsev - 01.11.2016 15:16

Леонид В
Постоянный участник
Квебек

01.11.2016 16:32

URL #408

(Dr. Maltsev @ 01.11.2016 03:35)

1) В мире нет проточных цитометров за исключением одного.

В міре никогда не было даже слова такого. Есть прибор имя которому проточный цитофлуориметр. Его метр относится к флуо, а не к цито. Вот флуо он и метрит.

Цито же там для красного биологического словца, потому как это не цито, а корпускуло.

Прибор сей позволяет классификацию, а вовсе не подсчет (с подсчетом как раз большие проблемы), корпускул в n-мерном пространстве согласно их флуо.

Тот факт, что в приборе присутствует вспомогательное измерение светорассеяния не должно сбивать полное высоких дум научное сообщество с панталыку.

Поблагодарили (1): Дядя ФАКСер

Dr. Maltsev
Постоянный участник
Новосибирск, Россия

01.11.2016 17:54

URL #409

(Леонид В @ 01.11.2016 20:32)

В міре никогда не было даже слова такого. Есть прибор имя которому проточный цитофлуориметр.

Google --> "flow cytometer" 590 тыс. ссылок
Google --> "flow cytofluorometer" 13.1 тыс. ссылок

Его метр относится к флуо, а не к цито. Вот флуо он и метрит.

Флуориметр без cyto - это совсем другое устройство. Его проходят на 2 курсе университетов в разделе оптика.

Прибор сей позволяет классификацию, а вовсе не подсчет (с подсчетом как раз большие проблемы), корпускул в n-мерном пространстве согласно их флуо.

Классифицирует не прибор, а программа, написанная нерадивыми сотрудниками компаний, которым наплевать на фундаментальные методы классификации. Главное для них сдать проект, чтобы боссы получили прибыль.
А прибор действительно просто считает клетки, имеющих определенную амплитуду (или интеграл) сигнала (светорассеяния или/и флуоресценции). Иногда эту амплитуду нелегко из этого прибора вытащить, так как это относится к raw data и вам нечего туда соваться. Ешьте то, что вам программой прописано.

Леонид В
Постоянный участник
Квебек

01.11.2016 18:43

URL #410

(Dr. Maltsev @ 01.11.2016 10:54)

Google --> "flow cytometer" 590 тыс. ссылок
Google --> "flow cytofluorometer" 13.1 тыс. ссылок

да ... увы. Ничто не совершенно под Луной. В том числе и терминология. Вернее ея использование

(Dr. Maltsev @ 01.11.2016 10:54)

Флуориметр без cyto - это совсем другое устройство. Его проходят на 2 курсе университетов в разделе оптика.

конечно другое, мы о нём и не говорим.
Мы говорим о проточном цитофлуориметре

(Dr. Maltsev @ 01.11.2016 10:54)

Классифицирует не прибор, а программа,

прибор измеряет, программа классифицирует.

(Dr. Maltsev @ 01.11.2016 10:54)

А прибор действительно просто считает клетки, имеющих определенную амплитуду (или интеграл) сигнала (светорассеяния или/и флуоресценции).

вот эту вот амлитуду, интерграл и длительность сигнала он, прибор, и измеряет. Поэтому он метр.
Считать это раз, два, три, четыре
А измерять это “раз“ с десятком-другим сопутствующих измерений привязанных к этому “раз“, “два“ с десятком-другим итд.

Дядя ФАКСер
moderator
Nothern Maccaronia, Ticinum

01.11.2016 22:50

URL #411

(Dr. Maltsev @ 01.11.2016 09:35)

"На колу мочало- начинай сначала...."

Неужто снова будете пытаться разделить по скаттеру Т и B?

Dr. Maltsev
Постоянный участник
Новосибирск, Россия

02.11.2016 06:10

URL #412

(Дядя ФАКСер @ 02.11.2016 02:50)

Неужто снова будете пытаться разделить по скаттеру Т и B?

