Molbiol.ru | О проекте | Справочник | Методы | Растворы | Расчёты | Литература | Орг.вопросы Web | Фирмы | Coffee break | Картинки | Работы и услуги | Биржа труда | Zbio-wiki NG SEQUENCING · ЖИЗНЬ РАСТЕНИЙ · БИОХИМИЯ · ГОРОДСКИЕ КОМАРЫ · А.А.ЛЮБИЩЕВ · ЗООМУЗЕЙ Темы за 24 часа [ Вход* | Регистрация* ] Форум: | |
Mari-One-1 |
|
MMM Постоянный участник |
|
vb Постоянный участник |
детали, модель, что за образцы, какие реактивы, что за калибровка? Мы не читаем мысли. |
Mari-One-1 |
|
MMM Постоянный участник |
|
Mari-One-1 |
|
R-J-Dio Постоянный участник |
|
MMM Постоянный участник |
(Mari-One-1 @ 27.04.2018 14:07) выделяла из лейкоцита (крупно-рогатый скот), специальным набором реагентов для выделения геномной ДНК из цельной крови. Тынц тыгыдынц. Где моя дыба и испанский сапог? Вас что пытать специально надо что бы вы давали полные ответы. Хотя вы наверное сами не заинтересованы в ответе на свой вопрос. Да и обычно если выделяли набором, то надо обращаться в техподдержку производителя набора, а не на форум. Ибо что там в наборе никто кроме производителя не знает и знать не обязан. Сколько коров вы загубили?!!!! Ведь спрашивал из какого количества крови у вас ДНК? Задам еще один вопрос в пустоту. Выделенная ДНК как-нибудь еще тестировалась с помощью электрофореза или хотя бы спектрофотометрически? Ваще говоря, прибор на неохарактеризованном препарате не тестируют. Я бы для теста взял чистую плазмидную ДНК проверенную на форезе и промерянную на спектрофотометре(или на коммерческом препарате). |
Mari-One-1 |
|
vb Постоянный участник |
(Mari-One-1 @ 27.04.2018 11:58) не судите строго, я просто первый раз с таким сталкиваюсь. Проверила сейчас на синем и на красном луче, какая норма должна быть показателей? Синтол на синем и на красном у меня показал 85.7, а Ф/ХЛ 115.2. Че эта такое? |
vb Постоянный участник |
Все остальное - онанизьм. |
ksm Постоянный участник |
|
-Ъ- Постоянный участник Москва |
Сомнения у меня, что у Вас ДНК сильно загажена и имеет место быть тушение Пикогрина. |
Carbon Copy Постоянный участник So close no matter how far |
(R-J-Dio @ 27.04.2018 11:21) (Шепотом) Ты эта, свои дешёвые понты прикрути маленько. По секрету сообщу, что после фенол-хлороформа ДНК на спектрофотометре никто не меряет.
|
Esya Постоянный участник PA, USA |
они его осваивали, и ведь в резюме будут писать, что они флуориметр освоили а нанодроп тогда спектрофотометр??? |
R-J-Dio Постоянный участник |
(Carbon Copy @ 28.04.2018 01:03) (Шепотом) Ты эта, свои дешёвые понты прикрути маленько. По секрету сообщу, что после фенол-хлороформа ДНК на спектрофотометре никто не меряет. тебе грубо ответить и НЕ шепотом?! Сцеживаешь хрень, причем серийно, в нескольких темах., что наводит на нехорошие мысли о профпригодности |
ksm Постоянный участник |
(Esya @ 28.04.2018 05:59) я бы запретила называть эту хрень флуориметром... они его осваивали, и ведь в резюме будут писать, что они флуориметр освоили а нанодроп тогда спектрофотометр??? а почему нет?! спектры же снимает? |
ksm Постоянный участник |
(-Ъ- @ 27.04.2018 23:57) Набор синтол, Ф/ХЛ (???) пока не выбрасывайте на помойку, но а выделенную ДНК нанесите на агарозный (не более 1%) форез... Сомнения у меня, что у Вас ДНК сильно загажена и имеет место быть тушение Пикогрина. ДНК тогда окрашенная ведь должна быть... |
vb Постоянный участник |
(Carbon Copy @ 27.04.2018 22:03) (Шепотом) Ты эта, свои дешёвые понты прикрути маленько. По секрету сообщу, что после фенол-хлороформа ДНК на спектрофотометре никто не меряет. Чей та? Я мерял. И доложу вам вполне доволен результатом. А че там меряет кубит с его загадочными стандартами, котопые совсем не стандарты - науке неизвестно. |
ksm Постоянный участник |
(vb @ 28.04.2018 16:54) Чей та? Я мерял. И доложу вам вполне доволен результатом. А че там меряет кубит с его загадочными стандартами, котопые совсем не стандарты - науке неизвестно. чтоб вам и вашей "науке", на которую вы ссылаетесь, стало понятнее, я специально для вас оставлю это здесь: |
vb Постоянный участник |
(ksm @ 28.04.2018 14:27) чтоб вам и вашей "науке", на которую вы ссылаетесь, стало понятнее, я специально для вас оставлю это здесь: Зачем мне это маркетоложество? я не использую стандарты непонятной квалификации. И вам не советую. |
