-- Кто может подсказать - имеет ли смысл цеплять полную версию протеина(тот, что тримеризуется в активном состоянии) и будет ли происходить нормальный фолдинг?
Во-первых в первую очередь нормальность фолдинга зависит от того в каком организме происходит синтез белка. Затем уже она зависит от свойств самого белка чем больше размер белка и больше в нем гидрофобных участков тем больше риск проблем с фолдингом
Во-вторых какая версия белка предпочтительна определяется логикой исследования, т.е. зависит от его целей и задач, с другой стороны синтез мембранных белков и олигомеризующихся белков в неродственных организмах почти прямой путь к проблемам с растворимостью и неправильным фолдингом белка.
Из выше сказанного следует, что подсказать вам может, разве что господь бог.
Линкер это дело вкуса и во многом определяется третичной структурой обоих белков и их влиянием друг на друга. Предсказать что-то конкретное можно, только если уже был опыт с этими или близкородственными белками. Любой софт будет выдавать информацию с высоким рейтингом полезности только если он использует базу данных, в которой уже есть информация о конструкциях с вашим белком или близкородственным белком, в противном случае надежность предсказаний не высокая

  Как получаете эти белки?