Делить, не делить, а определение доли Т-лимфоцитов по рассеянию эмпирически давно сделали http://cyto.kinetics.nsc.ru/Upload/06.pdf
Проблема в том, что биологи не могут, точнее им неинтересно, обозначить отличия в морфологии для Т- и В-лимфоцитов. Разделяют их по рецепторам и славненько. Если бы такая информация по морфологии имелась, то появился бы фундаментальный интерес: как такие отличия проявляются во взаимодействии лимфоцита с электромагнитным излучением. То, что отличия есть на простой модели видно
Strokotov D I, Yurkin M A, Gilev K V, van Bockstaele D R, Hoekstra A G, Rubtsov N B and Maltsev V P 2009 Is there a difference between T- and B-lymphocyte morphology? J Biomed Opt 14 64036,
но распределения перекрываются значительно, чтобы обеспечить хорошую точность разделения при условии, что В- всегда существенно меньше Т- в пробе по количеству.
Надо более точные модели клеток использовать в вычислениях, но не в этот раз. Других актуальных задач много.

Успехов

Дядя ФАКСер
moderator
Nothern Maccaronia, Ticinum

02.11.2016 10:21

URL #413

(Dr. Maltsev @ 02.11.2016 05:10)

Делить, не делить, а определение доли Т-лимфоцитов по рассеянию эмпирически давно сделали http://cyto.kinetics.nsc.ru/Upload/06.pdf

Мы это обсуждали уже. Не работает.
Брутто-популяцию лимфоцитов- да, выделите (впрочем, в неактивированной кровушке она видная и просто по FS vs SS). Дальнейшее- от Лукавого

Вот с генезом мегакариоциты-> тромбоциты и с микрочастицами- да, верное направление. Впрочем, опять таки, если вернуться к первым страницам искомого трэда (на несколько лет назад)- там мы уже обо всем дискутировали.

Dr. Maltsev
Постоянный участник
Новосибирск, Россия

02.11.2016 18:48

URL #414

(Дядя ФАКСер @ 02.11.2016 14:21)

Мы это обсуждали уже. Не работает.

Не понял. Что не работает? Определение доли Т-лимфоцитов не работает?
Т.е. эксперимент демонстрирует, а рецензенты, хоть и российские, сказали что работает, а специалисты говорят нет. Ну, ну.

Брутто-популяцию лимфоцитов- да, выделите (впрочем, в неактивированной кровушке она видная и просто по FS vs SS).

А что лимфоциты по FSC vs SSC выделять? Это рутина и слишком тривиально.

А вот Т-лимфоциты на фоне остальных по FSC vs SSC не выделим. Смотрим Рис. 3. Там же ясно показано в эксперименте, что рассеяние вперед и под 90 градусов для Т-лимфоцитов и остальных одинаковое. Чтобы разделить Т-лимфоциты и остальные надо измерять 20-25 и 45-45 градусов и тогда будет счастье. Популяции, с трудом, но разделяются (Рис. 4). Причем с использованием асимметрии распределения, так как вклад Т-лимфоцитов влияет только на одну сторону распределения.

Дядя ФАКСер
moderator
Nothern Maccaronia, Ticinum

02.11.2016 19:42

URL #415

(Dr. Maltsev @ 02.11.2016 17:48)

А что лимфоциты по FSC vs SSC выделять? Это рутина и слишком тривиально.

"Не плодите сущности без нужды"

(Dr. Maltsev @ 02.11.2016 17:48)

Чтобы разделить Т-лимфоциты и остальные надо измерять 20-25 и 45-45 градусов и тогда будет счастье. Популяции, с трудом, но разделяются (Рис. 4). Причем с использованием асимметрии распределения, так как вклад Т-лимфоцитов влияет только на одну сторону распределения.

А вы уверены, что это были именно Т лимфоциты?Где дотплот по экспрессии соответствующих маркеров vs индикатрисса рассеяния? Или 3D-cloud plot сгенерить? Тогда было бы явно видно что и чему соответствует. В искомой статье (которая, еще раз повторю, уже обсуждалась, или ее "оффспринг"- отмотайте тему назад на 5 лет

) ничего подобного нет.

В общем, что-то мне такой трэнд не травится

Дядя ФАКСер
moderator
Nothern Maccaronia, Ticinum

02.11.2016 20:54

URL #416

В общем, если собираетесь дивайс валидировать и коммерциализировать- то подобные картинки нагенерить придется. И- минимум на сотне-другой доноров ( а то и более- sample size подсчитаете, в зависимости от ваших параметров вариабельности)

Дядя ФАКСер
moderator
Nothern Maccaronia, Ticinum

03.11.2016 14:48

URL #417

(Dr. Maltsev @ 21.10.2016 18:57)

Теперь после измерения, буквально через 1 час выскакивают все 11 параметров.

Долго....очень долго.