Esya Постоянный участник PA, USA |
|
Tom1 Постоянный участник |
(Esya @ 28.04.2018 08:21) Я один раз мимо этого кьюбита мимо прошла и прочитала описание прибора, и для себя решила, что меня только силой заставят этим пользоваться. Работайте с чистой материей и будут все хорошо без всяких уродов "Работайте с чистой материей..." ==================== Вспомнилось... Да прибудет в вами сила))))) |
ksm Постоянный участник |
(Esya @ 28.04.2018 19:21) Я один раз мимо этого кьюбита мимо прошла и прочитала описание прибора, и для себя решила, что меня только силой заставят этим пользоваться. Работайте с чистой материей и будут все хорошо без всяких уродов вы не могли бы по-человечески объяснить, что вас не устраивает? что в описании вас задело? почему "силой заставят"?! что за суеверия? что вы подразумеваете под чистой материей, "на глаз" работать? |
MMM Постоянный участник |
|
Esya Постоянный участник PA, USA |
(ksm @ 28.04.2018 15:34) вы не могли бы по-человечески объяснить, что вас не устраивает? что в описании вас задело? почему "силой заставят"?! что за суеверия? что вы подразумеваете под чистой материей, "на глаз" работать? Могла бы, конечно... А вам для чего? Вы его продаете? Идеологически, для меня все сводится к тому, что я желаю знать, сколько у меня чистой материи, и желаю ее иметь. Знание сколько у меня грязной бурды меня не устраивает, это псевдознание, оно, наоборот, мешает строить модели как раздражает привязка к красителям. Вот кстати, чудо ящик Millipore Direct Detect такого отвращения не вызвал, но попользоваться не удалось. |
ksm Постоянный участник |
(MMM @ 29.04.2018 12:59) Ну хотя бы потому, что никому неизвестна специфичность связывания используемых красителей. Никому неизвестно как действуют и какие гасители флуоресценции используемых красителей существуют и тд и тп. С другой стороны при таком подходе qPCR с сибирской зеленью тоже можно выкинуть в педальное ведро. при такой логике я бы перво-наперво спектрофотометр и нанодроп из окна выкидывал, потом уже риал-таймер и только после этого Кубит. |
ksm Постоянный участник |
(Esya @ 29.04.2018 19:52) Могла бы, конечно... А вам для чего? Вы его продаете? Идеологически, для меня все сводится к тому, что я желаю знать, сколько у меня чистой материи, и желаю ее иметь. Знание сколько у меня грязной бурды меня не устраивает, это псевдознание, оно, наоборот, мешает строить модели как раздражает привязка к красителям. Вот кстати, чудо ящик Millipore Direct Detect такого отвращения не вызвал, но попользоваться не удалось. нет, я не продаю кубиты. мне непонятны ваши иррациональные страхи перед флуоресцентными методами определения НК. вы, кстати сказать, себе противоречите: утверждаете, что не желаете иметь грязную бурду, но именно так выглядит обычный препарат ДНК после выделения, где практически все нежелательные примеси поглощают при 260 нм, сказываясь на определении концентрации. вам предлагают, более точный, и что важно более специфичный ("ЧИСТАЯ МАТЕРИЯ!!!!111" (ТМ) метод определения с помощью флуориметрии, а вы его отвергаете, причем, как сами написали, даже не попробовав, а просто пройдя мимо! Сообщение было отредактировано ksm - 29.04.2018 23:36 |
-Ъ- Постоянный участник Москва |
(ksm @ 28.04.2018 11:57) Не обязательно. Блокируют флуоресценцию не только синтетические цветные квенчеры, но и природные и не цветные. Лень искать ссылки, пардон. ДНК потеряна или загажена... |
ksm Постоянный участник |
Сообщение было отредактировано ksm - 29.04.2018 23:42 |
MMM Постоянный участник |
(ksm @ 29.04.2018 23:28) при такой логике я бы перво-наперво спектрофотометр и нанодроп из окна выкидывал, потом уже риал-таймер и только после этого Кубит. Нанодроп уже там. А спектрофотометр он конечно ограничен в применении, но он то в отличии от флуориметра открытая и хорошо изученая сиситема, от него известно где, как и когда ждать подставы. А предупрежден значит вооружен. А с флуориметром ты себя чувствуешь как в очаках виртуальной реальности, вроде все видишь, но никогда не знаешь точно ли эта информация от камер на собственном лбу.