Dr. Maltsev
Постоянный участник
Новосибирск, Россия

03.11.2016 17:11

URL #418

(Дядя ФАКСер @ 03.11.2016 18:48)

Долго....очень долго.

А что делать? Это же не просто подсчет клеток, а сложные алгоритмы а) решения обратной задачи с определением погрешностей для каждого тромбоцита; б) расчета параметров функции распределения по индексу формы с решением уравнений в неявной форме и т.п.

Именно поэтому мы не видим альтернативы модели ЦКД-МИК в организации услуг клинической диагностики населению http://cyto.kinetics.nsc.ru/Upload/Programm_CKD-MIK.pdf.

Дядя ФАКСер
moderator
Nothern Maccaronia, Ticinum

03.11.2016 17:56

URL #419

(Dr. Maltsev @ 03.11.2016 16:11)

Для клиники- no way.

Дядя ФАКСер
moderator
Nothern Maccaronia, Ticinum

03.11.2016 18:05

URL #420

Не валидировав ни одного метода- уже "мобильную лабу" клепать и продавать, и за 2 года выйти на поток. Лихо

Dr. Maltsev
Постоянный участник
Новосибирск, Россия

04.11.2016 05:29

URL #421

(Дядя ФАКСер @ 03.11.2016 22:05)

Не валидировав ни одного метода

Что значит, не проверив ни одного метода?
Все методы, о которых мы заявляем в 19 пунктах http://cyto.kinetics.nsc.ru/proposal_rus.html прошли экспериментальную проверку с демонстрацией всех нативных данных и полным описанием алгоритмов, экспертизу международных журналов из верхних квартилей категорийного рейтинга, непрерывных дискуссиях на конференциях и семинарах по всему миру и т.д и т.п.

Могу показать, как проверяются методы, которые компании уже впихивают потребителям.
Ault K A, Rinder H M, Mitchell J, Carmody M B, Vary C P H and Hillman R S 1992 The Significance of Platelets with Increased RNA Content (Reticulated Platelets) A Measure of the Rate of Thrombopoiesis American Journal of Clinical Pathology 98 637–46
Смотрим Рис. 1, где, исходя из каких-то не аргументированных предположений, проводят разделительную линию. И это уже продается!

А обработка распределения по клеточному циклу параболами? Мы уже обсуждали это ранее.
А 74 параметра гематологического анализатора Sysmex XT-4000? По каждому уже продаваемому параметру вышла статья с обоснованием? Ау! Где они?

Е Холмс на этом и погорела. Пошла против диагностических монстров, не прикрывшись научной экспертизой, как бы новых методов. Вот, если бы она спряталась за какую-нибудь международную компанию, то, наверняка, все сошло бы с рук.

Так что не надо наезжать на фундаментальные результаты.
Закон гравитации глазами биолога: выжили только те яблони, у которых яблоки падали к центру Земли.

Сообщение было отредактировано Dr. Maltsev - 04.11.2016 07:11

Дядя ФАКСер
moderator
Nothern Maccaronia, Ticinum

05.11.2016 15:08

URL #422

Не валидировав для клиники.
Рано продавать.
А Холмс...Ну да, ежели б Лизанька в РФ была б- то была бы "Знаменем Инноваций" и членкорром РАМН

Дядя ФАКСер
moderator
Nothern Maccaronia, Ticinum

10.11.2016 14:49

URL #423

17 лет назад:
http://www.sbras.ru/HBC/article.phtml?nid=124&id=10

Поблагодарили (1): Dr. Maltsev

Dr. Maltsev
Постоянный участник
Новосибирск, Россия

10.11.2016 17:35

URL #424

(Дядя ФАКСер @ 10.11.2016 18:49)

17 лет назад:

Да, уж.
Всю историю вопроса в научно-популярном изложении можно отыскать здесь http://cyto.kinetics.nsc.ru/video_rus.html

Успехов!

Поблагодарили (1): Дядя ФАКСер

Dr. Maltsev
Постоянный участник
Новосибирск, Россия

18.11.2016 05:40

URL #425

Ну, вот. Еще один замечательный результат, полученный благодаря этому форуму.

Наши исследования возможности использования светорассеяния в идентификации и характеризации микрочастиц крови привели к тому, что обычная проточная цитометрия может оставить попытки анализировать микрочастицы. Это бесперспективно с фундаментальной точки зрения.

Подробности в только что вышедшей статье http://biomedicaloptics.spiedigitallibrary...ticleid=2587761

Нужен PDF - стучите в личку, или через некоторое время в ResearchGate https://www.researchgate.net/profile/Valeri_Maltsev

Упомяну, что такую важную методическую работу отказались печатать ведущий журнал по микрочастицам Journal of Thrombosis and Haemostasis, где все эти тщетные попытки с гейтингом микрочастиц печатаются в больших количествах, и Cytometry A, сославшись на обилие математики в наших результатах. Ну, и идут они лесом со своим невежеством.

Успехов!

Сообщение было отредактировано Dr. Maltsev - 18.11.2016 10:20

Дядя ФАКСер
moderator
Nothern Maccaronia, Ticinum

22.11.2016 22:52

URL #426

Странно, что CytoA не приняли. Хм. C J.T&H то предсказуемо, ибо там в боард- клиницисты и "рутинщики", в основном.

Dr. Maltsev
Постоянный участник
Новосибирск, Россия

23.11.2016 06:15

URL #427

(Дядя ФАКСер @ 23.11.2016 02:52)

C J.T&H то предсказуемо, ибо там в боард- клиницисты и "рутинщики", в основном.

Да, ладно.
Вот список публикаций в журнале только в 2016 году, в которых наивно пытаются измерить микрочастицы плазмы по FSC и SSC:
1 Cointe S, Judicone C, Robert S, Mooberry M j., Poncelet P, Wauben M, Nieuwland R, Key NS, Dignat-George F, Lacroix R. Standardization of microparticle enumeration across different flow cytometry platforms: results of a multicenter collaborative workshop. J Thromb Haemost 2016; : n/a-n/a, 10.1111/jth.13514.
2 Simonsen JB. A liposome-based size calibration method for measuring microvesicles by flow cytometry. Journal of Thrombosis and Haemostasis 2016; 14: 186–90.
3 van der Pol E, Böing AN, Gool EL, Nieuwland R. Recent developments in the nomenclature, presence, isolation, detection and clinical impact of extracellular vesicles. Journal of Thrombosis and Haemostasis 2016; 14: 48–56.

Эти работы предлагают читателям смотреть назад, т.е. знакомят с существующими подходами, причем на очень низком уровне с точки зрения теории светорассеяния. Если бы это был журнал для повышения квалификации студентов-медиков, тогда понятно, но у них написано: "The mission of JTH is to ADVANCE science related to the important medical problems of thrombosis..... Editors invite both FUNDAMENTAL and clinical contributions."

Если редакторы считают материал в вышеназванных статьях ПЕРЕДОВОЙ наукой, то я лучше промолчу.

Успехов!

Дядя ФАКСер
moderator
Nothern Maccaronia, Ticinum

23.11.2016 08:30

URL #428

Для sub 0.5uM там еще метки применяются. Иаче- никак.

А касаемо приведенных- посмотрите на аффиляции first and senior authors

JoT&H это медициский журнал, а не "инструментальный".

Вот, кстати,а чего PloS игнорируте?

Dr. Maltsev
Постоянный участник
Новосибирск, Россия

23.11.2016 10:23

URL #429

(Дядя ФАКСер @ 23.11.2016 12:30)

JoT&H это медициский журнал, а не "инструментальный".

Не бывает инструментальный или медицинский. Такое ощущение вся медицина только руками всех лечит. Бывает профессиональный или учебный.
А о том, что важнее в медицине, почитайте притчу о диагностике http://pritchi.ru/id_601

Вот, кстати,а чего PloS игнорируте?

PLOS ONE publication fees are US$1495 per manuscript and will be billed upon acceptance.

Леонид В
Постоянный участник
Квебек

23.11.2016 17:25

URL #430

(Дядя ФАКСер @ 23.11.2016 01:30)

Для sub 0.5uM там еще метки применяются. Иаче- никак.

ммм ... ну как Вам сказать ...
есть у меня “один хороший знакомый“, так он купил надысь CytoFlex-ы, одной из любопытных особенностей которых является наличие 14 гибридных детекторов. Очень, знаете ли, чувствительные штучки. А второй особенностью является наличие четырёх лазеров. А третьей особенностью является возможность конфигурировать SSC с любого из лазеров и даже со всех четырёх одновременно. Можно мерять SSC 375 nm, a можно SSC 648 итд. И плот делать из двух SSC по осям. Словом, если очень постараться, то наверное можно пробиться ниже 0,5. Задачи такой, правда, пока нет. Но возможность есть.