|
R-J-Dio Постоянный участник |
и нахрена такой показатель? Чего-то это мне напоминает уровень изученя ДНК до исторического материализму, Чарграфы и тп. Все равно, лучше спектрофотометра (и головы к нему приложенной) звнря нет. Присылают нанодропные пробирки, а на них: плазмида, 672,5 нг/ мкл. Ах ты ж е-мое! глядь-поглядь, а там РНК в пополаме с геномкой...ну и чё в такими "учеными" делать? |
ksm Постоянный участник |
"672,5 нг/ мкл. Ах ты ж е-мое! глядь-поглядь, а там РНК в пополаме с геномкой...ну и чё в такими "учеными" делать? " - на кубит перехоить!))) либо как Еся: берете аликвоту Абсолютно Чистой Материи (далее АЧМ, и боже вас упаси прихватить грязную бурду вместе с АЧМ). И, удерживая ее перед собой силой мысли, провести ее анализ на предмет содержания ДНК и примесей (спектроскопирование и гель-электрофорез). Параллельно следует писать статьи в рецензируемые журналы и посылать по межрегиональной телепатической сети ( далее МТС, ойк). При этом не смейте даже в мыслях составлять резюме, называя Кубит флуориметром! Сообщение было отредактировано ksm - 30.04.2018 13:22 |
ksm Постоянный участник |
(-Ъ- @ 30.04.2018 00:25) Не обязательно. Блокируют флуоресценцию не только синтетические цветные квенчеры, но и природные и не цветные. Лень искать ссылки, пардон. ДНК потеряна или загажена... Катсти, прикинул, получается забавно. Если это растворенный гаситель, то его должно быть реально дохрена, поскольку он "неокрашен" и по-видимому, диссипирует энергию в виде тепла; но, учитывая метод очистки - Ф/Хл - должен быть гидрофильным и, видимо, полярным; либо он должен быть ковалентно сшит с ДНК, чтобы эффективно тушить флуоресценцию, но на всем ее протяжении, т.к. речь о геномке. например, DYQ-425 или наночастицы какие-нибудь. в любом случае нобелевка вырисовывается!)) Сообщение было отредактировано ksm - 30.04.2018 12:47 |
ksm Постоянный участник |
(MMM @ 30.04.2018 06:17) Нанодроп уже там. А с флуориметром ты себя чувствуешь как в очаках виртуальной реальности, вроде все видишь, но никогда не знаешь точно ли эта информация от камер на собственном лбу. Аналогия туманная. Смотрите: я не доверяю компьютерам, т.к. на их основе делают очки параллельной реальности, но, в таком случае я не могу использовать приборы, в том числе спектрофотометры, снабженные компом, ведь неизвестно, что программисты там нааппроксимировали. нудно пользоваться "теплыми ламповыми" самописцами... |
R-J-Dio Постоянный участник |
(etidiumbromidum @ 30.04.2018 14:33) примерно знать стоит ли связыватся с секвинированием генома у человека 3 пикограма ДНК на гаплоид а у саламандры или лилии за 100 пикограм кого останавливало когда-либо кол-во материи на старте, разве нет китов наработать геномку- Qiagen умеет, не так ли? |
MMM Постоянный участник |
(ksm @ 30.04.2018 14:42) Аналогия туманная. Смотрите: я не доверяю компьютерам, т.к. на их основе делают очки параллельной реальности, но, в таком случае я не могу использовать приборы, в том числе спектрофотометры, снабженные компом, ведь неизвестно, что программисты там нааппроксимировали. нудно пользоваться "теплыми ламповыми" самописцами... Вы не поняли моей аналогии от слова "совсем". Читайте мои посты выше может что-то осознаете. И ваши примеры, как вам кажется, доведения до абсурда моей аналогии, на самом деле, с ней не имеют вообще ничего общего. |
ksm Постоянный участник |
(MMM @ 30.04.2018 19:02) Вы не поняли моей аналогии от слова "совсем". Читайте мои посты выше может что-то осознаете. И ваши примеры, как вам кажется, доведения до абсурда моей аналогии, на самом деле, с ней не имеют вообще ничего общего. Так читаю ваши посты выше: Ваш пост №1 - смайлики; пост №2 - вопрос; пост №3 - вопросы (кстати, абсурдные замечания про гибель коров детектед); пост №4 - утверждение, что неизвестна специфичность связывания; пост №5 - "А с флуориметром ты себя чувствуешь как в очаках виртуальной реальности, вроде все видишь, но никогда не знаешь точно ли эта информация от камер на собственном лбу." - аналогия про очки виртуальной реальности. вы сравнили кубит с очками, чтобы показать, что не можете доверять методам флуоресцентной детекции? эта аналогия найдена мной туманной, и абсурдной, после чего я привел вам собственную аналогию. в общем ничего такого особенного ваши посты не содержат. |