Дядя ФАКСер
moderator
Nothern Maccaronia, Ticinum

23.11.2016 20:04

URL #431

Эти опции были доступны еще лет 10 назад на BD LSR

Дядя ФАКСер
moderator
Nothern Maccaronia, Ticinum

23.11.2016 20:06

URL #432

(Dr. Maltsev @ 23.11.2016 09:23)

Не бывает инструментальный или медицинский.

Увы, сплошь и рядом. Клиницисты от hardware & math бегают, аки черти от ладана

Дядя ФАКСер
moderator
Nothern Maccaronia, Ticinum

23.11.2016 20:07

URL #433

(Dr. Maltsev @ 23.11.2016 09:23)

PLOS ONE publication fees are US$1495 per manuscript and will be billed upon acceptance.

Ну дык, а гранты на что? Это - обычные расходы.

Леонид В
Постоянный участник
Квебек

23.11.2016 21:18

URL #434

(Дядя ФАКСер @ 23.11.2016 13:04)

Эти опции были доступны еще лет 10 назад на BD LSR

10 в седьмой динамического диапазона на гибридном детекторе 10 лет назад? Вы уверены?

Дядя ФАКСер
moderator
Nothern Maccaronia, Ticinum

24.11.2016 19:33

URL #435

Нет,я про SS И FS на любом лазере ,и множественныеопции.Детекторы похуже были, что есть-то есть.

Дядя ФАКСер
moderator
Nothern Maccaronia, Ticinum

25.11.2016 18:03

URL #436

А что ж Dr. Maltsev на ЛС не отвечает? Странно..

Dr. Maltsev
Постоянный участник
Новосибирск, Россия

26.11.2016 20:20

URL #437

(Дядя ФАКСер @ 25.11.2016 22:03)

А что ж Dr. Maltsev на ЛС не отвечает? Странно..

Сразу же ответил, а именно, 23 ноября на адрес почтовый. Может в спаме где?
Вот текст.
---------------
Приветствую, Денис.

В пристежке PDF файл.

Вообще-то, у нас есть сотрудник в лабе, которому на CopyRight глубоко ....

Он практически сразу выкладывает в сети https://www.researchgate.net/profile/Valeri_Maltsev все тексты статей.

Так что можно смело туда заходить и скачивать.

Поблагодарили (1): Дядя ФАКСер

Dr. Maltsev
Постоянный участник
Новосибирск, Россия

13.12.2016 11:58

URL #438

Всем привет.

Кто желает измерять иммуноагглютинацию на спектрофотометре с максимальной информативностью, то Вам сюда http://www.sciencedirect.com/science/artic...927775716310524

Успехов!

Сообщение было отредактировано Dr. Maltsev - 13.12.2016 14:01

Dr. Maltsev
Постоянный участник
Новосибирск, Россия

16.02.2017 07:34

URL #439

Всем привет!

Есть возможность ознакомиться с самыми последними достижениями в анализе эритроцитов. Причем на русском.
Диссертация Гилева К.В. "Развитие метода численного решения обратной задачи светорассеяния и усовершенствование математической модели формы эритроцитов для их характеризации" и ее автореферат можно скачать с сайта Диссертационного совета http://icmmg.nsc.ru/ru/content/gilev-konstantin-viktorovich

Может найдутся желающие написать отзыв на автореферат. Мы будем крайне благодарны. Защита назначена на 18 апреля 2017 г.

Успехов!

Guest
IP-штамп: fr45uHVgO7WZ2
гость

16.02.2017 15:57

URL #440

(Dr. Maltsev @ 16.02.2017 07:34)

https://www.researchgate.net/profile/Maxim_...87a6a6adceb.pdf

Guest
IP-штамп: fr45uHVgO7WZ2
гость

16.02.2017 16:05

URL #441

Enhanced characterisation of milk fat globules by their size, shape and refractive index with scanning flow cytometry
Original Research Article
Pages 316-323
Anastasiya I. Konokhova, Andrey A. Rodionov, Konstantin V. Gilev, Ilya M. Mikhaelis, Dmitry I. Strokotov, Alexander E. Moskalensky, Maxim A. Yurkin, Andrei V. Chernyshev, Valeri P. Maltsev

Abstract
Purchase PDF - $39.95

Guest
IP-штамп: fr45uHVgO7WZ2
гость

17.02.2017 10:01

URL #442

(Dr. Maltsev @ 16.02.2017 07:34)

http://onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1002...o.990130108/pdf

Dr. Maltsev
Постоянный участник
Новосибирск, Россия

08.04.2017 04:34

URL #443

Привет.

Не все же о приятном в этой ветке писать. Немного о грустном.

Нас система в очередной раз кинула. Эффект междисциплинарности.

Проект РНФ, который позволял нам интенсивно развиваться и удерживать молодые дарования в лаборатории, после трех лет закончился. Мы качественно провели все заявленные исследования, опубликовали за 3 года 16 работ в журналах Web of Science с импакт-фактором не менее 2. По проекту достаточно было опубликовать 12 статей из базы WoS или Scopus. Ну, мы, короче, все перевыполнили.

Подали проект на продолжение и..... получили шиш.

Анализ.
Мы подаем проекты в область "Фундаментальные исследования для медицины"

1. Из 123 проектов 2014 года получили поддержку на продолжение 40 проектов

2. Среднее число публикаций в поддержанных проектах - 5 (пять) по базе Web of Science.

3. Поддержанный проект-лидер опубликовал 48 работ и уже имеет 267 цитирований на эти публикации. Это прекрасный результат, но черт кроется в деталях. Из 48 работ 37 это обзоры и только 11 работ оригинальные исследования. Процесс структурирования новых знаний несколько отличается от процесса получения новых знаний и очень непросто класть на одни весы работу по публикации обзора и оригинальной статьи.

4. Наш проект 14-15-00155 стоит на втором месте после проекта-лидера с 16 оригинальными публикациями по количеству статей и четвертое место по количеству цитирований (46 цитирований). По оригинальным публикациям мы на первом месте. Заключение фонда по отчету: успешно выполнен. Продолжение поддержки не получило. ????

Эти данные относятся к информации, полученной по базе Web of Science. Конечно, данные по базе Scopus изменят картину, но эти изменения будут вызваны учетом публикаций в журналах с низким импакт-фактором, т.е. изменения с потерей качества.

Рецензенты нам попались никакие. Переписали текст нашего отчета и нового проекта в 80% рецензии. Первый не догоняет, что сравнить-то не с чем. Ну, никто не змеряет распределение эритроцитов по спонтанной кривизне мембраны. С кем сравнивать? Может измерение объема с методом Култера? Метод Култера несостоятелен в принципе, по невозможности вычислить ошибку измерения объема. Второй рецензент только финансы обсуждает. Файл в пристежке.

Бюджет лаборатории упал в 3 раза. И как мне сохранить молодую отлично сработанную команду? IT компании легко перекрывают возможности в зарплатах даже при наличии гранта РНФ. А тут....

Вот такие "лавины" на пути развития оригинальной проточной цитометрии в России.

PS Двое из команды едут на ISAC 2017 в Бостон, в одиночку отстаивать честь страны.

Файл/ы:

Next2_yearsExpertise.pdf
размер: 104.95к
кол-во скачиваний: 138

Дядя ФАКСер
moderator
Nothern Maccaronia, Ticinum

12.04.2017 16:26

URL #444

Грустная история...

Дядя ФАКСер
moderator
Nothern Maccaronia, Ticinum

12.04.2017 16:27

URL #445

"... С учетом отсутствия необходимости приобретения дополнительного
оборудования и расходных материалов, а также вознаграждения лиц категории
«вспомогательный персонал» и относительно небольшого объема расходов на оплату
работ сторонней организации (ООО "Цитонова", Новосибирск), запрашиваемый
объем финансирования завышен, необходимая для реализации проекта сумма может
быть оценена в 4 млн. руб. ...."

Как я люблю говорить в таких случаях, "нолик забыли"

Поблагодарили (1): Dr. Maltsev

dan14444
Участник

29.04.2017 00:45

URL #446

А вот хозяину "единственного цитометра" вопрос - митохондрии не копали?

Я в 2007году попробовал полный угловой спектр мерять на самоделке-проточнике, погряз в математике (ну не сходилося!

), защитился, уехал и забил болт... А вот сейчас опять всплыло, что неплохо бы... плотность крист и размерчик отдельно, а не просто FS да SS.

"Давайте об этом поговорим"

, в смысле о светорассеивании и проточной митохондриметрии?