Carbon Copy Постоянный участник So close no matter how far |
1. Спектрофотометрия на Нанодропе - удобный метод, т.к. нужно всего 1-2 мкл раствора. Однако, точность определяется чистотой препарата ДНК. Как уже отмечено предыдущими ораторами, примеси РНК или фенола (привет, R-J-Dio!) подчас дают результаты на порядки различающиеся с реальностью. 2. Флюорометрия на Кубите - гораздо точнее, так как не реагирует на примеси. Но, необходимо наличие дополнительных реагентов и стандартов. Многое зависит от количества образцов. Когда их много - 96х планшетный флюрометр и мультиканальная пипетка - единственное спасение. Ну или робот, если хочется быть крутым и роскошным и пускать пыль в глаза клиентам и коллабораторам. |
vb Постоянный участник |
(Carbon Copy @ 01.05.2018 15:44) Всё ясно, блин. Собралась толпа теоретиков, ни Кубит, ни Нанодроп в руках не державших, и рассуждают о чистых материях. А реальность такова, что оба прибора, либо один из них на сегодняшний день присутствуют в любой молекулярной лаборатории, и студенты учатся мерить концентрацию ДНК либо на одном, либо на другом. Особо продвинутые из них меряют на обоих и потом в задумчивости чешут репу, пытаясь найти объяснение расхождению результатов. А нужно всего-лишь навсего знать, какие ограничения и глюки у той или другой технологии, в данном случае - спектрофотометрическом и флюоресцентном определении концентрации ДНК. Вкратце расклады таковы: 1. Спектрофотометрия на Нанодропе - удобный метод, т.к. нужно всего 1-2 мкл раствора. Однако, точность определяется чистотой препарата ДНК. Как уже отмечено предыдущими ораторами, примеси РНК или фенола (привет, R-J-Dio!) подчас дают результаты на порядки различающиеся с реальностью. 2. Флюорометрия на Кубите - гораздо точнее, так как не реагирует на примеси. Но, необходимо наличие дополнительных реагентов и стандартов. Многое зависит от количества образцов. Когда их много - 96х планшетный флюрометр и мультиканальная пипетка - единственное спасение. Ну или робот, если хочется быть крутым и роскошным и пускать пыль в глаза клиентам и коллабораторам. Имел счастье барахтаться с различием результатов кубита и сф. Мог бы многое рассказать, но речь вообще не об этом. автор хочет проверить работоспособность прибора и реактивов к нему прилагающихся. Это на формальном языке называется PQ оборудования (в общем смысле) или валидация метода (частное приложение к аналитике). В этом случае автор должен использовать аттестованный стандарт аналита и матрицу, в которой данный аналит будет определяться. Иного не дано. Все остальное - ненаучный подход уровня школьного кружка. Впрочем, 90% нагей "науки" на этом уровне и находится. |
ksm Постоянный участник |
(vb @ 01.05.2018 23:11) Это на формальном языке называется PQ оборудования (в общем смысле) или валидация метода (частное приложение к аналитике). В этом случае автор должен использовать аттестованный стандарт аналита и матрицу, в которой данный аналит будет определяться автор не спрашивал ни про какое ПэКу. и никто тут никому и ничего не должен. топикстартер написал, что у него проходят стандарты родные, но не измеряется ДНК в пробе. т.е. ДНК в пробе нет. "аттестованные" Термофишеровцами стандарты входят в набор для определения. "Аналит" также. Буфер для измерения также. Сообщение было отредактировано ksm - 01.05.2018 23:20 |
MMM Постоянный участник |
(Carbon Copy @ 01.05.2018 23:24) примерно как R-J-Dio меряет фенол на спеке вместо ДНК А вот мне интересно откуда вы это знаете? Как вы узнали, что он мерил фенол, а не ДНК? |
avor moderator |
На вопрос автора ответ уже дан и по нему споров не возникает. Дальнейшая дискуссия о своем о ветеранском, пикейножилетном. Дискуссия возможно и полезная, поэтому ее не резал. Ну, а, говносрач спустил в педальное ведро. Тему временно прикрываю. Carbon и RJ_D получают смехотворные фолы. |
Guest IP-штамп: frfPl.EF/Iz12 гость |
|
« Предыдущая тема · Молекулярная и клеточная биология · Следующая тема » |