Dr. Maltsev
Постоянный участник
Новосибирск, Россия

29.04.2017 03:34

URL #447

(dan14444 @ 29.04.2017 04:45)

.....о светорассеивании и проточной митохондриметрии?

Всегда готов поговорить с биологами, которые задают вопросы физикам. Это редкое явление. но очень эффективное в смысле поиска решений.

С митохондриметрией такая штука. Все, что ниже, относится к возможности измерения митохондрий в клетках. Про измерение изолированных митохондрий (выделенных из клеток) в самом конце.
Истоки:
1 Yurkin MA, Semyanov KA, Maltsev VP, Hoekstra AG. Discrimination of granulocyte subtypes from light scattering: theoretical analysis using a granulated sphere model. Opt Express 2007; 15: 16561–80.
2 Orlova DY, Yurkin MA, Hoekstra AG, Maltsev VP. Light scattering by neutrophils: model, simulation, and experiment. J Biomed Opt 2008; 13: 054057-7.
3 Strokotov DI, Yurkin MA, Gilev KV, van Bockstaele DR, Hoekstra AG, Rubtsov NB, Maltsev VP. Is there a difference between T- and B-lymphocyte morphology? J Biomed Opt 2009; 14: 064036.

В первой статье показано, как малые органеллы в клетках могут изменить поляризационные свойства рассеянного излучения. На этом принципе проводят сепарацию нейтрофилов и эозинофилов в некоторых гематологических анализаторах. Фактически это эффект различия по митохондриям в цитоплазме. Модель разбирается очень грубая, но эффект объясняет.

Во второй, модель уже более приближенная к реальности и по симуляции (Fig. 5) видно, что эффект от митохондрий проявляется.

Для того, чтобы отлавливать изменения митохондрий в клетке надо повысить точность измерения для остальных клеточных компонентов. Самый простой случай - мононуклеары. Рекордная точность для этих клеток невысокая (статья под номером 3), так как в модели не учтена неоднородность ядра клетки.

Вот такая исходная ситуация.
Что делать?
1) надо на мононуклеарах все-таки половить эффект от митохондрий с имеющейся моделью. А вдруг...! Только надо взять клетки с большим числом митохондрий и максимально гомогенным ядром (наверное, клетки из фазы G1 должны подходить для этого). Измерить, инициировать изменения в митохондриях, и снова измерить. Если повезет, то статистически можно будет отловить митохондриальный эффект на популяции.
2) приблизить модель мононуклеарной клетки к реальности. Это непросто. На рассеяние в основном влияет структура ядра. В третьей статье экспериментально мы работали с моделью, где ядро было гомогенным, но исследовали эффект негомогенности ядра теоретически. Он заметный. Конечно, мы можем легко предложить модель клетки со сложной структурой ядра, но какой в этом толк, если потом характеристики этой структуры невозможно будет измерить, так как слишком недоопределенная обратная задача.
В первом направлении работают наши китайские друзья во главе с Xin-Hua (дам одну ссылку Feng et al Cytometry Part A 2014; 85: 817–26, остальные можно найти, но их много, так как китайцы очень плодовиты). Они решают задачу идентификации, а не характеризации.
Для решения задачи характеризации с случае сложной модели, необходима дополнительная информация. Той индикатрисы, которую сейчас измеряет наш цитометр недостаточно для решения такой задачи.
Сейчас мы модернизируем наш анализатор именно с целью увеличения объема информации, снимаемой с одиночной клетки. После модернизации можно будет приступить к решению задачи характеризации мононуклеарной клетки с негомогенным ядром. В результате мы естественно повысим и точность измерения показателя преломления цитоплазмы клетки, который напрямую связан с количеством и характеристиками митохондрий. Вот тогда и можно будет отлавливать количественные эффекты на митохондриях в клетках.
Как-то так, видится проблема митохондриметрии в развитии.

PS Кстати, буквально на прошлой неделе удалось получить первые сигналы с модернизированного сканирующего проточного цитометра. Студент в июне на этих данных уже будет защищать диплом. Диплом, как всегда, выложу на нашей странице http://cyto.kinetics.nsc.ru/diplomas_rus.html

Успехов!

Упс! Похоже, упустил вопрос измерения митохондрий, выделенных их клеток.
Это просто.
1 Konokhova AI, Gelash AA, Yurkin MA, Chernyshev AV, Maltsev VP. High-precision characterization of individual E. coli cell morphology by scanning flow cytometry. Cytometry Part A 2013; 83A: 568–575.
2 Konokhova AI, Chernova DN, Strokotov DI, Karpenko AA, Chernyshev AV, Maltsev VP, Yurkin MA. Light-scattering gating and characterization of plasma microparticles. J Biomed Opt 2016; 21: 115003–115003.
Первая статья, если митохондрии не сферические, а удлиненные.
Вторая, если митохондрии можно описать сферами.

Сообщение было отредактировано Dr. Maltsev - 29.04.2017 05:23

dan14444
Участник

03.05.2017 18:05

URL #448

В клетках - это другое, это "средняя температура по больнице", а вот "J Biomed Opt 2016" - почти то, что нужно. Где-нибудь можно посмотреть подробную схему детектора, ну и математику с всеми промежуточными выводами - "для чайников"?
(в седьмом году я чуток пробовал численно решать по Ми-Лоренцу - и нифига у меня с сходимостью не вышло, ибо не математик от слова "совсем"... может, сейчас пойму, где косячил?...)

Dr. Maltsev
Постоянный участник
Новосибирск, Россия

03.05.2017 19:36

URL #449

(dan14444 @ 03.05.2017 22:05)

...вот "J Biomed Opt 2016" - почти то, что нужно. Где-нибудь можно посмотреть подробную схему детектора

Вот последовательность:
1 Chernyshev AV, Prots VI, Doroshkin AA, Maltsev VP. Measurement of scattering properties of individual particles with a scanning flow cytometer. Appl Opt 1995; 34: 6301–5.
2 Soini JT, Chernyshev AV, Hänninen PE, Soini E, Maltsev VP. A new design of the flow cuvette and optical set-up for the scanning flow cytometer. Cytometry 1998; 31: 78–84.
3 Maltsev VP. Scanning flow cytometry for individual particle analysis. Rev Sci Instrum 2000; 71: 243–55.

, ну и математику с всеми промежуточными выводами - "для чайников"?

1 Konokhova AI, Chernova DN, Strokotov DI, Karpenko AA, Chernyshev AV, Maltsev VP, Yurkin MA. Light-scattering gating and characterization of plasma microparticles. J Biomed Opt 2016; 21: 115003–115003.
Раздел 2.4

Митохондрии несферические, а теория Ми это только для сфер. Для митохондрий надо пробовать Т-матрицы, но и они могут не сработать. Зачем тратить время. Лучше сразу Метод Дискретных Диполей (DDA). А для него суперкомпьютер желателен. Поэтому и дал ссылку на
1 Konokhova AI, Gelash AA, Yurkin MA, Chernyshev AV, Maltsev VP. High-precision characterization of individual E. coli cell morphology by scanning flow cytometry. Cytometry Part A 2013; 83A: 568–575.

Все, что делали при анализе E.coli надо сделать и для митохондрий.
У нас такой эксперимент можно провести за полчаса. Это вместе с обработкой результатов на суперкомпьютере.

dan14444
Участник

03.05.2017 21:15

URL #450

Раздел 2.4

Я ж говорю - подробно, для чайников

А там - как в анектоте, "две страницы выкладок заменяем на "с очевидностью следует", и так двадцать раз

Ладно, оно не настолько актуально чтоб мне в это сейчас лезть... не говоря о Т-матрицах и DDA - я и слов-то таких не знаю

"Полчаса в Новосибе" - оно хорошо, но совершенно бесполезно даже для Москвы, не говоря об ЮСовщине.

Теоретически мог бы работать (автоматизированный?) сервис обсчёта на помянутом суперкомпьютере - клиент ставит угловой спектрограф в том или ином виде, пересылает исходники и получает решение. Не планируете что-то такое сооружать?

Хотя мне бы эту задачу решать на ходу, чтобы по результатам частицы сортировать... что в приближении Ми-Лоренца ещё наверно можно теоретически, а вот с помянутым DDA - как-то уже никак...

Кнопка "Транслит" перекодирует
текст из транслита в кирилицу.
Правила перекодировки здесь;
текст в квадратных скобках'[]'
не преобразуется.

Имя:

Отправка сообщений использует JavaScript операции. В вашем броузере не
установлено/отключено выполнение JavaScript программ. Используйте Netscape Navigator
или Internet Explorer (не ранее 3 версии); убедитесь, что выполнение JavaScript
программ разрешено в настройках вашего броузера.